Музейҙың эше 1941 йылдың көҙөндә, Калуга фашистар тарафынан оккупацияланғас, туҡтап тора. Йортта немец һалдаттары йәшәй. Ғалимдың туғандары һәм музей хеҙмәткәрҙәре иң ҡиммәтле экспонаттарҙың бер өлөшөн ҡотҡарып алып ҡалыуға ҡарамаҫтан, мемориаль әйберҙәрҙең, китаптарҙың, фотоларҙың юҡ ителеүе бик ҙур юғалтыу була. Калуга азат ителеү менән музейҙа ремонт-тергеҙеү эштәре башлана һәм тиҙҙән музей килеүселәрҙе ҡабул итә башлай.