DMenegatti vc pode adicionar ao seu footer.php um link com uma class e personalizar o link com a imagem do seu logo.
Sobre o embaralhamento, isso ocorre porque o tema não foi projetado para trabalhar também sem jQuery ativado, então antes que os scripts sejam todos carregados e aplicados na página ela fica desconfigurada.
Infelizmente para alterar isso é meio complicado explicar porque cada caso é um caso e não tem uma receita que funcione para tudo.