Токио үҙ эсенә 23 махсус районды ала. Улар 1943 йылға тиклем ҡала составына ингәндәр, хәҙер айырым үҙидара муниципалитет булып торалар, һәр береһенең үҙ мэры һәм советы бар. Был 23 муниципалитетҡа өҫтәмә булып, префектураға 26 ҡала, бер өйәҙ һәм 4 округ (5 ҡасаба һәм 8 ауыл) инә. Токио хөкүмәтен халыҡ тарафынан һайланған губернатор һәм ҡала йыйыны етәкләй. Хөкүмәттең штаб-квартираһы Шинджукула, ул бөтөн Токио менән идара итә, шул иҫәптән бөтә күлдәр, йылғалар, дамбалар, фермалар, алыҫтағы утрауҙар һәм милли парктар.