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A primeira publicação foi feita online por John Gruber. É conhecida como Markdown Básico. Não inclui sublinhado, riscado ou tabelas.
Existem vários esforços em padronizar a sintaxe. São conhecidas como Markdown Flavors (sabores):
CommonMark: Especificação completa com o objetivo de padronizar a Markdown básica e eliminar as ambiguidades das implementações. Tem as particularidades de filtrar tags HTML e produzir links automaticamente.
GitHub Flavored Markdown (GFM): Estende a CommonMark com tabelas, lista de tarefas, riscado, entre outros.
MultiMarkdown: Adiciona ao básico, tabelas, notas de rodapé, citações e bibliografia, equações matemáticas, lista de definições, referências cruzadas e outros recursos.
Markdown Extra: Adiciona ao básico, tabelas, notas de rodapé, lista de definições, abreviações e HTML.
Pandoc Markdown: Implementação feita para a interface Pandoc que inclui tabelas, equações matemáticas, citações e bibliografia, referências cruzadas, notas de rodapé, sobrescrito e subscrito, riscado, metadados, etc.
Google Drive, Dropbox, Gist, GitHub, Blogger, WordPress, Zendesk
Dropbox, Evernote, Tumblr
Wordpress, Evernote, Tumblr
GitHub, Dropbox, Google Drive, One Drive, Medium, Bitbucket
Por estar disponível apenas comercialmente, destaco o programa Scrivener. Possui recursos diferenciados com o objetivo de otimizar a produção literária mas também tem sido utilizado por escritores acadêmicos. Suporta MultiMarkdown, mas pode ser integrado ao Pandoc utilizando Scrivomatic com a opção de configurá-lo pelo Pandocomatic.