Além disso, o problema com a propagação de doenças na criação é que elas não são causadas apenas por patógenos nativos à área local; em vez disso, muitas são causadas por patógenos oriundos de outras áreas que se propagaram para outras regiões. Isso se deve às condições das explorações piscícolas que facilitam tanto a propagação de doenças que elas se estendem por vastas áreas do planeta. Como resultado, animais que vivem na natureza podem por fim ser infectados. Já que eles não têm defesas contra doenças exóticas, esses animais muitas vezes são afetados de forma massiva.
O tratamento de doenças com antibióticos e outras drogas ou substâncias químicas também tem uma impacto sobre os animais que vivem na natureza.
A seguir está uma lista com diversas doenças que afetam peixes, na natureza e especialmente na criação e exploração.
Os crustáceos também sofrem de uma ampla variedade de doenças que podem ser massivamente fatais na criação. Infecções virais que podem afetar crustáceos incluem Iridoviridae, Reoviridae, e Picornaviridae, entre outras. Estes vírus podem causar cegueira e também afetar o comportamento, que pode se tornar errático. Animais infectados podem então morrer devido a várias razões, como problemas respiratórios e problemas com sua osmorregulação (regulação da pressão osmótica dos fluidos no corpo para controlar o teor de água)4.
Também podem ser infectados por parasitas, incluindo amebas5 e protozoários6, como Haplosporidium, e também por fungos (por exemplo, pelos gêneros Fusarium ou Legenidium7). Tais parasitas podem causar um número significativo de mortes entre as populações desses animais.