Porque considerar que apenas pela investigação se consegue uma melhor intervenção, a EAPN Portugal privilegia desde a sua fundação o estudo dos fenómenos da pobreza e da exclusão social, como forma de mapear os problemas e consequentemente contribuir para a sua resolução.
Na área de Investigação e Projetos a EAPN Portugal dedica grande parte da sua atividade à análise aprofundada de temáticas relacionadas com a missão da organização que se materializa na elaboração de pareceres e tomadas de posição pública, na dinamização de grupos de trabalho temáticos e transdisciplinares e no desenho e implementação de projetos de investigação-ação. Os projetos têm assim a dupla função de aprofundar conhecimentos sobre os fenómenos e moldar a intervenção e a experimentação social