anchor.diff:  
   
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  -# 			   Deftasks                            #
  +# 			   Deftasks                               #
   ###################################################################
   
  +
  +###################################################################
   #
   # 			Run Algorithms
   #
  
positive.code: 	idxml_res=bn
  }*
  
  deftask inferProteins(idxml_res(File) : idxml_result(File) numthreads) in bash *{
  	ProteinInference -in $idxml_result -out $idxml_res -min_peptides_per_protein 2 -threads $numthreads
  }*
  
  
negative.code: 	db_tandemDB=${db_fasta}.pro
  }*
  
  ###################################################################
  #
  #			Other Tasks
  #
  