Ҡағанлыҡтың рәсми дине — манихейлыҡ. Был дин үҙенең Ҡырғыҙ ҡағанатынан ҡалған йәнәсәй рун яҙыуы, китаплылығы һәм ғибәҙәт структураһы менән бергә ҡабул ителә. Шулайҙа илдә башлыса шаманлыҡ, унан аҙыраҡ — ислам һәм тәңрелек таралыу алған.