O HC, como se propõe em sua missão, é campo de ensino, articulado à pesquisa e à extensão para o Setor de Ciências da Saúde que o utiliza como hospital escola e também na pós-graduação, onde os Departamentos de Clínica Médica, Clínica Cirúrgica, Otorrinolaringologia e Oftalmologia, Saúde Comunitária, Pediatria, Tocoginecologia, Patologia Médica, Enfermagem, Nutrição, Terapia Ocupacional e de Medicina Forense e Psiquiatria utilizam o hospital e seu instrumental nas atividades acadêmicas.
Conta com a Diretoria de Ensino, Pesquisa e Extensão que é responsável por 41 Programas de Residência Médica credenciados na Comissão Nacional de Residência Médica – Sesu-MEC. São Especialidades do programa: Anatomia Patológica, Oftalmologia, Otorrinolaringologia, Ginecologia Obstetrícia, Clínica Médica, Neurologia, Radiologia e Diagnostico por Imagem, Dermatologia, Hematologia-Hemoterapia, Gastroenterologia, Endocrinologia e Metabologia, Cardiologia, Reumatologia, Cancerologia Clínica, Pneumologia, Neurofisiologia Clínica, Infectologia, Medicina Intensiva, Cirurgia Geral, Cirurgia do Aparelho Digestivo, Cirurgia Pediátrica, Cirurgia Cardiovascular, Anestesiologia, Ortopedia/Traumatologia, Neurocirurgia, Cirurgia de Mão, Urologia, Cirurgia Vascular, Coloproctologia, Psiquiatria, Medicina da Família e Comunidade, Pediatria, Medicina Intensiva Pediátrica, Hematologia Pediátrica, Neonatologia, Endocrinologia Pediátrica, Pneumologia Pediátrica, Infectologia Pediátrica e Neurologia Pediátrica.
Em 2009, registrou mais uma conquista ao obter credenciamento, pela Comissão Nacional de Residência Multriprofissional do MEC, para o Programa de Residência Integrada Multiprofissional em Atenção Hospitalar, que consiste na realização de cursos de pós-graduação em nível de especialização, com duração de 2 anos, em cinco áreas de capacitação: saúde da mulher, saúde do adulto e do idoso, urgência e emergência, hematologia e oncologia e, cardiovascular, destinado a profissionais de enfermagem, nutrição, fisioterapia, farmácia, terapia ocupacional, psicologia e serviço social, com início em 2010 e oferta de 20 vagas.