ВКП(б)-ның Башҡортостан өлкә комитетының РСФСР Наркомпросына мөрәжәғәте буйынса, Башҡорт АССР-ына ҡайтарыла. 1931 йылдың августынан К. А. Тимирязев исемендәге Башҡорт педагогия институты директоры һәм шул уҡ ваҡытта иҡтисади география кафедраһы мөдире вазифаларын башҡара. 1930-сы йылдарҙа башҡорт телендә өс күләмле мәҡәлә яҙа: «Франция» (1933), «Төньяҡ Америка Ҡушма Штаттары» (1933) һәм «Хәҙерге Германия» (1934). 1934—1935 йылдарҙа рус телендә Башҡортостанда халыҡ мәғарифы тарихына арналған хеҙмәте ике баҫма менән сыға. Шәмси Абҙанов иҡтисади география буйынса уҡыу әсбаптары төҙөүҙә һәм институттың тәүге ғилми хеҙмәттәр йыйынтығын әҙерләүҙә ҡатнаша.