1958 йылда Лыткин яңынан Хәрби-медицина академияһының факультет хирургияһы кафедраһына өлкән ғилми хеҙмәткәр булып ҡайта. 1959 йылда хирургия кафедраһының начальник урынбаҫары була. 1968 йылдан 1988 йылға тиклем академияның бер нисә түбәндәге бүлексәләре менән етәкселек итә: дөйөм хирургия, 2-се хирургияны (табиптарҙы камиллаштырыу өсөн) һәм госпиталь хирургияһын. 1968 йылда Михаил Иванович академияның дөйөм хирургия кафедраһы начальнигы итеп тәғәйенләнә. 1971 йылда ул 2-се табиптарҙы камиллаштырыу хирургия кафедраһын етәкләй. 1976 йылда госпиталь хирургияһы кафедраһы начальнигы итеп тәғәйенләнә һәм был вазифаны 1988 йылда медицина хеҙмәтенең генерал-майор дәрәжәһендә хәрби хеҙмәтен тамамлай. Отставкаға китер саҡта, дөйөм хирургия кафедраһы профессоры итеп һайлана, эшләүен дауам итә һәм тәрбиәләнеүселәренә үҙ тәжрибәһен тапшыра: уның етәкселегендә 50-нән ашыу кандидатлыҡ һәм 20 докторлыҡ диссертациялары яҡлана.