Измаил Нуғайбәков 1896 йылдың 20 сентябрендә Шадринск ҡалаһында (хәҙерге Ҡурған өлкәһе) башҡорт дворян ғаиләһендә тыуған.. Армиянан суд буйынса бушатылған штабс-капитан Нуғайбәков Әхмәтмөхтәр Шаһингәрәй улының (1854—?) улы. 1899 йылда коллеж асессор Нуғайбәков Әхмәтмөхтәр Шаһингәрәй улы Тобольск округы полиция идаралығының исправнигы булды . Ә.Ш.Нуғайбәковтың ғаиләһендә ундан артыҡ кеше булған.