As agências de fomento delegam à Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação, através de uma Coordenação e do Comitê Local, a seleção e o acompanhamento dos projetos de pesquisa e dos bolsistas, além da avaliação de seus desempenhos. Anualmente os programas são avaliados por um Comitê Externo composto por pesquisadores do CNPq no país.