A doença de coronavírus 2019 (COVID-19) é uma doença causada por coronavírus 2 da síndrome respiratória aguda grave (SARS-CoV-2) que foi detectada pela primeira vez na China em dezembro de 2019. Brasil confirmou os primeiros casos em 26 de fevereiro de 2020, em um paciente retornando da Itália.
Situação epidemiológica no Brasil
Atualmente existem 2,227,514 casos confirmados de COVID19 em todo o Brasil (23 de julho de 2020). Desses, 439,446 (20%) de todos os casos confirmados foram relatados no estado de São Paulo e 148,623 casos (7%) no estado do Rio de Janeiro. Observe que esses números contêm informações reportadas pelos veículos de mídia locais e podem não corresponder aos números relatados pelo Ministério da Saúde do Brasil. Verifique as atualizações diárias fornecidas pelo Ministério da Saúde do Brasil .
O primeiro caso no Brasil foi confirmado em 26 de fevereiro de 2020 ( confira nosso breve relatório aqui ). Desde então, o vírus foi detectado nas cinco regiões do país. A transmissão local foi confirmada em todas as regiões do país.
Primeiros genomas SARS-CoV-2 da América Latina. Leia mais
Fornecemos um breve relatório e análise filogenética dos primeiros casos confirmados de COVID-2 no Brasil. O primeiro genoma e o relatório foram gerados em menos de 48 horas após o diagnóstico confirmatório no Instituto Adolfo Lutz. Dos casos suspeitos de COVID-19 , dois até agora deram positivo para COVID-19. Os dois casos viajaram para o norte da Itália. Descrições clínicas e epidemiológicas detalhadas para pacientes suspeitos e confirmados, inclusive para os dois pacientes aqui relatados, estão disponíveis na Rede Nacional de Alerta e Resposta a Emergências em Saúde Pública do Ministério da Saúde do Brasil. Um relatório completo sobre nossas descobertas genéticas, incluindo dados brutos e análises, pode ser encontrado em Virological.org .
Rotas da introdução do COVID-19 no Brasil
Numa fase inicial da epidemia, quando o número de casos de SARS-CoV-2 importados estava aumentando no Brasil, usámos dados de incidência e histórico de viagens aéreas para estimar as rotas de importação mais importantes para o país. Tal análise permite sugerir onde
Entre fevereiro e março de 2019, o Brasil recebeu 841.302 passageiros internacionais em um total de 84 cidades em todo o país (Figura 1). São Paulo, a maior cidade do país, foi o destino final de quase metade (46,1%) dos passageiros que chegaram ao Brasil, seguidos pelo Rio de Janeiro (21%) e Belo Horizonte (4,1%). Mais da metade dos passageiros internacionais iniciaram a viagem nos EUA (50,8%), seguidos pela França (7,9%) e Itália (7,5%). As rotas de viagens aéreas para aeroportos no Brasil com maior número de passageiros foram EUA-São Paulo (23,3%), EUA-Rio de Janeiro (9,8%) e Itália-São Paulo (3,4%).
Potencial de importação de COVID-19 para o Brasil. O painel à esquerda mostra a proporção (%) de passageiros das 20 principais rotas para aeroportos brasileiros de países que notificaram casos de COVID-19 até 5 de março de 2020. Painel na proporção estimada do lado direito (%) das importações para as 20 principais rotas de países que reportaram COVID-19 local até 5 de março de 2020.
É importante ressaltar que, com a recente redução no número de voos saindo da Itália e 51% dos voos para o Brasil partindo de aeroportos nos EUA, devemos antecipar uma proporção crescente de viajantes infectados que chegam dos EUA. Em um momento em que o número de casos de SARS-CoV-2 cresce constantemente no Brasil, nossas descobertas destacam o alto potencial para a introdução de novos casos em várias cidades do Brasil, especialmente nas metrópoles de São Paulo e Rio de Janeiro. A identificação rápida de localidades onde os grupos de transmissão locais podem se infectar pela primeira vez é fundamental para coordenar melhor as ações preventivas , de prontidão e resposta. Há uma necessidade crítica de dados epidemiológicos, de mobilidade humana e genéticos para entender a dinâmica de transmissão de vírus em todo o Brasil. A integração contínua desses fluxos de dados deve ajudar a orientar a implantação de recursos para mitigar a transmissão do COVID-19 no Brasil.
Confira nossa publicação científica aqui Confira também um vídeo do youtube do Dr. Chico Camargo explicando nossas descobertas.
