Bolsa 17/10493-5 - Estudo de associação genômica ampla - BV FAPESP
Estudo de associação genômica em resistência à parasitas gastrointestinais em ovinos Santa Inês utilizando SNPs e CNVs
Processo: 17/10493-5
Vigência (Término): 13 de agosto de 2021
Bolsa(s) vinculada(s): 18/25247-2 - Investigação e identificação de potenciais biomarcadores para características indicadoras de resistência a parasitas gastrintestinais em ovinos da raça Santa Inês, BE.EP.PD
Os ovinos têm ums enorme importância socioeconômica em todo o mundo. Porém, perdas causadas por parasitas gastrointestinais e os custos devido ao uso excessivo de anti-helmínticos são um problema que dificulta a produção de ovinos em muitas regiões do mundo. A raça Santa Inês mostrou maior resistência às infecções gastrointestinais nematoides. Dessa forma, o objetivo deste estudo foi realizar o estudo de associação genômica em características associadas com resistência a parasitas gastrointestinais em raças ovinas de Santa Inês adaptadas ao clima tropical. Serão realizadas avaliações dos fenótipos em 700 animais naturalmente infectados da raça Santa Inês, para verificar a resistência aos parasitas gastrointestinais. Os fenótipos estudados serão: grau de anemia avaliado pelo gráfico de famacha (FAM), contagem de ovos por grama de fezes transformado (EPGlog), hematócrito (HCT), contagem de leucócitos (WBC), glóbulos vermelhos (RBC), hemoglobina (HGB) e plaquetas (PLT). Um total de 576 animais genotipados por 12.785 marcadores bialélicos de SNP através do Ovine SNP12k BeadChip (Illumina, Inc.). Será realizado controle de qualidade dos dados.Os componentes da variância serão estimados através de um modelo "single step" (ssGBLUP), sob inferência bayesiana. Para a detecção de CNVs, será utilizado o algoritmo PennCNV e após a identificação das CNVs, as regiões CNV (CNVRs) serão geradas utilizando o programa CNVRuler. Serão determinados possíveis "Quantitative trait loci" (QTL). A ferramenta "Map Viewer" do genoma ovino (Ovis aries) será utilizada para identificação de genes. A classificação dos genes de acordo com sua função biológica, identificação de vias metabólicas e enriquecimento de genes será realizada pela ferramenta DAVID v6.8 e GeneCards.
CARVALHO, F. E.; ESPIGOLAN, R.; BERTON, M. P.; NETO, J. B. S.; SILVA, R. P.; GRIGOLETTO, L.; SILVA, R. M. O.; FERRAZ, J. B. S.; ELER, J. P.; AGUILAR, I; LOBO, R. B.; BALDI, F. Genome-wide association study and predictive ability for growth traits in Nellore cattle. LIVESTOCK SCIENCE, v. 231, JAN 2020. Citações Web of Science: 0.