Институтта үҫемлекселек буйынса ике селекция үҙәге - Шишмә үҫемлекселек һәм емеш-еләк культуралары буйынса селекция үҙәге (етәксеһе М.И.Мичурин) һәм Кушнаренко емеш-еләк культуралары һәм виноград буйынса селекция үҙәге (етәксеһе Р.А.Шафиҡов), шулай уҡ үҫемлекселек буйынса инновация-технология үҙәге, 5 ғилми бүлек һәм 18 лаборатория эшләй.