anchor.diff:  	idxml_res=bn
   }*
   
  -deftask inferProteins(idxml_res(File) : idxml_result(File) numthreads) in bash *{
  +deftask inferProteins(idxml_res(File) : idxml_results(File) numthreads) in bash *{
   	ProteinInference -in $idxml_result -out $idxml_res -min_peptides_per_protein 2 -threads $numthreads
   }*
   
  
positive.code: 
  
  ###################################################################
  # 			   Deftasks                            #
  ###################################################################
  
  #
  # 			Run Algorithms
  #
  
negative.code: 	db_tandemDB=${db_fasta}.pro
  }*
  
  ###################################################################
  #
  #			Other Tasks
  #
  