1936 йылдың ғинуарында көтмәгәндә уны Мәскәүҙәге Бутырка төрмәһенә күсерәләр. Пепеляев НКВД-ның эске төрмәһенә күсерелә, шул уҡ көндө унан һорау алына, һорау алыусы Марк Гай була. Шунан уны ҡабаттан Бутыркаға урынлаштыралар. 1936 йылдың 4 июнендә Гай Пепеляевты ҡабаттан һорау алыуға саҡыра, уға азат ителеү тураһында ҡарар уҡып ишеттерәдәр. 1936 йылдың 6 июнендә Анатолий Николаевич иреккә сыға.