

プログラミングに関して素人もいいところなのですが  
腸内細菌の研究をやる必要がありqiime2を使用しています。  
解析途中で躓いてしまい教えていただけたらと思います。

denoiseの作業のところで、以前は問題なくできていたのですが  
別のことでezRをダウンロードしてから？（関係あるかわかりませんが）  
ストップするようになってしまいました。  
`--verbose` でエラーをみると

[code]

    (qiime2-2021.2) ユーザー名@MacBook-Air start2 % qiime dada2 denoise-paired --i-demultiplexed-seqs paired-end-demux.qza --o-table table.qza --o-representative-sequences rep-seqs.qza --p-trim-left-f 17 --p-trim-left-r 21 --p-trunc-len-f 280 --p-trunc-len-r 250 --o-denoising-stats stats-dada2.qza --verbose
    Running external command line application(s). This may print messages to stdout and/or stderr.
    The command(s) being run are below. These commands cannot be manually re-run as they will depend on temporary files that no longer exist.
    
    Command: run_dada_paired.R /var/folders/_6/sz481stn0wd8c75djm0kql6m0000gn/T/tmpsazbpz18/forward /var/folders/_6/sz481stn0wd8c75djm0kql6m0000gn/T/tmpsazbpz18/reverse /var/folders/_6/sz481stn0wd8c75djm0kql6m0000gn/T/tmpsazbpz18/output.tsv.biom /var/folders/_6/sz481stn0wd8c75djm0kql6m0000gn/T/tmpsazbpz18/track.tsv /var/folders/_6/sz481stn0wd8c75djm0kql6m0000gn/T/tmpsazbpz18/filt_f /var/folders/_6/sz481stn0wd8c75djm0kql6m0000gn/T/tmpsazbpz18/filt_r 280 250 17 21 2.0 2.0 2 independent consensus 1.0 1 1000000
    
     library(Rcmdr) でエラー:  ‘Rcmdr’ という名前のパッケージはありません 
     実行が停止されました 
    Traceback (most recent call last):
      File "/Users/ユーザー名/opt/miniconda3/envs/qiime2-2021.2/lib/python3.6/site-packages/q2_dada2/_denoise.py", line 264, in denoise_paired
        run_commands([cmd])
      File "/Users/ユーザー名/opt/miniconda3/envs/qiime2-2021.2/lib/python3.6/site-packages/q2_dada2/_denoise.py", line 36, in run_commands
        subprocess.run(cmd, check=True)
      File "/Users/ユーザー名/opt/miniconda3/envs/qiime2-2021.2/lib/python3.6/subprocess.py", line 438, in run
        output=stdout, stderr=stderr)
    subprocess.CalledProcessError: Command '['run_dada_paired.R', '/var/folders/_6/sz481stn0wd8c75djm0kql6m0000gn/T/tmpsazbpz18/forward', '/var/folders/_6/sz481stn0wd8c75djm0kql6m0000gn/T/tmpsazbpz18/reverse', '/var/folders/_6/sz481stn0wd8c75djm0kql6m0000gn/T/tmpsazbpz18/output.tsv.biom', '/var/folders/_6/sz481stn0wd8c75djm0kql6m0000gn/T/tmpsazbpz18/track.tsv', '/var/folders/_6/sz481stn0wd8c75djm0kql6m0000gn/T/tmpsazbpz18/filt_f', '/var/folders/_6/sz481stn0wd8c75djm0kql6m0000gn/T/tmpsazbpz18/filt_r', '280', '250', '17', '21', '2.0', '2.0', '2', 'independent', 'consensus', '1.0', '1', '1000000']' returned non-zero exit status 1.
    
    During handling of the above exception, another exception occurred:
    
    Traceback (most recent call last):
      File "/Users/ユーザー名/opt/miniconda3/envs/qiime2-2021.2/lib/python3.6/site-packages/q2cli/commands.py", line 329, in __call__
        results = action(**arguments)
      File "<decorator-gen-522>", line 2, in denoise_paired
      File "/Users/ユーザー名/opt/miniconda3/envs/qiime2-2021.2/lib/python3.6/site-packages/qiime2/sdk/action.py", line 245, in bound_callable
        output_types, provenance)
      File "/Users/ユーザー名/opt/miniconda3/envs/qiime2-2021.2/lib/python3.6/site-packages/qiime2/sdk/action.py", line 390, in _callable_executor_
        output_views = self._callable(**view_args)
      File "/Users/ユーザー名/opt/miniconda3/envs/qiime2-2021.2/lib/python3.6/site-packages/q2_dada2/_denoise.py", line 279, in denoise_paired
        " and stderr to learn more." % e.returncode)
    Exception: An error was encountered while running DADA2 in R (return code 1), please inspect stdout and stderr to learn more.
    
    Plugin error from dada2:
    
      An error was encountered while running DADA2 in R (return code 1), please inspect stdout and stderr to learn more.
    
[/code]

Rをいじったりしてからということで

[code]

    library(Rcmdr) でエラー: ‘Rcmdr’ という名前のパッケージはありません
    
[/code]

これがなにか関係しているのかもと思いezRを消去したのち再度インストールなどをしても治りません。  
ちなみにRのコンソールにも同じ文言がでるようになりました。

なにか対処法などご存知の方がいたらお教えいただけたらと思います。  
よろしくお願いいたします。


CC BY-SA 4.0
2021-07-06T21:46:05.410
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2021-07-12T10:10:23.913
2021-07-07T00:23:15.703
3060
47185
question
r
library(Rcmdr) でエラー: ‘Rcmdr’ という名前のパッケージはありません


返信が遅れてすいません.

`~/.Rprofile` のEZR関係の記述を消して使用してください. EZR も併用したい場合は, Rcmdr
起動のたびにウィンドウから「プラグイン読み込み」を選ぶか, [EZRの公式チュートリアル](https://www.jichi.ac.jp/saitama-
sct/SaitamaHP.files/manual.html)にあるような起動コマンドをスクリプトやエイリアスとして保存することになると思います.

> ezRのHPの最後のあたりにある、ターミナルに以下のコマンドの設定をしてからおかしくなった？

という疑念はおそらく正しく, `~/.Rprofile` のこの設定はどうやらEZR用に修正した Rcmdr
のプログラムを上書きする形で読み込ませているようです. EZRはほぼ国内でのみの通用のため qiime2 開発側は想定しておらず,
かつEZR側も他ソフトとの競合を考慮していないようなのでこのような事が起こっているのだと思います.

(EZR をあまり使ってないだけでなく) qiime2 にも生物学にも詳しくないので `denoise-paired` の入力データの形式がわからず,
代わりに[公式チュートリアル](https://docs.qiime2.org/2021.4/tutorials/fmt/)を参考に `denoise-
single` を試してみだけですが, 同様のエラーが発生し, `.Rprofile` の記述を消すと動作することを確認したため, このように結論します.


CC BY-SA 4.0
2021-07-12T10:10:23.913
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answer