Um sonho dos batistas do Estado de São Paulo se tornou realidade no dia 1º de março de 1957, quando foi fundada a Faculdade de Teologia do Colégio Batista Brasileiro. Foi diretor até 1960 o prof. Lauro Bretones. De 1961 a julho de 1972 a Faculdade foi dirigida pelo Dr. Thurmon Earl Bryant. De 1972 a julho de 1988 pelo Dr. Werner Kaschel. De julho de 1988 até 7 de janeiro de 1997 pelo Dr. Artur Alberto de Mota Gonçalves. E desde 7 de janeiro de 1997, pelo prof. Lourenço Stelio Rega.
No início a Faculdade funcionou coligada e nas dependências do Colégio Batista Brasileiro, mudando-se em 1959 para a sua sede própria, à Rua Ministro Godoy 749. Onde depois funcionou por muito tempo o seu pensionato masculino e feminino. Em 1965 a Faculdade foi desvinculada do Colégio, passando a ser administrada por Junta própria. Nesta ocasião o nome da instituição foi mudado para Faculdade Teológica Batista de São Paulo.
Em 1966 foi iniciada a construção do edifício de administração e aulas, à Rua João Ramalho 466. O prédio onde a Faculdade funciona no presente tem quatro pavimentos e é chamado Edifício Thurmon Earl Bryant. Em junho de 2001 foram inauguradas cinco novas salas de aulas e duas de apoio no novo edifício da Faculdade chamado Dr. Werner Kaschel, seguindo os mais elevados padrões de construção civil do ponto de vista pedagógico. Este edifício, quando pronto, terá mais 3 pavimentos, sendo um deles dedicado para ampliar o espaço para a Biblioteca, adicionando recursos de multimídia, informática, de pesquisa e relfexão.