A Universidade Federal de Pelotas (UFPel) conta com dois cursos na área de computação. O Curso de Ciência da Computação teve início em 1994 e oferece 90 vagas anuais. O curso de Engenharia de Computação teve início em 2010, com foco diferenciado em sistemas digitais e desenvolvimento de hardware, oferecendo 40 vagas anuais.
A participação da UFPel na Maratona de Programação teve início em 2002, onde um time de estudantes do curso de Ciência da Computação participou do evento, sob supervisão do Prof. Gil Medeiros. Após um perído de inatividade, em 2008 um novo grupo foi formado para buscar e incentivar estudantes interessados, organizar treinos e garantir a participação da UFPel no evento. Em 2010 e 2012 a UFPel sediou etapa regional da Maratona de Programação, com apoio local do Facebook. Em 2013, sediará novamente.