1998 йылдың 29 авгусында Ф. Э. Дзержинский исемендәге ВВМИУ һәм В. И. Ленин исемендәге ВВМИУ берләштереү юлы менән Хәрби-диңгеҙ инженер институты ойошторола, 2009 йылда ул филиал булараҡ Хәрби-диңгеҙ флотының «Хәрби-диңгеҙ академияһы» берҙәм Хәрби уҡыу-ғилми үҙәге составына инә. 2001/2002 уҡыу йылы йомғаҡтары буйынса Хәрби-диңгеҙ инженер институты уҡыу-матди базаһы үҫеш темптары буйынса Хәрби-диңгеҙ флотының иң яҡшы уҡыу йорто булып таныла. 2001 йылда уйлап табыу һәм рационализаторлыҡ эштәрен ойошторған өсөн Рәсәй Федерацияһы Оборона министрының грамотаһы менән бүләкләнә, ә 2002 йыл йомғаҡтары буйынса, фәнни һәм фәнни-педагогик кадрҙарҙы әҙерләү һәм фәнни потенциалы буйынса Хәрби-диңгеҙ флотының иң яҡшы уҡыу йорто булып таныла.