def test_transcriptmapper_TranscriptMapper_LCE2B(self):
    'NM_014357.4: LCE2B, two exons, strand = +1, all coordinate input/output are in HGVS'
    tx_ac = 'NM_014357.4'
    alt_ac = 'NC_000001.10'
    tm = TranscriptMapper(self.hdp, tx_ac, alt_ac, alt_aln_method='splign')
    parser = hgvs.parser.Parser()
    test_cases = [{'g': parser.parse_g_interval('152658599'), 'r': parser.parse_r_interval('1'), 'c': parser.parse_c_interval('-54')}, {'g': parser.parse_g_interval('152658601'), 'r': parser.parse_r_interval('3'), 'c': parser.parse_c_interval('-52')}, {'g': parser.parse_g_interval('152659319'), 'r': parser.parse_r_interval('54'), 'c': parser.parse_c_interval('-1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152659320'), 'r': parser.parse_r_interval('55'), 'c': parser.parse_c_interval('1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152658632'), 'r': parser.parse_r_interval('34'), 'c': parser.parse_c_interval('-21')}, {'g': parser.parse_g_interval('152658633'), 'r': parser.parse_r_interval('34+1'), 'c': parser.parse_c_interval('-21+1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152658633_152659299'), 'r': parser.parse_r_interval('34+1_35-1'), 'c': parser.parse_c_interval('-21+1_-20-1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152659300'), 'r': parser.parse_r_interval('35'), 'c': parser.parse_c_interval('-20')}, {'g': parser.parse_g_interval('152659299'), 'r': parser.parse_r_interval('35-1'), 'c': parser.parse_c_interval('-20-1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152659652'), 'r': parser.parse_r_interval('387'), 'c': parser.parse_c_interval('333')}, {'g': parser.parse_g_interval('152659653'), 'r': parser.parse_r_interval('388'), 'c': parser.parse_c_interval('*1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152659651_152659654'), 'r': parser.parse_r_interval('386_389'), 'c': parser.parse_c_interval('332_*2')}, {'g': parser.parse_g_interval('152659877'), 'r': parser.parse_r_interval('612'), 'c': parser.parse_c_interval('*225')}]
    self.run_cases(tm, test_cases)
NM_014357.4: LCE2B, two exons, strand = +1, all coordinate input/output are in HGVS
def test_transcriptmapper_TranscriptMapper_LCE2B(self):
    
    tx_ac = 'NM_014357.4'
    alt_ac = 'NC_000001.10'
    tm = TranscriptMapper(self.hdp, tx_ac, alt_ac, alt_aln_method='splign')
    parser = hgvs.parser.Parser()
    test_cases = [{'g': parser.parse_g_interval('152658599'), 'r': parser.parse_r_interval('1'), 'c': parser.parse_c_interval('-54')}, {'g': parser.parse_g_interval('152658601'), 'r': parser.parse_r_interval('3'), 'c': parser.parse_c_interval('-52')}, {'g': parser.parse_g_interval('152659319'), 'r': parser.parse_r_interval('54'), 'c': parser.parse_c_interval('-1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152659320'), 'r': parser.parse_r_interval('55'), 'c': parser.parse_c_interval('1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152658632'), 'r': parser.parse_r_interval('34'), 'c': parser.parse_c_interval('-21')}, {'g': parser.parse_g_interval('152658633'), 'r': parser.parse_r_interval('34+1'), 'c': parser.parse_c_interval('-21+1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152658633_152659299'), 'r': parser.parse_r_interval('34+1_35-1'), 'c': parser.parse_c_interval('-21+1_-20-1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152659300'), 'r': parser.parse_r_interval('35'), 'c': parser.parse_c_interval('-20')}, {'g': parser.parse_g_interval('152659299'), 'r': parser.parse_r_interval('35-1'), 'c': parser.parse_c_interval('-20-1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152659652'), 'r': parser.parse_r_interval('387'), 'c': parser.parse_c_interval('333')}, {'g': parser.parse_g_interval('152659653'), 'r': parser.parse_r_interval('388'), 'c': parser.parse_c_interval('*1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152659651_152659654'), 'r': parser.parse_r_interval('386_389'), 'c': parser.parse_c_interval('332_*2')}, {'g': parser.parse_g_interval('152659877'), 'r': parser.parse_r_interval('612'), 'c': parser.parse_c_interval('*225')}]
    self.run_cases(tm, test_cases)