Университетҡа РСФСР Министрҙар Советының 1954 йылдың 7 авгусындағы 8651-р ҡарары буйынса Алтай дәүләт медицина институты (АГМИ) булараҡ нигеҙ һалына. Әммә, институттың тыуған көнө тип 1954 йылдың 1 октябре, дауалау факультетының (ул ваҡытта был берҙән-бер) тәүге 250 студенты уҡый башлаған көн ҡабул ителгән. 1960 йылда табиптарҙың тәүге сығарылышы була. 1978 йылда институтҡа Ленин комсомолы исеме бирелә. 1994 йылда институт университет статусы ала.