Na produção em pequena escala, é raro a ocorrência de danos severos causados por pragas e doenças. Isto se deve, além de outros fatores, ao maior isolamento entre plantios, maior rotação da área de cultivo e à menor população de insetos. É comumente citado que a batata-doce é a hortaliça mais fácil de se cultivar. Entretanto, quando a produção é intensiva, ocorre maior oportunidade de ataque de pragas e doenças, exigindo cuidados para evitar que causem danos econômicos, principalmente quando se produz mudas em viveiros (MITIDIERI, 1990).
É muito importante o reconhecimento precoce da incidência desses agentes, para evitar a sua introdução em novas áreas de plantio, para isolar e exterminar focos de disseminação, para impedir ou reduzir os ciclos reprodutivos e, por fim, para proteger a planta com uso de agrotóxicos, se necessário.
Para a cultura da batata-doce, o controle fitossanitário é ainda mais relevante, porque a maioria das pragas e doenças importantes causa danos às raízes, depreciando o produto. Este tipo de ataque é geralmente de difícil controle, pois os patógenos e os insetos localizados no solo não são facilmente atingidos pelos agrotóxicos. A aplicação de qualquer produto químico no solo tem implicações sérias, dos pontos de vista toxicológico, ambiental e econômico, além de provocar desequilíbrio biológico pela exterminação de inimigos naturais e microorganismos antagônicos, favorecendo a reinfestação do solo em condições mais favoráveis aos agentes patogênicos.
O sistema de propagação vegetativo, através de ramas-semente ou de mudas, favorece a disseminação de pragas e doenças pelos seguintes motivos:
São segmentos da planta que crescem em contato com o solo ou próximo dele, se contaminando através de contato ou de respingos;
Os cortes e ferimentos facilitam a penetração de microorganismos;
O teor de umidade dos tecidos é alto e portanto facilita a colonização de patógenos;
São formados durante o crescimento vegetativo da planta-mãe e portanto ficam expostos à contaminação e à postura dos insetos por longo período;
Não são protegidos por estruturas das flores e dos frutos, como são as sementes verdadeiras;
Não possuem mecanismos de "filtragem" de vírus, que ocorre na formação de sementes verdadeiras.
Apesar desses inconvenientes, o uso de outros processos reprodutivos apresentam limitações que já foram consideradas.
A planta da batata-doce produz compostos fenólicos, fenoloxidase, látex e fitoalexinas que evitam a proliferação ou colonização dos patógenos. Por isso, a maioria dos agentes causadores de enfermidades provocam danos durante as fases de formação de mudas (viveiro) e de pós-colheita, quando são baixas as concentrações dessas substâncias de ação imunológica. A formação de mudas e o armazenamento são de grande importância para os países que têm inverno rigoroso porque, sendo o cultivo feito apenas no período mais quente, há necessidade de armazenar as raízes para o consumo na entre-safra e utilizar parte delas para formação de viveiros.