O Git ainda não sabe resolver conflitos, mesmo utilizando ramos. A diferença que é agora está a ser estabelecida uma base a partir da qual as alterações serão analisadas. Esta base é o ramo atual.
O Git tenta efetuar uma junção automática, mas não conseguiu. Neste caso, é preciso intervenção manual. Um conflito normalmente parece-se com isto:
O Git implementa um sistema de stashing (esconder). A lógica é colocar numa stack as alterações feitas e, quando for necessário, retirá-las.