Programa de Pós-Graduação em Biologia Computacional e Sistemas (PGBCS) : [77] Página inicial da comunidade
Metodologia de desenvolvimento de data marts para apoio à decisão baseado no uso de ontologias e estudo de caso para a priorização de alvos de fármacos em tripanossomatídeos
A anotação de texto semântico permite a associação de conceitos presentes em uma ontologia a expressões textuais (termos), que são legíveis por agentes de software. No cenário científico, isso é particularmente útil, porque muitas descobertas científicas estão "escondidas" dentro de art...
O que Dados Transcriptômicos Revelam sobre a Biodiversidade e Evolução de Loricarioidei (Siluriformes)
A biodiversidade é uma entidade multidimensional, que se refere a diferentes elementos e níveis de variabilidade da vida na Terra. As tecnologias de sequenciamento de ácidos nucleicos de alto desempenho, aliadas à biologia computacional, têm permitido uma caracterização mais ampla e profunda...
Identificação de alvos terapêuticos para a bactéria multirresistente P. aeruginosa CCBH4851 através da análise de redes metabólicas
Infecções relacionadas à assistência à saúde (IRAS) é um grave problema de saúde pública. Elas podem estar associadas à morbidade e mortalidade e são responsáveis pelos aumentos da hospitalização de pacientes. Neste contexto, é importante identificar estratégias que possam impedir a propagaç...
Estudo da interação do scFv do anticorpo Rituximab com a alça do receptor CD20: avaliação da energia livre de ligação pelo método ABF para proposição de biobetters
Diante da relevância dos casos de câncer no mundo, o estudo de alternativas para o tratamento é de extrema importância, e uma delas é a obtenção de anticorpos monoclonais (mAbs) que interagem com maior eficiência com seus antígenos. Os fragmentos variáveis de cadeia única (scF...
Filodinâmica de Elementos Transponíveis e seu uso no controle genético de vetores de doenças infecciosas
As doenças transmitidas por mosquitos têm grande custo de vidas e socio-econômico, especialmente em países tropicais em desenvolvimento, e por isso é uma prioridade para a Organização Mundial da Saúde. Novas propostas para o controle destas doenças incluem a modificação genética dos vet...
Cálculos de Potenciais de Superfície para Análise de Drogabilidade
A seleção de um alvo (macromolécula) com potencial terapêutico é uma etapa chave na maioria dos programas de desenvolvimento de fármacos. A habilidade de prever se uma proteína em particular possui alta afinidade por um determinado fármaco em desenvolvimento não depende somente da ...
O impacto de pequenas deleções genômicas em domínios protéicos identificadas a partir de dados de rna-seq de amostras de pacientes de adenocarcinoma de pulmão
Inserções e deleções (INDELs) são exemplos de alterações na sequência de DNA. As alterações causadas por deleções genômicas podem modificar nucleotídeos da região codificadora de proteínas com potencial para alterar os aminoácidos codificados e mudar o quadro de leitura da tradução. Estas&#x...
Identificação in silico de potenciais inibidores da ribose 5-fosfato isomerase de Trypanosoma cruzi
A doença de Chagas, causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi, afeta aproximadamente sete milhões de pessoas, principalmente na América Latina, e causa 7000 mortes ao ano. Os tratamentos disponíveis são insatisfatórios e a busca por fármacos mais efetivas contra este patógeno é essencial.&#...
Utilização de RNAs não codificadores pequenos na distinção de amostras humanas de câncer de pulmão e de células do sangue
Os RNAs não codificadores pequenos, como piRNAs, snoRNAs e miRNAs, atuam em diversas etapas do metabolismo celular, participando de processos como controle da expressão gênica, metilação e pseudouridilação de rRNAs e diferenciação celular. Neste trabalho, utilizamos dados públicos de sequenciamento&#x...
Estudo de metaloproteases de Leishmania (Viannia) braziliensis pertencentes ao cromossomo 10 da família M8
O genoma de Leishmania (Viannia) braziliensis possui um número significante de genes de metaloproteases. Entretanto, não se sabe por que esse parasito apresenta uma grande quantidade de genes em um determinado cromossomo. Neste estudo, apresentamos e discutimos os dados das estruturas tridim...
Melhoramento de docking-based virtual screening usando abordagem de deep learning
Funções de pontuação são um dos grandes problemas na metodologia de Docking- Based Virtual Screening - DBVS, pois elas não são capazes de classificar de forma confiável ligantes docados. Nesse trabalho propomos um novo método baseado em Deep Learning para melhoramento de DBVS. Noss...