1990 йылда университет составына өс теологик факультеттар индерелә: католик, инжил һәм гусит. Прагалағы өс медицина факультеттары хәҙер цифрҙар (беренсе, икенсе һәм өсөнсө) менән билдәләнә башлай, шул уҡ ваҡытта 1953 йылда индерелгән тематик йүнәлештәре һаҡланылған.Пльзень һәм Градец-Кралове ҡалаларында әле лә факультеттар эшләй. Практика өсөн медицина факультеттарына Праганың ҡайһы бер хәстәханалары теркәлгән, мәҫәлән Мотолдағы хәстәхана 2-се медицина (педиатрия) факультетына ҡарай. 1992 йылдан барлыҡ медицина факультеттарында бөтә йүнәлештәр буйлап шулай уҡ түләүле нигеҙҙә инглиз телендә уҡытыу алып барыла.