O Troféu Jupará 98 enfrentou muitos problemas na fase de votação, mas mesmo assim os 189 concorrentes tiveram 2.023 votos vindos de 21 cidades da região. A novidade foi o acréscimo de mais um stand com computador, desta vez no campus da Uesc, em parceria com o DCE.
A votação correu tranquila, com apenas duas desclassificações: a peça "Navalha na Carne" por ser feita com grupo teatral de Salvador, e o cantor Rosivaldo Ferreira, que fez "boca-de-urna" a uma quadra do stand de Ilhéus. No ano passado Fabiano Carillo ganhou a categoria Cantor por apenas um voto. Este ano a emoção da categoria se repetiu quando ele perdeu para David, da Farol Blues Band, por apenas 2 votos!
Banda: Gang Cidade
Cantor: David (Farol Blues Band)
Canção: "Lost Faith", da Farol Blues Band
Show: Lançamento do CD da Gang Cidade
Teatro Adulto: O Homem, a Mulher e a Flor
Teatro Infantil: A Revolta dos Brinquedos
Ator/Atriz: Ramon Vane
Especiais: Milton Mendes e Walter Moreira
Como aconteceu no ano anterior, as categorias Atriz e Escultura não puderam ser votadas por falta de concorrentes. Por outro lado o Jupará ganhou o patrocínio da Unimed, que se juntou à Nestlé e a Águia Branca, "padrinhos" desde o início do projeto, em 93.
A festa de premiação deste ano teve um show especial da cantora Gilcélia Vaz, lançando seu primeiro CD, com participações especiais de Fabiano Carillo, Robertinho Rondó e Caê. A decoração também foi especial, uma verdadeira superprodução que embelezou ainda mais a AABB de Itabuna, que por sinal estava lotadíssima como todos os anos.
Este ano a festa de premiação se tornou o primeiro evento do interior baiano transmitido ao vivo na Internet para o mundo inteiro. A transmissão foi feita pelo Bahiamidia, um serviço da Telebahia pioneiro no Brasil e que já faz a transmissão online do carnaval de Salvador.