

下記のサイトを参考に、Jupyter上でRを使えるように何度もトライしていますが、全くうまくいきません.
下記サイト以外の全ての質問箱を閲覧しましたが、なぜうまくいっていないのかよくわかっていません.

  * [JupyterでR - ryamadaのコンピュータ・数学メモ](https://ryamada.hatenadiary.jp/entry/20171115/1510731010)
  * [Rの始め方 (Windows, Jupyter notebook) - YKpages](https://kato-robotics.hatenablog.com/entry/2018/03/26/171754)

おそらくJupyter
NotebookをAnaconda経由でインストールしたことが足枷になっている気がするのですが、Anaconda経由でインストールしてもうまくいきませんでした.

どこから説明すれば良いかわからないので、[上記リンク２つ目](https://kato-
robotics.hatenablog.com/entry/2018/03/26/171754)
の通り、RGui経由で全く同じことを行いましたが以下のエラーがでてしまい、対処の仕方がよくわかりません.

力足らずで投げやりな質問に近くなってしまって申し訳ないです.  
なにかアドバイス頂けたら幸いです.  
最悪, Jupyter NotebookやAnacondaを再インストールしても良い気がします.

**使用ソフト**  
Windows10 (64bit)  
Anaconda:5.2.0 Jupyter NotebookはAnaconda経由でインストール済み  
R:3.6.1

[code]

    > devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
    Downloading GitHub repo IRkernel/IRkernel@master
    "C:\PROGRA~1\Git\cmd\git.exe" clone --depth 1 --no-hardlinks --recurse-submodules https://github.com/jupyter/jupyter_kernel_test.git C:\Users\reisa\AppData\Local\Temp\RtmpktdHtl\remotesaf82e67146b/IRkernel-IRkernel-67592db/tests/testthat/jkt
    "C:\PROGRA~1\Git\cmd\git.exe" clone --depth 1 --no-hardlinks --recurse-submodules https://github.com/flying-sheep/ndjson-testrunner.git C:\Users\reisa\AppData\Local\Temp\RtmpktdHtl\remotesaf82e67146b/IRkernel-IRkernel-67592db/tests/testthat/njr
    These packages have more recent versions available.
    Which would you like to update?
    
    1: All                             
    2: CRAN packages only              
    3: None                            
    4: digest (0.6.21 -> 0.6.22) [CRAN]
    5: rlang  (0.4.0  -> 0.4.1 ) [CRAN]
    
    Enter one or more numbers, or an empty line to skip updates:
    
       checking for file 'C:\Users\reisa\AppData\Local\Temp\RtmpktdHtl\remotesaf82e67146b\IRkernel-IRkernel-67592db/DESCRIPTION' ...
    √  checking for file 'C:\Users\reisa\AppData\Local\Temp\RtmpktdHtl\remotesaf82e67146b\IRkernel-IRkernel-67592db/DESCRIPTION'
    
    -  preparing 'IRkernel': (540ms)
       checking DESCRIPTION meta-information ...
       checking DESCRIPTION meta-information ... 
    √  checking DESCRIPTION meta-information
    
    -  checking for LF line-endings in source and make files and shell scripts
    
    -  checking for empty or unneeded directories
       Removed empty directory 'IRkernel/example-notebooks'
    
    -  building 'IRkernel_1.0.2.9000.tar.gz'
    
    Installing package into ‘C:/Users/reisa/OneDrive/ドキュメント/R/win-library/3.6’
    (as ‘lib’ is unspecified)
    * installing *source* package 'IRkernel' ...
    ** using staged installation
    Error in file(file, if (append) "a" else "w") : 
      (converted from warning) cannot open file 'C:/Users/reisa/OneDrive/hLg/R/win-library/3.6/00LOCK-IRkernel/00new/IRkernel/DESCRIPTION': Invalid argument
    ERROR: installing package DESCRIPTION failed for package 'IRkernel'
    * removing 'C:/Users/reisa/OneDrive/ドキュメント/R/win-library/3.6/IRkernel'
    Error: Failed to install 'IRkernel' from GitHub:
      (converted from warning) installation of package ‘C:/Users/reisa/AppData/Local/Temp/RtmpktdHtl/fileaf8738760be/IRkernel_1.0.2.9000.tar.gz’ had non-zero exit status
    
[/code]


CC BY-SA 4.0
2019-10-27T14:51:53.217
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2019-10-29T10:32:07.883
2019-10-28T03:11:12.467
3060
29111
question
r jupyter-notebook
Jupyter上でRを動かしたいが上手くいかない


ご質問ですが、「Rを使えるjupyter
notebooksインスタンスを動かしたい」という理解でよろしければ、環境構築でつまづくことの多いWindows環境での手動ビルドではなく、「dockerコンテナ」を利用する事を強くオススメします。

docker for windows をインストールしたら、  
ターミナルから

[code]

    docker run -p 8888:8888 jupyter/datascience-notebook
    
[/code]

と打って少し待ちます。  
pull / build / run が終わると、  
<http://127.0.0.1:8888/?token=XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX>  
のようなログイン用URLが表示されます。google chromeでそのアドレスを開いて下さい。(IE/Edgeは使わないで下さい)

New kernel を選択すると Julia / Python / R が選べます。

データサイエンスのタスクは再現性担保の観点からも、環境のコンテナ化と素晴らしく相性が良いです。

コンテナをカスタムしたい場合は、dockerfile の書き方を調べてみてください。  
カスタムコンテナの作成、デプロイが如何に便利かわかると思います。


CC BY-SA 4.0
2019-10-29T08:46:26.673
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answer


公式ページ <https://github.com/IRkernel/IRkernel>
の[インストール方法解説](https://irkernel.github.io/installation/)には以下のように書かれていました。前提として、Jupyter
と R がインストールされているとします。

手順1. CRAN から IRkernel をインストールする。

[code]

    install.packages('IRkernel')
    
[/code]

手順2. Jupyter からカーネルが使えるようにする。

[code]

    IRkernel::installspec()
    
[/code]

上のコマンドだと現在のユーザーにのみインストールされる。全ユーザーに対してインストールしたい場合は下のコマンドを使う。

[code]

    IRkernel::installspec(user = FALSE)
    
[/code]


CC BY-SA 4.0
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