Черногорияла төрлө йүнәлештәрҙә ағыусы ике төп йылға системаһына бар. Пива, Тара (144 саҡрым), Чеотина (125 саҡрым) һәм Лим (123 саҡрым) йылғалары төньяҡ-көнбайышҡа аға һәм Дрина йылғаһы ҡушылдыҡтары (Дунай бассейны) булып тора. Илдең көньяҡ йылғалары Адриатик диңгеҙ бассейнына ҡарай. Уларҙың иң ҙурҙары — Морача (99 саҡрым) һәм уның ҡушылдығы Зета (65 саҡрым) (Скадарь күле бассейны). Скадарь күленән сыҡҡан Бояна йылғаһы элек Черногорияның берҙән-бер суднолар йөрөрлөк була, әммә әлеге мәлдә суднолар йөрөй алмай. Черногорияның өс йылғаһы (Морача, Зета һәм Пива) тулыһынса ил биләмәһе буйлап аға.