Características epidemiológicas e clínicas da epidemia de COVID-19 no Brasil. Leia Mais
O primeiro caso de COVID-19 foi detectado no Brasil em 25 de fevereiro de 2020. Relatamos e contextualizamos os achados epidemiológicos, demográficos e clínicos para casos de COVID-19 durante os primeiros 3 meses do epidemia. Em 31 de maio de 2020, 514.200 casos de COVID-19, incluindo 29.314 mortes, foram notificados em 75,3% (4.196 de 5.570) dos municípios em todas as cinco regiões administrativas do Brasil. O valor R 0 para o Brasil foi estimado em 3,1 (intervalo de credibilidade bayesiana de 95% = 2,4-5,5), com uma mediana mais alta, mas intervalos credíveis sobrepostos em comparação com alguns outros gravemente afetados países. Foi identificada uma associação positiva entre maior renda per capita e diagnóstico de COVID-19. Além disso, os casos de infecção respiratória aguda grave de etiologia desconhecida foram associados a uma renda per capita mais baixa. A co-circulação de seis vírus respiratórios foi detectada, mas em níveis muito baixos. Esses achados fornecem uma descrição abrangente da epidemia de COVID-19 em andamento no Brasil e podem ajudar a orientar medidas subsequentes para controlar a transmissão do vírus.
Evolução e epidemia disseminação do SARS-CoV-2 no Brasil. Leia mais
Devido aos dados limitados disponíveis, as avaliações do impacto das intervenções não farmacêuticas (NPIs) sobre a propagação do vírus permanecem desafiadoras. Usando um modelo de transmissão baseado em mobilidade, mostramos que NPIs reduziram o número de reprodução de & gt; 3 para 1 para 1,6 em São Paulo e no Rio de Janeiro. Sequenciamento de 427 novos genomas e análise de um conjunto de dados genômicos geograficamente representativos identificou & gt; 100 introduções internacionais de vírus no Brasil. Estimamos que a maioria (76%) das cepas brasileiras caiu em três clados que foram introduzidos da Europa entre 22 de fevereiro e 11 de março de 2020. Durante a fase inicial da epidemia, descobrimos que o SARS-CoV-2 se espalhou principalmente localmente e dentro das fronteiras estaduais . Após esse período, apesar da queda acentuada nas viagens aéreas, estimamos exportações múltiplas de grandes centros urbanos que coincidiram com um aumento de 25% nas distâncias médias percorridas em voos nacionais. Este estudo lança uma nova luz sobre a transmissão epidêmica e as trajetórias evolutivas das linhagens SARS-CoV-2 no Brasil e fornece evidências de que as intervenções atuais ainda são insuficientes para manter a transmissão do vírus sob controle no país.
Distribuição de intervalo serial da infecção por SARS-CoV-2 no Brasil. Leia mais
As avaliações atuais da dinâmica de transmissão do SARS-CoV-2 contam com estimativas precisas dos principais parâmetros epidemiológicos, incluindo o intervalo serial, que pode ser definido como o tempo entre o início dos sintomas na fonte e o início dos sintomas no receptor. Estimamos o intervalo serial de SARS-CoV-2 de 65 pares de infectados-infectados do Brasil. O intervalo serial médio em nossos dados foi estimado em 3 (desvio padrão = 3,29) dias.
Imunidade de rebanho ao COVID-19 na região Amazônica
Preprint: medRxiv, September 2020, https://doi.org/10.1101/2020.09.16.20194787
O limiar de imunidade de rebanho é atingido quando uma determinada proporção da população se torna imune a um agente infeccioso, por infecção natural ou vacinação, de modo que, na ausência de medidas preventivas adicionais, novos casos entram em declínio e o número de reprodução efetiva se torna menor que um. No caso do COVID-19 esse parâmetro epidemiológico fundamental continua desconhecido, e modelos matemáticos têm chegado a estimativas muito divergentes. Estudos a nível populacional utilizando testes de anticorpos para inferir o total cumulativo de infecções podem prover evidência empírica do nível de imunidade em áreas muito acometidas. Neste relatório, nós mostramos que a transmissão de SARS-CoV-2 em Manaus, na região amazônica, aumentou rapidamente em março e abril, e caiu mais lentamente entre maio e setembro. Em junho, um mês após o pico da epidemia, 44% da população tinha anticorpos detectáveis, indicando uma incidência cumulativa de 52% após correção da taxa de falso-negativos inerentes ao exame. A soroprevalência caiu em julho e agosto, com a redução dos níveis de anticorpo circulante. Após correção levando em conta esta redução, nós estimamos que a proporção final da população infectada foi de 66%. Embora intervenções não-farmacêuticas e mudanças comportamentais da população possam ter auxiliado na redução da transmissão de SARS-CoV-2 em Manaus, a taxa de infecção elevada sugere que imunidade de rebanho teve um papel importante em determinar o tamanho final da epidemia.
Transmissão local da linhagem SARS-CoV-2 B.1.1.7, Brasil, dezembro de 2020. Leia mais
Em dezembro de 2020, a vigilância da pesquisa detectou a linhagem B.1.1.7 da síndrome respiratória aguda grave coronavírus 2 em São Paulo, Brasil. O sequenciamento genômico rápido e a análise filogenética revelaram 2 introduções distintas da linhagem. Um paciente relatou nenhuma viagem internacional. Pode haver mais infecções por esta linhagem no Brasil do que relatado. Nós relatamos o contexto filogenético de novos genomas de síndrome respiratória aguda grave coronavírus 2 B.1.1.7 isolados de 2 pacientes no Brasil (Figura).
