Possivelmente é de origem românica, embora tenha passado por diversas modificações integrais ao longo dos anos. São Joan de Sispony tem um campanário de torre e uma nave retangular. O primeiro documento onde aparece mencionada a localidade de Sispony é a Concórdia de 1162. Entre os signatários consta G.R. de Sispony.
A igreja, pelo contrário, não aparece referida até à data de 30 de maio de 1272, em que Rula de Serters, no seu testamento, deixava 12 diners à igreja de São Joan de Sispony.