Томск ҡалаһы тарихы музейы Томск ҡалаһы хакимиәте указы менән  1997 йылдың 16 июлендә ойошторолаа. 6 йыл дауамында әҙерлек эштәре алып барыла: бина реконструкциялана, коллекция булдырыла һ.б.   2003 йылдың 7 июнендә   тантаналы шарттарҙа музей асыла. Килеүселәр  иғтибарына   «Иҫке Томск портреты» ваҡытлы күргәҙмәһе тәҡдим ителә, бер йылдан һуң музейҙа «Томсктың беренсе быуаты» даими  экспозицияһы  асыла.