A história do jogo acompanha o protagonista Raphael, conhecido como Phantom R, um ladrão de obras de arte conhecido pela forma espetacular como se escapa aos seguranças e por acabar por devolver as peças roubadas um dia mais tarde. Abandonado pelo pai, Raphael segue a única pista deixada, um símbolo misterioso, acompanhado pelo seu cachorro Fondue, para mais um roubo aparatoso no museu do Louvre. Na sequência do roubo, cruza-se com uma misteriosa órfã violinista, que é perseguida pelo Imperador Napoleão Bonaparte, misteriosamente ressuscitado. Estará tudo ligado? Este bem poderia ser um mistério para o Professor Layton, mas a forma como a história torna tudo tão evidente em tão pouco tempo não justificaria a viagem do genial arqueólogo britânico até Paris. Não significa isto que a história seja desinteressante ou que o enredo seja mal elaborado, apenas não se encontra ao nível do jogo que lhe deu maior influência.