Ressurgimento do COVID-19 em Manaus, Brasil, apesar da alta soroprevalência. Leia mais
Nosso comentário mais recente sobre o ressurgimento do COVID-19 em Manaus, Brasil, apesar da alta soroprevalência, foi publicado em The Lancet. Depois de inicialmente conter a síndrome respiratória aguda grave coronavírus 2 (SARS-CoV-2), muitos países europeus e asiáticos tiveram um ressurgimento de COVID-19 consistente com uma grande proporção da população permanecendo suscetível ao vírus após a primeira onda epidêmica. Por outro lado, em Manaus, Brasil, um estudo de doadores de sangue indicou que 76% (IC 95% 67–98) da população havia sido infectada com SARS-CoV-2 em outubro de 2020.
Reinfecção SARS-CoV-2 causada pela linhagem P.1 na cidade de Araraquara, Estado de São Paulo, Brasil, Rev. Inst. Med. Trop. S. Paulo, Leia mais
A reinfecção pelo coronavírus da síndrome respiratória aguda grave do tipo 2 (SARS-COV-2) foi relatada em muitos países, sugerindo que o vírus pode continuar a circular entre humanos, apesar da possibilidade de imunidade de rebanho local devido a infecções anteriores massivas. O surgimento de variantes de preocupação (COV) que são mais transmissíveis do que as anteriores em circulação levantou preocupações particulares sobre a eficácia das vacinas e as taxas de reinfecção. A linhagem P.1 foi identificada pela primeira vez em dezembro de 2020 na cidade de Manaus e agora está espalhada globalmente. Relatamos o primeiro caso de reinfecção do SARS-CoV-2 causada pela variante P.1 fora de Manaus. O potencial dessas novas variantes para escapar naturalmente da imunidade induzida pela vacina destaca a necessidade de uma vigilância global.
Aumento da frequência das linhagens SARS-CoV-2 B.1.1.7, P.1 e P.2 e identificação de uma nova linhagem que abriga as mutações de pico E484Q e N501T em Minas Gerais, Sudeste do Brasil, Virological.org, Leia mais
Nós relatamos os resultados preliminares de uma investigação em andamento da diversidade genômica do SARS-CoV-2 na região metropolitana de Belo Horizonte (RMBH), Minas Gerais, Brasil. Nós sequenciamos e caracterizamos 85 sequências quase completas do genoma SARS-CoV-2 de amostras randomizadas coletadas entre 28 de outubro de 2020 e 15 de março de 2021. A análise filogenética revela a co-circulação de duas variantes preocupantes (VOC), B.1.1.7 (n = 3, 3,53%) e P.1 (n = 30, 35,29%), e variante de interesse (VOI) P.2 (n = 41, 48,23%). Essas variantes abrigam mutações E484K (P.1 e P.2) e N501Y (P.1 e B.1.1.7) que estão associadas a maior transmissibilidade ou escape imune. A mutação N501Y também foi associada a um aumento nas hospitalizações e mortes por COVID-19. Notavelmente, descobrimos que entre 28 de fevereiro e 15 de março, 68% dos casos foram causados ​​pela linhagem P.1 na RMBH. Além disso, relatamos um grupo de duas sequências caracterizadas por uma matriz única de 18 mutações, incluindo novas alterações não sinônimas nas mesmas posições de aminoácidos de pico crítico, E484Q e N501T. Esta linhagem parece ter emergido de forma independente do B.1.1.28 amplamente difundido nacionalmente, como relatado anteriormente para P.1 e P.2, e se soma à composição de um cenário epidemiológico complexo da pandemia de SARS-CoV-2 no Brasil .
Genômica e epidemiologia de uma nova linhagem SARS-CoV-2 em Manaus, Brasil Leia mais
Casos de infecção por SARS-CoV-2 em Manaus, Brasil, ressurgiram no final de 2020, apesar dos altos níveis de infecção anterior lá. Por meio do sequenciamento do genoma de vírus amostrados em Manaus entre novembro de 2020 e janeiro de 2021, identificamos o surgimento e a circulação de uma nova variante do SARS-CoV-2, a linhagem P.1, que adquiriu 17 mutações, incluindo um trio na proteína spike (K417T, E484K e N501Y) associado ao aumento da ligação ao receptor ACE2 humano. A análise do relógio molecular mostra que a emergência P.1 ocorreu por volta do início de novembro de 2020 e foi precedida por um período de evolução molecular mais rápida. Usando um modelo dinâmico de duas categorias que integra dados genômicos e de mortalidade, estimamos que P.1 pode ser 1,4-2,2 vezes mais transmissível e 25-61% mais probabilidade de escapar da imunidade protetora induzida por infecção anterior com linhagens não-P.1 . A vigilância genômica global aprimorada de variantes preocupantes, que podem exibir maior transmissibilidade e / ou evasão imunológica, é crítica para acelerar a resposta à pandemia.
