2006/07 йылдар миҙгеле «Барселона» өсөн уңышһыҙ була. УЕФА суперкубогында каталондар «Севилье» — 0:3 иҫәбен еңелә. Чемпионатта «Барселона» өҫтәмә күрһәткес буйынса "Реал"дан ҡалышып, 2-се урын ала. Иньеста 36 уйында уйнай (27-һендә тәүге минуттарынан алып), футбол яланында 2604 минут үткәрә, 4 һөҙөмтәле пас бирә һәм 6 гол индерә. Чемпиондар лигаһында каталондар 1/8 финалына тиклем генә етә, унда буласаҡ финалистан — «Ливерпуль» командаһынан еңелә. Был турнирҙа Иньеста 8 уйында уйнай (5-һен баштан алып), майҙанда 483 минут була, 2 гол индерә. Испания кубогында «Барса» ярымфиналға тиклем барып етә, унда "Хетафе"нан еңелә (5:2, 0:4). Клубтарҙың донъя чемпионатында «Барселона» Мексиканың «Америка» командаһын еңә — 4:0. Әммә финалда Бразилияның "Интернасьонал"ынан еңелә — 0:1.