Беренсе донъя һуғышы башланыу менән күп кенә студенттарҙы һәм ҡайһы бер уҡытыусыларҙы хәрби хеҙмәткә саҡырғандар. Француз (һуңыраҡ итальяндарҙа) уҡытыусылары дошман дәүләте граждандары булараҡ университетты ташлап китергә мәжбүр булғандар. Бынан башҡа хәрби мәнфәғәттәргә университеттың ҡайһы бер биналары ваҡытлыса ҡулайлаштырылған: Клементинумда лазарет урынлаштырыла, медицина факультетының бер нисә клиникалары үҙгәртеп ҡоролған.