

R初心者でゲノム発現解析を始めました。  
環境：MacOS、メモリ32GB使用、R version 4.0.0、Rtudio利用

HiSeqで解析したRNA-seq readカウント後のデータで、geneIDをgeneSymbolにするため、RパッケージrefGenomeを使用。  
DAVIDでうまく変換できなかったりと他にも色々試しました。

アノテーションのgtfファイル(1.46G)を開いたところ、以下のコメントで終了してしまいました。

[code]

    R Session Aborted, R encounters a fatal error. The session was terminated 
    
[/code]

コード

[code]

    library(refGenome)
    gtf = ensemblGenome()
    read.gtf(gtf, filename="xxx.gtf")
    
[/code]

Rコンソールでも同様の結果です。メモリが足りないのでしょうか？  
どなたか解決法や他の方法などご教示いただけると助かります。


CC BY-SA 4.0
2020-05-14T07:19:31.177
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2023-10-11T08:02:25.410
2020-05-14T08:54:05.370
40143
question
r bioinformatics
gtfファイルの読み込みで ”R Session Aborted" 、RNA-seqデータ解析


以前同じ現象が起きましたが，再起動したり 再インストールし直したらあっさりうまくいきました．一応試してみては？


CC BY-SA 4.0
2020-06-01T05:46:00.893
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2020-06-01T05:46:00.893
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answer