1773—1775 йылғы Крәҫтиәндәр һуғышы башланғас, Потемкин һәм Никита Иванович Паниндар тырышлығы арҡаһында (Бибиковтың вафатынан һуң) Панин яңынан хәрби майҙанға ҡайтарыла. Батшабикә уны бөтә Пугачевҡа ҡаршы һәм Ҡаҙан, Ырымбур һәм Түбәнге Новгород губерналары өҫтөнән ғәскәрҙәр етәксеһе итеп тәғәйенләй. Баш күтәреүселәр араһында Панин «императорҙың» тәрбиәсеһенең ҡустыһы булараҡ «батшаны икмәк-тоҙ менән ҡаршы алырға» тигән имеш-мимештәр тарала. Паниндың тәғәйенләнеүенән һуң Пугачевтың армияһы ҡыйратыла, ә Пугачев ҡулға алына. Панин айырыуса бөлгөнлөккә төшкән губернияларҙың тергеҙелеүенә, аслыҡты булдырмауға һәм урындағы администрацияның эшлекһеҙлегенә, ришүәтселегенә иғтибарын йүнәлтә.