1863 йылдың мартында Пастер мәктәп бинаһынан рөхсәтһеҙ сыҡҡан ике студентты мәктәптән ҡыуа. Был ҡарарын Пастер үҙен һанға һуҡмауҙары менән аңлата. Һөҙөмтәлә студенттарҙың дүрттән өс өлөшө Пастерҙы отставкаға ебәреү тураһындағы петицияға ҡул ҡуя, әммә халыҡ мәғарифы министрлығы ҡыҫылыу арҡаһында мәктәптә кәрәкле тәртип булдырыла, тыныслыҡ тергеҙелә, ҡыуылған студенттар кире ҡайтарыла, ә ҡалғандары ҡәтғи киҫәтелә. Артабан Пастер һәм властар араһындағы мөнәсәбәттәр боҙола бара. 1867 йылдың июнь айында студенттарҙың береһе сенатор Сент-Бевтың азатлыҡ тураһындағы телмәрен яҡлап асыҡ хат яҙа, был хат матбуғатта баҫылып сыға. Был Эколь Нормаль мәктәбендәге студенттарҙың теләһә ниндәй сәйәси эшмәкәрлеген тыйыуҙы боҙа; бынан тыш, хат авторы күптән түгел генә  Наполеон III-кә һөжүм итеү тураһында иронияһын йәшермәй яҙған була. Был студентты мәктәптән сығарғандан һуң,   башҡа студенттар бунт күтәрә, уларҙы гуманитарийҙар етәкләй. Студенттарманифестация ойоштороп, урамдар буйында баштарына кәстрүл кейеп йөрөй. Һөҙөмтәлә Пастер министрлыҡ етәкселәре һәм студенттар араһында ризаһыҙлыҡ тыуҙыра, үҙе мәктәп ябылырға тейеш тип белдерә һәм үҙе отставкаға китергә ғариза бирә. Ысынлап та, Эколь Нормаль мәктәбе 1867 йылдың октябренә тиклем ябыҡ була, ә мәктәптең өс етәксеһе, улар иҫәбендә Пастер ҙа, алмаштырыла. Тәүҙә Пастерға юғары белем генераль инспекторы вазифаһын тәҡдим итәләр (ә ул үҙенең кандидатураһын төшөрә), артабан уға, Сорбоннала химия профессоры һәм Эколь Нормалдә, фатирын һәм лабораторияһын һаҡлап,    вазифаһында урын бирелә. 1867 йылдың сентябрендә Пастер император Наполеон III -кә һәм халыҡ мәғарифы министрына хат менән мөрәжәғәт итә: ул Сорбонналағы вазифа менән ризалаша, әммә Эколь Нормалдә ҡалыуҙан баш тарта. Быға алмашҡа ул Нормаль мәктәбендә үҙ тикшеренеүҙәрен алып барыу өсөн заманса йыһазландырылғанфизиологик химия лабораторияһын төҙөүҙе талап итә , быны « Франция башҡа дәғүәсе илдәрҙән ғилми өҫтөнлөгөн һаҡларға тейеш» тип аңлата. 1868 йылдың авгусында лаборатория төҙөүгә Император һарайы министрлығы һәм Халыҡ мәғариф министрлығы 60 000 франк бүлә. Әммә Франция-Пруссия һуғышы һәм Париж коммунаһы арҡаһында эштәр тамамланмай ҡала.