Em 1997, a Secretaria de Educação a Distância – SEED/MEC –, o Fundo de Fortalecimento da Educação – FUNDESCOLA –, os estados e municípios propuseram, mediante celebração de parcerias, o desenvolvimento deste Programa, voltado para a habilitação de professores sem a titulação mínima legalmente exigida, como estratégia para melhorar o desempenho do sistema de Educação Fundamental em todas as regiões do país.
O PROFORMAÇÃO, iniciou sua oferta nas regiões Norte, Nordeste e Centro- Oeste. A primeira turma foi implantada em 1999, como um Projeto Piloto, nos estados do Mato Grosso e Mato Grosso do Sul, habilitando em julho de 2001, 1.323 professores. Em 2000, foram implantados os Grupos I e II, envolvendo os estados do Acre, Alagoas, Amazonas, Bahia, Ceará, Goiás, Maranhão, Paraíba, Pernambuco, Piauí, Rondônia, Sergipe e Tocantins, foram diplomados mais 22.056 professores.
O Programa foi financiado pelo FUNDESCOLA que administra recursos oriundos do Banco Mundial. O Programa das Nações Unidas para o Desenvolvimento – PNUD –, desde o lançamento do PROFORMAÇÃO, tem sido parceiro da Secretaria de Educação a Distância – SEED –, na execução do Programa. A partir de 2002, o FNDE – Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação – assumiu o financiamento do programa por meio de convênio com a Secretaria de Educação a Distância – SEED/MEC. Nesse mesmo ano, iniciou-se o Grupo III, implementado nos seguintes estados: Alagoas, Bahia, Ceará, Goiás, Maranhão, Mato Grosso, Paraíba, Pernambuco, Piauí, Rondônia e Sergipe, formando em julho de 2004, mais de 6.000 professores.
Apesar do PROFORMAÇÃO já ter formado mais de 30.000 professores, existe ainda no Brasil, nas redes públicas de ensino, um número significativo de professores sem a habilitação mínima exigida por lei, atuando nas primeiras séries do Ensino Fundamental e/ou classes de alfabetização. O MEC, sensível a essa realidade e respaldado no sucesso do Programa, a partir de 2004 oferece o PROFORMAÇÃO para todas as regiões do país.