Патоген (грекча «патос»— ауырыу һәм «генезис»— килеп сығыу, тыуыу) бактериялар айырыуса ҡурҡыныслы. Улар кешелә һәм хайуандарҙа үпкә ялҡынһыныуы, туберкулез, аппендицит, сальмонеллёз, чума, ваба кеүек  ауырыуҙар килтереп сығара. Бактериялар үҫемлектәрҙе лә зарарлай.