Esta coleção é composta por organismos aquáticos vivos que estão expostos no Aquário do Instituto de Pesca (IP-APTA) – o segundo mais antigo do Brasil – localizado no Parque da Água Branca, em São Paulo, Capital. Fazem parte desta coleção diversas espécies de alto valor econômico para a aquicultura e a pesca continental, como o matrinxã, o pacu e a tilápia. Em 2017, o Aquário recebeu 46.171 visitantes.
Possui aproximadamente mil cepas de fungos, principalmente do gênero Aspergillus e Penicillium isolados de alimentos. Está localizada na Unidade Laboratorial de Referência de Microbiologia do Centro de Ciência e Qualidade de Alimentos (CCQA), do Instituto de Tecnologia de Alimentos (ITAL-APTA), que atua nas áreas de micologia, micotoxinas, biologia molecular e microbiologia, destacando-se na análise de fungos e toxinas em alimentos, água, bebidas, embalagens e em ambientes industriais, e no desenvolvimento de trabalhos relacionados principalmente com identificação de bolores deteriorantes e toxigênicos, além de validação de métodos para a detecção e quantificação de micotoxinas em alimentos.