O programa está estruturado em 3 áreas de conhecimento, a saber: Ciências Sociais e Humanas em Saúde (CSHS), Epidemiologia (EPI) e Política, Planejamento e Gestão em Saúde (PPGS). A cada ano são oferecidas cerca de 20 disciplinas igualmente distribuídas entre as 3 áreas de conhecimento. Além da disciplina obrigatória, "A construção do campo da Saúde Coletiva", que deve ser cumprida por todos os discentes das três áreas, cada área ainda exige uma ou duas disciplinas obrigatórias aos seus alunos de mestrado e doutorado. Assim, na área de Epidemiologia, são disciplinas obrigatórias "Epidemiologia" e "Tópicos Básicos em Bioestatística", na área de CSHS, a disciplina obrigatória é "Ciências Humanas e Sociais em Saúde" e na área de PPGS, "Teoria da Organização e Gestão em Saúde".
A título de esclarecimento, cada crédito na UNIFESP equivale a 15 horas de aula. Para concluir o mestrado, os alunos do PPGSC devem cumprir 25 créditos em disciplinas cursadas e para concluir o doutorado, o total de créditos é de 40, o que equivale a uma carga horária em cursos de 720 horas para o mestrado e 1080 horas para o doutorado.
Destaca-se ainda que as disciplinas optativas mantêm estreita relação com as linhas de pesquisa do programa e são cursadas a partir da indicação do orientador. É obrigatório que 80% dos créditos sejam obtidos através das disciplinas realizadas. O orientador pode atribuir 20% do total dos créditos para atividades de pesquisa ou participação em eventos da área. Permite-se que 30% dos créditos totais decorrentes dos cursos sejam obtidos fora da UNIFESP, desde que aprovados pelo orientador.