Һарытау дәүләт университеты структураһында 15 факультет (биология, география, геология, социология, механика-математика, сит ил телдәре һәм лингводидактика, мәғлүмәт технологиялары һәм компьютер фәндәре, нано- һәм биомедицина технологиялары, һыҙыҡһыҙ процестар, психология, психологик-педагогик һәм махсус белем, физик, фәлсәфә, иҡтисад, юридик), 6 белем биреү институты (Тарих һәм халыҡ-ара мөнәсәбәттәр институты, өҫтәмә һөнәри белем биреү, сәнғәт, физик культура һәм спорт, химия, Филология һәм журналистика институты.