Сан-Томела оҙайлы ямғырҙар миҙгеле (октябрҙән майға тиклем) һәм ҡыҫҡа ҡоро миҙгел (июнь—сентябрь) менән саванналарҙың тропик климаты өҫтөнлөк итә. Яуым-төшөмдәр миҡдары — йылына 1000 мм-ҙан саҡ ҡына аҙыраҡ. Ҡалала сағыштырмаса даими температура күҙәтелә.