1798 йылда Наполеон Бонапарттың флоты Мысырға барышлай Мальтаға туҡтала. Наполеон эсәр һыу запасын тулыландырыу өсөн хәүефһеҙ бухтаға индереүҙәрен һорай. Рыцарҙар һыу биреүҙән баш тартҡас, Наполеон утрауҙарға дивизияһын ебәрә, шулай итеп, Мальтаның баш ҡалаһы Валетта баҫып алына. Бөйөк Магистр баш һала, ә Наполеон ғәскәре менән бер нисә көнгә утрауҙа ҡала һәм ордендың бөтә байлығын талай. Наполеон, үҙ наместнигын һәм гарнизонын ҡалдырып, Мальтала административ контроль урынлаштыра, ә үҙе Мысырға юллана. Бынан тыш Наполеон утрауҙа, революциянан һуң Францияла барлыҡҡа килгән власть органына оҡшаш либераль хоҡуҡи система урынлаштыра; ул архаик феодаль хоҡуҡи системаны алмаштыра һәм ошоғаса утрауҙа ҡулланыла. Наполеон утрауҙа тотолған 2000 мосолман ҡолон азат итә.