Литва яҙыусыһы Винцас Креве Академияның беренсе президенты була. Һуңыраҡ был етәксе вазифаны Миколас Биржишка, Владас Юргутис, Юозас Матулис, Юрас Пожела һәм Бенедиктас Юодока атҡара. 2003 йылдың 9 сентябренәне Фәндәр академияһына Зенонас Рокус Рудзикас етәкселек итә. 2009 йылдың 21 апрелендә Литва Фәндәр академияһының дөйөм йыйылышында күпселек тауыш йыйып (87 «ыңғай», 30 «ҡаршы», 119 бюллетендең икеһе ғәмәлгә яраҡһыҙ тип таныла) һөнәре буйынса биохимик булған академик Вальдемарас Разумас яңы президент итеп һайлана. 2017 йылдың 24 октябрендә Академия ағзаларының дөйөм йыйылышында дүрт йыллыҡ мөҙҙәткә Фәндәр академияһының мөхбир ағзаһы, физик Юрас Банис президент итеп һайлана, ул 2012—2015 йылдарҙа ул Вильнюс университетының ректоры вазифаһын башҡара.