Dois itens em especial irritaram os militares: a criação da Comissão da Verdade, que investigaria as circunstâncias em que crimes praticados por militares foram cometidos, e a reedição da revisão da Lei de Anistia.
A insatisfação foi tamanha que Jobim e os comandantes Enzo Peri (Exército), Juniti Saito (Aeronáutica) e Júlio Moura Neto (Marinha) teriam enviado, segundo fontes, uma carta coletiva de demissão ao presidente Lula. Para apagar o incêndio, o presidente teria prometido à cúpula militar que revisará o decreto e atrasará o envio do texto ao Congresso. Jobim reuniu-se com Lula na Base Aérea de Brasília no último dia 22 de dezembro, um dia depois do lançamento do plano. No encontro, o ministro relatou a insatisfação das forças militares.
Na quarta-feira (30/12), depois de reunir-se com Lula, o ministro da Justiça, Tarso Genro, minimizou a tensão e disse que não há “controvérsia insanável” entre os militares e Paulo Vanucchi. “Não há nenhum tipo de pedido de demissão e nenhuma controvérsia insanável entre Ministério da Defesa e Secretaria de Direitos Humanos. Isso [o presidente Lula] vai resolver com a sua capacidade de mediação na volta das férias”, afirmou. O retorno do presidente está previsto para a segunda-feira, dia 11.
Tarso aproveitou para rebater a versão de que Jobim e os ministros militares teriam entregado seu cargo.
Apesar da negativa, o clima se manteve tenso entre os ministros militares e o governo, por causa do projeto. Dentre os argumentos apresentados pelos militares contra o texto, estaria o fato de que o texto não prevê qualquer punição ou apuração de atos cometidos por guerrilheiros e ativistas políticos contra agentes do Estado.
No capítulo que trata do “Direito à memória e à verdade”, o programa diz que o Brasil ainda processa com dificuldade o resgate do que ocorreu com as vítimas da repressão. “A investigação do passado é fundamental para a construção da cidadania. Estudar o passado, resgatar sua verdade e trazer à tona seus acontecimentos caracterizam uma forma de transmissão de experiência histórica que é essencial para a constituição da memória individual e coletiva”, diz o texto.
O documento lembra ainda que tramita no Supremo Tribunal Federal (STF) uma ação que contesta a interpretação de que a Lei de Anistia não permite a punição de militares que atuaram na repressão.