Currículo do Sistema de Currículos Lattes (Luciane Prioli Ciapina)
Endereço para acessar este CV: http://lattes.cnpq.br/1906825541995385
Possui graduação em Ciências Biológicas pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (1993), mestrado (1997) e doutorado (2001) em Agronomia - área de concentração: Genética e Melhoramento de Plantas, pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho e Pós-doutorado na Université des Sciences et Technologies de Lille (USTL). Atualmente é tecnologista no Laboratório Nacional de Computação Científica. Tem experiência na área de Biologia molecular, Genômica e Bioinformática. (Texto informado pelo autor)
CIAPINA, L. P.;Ciapina, Luciane Prioli;CIAPINA, L.;CIAPINA, LUCIANE P.;Luciane Prioli Ciapina Guedes;Guedes, LPC;GUEDES, LUCIANE PRIOLI CIAPINA
Av. Getúlio Vargas, 333 sala 1A03
Telefone: (24) 22336104
Doutorado em Agronomia Genética e Melhoramento de Plantas.
Título: Seqüências repetitivas e seqüenciamento do espaço intergênico dos genes 16S-23S rDNA acessando a diversidade genética em Xylella fastidiosa, Ano de obtenção: 2001.
Orientador: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos.
Palavras-chave: Clorose Variegada dos Citros; rep-PCR; sequenciamento; espaço intergênico 16S-23S rDNA; Xylella fastidiosa.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos / Especialidade: Biologia Molecular.
Título: Diferenciação genômica de bactérias gram-negativas e gram-positivas pela análise do gene rDNA 16S e rep-PCR,Ano de Obtenção: 1997.
Palavras-chave: rep-PCR; Bradyrhizobium; bactérias.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos / Especialidade: Microbiologia.
Título: Análises isoenzimáticas em leveduras do gênero Trichosporon.
Orientador: Cláudio Costa.
1.	Curso de Linux, Modulo I ? Básico. (Carga horária: 10h).
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Tecnologista Pleno nível III, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Pesquisador - anotador Swiss-Prot, Carga horária: 44, Regime: Dedicação exclusiva.
GA-043 Introdução ao DNA e Proteínas
GA-016 Introdução a Biologia Molecular
GA-043 - Introdução ao DNA e Proteínas
GA-016 - Introdução a Biologia Molecular
GA-047 - Bioinformática I: Banco de dados do ponto de vista biológico
Pesquisa e desenvolvimento , LNCC, .
Anotação de proteínas
UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA/FACULDADE DE CIÊNCIAS AGRÁRIAS E VETERINÁRIA, UNESP/FCAV, Brasil.
Vínculo: Pos-Doutorado, Enquadramento Funcional: bolsista, Regime: Dedicação exclusiva.
Pesquisa e desenvolvimento , Université des Sciences et Technologies de Lille, .
Biologia molecular de bactéria
Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pesquisador Científico, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Projeto de Pesquisa desenvolvido junto ao Laboratório de Bioquímica de Microrganismos e Plantas (LBMP)- UNESP/FACAVJ
Pesquisa e desenvolvimento , Centro Av. de Pesquisa Tecnológica do Agronegócio de Citros Sylvio Moreira, .
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Pesquisador Científico III, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Contratada pela FUNDAG para atuar no projeto: Integração de melhoramento genético, genoma funcional e comparativo de citros. Sub-projeto: avaliação de genes expressos em Xylella fastidiosa e citros por microarray, coordenado pelo Dr. Marcos A. Machado, Centro APTA Citros Sylvio Moreira, IAC, SP
Período correspondente à conclusão do curso de mestrado e doutorado
Biologia molecular de microrganismos e plantas
diversidade genética de microrganismos e plantas
Sequenciamento do genoma da bactéria Xylella fastidiosa, Xanthomonas axonopodis e X. campestris
Objetivo: Estudo de diversidade microbiana no solo e de fitopatógenos.
Palavras-chave: Bradyrhizobium; PCR; bactérias; fungos; Rhizobium.
Objetivo: Gerar conhecimento sobre a estrutura populacional e estudos de filogenia.
Palavras-chave: PCR; bactérias; sequenciamento.
Objetivo: capacitação de serviço técnico especializado estabelecimento da técnica de sequenciamento conhecimento do genoma das bactérias X. fastidiosa e X. axonopodis visando controle das doenças causadas em citros.
Palavras-chave: Xanthomonas axonopodis; Xylella fastidiosa; sequenciamento; Clorose Variegada dos Citros.
