1854 йылдың 2 декабрендә Пастер Лилль институтында декан урынын биләй. Был вазифаға тәғәйенләнеүҙе Пастер ҙур теләк менән ҡабул итә. Лилль был ваҡытта эре етештереү үҙәге була, ә 1854 йылдың 22 авгусында «ғәмәли фәндәр өлкәһендә» теория менән практиканы берләштереү маҡсатында император указы менән тәбиғи фәндәр факультеты асыла. Вазифа ғалимдың көнкүрешен дә яҡшырта:декандың эш хаҡы Страсбургтағы эше хаҡынан байтаҡ юғары була. Био кәңәшен тотоп, Пастер тере организмдарҙың химик төҙөлөшөн үҙгәртеү буйынса эксперименттары менән шөғөлләнеүҙе ташлай. 1855 йыл Фәндәр академияһында бер урын буш ҡала, Ж.-Б Био уны Луи Пастер бирергә тәҡдим итә. Был эш ҙур әүҙемлек талап итә Пастерҙан: ул конкурста ҡатнашыу өсөн формаль заявка бирә, баҫылған хеҙмәттәренең исемлеген төҙөй һәм, бер нисә аҙнаға Парижда ҡалып,уның кандидатураһы өсөн тауыш бирәсәк потенциаль коллегаларына визит яһай. Һайлауҙа ул еңеп сыға һәм ҡатыны Мариға «ысынлап та иң яҡшы ғалимдар минең өсөн тауыш бирҙеләр» тип яҙа [35].