O IQA fechou em 1962. Dois anos depois Gottlieb se mudou para a nascente Universidade de Brasília (UnB), onde criou o Instituto Central de Química e formou um grupo de pesquisa com os melhores estudantes que conhecera pelo país. “Ele dizia que a UnB tinha o ambiente universitário que nunca mais viu, porque era pequena e se podia facilmente conversar com colegas de outras áreas”, diz Borin. O químico saiu da UnB um ano depois, em 1965, em solidariedade aos professores que pediram demissão coletiva em protesto contra a perseguição do governo militar. “Tudo quebrava debaixo dos meus pés”, comentou anos depois, já na USP, com Borin.
Depois de Brasília, Gottlieb voltou ao Rio e ingressou na Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, a convite de um professor que o conhecia desde o IQA. Ficou pouco por lá, porque Senise o convidou para trabalhar em São Paulo. O IQ-USP foi onde trabalhou mais tempo, de 1967 até se aposentar, ao completar 70 anos, em 1990.
Para quantificar a diversificação de substâncias, Gottlieb criou índices químicos evolutivos: o de oxidação mede a quantidade média de átomos de oxigênio das substâncias produzidas por uma planta; o de especialização de esqueleto avalia a complexidade das estruturas químicas; o de herbacidade indica o grau evolutivo de uma planta segundo sua forma; o de singularidade taxonômica registra a variabilidade genética em uma área; o perfil micromolecular representa o conjunto de substâncias produzidas por uma espécie; e o padrão de dominância de espécies indica afinidades demográficas entre hábitats e a conectividade entre biomas.
Nos anos 1980 ele criou a reunião anual sobre evolução, sistemática e ecologia micromoleculares (Resem), com palestras de físicos, matemáticos e linguistas, que ele convidava para arejar as ideias dos participantes. Em 1986, Norberto Peporine Lopes estava no primeiro ano do curso de farmácia da USP quando foi monitor em uma dessas reuniões e projetou os slides de palestra do professor já famoso. “Ele era atencioso com todos, um lorde.”