

RNA-seqデータ解析初心者です。環境：MacOS、メモリ32GB使用  
トリミング後のリードをHISAT2でマッピングしました。

[code]

    hisat2 -q -p 4 --dta -x ./ref38/genome \
    -1 ./data02/SRRxxxx_1_trimmed.fq \
    -2 ./data02/SRRxxxx_2_trimmed.fq \
    -S ./data02/lung_SRRxxxx.sam
    
[/code]

エラー

[code]

    Error, fewer reads in file specified with -2 than in file specified with -1
    libc++abi.dylib: terminating with uncaught exception of type int
    (ERR): hisat2-align died with signal 6 (ABRT) 
    
[/code]

上記のエラーはコアダンプようですが、55GBのsamファイルは生成されています。  
マッピングは成功しているのでしょうか？  
どなたかご教示くださるとたすかります。


CC BY-SA 4.0
2020-05-26T13:22:22.290
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2020-05-26T13:22:22.290
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question
bioinformatics
RNA-seq, HISAT2で エラー”hisat2-align died with signal 6”