Virus infecioso em amostras respiratórias de trabalhadores de saúde re-infectados com SARS-CoV-2 no Brazil, 2020, Emerging Infectious Diseases, Leia mais
Neste estudo, descrevemos 4 casos de reinfeção de SARS-CoV-2 por linhagens não classificadas como não variantes de preocupação (VOCs, variant of concers) em profissionais de saúde em Campinas, São Paulo, Brasil. Também, isolamos vírus infecioso nas secreções nasofaríngeas durante as duas infeções. Portanto, melhoramento e contínua aplicação das medidas de seguranças são necessárias para mitigar o risco de reinfeção entre os profissionais de saúde.
Maior risco de morte por COVID-19 em grupos de baixa renda e não brancos de São Paulo, Brasil, BMJ Global Health, Leia mais
Existem poucas evidências sobre os efeitos diferenciais do COVID-19 sobre a saúde em grupos populacionais desfavorecidos. Aqui, caracterizamos o risco diferencial de hospitalização e morte no estado de São Paulo, Brasil, e mostramos como a vulnerabilidade ao COVID-19 é moldada por desigualdades socioeconômicas.
Epidemias de interação na Amazônia Brasil: infecção prévia por dengue associada a risco aumentado de COVID-19 em um estudo de coorte de base populacional, Clinical Infectious Diseases, Leia mais
Infecção por dengue antes serologicamente comprovada está associado ao aumento do risco de subsequente clinicamente aparente COVID-19 em Amazonians, o que implica que a dengue sequencial e COVID-19 epidemias pode impor uma carga extra de doença para as comunidades afectadas no mundo tropicais e subtropicais.
Multiplex qPCR discrimina variantes de interesse para melhorar a vigilância global de SARS-CoV-2, PLoS Biology, Leia mais
Com o surgimento de variantes da Síndrome Respiratória Aguda Grave do Coronavírus 2 (SARS-CoV-2) que podem aumentar a transmissibilidade e / ou causar escape das respostas imunológicas, há uma necessidade urgente de vigilância direcionada das linhagens circulantes. Foi descoberto que a variante B.1.1.7 (também 501Y.V1), detectada pela primeira vez no Reino Unido, poderia ser detectada acidentalmente pelo ensaio de PCR Thermo Fisher TaqPath COVID-19 devido a uma deleção chave nesses vírus, pico Δ69– 70, causaria um resultado de “falha do gene de pico” (SGTF). No entanto, um resultado SGTF não é definitivo para B.1.1.7, e este ensaio não pode detectar outras variantes de preocupação (VOC) que não tenham o pico Δ69-70, como B.1.351 (também 501Y.V2), detectado na África do Sul , e P.1 (também 501Y.V3), detectado recentemente no Brasil. Identificamos uma deleção no gene ORF1a (ORF1a Δ3675-3677) em todas as 3 variantes, que ainda não foi amplamente detectada em outras linhagens SARS-CoV-2. Usando ORF1a Δ3675-3677 como o alvo primário e pico Δ69-70 para diferenciar, nós projetamos e validamos um ensaio de PCR de código aberto para detectar SARS-CoV-2 VOC. Nosso ensaio pode ser rapidamente implantado em laboratórios em todo o mundo para melhorar a vigilância para a emergência local e disseminação de B.1.1.7, B.1.351 e P.1.
Propagação epidêmica da linhagem B.1.1.7 SARS-CoV-2 no Brasil, Viruses, Leia mais
O surgimento de diversas linhagens que abrigam mutações com significado funcional e transmissibilidade potencialmente aumentada impõe uma maior dificuldade na contenção da pandemia de SARS-CoV-2. No Brasil, seis dessas linhagens cocirculam, uma originária do Reino Unido (B.1.1.7), uma originária da África do Sul (B.1.351) e quatro que surgiram em diferentes regiões do país, P.1 (Manaus), P.2 (Rio de Janeiro), N.9 (São Paulo) e N.10 (Maranhão). Embora existam relatórios sobre a disseminação de algumas dessas linhagens para outras regiões brasileiras, um único relatório sobre dois casos da linhagem B.1.1.7 em São Paulo foi publicado, e a extensão de sua disseminação geográfica é atualmente desconhecida. Portanto, realizamos um estudo de epidemiologia genômica com o objetivo de caracterizar a disseminação dessa linhagem em um contexto nacional.
