Os participantes da Copa Brasil - Série B 2013 foram definidos nos quatro regionais disputados durante o ano. As duas equipes de melhor campanha de cada evento - com exceção dos times da Série A - garantiram a classificação. São elas:
A segunda divisão nacional será disputada com oito equipes divididas em dois grupos, conforme regulamento da competição. A distribuição das equipes nos grupos se dará por sorteio, sendo que somente duas das melhores colocadas nos regionais poderão estar na mesma chave.
III- Na fase Final as duas equipes vencedoras da fase semifinal jogarão entre si disputando o primeiro lugar.
c) Em caso de empate no tempo regulamentar na final haverá prorrogação de 2 (dois) tempos de 5 (cinco) minutos. Permanecendo o empate ao fim da prorrogação haverá disputa de pênaltis.