БМО-ның Секретариатының структураһы ошолай: : БМО-ның Генераль секретары Канцелярияһы БМО-ның Эске күҙәтеү хеҙмәттәре идаралығы БМО-ның хоҡуҡи мәсьәләләр буйынса идаралығы БМО-ның Сәйәси мәсьәләләр буйынса департаменты БМО-ның Ҡоралһыҙлаыу мәсьәләләре буйынса идаралығы БМО-ның Именлек һаҡлау операциялары буйынса департаменты БМО-ның Операцияларға идара итеү департаменты БМО-ның Законлылыҡ һәм хәүефһеҙлек тәьмин итеүсе органдар эштәре буйынса идаралығы БМО-ның Хәрби хәрәкәттә ярҙамы департаменты БМО-ның Гуманитар мәсьәләләргә йүнәлеш биреү буйынса идаралығы БМО-ның Иҡтисади һәм социаль мәсьәләләр буйынса департаменты БМО-ның Генераль Ассамблея һәм конференцион идаралыҡ эштәре буйынса департаменты БМО-ның Йәмәғәт мәғлүмәте департаменты БМО-ның Идаралыҡ мәсьәләләре буйынса департаменты БМО-ның Йыһан киңлеге мәсьәләләре буйынса идаралығы Секретариат.