Garotinho é réu em processo do STF pelos crimes de calúnia e difamação. Foi processado pelos sócios de uma empresa de informática citada pelo parlamentar em seu blog, em junho de 2010. Ele ainda poderá apresentar defesa e os ministros terão que decidir se é culpado ou inocente das acusações. Desde maio de 2013, responde a outra ação penal relacionada aos mesmos fatos, originada a partir da denúncia de outro sócio da empresa de informática.
Garotinho e Rosinha também são réus em ação civil pública por improbidade administrativa movida em 2012 pelo MPF. Foram denunciados como integrantes de um esquema que desviava verbas públicas em favor de campanhas eleitorais do casal. A ação ainda está sem sentença. Em outro inquérito movido pelo Ministério Público Estadual, em 2012, Garotinho foi indiciado juntamente com sua mulher por peculato e lavagem de dinheiro. Ele é alvo ainda de outras cinco ações por improbidade administrativa, entre elas três por dano ao erário (duas delas juntamente com sua mulher); enriquecimento ilícito e violação aos princípios administrativos. Em todos os processos, o parlamentar recorre de decisão desfavorável em segunda instância.
No Ministério Público Federal, há nove denúncias contra Garotinho por campanha antecipada. Em dois processos referentes a propagandas exibidas na TV e rádio e à distribuição de brindes, as multas somam R$ 240 mil. Outros sete processos estão em andamento. Garotinho e Rosinha têm nove filhos, sendo cinco adotivos. A filha mais velha do casal é a deputada estadual Clarissa Garotinho.

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