Muitas dessas proteínas também desempenham um papel protetor, uma vez que as moléculas ligadas, como os ácidos graxos, podem ser prejudiciais para o organismo quando presentes na forma livre.
As proteínas desempenham um papel fundamental na estabilização de muitas estruturas. Exemplos são α-queratina, colágeno e elastina. O mesmo sistema do citoesqueleto, o esqueleto da célula, é feito de proteínas. Elas geram movimento e são responsáveis, entre outros, por:
Um exemplo é o receptor para acetilcolina nas sinapses. Eles controlam o desenvolvimento e a diferenciação. Algumas proteínas estão envolvidas na regulação da expressão gênica. Um exemplo é o fator de crescimento nervoso (NGF), que desempenha um papel importante na formação de redes neurais.
Muitos hormônios são proteínas. São moléculas reguladoras envolvidas no controle de muitas funções celulares, do metabolismo à reprodução. Exemplos são insulina, glucagon e hormônio estimulante da tireoide (TSH).