Ainda restava o assentamento das sete Tribos de Israel na Terra de Canaã para que a conquista estivesse completa, quando Josué determinou a construção de um Tabernáculo permanente na cidade de Siló, onde a Arca ficaria protegida.
Nos últimos anos do período dos Juízes de Israel, a Arca da Aliança era guardada pelo sacerdote Eli, e seus filhos Hofni e Finéias. O profeta Samuel, ainda jovem, recebeu uma revelação divina condenando os mesmos ao julgamento, devido a crimes cometidos.
Neste tempo, segundo o relato bíblico, os filisteus invadiram a Palestina, vencendo o exército israelita próximo à localidade de Ebenézer. Estes, vendo-se em situação adversa, apelaram para a Arca, e a trouxeram de Siló. A maldição sobre Eli teria tido lugar, pois a Arca não surtiu efeito na batalha: os israelitas foram derrotados, e o objeto capturado. Os filhos de Eli foram mortos, e este, ao saber da notícia, caiu de sua cadeira e morreu com o pescoço quebrado.
Os filisteus teriam tomado a Arca como despojo de guerra, e a levaram ao templo de Dagom, em Asdode. O relato bíblico conta que a simples presença do santuário naquele local foi o suficiente para que coisas estranhas ocorressem: por duas vezes, a cabeça da estátua de Dagom apareceu cortada. Em seguida, moléstias (hemorróidas, especificamente, além de um surto de ratos) teriam assolado a população de Asdode, inclusive príncipes e sacerdotes filisteus, o que fez com que a arca fosse transportada para Ecrom, outra cidade filistéia. Porém, a população local reagiu negativamente à sua presença, e a enviou de volta ao território de Israel numa carroça. O tempo de permanência da Arca na Filístia teria sido de sete meses.