Por meio da Resolução nº 030, de 11 de junho de 2014, do Conselho Superior (Consup), o Instituto criou a Diretoria de Direitos Humanos e Inclusão Social (DDHIS), que se se propõe a mobilizar a comunidade acadêmica e a sociedade maranhense para viabilizar atividades educativas que sensibilizem gestores, servidores (docentes e administrativos), estudantes, pais e/ou responsáveis e a comunidade, para promoverem ações que contribuam na melhoria das relações interpessoais desse público, além de apontar alternativas de solução para as problemáticas que envolvam a garantia dos direitos das pessoas no dia a dia da instituição bem como da comunidade em geral. Além da DDHIS, o IFMA mantém em sua estrutura núcleos de inclusão social que pretendem contribuir para a promoção de políticas e programas de ações afirmativas.