2014 йылдың 29 авгусында Хаби Алонсо 10 миллион евроға «Бавария»ға күсә. Контракт 2 йылға төҙөлә. Яңы клубта Алонсо «3» номерлы футболка ала. 30 августа ул мюнхендар өсөн «Шальк 04» командаһына ҡаршы уйнай. 2014 йылдың 18 октябрендә «Бавария» өсөн тәүге Голдарн индерә — «Вердер» ҡапҡаһын штрафһыҙатынан ала. 2015 йылдың йәйендә, Клаудио Писарро киткәс, номерын «3»-тән «14»-кә алмаштыра․ 2017 йылдың йәйендә карьераһын тамамлай һәм тренер булырға теләге барлығын белдерә.