1858 йылдың 1 ғинуарында Пирогов Тайный советник дәрәжәһенә тиклем күтәрелә, һуңынан Киев уҡыу округының бағыусыһы (попечитель) вазифаһына күсерелә, ә 1860 йылда 1-се дәрәжә Изге Анна орденына лайыҡ була. Пирогов Рәсәй империяһында нығынған мәғариф системаһын үҙгәртергә маташҡан. Әммә Пироговтың эш иткәндә үҙен бойондороҡһоҙтотоуы власть менән бәхәскә килтерә һәм уға Киев уҡыу округы бағыусыһы вазифаһын ҡалдырырға тура килгән. 1861 йылдың 13 мартында Пирогов училищеларҙың баш идараһы ағзаһы итеп тәғәйенләнә, ә 1863 йылда идаралыҡ бөтөрөлһә лә, ғүмерлеккә Рәсәй империяһының Халыҡ мәғарифы министрлығы ҡарамағында ағза булып тора.