Мәҙрәсәләр хәйриә аҡсаһына тотолоп, уҡыу бушлай булған. Уҡыу курсының дауамлығы 7—10 йыл тәшкил иткән. Уҡыу программаһына традицион дин ғилеме предметтары — Ҡөрьән тәфсире, хәҙистәр, Ислам тарихы, мосолман догматикаһы (ғәҡид) һәм этикаһы (әхлаҡ), фикһ (хоҡуҡ), логика (мантыйҡ), фәлсәфә (хикмәт), шулай уҡ арифметика, геометрия, ғәрәп, фарсы һәм төрки телдәре һәм башҡа дәрестәр ингән. Мәҙрәсәләрҙә традицион иҫке ысул менән уҡытылған. 1870-се йылдарҙан урыҫ теле уҡытылған класс эшләгән.