Com a saída de Paulo César Carpegiani do comando técnico do Flamengo e a chegada do técnico Maurício Barbieri, Paquetá voltou a atuar na sua posição de origem. Sendo um dos destaques do time no começo do Campeonato Brasileiro, fazendo gols, dando assistências e principalmente por sua versatilidade em campo, muito bem observada pelo mapa de calor do jogador após as partidas.[20][21] Diante do Internacional marcou um belo gol após um rebote de uma cobrança de falta realizada por ele mesmo, que contribuiu para o triunfo do Flamengo por 2 a 0 no Maracanã.[22] O bom futebol apresentado lhe rendeu as primeiras convocações para a Seleção Brasileira, para os amistosos contra os EUA e El Salvador.[23]
Se tornou um dos protagonistas do Flamengo ao lado de Éverton Ribeiro, Diego Ribas no meio de campo rubro-negro, porém conviveu com altos e baixos durante o meio da temporada juntamente da má fase que vivia o time, com eliminações na Libertadores, uma queda de rendimento que custou a liderança do Brasileirão, e por fim, a eliminação na Copa do Brasil que culminaram na demissão de Maurício Barbieri do cargo de treinador. Com a chegada de Dorival Júnior na reta final da temporada, Paquetá voltou a ser decisivo para o rubro-negro, logo na estreia do novo técnico, Paquetá marcou dois gols diante do Corinthians na vitória por 3 a 0 em plena Arena Corinthians, essa que foi a primeira vitória do time carioca no estádio do time paulista.[24][25]
Se despediu do Flamengo e da torcida diante do Athletico Paranaense no Maracanã, pela última rodada do Campeonato Brasileiro, Paquetá não teve uma partida de tanto destaque, apesar da derrota por 2 a 1, o rubro-negro se sagrou vice-campeão da competição. Ao fim do jogo, Paquetá não escondeu a emoção de estar deixando o clube após 12 anos, terminou sua passagem com 96 jogos disputados e 18 gols marcados.[26]
“ Passa toda história que vivi no clube. Amadurecimento como atleta e pessoa. Passa um filme na cabeça do menino pequeno que teve dificuldades, passou por cima e conquistou o objetivo. Gratidão pela torcida e levo o Flamengo no coração. ”
Terminou o ano de 2018 como artilheiro do Flamengo no Brasileirão e também com o Troféu Bola de Prata da ESPN como melhor meia do campeonato.[2] Também foi escolhido para a Seleção do Campeonato pelos sites GloboEsporte.com (Prêmio Craque do Brasileirão)[4] e Footstats,[27] além da do Cartola FC.[28]
Com boas atuações com a camisa do Flamengo, principalmente, na reta final do Campeonato Brasileiro, Paquetá começou a ser especulado no futebol italiano, tendo Milan e Juventus como os principais interessados em sua contratação, também foi especulado Barcelona e no Paris Saint-Germain, aonde haviam conversas adiantadas para sua aquisição.[29][30] No dia 10 de outubro o Milan atravessou as negociações com o time francês e fechou a contratação do meia pelas próximas cinco temporadas, por cerca de 35 milhões de euros. Lucas Paquetá foi vendido ao Milan por 35 milhões de euros, mais bônus por premiação. O Flamengo receberá 70% do valor, montante que detém dos direitos econômicos do camisa 11- ou seja, cerca de 25 milhões de euros. Os outros 30% são divididos entre o jogador e a Brazil Soccer, empresa que faz a gestão de carreira.[31]
Se apresentou ao clube rossonero em janeiro de 2019, após o fim da temporada brasileiro, Paquetá escolheu vestir a camisa 39, justificando por ter sido seu primeiro número quando subiu ao profissional do Flamengo em 2016.[32][33]
“ "Milan". Quando um clube com esta história me chamou eu fiquei muito feliz. Eles me presentearam com um importante projeto e com profissionais importantes. Conversei com a família e decidimos que o Milan era o lugar certo para mim. ”
Paquetá marcou seu primeiro gol pelo Milan em sua 7° partida pelo clube, no dia 10 de fevereiro de 2019, em um jogo contra o Cagliari, no San Siro, jogo em que seu time venceu por 3–0. Em sua comemoração Paquetá ficou emocionado e homenageou vitimas do Incêndio no Ninho do Urubu, CT do Flamengo.[34][35]
No dia 30 de setembro de 2020, após passagem apagada pelo Milan, Paquetá foi anunciado como novo reforço do Lyon até 2025.[36]