Na encíclica Pascendi, São Pio X afirma que o Modernismo é a cloaca para onde confluíram todas as heresias. Diz ainda que essa heresia penetrou na Igreja de tal modo que, os inimigos dela já não deveriam ser buscados fora, mas dentro dela, especialmente nas fileiras do Clero.( Pascendi, n* 2).. E a esses Modernistas — especialmente do Clero — São Pio X chama de “os mais perigosos inimigos da Igreja”. ( Pascendi, n*3).
O Papa demonstra que os Modernistas, para melhor ocultar sua ação deletéria, não apresentavam sua doutrina de modo sistemático, mas, “com astucioso engano” apresentam seu pensamento de modo não coordenado, um defendendo o Modernismo apenas no campo exegético (O Padre Alfred Loisy); outro, no terreno teológico (Padre Laberthonière, Padre Georges Tyrrell e Padre Ernesto Bonaiutti, o amigo do futuro João XXIII e que lançou o Manifesto dos Modernistas) ; outro no campo místico (o Barão Von Hügel); outro na Filosofia ( Maurice Blondel) ; outro numa Arqueologia e Antropologia “Gnóstico-Mística” ( Padre Teillhard de Chardin); outro na literatura (Antonio Fogazzarro); outros na política (Marc Sangnier, Padre Romolo Murri); outros enfim, no Vaticano, exercendo uma ação discreta mas decisiva, na política eclesiástica, protegendo os modernistas, ou mesmo defendendo suas idéias (como Della Chiesa, Gasparri, Radini Tedeschi, Roncalli, Montini, Bea, etc).
É claro que o espírito furta cor e camaleôntico do Modernismo não permite detectar — por vezes — claramente a heresia em muitos de seus defensores, tanto mais quando se sabe que eles, como lembrou São Pio X, muitas vezes negam numa página o que afirmam noutra (Cfr. Pascendi, n* 3).
O sistema Modernista, diz o Papa São Pio X, parte de uma posição agnóstica. Para eles a razão só pode estudar e examinar os fenômenos perceptíveis pelos sentidos e pela ciência. Daí afirmarem, inicialmente, que Deus e a Fé serem assuntos alheios à Ciência experimental moderna.
Para os Modernistas então todas as provas da existência de Deus são elocubrações intelectualistas que nada comprovam. Eles rejeitam assim o que definiu o Concílio Vaticano I: que os católicos devem ter como demonstrável pela razão a existência de Deus. Como rejeitam o que diz São Paulo que ”após a criação as qualidades invisíveis de Deus se tornaram cognoscíveis através das coisas criadas” (Rom I 20). Deste modo, os Modernistas se inclinam para a Gnose, ao rejeitarem a analogia do ser: o mundo criado não refletiria a Deus criador.( Pascendi, n*6).