1774 йылдың ноябрь айында ихитилалдың төп ҡатнашыусылары, барыһы 85 кеше, Мәскәүгә генераль тикшереү үткәреү өсөн килтерелә. Пугачёвты Ҡытай-ҡаланың Ивер ҡапҡалары эргәһендәге Монетный двор бинаһында урынлаштыралар. Тикшереү менән Мәскәү генерал-губернаторы кенәз М. Н. Волконский һәм Сенаттың йәшерен экспедицияһының обер-секретары Степан Шешковский етәкселек итәләр. Һорауҙарҙа Е. И. Пугачёв туғандары, үҫмер сағы, Ете йыллыҡ һәм Төркиә менән һуғыштарҙа ҡатнашыуы, Рәсәй һәм Польша буйлап гиҙеүе, үҙенең пландары һәм уйҙары, ихтилал барышы тураһында ентекле яуаптар бирә. Тикшереүселәрҙе ихтилалдың инициаторҙары сит ил агенттары, йәки раскольниктар, йәки дворяндарҙан кемдер булыу-булмауы ҡыҙыҡһындыра. Екатерина II тикшереү барышына бик ҙур иғтибар бүлә. Мәскәү тикшереү материалдарында Екатерина Икенсенең М. Н. Волконскийға яҙған бер нисә ҡулхаты һаҡлана, уларҙа батшабикә нисегерәк тикшереүҙәрҙе алып барырға, ниндәй һорауҙар мөмкин тиклем тулы һәм деталле тикшереүҙе талап итеүе, ниндәй шаһиттарҙан өҫтәмә рәүештә һорауҙар алырға кәрәклеге тураһында теләктәрен белдерә. Пугачев Потемкин үткәргән һорауҙар барышында Семберҙә яза ғазаптары аҫтында үҙен һәм ихтилалға тиклемге сәйәхәттәре осорондағы бер нисә танышы өҫтөнән һөйләй, ниндәйҙер «раскольниктар заговорында» ҡатнаштыҡ тип һөйләй, әммә Мәскәүҙә һорауҙар һәм күҙмә-күҙ осрашыу ваҡытында бер ниндәй ҙә заговор булмауы һәм Пугачев әлеге күрһәтмәләрен артабанғы язалауҙарҙан ҡурҡып әйткәне асыҡлана. 5 декабрҙә М. Н. Волконский һәм П. С. Потёмкин тикшереүҙәр тамамланыуы тураһындағы ҡарарға ҡул ҡуялар, сөнки Пугачёв һәм башҡа тикшереү аҫтында булғандар үҙҙәренең күрһәтмәләренә башҡаса бер ниндәй ҙә яңылыҡ индерә алмайҙар һәм бер нисек тә үҙ ғәйебен арттыра йәки кәметә алмайҙар ине. Екатеринаға ебәрелгән донесениела улар быны танырға мәжбүр булалар:«…старались при сем производимом следствии изыскать начало предприятого зла сим извергом и его сообщниками или же… к тому злому предприятию наставниками. Но при всем том другого ничего не открылось, как-то, что во всем его злодействе первое начало своё взяло в Яицком войске».