A partir do século XI em diante, uma série de poderosas dinastias berberes surgiram.[19][20][21] Sob a dinastia almorávida[22] e a dinastia almóada, Marrocos dominou o Magrebe, grande parte da atual Espanha e Portugal, além da região do Mediterrâneo Ocidental. A partir do século XIII o país viu uma migração maciça de tribos árabes Banu Hilal. Nos séculos XIII e XVI os merínidas tomaram o poder em Marrocos e esforçaram-se para replicar os sucessos dos almóadas através de campanhas militares na Argélia e Espanha. Eles foram seguidos pelos oatácidas. No século XV, a Reconquista acabou com o regime muçulmano no centro e sul da Espanha e muitos muçulmanos e judeus fugiram para Marrocos.[23]
Em 1415, Portugal vira os olhos para a África e empreende a conquista de Ceuta e, no século seguinte, a maior parte do litoral marroquino estava nas mãos de portugueses e espanhóis. Ceuta continua sob soberania espanhola até hoje. Em 1472, os sultões de Fez perderam todos os seus territórios estratégicos e já não têm o controle do Estreito de Gibraltar. Os Portugueses apoderam-se de Tânger, em 1471, que quase dois séculos mais tarde (1661) cedem a Inglaterra como dote da rainha Catarina de Bragança a seu marido Carlos II de Inglaterra. Durante o governo português (1471-1661), Tânger é a capital do Algarve, em África, porque existem dois Algarves, a da Europa e a de África, tanto um como outro considerados territórios pessoais da Dinastia de Avis e depois da dinastia de Bragança (o rei de Portugal também tinha o título de Rei dos Algarves). Sob os reinados sucessivos de Afonso V, João II e Manuel I (período que marca o apogeu da expansão portuguesa) o Algarve africano abrange quase toda a costa atlântica de Marrocos, com a excepção de Rabate e Salé. Os Portugueses controlam a parte costeira que se estende desde Ceuta até Agadir (Fortaleza de Santa Cruz do Cabo de Gué), tendo como marcos as praças fortes de Alcácer-Ceguer, Tânger, Arzila, Azamor, Mazagão e Safim e do Castelo Real de Mogador. Estas possessões formam as fronteiras, e são usadas como paradas na rota do Brasil e do Estado Português da Índia. No entanto, a maioria de Marrocos português é conquistada pelos Saadianos em 1541. A última fronteira é a de Mazagão, recuperada pelos marroquinos em 1769. Os espanhóis, quanto a eles dominam parte da costa do Mediterrâneo com os presídios de Melilha e o Ilhote de Vélez de la Gomera, assim como a região de Tarfaya em frente das ilhas Canárias. Também conservam o controlo de Ceuta após a Restauração da Independência de Portugal em 1640. Os Wattássidas enfraquecidos, finalmente, cedem o poder a uma dinastia que reivindicava uma origem árabe Xerifiana, os Saadianos em 1554.[24]
Os esforços portugueses para controlar o comércio do Atlântico no século XV não afetaram grandemente o interior de Marrocos. Apesar de terem conseguido controlar algumas possessões na costa marroquina, eles não se aventuraram mais ao interior. Em outra nota e de acordo com Elizabeth Allo Isichei, "Em 1520, houve uma fome em Marrocos tão terrível que por muito tempo outros eventos foram datados por ele. Além disso, sugeriu-se que a população de Marrocos caiu de 5 para menos de 3 milhões entre os séculos XVI e XIX".[25]