Nas últimas décadas, a Lei Kandir tem sido objeto de reclamação dos estados, principalmente os com economia baseada no agronegócio e na mineração, que sofrem com a queda na arrecadação. A legislação prevê o pagamento de uma compensação anual pela União das perdas de receita da Lei Kandir mais o Auxílio Financeiro para o Fomento das Exportações (FEX) no fim de cada ano. No entanto, o valor é negociado anualmente, nem sempre agradando aos governadores, o que gerou uma onda de ações judiciais dos estados.