Para fazer a cobrança, será aberta uma TCE (Tomada de Contas Especial), que é um novo processo onde cada um dos responsabilizados poderá apresentar sua defesa individualizada. Nesse processo, o débito apontado poderá ser modificado ou até mesmo anulado pelo futuro julgamento do tribunal.
Os problemas na refinaria foram denunciados ao TCU em fevereiro de 2013 pelo procurador do tribunal, Marinus Marsico, e investigados ao longo de 15 meses. Após a análise de centenas de documentos da Petrobras, três técnicos do TCU apontaram que a Petrobras fez uma aquisição "antieconômica" da refinaria e dos estoques de óleo. De acordo com os técnicos houve "lesão ao erário, atos de gestão antieconômica e ilegítimos" nessa aquisição.
A Petrobras alegou em sua defesa que não houve prejuízo na aquisição de Pasadena e que o TCU desconsiderou alguns dos relatórios de consultorias e bancos que apontavam para a regularidade da transação. Os diretores da empresa também alegam, em depoimentos à diferentes comissões do Congresso, que não houve prejuízo na aquisição da refinaria americana.