1937 йылда Софи, Ганс, Вернер һәм Инге Шолль, нацистарға ҡаршы төркөмдә ҡатнашыуҙа ғәйепләнеп, гестапо тарафынан ҡулға алына. Йорттарында тентеү үтә, көндәлектәр, журналдар, шиғырҙар йыйынтыҡтар тартып алынды. Софи, 16 йәш булғанлыҡтан, уны шул уҡ көндө сығарғандар. Инге менән Вернер бер аҙнанан иреккә сыҡҡан, Ганс тағы өс аҙна төрмәлә ултырған. Был ҡулға алыу Софиҙың һушын алған һәм власҡа ризаһыҙлығын тәрәнәйткән. Шул уҡ йылда Софи бейеү кисәһендә Фриц Хартнагель Fritz Hartnagel менән таныша. Язалап үлтергәнгә тиклем уларҙың мөнәсәбәттәре өҙөлмәй. 1938 йылда Софи ячейка союзы командиры вазифаһынан баш тарта. 1939 йылдың сентябрендә Икенсе бөтә донъя һуғышы башланғас, ағалы-энеле Шоллиҙар фронтҡа ебәрелә. Элизабет Шолль хәтерләгәнсә, Софи шул йылдың йәйендә үк былай тигән: «Һуғыш булыр тип һиҙенәм. Кемдер Гитлерға ҡаршы торалыр, тип ышанам».