XIII быуатта тәре йөрөтөүселәр, Эстарҙың ҡаршылығын баҫтырып, уларҙың ерҙәрен Ливон ордены ерҙәре составына индерә. Шул осорҙан алып немецтар бер нисә быуат буйына Эстонияла власть структураларында, мәҙәниәттә, иҡтисадта һәм башҡа өлкәләрҙә төп урындарҙы биләй. XVI быуатта Эстония Реформация дәүерен үтә, шул мәлдән алып уның территорияһында протестантизм төп дини конфессияға әйләнә. Шул уҡ быуатта Ливон һуғышы йомғаҡтары буйынса төньяҡ Эстония Швеция составына инә, тағы ла ярты быуаттан Швециға көньяҡ Эстония ла индерелә.