Na tentativa de conseguir apoio do monarca muçulmano o qual se chamava Siripada, além de conseguir um guia que os levassem as Molucas, foi decidido que permaneceriam na ilha, aguardando o convite do rei. Seis dias depois, três pirocas com várias pessoas retornaram, e estes trouxeram novos presentes ofertado pelo rei. Em troca os europeus também deram presentes aos convidados. Um deles era um governador ou ministro do rei o qual convidou alguns dos membros a irem a sua casa para jantar e dormir, pois no dia seguinte, eles seriam levados ao palácio. Pigafetta e Gonzalo de Gomes Espinoza foram um dos convidados a irem para a casa do governador. Ao chegarem a cidade, eles aguardaram por cerca de duas horas como relata Pigafetta, até que dois elefantes chegaram e eles subiram nestes e foram levados até a casa do governador. No dia seguinte eles também foram de elefante até o palácio.
"A cidade está construída junto ao mar, exceto a casa do rei e as de alguns chefes. É composta de vinte e cinco mil lares ou famílias. As casas são de madeira, sustentadas por grossas vigas para isolá-las da água. Quando a maré sobe, as mulheres que vendem mercadorias aproveitam para atravessar a cidade de barca. Protegendo o palácio real há uma grande muralha de pedras, com barbacãs à maneira de fortaleza, sobra a qual se vê cinquenta e seis canhões de bronze e seis de ferro. Dispararam muitas vezes durante os dias em que passamos na cidade". (PIGAFETTA, 1985, p. 135).
Pigafetta relata que as ruas estavam guarnecidas por vários soldados que empunhavam lanças, espadas e escudos, os quais mantinham vigilância e garantiam a segurança dos convidados. Ao chegarem ao palácio, havia vários guardas e cortesões, mas o interessante é que Pigafetta relata que eles não viram o rei naquele dia; o monarca ficava atrás de cortinas, e para se dirigir a palavra para ele tinha-se que se falar com um dos funcionários, que se reportaria ao seu superior e assim sucessivamente até um dos homens mais próximos do rei.
"Nosso interlocutor nos advertiu que devíamos fazer três reverências ao rei, elevando as mãos juntas por sobre a cabeça e levantando alternativamente os pés. Depois das três reverências que nos haviam indicado, endereçamos nossa mensagem ao rei, fazendo-o saber que pertencíamos ao rei da Espanha, que desejava viver em paz com ele e não pedia nada mais além de comercializar com sua ilha". (PIGAFETTA, 1985, p. 134).
O rei Siripada ficou interessado em saber que poderia firmar aliança com o rei de Espanha, então ele permitiu que os europeus pudessem comercializar em sua ilha, assim como cortar lenhas e buscar água. Depois de vários dias de tranquilidade, na manhã de 29 de julho, algo chamou a atenção da tripulação, vários barcos (Pigafetta fala em cem destes) navegavam em direção aos navios espanhóis, aquilo pareceu muito suspeito e ameaçador, então eles levantaram vela e partiram, mas alguns dos barcos maiores (juncos) começaram a emparelhar ao lado dos navios, e foi decretado que disparassem nos atacantes.
Um dos barcos foi capturado e um dos prisioneiros era filho do rei da Ilha de Lozón, e atuava como capitão-geral de Bornéu, segundo o relato de Pigafetta. Os navios conseguiram se afastar da ilha, contudo, no dia seguinte, Juan Carvajo na tentativa de resgatar os cinco espanhóis que haviam ficado na cidade de Bornéu (capital do reino muçulmano), o que incluía seu filho (o rapaz de nome desconhecido, nasceu no Brasil, sendo filho de uma indígena), contudo o rei Siripada negou-se a trocar o príncipe pelos prisioneiros espanhóis e alegou que os barcos não foram enviados para atacá-los, mas seguiam para a cidade dos pagãos, isso tudo havia sido um mal entendido.
Juan Carvajo tentou recuperar seu filho, mas os demais membros da tripulação temendo que fosse uma armadilha decidiram abandonar os reféns e foram embora, levando consigo 16 prisioneiros, sendo três mulheres. Eles voltaram a seguir viagem para o nordeste, até que uma tempestade os atingiu, e um dos navios avariou o leme num recife perto da ilha Bibalón (atual Balabac nas Filipinas), foi decido se encontrar um porto seguro para realizar reparos nos navios.
No dia 15 de agosto foi avistado 4 juncos carregados com cocos, um deles conseguiu se abordado e a carga foi saqueada, os demais fugiram. Posteriormente, eles atracaram em Cimbombón (ilha no sul das Filipinas), onde de acordo com Pigafetta devido a falta de ferramentas, demorou-se 40 dias para concluir os reparos, além das dificuldades de se conseguir madeira boa, pois essa ficava na serra, e havia muitos espinhos e urtigas no caminho. Na ilha também havia javalis e crocodilos.
Juan Carvajo foi destituído da capitania, e Gonzalo Gomes de Espinoza foi eleito capitão da Trinidad e novo comandante da expedição. Juan Sebástian Elcano que era piloto da Concepción, foi nomeado capitão da Victoria. A destituição de Carvalho deveu-se principalmente a sua situação, pois o mesmo ficou bastante abalado com a perda do filho, e já não possuía condições psicológicas de chefiar a expedição. Terminado os reparos voltou-se a seguir viagem para a ilha de Paloán, e em 2 de setembro, um dos governadores da ilha, junto com seu filho, irmão e alguns criados foram capturados pelos europeus.
Os três foram usados como reféns e em troca pediu-se alimentos: quatrocentas medidas de arroz, vinte porcos, vinte cabras e cento e cinquenta galinhas, estes foram os números descritos por Pigafetta, o qual conta que o resgate foi pago, e, além disso, acrescentou-se cocos, bananas, canas de açúcar e vinho. Os reféns foram soltos e a expedição retornou para Mindanao.