1882 йыл музейға нигеҙ һалынған йыл тип һанала, был ваҡытта Рәсәйҙең Геология комитеты нигеҙләнгән була һәм уны Рәсәй геологы һәм палеонтологы Ф. Н. Чернышев етәкләй. 1914 йылда Геология комитеты өсөн архитектор А. А. Полещук башҡарған проект буйынса яңы бина төҙөлә, уның бер ҡаты музейға махсус бирелә. Ләкин музей киң тамашасы өсөн бары тик 1930 йылда ғына асыла.