Outra vantagem dos cultivos orgânicos é a utilização de adubos vegetais (adubação verde) e outros nutrientes orgânicos, como estercos e preparados, em vez de adubos químicos sintéticos, que deixam resíduos no solo e na água. Esses adubos naturais aumentam e preservam a biodiversidade do solo, garantindo um leque maior de nutrientes para as plantas e, consequentemente, um alimento mais rico.
Em feitas e mercados, é obrigatório separar alimentos orgânicos e convencionais para evitar risco de contaminação. Essa separação também deve ocorrer durante o transporte dos alimentos frescos e até em casa.