Bolsa 15/18654-2 - Anura - BV FAPESP
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Sequenciamento genômico do sapo pé-de-pá-oriental, Scaphiopus holbrookii (Amphibia: Anura: Scaphiopodidade) e do sapo flamenguinho, Melanophryniscus moreirae (Amphibia: Anura: Bufonidae)
Processo: 15/18654-2
Vigência (Início): 29 de janeiro de 2016
Vigência (Término): 28 de janeiro de 2017
Supervisor no Exterior: Daniel Andrew Janies
Local de pesquisa: University of North Carolina at Charlotte (UNCC), Estados Unidos
Vinculado à bolsa: 13/05958-8 - Genômica Comparada e a Evolução da Defesa Química em Anfíbios, BP.DR
Apesar da disponibilidade de tecnologias de sequenciamento de alta performance que permitem a aquisição de dados moleculares a preços factíveis, dificuldades computacionais em analisar grandes bancos de dados de sequências e o pequeno número de genomas nucleares de sapos que possam ser usados como referência têm dificultado avanços em estudos genômicos de anuros. Apenas dois genomas nucleares e 81 genomas mitocondriais completes foram publicados para Anura até a data de submissão desta proposta, uma amostragem muito pequena das atuais 6.483 espécies de sapos. Aqui eu proponho montar e analisar o genoma nuclear parcial e o genoma mitocondrial completo do sapo-pé-de-pá-oriental, Scaphiopus holbrookii, e do sapo-flamenguinho, Melanophyniscus moreirae, usando tecnologias de sequenciamento de alta eficiência (Illumina HiSeq). Estas espécies foram selecionadas devido à características genéticas que facilitam a análise de seu genoma e qualidades únicas que as tornam interessantes para o estudo da evolução de Anfíbios e da defesa química neste grupo. O sapo-pé-de-pá-oriental tem posição filogenética estratégica que possibilita a investigação de aspectos genômicos associados com a transição para o ambiente terrestre em sapos, do papel dos elementos transponíveis no tamanho do genoma de anfíbios, da distribuição e variabilidade de elementos ultra-conservados específicos à linhagem ou aos anuros, da evolução de genes organelares e dos rearranjos genômicos mitocondriais em anuros, entre outros. Já o sapo-flamenguinho é um bufonídeo que apresenta defesa química baseada tanto em alcaloides sequestrados da dieta quanto bufoteninas biosintetizadas, sendo então uma espécie chave para o entendimento da defesa química em anuros. A viabilidade deste projeto é garantida pela disponibilidade de sequências brutas já obtidas para ambas as espécies e recursos computacionais massivos dedicados à este projeto, aliados à experiência dos nossos colaboradores internacionais na área da genômica de organismos não-modelo. Eu acredito que a presente proposta irá nos levar um passo adiante na superação da nossa atual falta de conhecimento em genômica comparada de anuros e na distância entre a facilidade atual na obtenção de dados genômicos e a dificuldade de analisá-los. (AU)
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MACHADO, DENIS JACOB; JANIES, DANIEL; BROUWER, CORY; GRANT, TARAN. A new strategy to infer circularity applied to four new complete frog mitogenomes. ECOLOGY AND EVOLUTION, v. 8, n. 8, p. 4011-4018, APR 2018. Citações Web of Science: 3.