1990—1997 йылдарҙа  М. Н. Иҫәнбаев Башҡортостан Республикаһы Юғары Советы, Башҡортостан Республикаһы Дәүләт Йыйылышы — Ҡоролтай социаль-иҡтисади проблемалар бүлеге мөдире була, бер үк ваҡытта 1994 йылдан  Башҡортостан Республикаһы Юғары Советы Рәйесе кәңәшсеһе, 1995 йылдан Башҡортостан Республикаһы Дәүләт Йыйылышы Рәйесенең иҡтисад мәсьәләләре буйынса кәңәшсеһе.  1998 йылдан ул  Рәсәй Фәндәр академияһы Өфө фәнни үҙәгенең Социаль-иҡтисади тикшеренеүҙәр институтында бүлек мөдире һәм төбәк иҡтисады проблемалары секторы мөдире булып эшләй.