Apesar das vantagens apresentadas, este processo inclusivo exige dos professores um elevado nível de profissionalismo e de competência no desempenho das suas responsabilidades. Muitas vezes deparam-se com dilemas éticos e profissionais, com questões legais e administrativas e nem sempre é possível praticarem um ensino altamente individualizado, intensivo e baseado em planificações consistente (Correia, 2005).
Karagiannis e colaboradores, referidos por Correia (2005, p. 16), apresentam um conjunto de vantagens preconizadas pela filosofia inclusiva. Esta permite desenvolver atitudes positivas perante a diversidade através da interacção e da comunicação. Facilita, também, a aquisição de ganhos ao nível do desenvolvimento académico e social pois, pelas interacções constantes com os pares, os alunos adquirem mais e melhores competências dentro das diversas áreas. Prepara, ainda, os alunos com NEE para a vida na comunidade através do seu desempenho educacional, social e ocupacional. E evita os efeitos da exclusão.
Por outro lado, Costa (1999, p. 25) sintetiza as vantagens considerando que a educação inclusiva se justifica porque é eficaz, dispensa elevadíssimos custos das escolas especiais, corresponde ao desejo dos pais e, sobretudo, insere-se na defesa do direito à plena dignidade da criança como ser humano, livre e igual em direitos e dignidade.