Буласаҡ яҙыусы Ирландияның Дублин ҡалаһында, әллә ни бай булмаған протестант ғаиләһендә тыуа. Уның атаһы (исеме шулай уҡ Джонатан Свифт, 1640—1667), суд системаһында бәләкәй чиновник, ғаиләһен (ҡатынын, ҡыҙын һәм улын) бик ауыр хәлдә ҡалдырып, улы тыуғанға тиклем үк вафат була. Шуға күрә малайҙы тәрбиләү менән атаһының хәлле генә йәшәгән ағаһы Годвин шөғөлләнә, әсәһе менән Джонатан осрашмай ҙа тиерлек. Мәктәптән һуң 14 йәшлек малай Дублин университетының Тринити-колледжына уҡырға инә (1682), уҡыу йортон 1686 йылда тамамлай. Һөҙөмтәлә Свифт бакалавр дәрәжәһен ала һәм ғилми хикмәттәргә ҡарата ғүмерлек скептик ҡарашты үҙләштерә .