def test_transcriptmapper_TranscriptMapper_HIST3H2A(self):
    'NM_033445.2: LCE3C single exon, strand = -1, all coordinate input/output are in HGVS'
    tx_ac = 'NM_033445.2'
    alt_ac = 'NC_000001.10'
    tm = TranscriptMapper(self.hdp, tx_ac, alt_ac, alt_aln_method='splign')
    parser = hgvs.parser.Parser()
    test_cases = [{'g': parser.parse_g_interval('228645560'), 'r': parser.parse_r_interval('1'), 'c': parser.parse_c_interval('-42')}, {'g': parser.parse_g_interval('228645558'), 'r': parser.parse_r_interval('3'), 'c': parser.parse_c_interval('-40')}, {'g': parser.parse_g_interval('228645519'), 'r': parser.parse_r_interval('42'), 'c': parser.parse_c_interval('-1')}, {'g': parser.parse_g_interval('228645518'), 'r': parser.parse_r_interval('43'), 'c': parser.parse_c_interval('1')}, {'g': parser.parse_g_interval('228645126'), 'r': parser.parse_r_interval('435'), 'c': parser.parse_c_interval('393')}, {'g': parser.parse_g_interval('228645125'), 'r': parser.parse_r_interval('436'), 'c': parser.parse_c_interval('*1')}, {'g': parser.parse_g_interval('228645124'), 'r': parser.parse_r_interval('437'), 'c': parser.parse_c_interval('*2')}, {'g': parser.parse_g_interval('228645065'), 'r': parser.parse_r_interval('496'), 'c': parser.parse_c_interval('*61')}]
    self.run_cases(tm, test_cases)
NM_033445.2: LCE3C single exon, strand = -1, all coordinate input/output are in HGVS
def test_transcriptmapper_TranscriptMapper_HIST3H2A(self):
    
    tx_ac = 'NM_033445.2'
    alt_ac = 'NC_000001.10'
    tm = TranscriptMapper(self.hdp, tx_ac, alt_ac, alt_aln_method='splign')
    parser = hgvs.parser.Parser()
    test_cases = [{'g': parser.parse_g_interval('228645560'), 'r': parser.parse_r_interval('1'), 'c': parser.parse_c_interval('-42')}, {'g': parser.parse_g_interval('228645558'), 'r': parser.parse_r_interval('3'), 'c': parser.parse_c_interval('-40')}, {'g': parser.parse_g_interval('228645519'), 'r': parser.parse_r_interval('42'), 'c': parser.parse_c_interval('-1')}, {'g': parser.parse_g_interval('228645518'), 'r': parser.parse_r_interval('43'), 'c': parser.parse_c_interval('1')}, {'g': parser.parse_g_interval('228645126'), 'r': parser.parse_r_interval('435'), 'c': parser.parse_c_interval('393')}, {'g': parser.parse_g_interval('228645125'), 'r': parser.parse_r_interval('436'), 'c': parser.parse_c_interval('*1')}, {'g': parser.parse_g_interval('228645124'), 'r': parser.parse_r_interval('437'), 'c': parser.parse_c_interval('*2')}, {'g': parser.parse_g_interval('228645065'), 'r': parser.parse_r_interval('496'), 'c': parser.parse_c_interval('*61')}]
    self.run_cases(tm, test_cases)