Segundo estudos, o parasita possui estoques muito pequenos de polissacarídeos. Por esse motivo, eles precisam continuar utilizando o suprimento de energia do hospedeiro.
Por outro lado, as formas do parasita no sangue estão continuamente utilizando glicose para obter energia.
Como membros do domínio Eukaryota, as espécies de Trypanosoma são caracterizadas pelas características de gênero encontradas nas células eucarióticas típicas.
Por exemplo, como as células eucarióticas normais, uma célula do Trypanosoma cruzi, possui um núcleo ligado à membrana, aparelho de Golgi, Retículo endoplasmático, bem como uma membrana plasmática entre outras organelas importantes. Por outro lado, como membros da ordem Kinetoplastida, o Trypanosoma possui uma série de características
Também foi demonstrado que as células do trypanosoma possuem um citoesqueleto único, composto principalmente por microtúbulos.
Também não possui centríolos que desempenham um papel importante na replicação celular. Como resultado, estruturas mal definidas na célula são responsáveis pela produção de fusos de microtúbulos que contribuem para a mitose fechada nesses parasitas.
Os Trypanosoma cruzi também são caracterizados por um único flagelo, variando de 2 a 20µm de comprimento, que é suportado por corpos basais e probasais dentro da célula.