Урыҫ-Коканд һуғыштары менән бер рәттән тиерлек Бохара әмирлегенә лә һөжүмдәр башлана. Быға Коканд һәм Бохара араһындағы терроториаль бәхәстәр булышлыҡ итә. 1860 йылда вафат булған әмир Насрулла Баһадирхандың улы Сәйет Мозаффарутдин Баһадирхан әмирлеге осоронда, Рәсәй буйһоноуынына тарып, Бохара әмирлеге тулыһынса үҙенең әһәмиәтен һәм үҙаллылығын юғалта. Мозаффар хан, атаһы һымаҡ, Коканд менән дошманлаша, Хоҙаяр хан фирҡәһе яҡлы була. Ошо хәл уны Рәсәй менән бәрелешкә илтә. Был ваҡытта инде Рәсәй империяһы Һырдаръяла, Кокандтың элекке ерҙәрендә ныҡлы позициялар һаҡлай, Төркөстан, Шымкент, Ташкент та уның ҡул аҫтында була.