Objetivo: Estudar os genes diferencialmente expressos em situações bióticas e abióticas diversas.
Palavras-chave: microarray; RT-PCR.
Objetivo: Utilizar as técnicas de biologia molecular para gerar conhecimento sobre o material a ser estudado.
Palavras-chave: Clorose Variegada dos Citros; Xylella fastidiosa; cigarrinha; expressão gênica; microarray.
Objetivo: Estudo de genes diferencialmente expressos em condições bióticas e abióticas diversas.
Objetivo: Utilizar as ferramentas da biologia molecular para gerar conhecimentos sobre o material a ser estudado.
Palavras-chave: PCR; Nested-PCR; microarray; sequenciamento.
Descrição: As imunodeficiências primárias são doenças genéticas raras que têm como principal característica alterações das funções do sistema imune, levando à maior suscetibilidade às infecções de repetição, autoimunidade e neoplasias. A criança com imunodeficiência primária, embora relativamente rara, é um paciente de alto custo para o SUS, devido a dificuldades diagnósticas, requer o uso de antibióticoterapia e internações prolongadas que em muitos casos evoluem a óbito. Alternativas terapêuticas para alguns casos são de alto custo como transplantes de Células Tronco Hematopoiéticas ou infusão de imunoglobulina intravenosa. No entanto, a indicação terapêutica adequada está diretamente relacionada ao diagnóstico diferencial, precoce e preciso, possibilitando alcançar a eficiência da intervenção clínica, com redução significativa do número de infecções e internações. Até o momento existem mais de 300 mutações causadoras de PIDD. Os testes de diagnóstico molecular existentes podem ser inconclusivos devido a sobreposição com fenótipos clínicos. Dentre os testes genéticos para variantes genéticas associados à PIDD, o sequenciamento de genes individuais usando a metodologia de Sanger é demorado e caro. Embora existam painéis de genes PIDD conhecidos, este método possui limitações, tais como a incapacidade de detectar novos genes relacionados à PIDD. Nesse trabalho propomos o estudo de diferentes grupos de imunodeficiências através de estratégias de sequenciamento de exomas, com o objetivo de alcançar o diagnóstico no maior nível de complexidade e definir de forma precisa a deficiência no sistema imune. O conhecimento dessas alterações moleculares permitirá o tratamento mais efetivo do paciente e possibilitarão benefícios a curto e longo prazo, com adoção de protocolos de cuidados adequados e minimizando internações graves e morte associada a essas patologias. Adicionalmente, o conhecimento dos genes envolvidos nessas patologias no contexto de doenças do nosso meio, permitirão dissecar as vias moleculares essenciais para o combate às doenças negligenciadas.
Apoio à manutenção da infraestrutura do centro multiusuário Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA)
Descrição: A Unidade de Genômica Computacional ?Darcy Fontoura de Almeida? (UGCDFA), inaugurada no final de 2008, é uma Unidade Multiusuário destinada a atender aos projetos genomas do Estado do Rio de Janeiro bem como do país e do exterior e está associada ao Laboratório Nacional de Bioinformática (LABINFO) do LNCC. A UGCDFA atua em sincronia com o LABINFO sendo este um centro de excelência em Bioinformática no Brasil e no exterior. Esta associação tem como finalidade integrar as atividades de sequenciamento em larga-escala de DNA e de bioinformática, utilizando a infraestrutura de Computação de Alto Desempenho do LNCC, permitindo maior agilidade no processamento e análise dos dados gerados pelos sequenciadores de DNA de nova geração instalados na UGCDFA. Recentemente, com a instalação do supercomputador Santos Dumont, com um total de 18.144 núcleos de CPU, as sequências geradas na UGCDFA poderão ser processadas com maior velocidade atendendo de forma mais eficiente as várias redes genômicas, grupos parceiros e colaboradores. Até o momento, foram sequenciados cerca de 450 genomas, metagenomas, transcritomas totalizando, aproximadamente, 60Tb de dados gerados pela UGCDFA e processados pelo LABINFO. É importante destacar que para todos os projetos desenvolvidos em colaboração, fazemos parte do alicerce central, visto que somos responsáveis pela geração e processamento das informações genômicas. Esta proposta tem por objetivo a manutenção da infraestrutura da UGCDFA visando continuar gerando grandes quantidades de dados para diversos modelos biológicos e disponibilizando serviços para instituições de pesquisa e acadêmicas, nacionais e internacionais. Ressaltamos que devido ao número de sequenciamentos realizados, processados e analisados na UGCDFA/LABINFO, atualmente, o Estado do Rio de Janeiro tem um papel de destaque nacional na área de genômica computacional/bioinformática, pois foi o que mais gerou, depositou e analisou dados de genomas, transcritomas e metagenomas..
