Em 1906, Carlos Chagas esteve em Itatinga, no interior de São Paulo. Lá, a Companhia Docas de Santos construía uma hidrelétrica e a malária atingia os operários. Ele, então, realizou a primeira campanha bem-sucedida do Brasil contra a malária. No ano seguinte, junto com Arthur Neiva, Chagas foi chamado para fazer a profilaxia da doença em Xerém, na Baixada Fluminense, onde a Inspetoria Geral de Obras Públicas construía um aqueduto. Meses depois, Chagas, agora com Belisário Penna, seguiu para Minas Gerais, porque a malária dificultava o prolongamento dos trilhos da Central do Brasil. Os dois montaram um laboratório em Lassance, onde Chagas descobriria a tripanossomíase americana, em 1909.
No ano seguinte à descoberta da doença de Chagas, Cruz e Penna foram à Amazônia a convite da empresa norte-americana que construía a Estrada de Ferro Madeira-Mamoré. Esta tinha a fama de consumir a vida de um operário para cada dormente assentado na selva. A culpa era principalmente da malária, que derrubava os trabalhadores e exigia o recrutamento constante de mais homens. Para a construção dos primeiros 90 Km da ferrovia, foi necessário um total de 8 mil operários, entre imigrantes e nordestinos atraídos pela ascensão dos seringais.
A malária atingia de 80% a 90% da população local, segundo os cálculos de Cruz e Penna. Para piorar a situação, o combate à doença requeria doses tão altas de medicamento que ele podia ser tóxico. Livrar a região do mosquito transmissor da malária demandaria tantas obras de saneamento que o custo poderia ser superior ao da construção da ferrovia. Então, a única solução viável parecia ser o uso do remédio e o recolhimento obrigatório dos operários em locais protegidos dos mosquitos desde o pôr-do-sol.
Essa campanha contra a malária não deu certo. Mas a construção da Madeira-Mamoré continuou, assim como as mortes de milhares de operários. O último trecho da ferrovia foi inaugurado em 1912, mas ela já não parecia tão útil, porque a borracha estava em crise. O governo, em uma tentativa de salvar o produto, criou a Superintendência da Defesa da Borracha. Esta entrou em contato com Cruz porque julgava que um estudo das condições de salubridade da Amazônia era fundamental a seus propósitos.
Então, entre outubro de 1912 e março de 1913, Chagas, do IOC, Pacheco Leão, da Escola de Medicina do Rio de Janeiro, e João Pedro de Albuquerque, da DGSP, percorreram os rios que atravessavam os seringais. “Incontestavelmente é no rio Negro que se encontra a condição mais primitiva de trabalho e a condição mais precária de vida humana”, escreveram no relatório da viagem. Com uma postura etnocêntrica, os cientistas consideravam os índios “primitivos e inferiores”. E criticavam os brancos que, em vez de civilizarem e integrarem os gentios, os escravizavam. Ao longo de todo o percurso, pouquíssimos vilarejos tinham atividade agrícola desenvolvida ou contavam com um serviço médico. Mas os casos de malária estavam por toda a parte.