Рәсәйҙә Бородинға ваҡытлыса кәләше менән айырылышып торорға тура килә, кәләше әсәһе янында Мәскәүҙә ҡала, үҙе Петербургҡа бара, унда сит илгә командировкаһы тураһында отчетын тәҡдим итә һәм тиҙҙән Медицина-хирургия академияһының адъюнкт-профессор вазифаһын ала. Яңы вазифа йәш ғалимдың матди хәлен яҡшыртмай: эш хаҡы йылына 700 һум ғына тәшкил итә, ә госпиталдә ординатор булып иҫәпләнгәндә, йылына 900 һум алған була. Бынан тыш, Бородин Тәбиғи-тарих факультетының яңы йортондағы биҙәкләү эштәре тамамланып бөтмәгәнлектән, вәғәҙә ителгән ҡаҙна фатирын оҙаҡ ала алмай. Матди һәм көнкүреш хәленең яйға һалынмағанлығы туйҙы кисектереп торорға мәжбүр итә, тантана тик 1863 йылдың апрелендә генә үтә. Матди проблемалар ғаиләне ғүмер буйына йөҙәтә, шуға ла Бородинға күп эшләргә тура килә — ул Урман академияһында ла уҡыта, тәржемә менән дә шөғөлләнә.