Genômica Computacional do Vírus da Zika (ZIKV)
Descrição: Este projeto pretende investigar a interação do microorganismo-hospedeiro (SAIZIKA) através do sequenciamento de cultivos (primários ou linhagens estabelecidas) de células humanas de diferentes tecidos considerados como alvos potenciais de infecção, incluindo neurônios/neuroblastos, células de Schwann, trofoblasto, queratinócitos, fibroblastos, epiteliais tímicas e células- tronco de sangue de cordão, seguidas por análises de bioinformática. Para isso, realizaremos uma análise comparativa do transcritoma humano em cultivos celulares de amostras sadias e infectadas pelo ZIKV. Nessa etapa, pretende-se identificar e caracterizar as funções biológicas e vias metabólicas dos genes humanos diferencialmente expressos e que estejam envolvidos na padronização do neuro-eixo e malformações encefálicas..
Descrição: The overall objectives of ZIKAlliance are to assess the impact of Zika virus infection on pregnant women and fetuses as well as to decipher the natural history of Zika virus infection in humans and their environment in the context of other circulating arboviruses. The multidisciplinary ZIKAlliance project will link large observational multicentre cohort studies with basic scientific research to address the above questions, (i) with longstanding shared work experience on arboviral diseases in basic, clinical and applied sciences; (ii) with an established network of clinical cohorts currently studying Dengue Fever in Latin America & the Caribbean; (iii) guided by the principles of One Health approach to respond to the challenges of vector‐borne epidemics..
Estudo Molecular das Doenças Genéticas Crônicas: Defeitos Congênitos, Doença do Desenvolvimento e Câncer Infantil, a partir da Via das RASopatias - Apoio as Instituições de Ensino Sediadas no RJ
Descrição: Com o advento das técnicas moleculares de Sequenciamento de Nova Geração do genoma, diferentes níveis de conhecimento das doenças genéticas estão sendo ampliados, abrindo portas para a otimização de técnicas de diagnóstico, melhorando a compreensão das doenças em nível celular e fisiopatologia molecular, além de auxiliar na condução clínica dos pacientes. As RASopatias são entendidas como um conjunto de síndromes caracterizadas por uma heterogeneidade de sinais e sintomas clínicos que limita o prognóstico, ainda na vida infantil, de predisposições a determinados tumores ou atrasos neurocognitivos. Tal heterogeneidade genética se deve a diversos tipos de mutações nos genes da via de sinalização RAS/MAPK, tornando a investigação molecular pelo sequenciamento tradicional sequencial laborioso e de difícil consolidação/otimização. Desta forma, a partir de tecnologias de sequenciamento de nova geração, a investigação e o conhecimento atual dos aspectos genéticos podem agregar novos processos de gestão entre a Clínica ? SUS ? Pesquisa ? Ensino, oferecendo um amplo entendimento das doenças e de sua aplicação aos pacientes e famílias, além de abrir novos horizontes e estudos em nível da genômica, biologia celular e oncogênese. O presente projeto propõe a construção de um Consórcio Molecular a partir de uma estreita colaboração entre o Laboratório de Bioinformática do Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), referência em análises genômicas, e o Centro de Genética Médica do IFF/Fiocruz, unidade materno-infantil do Estado do Rio de Janeiro, que recebe grande número de pacientes com doenças do desenvolvimento, destacando-se as síndromes associadas à via das RASopatias, visando desenvolver soluções inovadoras em saúde pública e ampliação de conhecimento utilizando técnicas genômicas de última geração aplicadas as doenças genéticas..
Ampliação e Modernização dos Laboratórios de Bioinformática e Medicina Assistida
Descrição: Atualização da plataforma de sequenciamento e computacional de alto desempenho para sequenciamento genomas e transcriptomas humanos aplicados a pesquisas biomédicas com aplicações diretas em genomas humanos. Expansão da capacidade computacional de larga escala existente no Laboratório Nacional de Computação Científica visando a, de forma geral, solução de problemas de grande porte na área de hemodinâmica computacional orientada à modelagem do sistema cardiovascular humano.
