Хөкүмәт Аппараты үҙ эшмәкәрлеген Башҡортостан Республикаһы Башлығының дөйөм етәкселеге, Хөкүмәт Премьер-министрының туранан-тура етәкселеге аҫтында башҡара, Хөкүмәт Премьер-министры урынбаҫары — Хөкүмәт Аппараты Етәксеһе ҡулы аҫтында тормошҡа ашыра.