Depois, planeada a reedificação da cidade, fixou-se o novo local onde devia fazer-se a definitiva reconstrução da paróquia de S. Julião, sendo designado o chão onde estivera a antiga Igreja Patriarcal, desbaratada também pelo terremoto. e que fora antes o chamado sítio da Judiaria Nova ou Pequena.
O terreno escolhido pelos engenheiros de Pombal ficou delimitado a poente pelo largo de S. Julião, a norte pela rua do mesmo nome e do lado sul pela Rua Nova de El-Rei.
Dirigiu as obras, o arquitecto Honorato José Correia, o mesmo que levantou a planta geral da cidade em 1785.
Em 1778, ainda a nova igreja, já com paredes, estava em menos de metade, assim o garante o citado frade franciscano António Sacramenco, que encerra a informação, opinando: "será preciosa, mas escura".
Pouco tempo depois, em 1783, um relatório enviado à rainha D. Maria I deixava transparecer melhores perspectivas: "A nova Igreja está feita até à Simalha; para se acabar o que falta, segundo a avaliação dos mestres, são necessários mais de Sincoenta mil Cruzados [...]"
Aproveitaram-se alguns materiais do demolido Convento de S. Francisco, principalmente o retábulo e as duas colunas do altar-mor, esculpidas em mármore do Tojal.
Por conter certo interesse, transcrevemos este apontamento, tomado por amor desconhecido, num canhenho manuscrito, datado de 1837: "A Estátua equestre da Praça do Commercio de Lisboa foi fundida com o bronze de um grande sino da egreja de S. Julião d'esta Cidade, o qual tinha cahido pelo Terramoto de 1755; e ainda ha memoria de um Çapateiro que estabeleceu sua loja, e trabalhava dentro deste sino."
A tais instrumentos, de timbre mavioso, que os Anios ouvem no Céu, rendeu Júlio de Castilho [em maio de 1884] uma comovida homenagem, em verso. Aqui ficam a primeira e a última estâncias: