2005 йылдың 1 декабрендә РФ Хөкүмәте ҡарары менән университет төбәк-тармаҡ университет комплексы итеп үҙгәртелә. Юғары уҡыу йорто төбәктә үҙ структураһында Красноярск Чита һәм тимер юл транспорты техникумдары, Улан-Удэ тимер юл транспорты көллиәтен һәм Иркутск тимер юл транспорты медицина көллиәтен берләштереп, берҙән-бер университет комплексы булып ҡала.