Em reação, o presidente Jair Bolsonaro acusou Barroso de ''militância política'' e ''politicalha''. "A CPI que Barroso ordenou instaurar, de forma monocrática, na verdade, é para apurar apenas ações do governo federal. Não poderá investigar nenhum governador, que porventura tenha desviado recursos federais do combate à pandemia", postou Bolsonaro em suas redes sociais. "Barroso se omite ao não determinar ao Senado a instalação de processos de impeachment contra ministro do Supremo, mesmo a pedido de mais de 3 milhões de brasileiros. Falta-lhe coragem moral e sobra-lhe imprópria militância política."
Enquanto Barroso tem evitado dar declarações públicas sobre o assunto, outros ministros saíram em defesa da decisão. O colega Alexandre de Moraes disse que a determinação foi tomada por ''obrigação'', criticou as declarações do presidente e exigiu respeito dos Poderes Executivo e Legislativo.
Sem citar Bolsonaro, Fux disse que a democracia pressupõe que os Poderes atuem de forma ''independente e harmônica''.