Гидроним нигеҙендә эвен ырыу атамаһы ята: индигир — «инди ырыуы кешеләре» (-гир эвен телендә күплек суффиксы). XVII быуат урыҫ документтарында Индигерь, Индигирь, шулай уҡ Көнбайыш Колыма тип аталған.