Гимназия республиканың элекке интернатлы уҡыу йорттарының береһе. Ул 2-се интернат-мәктәп була. Ул 1959 йылда асыла. 1962 йылда уҡыу йорто Ер шары тирәләй беренсе осоусы-йыһангиҙәр Ю. А. Гагарин исемен ала. 1993 йылдың 22 июлендә Башҡортостан Республикаһы Мәғариф министрлығы коллегияһы ҡарары менән Күмертау ҡалаһы 2-се интернат-мәктәп, эксперимент рәүешендә интернат-мәктәп-гимназия тип үҙгәртеп ҡорола. 1996 йылда Күмертау ҡалаһы 2-се интернат-мәктәп-гимназия 3-сө Республика Башҡорт интернат-гимназияһына әүерелә. Уҡыу йортонда Башҡортостан Республикаһы һәм Ырымбур өлкәһе төбәктәре балалары белем алырға тейеш була.