Хатшепсут тәхеттә ултырыуының егерме икенсе йылында үлеп китә. Уның үлеме тураһында төрлө фараздар йәшәп килә, әммә египтология өлкәһендәге иң һуңғы асыштар был фараздарҙы кире ҡаға. 2007 йылда Хатшепсуттыҡы тип билдәләнгән мумияны тикшереү һығымталары уйынса, ул илле йәштәр тирәһендә ҡан инфекцияһы арҡаһында үлгән булырға тейеш. Шулай уҡ ул артрит, теш ауырыуы һәм бәлки диабет менән ауырыған, тип раҫлай белгестәр.