Шул ваҡытта иммунитет барлыҡҡа килтереү өсөн бер генә сирҙән - сәсәксиренән — ауырыуҙың көсһөҙләнгән формаһы ҡулланылҡған. Был алымдың исеме «вакцинация» тип атала, латинса һыйыр исеме —  һүҙенән алынған Иммунизациялауҙың төрлө формалары өсөн дә Пастер ошо һүҙҙе  ҡуллана. Ғалим бер үк ваҡытта эксперименталь ысул проблемалары өҫтөндә эшләй. Мәҫәлән, ул тауыҡтарҙың себер язваһы менән ауырымағанын билдәләй, сөнки уларҙың тән температураһы себер язваһы бациллаларының үҫеше өсөн оптималь температуранан юғары, ти. Ул тауыҡтарға себер язваһын йоҡторорға тырыша һәм тауыҡтарҙы бары тик һыуыҡ һыуҙа тотҡандан һуң ғына уларға себер язваһы йоға. Әммә уларҙың тән температураһын  тиклем күтәреп тауыҡтарҙы һауыҡтырыуға өлгәшә. Был тәжрибәләр барышында Пастер микробиологияла экологик ысулды ҡуллана, сөнки, мөхит составы  һәм тормош шарттаы араһында тура бәйләнеш барлығын аңлай.