Боготаның күпселек диндар халҡы Рим-католик сиркәүенә ҡарай. Ҡалала бер нисә протестант сиркәүе бар, улар үҙ сафтарына яңы ағзалар йәлеп итеү буйынса әүҙем эш алып бара. Билдәле булыуынса, һуңғы йылдарҙа протестант вәкилдәре бер нисә тапҡыр католик руханиҙар менән низағҡа инә. 2013 йылда ҡаланың төньяҡ өлөшөндә ҙур мәсет төҙөлөшө дауам итә. Бер нисә христиан сиркәүе һәм синагогалары бар.