A missão é assistir, direta e imediatamente, o Prefeito no desempenho de suas atribuições quanto aos assuntos e providências que, no âmbito do Poder Executivo, sejam atinentes à defesa do patrimônio público, ao controle interno, à auditoria pública, à correição, à prevenção e ao combate à corrupção, às atividades de ouvidoria, a promoção da ética no serviço público, o incremento da moralidade e da transparência e o fomento ao controle social da gestão, no âmbito da Administração Municipal, e ainda fortalecer a gestão dos recursos financeiros, patrimoniais e humanos com vistas a assegurar que os objetivos da organização sejam alcançados de forma regular com atuação prévia, concomitante e posterior aos atos administrativo, visando à avaliação da ação governamental e gestão fiscal dos administradores municipais, por intervenção da fiscalização contábil, financeira, eficiência, eficácia e efetividade, aplicação de subvenções e renuncias de receitas.
"Trazer à Prefeitura de Santa Maria da Boa Vista padrões de excelência em Gestão Pública, Auditoria, Corregedoria, Promoção da Integridade e Ouvidoria".
Os principais valores da CGM são: Qualidade; Integridade; Cooperação; Colaboração; Ética e Eficiência.