1998 йылда БНО фәнни комплексын булдырған өсөн Институт һәм Обсерватория хеҙмәткәрҙәре коллективы Рәсәй Федерацияһы Дәүләт премияһына лайыҡ була, 2001 йылда Ҡояш нейтриноһы ағымын тикшереү өлкәһендәге ҡаҙаныштары өсөн Б. М. Понтекорво исемендәге халыҡ-ара премия тапшырыла.