1990-сы йылдарҙа университет структураһы үҙгәрә — иң ҙур факультеттар институттар итеп үҙгәртелә, шулай уҡ ғилми-тикшеренеү институттары асыла. 2000 йылда Мордовия университеты филиалдары ике ҙур (Саранскиҙан тыш) Мордовия ҡалаһында — Ковылкинола һәм Рузаевкала асыла.