Ағалы-энеле Борханеддин һәм Хожа Йыһан үҙҙәренең сәйәси дошмандарын юҡ итә, ләкин Уйғырстан халҡын тышҡы ҡурҡыныстан һаҡлап ҡалыр өсөн берләштерә алмай. Борханеддин һәм Хожа Йыһан Шенжанды маньчжур ғәскәре баҫып алғанда уҡ, тыуған ерҙәре ойраттарға буйһонғанын белһәләр ҙә, ойраттарға хәлдәренән килгәнсе ярҙам иткән. Улар маньчжур оккупацияһы — ойрат йоғонтоһона ҡарағанда күп тапҡыр ҡурҡынысыраҡ һәм хәүефлерәк икәнен аңлағандар. 1758 йылда Хожа Йыһан Батур хан исеме аҫтында үҙен Уйғырстан хакимы тип иғлан итә. Ҡайһы бер ҡалаларҙа артабан ҡытайҙар яғына күскән уйғыр милләтле сәйәси дошмандары булһа ла, дөйөм алғанда, ул хәл менән идара итә алған. Уйғырстандың көньяғына яҡынлашҡан маньчжур ғәскәрҙәр «Куча, Шаяр һәм Сайрам ҡалаларын баҫып ала. Аксу һәм Уч-Турфанда Чжао Хойға ошо ҡалаларҙы биргән урындағы бәктәр Борханеддин һәм Хожа Йыһанға ҡаршы сыға…» 1759 гйылдың август аҙағына Яркенд, Ҡашғар ҡалалары бирелә.