O Brasil precisa de uma abordagem coordenada e cooperativa para enfrentar o COVID-19 , Nature Medicine, Leia mais
Depois de mais de 14 meses sob cerco, os brasileiros continuam sofrendo ao ver milhares de pessoas morrendo todos os dias, mortas pelo patógeno respiratório de ação rápida SARS-CoV-2. As famílias estão lutando para garantir seu sustento, acabar com a fome e, em alguns casos, se ajustar ao tributo de longo prazo de terem sobrevivido à infecção pelo SARS-CoV-2. Com o aumento de casos, superlotação de hospitais e alta letalidade, quem está na linha de frente entende que o Brasil está em guerra com a COVID-19. O ataque foi brutal1. Um quarto de todas as mortes por COVID-19 no Brasil foram registradas oficialmente em abril de 2021. Enquanto isso, uma variante preocupante do SARS-CoV-2, a linhagem P.1 (B.1.1.28.1), continua a ser detectada em um aumento da proporção de infecções, com base no pequeno número de genomas sequenciados em todo o país. Este Comentário discute os muitos fatores que explicam por que o número de vítimas da pandemia no Brasil foi tão extraordinário, incluindo sua estreita conectividade de transporte com os mercados mundiais, as marcadas vulnerabilidades socioeconômicas de suas muitas populações e as persistentes desigualdades.
Níveis de neutralização da linhagem P.1 de SARS-CoV-2 por anticorpos produzidos após infecção natural e vacinação: um estudo imunológico, Lancet Microbe, Leia mais
Uma nova linhagem de SARS-CoV-2, chamada P.1 (20J/501Y.V3), foi recentemente detectada no Brasil. Dentre as mutações presentes na linhagem P.1, estão incluídas mudanças de aminoácidos no domínio de ligação ao receptor da proteína da espícula que são relatadas em outras variantes de preocupação, como a B.1.1.7 e a B.1.351. Esse estudo teve como objetivo investigar se isolados selvagens do novo variante P.1 podem escapar de anticorpos neutralizantes gerados por uma resposta imune policlonal. Nós conduzimos um estudo imunológico para determinar o efeito neutralizante de anticorpos contra isolados da linhagem P.1 e B de SARS-CoV-2, usando plasma de pacientes previamente infectados ou vacinados contra SARS-CoV-2. Dois espécimes da linhagem P.1 foram isolados de lavado de nasofaringe e aspirado brônquico-alveolar de pacientes de Manaus, Brasil. A neutralização do vírus P.1 foi mensurada após incubação com plasma de 21 doadores de sangue na fase de convalescência de COVID-19 e um total de 53 pessoas que receberam a vacina quimicamente inativada CoronaVac. Foram incluídas amostras de plasma de 18 indivíduos que receberam uma única dose e 38 indivíduos que receberam as duas doses da vacina, todos coletados entre 17 e 38 dias após imunização. Também foram incluídas amostras de plasma de 15 indivíduos que receberam duas doses da vacina entre 134-260 dias antes da coleta. Os resultados de neutralização para P.1 foram comparados com os resultados obtidos para um isolado da linhagem B, que circulou no começo da pandemia no Brasil, analisando a mediana do título neutralizante viral (VNT50– definido como o valor de diluição da amostra que conferiu 50% de proteção contra a presença de efeito citopático).
Perfil demográfico alterado de internações durante a segunda onda do COVID-19 no Amazonas, Brasil, The Lancet Regional Health, Leia mais
Nos últimos meses de surgimento de variantes do SARS-CoV-2 com propriedades epidemiológicas alteradas, incluindo maior transmissibilidade e capacidade de escapar parcialmente da imunidade protetora contra infecção anterior. Essas variantes têm sido frequentemente associadas ao ressurgimento da transmissão de COVID-19 e mortalidade em locais onde foram estabelecidas. Investigações detalhadas sobre a epidemiologia das variantes preocupantes (VOC) são cruciais para o controle sustentado e de longo prazo do SARS-CoV-2. Apesar disso, os estudos epidemiológicos permanecem escassos, principalmente no que diz respeito aos desfechos clínicos e perfis de gravidade da doença associados à transmissão de COV.
