Pedro Canísio nasceu em Nimega, atual Holanda, em 8 de maio de 1521. Seu pai era Jacó Kenis, burgomestre de Nimega. Foi encaminhado pelo pai para estudar Direito.
Cursou estudos na Universidade de Colônia, para formar-se como advogado sem, no entanto, descuidar de sua espiritualidade (tendo em vista suas frequentes visitas ao Mosteiro dos Cartuxos). Descobrindo o seu chamado com o auxílio de um padre jesuíta, Pedro Canísio tornou-se o primeiro jesuíta alemão, tendo entrado na Companhia de Jesus em maio de 1543. Recebeu a ordenação sacerdotal em junho de 1546. Nesse mesmo ano, publicou as obras de São Cirilo de Alexandria, sendo o primeiro livro mandado imprimir por um jesuíta. Foi teólogo do Concílio de Trento e um grande pregador e professor. Exerceu a sua docência sobretudo em Inglostad, Viena, Augsburgo, Innsbruk e Munique. Organizou a sua Ordem na Alemanha, fazendo dela um instrumento valioso para a reforma católica contra o protestantismo. Foi um dos iniciadores da imprensa católica.
Profundo devoto da Santíssima Virgem, Pedro Canísio foi conselheiro de Príncipes, Núncios e Papas. Das 36 obras que compôs, as mais célebres são os seus três Catecismos (1555-1556 e 1558), largamente difundidos por toda a cristandade até o século XIX. O denominado "Catecismo Mayor", em 221 perguntas e respostas, alcançou pelo menos 130 edições. O Papa Leão XIII chamou-lhe mesmo o "segundo Apóstolo da Alemanha, depois de São Bonifácio".
A história de São Pedro Canísio é caracterizada pela profunda amizade pessoal com Cristo. Em 4 de setembro de 1549, escreveu em seu diário: "No final Vós, como se me abrisses o coração do Sacratíssimo Corpo, que me parecia ver diante de mim, ordenastes-me para que bebesse daquela nascente, convidando-me por assim dizer a haurir as águas da minha salvação das vossas fontes, ó meu Salvador". Um evangelizador autêntico foi sempre um instrumento unido e fecundo de Jesus com sua Igreja.
São Pedro Canísio faleceu em Friburgo, na Suíça, a 21 de dezembro de 1597. O Papa Pio XI canonizou-o a 21 de maio de 1925, declarando-o ao mesmo tempo Doutor da Igreja.