Em seguida, as forças terrestres de Israel deslocaram-se para a Península do Sinai e Faixa de Gaza onde cercaram as unidades egípcias. A Guerra não era longe da frente leste de Israel. O primeiro-ministro de Israel, Levy Eshkol, enviou uma mensagem ao rei Hussein da Jordânia: “Não empreenderemos ações contra a Jordânia, a menos que seu país nos ataque”.
Mas na manhã do 5º dia, Nasser telefonou a Hussein encoranjando-o a lutar. Ele disse a Hussein que o Egito tinha saído vitorioso no combate da manhã — um engano de Nasser que provocou uma derrota esmagadora da Jordânia, mas que conseguiu impedir que Israel tomasse Amã.
Às 11h da manhã de 5 de Junho, tropas da Jordânia atacaram Israel a partir de Jerusalém com morteiros e artilharia. Com o controle total dos céus, as forças israelenses em terra estavam livres para invadir o Egito e a Jordânia. Por causa disto, os reforços árabes que foram enviados tiveram sérios contratempos, o que permitiu que em apenas 24 horas os israelenses tomassem grande parte da cidade aos jordanianos. No terceiro dia da guerra, 7 de Junho, as forças jordanianas foram empurradas para o West Bank, atravessando o Rio Jordão. Israel tinha anexado todo o West Bank e Jerusalém, tomando e invadindo a cidade.
A ONU conseguiu um acordo de cessar-fogo entre Israel e a Jordânia que entrou em vigor naquela tarde. Após o cessar-fogo, o grande contingente das tropas de Israel e tanques foi dirigido contra as forças do Egito no Deserto do Sinai e Faixa de Gaza. As IDF (Forças de Defesa de Israel) atacaram essas forças com três divisões de tanques, paraquedistas e infantaria. Conscientes do fato que a guerra somente podia durar poucos dias e que era essencial uma vitória rápida, os israelenses concentraram todo o seu poder através das linhas egípcias no Deserto do Sinai.