Пятигорск ҡалаһында ял ваҡытында вафат була. М. Я. Выгодскийҙың көлө Мәскәүҙәге Новодевичье зыяратында, математиктың уҡыусыһы А. В. Бочарникованың туғаны А. И. Казаков участкаһында ерләнгән. Һәйкәлдә Марк Яковлевич йыш ҡабатлаған һүҙҙәр яҙылған: «Минең уҡыусыларымдың уйлаған нәмәһе тураһында уйламаҫҡа булдыра алмайым».