Genômica Aplicada a Recursos Pesqueiros e de Aquicultura do Estado do Rio de Janeiro GARPA-RIO
Descrição: O Brasil possui uma extensa costa cuja pesca artesanal serve de sustento para as populações costeiras, e cuja exploração comercial é atividade altamente lucrativa. No entanto, a exploração desregulada dos recursos pesqueiros pode levar ao seu esgotamento em poucos anos. O projeto GARPA-RIO é constituído por uma rede de laboratórios e instituições de pesquisa dos Estados do RJ, SC e RN que visa abordar duas questões de importância fundamental para a preservação desses recursos, através de abordagens de genômica molecular e análises de bioinformática. A primeira questão busca estratégias de melhoramento para cultivo de ostras na costa fluminense. Para isso, utilizaremos os métodos mais recentes de sequenciamento no NextSeq 500 Illumina, através de experimentos de genômica, transcritômica e metagenômica, onde buscaremos caracterizar o perfil genético das ostras nativas do gênero Crassostrea sob determinadas condições ambientais e seus possíveis patógenos, bem como detectar os limites dos estoques genéticos na costa. Os experimentos serão realizados comparando as populações de SC, onde o cultivo de C. gasar está bem estabelecido, com aquelas do RJ, a fim de detectarmos as diferenças no perfil de expressão e estabelecermos as condições adequadas para o futuro estabelecimento de um cultivo ostreícola no RJ. A aplicação deste cultivo será conduzida pela FIPERJ, parceira neste projeto. A segunda questão visa o monitoramento da qualidade e comercialização do pescado através da identificação molecular e criação de um banco de dados com sequências de marcadores moleculares das espécies, nativas ou não, pescadas ou comercializadas no RJ. Ambas as estratégias implicarão na geração de empregos e desenvolvimento social local, ao mesmo tempo em que proporciona benefícios tangíveis ao ambiente marinho e ganho econômico ao Estado..
Descrição: A Rede Avançada em Biologia Computacional (RABICÓ) terá sua sede no LNCC e pretende oferecer um conjunto de softwares com tecnologia moderna e atualizada para o desenvolvimento de aplicações que requerem alto poder computacional e recursos avançados de visualização científica, possibilitar a geração e estimular o desenvolvimento da pesquisa de forma integrada com equipes multidisciplinares, para o estudo de problemas relacionados à saúde humana, animal, vegetal e ambiental, e principalmente, formar recursos humanos qualificados na Graduação e na Pós-Graduação..
Integrantes: Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Marisa Fabiana Nicolas - Integrante / Fabiano Thompson - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Arnaldo Zaha - Integrante / Guilherme Loss de Moraes - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
Bases genômicas, imunológicas e ultraestruturais das diferenças patogênicas de distintas linhagens evolutivas do parasito Trypanosoma cruzi - Edital Faperj 03/2012 Doenças Negligenciadas
Descrição: A doença de Chagas, causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi, continua sendo um grave problema de saúde pública. Atualmente, não há vacinas nem drogas efetivas para o tratamento da doença de Chagas crônica. Além disso, a ausência de métodos de diagnóstico eficientes dificulta a identificação de indivíduos infectados e, portanto, o tratamento. Mesmo na possibilidade de tratamento, sua eficácia raramente pode ser devidamente avaliada. A identificação de novos alvos de tratamento, diagnóstico, profilaxia e marcadores de cura pós-tratamento ainda são necessários para o controle da doença de Chagas. Um dos fatores que dificulta a identificação destes alvos é a grande variabilidade genética do parasito. Atualmente, seis linhagens evolutivas são reconhecidas, as quais apresentam características moleculares, imunológicas, epidemiológicas bastante distintas. Até o momento, entretanto, poucos são os estudos multidisciplinares e em larga escala visando a caracterização sistemática de distintas linhagens do parasito. Apenas os genomas das cepas CL Brener e Sylvio foram publicados e, além disto, os dados de expressão gênica são limitados e não há relatos na literatura sobre estudos ultraestruturas comparativos entre cepas do parasito. Pouco se sabe, portanto, sobre as importantes diferenças que devem existir no genoma, transcriptoma e na organização ultraestrutural das diferentes cepas de T. cruzi e que poderiam contribuir para as diferenças no comportamento biológico e nos dados de epidemiologia da doença de Chagas. Neste projeto propomos o uso de abordagens multidisciplinares envolvendo componentes de genômica, biologia molecular e celular e imunologia, visando contribuir para um melhor entendimento da patogênese diferencial causada por distintas linhagens evolutivas e cepas do T. cruzi. Este projeto objetiva ainda a identificação de novos alvos de diagnóstico que considerem a grande diversidade genética do parasito..
