No ano de 1948, o Rio Branco, então campeão da Liga de Futebol do Litoral do Paraná, também tornou-se Campeão do Interior. As disputas foram contra o Operário Ferroviário Esporte Clube, de Ponta Grossa. Após dois empates, o Rio Branco venceu a terceira partida por 3X2, conquistando o título. A equipe campeã era composta por: Duia, Chiquinho e Jaci Maciel; Odemar, Tião e Chico Preto;Julinho, Antoninho, Guito, Chico Porco e Jaci.
Como campeão da Liga Regional de Futebol de Paranaguá, em 1954, o Rio Branco adquiriu o direito de disputar o II Torneio do Interior – competição entre os campeões das ligas interioranas. Após vencer o Internacional, de Campo Largo e o Ferroviário, de União da Vitória, o Rio Branco qualificou-se para a disputa da finalíssima contra o Guarani, de Arapoti. No primeiro jogo, lá em Arapoti, o Rio Branco sagrou-se vencedor por 3x1. Os gols foram marcados por Celso, Nico e Zangado. A segunda partida foi realizada em Paranaguá, no dia 1 de maio. O alvirrubro impôs uma sonora goleada no Guarani de Arapoti: 8x0 foi o placar. Celso Marques e Zangado marcaram quatro gols cada. A equipe campeã: Abrão, Dicézar, Salvito, Tiziu, Tinoco, Daltro, Badalo, Holofote, Villanueva, Zangado, Celso, Nico, Tucano, Ademar.
O ano de 1956 marcou estreia do Rio Branco no profissionalismo. Para poder participar da Divisão Especial do Futebol do Paraná, os dirigentes do Rio Branco tiveram que empreender diversas ações administrativas e políticas junto à Federação Paranaense de Futebol e o CND.
No dia 16 de maio de 1956, por unanimidade, os clubes profissionais do Estado do Paraná, reunidos na sede da FPF, concordaram com a participação do Rio Branco no Campeonato Paranaense de Futebol. A partida de estreia do Rio Branco na elite estadual aconteceu no dia 23 de junho de 1956, contra o Esporte Clube Água Verde, e terminou com a vitória do Leão por 3x2. O Rio Branco jogou com Abrãozinho, Dicésar e Salvito; Daltro Dimas e Alcione; Arnoldo, Villanueva, Holofote, Celso e Mundinho.
Dos 10 jogos disputados no turno de classificação do Campeonato Paranaense da 2° Divisão de 1970, o Rio Branco obteve 6 vitórias, 2 empates e 2 derrotas. Com esses resultados, o clube classificou-se em primeiro lugar, juntamente com o Cascavel e o Guarani de Ponta Grossa. Foi necessária uma decisão entre os três. Houve um triangular em turno e returno, no qual o Rio Branco venceu uma partida, empatou duas e perdeu uma. Acabou em 2° lugar, conquistando o direito de voltar para a Primeira Divisão do Futebol Paranaense. A Equipe do Rio Branco estava assim composta: Paulo Henrique, Aguinaldo, Ademar, Dismael, Cláudio, Reinaldo, Paraguaio, Alcides, Manga, Dircinho, Marinho, Didi, Beto, Polaco, Neto, Walter, Adilson.
No estadual de 1977, o Rio Branco fez grande campanha na repescagem, chegando à fase final. O clube sagrou-se campeão da Zona Sul, ao abater o Pinheiros por 1x0 em Paranaguá e depois consolidar o título no empate em 1x1, na Vila Capanema. Com esta conquista, qualificou-se para decidir a vaga para as disputas da finalíssima.
No jogo do dia 21 de agosto, contra o Grêmio Maringá, Ivan marcou, aos 41 minutos da etapa final, o gol que seria o da vitória do Rio Branco. Porém, o árbitro Rubens Maranho o gol alvirrubro – que foi legítimo. O resultado deixou o Rio Branco em 11° lugar na classificação geral o Rio Branco ficou em 11° lugar. A equipe era formada por: Lula, Lucena, Bezelin, Chavala, Zé Carlos, Quico, Ezequiel, Polaco, Toninho, Ursinho, Jorge, Guarino, Hélio, Mazinho, Julinho, Ivan, Coutinho e Edson.
Em 1993, sob a presidência de Mário Marcondes Lobo Filho,o clube volta as atividades e em 1995 o Rio Branco sagra-se campeão de grupo B que na época era equivalente a 2ª divisão, conquistando assim o direito de disputar um hexagonal constituido pelos 4 melhores da 1ª divisão eo campeão e vice da 2ª, com o 5° lugar na classificação final obtida naquele ano. A equipe era formada por:João Marcos, Laco, Wesley, Dirceu, Marildo, Gilson, Polaco, Silas, Junior, Belo, Robson, Edson Mineiro, Sandro Neves, Ricardo Lúcio.
Após a queda na década de 1980, o Rio Branco terminou a fase de classificação do Estadual da Segunda Divisão de 1995 em primeiro lugar na sua chave. Como campeão do Grupo B e, por conseguinte, Campeão da Segunda Divisão, o Leão adquiriu o direito de disputar a Primeira Divisão no ano de 1996, bem como o Octogonal da Divisão de Elite ainda no ano de 1995.[carece de fontes?]
O time-base do Rio Branco estava assim formado: Claudinei, Amaral, Vava, Edson Mineiro e Sandro. Júnior, Belo, Haroldo José e Tostão. Marcelo Araxá e Osmar.
Em 2000, o Rio Branco fez grande campanha no Campeonato Paranaense, que culminou com o título de Campeão do Interior. Com isto, disputou o quadrangular final do Estadual, tendo como adversário o Coritiba. Alegando falta de capacidade para o público, os dirigentes do time da Capital tentaram transferir a partida para o Couto Pereira. Porém, a diretoria do Rio Branco montou uma arquibancada de estrutura metálica, conseguindo ampliar a capacidade para o público.
O clube desenvolve um projeto em parceria com a Fundação Municipal de Esportes, visando desta forma revelar novos jogadores. O Estádio Nelson Medrado Dias ganhou novas arquibancadas e cabines para a imprensa. Também foi construído um alojamento para os atletas, que dispõe de um moderno refeitório, lavanderia e sala de jogos. Em 2004 foi inaugurado pela prefeitura municipal de Paranaguá o Estádio Fernando Charbub Farah, o "Gigante do Itiberê" com capacidade para 20 mil pessoas, o dobro do antigo Estádio Nelson Medrado Dias (A Estradinha). O novo estádio tem uma estrutura digna de grandes times de futebol, com arquibancada maior, cadeiras numeradas, cabines de imprensa,etc; É um dos mais modernos do Paraná. Atualmente o Estádio Nelson Medrado Dias está desativado, usado apenas para campeonatos amadores e regionais, e não é mais utilizado para partidas de grande porte.