Төп, фәнни-ярҙамсы һәм архив фондтары 4552 һаҡлау берәмеген тәшкил итә, шул иҫәптән һирәк китаптар һәм документтар коллекциялары (П. Г. Сабодащуктың «Башҡорт нефте инешендә» яҙмаһы), тәбиғи-фәнни (тау тоҡомдары өлгөләре, мамонттың тештәре һәм һуғары һ.б.), этнографик (кейем-һалым, таҫтамалдар, өй кәрәк-яраҡтары); һынлы (И. М. Павлов эштәре, К. Ғ. Ғөбәйҙүллиндың һәм Р. Р. Ҡадировтың «Юрматы Ере» полиптихы) әҫәрҙәре һәм декоратив-ғәмәли сәнғәте (балаҫ һуғыу станогы, ағас һәм туҙҙан эшләнгән кәрәк-яраҡтар, сигеү һ.б.), техника тарихы әйберҙәре (текст баҫыу машинкаһы, Бөйөк Ватан һуғышы осоро орудиелар гильзалары һ.б.) экспонаттар. Ишембай тарихи-тыуған яҡты өйрәнеү музейында архивында Ишембай ҡалаһы хакимиәте, предприятиелар һәм ойошмалар, йәмғиәт берекмәләре Марксизм-ленинизм университеты Ишембай филиалы, уның музейы, шәхси делолары фондтары тупланған. Музей архивында 1000 ашыу һаҡлау берәмәге, шул иҫәптән, А. А. Блохин, Р. А. Бучацкий, М. С. Платоновтың, Советтар Союзы Геройҙары, Социалистик хеҙмәт Геройҙары шәхси делолары һ.б. һаҡлана.