Чех телле юғары уҡыу йорттары ябылғас, чех Карл университеты уҡыу йорто булараҡ эшләмәй, әммә финанс һәм иҡтисади субъект булып ҡалған. Университет ректоры лингвист Бедржих Грозный була, ул был вазифаһын  үҙе артынан оккупация тамамлағанға тиклем һаҡлап ҡала һәм фәнни эшмәкәрлеген дауам итә. Профессорҙарҙың күбеһе мөҙәтһеҙ отпускыға ебәрелгән, аҙаҡ уларҙың ҡайһылары шулай уҡ концлагерҙарға оҙатылған. Оккупация осоронда барлығы университеттың 23 профессоры һәләк булған. Бушатылған университет биналарын нацистар үҙ мәнфәғәтендә файҙаланғандар. Мәҫәлән, юридик факультеты бинаһында СС комендатураһы урынлашҡан.