1261 йылда Латин империяһы ҡолағандан һуң собор яңынан православие сиркәүенә әйләнә[9]. XIV быуатта сираттағы ер тетрәүҙән һуң көмбәҙ тағы емерелә һәм әлегеһе төҙөлә[8]. Ул осорҙа собор лампадарийы булып сиркәү композиторы Иоанн Кладас хеҙмәт итә.