As seções mais importantes da música instrumental de Haydn são as sinfonias e quartetos. As primeiras sinfonias, que não sobreviveram no repertório, datam da década de 1760. Nelas são utilizados elementos da música barroca, conjugando, em pequenas orquestras, instrumentos de sopro e cordas.
A partir de 1768, atingindo a maturidade, o estilo de Haydn se transforma, tornando-se mais expressivo com o uso de modulações e contrastes entre os movimentos. Nessas obras predominam o gosto pela assimetria formal, a nobreza aristocrática e a jovialidade popular.
Homem do século aristocrático que não abandonou as raízes populares, católico ligado ao ambiente racionalista da maçonaria. Assim era Haydn, com personalidade ambígua que refletia nas tensões dramáticas da forma-sonata. Suas últimas sinfonias são mais complexas, com o emprego da percussão e novos timbres.
O compositor passou pelo menos 30 anos de sua vida prestando serviços aos membros da família Esterházy, grandes apreciadores de música. Apesar do árduo trabalho, Haydn se dava por feliz com esse emprego. Na corte, ele dispunha de bons cantores e instrumentistas que interpretavam as suas obras. Como empregado dos Eszterházy, Haydn os seguiu aonde eles foram: viveram em Eisenstadt, palácio de inverno em Viena, e em Eszterháza, o grande palácio da família, na Hungria.
Em 1790, gozando de maior liberdade na corte, Haydn realizou inspiradoras viagens à Inglaterra, onde compôs 12 famosas sinfonias. Aclamado pela sociedade britânica, recebeu da conceituada Oxford University o título honorário de Doutor em Música.
A repercussão de sua obra foi grande. Na Áustria todos eram haydnianos, inclusive o jovem Mozart. Terminou seus dias cercado de constantes visitas, admiração e respeito, transmitindo seus ensinamentos aos jovens, dentre os quais o mais ilustre foi Beethoven. Antes de morrer, Haydn ditou suas lembranças e preparou o catálogo de suas obras. Faleceu em 31 de maio de 1809, em Viena, quando a cidade foi ocupada pelas tropas de Napoleão. Foram os próprios oficiais franceses que formaram a guarda de honra no seu enterro.
No decorrer de uma importante cerimônia em sua memória, no dia 15 de junho de 1809, foi executado o Requiem de seu amigo Mozart. Os restos mortais de Haydn jazem no túmulo, localizado na Igreja do Monte (Bergkirche), em Eisenstadt, próximo do Palácio Esterházy, onde viveu e trabalhou para a música.