Bioinformática aplicada ao sequenciamento usando tecnologia de pirosequenciamento e de semicondutores: desenvolvimento de novas ferramentas utilizando computação paralela e distribuída (Edital CNPq Universal 14/2011)
Descrição: O Laboratório Nacional de Bioinformática - LABINFO, em função de seu extraordinário desenvolvimento técnico-científico, vem sendo responsável pelo recebimento, processamento, armazenamento e pela análise das seqüências de muitos dos genomas gerados no Brasil. Os softwares e banco de dados desenvolvidos pela equipe, utilizando métodos computacionais e matemáticos avançados, têm sido utilizados por vários grupos no exterior e no Brasil. Um exemplo é a ferramenta SABIA, totalmente desenvolvida no LABINFO. Desde 2008, foi criada a Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA), sendo esta uma Unidade Multiusuário destinada a atender aos projetos genomas de todo o país. Assim, um ambiente de desenvolvimento de pesquisa em Genômica Computacional, associado ao LABINFO, utilizando a infra-estrutura de Computação de Alto desempenho do LNCC/MCT, foi instalado. Em um primeiro momento com financiamento do Ministério da Ciência e Tecnologia e do Ministério da Saúde foi possível adquirir um seqüenciador de segunda geração, o 454 da Roche Applied Science. No presente momento estamos adquirindo outro equipamento, o Ion Torrent Personal Genoma Machine (PGMTM), adquirido com verba do MCT, e que é um seqüenciador de última geração de alta acurácia, com a vantagem desta nova tecnologia de sequenciamento usar técnica de semicondutores e estar em pleno desenvolvimento, com um campo de aplicações mais amplo. Por se tratar de uma tecnologia diferente e complementar à já existente na UGCDFA, este equipamento poderá atender projetos de pesquisa antes inviabilizados, seja pelo alto custo e/ou limitação da tecnologia, dando um salto tecnológico importante. A presente proposta tem por objetivo desenvolver novas ferramentas de Bioinformática (montagem, anotação e comparação de genomas) usando computação de alto desempenho, assim como realizar sequenciamentos utilizando as duas plataformas disponíveis na UGCDFA..
LIA - Laboratório Internacional Assocido; Título do projeto : Laboratório InteRnacional de pesquisa em bIOinformática - LIRIO
Descrição: The current project for a LIA builds upon a strong collaboration between the team of a French-Brazilian researcher with a background in discrete mathematics and algorithmics for the life sciences who has made her scientific career in France, since 2001 in the Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive UMR 5558, and the team of a Brazilian researcher with a background in genetics and bioinformatics, and extensive national and international links in the area of bioinformatics. The research that will be conducted in the LIA will concern putting together all the activities currently conducted by each team separately or that each team has already planned to do, but also new research that the synergy between the two teams will enable to address in future. This synergy represented by the LIA should also allow us to apply for other sources of funding to support the research we wish to develop. Initially, this research will be concentrated on two main axes, one strongly concerned with the host-parasite relationship and the second with micro-environmental genomics and systems biology. Both address complex systems by a broad variety of experimental, bioinformatic and algorithmic approaches that reflect the complementarity of the two teams involved (biology including experimental part for the Brazilian team, algorithmics for the French one) while bioinformatics is a common language between the two. Besides fundamental issues, the two axes may have also important health-related implications. The topics in these two axes belong to one of the five thématiques au c ur de l INEE , namely Biodiversité et écologie fonctionnelle , and cover three thèmes d interface , namely Biodiversité, structure, dynamique et fonctionnalité , Mécanismes d adaptation et d évolution and Environment et santé . Training will represent another key aspect of the LIA, and will aim at extending the already intensive exchanges of researchers, Master and PhD students between French and Brazil..
Integrantes: Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Ana Tereza Ribeiro Vasconcelos - Coordenador.
