Фелпс Балтиморҙан төньяҡтараҡ урынлашҡан Тоусон районында тыуып үҫә. Ғаиләлә өс баланың кинйәһе. Әсәһе Дебора Сью «Дебби» (ҡыҙ фамилияһы Дэвиссон) — урта мәктәп директоры. Атаһы Майкл Фред Фелпс мәктәптә американ футболы уйнаған. Фелпстың атаһы менән әсәһе 1994 йылда айырылыша, атаһы 2000 йылда икенсегә өйләнә. Фелпс Тоусон урта мәктәбен 2003 йылда тамамлай.