Bolsa 18/20562-7 - Biologia computacional - BV FAPESP
O objetivo do projeto é identificar as proteínas do Vírus Sincicial Respiratório humano (hRSV) interagindo com proteínas humanas e direcionar essas interações para fins terapêuticos. Isso será conduzido na Universidade de San Diego, no laboratório do professor Ruben Abagyan, na Escola Skaggs de Farmácia e Ciências Farmacêuticas e no Centro de Supercomputadores de San Diego. As estruturas da proteína F do hRSV envolvidas nas interações com as proteínas das NETs (Neutrophil Extracellular Traps) e estruturas das proteínas ligantes serão refinadas e os conjuntos conformacionais serão gerados. As proteínas serão estudadas para interfaces de interação proteína-proteína. As interfaces também serão estudadas para potenciais bolsões de ligação a pequenas moléculas, a fim de identificar pequenas moléculas por meio de um rastreamento de docking contra um grande banco de dados de produtos químicos disponíveis (banco de dados ZINC e o banco de dados Enamine REAL podem ser usados como catálogos químicos). O encaixe será realizado com o programa Internal Coordinate Mechanics (ICM) disponível no laboratório. As moléculas priorizadas serão testadas experimentalmente quanto ao efeito sobre as interações proteína-proteína entre as proteínas hRSV e NET.