def test_transcriptmapper_TranscriptMapper_PTH2(self):
    'NM_178449.3: PTH2, two exons, strand = -1, all coordinate input/output are in HGVS'
    tx_ac = 'NM_178449.3'
    alt_ac = 'NC_000019.9'
    tm = TranscriptMapper(self.hdp, tx_ac, alt_ac, alt_aln_method='splign')
    parser = hgvs.parser.Parser()
    test_cases = [{'g': parser.parse_g_interval('49926698'), 'r': parser.parse_r_interval('1'), 'c': parser.parse_c_interval('-102')}, {'g': parser.parse_g_interval('49926597'), 'r': parser.parse_r_interval('102'), 'c': parser.parse_c_interval('-1')}, {'g': parser.parse_g_interval('49926596'), 'r': parser.parse_r_interval('103'), 'c': parser.parse_c_interval('1')}, {'g': parser.parse_g_interval('49926469'), 'r': parser.parse_r_interval('230'), 'c': parser.parse_c_interval('128')}, {'g': parser.parse_g_interval('49926468'), 'r': parser.parse_r_interval('230+1'), 'c': parser.parse_c_interval('128+1')}, {'g': parser.parse_g_interval('49925901_49926467'), 'r': parser.parse_r_interval('230+2_231-2'), 'c': parser.parse_c_interval('128+2_129-2')}, {'g': parser.parse_g_interval('49925900'), 'r': parser.parse_r_interval('231-1'), 'c': parser.parse_c_interval('129-1')}, {'g': parser.parse_g_interval('49925899'), 'r': parser.parse_r_interval('231'), 'c': parser.parse_c_interval('129')}, {'g': parser.parse_g_interval('49925725'), 'r': parser.parse_r_interval('405'), 'c': parser.parse_c_interval('303')}, {'g': parser.parse_g_interval('49925724'), 'r': parser.parse_r_interval('406'), 'c': parser.parse_c_interval('*1')}, {'g': parser.parse_g_interval('49925671'), 'r': parser.parse_r_interval('459'), 'c': parser.parse_c_interval('*54')}]
    self.run_cases(tm, test_cases)
NM_178449.3: PTH2, two exons, strand = -1, all coordinate input/output are in HGVS
def test_transcriptmapper_TranscriptMapper_PTH2(self):
    
    tx_ac = 'NM_178449.3'
    alt_ac = 'NC_000019.9'
    tm = TranscriptMapper(self.hdp, tx_ac, alt_ac, alt_aln_method='splign')
    parser = hgvs.parser.Parser()
    test_cases = [{'g': parser.parse_g_interval('49926698'), 'r': parser.parse_r_interval('1'), 'c': parser.parse_c_interval('-102')}, {'g': parser.parse_g_interval('49926597'), 'r': parser.parse_r_interval('102'), 'c': parser.parse_c_interval('-1')}, {'g': parser.parse_g_interval('49926596'), 'r': parser.parse_r_interval('103'), 'c': parser.parse_c_interval('1')}, {'g': parser.parse_g_interval('49926469'), 'r': parser.parse_r_interval('230'), 'c': parser.parse_c_interval('128')}, {'g': parser.parse_g_interval('49926468'), 'r': parser.parse_r_interval('230+1'), 'c': parser.parse_c_interval('128+1')}, {'g': parser.parse_g_interval('49925901_49926467'), 'r': parser.parse_r_interval('230+2_231-2'), 'c': parser.parse_c_interval('128+2_129-2')}, {'g': parser.parse_g_interval('49925900'), 'r': parser.parse_r_interval('231-1'), 'c': parser.parse_c_interval('129-1')}, {'g': parser.parse_g_interval('49925899'), 'r': parser.parse_r_interval('231'), 'c': parser.parse_c_interval('129')}, {'g': parser.parse_g_interval('49925725'), 'r': parser.parse_r_interval('405'), 'c': parser.parse_c_interval('303')}, {'g': parser.parse_g_interval('49925724'), 'r': parser.parse_r_interval('406'), 'c': parser.parse_c_interval('*1')}, {'g': parser.parse_g_interval('49925671'), 'r': parser.parse_r_interval('459'), 'c': parser.parse_c_interval('*54')}]
    self.run_cases(tm, test_cases)