Filha de D. Afonso V, a princesa Joana recebeu uma educação esmerada, humanística, a cargo de dois letrados ilustres da época, Cataldo Áquila e Parísio Sículo.[1]
Após recusar veemente várias propostas de casamento, Joana juntou-se ao convento dominicano de Jesus, em Aveiro, em 1475. Seu irmão, até então, foi dado um herdeiro, para que a linha da família não estivesse mais em perigo de extinção. Ainda assim, ela foi obrigada várias vezes a deixar o convento e voltar à corte.
Recusou uma proposta de casamento de Carlos VIII de França, 18 anos mais novo que ela. Em 1485, ela recebeu outra oferta, do recém-viúvo Ricardo III de Inglaterra, que era apenas oito meses mais novo. Esta era para ser parte de uma aliança de casal conjugal, com sua sobrinha Isabel de Iorque a se casar com seu primo, o futuro D. Manuel I. No entanto, a morte de Ricardo em combate, do qual Joana supostamente teve um sonho profético, suspendeu esses planos.
Joana nunca chegou a professar votos de freira dominicana por ser princesa real e potencial herdeira do trono. No entanto viveu a maior parte da sua vida no Convento de Jesus de Aveiro, desde 1475 até à sua morte, seguindo em tudo a regra de vida e estilo das monjas.