1899 йылда Рудаков Владивостокка килә, унда 28 йәшендә, уҡытыусыһы А. М. Позднеев асҡан Көнсығыш институтында профессор вазифаһын башҡара. Институтта Көнсығыш тарихы, география һәм этнография, ҡытай филологияһы, хәҙерге Ҡытай, Корея, Япония тарихы, Маньчжурияның социаль-иҡтисади һәм мәҙәни тарихы буйынса лекциялар уҡый. Бер нисә тапҡыр Ҡытайҙа ғилми командировкала була, юлын Монголия һәм Гоби сүллеге аша арбала үтә, пароходта Шанхай һәм Нанкинға Янцзы буйлап бара. Ҡытайҙың Мукден, Хуньчун и Цицикара ҡалаларындағы Маньчжурия императорҙары резиденцияларының архивын һәм китап һаҡлағыстарын өйрәнә. Был китап һаҡлағыстарҙың өлөшө рус-япон һуғышы хәрби хәрәкәттәренән зыян күргән, Рәсәйгә сығарылған һәм Көнсығыш институты китапханаһын тулыландырған була.