def test_transcriptmapper_TranscriptMapper_LCE3C(self):
    'NM_178434.2: LCE3C single exon, strand = +1, all coordinate input/output are in HGVS'
    tx_ac = 'NM_178434.2'
    alt_ac = 'NC_000001.10'
    tm = TranscriptMapper(self.hdp, tx_ac, alt_ac, alt_aln_method='splign')
    parser = hgvs.parser.Parser()
    test_cases = [{'g': parser.parse_g_interval('152573138'), 'r': parser.parse_r_interval('1'), 'c': parser.parse_c_interval('-70')}, {'g': parser.parse_g_interval('152573140'), 'r': parser.parse_r_interval('3'), 'c': parser.parse_c_interval('-68')}, {'g': parser.parse_g_interval('152573207'), 'r': parser.parse_r_interval('70'), 'c': parser.parse_c_interval('-1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152573208'), 'r': parser.parse_r_interval('71'), 'c': parser.parse_c_interval('1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152573492'), 'r': parser.parse_r_interval('355'), 'c': parser.parse_c_interval('285')}, {'g': parser.parse_g_interval('152573493'), 'r': parser.parse_r_interval('356'), 'c': parser.parse_c_interval('*1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152573560'), 'r': parser.parse_r_interval('423'), 'c': parser.parse_c_interval('*68')}, {'g': parser.parse_g_interval('152573562'), 'r': parser.parse_r_interval('425'), 'c': parser.parse_c_interval('*70')}]
    self.run_cases(tm, test_cases)
NM_178434.2: LCE3C single exon, strand = +1, all coordinate input/output are in HGVS
def test_transcriptmapper_TranscriptMapper_LCE3C(self):
    
    tx_ac = 'NM_178434.2'
    alt_ac = 'NC_000001.10'
    tm = TranscriptMapper(self.hdp, tx_ac, alt_ac, alt_aln_method='splign')
    parser = hgvs.parser.Parser()
    test_cases = [{'g': parser.parse_g_interval('152573138'), 'r': parser.parse_r_interval('1'), 'c': parser.parse_c_interval('-70')}, {'g': parser.parse_g_interval('152573140'), 'r': parser.parse_r_interval('3'), 'c': parser.parse_c_interval('-68')}, {'g': parser.parse_g_interval('152573207'), 'r': parser.parse_r_interval('70'), 'c': parser.parse_c_interval('-1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152573208'), 'r': parser.parse_r_interval('71'), 'c': parser.parse_c_interval('1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152573492'), 'r': parser.parse_r_interval('355'), 'c': parser.parse_c_interval('285')}, {'g': parser.parse_g_interval('152573493'), 'r': parser.parse_r_interval('356'), 'c': parser.parse_c_interval('*1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152573560'), 'r': parser.parse_r_interval('423'), 'c': parser.parse_c_interval('*68')}, {'g': parser.parse_g_interval('152573562'), 'r': parser.parse_r_interval('425'), 'c': parser.parse_c_interval('*70')}]
    self.run_cases(tm, test_cases)