Compete à Seção de Contabilidade o controle de todos os eventos e movimentações financeiras e orçamentárias, mantendo os saldos das contas e sub-contas atualizados e disponíveis aos coordenadores.
É responsável, também, pela auditoria interna, com a função de verificar a exatidão das prestações de contas (inclusive convênios), de analisar os procedimentos de licitação, dispensa e inexigibilidade quanto à sua correção formal, de examinar as contas do almoxarifado, etc.