Compreendendo o impacto potencial de diferentes propriedades de medicamentos na transmissão e na carga de doença do SARS-CoV-2: uma análise de modelagem, Clinical Infectious Diseases, Leia mais
O impacto da pandemia COVID-19 na saúde pública motivou uma busca rápida por potenciais terapêuticos, com alguns sucessos importantes. No entanto, o impacto potencial de diferentes tratamentos e, conseqüentemente, as prioridades de pesquisa e aquisição não foram claras. Usando um modelo matemático de transmissão de SARS-CoV-2, doença COVID-19 e cuidados clínicos, exploramos o impacto na saúde pública de diferentes terapêuticas potenciais, sob uma gama de cenários variando capacidade de saúde, trajetórias epidêmicas; e eficácia do medicamento na ausência de cuidados de suporte. O impacto de medicamentos como a dexametasona (administrados aos mais gravemente enfermos no hospital e cujo benefício terapêutico deve depender da disponibilidade de cuidados de suporte, como oxigênio e ventilação mecânica) tende a ser limitado em locais onde a capacidade de saúde é mais baixa ou onde epidemias descontroladas resultam em hospitais sobrecarregados. Como tal, pode evitar 22% das mortes em países de alta renda, mas apenas 8% em países de baixa renda (assumindo R = 1,35). A terapêutica para diferentes populações de pacientes (aqueles que não estão no hospital, no início do curso da infecção) e os tipos de benefícios (redução da gravidade da doença ou infecciosidade, prevenção da hospitalização) podem ter benefícios muito maiores, particularmente em locais com poucos recursos enfrentando grandes epidemias. Os avanços no tratamento de COVID-19 até o momento se concentraram em pacientes hospitalizados e se basearam no pressuposto de acesso adequado a cuidados de suporte. A terapêutica administrada mais cedo no curso da infecção que reduz a necessidade de cuidados de saúde ou reduz a infecciosidade pode ter um impacto significativo, e a investigação sobre a sua eficácia e meios de distribuição deve ser uma prioridade.
Acompanhando o surgimento de disparidades na disseminação subnacional do COVID-19 no Brasil usando um aplicativo online para visualização de dados em tempo real: uma análise longitudinal , The Lancet Regional Health- Americas, Leia mais
O Brasil é um dos países mais afetados pela pandemia de COVID-19, com mais de 20 milhões de casos e 557.000 mortes notificados até agosto de 2021. A comparação de dados locais de COVID-19 em tempo real entre as áreas é essencial para compreender a transmissão, medindo os efeitos das intervenções e prever o curso da epidemia, mas geralmente são desafiadores devido aos diferentes tamanhos e estruturas populacionais. Descrevemos o desenvolvimento de um novo aplicativo para visualização em tempo real dos dados COVID-19 no Brasil em nível de município. No aplicativo CLIC-Brasil, atualizações diárias de dados de casos e óbitos são baixadas, padronizadas por idade e usadas para estimar o número de reprodução efetiva (Rt). Mostramos como tais plataformas podem realizar análises de regressão em tempo real para identificar fatores associados à taxa de propagação inicial e número de reprodução inicial. Também usamos métodos de sobrevivência para prever a probabilidade de ocorrência de um novo pico de incidência de COVID-19.
Acompanhe a propagação da Omicron com dados moleculares, Ciência, Leia mais
Em 26 de novembro, a nova variante Omicron foi designada uma variante preocupante (COV) da síndrome respiratória aguda grave do coronavírus 2 (SARS-CoV-2) (1). Os resultados do teste de reação em cadeia da polimerase rápida (PCR) podem melhorar as estimativas da prevalência de Omicron em todo o mundo. O ensaio de PCR Thermo Fisher TaqPath COVID-19 amplamente utilizado foi valioso no rastreamento da propagação do VOC (2) Alpha (B.1.1.7) porque uma deleção dos aminoácidos 69 e 70 no gene spike do Alpha (Δ69-70) produz um gene S ausente distinto (S–) apesar dos resultados de teste positivos. O Delta VOC não possui essa deleção e, portanto, é positivo para o gene S (S +) nos testes de PCR TaqPath (3). O Omicron VOC compartilha o pico de exclusão Δ69-70 com o Alpha, que caiu para níveis insignificantes em todo o mundo. Portanto, a frequência dos resultados S– pode ser usada como um proxy rápido para a frequência dos casos de Omicron, desde que a detecção inicial de circulação local tenha sido confirmada por sequenciamento.
Disparidades globais na vigilância genômica SARS-CoV-2, Preprint, Leia mais
O sequenciamento genômico fornece informações críticas para rastrear a evolução e disseminação do SARS-CoV-2, otimizar testes moleculares, tratamentos e vacinas e orientar as respostas de saúde pública. Para investigar a heterogeneidade espaço-temporal na vigilância genômica global do SARS-CoV-2, estimamos o impacto da intensidade do sequenciamento e dos tempos de resposta (TAT) na detecção de variantes em 167 países. A maioria dos países envia genomas> 21 dias após a coleta da amostra, e 77% dos países de baixa e média renda sequenciam <0,5% de seus casos. Descobrimos que o sequenciamento de pelo menos 0,5% dos casos, com um TAT <21 dias, poderia ser uma referência para os esforços de vigilância genômica do SARS-CoV-2. As desigualdades socioeconômicas impactam substancialmente nossa capacidade de detectar rapidamente as variantes do SARS-CoV-2 e minam a preparação global para uma pandemia.
