Университеттың тарихы 1906 йылда  башлана. Шул ваҡытта Мәскәү ҡатын-ҡыҙҙар  юғары курстарында  медицина факультеты ойошторола.  Аҙаҡ курстарҙы   Икенсе Мәскәү дәүләт университеты   тип үҙгәртәләр, унан 1930 йылда үҙаллы  2-се Мәскәү дәүләт медицина институтын айырылып сыға, ул 1946 йылдан  1956 йылда тиклем И.В. Сталин исемен йөрөтә.   1956 йылда юғары уҡыу йортоатаҡлы рус хирургы һәм  анатомы Пирогов Николай Иванович (1810—1881) исемен ала.  1966 йылдың  28 ноябрендә СССР  Юғары Советы Президиумы Указы менән  60 йыллығы бәйле  Ленин ордены менән бүләкләнә. Шунан  һуң   2 -се Мәскәү Ленин орденлы Пирогов исемендәге  дәүләт медицина институты кеүек билдәле була.