

度々質問させていただきます。  
RNA-seq
StringTieデータをDESeq2で解析するため、Macターミナルからpython2を起動してprepde.py（発現量データをcsvに変換するためにpythonで記述されたスクリプト）を実行、csvファイルを作成できればと思っています。  
にわか勉強ですが、以下のコマンドで試してみました。

[code]

    >>> import os
    >>> os.getcwd()
    '/Users/XX/yy02/ballgown'
    >>> os.chdir('/Users/XX/yy02/ballgown')
    >>> prepde.py
    Traceback (most recent call last):
      File "<stdin>", line 1, in <module>
    NameError: name 'prepde' is not defined
    
[/code]

構文エラーではなく、ファイル名の定義が必要そうです。実行ファイル名の定義はどのようにしたらいいでしょうか。ご教示いただけるとたすかります。


CC BY-SA 4.0
2020-05-28T12:44:13.300
67083
2020-05-28T12:44:13.300
40143
question
bioinformatics
RNA-seq StringTieデータをpythonからprepDE.pyを実行してcsv形式にする