Борис Михайлович Шапошников Рәсәй империяһы Өфө губернаһының  ҡалаһында хеҙмәткәр ғаиләһендә тыуған. Атаһы, Михаил Петрович (1837—1912), сығышы менән Ырымбур казактарынан, шәхси ялланып хеҙмәт итә. Әсәһе Пелагея Кузьминична, уҡытыусы булып эшләй. Б. М. Шапошников Красноуфимск сәнәғәт һәм Пермь реаль училищеһында уҡый, уны 1899 йылда тамамлай.