Архипелагтың бөтә утрауҙары ла, Ару утрауынан башҡа, биогеографик йәһәттән Зонд шельфы (Азия ҡитғаһы шельфының бер өлөшө) һәм Арафур шельфы (Австралия ҡитғаһы шельфының бер өлөшө) араһында ятҡан Уоллесия төбәгенә ҡарай. Шулай итеп, улар Вебер һыҙаты һәм Лидеккер һыҙаты араһында урынлашҡан, шуға күрә утрауҙа Азия фаунаһына ҡарағанда австралазия фаунаһы күберәк. Төбәктең тектоник әүҙемлеге лә Молуккалағы биотөрлөлөккә һәм вариативлыҡҡа ла йоғонто яһай; утрауҙарҙың ҙур өлөшө геологик яҡтан бик йәш, уларға ни бары 1 млн йылдан 15 млн йылға тиклем генә, шул уҡ ваҡытта улар бер ҡасан да ҙур ҡитға өлөшө лә булмаған. Молукка утрауҙары Индонезияның башҡа төбәктәренән айырылып тора; был төбәктә илдең бик бәләкәй утрауҙары урынлашҡан, коралдарҙан хасил булған утрау рифтары донъялағы иң тәрән диңгеҙҙәр менән бүленә, һәм архипелагта Ява йәки Суматра кеүек ҙур утрауҙар ҙа юҡ. Флораһы һәм фаунаһына утрауҙар араһында күсеп йөрөү бик ҡыйын, шуның өсөн архипелаг утрауҙары өсөн юғары кимәлдә эндемилыҡ хас.