Epidemiologia de COVID-19 após o surgimento da variante gama SARS-CoV-2, Amazônia brasileira, 2020–2021, Doenças Infecciosas Emergentes – Despacho, Leia mais
A variante gama da síndrome respiratória aguda grave do coronavírus 2 (SARS-CoV-2) foi considerada como causadora da doença mais grave do que as variantes anteriores, especialmente em crianças. Pesquisas sorológicas sucessivas de IgG para SARS-CoV-2 na Amazônia brasileira mostraram que as taxas de ataque específicas à idade e as proporções de infecções sintomáticas por SARS-CoV-2 eram semelhantes antes e depois da emergência da variante Gamma.
Reinfecção da variante Gama SARS-CoV-2 em doadores de sangue em Manaus, Brasil, BMC Infectious Diseases , Leia mais
A cidade de Manaus, norte do Brasil, foi atingida por uma segunda onda epidêmica de SARS-CoV-2, apesar das altas estimativas de soroprevalência, coincidindo com o surgimento da variante Gama (P.1). As reinfecções foram postuladas como uma explicação parcial para o segundo surto. No entanto, o cálculo preciso das taxas de reinfecção é difícil quando critérios rigorosos, como dois testes RT-PCR separados no tempo e / ou sequenciamento do genoma, são necessários. Para estimar a proporção de reinfecções causadas pela variante Gamma durante a segunda onda em Manaus e a proteção conferida pela infecção anterior, analisamos uma coorte de doadores de sangue repetidos para identificar anticorpos anti-SARS-CoV-2 potenciadores como meio de inferir reinfecção. A reinfecção devido ao Gamma é comum e pode desempenhar um papel significativo em epidemias onde o Gamma é prevalente, destacando as variantes de ameaça contínua que são motivo de preocupação, mesmo em locais anteriormente atingidos por epidemias substanciais.
Dinâmica de anticorpos SARS-CoV-2 em doadores de sangue e epidemiologia da COVID-19 em oito capitais brasileiras,Preprint, Leia mais
Existem grandes diferenças na forma e tamanho das epidemias regionais de SARS-CoV-2 no Brasil. Aqui testamos amostras mensais de doação de sangue para anticorpos IgG de março de 2020 a março de 2021 em oito das cidades mais populosas do Brasil. Houve grande variação na taxa de ataque inferida ajustada para sororeversão entre as cidades, e a soroprevalência foi consistentemente menor em mulheres e doadores com mais de 55 anos. A taxa de mortalidade por infecção específica por idade diferiu entre as cidades e aumentou consistentemente com a idade. A taxa de internação por infecção (IHR) aumentou significativamente durante a segunda onda dominada por gama em Manaus, sugerindo aumento da morbidade do VOC Gamma em comparação com variantes anteriores circulando em Manaus. A maior penetrância da doença associada ao colapso do sistema de saúde aumentou o IFR geral por um fator mínimo de 2,91 (95% CrI 2,43–3,53). Esses resultados demonstram grande heterogeneidade na disseminação da epidemia e destacam a utilidade da sorovigilância de doadores de sangue para monitorar epidemias de SARS-CoV-2.
Medindo os efeitos da interrupção relacionada ao COVID-19 na transmissão da dengue no sudeste da Ásia e na América Latina: um estudo de modelagem estatística, The Lancet Infectious Diseases, Leia mais
A pandemia do COVID-19 resultou em uma perturbação sem precedentes para a sociedade, que afeta indiretamente a dinâmica das doenças infecciosas. Nosso objetivo foi avaliar os efeitos da interrupção relacionada ao COVID-19 na dengue, uma grande ameaça aguda à saúde pública em expansão, no sudeste da Ásia e na América Latina. Reunimos dados sobre a incidência mensal de dengue dos relatórios semanais da OMS, dados climáticos do ERA5 e variáveis ​​populacionais do WorldPop para 23 países entre janeiro de 2014 e dezembro de 2019 e ajustamos um modelo de regressão bayesiana para explicar e prever ciclos sazonais e plurianuais da dengue . Comparamos as previsões do modelo com os dados de dengue relatados de janeiro a dezembro de 2020 e avaliamos se os desvios da incidência projetada desde março de 2020 estão associados a medidas sociais e de saúde pública específicas (do banco de dados Oxford Coronavirus Government Response Tracer) ou comportamentos de movimento humano (como medido pelos relatórios de mobilidade do Google). Encontramos um declínio consistente e prolongado na incidência de dengue em muitas regiões endêmicas de dengue que começou em março de 2020 (2,28 milhões de casos em 2020 versus 4,08 milhões de casos em 2019; uma redução de 44,1%). Encontramos uma forte associação entre a interrupção relacionada ao COVID-19 (medida independentemente por medidas sociais e de saúde pública e comportamentos de movimento humano) e risco reduzido de dengue, mesmo depois de levar em consideração outros fatores de ciclos de dengue, incluindo imunidade climática e do hospedeiro (risco relativo 0·01–0·17, p<0·01). Medidas relacionadas ao fechamento de escolas e redução do tempo gasto em áreas não residenciais tiveram a evidência mais forte de associação com a redução do risco de dengue, mas a alta colinearidade entre as covariáveis ​​tornou a atribuição específica desafiadora. No geral, estimamos que 0,72 milhão (IC 95% 0,12–1,47) menos casos de dengue ocorreram em 2020 potencialmente atribuíveis à interrupção relacionada ao COVID-19.
