Ғалимдың улы, һауыҡҡандан һуң, Бурбаки  армияһы сафына баҫа, ә Пастер, был хаҡта хәбәр алғас та, 1871 йылдың 24 ғинуарында Арбуаны ташлап китә һәм бер нисә аҙнаны Женевала үткәрә. Артабан ул үҙенең кейәүе тәбиғәт тарихы факультетының деканы булып эшләгән Лионға күсә. Шуныһы иғтибарға лайыҡ, Лионда Пастер үҙенең элекке эксперименттарына ҡабат ҡайта һәм магнит ҡырҙары тәьҫир аҫтында йөҙөм кислотаһы изомерын синтезлау буйынса тәжрибәләр үткәрә. Әммә уңышҡа өлгәшә алмайынса, үҙе өсөн ғәҙәти булған мәсьәләләргә кире ҡайтырға мәжбүр була. Жан-Батист Пастер Париж ҡолатылғандан һуң генерал Сервьеның адъютанты булып хеҙмәт итә.