No início denominava-se Jaboatã, nome cuja origem está dividida em duas correntes de opinião. Uma corrente afirma que Japoatã advem de Frei Jaboatão que dirigindo um grupo de franciscanos fundou um convento e uma igreja no lugar Riacho do Meio com a finalidade de catequizar o cacique Pacatuba e sua tribo. Outra corrente apresenta uma versão que tem como ponto comum a catequese dos silvícolas, porém, afirmando que foram os jesuítas e não os franciscanos que fundaram a Missão Riacho do Meio, onde fundaram um convento no morro Jaboatão e perto do Monte Cruzeiro de Pedra uma igreja sob o orago de Nossa Senhora das Agonias, sendo os mesmos substituídos pelos franciscanos após a explusão daqueles pelo Marquês de Pombal. Em 1630 a imagem de Nossa Senhora das Agonias, por ordem do Vaticano seguiu para Roma, ficando a povoação consagrada a Nossa Senhora do Desterro. Corre pela região a crença na existência do fabuloso tesouro de Jaboatão deixado enterrado pelos religiosos quando abandonaram a área durante a invasão holandesa ou quando da expulsão dos jesuítas. De concreto existe a Lei nº 583 de 23 de novembro de 1910 que promove Jaboatão à categoria de município, lei que caducou devido a não instalação do mesmo. Em 20 de outubro de 1926 a Lei 960 guinda Jaboatão à sede municipal e rebaixa Pacatuba à categoria de povoado e distrito único. O Decreto-Lei Estadual nº 69 cria o Distrito de Paz de Pacatuba pertencente a Japoatão. Atendendo a legislação federal relativa a multiplicidade de topônimo, o município passou a denominar-se Japoatã, nome que foi confirmado pela Lei Estadual nº 525-A de 25 de novembro de 1953. Gentílico: japoatãnense .
PARECER Nº 003-2017
JAPOATÃ
ASSIM, FUNDAMENTADO NESSSAS CONSIDERAÇÕES – TODAS ELAS EXTRAÍDAS DO ESTUDO DAS FONTES SECUNDÁRIAS PESQUISADAS NAS INSTITUIÇÕES CULTURAIS E DA ANÁLISE QUE PROCEDI À SOMBRA DO MEU PRÓPRIO SABER DE HISTORIADOR E AUTOR DE VÁRIOS LIVROS SOBRE A HISTÓRIA DE SERGIPE, SOU DE PARECER, SALVO MELHOR JUÍZO, QUE A CIDADE DE JAPOATÃ – NA FALTA DA DOCUMENTAÇÃO PRIMÁRIA QUE REVELE SUA HISTÓRIA NOS SÉCULOS EM QUE ESTEVE SUBORDINADA ÀS LUZES DOS RELIGIOSOS E DOS POLÍTICOS DOS PERÍODOS COLONIAL E PROVINCIAL, CONTINUI A SOLENIZAR A DATA DE 23 DE NOVEMBRO DE 1910, DATA REPUBLICANA, COMO SUA DATA MAIOR, DIA CONSAGRADO À EMANCIPAÇÃO POLÍTICA DA CRISTIANÍSSIMA JAPOATÃ, DE ACORDO COM O QUE SE ASSENTA NA LEI Nº 583:
“Eleva á categoria de cidade a Villa denominada - Vila Nova, e á Villa o povoado Jaboatão.
O Presidente do Estado de Sergipe:
Faço saber que a Assembléa Legislativa do Estado decretou e eu sancciono a seguinte lei:
Art. 1º Fica elevada á categoria de cidade a Villa denominada Villa Nova, á margem do rio S. Francisco, conservando a mesma denominação.