Os docentes do PPGEM participam de diversos projetos de cooperação científica envolvendo instituições brasileiras, através de programas que incluem CNPq/CAPES/FAPES, entre outros. Estas parcerias tem sido extremamente produtivas, principalmente devido à possibilidade de compartilhamento de infrestrutura. Diversos trabalhos já foram publicados fruto das parcerias que o PPGEM tem estimulado fortemente. Abaixo lista-se os grupos mais ativos.
PRÓTRIBO (desde 2006): Programa de cooperação em TRIBOLOGIA entre a Universidade Federal de Uberlândia e a Universidade Federal do Espírito Santo. O presente projeto ampliou o intercâmbio científico entre o Laboratório de Tribologia e Materiais, Faculdade de Engenharia Mecânica da Universidade Federal de Uberlândia e o Grupo de Materiais do Departamento de Engenharia Mecânica da Universidade Federal do Espírito Santo. (coordenador: Professor Cherlio Scandian)
INES - Instituto Nacional de Engenharia de Superfícies. O núcleo do Instituto é formado por ensino e pesquisa públicas e privadas, localizadas em 7 estados da federação. A Instituição Sede do Instituto Nacional de Engenharia de Superfícies é o Departamento de Física da Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro. (coordenador: Professor Cherlio Scandian)
GT-Biocombustíveis. É um grupo de trabalho formado pelos PRHs de algumas universidades brasileiras, apoiado pela Agência Nacional do Petróleo, Gás Natural e Biocombustíveis - ANP. Duas Pós-Graduações da UFES participam: PPGEM (programa de Eng. Mecânica coordenado pelos professores Márcio F. Martins e José Joaquim) e PPGEA (programa em Eng. Ambiental, coordenado pelo Prof. Sérvio Túlio).
GT-Meio Ambiente: É um grupo de trabalho formado pelos PRHs de algumas universidades brasileiras, também apoiado pela ANP. Na UFES apenas o programa em Eng. Mecânica participa (coordenado pelo prof. José Joaquim).
UFES/PETROBRÁS - Rede Temática de Óleos Pesados: Na rede o PPGEM/UFES estuda o comportamento de perfil de velocidades para medição de gás de flare. Os investimentos feitos por meio da Rede Temática de Óleos Pesados foram de aproximadamente R$ 31 milhões, divididos em infraestruturas laboratoriais, aquisição de equipamentos e desenvolvimento de métodos analíticos laboratoriais para suporte em Pesquisa & Desenvolvimento. (coordenado pelo Prof. Rogério Ramos):
FAPES/IFES/UFES/ (Implantação do Centro de Pesquisas em Inovação e Desenvolvimento  CIPID: A cooperação visa planejar e implantar um laboratório de ensaios não destrutivos estadual e desenvolvimento de trabalhos de pesquisa em cooperação. (coordenado pelo Prof. Marcelo Camargo Severo de Macêdo).
UFPA/UFES. PNPD/CAPES. (Escoamento em Meios Porosos): Subprojeto 01: Combustão em Meio Poroso: Caracterização Experimental e Modelagem Macroscópica (coordenado pelo prof. Márcio F. Martins); Subprojeto 02: Escoamentos em Silos: Caracterização Experimental e Modelagem Baseada na Teoria de Jenike (coordenado pelo prof. Emanuel Negrão Macêdo).
UFES/UFPA. Edital Universal CNPQ - 14/2011. Sinterização em reator vertical de leito fixo: desenvolvimento de processo para produção de agregado sintético a partir de resíduos do processo bayer (lama vermelha) e de biomassa. (Coordenação dos Prof. Márcio F. Martins e Emanuel Negrão Macêdo).
-UFES/UFF. (Edital Universal CNPQ  14/2013; e outros projetos em comum). Equações constitutivas para fluidos não newtonianos, identificação e classificação de estruturas coerentes em turbulência e análise de persistência de deformação dinâmica, alem de diversos outros temas tratados em parceria. Esta cooperação tem sido extremamente proveitosa para o PPGEM/UFES, gerando diversos artigos e projetos em comum. (Coordenação dos Prof. Roney Leon Thompson e Edson J. soares).
De fato existem diversas outras parcerias diretas entre os professores do PPGEM/UFES com outras instituições Brasileiras, sem necessariamente um projeto formal. Os frutos das parcerias formais e as iniciativas diretas se verificam nas produções intelectuais. De 2013 a 2015, mais 40 trabalhos em revista indexadas foram publicados com participação de professores de outras instituições brasileiras. Abaixo lista-se alguns dos intercâmbios nacionais com os respectivos docentes envolvidos. De fato, a lista abaixo se restringe aos intercâmbios com maior produção intelectual. Existem vários outros ainda sendo nucleados, mas ainda com pouca produção. O primeiro nome da lista refere-se ao docente do PPGEM/UFES. Os demais são docentes dos outros programas cadastrados aqui como membros externos. Para cada docente listado, indicada-se também o número aproximado de artigos publicados em conjunto nos último três anos.
Finalmente, pode-se dizer, sem sombra de dúvidas, que o PPGEM/UFES tem uma grande vocação por parcerias quem evolvem diversas instituições brasileiras. Isso tem contribuído enormemente para a consolidação do programa.