Рәсәй Сит ил эштәре министрлығының үҙәк аппараты структураһына башлыса департаменттар тип аталған подразделениелар инә. Департаменттар, үҙ сиратында, бүлектәргә бүленә. Рәсәйҙең Сит ил эштәре министрлығы департаменттарына — директорҙар, ә уларҙың бүлектәренә начальниктар етәкселек итә. Рәсәй Федерацияһы Президентының 2007 йылдың 11 сентябрендәге 1163-сө Указына ярашлы, министрлыҡ 39 департаментҡа бүленгән.. Элегерәк Рәсәй Федерацияһы Президентының 2004 йылдың 11 июлендә сыҡҡан 865-се Указы буйынса Рәсәй Сит ил эштәре министрлығында Министрлыҡтың  төп эшмәкәрлегенең 35 департаментын булдырыу рөхсәт ителә, Указом от 19 октября 2005 года № 1218 — 36 департаментов. Үҙҙәрене тәғәйенләнеше буйынса департаменттар территориаль (Рәсәйҙең шартлы төбәктәр буйынса төркөмләнгән сит ил дәүләттәре менән мөнәсәбәттәре) һәм функциональ (нығытылған функциялары буйынса) төрҙәргә бүленә. Һәр департаментта 30-60 дипломат эшләй.