1888 йылдың 14 ноябрендә институтты асыр алдынан иғәнә суммаһы 2 миллион франктан арта, шуға күрә сығымдарҙы йәлләмәй тотонорға мөмкин була. Париждың көньяҡ-көнбайышында ятҡан ҙур буш урынды төҙөлөш өсөн яуаплы Эмиль Дюкло һайлап ала һәм унда аристократик стилдә ҙур корпус төҙөй. Пастер, ҡағиҙә булараҡ, институтты булдырыу эшенә ғәҙәттәгесә тырышып тотона, тикшеренеүселәрҙе саҡыра, эш планын төҙөй: биш бүлексә асыу планлаштырыла. Әммә Пастерҙы 1887 йылда инсульт һуға һәм уны ваҡытлыса теленән яҙҙыра, ул бик тиҙ арыусанға әйләнә һәм үҙаллы яҙырға ла хәле булмай[88][96]. Хатта шундай хәлдә булыуынан ҡарамаҫтан, Пастер Яңы Көньяҡ Уэльс хөкүмәтенең йорт ҡуяндары популяцияһын ҡыҫҡартыу өсөн тәғәйенләнгән 625 000 франк призын яуларға тырыша; был сумма уның 35 йыллыҡ пенсияһы суммаһына тигеҙ була. Шуныһы иғтибарға лайыҡ, был проблемалар һәм тәғәйенләнгән премия хаҡында Пастер ғәҙәттә йоҡо алдынан ҡатыны ҡысҡырып уҡыған гәзиттең береһенән белеп ҡала. Пастерйорт ҡуяндарына биологик һуғыш тәҡдим итә: тауыҡ холераһы йоҡторолған ашлыҡты таратып сәсеп, ҡуяндарҙы ағыуларға була. Пастерҙың туғаны — Адриен Луар — Австралияғахаттатауыҡ холераһын ҡуҙғатыусы микроорганизмдарҙы алып бара, әммә Австралия властары экспериментты башларға рөхсәт итмәй. Был инцидент Пастерҙың хәлен насарайта, сөнки бер-береһенән алыҫ ятҡан ҡитға араһында бәйләнеш яй эшләгәнлектән, ғалим үҙе өйрәнгәнсә тикшеренеүҙәр ваҡиғаларын контролдә тота алмай[88][97].