1917 йылдың декабренән төрмә  ВЧК төрмәләренең системаһына инә. 1918 йылдың март айында Трубецкой бастионы төрмәһе рәсми  ябыла. Әммә, шуға ҡарамаҫтан, 1921 йылға тиклем бинаны  тотҡондарҙы тотоу өсөн ҡулланалар.  1919 йылда уның тотҡондары 4 бөйөк кенәз (ағалы-ҡустылы Николай Михайлович һәм Георгий Михайлович, Павел Александрович һәм Дмитрий Константинович) була, улар һуңынан атып үлтерелә.  Ҡыҙыл террор йылдарында  (1917—1921)  Петропавловский ҡәлғәһе биләмәһенә  Головкин бастионы районында  ҡәлғә диуары һәм Кронверк боғаҙы араһында  атыуҙар үткәрелә. 2007 йылда ҡәлғә территорияһында  Ҡыҙыл террор ҡорбандарының күппәп  ерләнгән урыны асыҡлана.