2001 йыл йылдың 20 июнендә Мөшәррәф Пакистандың президенты була, ул был урында Рафиҡ Тарарҙы алмаштыра.  Бының менән бергә Мөшәррәф башҡарма властың һәм ҡораллы көстәрҙең башлығы вазифаһын һаҡлап ҡала.  2002 йылдың Мөшәррәф яңы парламент һайлауҙары  үткәрергә вәғәҙә итә, парламенттан һуң ул  биш йыллыҡ осорға уны президент итеп һайлауҙарына  үтенес менән мөрәжәғәт итергә уйлай. Мөшәррәфте Пакистан президенты тип иғлан итеү Пакистан халыҡ партияһы лидеры Беназир Бхуттоның протесын тыуҙыра, ул генералды конституцияны боҙоуҙа ғәйепләй.