Dinâmica de transmissão hospitalar associada ao SARS-CoV-2 em São Paulo, Brasil: um estudo retrospectivo de vigilância genômica, Preprint, Leia mais
O Brasil relatou seu primeiro caso de SARS-CoV-2 em 26 de fevereiro de 2020 em um viajante internacional retornando a São Paulo, Brasil. Até 10 de junho de 2020, 3.898 profissionais de saúde (HCW) e pacientes do Hospital das Clínicas (HC) em São Paulo, o maior complexo hospitalar da América Latina, testaram positivo para RNA de SARS-CoV-2. Nosso objetivo foi fornecer informações sobre a transmissão do SARS-CoV-2 em profissionais de saúde e pacientes, e dentro e entre institutos de HC durante a fase inicial da epidemia no Brasil. Analisamos dados epidemiológicos de casos confirmados de SARS-CoV-2 RT-PCR entre 13 de março e 10 de junho de 2020. Um total de 340 genomas de SARS-CoV-2 foram gerados de profissionais de saúde e pacientes de dois institutos de HC que não receberam pacientes com COVID-19 (institutos A e C) e um instituto recebendo exclusivamente pacientes com COVID-19 (instituto B). Agrupamentos de transmissão dentro e entre institutos foram identificados e a dinâmica de transmissão dentro do agrupamento foi avaliada usando análise de regressão logística e um conjunto de análises genéticas filogenéticas.
Flutuações espaciais e temporais nas taxas de letalidade por COVID-19 em hospitais brasileiros, Nature Medicine, Read more
A variante gama preocupante do coronavírus 2 da síndrome respiratória aguda grave (SARS-CoV-2) se espalhou rapidamente pelo Brasil desde o final de 2020, causando ondas substanciais de infecção e morte. Aqui, usamos registros de pacientes em nível individual após hospitalização com suspeita ou confirmação de doença por coronavírus 2019 (COVID-19) entre 20 de janeiro de 2020 e 26 de julho de 2021 para documentar choques temporários e abrangentes nas taxas de mortalidade hospitalar que seguiram a disseminação do Gamma em 14 capitais estaduais , durante o qual normalmente mais da metade dos pacientes hospitalizados com 70 anos ou mais morreram. Mostramos que esses choques extensos nas taxas de mortalidade hospitalar por COVID-19 também existiam antes da detecção de Gamma. Usando um modelo de taxa de mortalidade bayesiana, descobrimos que as flutuações geográficas e temporais nas taxas de mortalidade hospitalar do COVID-19 no Brasil estavam principalmente associadas a desigualdades geográficas e escassez na capacidade de assistência médica. Estimamos que aproximadamente metade das mortes por COVID-19 em hospitais nas 14 cidades poderiam ter sido evitadas sem desigualdades geográficas pré-pandemia e sem pressão de saúde pandêmica. Nossos resultados sugerem que investimentos em recursos de saúde, otimização de saúde e preparação para pandemias são fundamentais para minimizar a mortalidade e morbidade em toda a população causadas por patógenos altamente transmissíveis e mortais, como SARS-CoV-2, especialmente em países de baixa e média renda.
Protocolos para sequenciamento genômico
A rede ARTIC está disponibilizando um conjunto de materiais para auxiliar grupos no seqüenciamento do vírus, incluindo um conjunto de iniciadores, protocolos de laboratório, tutoriais de bioinformática e conjuntos de dados.
Respondendo ao COVID-19
Treinamento em tempo real para o surto de doença por coronavírus da Organização Mundial da Saúde (português e espanhol).
Saiba mais sobre o covid-19 (e mais cedo do que todos os outros)
Virological é um fórum de discussão especializado para virologistas e epidemiologistas. É onde a primeira sequência de SARS-CoV-2 foi lançada.
Coleta de recursos e artigos sobre o surto de Covid-19
Orientação técnica da OMS covid-19, incluindo relatórios de situação por país, conselhos de viagem, P&D, orientação técnica e por país.
NEJM coleções covid-19, com relatórios clínicos disponíveis gratuitamente, diretrizes de gerenciamento e comentários.
The Lancet Centro de Recursos, incluindo pesquisa, comentários, correspondência, infográficos e notícias sobre a pandemia da COVID-19.
Science página de cobertura da COVID-19 .
Cell Pressione o Coronavirus Resource Hub, incluindo conteúdo sobre o surto, como aparece nos diários da Cell Press.
Uso de métodos laboratoriais para o diagnóstico de SARS
Orientação técnica da Organização Mundial da Saúde (OMS)
Interpretação dos resultados laboratoriais da Organização Mundial da Saúde (OMS)
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