1996—2003 йылдарҙа Рәсәй Фәндәр академияһы Өфө фәнни үҙәге менән Башҡортостан Республикаһы Фәндәр академияһының хеҙмәттәрен берләштереү буйынса ҙур эш башҡарыла. Уртаҡ фәнни-ойоштороу структуралары булдырыла: ғилми советтар, аспирантура, докторантура, «Ғилем» нәшриәте. Рәсәй Фәндәр академияһы Өфө фәнни үҙәге менән Башҡортостан Республикаһы Фәндәр академияһы инфраструктураһын (мәғлүмәт селтәре, китапхана, поликлиника, автобаза, балалар баҡсалары, ял базаһы һ.б.) уртаҡ файҙаланыу ойошторола.