СЕНТО-ның төп органдары түбәндәгеләр була: Даими министрҙар советы (сессиялары йыл да үткәрелә), Секретариат (ойошманың генераль секретары етәкселегендә) һәм 4 комитет (хәрби, «емерткес эшмәкәрлеккә» ҡаршы көрәш, иҡтисад һәм бәйләнештәр буйынса комитеттар); блокты хәрби планлаштырыу менән шөғөлләнгән Берләштерелгән штаб, ярҙамсы комитеттар һәм техник төркөмдәр. Штаб-фатиры Анкарала (Төркиә) була.