Канаданан ҡайтҡас, 1762 йылдың 21 декабрендә Кук Элизабет Баттсҡа өйләнә. Уларҙың алты балаһы була: Джеймс (1763—1794), Натаниэль (1764—1781), Элизабет (1767—1771), Джозеф (1768—1768), Джордж (1772—1772) һәм Хью (1776—1793). Ғаилә Лондондың Ист-Энд районында йәшәй. Кук вафат булғандан һуң Элизабеттың тормошо тураһында әҙ билдәле. Ул ире үлгәндән һуң тағы 56 йыл йәшәй һәм 1835 йылдың декабрендә 93 йәшендә вафат була.