O Ensino Secundário do CIV tem como missão fazer evoluir os alunos para níveis superiores de conhecimento. É a escola que pretende atingir o ponto mais alto de evolução e complexidade. Os alunos adquirem uma sólida preparação através da sua capacidade excecional para lidar com o pensamento abstrato e para integrar projetos de investigação nacionais e internacionais.
Considerando a forma como os alunos devem progredir ao longo da escolaridade do mais simples para o mais complexo (as metodologias não dispensam a observação sistemática e sequencial em todas as etapas), no ensino secundário o nível de exigência é muito elevado e procura estar acima das exigências requeridas para prosseguimento de estudos.
Para além de uma formação intensiva (em pequenos grupos e acompanhados por um professor tutor) em domínios de conhecimento específicos de cada área, têm um papel relevante a vivência de um ambiente bilingue, a educação humanística e científica, as experiências internacionais adquiridas, os estágios, e o contacto com centros de investigação nacionais e internacionais ligados a importantes universidades. Nos 11º e 12º anos os alunos podem beneficiar de um acompanhamento individual no processo de candidatura às universidades portuguesas e/ou estrangeiras.
Numa fase decisiva no futuro dos jovens, o CIV promove uma preparação de excelência para os exames nacionais. Para além das simulações de exame, os alunos são ainda envolvidos em sessões preparatórias individuais ou em pequenos grupos.
As diversas experiências de aprendizagem proporcionadas em diferentes contextos contemplam não só uma sólida formação académica, mas acima de tudo uma formação pessoal e social de excelência.