Por volta das décadas de 1940-50 os Xipaya passaram novamente por uma redistribuição de sua população. Neste período o contato, as doenças, as mortes, os casamentos entre Xipaya, Kuruaya, Juruna e os nordestinos vindos para a região como "soldados da borracha" já haviam imprimido um novo perfil à região. As sucessivas mudanças forçadas e a dispersão do grupo passaram a idéia de que os Xipaya haviam desaparecido como grupo étnico.