Ислам институттарының эске тотороҡлоғона таянған Индонезияның аҫаба халҡы, Голландия Ост-Һиндостан компанияһына, ә һуңынан Голландияның колониаль хакимиәтенә ҙур ҡаршылыҡ күрһәткән. Иң оҙайлы конфликттар Суматрала Падри һуғышы, Бөйөк Ява һуғышы һәм 1873 йылдан 1908 йылға тиклем дауам иткән Ачех солтанлығында (Суматраның төньяҡ-көнбайыш өлөшө) утыҙ йыллыҡ ҡанлы һуғыш. Көнбайыш Папуа (Көнбайыш Яңы Гвинея) һәм эске тау районыда халыҡтары тик 1920-се йылдарҙа ғына буйһона. Голандтар өсөн XIX быуат уртаһына тиклем дауам иткән был һыуҙарҙағы көслө пиратлыҡ (малай, ҡытай, ғәрәп, европалы пираттары) мөһим проблема тыуҙырған.