1918 йылдың март айында Б. М. Шапошников демобилизациялана һәм 2 айҙан һуң үҙ ирке менән Ҡыҙыл армия сафына баҫа. 22 майҙан Юғары хәрби советтың Оператив идаралығының начальник ярҙамсыһы була. 1918 йылдың 7 сентябренән алып октябрь аҙағына тиклем — РВСР Штабының разведбүлек етәксеһе. 30 сентябрҙән алып — РККА-ның Юғары хәрби инспекцияһының хәрби бүлегендә хеҙмәт итә. 1919 йылдың 4 мартынан алып — Украина ССР-ның Наркомвоенмор штаб начальнигының беренсе ярҙамсыһы. 1919 йылдың 15 авгусынан — разведка бүлеге начальнигы, 12 октябрҙән — Республика Реввоенсоветының Оператив идаралығы начальнигы.