Молдавияның бөтә йылғалары ла Ҡара диңгеҙ бассейнына ҡарай. Иң ҙур йылғалары — Днестр менән Прут. Йылға үҙәндәрендә күп һыубаҫар күлдәр. Тупрағы башлыса ҡара тупраҡлы (75 %). Молдавия территорияһының ҙур өлөшө һөрөлгән. Дала үҫемлектәре ҙур булмаған участкаларҙа ғына һаҡланып ҡалған. Урман территорияһының 6 процентын биләй. Тәбиғи райондары: Төньяҡ-Молдова урманлы далаһы (Толтры), Үҙәк Молдова урманы (Кодры), Көньяҡ-Молдова далаһы.