Os acontecimentos de 1831, com a deposição de Visconde de Goiana e o acirramento das rivalidades políticas entre liberais radicais e liberais moderados, proporcionaram à região condições favoráveis a retomada de seu objetivo de emancipação. Isso se deu, em grande medida, pela forte circulação de ideias liberais, agregando-se às demandas específicas, evidenciadas nestes anos de conflito, assim como a presença de muitos presos políticos que, remetidos às fortalezas-presídios como Crato (Manicoré, rio Madeira) e de São José de Marabitanas (alto rio Negro), fugiram e refugiaram-se na região. As deportações desses presos políticos, os patriotas, para a região, assim como suas fugas pelo interior adentro, possibilitaram a ampliação de uma rede de aliança para o combate, promovidas entre cidadãos dissidentes e índios, tapuios e suas misturas. Sob esta conjuntura, ocorreu o levante separatista na Barra do Rio Negro em abril de 1832. Iniciado como uma revolta militar da tropa de 1ª linha com algumas praças de 2ª linha insatisfeitas com o atraso do pagamento de seus soldos, em 12 de abril de 1832, o movimento logo assumiu proporções maiores. Os levantados tomaram para si armamentos e as munições, e assim ganharam as ruas em toque de rebate.
Visando conter os insurgentes, o comandante militar do Rio Negro, o coronel Joaquim Filipe dos Reis, correu ao quartel, ordenando que a tropa depusesse as armas e findasse a revolta. Sua ordem não obteve o êxito desejado, e o comandante acabou assassinado pelos levantados. Com a morte de Joaquim dos Reis, assumiu o comando em seu lugar o coronel de origem italiana Francisco Zany. Este coronel tomou certas providências que não agradaram a tropa levantada, dentre elas, o recolhimento ao trem de Guerra das armas e munições, e a despensa dos milicianos, considerados desnecessários ao serviço militar. Alvo de um frustrado atentado, Zany se viu obrigado a retirar-se para sua fazenda, assim como os moradores brancos que debandaram da vila. Os soldados vitoriosos, liderados pelo soldado Joaquim Pedro da Silva, voltaram a apoderar-se das armas e das ruas, tomaram o cofre público e dividiram o dinheiro entre si como pagamento dos soldos atrasados. Também tomaram alguns armazéns, sem constar roubo a moradores. De levante militar por insatisfação de pagamentos atrasados, o movimento ampliou-se e assumiu um caráter separatista.
Os levantados reuniram-se no dia 22 de junho de 1832 em um Conselho Extraordinário, para deliberarem providências necessárias, a fim de responder às queixas contra as autoridades da capital da província.
Estabelecidas as providências que deveriam ser tomadas a fim de consolidar a emancipação do Rio Negro e transformá-lo em província, frei José dos Santos Inocentes rumou pelo rio Madeira em direção ao Rio de Janeiro com o intento de levar à Corte as deliberações do Conselho Extraordinário. Quando alcançou a província de Mato Grosso sua viagem foi interceptada. Por ordem do presidente, viu-se obrigado a retornar, sofrendo censura por parte do governo imperial por ter assumido tal responsabilidade, já que “era um religioso e deveria obedecer às leis imperiais.
A insatisfação e as queixas ante o descaso do governo provincial em Belém era uma tônica nos sentimentos dos habitantes da região do médio Amazonas como um todo, não só na região do rio Negro. Assim, a comarca do Baixo Amazonas também depositava suas inquietudes em correspondências e relatórios de autoridades locais. Em 1832, um relatório redigido pelo vereador da Câmara de Óbidos, Martinho da Fonseca Seixas, dava conta do sentimento de insatisfação das autoridades e comerciantes locais ao estado de subordinação da região do baixo, médio e alto Amazonas à província do Grão-Pará. Alegava prejuízo na expansão da produção agrícola, sobretudo do cacau, devido à distância da região aos portos e alfândega em Belém. Isso encarecia o valor da arroba e desencorajava o investimento em seu cultivo. Também criticava o comércio local, afetado pela concorrência desleal dos regatões. O comércio realizado pelos regatões favorecia, na maioria das vezes, os negociantes estrangeiros, na medida em que, os produtos comercializados nesta atividade eram adquiridos de comerciantes em Belém que, por sua vez, os compravam de estrangeiros.
É interessante perceber que o sentimento antilusitano assumia várias faces. Aqui ele era caracterizado pelos conflitos regenciais no Grão-Pará e no Brasil, e construído não só pelo anseio da emancipação política da elite paraense, mas também pelo anseio de emancipação social das camadas populares e em torno de questões econômicas. Mesmo alcançando a Independência, os principais ramos da economia local atendiam aos interesses de uma parcela da elite local composta principalmente por brancos de origem lusitana e outros estrangeiros, ingleses principalmente, inclusive o comércio dos regatões. Diante disso, não é difícil estranhar as queixas do vereador obidense às atividades dos regatões, estendendo-as ao controle econômico português, assim como também não é de se estranhar que, com o envio de reforço militar pelo governo central ao alto Amazonas, muitos agentes da sublevação de 1832 se dispersaram pela região, se refugiando entre os Mura e/ou alcançando as vilas da comarca vizinha, o Baixo Amazonas. Após intenso ataque da expedição militar enviada por Belém para derrotar os levantados do Rio Negro, dos que não morreram em combate, muitos foram presos e outros fugiram e se dispersaram pelas vilas do médio Amazonas.