O ingresso do aluno no Doutorado em Ciência da Computação pressupõe o vínculo a um professor orientador estabelecido já no processo seletivo. O objetivo é fomentar o início do trabalho de pesquisa de doutorado o mais cedo possível.
Não há disciplinas obrigatórias para todos os alunos, já que o Programa inclui um espectro bem amplo de linhas de pesquisa. O elenco de disciplinas é construído de forma a garantir que cada aluno curse disciplinas consideradas básicas em sua linha de pesquisa e ainda tenha liberdade para escolher, em comum acordo com seu orientador, disciplinas avançadas que venham a complementar sua formação como pesquisador. É oferecido um número razoável e adequado de disciplinas de Tópicos Especiais, algumas visando aproveitar a vinda de professores visitantes ou a exploração de temas novos, antes de oferecê-los como disciplinas regulares.
Requisitos específicos do doutorado, preliminares ao trabalho de tese propriamente dito, são: (1) um Exame de Qualificação em Abrangência, na forma de uma prova escrita, e (2) uma Proposta de Tese que, apresentada ao término dos 2 primeiros anos de curso, corresponde a um detalhamento do projeto de tese.
O PPGC dispõe, a cada ano, de de diversas bolsas de estudo. A maioria das bolsas são provenientes das agências de fomento (CAPES e CNPq), gerenciadas pela coordenação do curso. Há também bolsas do CNPq e de projetos ligados a empresas gerenciadas diretamente pelos orientadores.