1912 йылда Пепеляев Гавронская Нина Ивановнаға (1893—1979) өйләнә, ул Верхнеудинск ҡалаһынан була. Никахта ике ул тыуа: Всеволод, 1913 йылдан 1946 йылға тиклем харбинда йәшәй, 1946—1947 йылдарҙа РККА Байкал аръяғы Хәрби округының хәрби разведкаһы хеҙмәткәре; икенсе улы — Лавр (1922—1991), эмигрант бюроһы хеҙмәткәре, япон хәрби миссияһы курсын тамамлай, репресиялана. Ташкентта вафат була.