1901 йылда Әхтәмов баш ҡалала «Эшселәр ойошмаһы комитеты» эше буйынса ҡулға алына һәм өс айға төрмәлә ултырғандан һуң, кесе тыуған иленә — Өфөгә һөрөлә. 1905 йылда, һөргөн мөҙҙәтен үткәндән һуң, Ибниәмин Әхтәмов Санкт-Петербург университетында уҡыуын тергеҙә. 1905 йылдың 8 апрелендә ул Петербургта Г. Ибраһим фатирында ислам эшмәкәрҙәре йыйылышында ҡатнаша: йыйылған ислам интеллигенцияһы вәкилдәре (Ғаяз Мәҡсүдов, Әхтәмов үҙе, Әхмәт Агаев, Али-Мәрҙән Топчибашев Мәрҙәнов һәм Али Хөсәйен-заде) Рәсәй империяһының барлыҡ мосолмандары өсөн берҙәм Диниә назараты булдырыу тураһында ҡарар ҡабул итә.