Пастерҙың уңышы йәмғиәттәҙур ажиотаж тыуҙыра, ә Фәндәр академияһы президенты ғалимдың асышын асыҡтан-асыҡ — «медицинала ҡылынған бөйөк асыштарҙың береһе» ти. Пастерҙың д’Юльм урамындағы лаборатоияһы вакцина фабрикаһына һәм «прививка конвейерына» әйләнә. Һәр көн иртәнге сәғәт 11-ҙән алып доктор Граншеға ҡаралыу өсөн сират теҙелә; ваҡыт үтеү менән пациенттарҙы өс табип ҡабул итә башлай. Уңышлы вакцина тураһында хәбәр таралғандың тәүге айында лабораторияла 68 кеше вакцина ала. Бер йылдан 18 илдән был күрһәткес 2490 кешегә етә. Вакцинаның уңышһыҙлыҡҡа осраған сағы ла була:Смоленск губернаһынан ҡоторған эттән таланған 19 урыҫ крәҫтиәненең өсәүһе вафат була[Прим. 10]; бесәй талаған бер инглиз шулай уҡ вафат була (ул, эсеп йөрөгәнлектән прививкаларҙы ваҡытында яһатмаған була); Пастер үҙе барыһынан да күберәк вакцина яһауҙан бер ай алда башы ныҡ тешләнгән 10 йәшлек Луиза Пеллетиеның үлемен ныҡ ауыр кисерә. Бынан һуң Луи Пастер ауыр осраҡтарҙа — кешенең бите йәки  башы тешләнгәндә — уларҙы интенсив дауаларға кәрәк, шуға күрә вакциналарҙы көнөнә бер тапҡыр түгел, ә ике йәки өс тапҡыр яһарға һәм иммунлаштырыуҙы ҡабатларға кәрәк, ти. Әммә Ру һәм Гранш уға был ысулдың күп дәрәжәлә хәүефле икәнен әйтәләр. Асылда, кешеләрҙе күпләп иммунлаштырыу 1885 йылда бары тик эксперименталь булып, тикшереү ысулдары һәм алымдары төрләнешендә төрлө хаталар яһала, шуға күрә күп ғалимдар Пастерҙы ныҡ тәнҡитләй. 1886 йылдың майында Рәсәйҙең Санкт-Петербург өйәҙенең земство управаһынан рус табиы Леонид Иванович Воинов (1853-1905) Пастерға иммунлаштырыуҙы өйрәнергә килә; ул үҙе менән ҡоторған эттәрҙән таланған ете крәҫтиән балаһын алып килә. 1886 йылдың октябрь айында Луи Пастер Франция һәм Алжирҙың 1700 кешеһенә вакцина яһалып, шуларҙың 10 кешеһе вафат була, был ярты процент тәшкил итә, тип отчет бирә. Статистика күрһәтеүенсә, ҡотороу менән сирле алты  кешенең береһе үлһә, 200-ҙән ашыу кеше хәтәр үлемдән ҡотҡарылған була. Скептиктар, йәнәһе Францияла ҡотороу менән зарарланыусылар һаны шул тиклем кеше тәшкил итмәгән, тип раҫлай, (йылына был сирҙән уртаса 30- 45 кеше вафат булған), тимәк, Пастер иммунлаған кешеләрҙең күпселеге ҡоторған хауандарҙан таланмаған, тип һанайҙар. Бойондороҡһоҙ Британияла вакцинациялау һөҙөмтәләрен баһалаусы комитеты ойошторола һәм Пастерҙың методтары әффектлы тип табыла, шулай ҙа был комитет кешеләргә вакцина яһау урынына йортһоҙ хайуандарҙың иҫәбен алырға һәм уларға вакцина яһарға кәрәк тигән һығымтаға килә. Франция тәнҡитселәре йыш ҡына Пастерҙың профилле медицина белеме булмауына бәйләнәләр, шулай уҡ вакцина менән зарарланыу мөмкинлеге тураһында яҙып сығалар. Төп тәнҡитсе — француз Мишель Петер — Мари Пастерҙың алыҫ туғаны. Һөҙөмтәлә, бәхәстәрҙән ситләшеү маҡсатында бөтә вәкәләттәрен Вюльпиан, Ру һәм Граншеға тапшыра, ә үҙе ғаиләһе менән Италияла 1886-1887 йылдың ҡышынүткәрергә китә. Эмиль Ру, вирустың тикшерелмәгән өр-яңы культураларын вакциналауҙа ҡулланыу хәүефле, тигән һөҙөмтәгә килә. Артабан иммунлаштырыуҙа бары тик көсһөҙләндерелгән вирустан яһалған вакцина формаһын ғына ҡуллана башлайҙар.Пастерға, драматик һынауҙарҙан һуң, Парижға ҡайтырға тура киә: 1887 йылда Пастерҙың ҡатыны, ҡыҙы Мари-Луиза, кейәүе Рене Валлери-Радо һәм ейәндәре Камилла һәм Луи йәшәгән урыны ер тетрәү зонаһында ҡала; уларҙың береһе лә зыян күрмәй, тик бында ҡалыу мөмкин булмай. Парижда ғалимды нисек кенә тәнҡитләмәһендәр, уның даны күтәрелегә бер ниндәй ҙә үҙгәрештәр ҡамасаулай алмай, ул тере сағында уҡ асыштары менән «үҙ-үҙенә һәйкәл» була. Урындағы матбуғатта уның фамилияһын Пастерҙан пастор тип үҙгәртеп «Le Pasteur Бон» — тип йөрөтә башлайҙар. Ҡотороуға ҡаршы иммунизация етәксеһе Вюльпиан Медицина академияһының бер ултырышында Пастер институтын — микро донъяны тикшереү, вакциналар һәм иммунлаштырыу ысулдарын  эшләү өсөн махсуслаштырылған фәнни-тикшеренеү  учреждениеһын асыуҙы тәҡдим итә. 1887 йылда Франция фәндәр академияһы Пастерҙы академияның секретары итеп һайлай, әммә сәләмәтлек торошо буйынса киләһе йылдың ғинуарында ул үҙ вәкәләттәренән  азат була (1888 йылда).