1849 йылдың 10 февралдә,Страсбургҡа килеүенә  барлығы ике аҙна үткәндән һуң, Пастер университет ректоры Лоран Шарлдең  26 йәшлек ҡыҙы Мариға  өйләнә. П. Дебре раҫлауы буйынса, улар ике тапҡыр ғына осрашҡан була.. Луи Пастер ректорға  рәсми хатында, ғаиләләренең тулайым байлығы 50 000 франк тәшкил  итһә лә,  ул тик апаһы һәм һеңлеләренеке, ә Пастер үҙе «яҡшы һаулыҡ, изге күңел һәм университеттағы карьераһын» ғына тәҡдим итә алыуын яҙа. Шулай уҡ үҙенең физика буйынса диссертацияһына академиктарҙың һығымтаһын һалып, Парижда академик карьераһын үҫтереү ниәте тураһында хәбәр итә. Шуныһы иғтибарға лайыҡ, ректор исеменә хатта ҡыҙҙың исеме лә телгә алынмай,(ә ректорҙың ике ҡыҙы ла  был саҡта кейәүҙә булмаған була). Тиҙҙән Страсбург ҡалаһына Жан-Жозеф Пастер килә, ул Шарль Лоран менән һөйләшеүҙәр алып бара. Һөҙөмтәлә, эш иҫ киткес тиҙ хәл ителә: 29 майҙа Луи һәм Мари никахлаша. Баллы айҙы улар Баденда үткәрә. Луиза Роббинс фекере буйынса, Пастер ҡатынды һис бер хаталанмай һайлаған: Мари йорт һәм ғаилә тураһындағы хәстәрлекте тулыһынса үҙ өҫтөнә ала, шулай уҡ Пастерҙың секретаре һәм ышанслы хеҙмәт кешеһенә әйләнә. Пастер ҡыҙҙы, үҙенең һәр саҡ эш менән шөғөлләнәсәк икәнен алдан иҫкәртеп ҡуя (лабораторияһы йортта урынлашҡан була), әммә Шапюиҙың хаттарында бер йыл ярымдан һуң улар ғаиләлә төрлө үҙ-ара аңлашылмаусылыҡтың булыуы телгә алына. Мәҫәлән, бер мәл: Мари һәм Луи император Наполеон III менән осрашыуға барырға була — Пастер, атаһы кеүек үк, ажар бонапартист булған була — әммә ғалим «бер минутка» ғына лабораторияһына инеп китә һәм унан кисеп ашҡа ғына ҡайтып инә, быны реакцияны туҡтатырға ярамағанлыҡ менән ҡатынына аңлата. Пастерҙың ғаилә бурыстарынан фән менән шөғөлләнеүен һәр саҡ өҫтөн ҡуясағын Мари бик тиҙ аңлап ала. Страсбург ҡалаһында уларҙың өс балалары тыуа: 1850 йылда өлкән ҡыҙы Жанна, берҙән-бер улдары Жан-Батист 1851 йылда (суҡындырыусы атайы-крестный отец Био була) һәм Сесиль ҡыҙҙары 1853 йылда тыуа. Ғаиләгә аҡса етешмәй, бының сәбәптәренең береһе, моғайын, Пастерҙың эш хаҡы түбән булыуҙан тора. Экстраординар профессорға вазифаның ярты хаҡын ғына түләгәндәр, һәм шунлыҡтан Пастер, күңеленә ныҡ ятмаһа ла, төп эшенә ныҡ ҡамасаулаған өҫтәмә курстар уҡытырға мәжбүр булған. Ниһайәт, 1852 йылда ул ординар профессор дәрәжәһен ала һәм кисекмәҫтән дәрестәре теҙмәһен үҙенә ярағанса ҡора: аҙнаһына бары тик ике көн генә уҡыта, ә бөтә ҡалған ваҡытын лаборатор эксперименттарға арнай. Кистәрен Пастер балалары менән шөғөлләнә йәки уйнай, шулай ҙа Мари, Луи Жан-Батистың йүргәктәрен алмаштырырға ярҙам итмәй, тип атаһына яҙа.