1918 йылдың октябренән алып уның частары Уралда урынлаша. Ноябрҙә Пепеляев ҡыҙылдарҙың 3-сөармияһына ҡаршы Пермь операцияһын башлай. Әлеге операция ваҡытында Омскиҙа түңкәрелеш һөҙөмтәһендә власҡа адмирал Александр Колчак килә. Пепеляев, эсер Авксентьевты үҙһенмәгәнгә күрә, Колчактың юғары власын ихлас таный.