A mesquita abriga um santuário no qual acredita-se estar preservada a cabeça de João Batista, que é considerado um Profeta do Islã e chamado Iáia. Supostamente, a cabeça foi encontrada durante as escavações para a construção da mesquita. O Mausoléu de Saladino está ali também, num pequeno jardim anexo à muralha norte.