1937 йылдың авгусында Пепеляев икенсе тапҡыр ҡулға алына һәм Новосибирскиға алып киленә, унда уға контрреволюцион ойошма төҙөү ғәйебе тағыла. 1938 йылдың 14 ғинуарында ул Новосибисрк өлкәһе буйынса НКВД тройкаһы тарафынан юғары язаға тарттырыла. Шул уҡ көндө Новосибисрк төрмәһендә атып үлтерелә. Төрмә ихатаһына ерләнә.