A retração dos investimentos governamentais em ciência, tecnologia e inovação nos anos mais recentes se iniciou ainda no segundo mandato do governo Dilma, em 2015. O processo se intensificou no governo Temer, sob o impacto da aprovação da Emenda Constitucional do Teto dos Gastos Públicos em 2016 (que deixou sem limite, como se sabe, os gastos com pagamentos da dívida pública, que se mantiveram em forte expansão). Do tripé de agências federais de fomento, o CNPq e a Finep foram as mais afetadas. Conforme estudo elaborado pela Comissão de Financiamento à Pesquisa e de Política de Ciência da SBPC (Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência), os investimentos efetuados pelo CNPq em 2018 regrediram, em valores corrigidos pelo IPCA, a patamares equivalentes aos praticados 20 anos antes, reduzidos a pouco mais da metade do que foi investido em 2014. Já os investimentos não-reembolsáveis efetuados em instituições variadas de ciência em tecnologia pela Finep em 2018 recuaram a patamares equivalentes aos de 2003, representando menos de 33% do que foi executado em 2010. Por sua vez, os dispêndios da Finep com subvenção econômica para inovação nas empresas — instrumento criada pela Lei de Inovação para estimular a inovação nas empresas nacionais — caíram a apenas 8% do que foi executado em 2010.
Por esse ângulo, os cortes nos investimentos em ciência e tecnologia efetuados pelo governo Bolsonaro ao longo de 2019 também deram continuidade à política do governo anterior, mantendo inalterado, inclusive, o Teto Constitucional dos Gastos Públicos aprovado em 2016. Os valores disponibilizados para pagamento de bolsas do CNPq em 2019 representaram apenas 65% do ano anterior. O colapso do sistema só foi evitado no final do ano por um aporte emergencial de recursos oriundos de acordo da Operação Lava Jato com a Petrobras, via Projeto de Lei do Congresso Nacional. Já o contingenciamento dos recursos do FNDCT, captados via Cide (Contribuições de Intervenção no Domínio Econômico) de diferentes setores, foi elevado a 86% do total arrecadado. Acresce-se a isso a suspensão das operações de equalização de taxa de juros que permitem à Finep oferecer crédito às empresas nacionais em condições mais favoráveis para projetos de inovação e/ou de pesquisa e desenvolvimento.
O formato institucional de fusão do antigo Ministério da Ciência e Tecnologia com o Ministério das Comunicações, inaugurado no governo Temer, foi mantido no governo Bolsonaro. Esse formato marginalizou e enfraqueceu a área de ciência e tecnologia no novo ministério formado. Como bem observa o já mencionado estudo da SBPC, das sete secretarias do MCTIC (Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações), só uma está destinada à ciência. Na prática, a área de comunicações predomina nas preocupações e ações do ministério. Os investimentos realizados na área de ciência e tecnologia pelo MCTIC em 2019 (pouco mais de R$ 3 bilhões) representam metade do que era investido pelo antigo Ministério da Ciência e Tecnologia em 2005.
O repúdio ao forte contingenciamento anunciado nos orçamentos do Ministério da Educação e da Capes geraram as maiores mobilizações de massa contra o governo Bolsonaro no ano de 2019, concentradas entre os meses de maio e agosto. Do ponto de vista orçamentário, as mobilizações surtiram efeito e a Capes teve o seu orçamento recomposto até o final do ano. Ainda assim, os investimentos em bolsas, auxílios à pesquisa e portal de periódicos (excluindo a parte aplicada em ensino básico) em 2019 mantiveram-se 10% abaixo do que foi executado em 2014.
Se nas suas políticas econômico-orçamentárias o governo Bolsonaro aprofundou uma orientação de desinvestimento público na área de ciência e tecnologia herdada do seu antecessor, nas proposições e iniciativas referentes à arquitetura e finalidades do sistema nacional de CT&I sua agenda se aproximou bem mais do compromisso “revolucionário” externado no jantar na residência do embaixador do Brasil em Washington. Da valorização da universidade como lócus privilegiado da produção de conhecimento científico e tecnológico — possivelmente potencializado, no período do regime militar, pela formação positivista das nossas Forças Armadas —, o governo Bolsonaro elegeu as universidades públicas como alvo de uma “guerra ideológica” visto que o “marxismo cultural” (especialmente materializado na “ideologia de gênero”) dominaria o ambiente universitário nacional.