1854 йылда А. Н. Бекетов Урта Азияны тикшереүсе Г. С. Карелиндың ҡыҙы Елизавета Григорьевна Карелинаға өйләнә, никахтан өс ҡыҙы Екатерина (кейәүҙә Краснова; 1855—1892), Александра (беренсе ире буйынса Блок, икенсеһе буйынса — Кублицкая-Пиоттух; 1860—1923) һәм Мария (1862—1938) тыуа.