Descrição: O estilo de vida pode ser considerado como a soma dos efeitos do ambiente em um dado organismo, assim como as associações que este estabelece com outras espécies (Cases et al., 2003). No caso das bactérias intracelulares obrigatórias, o ambiente é restrito à célula hospedeira. A vida intracelular apresenta pressões seletivas específicas, como a redução do genoma, com a consequente perda de vias metabólicas. Alguns desses traços evolutivos são comuns a todas as bactérias intracelulares e outros são específicos ao tipo de associação estabelecida com o hospedeiro. A inativação de vias cujos produtos finais estão disponíveis no meio pode ser favorecida pela seleção natural (Moran, 2007). Em parasitas obrigatórios, parece ser favorecida a perda de genes de modo a utilizar substratos não encontrados no seu ambiente restrito, havendo assim a síntese de produtos metabólicos fornecidos pelo hospedeiro (Moran, 2007). No mutualismo há intensas trocas nutricionais entre os seres associados, ocorrendo a conservação de vias metabólicas essenciais para a manutenção desta relação (Baumann et al., 1995; Shigenobu et al., 2000; Pérez-Brocal et al., 2006; McCutcheon e Moran, 2007; López-Sánchez et al., 2009). O número crescente de genomas sequenciados possibilita a realização de análises comparativas em organismos que apresentam estilos de vida diferentes. A partir desses dados, as reconstruções metabólicas obtidas fornecem informações sobre as vias biossintéticas preditas. A maneira clássica de identificar e comparar a capacidade metabólica de um grupo de organismos é verificar sucessivamente a presença de vias de síntese que são referências para cada uma das redes metabólicas reconstruídas. Além de ser um processo demorado e restrito quanto ao número de organismos analisados, ele é igualmente limitante em relação à exploração da rede metabólica, pois considera apenas as vias de síntese selecionadas a priori..
HAMAP Swiss-Prot Brasil. Anotação de proteínas de bactérias patogênicas
Clorose Variegada dos Citros: controle de vetores, manejo e melhoramento. Sub-projeto: Melhoramento de citros assistido com marcadores moleculares e diagnóstico da Xylella fastidiosa
Função das glicanas perisplasmáticas osmorreguladoras na patogenicidade de Xylella fastidiosa e Xanthomonas citri - Expressão heteróloga do gene opgD de Xylella fastidiosa e estudo da sequência sinal e sistema de transporte Tat
Otimização dos métodos de detecção de Xylella fastidiosa em cigarrinha
Sequenciamento do genoma das bactérias Xanthomonas axonopodis e X. campestris
Avaliação da eficiência dos diferentes primers específicos no diagnóstico da CVC em pomares de citros
Apoio à Rede de Bioinformática e de Genômica: geração, processamento e interpretação de dados genômicos e proteômicos - Edital DCTR 2010
Descrição: Adequar a Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA) e o Laboratório de Bioinformática (LABINFO) do LNCC ao sequenciamento de alto desempenho, bem como melhorar os softwares desenvolvidos pelo LABINFO, para poder tratar a enorme quantidade de dados que estão sendo gerados..
Integração de melhoramento genético, genoma funcional e comparativo de citros - sub-projeto: Avaliação de genes expressos em Xylella fastidiosa e citros por microarray
Integração de melhoramento genético, genoma funcional e comparativo de citros. Sub-projeto: Avaliação de genes expressos em Xylella fastidiosa e citros por microarray
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Bioinformática/Especialidade: Anotação de Proteínas.
Mérito científico e tecnológico, Governador do Estado de São Paulo.
Diploma de Honra ao Mérito, Reitoria da UNESP.
Diploma de Honra ao Mérito, Congregação da FCAV/UNESP.
Menção Honrosa, Câmara Municipal de Jaboticabal.
NICOLÁS, MARISA F.2018NICOLÁS, MARISA F. ; RAMOS, PABLO IVAN PEREIRA ; MARQUES DE CARVALHO, FABÍOLA ; CAMARGO, DHIAN R. A. ; DE FÁTIMA MORAIS ALVES, CARLENE ; LOSS DE MORAIS, GUILHERME ; ALMEIDA, LUIZ G. P. ; SOUZA, RANGEL C. ; CIAPINA, LUCIANE P. ; VICENTE, ANA C. P. ; COIMBRA, RONEY S. ; RIBEIRO DE VASCONCELOS, ANA T. . Comparative Genomic Analysis of a Clinical Isolate of Klebsiella quasipneumoniae subsp. similipneumoniae, a KPC-2 and OKP-B-6 Beta-Lactamases Producer Harboring Two Drug-Resistance Plasmids from Southeast Brazil. Frontiers in Microbiology , v. 9, p. 1/220-16, 2018.
