No final dos anos 1960, houve uma fusão do São José com o Clube de Regatas Almirante Barroso. A agremiação chegou a ser apelidada "Zé Barroso". O uniforme apresentava camiseta com listras largas azuis e brancas. Nessa época, o Zequinha conquistou um dos maiores títulos da sua história, a Copa Governador do Estado em 1971.