Әммә Никондың фәлсәфәүи эшмәкәрлеге шулай уҡ  Алексей Михайлович менән араларының  боҙолоуына сәбәп була. Никон үҙ ваҡытында йәш батшаның ихтирамын яулай, батша хатта Никонды «Бойөк Батша» тип йөрөтә. Патриарх үҙе төҙөгән концепцияға ярашлы «динлелек батшалыҡтан өҫтөн тора» тигән тезисҡа тоғро ҡала, йәғни, бер ниндәй донъяуи ҡанун сиркәү һәм илаһи ҡанунынан юғары була алмай.