Marina Farrel Côrtes2017Marina Farrel Côrtes ; Maiana O. C. Costa ; Nicholas C. B. Lima ; Rangel C. Souza ; Luiz G. P. Almeida ; Luciane Prioli Ciapina Guedes ; Ana T. R. Vasconcelos ; Marisa F. Nicolás ; Agnes M. S. Figueiredo . Complete genome sequence of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (strain USA400-0051), a prototype of the USA400 clone. MEMORIAS DO INSTITUTO OSWALDO CRUZ , v. 112, p. 790-792, 2017.
NASCIMENTO, ANA P. B.2016NASCIMENTO, ANA P. B. ; ORTIZ, MAURO F. ; MARTINS, WILLAMES M. B. S. ; MORAIS, GUILHERME L. ; FEHLBERG, LORENA C. C. ; ALMEIDA, LUIZ G. P. ; CIAPINA, LUCIANE P. ; GALES, ANA C. ; VASCONCELOS, ANA T. R. . Intraclonal Genome Stability of the Metallo-β-lactamase SPM-1-producing Pseudomonas aeruginosa ST277, an Endemic Clone Disseminated in Brazilian Hospitals. Frontiers in Microbiology (Online) , v. 7, p. 1946, 2016.
ZULETA, LUIZ FERNANDO2014ZULETA, LUIZ FERNANDO ; CUNHA, CLAÚDIO DE ; DE CARVALHO, FABÍOLA MARQUES ; Ciapina, Luciane Prioli ; SOUZA, RANGEL CELSO ; MERCANTE, FÁBIO MARTINS ; DE FARIA, SERGIO MIANA ; BALDANI, JOSÉ IVO ; STRALIOTTO, ROSANGELA ; HUNGRIA, MARIANGELA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA . The complete genome of Burkholderia phenoliruptrix strain BR3459a, a symbiont of Mimosa flocculosa: highlighting the coexistence of symbiotic and pathogenic genes. BMC Genomics , v. 15, p. 535, 2014.
AZEVEDO-MARTINS, A. C.2014AZEVEDO-MARTINS, A. C. ; MACHADO, A. C. L. ; KLEIN, C. C. ; CIAPINA, L. ; GONZAGA, L. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; SAGOT, M. F. ; DE SOUZA, W. ; EINICKER-LAMAS, M. ; GALINA, A. ; MOTTA, M. C. M. . Mitochondrial respiration and genomic analysis provide insight into the influence of the symbiotic bacterium on host trypanosomatid oxygen consumption. Parasitology (London. Print) , v. 1, p. 1-11, 2014.
MOTTA, M. C. M.2013MOTTA, M. C. M. MARTINS, A. C. A. SOUZA, S. S. CATTA-PRETA, C. M. C. SILVA, R. KLEIN, C. C. ALMEIDA, L. G. P. CUNHA, O. L. CIAPINA, L. P. BROCCHI, M. COLABARDINI, A. C. LIMA, B. A. SOARES, C. M. A. MACHADO, C. R. PROBST, C. M. GRADIA, D. F. MENEZES, C. B. A. BARTHOLOMEU, D. C. PAVONI, D. P. GRISARD, E. C. FANTINATTI-GARBOGGINI, F. MARCHINI, F. K. RODRIGUES-LUIZ, G. F. WAGNER, G. GOLDMAN, G. H. , et al.FIETTO, J. L. R. ELIAS, M. C. GOLDMAN, M. H. S. STOCO, P. H. SAGOT, M. PEREIRA, M. MENDONCA-NETO, R. P. TEIXEIRA, S. M. R. MACIEL, T. E. F. MENDES, T. A. O. URMENYI, T. P. SOUZA, W. SCHENKMAN, S. VASCONCELOS, A. T. R. ; Predicting the Proteins of Angomonas deanei, Strigomonas culicis and Their Respective Endosymbionts Reveals New Aspects of the Trypanosomatidae Family. Plos One , v. 8, p. e60209, 2013.
ABREU, FERNANDA2013ABREU, FERNANDA ; MORILLO, VIVIANA ; NASCIMENTO, FABRÍCIA F ; WERNECK, CLARISSA ; CANTÃO, MAURICIO EGIDIO ; Ciapina, Luciane Prioli ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA ; LEFÈVRE, CHRISTOPHER T ; BAZYLINSKI, DENNIS A ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; LINS, ULYSSES . Deciphering unusual uncultured magnetotactic multicellular prokaryotes through genomics. The ISME Journal (Print) , v. 8, p. 1055-1068, 2013.
