1855 йылда Манагуа Никарагуа дәүләтенең баш ҡалаһы булып китә. Ҡала үҙенең тарихы дауамында бер нисә тапҡыр стихиялы бәлә-ҡазаларҙан зыян күрә: 1876 йылда көслө ташҡын була; 1885, 1931 һәм 1972 йылдарҙа емергес ер тетрәүҙәре була, ә 1936 йылда көслө янғындар була.