A tensão no evento ficou na mesa onde se discutia a literatura erótica, o debate entre a peruana Gabriela Wiener e a brasileira Juliana Frank teve momentos de muita discussão na maior parte do tempo, em um momento, o mediador, Daniel Benevides, comentou que Wiener, embora "depravada", também se preocupava com a família, uma vez que tem filha pequena. Ela confrontou o mediador de forma dura no sentido do mediador ser mais direto e claro em suas indagações, o clima ficou tenso.
Outro aspecto de destaque foram os protestos políticos que estiveram presentes em grande parte das mesas de discussões, inclusive na última mesa da Flip, a tradicional "Livro de cabeceira", em que alguns convidados leem trechos de suas obras favoritas. Os protestos visaram a situação política do país no processo de impeachment.
A edição de Flip 2016 registrou uma queda do número de participantes, comerciantes da cidade de Paraty e proprietários de pousadas sentiram a queda no movimento e taxa de ocupação durante o evento. Eles consideraram como fatores desse cenário a escolha de Ana Cristina César como homenageada na edição deste ano, segundo eles, a poeta é desconhecida do público, porém relatam que a crise política e econômica de fato contribuíram para a diminuição do público.
Até mesmo no meio literário houve resistência na escolha da homenageada dessa edição pois, segundo os críticos, a poeta não tem uma obra extensa. O curador da Flip alegou que houve uma decisão deliberada de não colocar um nome pertencente ao cânone dos escritores brasileiros, que está em processo de consagração, e é interessante que haja esse debate em relação à escolha.