Эстонияла юғары академик белем өс кимәлгә бүленә: бакалавриат, магистратура һәм докторантура. Ҡайһы бер һөнәрҙәрҙә (төп медицина белеме, ветеринария, фармацевтика, стоматология, инженерия архитектураһы һәм мәктәп уҡытыусыһы программаһы) бакалавр һәм магистр дәрәжәләре бер дәрәжәгә берләшкән. Эстонияның асыҡ (публик) университеттары прикладной юғары уҡыу йорттарынан айырмалы рәүештә ҙур үҙ аллылыҡҡа эйә. Университеттар яңы уҡыу программаларын төҙөү, ҡағиҙәләр һәм шарттар раҫлаү, бюджетты раҫлау, үҫеш планын раҫлау, ректор һайлау һәм активтарға бәйле һорауҙарҙы сикләү хоҡуҡтарына эйә. Эстонияла бер нисә асыҡ һәм шәхси университет бар. Илдең иң ҙур асыҡ университеттары: Тарту университеты, Таллин техник университеты, Таллин университеты, Ғүмер тураһында фән Эстония университеты, Эстония художестволы академияһы. Audentes халыҡ-ара университеты — иң ҙур шәхси университет булып тора.