Рус-япон һуғышы ваҡытында институт Верхнеудинск ҡалаһына күсерелә. Верхнеудинскиҙа дәрестәр 1905 йылдың 4 февралендә башлана. 15 февралдә (яңы стиль буйынса) Шәрҡиәт институты студенттары резолюция төҙөгән. 1905 йылдың 6 мартында институт студенттарына Шәрҡиәт институтында дәрестәрҙе туҡтатыу тураһында Амур буйы генерал-губернаторы вазифаһын башҡарған генерал М. С. Андреевтан килгән телеграммаһы иғлан ителә: 1) Шәрҡиәт институтында дәрестәр һәм лекциялар уҡыу туҡтатыла, 2) бөтә студенттар һәм ирекле тыңлаусылар профессорҙар тарафына әҙәпһеҙ һәм мыҫҡыллы резолюция тапшырған өсөн институттан ҡыуып сығарыла, 3) ирекле тыңлаусы-офицерҙар уҡыуҙан сығарылып, үҙҙәренең ғәскәрҙәренә ебәрелә