Фердинанд Кастилия короле Филипп I һәм Хуана Кастильскаяның дүртенсе балаһы була. Фердинанд II Арагонский һәм Изабелла Кастильскаяның әсәһе яғынан һәм Максимилиан I менән Мария Бургундскаяның атаһы яғынан ейәне була. Уның өлкән ағаһы — император Карл V/