1848 йылғы февраль революцияһы башта Луи Пастерға ҡағылмай. Әммә апрелдә ул  Арбуаға Милли гвардия сафына инеүе һәм хатта үҙенең булған бөтә аҡсаһын — 150 франкты — Республика фондына биреүе тураһында яҙа. 1848 йылдың майы аҙағында Пастерҙың әсәһе мейегә ҡан һауыуҙан  кинәт вафат була, һәм атаһы, әсәң, һинең яҙмышың өсөн борсолоп, бик тиҙ генә үлеп китте, тип улын төрлөсә битәрләй. Жан-Жозефтың ҡулында өс ҡыҙы тороп ҡала, өҫтәүенә, уларҙың береһе церебраль фалиж менән яфаланған була. Луи Пастер өсөн йорт һәм ғаилә һәр ваҡыт тәүге урында тора, шуға күрә ул кисекмәҫтән Халыҡ мәғарифы министрлығына  вазифаһына йортона яҡын урында эшкә тәғәйенләү тураһында үтенес яҙа. 1848 йылдың 16 сентябрендә ул Дижон лицейына физика профессоры итеп тәғәйенләнә. Шул йылдың ноябренә тиклем оптик активлыҡты һәм шарап менән рацемик кислотаның ассимтрияһын тикшереү өсөн Парижда ҡалып тора. Пастерға лицейҙағы эшен башҡарыр өсөн Дижонға ҡайтырға тура килә, дуҫы Шарль Шапюиға яҙған хатынан күренеүенсә, бындағы эш уға оҡшамай, беренсенән, лицейҙағы дәрестәргә әҙерләнер өсөн бик күп ваҡытын сарыф итә, икенсенән, уның класында 80 уҡыусы була, уларҙың иғтибарын һәм тәртипте тотоу өсөн, уға  лаборатор практикалар уйлап табырға тура килә. . Бер нисә аҙна лицейҙа эшләгәндән һуң, 1848 йылдың декабрендә, Пастер Страсбург университетының химия профессоры дәрәжәһенә лайыҡ булыуын белә.