2009 йылда академия ректораты һәм уның ойоштороусыһы ФНПР араһында конфликт килеп сыға. Рәсәй бойондороҡһоҙ профсоюздар федерацияһы, сәбәптәрен аңлатмайынса, академия ректоры Алексей Шулусты эшенән ҡыуып сығара, ректор вазифаһын башҡарыусы итеп, ғилми дәрәжәһе булмаған, ләкин ФНПР рәйесе урынбаҫары Т. Фролованың улы булған В. Малышев тәғәйенләнә.