Төр эволюцияһына ҡарата төп мәғлүмәттәр палеонтологик һәм молекуляр-филогенетик тикшеренеүҙәр ярҙамында алынған. Ягуар — Яңы Донъяла берҙән-бер Panthera ырыуы вәкиле. Молекуляр һәм палеонтологик мәғлүмәттәр ягуарҙың ырыуҙың башҡа вәкилдәре менән яҡын туғанлығын раҫлай. Ошо ырыуҙың һәм уның яҡын туғанының — күкһел леопардтың һуңғы ҡәрҙәше 6 һәм 10 миллион йыл элек йәшәгән. Был төр үҙе, палеонтология мәғлүмәттәре буйынса, яҡынса 3,8 миллион йыл элек барлыҡҡа килгән. Төп морфологик билдәләр ягуарҙың иң яҡын туғаны — леопард булыуын раҫлай. Әммә ДНК-ның тикшеренеүе тулыһынса тамамланмаған, һәм төрлө тикшеренеүселәрҙең ягуарҙың ҡәрҙәшлек бәйләнештәре тураһындағы фекерҙәре айырыла. Европа ягуары һәм Америка арыҫланы кеүек юҡҡа сыҡҡан төрҙәрҙең ҡаҙылған ҡалдыҡтары үҙҙәрендә арыҫлан менән яғуарҙың үҙенсәлекле билдәләрен һыйындыра. Ягуарҙың митохондриаль ДНК анализы күрһәтеүенсә, был төр 510 000-280 000 йыл элек барлыҡҡа килгән, был ҡаҙылма ҡалдыҡтар буйынса күҙалланғандан һуңыраҡ.