CUNHA, C. O.2012CUNHA, C. O. ; ZULETA, L. F. G. ; ALMEIDA, L. G. P. ; CIAPINA, L. P. ; BORGES, W. L. ; PITARD, R. M. ; BALDANI, J. I. ; STRALIOTTO, R. ; FARIA, S. M. ; HUNGRIA, M. ; CAVADA, B. S. ; MERCANTE, F. M. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Complete genome sequence of Burkholderia phenoliruptrix BR3459a (= CLA1), a heat-tolerant nitrogen-fixing symbiont of Mimosa flocculosa. Journal of Bacteriology (Print) , v. 194, p. 6675-6676, 2012.
CIAPINA, L. P.;Ciapina, Luciane Prioli;CIAPINA, L.;CIAPINA, LUCIANE P.;Luciane Prioli Ciapina Guedes;Guedes, LPC;GUEDES, LUCIANE PRIOLI CIAPINA2011 CIAPINA, L. P.; Picchi, Simone Cristina ; Lacroix, Jean-Marie ; de Macedo Lemos, Eliana Gertrudes ; Ödberg-Ferragut, Carmen . A putative twin-arginine translocation system in the phytopathogenic bacterium Xylella fastidiosa. Canadian Journal of Microbiology (Online) , v. 57, p. 149-154, 2011.
The UniProt Consortium2009 The UniProt Consortium ; CIAPINA, L. P. . The Universal Protein Resource (UniProt) 2009. Nucleic Acids Research , v. 37, p. D169-D174, 2009.
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CIAPINA, L. P.; LEMOS, E. G. M.; COVISSI, U. D. S.. Participação em banca de Luciano Takeshi Kishi. Avaliação da diversidade genética de Xylella fastidiosa utilizando a técnica fAFLP (fluorescent Amplified Fragment Lenght Polymorphism)". 2002. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
CIAPINA, L. P.; LEMOS, E. G. M.; ALVES, L. M. C.. Participação em banca de Kerly Cristina Pereira. Caracterização morfológica, bioquímica e molecular de rizóbios recomendados para inoculação de leguminosas arbóreas. 2002. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Marisa Fabiana Nicolas; CIAPINA, L. P.; DINIZ, C. G.. Participação em banca de Maiana de Oliveira Cerqueira e Costal. Genômica comparativa de isolados resistentes à meticilina de Staphylococcus aureus pertencentes à linhagem ST239-SccmecIII do clone epidêmico brasileiro. 2012.
CIAPINA, L. P.; LEMOS, M. V. F.; ALVES, L. M. C.; SENA, J. A. D.; ODBERG-FERRAGUT, C.. Participação em banca de Simone Cristina Picchi. Expressão Heteróloga do gene opgD de Xylella fastidiosa e obtenção de mutantes opgH. 2006. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrária e Veterinárias/UNESP/Jaboticabal.
CIAPINA, L. P.; LEMOS, M. V. F.; GOES, A.; LOPES, J. R. S.; FERRO, M. I. T.. Participação em banca de Paulo Sarmanho da Costa Lima. Construção de vetor de inativação e transformação de Xylella fastidiosa. 2003. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias-UNESP,Jaboticabal,SP.
CIAPINA, L. P.; DAMIAO FILHO, C. F.; PERECIN, D.; RIBEIRO, I. J. A.; DONADIO, L. C.. Participação em banca de Ronaldo Posella Zaccaro. Fusarium subglutinans e malformação da mangueira (Mangifera indica L.). 2002. Tese (Doutorado em Agronomia (Produção Vegetal)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Simone Martins; CIAPINA, L. P.. Participação em banca de Matheus Bersot Siqueira Barros.Uma ferramenta para procura de similaridade entre operons e predição de operons. 2007 - Universidade Federal Fluminense.
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I Fórum em Microbiologia.Distribuição das sequências repetitivas de DNA, ERIC, REP e BOX A em Bradyrhizobium japonicum e outras bactérias. 1996. (Outra).
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Graciela Maria Dias. Genômica Comparativa de Vibrios. 2010. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Coorientador: Luciane Prioli Ciapina.
Mônica Carvalho Gall Gagliardi Senra. Anotação e caracterização do genoma da bactéria Burkholderia phenoliruptrix BR3459a. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Tecnologia em Sistema de Informação e Comunicação) - Instituto Superior de Tecnologia, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Luciane Prioli Ciapina.