1941 йылдың июленән училищеның уҡыу планы ҡыҫҡартыла. Элемтә һәм административ-хужалыҡ хеҙмәт бүлектәрендә уҡыу 3 йылдан — 6 айға, ә ҡорал-техник бүлегендә 9 айға тиклем ҡалдырыла. Элемтә һәм административ-хужалыҡ хеҙмәт курстары тыңлаусыларының уҡыу ваҡыты — 2, ҡорал-техник хеҙмәт курсында 4 айға тиклем ҡыҫҡартыла. Һуғыштың тәүге көндәрендә училище ваҡытынан алда 837 тыңлаусы һәм курсантты сығара. 1941 йылдың 16 октябрендә НКВД-ның 2-се мотоуҡсылар дивизияһы составына инә. Училище 1941 йылдың 20 октябренә тиклем Мәскәүҙе обороналау буйынса хәрби бурыс башҡара, һуңынан уны хәрби расчеттан сығарып, Новосибирскиға күсерәләр. 1941 йылда училище 1816 кеше— 1486 курсант һәм 330 тыңлаусыны уҡытып сығара. 1942 йылда курсанттарҙың һәм тыңлаусыларҙың — өс, командирҙар составының бер нисә сығарылышы була. 1942 йылда училищеның личный составы аҡсаһына өс истрибитель төҙөлә. 1944 йылдың майында училище Новосибирскиҙан Бабушкинға (1939 йылға тиклем — Лосиноостровск) кире ҡайтарыла. 1945 йылдың февралендә училище курсанттары Ялта конференцияһында хәүефһеҙлекте тәьмин итеүҙә ҡатнаша. Бөйөк Ватан һуғышы йылдарында яуҙа күрһәткән ҡыйыулығы һәм батырлығы өсөн меңдән ашыу курсант орден һәм миҙалдар менән бүләкләнә, ә генерал-майор Н. М. Михайлов, офицерҙар А. В. Рыжиков, П. И. Гоманков, С. Ф. Сабельников, П. Е. Брайко, Н. А. Беляков, В. А. Шигаев, Н. П. Титов, Н. А. Подорожный Советтар Союзы Геройы исеменә лайыҡ була. 1945 йылдың 24 июнендә училищеның личный составы Мәскәүҙә Ҡыҙыл майҙанда үткән Еңеү парадында ҡатнаша.