Com o fim das Cruzadas, os Irmãos do Hospital de São João deixaram a Terra Santa e se estabeleceram em Rodes. A partir dessa ilha se espalharam por todo o mundo cristão, fundando asilos e hospitais, tornando-se a principal referência em serviços médicos e filantropia em toda a Europa Ocidental. Em razão disso jamais foram incomodados pela Igreja, que, ao contrário dos cavaleiros templários, sofreu feroz perseguição em princípios do século XIV, que ocasionou, inclusive, a extinção da Ordem em 1314 e à morte na fogueira dos seus principais lideres, inclusive o seu Grão-Mestre, Jacques de Molay.
Muitos cavaleiros templários, para escapar da perseguição que lhes movia a Igreja, se filiaram aos Hospitalários. O recém criado reino de Portugal foi um dos territórios onde esses proscritos cavaleiros se homiziaram. Em terras portuguesas, o jovem rei Afonso Henriques lhes deu asilo e proteção. Em troca, os Cavaleiros do Hospital de São João lhe prestaram uma preciosa ajuda na campanha de reconquista que o primeiro monarca português empreendeu contra os mouros, recuperando para a cristandade esse importante território que hoje abriga a pátria portuguesa.
Afonso Henriques era Cavaleiro Templário, como ele próprio afirma, em carta que assinou em 1129, doando à Ordem do Templo, entre outros bens, uma possessão no condado de Soure, próximo à cidade de Guimarães. A presença templária no território português é um episódio bastante marcante na história daquele país e sua participação na expulsão dos mouros foi deveras relevante, como registram os historiadores portugueses.
Com a extinção da sua ordem, os sobreviventes templários se refugiaram em reinos onde os soberanos concordaram em lhes dar abrigo e proteção. Esses países foram justamente aqueles que estavam em guerra com os muçulmanos – caso de Espanha, Portugal, e Escócia – principalmente, esta última em razão da guerra pela independência, que aquele país travava contra os ingleses. Em Portugal, os cavaleiros Templários e Hospitalários foram reunidos em uma única Ordem, fundada por Afonso Henriques, denominada Ordem dos Cavaleiros de Cristo, da mesma forma que na Escócia eles receberam o nome de Ordem dos Cavaleiros de Santo André.
CORREÇÃO: A Ordem de Cristo foi criada em Portugal como Ordo Militiae Jesu Christo pela bula Ad ae exquibus de 15 de março de 1319 do papa João XXII, sendo rei D. Dinis.
Bastante conhecida é a participação dos cavaleiros Templários e Hospitalários na formação do reino de Portugal. Sabe-se, inclusive, que boa parte das riquezas dos templários serviu para o financiamento das grandes navegações iniciadas no século XVI, e que fez de Portugal a maior potência marítima da época. E também os conhecimentos de navegação trazidos pelos irmãos templários e Hospitalários foram de extrema utilidade para os portugueses, fazendo com que o pequeno reino lusitano cumprisse um papel tão importante no descobrimento e colonização do novo mundo.
A grande maioria dos navegadores portugueses, (Pedro Álvares Cabral, Vasco da Gama, Diogo Cão, entre outros), pertenciam à Ordem dos Cavaleiros de Cristo, sucessora dos Templários e Hospitalários em Portugal. As próprias naus portuguesas singravam os mares sobre a proteção da cruz templária (que era também o símbolo da Ordem dos Hospitalários).
Quanto à Ordem dos Hospitalários propriamente dita, em face da conquista daquela ilha pelos turcos otomanos, em 1530, ela deixou sua sede em Rodes e se estabeleceu na ilha de Malta, mudando seu nome para Ordem dos Cavaleiros de Malta, com o qual sobrevive ainda hoje. Em 1798 a ilha de Malta foi capturada pelos soldados de Napoleão. Os Cavaleiros de Malta foram praticamente absorvidos pelos maçons franceses. Quando Napoleão foi derrotado e os ingleses ocuparam a ilha, a Ordem foi dissolvida e a maioria dos seus membros encarcerados. Os que conseguiram escapar fugiram para a Itália onde refundaram a Ordem de Malta e estabeleceram sua nova sede em 1834.