Os recursos do Fundeb devem ser aplicados exclusivamente na manutenção e desenvolvimento da educação básica pública, sendo que o mínimo de 60% desses recursos deve ser destinado anualmente à remuneração dos profissionais do magistério (professores e profissionais que exercem atividades de suporte pedagógico, tais como: direção ou administração escolar, planejamento, inspeção, supervisão, coordenação pedagógica e orientação educacional) em efetivo exercício na educação básica pública, e a parcela restante (de no máximo 40%), seja aplicada nas demais ações de manutenção e desenvolvimento.
Como a parcela de recursos para remuneração é de no mínimo 60% do valor anual, não há impedimento para que se utilize até 100% dos recursos do Fundeb na remuneração dos profissionais do magistério.