Монастырь күп тапҡыр бөлгөнлөккә дусар ителгән. Крәҫтиән һуғышы осоронда, 1525 йылда монастырь яндырылған, ә монастырь башлығына һәм общинаға ҡасып китергә тура килгән. Икенсе маркграф һуғышы аҙағында, 1554 йылда, күптән түгел тергеҙелә башлаған монастырь яңынан талауға дусар ителгән. 1583 йылда монастырь китапханаһы янған — артабанғы биш йылда ул яңынан тергеҙелгән. Утыҙ йыллыҡ һуғыш осоронда монастырь емерелгән, һәм уның Вюрцбургта йәшертелгән хазинаһы швед ғәскәрҙәре ҡулына эләккән дә Стокгольмға оҙатылған. Секуляризация барышында, 1803 йылда, Эбрах аббатлығы бөтөрөлгән: был ваҡытта монастырҙа 51 монах һәм ағаһы 10 ябай донъяуи ағай-эне йәшәгән, ә Ойген Монтаг (1741—1811) өлкән рухани булған. 1851 йылдан башлап монастырҙың башҡа төҙөлмәләрендә Эбрах төрмәһенең хакимиәте урынлашҡан.