1542 йылда һаулығы ныҡ ҡаҡшай, уң яҡ кәүҙәһен паралич ала. Коперник 1542 йылдың 24 майында 70 йәшендә инсульттан вафат була. Биографияһын өйрәнеүсе ҡайһы берәүҙәр ул үҙенең әҫәре менән танышҡан тиһә, икенселәре, Коперник ул ваҡытта комала ятҡан тип әйтә.