26 октябрҙә Пугачевты Семберҙән Мәскәүгә оҙаталар, конвойҙа бер нисә пушка менән пехота ротаһы була. 4 ноябрҙең иртәһендә Пугачевты конвой командаһы Мәскәүгә еткерә, уны Ҡытай-ҡаланың Воскресенский ҡапҡалары янындағы Аҡса һуғыу йорто (Монетный двор) бинаһының подвалына урынлаштыралар. Пугачев менән бергә тере ҡалған ихтилалда ҡатнашыусыларҙы һәм Пугачев алдағы һорауҙарҙа телгә алған кешеләрҙе алып барып еткерәләр. Тикшереү Сенат йәшерен экспедицияһының махсус тикшереү комиссияһы тарафынан алып барылды, уның составында Мәскәү губернаторы, генерал-аншеф кенәз М. Н. Волконский, Йәшерен экспедицияның обер-секретары И. Шешковский һәм генерал-майор П. С. Потемкин булалар. Императрица Екатерина II тикшереү барышы менән бик йәнле ҡыҙыҡһына, һорауҙарҙың йүнәлештәрен күрһәтә. Шулай уҡ уны төп ғәйепләнеүселәрҙең һаулығы ҡаҡшауы борсой, язалауға тиклем үлеп ҡуйыуҙарынан ҡурҡа: «Весьма неприятно бы было её величеству, если бы кто из важных преступников, а паче злодей Пугачёв от какого изнурения умер и избегнул тем заслуженного по злым своим делам наказания, тем более, что П. С. Потёмкин по приезде в Москву гораздо слабее его нашёл против того, каков он из Симбирска был отправлен».