2003-2004 йылдарҙа Көньяҡ  баш күтәреүселәр менән хөкүмәт  араһында тыныс һөйләшеүҙәр һиҙелерлек һөҙөмтә бирә, әммә ҡайһы бер көньяҡ райондарҙа ҡораллы бәрелештәр дауам итә. 2005 йылдың ғинуарында яҡтар Көньяҡ Судан автономия менән 6 йыл дауамында ҡуллана ала тип килешә,  шунан һуң ошо биләмәнең бойондороҡһоҙлоғо тураһында мәсьәлә референдумға сығарыла, ә нефть сығарыуҙан булған килемдәр был осор дауамында хөкүмәт һәм баш күтәреүселәр араһында тигеҙ бүленә. 2005 йылдың июль айында баш күтәреүселәрҙең элекке лидеры Джон Гаранг Судандың вице-президент вазифаһына инә. Парламентта һәм хөкүмәттә урындар Төньяҡ һәм Көньяҡ вәкилдәре араһында ла, етәксе партиялар, шулай уҡ оппозиция араһында ла бүленә.