Башҡортостандағы фәнни мәктәптәр —   Башҡортостан Республикаһындағы үҙ фәнни системаһы һәм фәндең көнүҙәк мәсьәләләренә үҙ ҡарашы булған ғилми берләшмәләр. Башҡортостан Республикаһының фәнни мәктәптәре барлыҡҡа килеүҙә республиканың күренекле ғалимдары ғына түгел, ә республикаға фәндең төрлө өлкәһенән белгестәрҙе йәлеп иткән (А. Ф. Леонтьев, В. В. Напалков, В. П. Громов, Ю. Н. Фролов һ.б.) дәүләт тә ҡатнаша.