Академияны төҙөү идеяһы Йосип Юрай Штросмайер инициативаһы буйынса 1848 йылда барлыҡҡа килгән. 1866 йылдың 4 марттында Загребта Югославия академияһына нигеҙ һалына. 1945 йылдан алып 1990 йылға тиклем Хорвания академияһы Югославияның Фәндәр академияһының ҡушма өлөшө була. 1990 йылдан алып — Хорватия конститиуцияһы бойондороҡһоҙ ғилми учреждениеһы статусын нығыта.