Este artigo objetiva analisar comparativamente os principais fatores envolvidos na coordenação do sistema agroindustrial do biodiesel (SAI biodiesel) no Brasil e na União Europeia, sob a perspectiva dos stakeholders deste sistema. Para tanto, foi desenvolvido um questionário e a comparação foi realizada por meio da análise fatorial. Os resultados mostraram que os fatores semelhantes estão relacionados à tributação e ao comércio internacional, aos sindicatos dos trabalhadores e associações que representam as usinas de biodiesel, e à diversificação, aquisição da agricultura familiar/pequeno produtor e garantia de oferta. Os fatores diferentes são: (1) no Brasil: estratégias de crescimento, competitividade das usinas, diferenciação das usinas, incentivos para a produção de biodiesel, políticas gerais sobre biocombustíveis, tecnologias de produção de biodiesel e políticas nacionais específicas e (2) na UE: diferenciação na produção de biodiesel e organizações de apoio. Os resultados também mostraram a existência de um trade-off no que se refere ao avanço tecnológico no SAI biodiesel. Se, por um lado, a inclusão dos agricultores familiares e pequenos agricultores na economia é um dos fatores a serem considerados para a sustentabilidade do sistema, por outro, o desenvolvimento deste, buscando resolver o conflito alimento versus biocombustíveis, marginaliza estes produtores.