Fundado em outubro de 1998 com o nome de Clube Atlético Joseense, chamou-se Clube Atlético Paulista Joseense e São José dos Campos Futebol Clube, e voltou a se chamar Clube Atlético Joseense em 2017. Surgiu como uma opção para a torcida de São José dos Campos, que naquela época tinha o São José na Série A1 para torcer. Por conta dessa disputa pela simpatia local, a equipe resolveu apostar no marketing, adotando para si as mesmas cores da cidade: azul, amarelo e branco. O azul, porém, por ser muito identificado com o São José, acabou sendo substituído pelo preto, que compõe as três cores atuais da agremiação.
A partir destas cores, o time criou seu primeiro escudo, no qual apareciam uma bola de futebol e a marca estilizada da garra de um tigre, escolhido como mascote. Com seu uniforme amarelo e o arrojado distintivo, a equipe disputou torneios amadores até o ano 2000.
No ano seguinte, já filiado à Federação Paulista de Futebol, o Joseense começou a participar de competições profissionais, quando disputou a Série B3 do Campeonato Paulista. Logo no ano de estreia, conseguiu se sagrar campeã, conquistando, até agora, o único título da sua história, e ganhando o direito a disputar a Série B2 da competição em 2002. Desde então, o clube vem disputando a Segunda Divisão do Campeonato Paulista.
O ano de 2009 começou com mudanças para o Tigrão do Vale, como o clube também é conhecido. O planejamento é tornar o clube conhecido nacionalmente e, por isso, decidiu mudar o nome para Clube Atlético Paulista Joseense. Se atingir as metas propostas pela diretoria, o Paulista Joseense logo poderá ser conhecido como Atlético Paulista. A inspiração veio nos homônimos Atlético Mineiro e Atlético Paranaense.
O projeto pedia um novo escudo. Por isso, o Atlético Paulista Joseense deixou de lado seu logo anterior e adotou um símbolo mais tradicional, em forma de flâmula, que ostenta a sigla CAP, mostrando que a idéia é colocar o novo Atlético Paulista em destaque. O uniforme tradicional foi mantido.
Em 2012, a equipe joseense liderou quase toda Segunda Divisão do Campeonato Paulista. Na fase final, o segundo lugar do Grupo 19 com nove pontos garantiu o primeiro acesso da história do clube. No ano seguinte, na Série A3, sob comando do técnico Rafael Guanaes, o Joseense fez uma boa campanha, mas terminou o torneio na nona colocação com 30 pontos ganhos. Um a menos do que o Sertãozinho, último classificado para a segunda fase.
2014 iniciou diferente para o clube. Com a missão de buscar novos torcedores, a equipe mudou o nome de Clube Atlético Joseense para São José dos Campos Futebol Clube. Mudaram também as cores da equipe de preto e amarelo para azul e amarelo. O que não mudou foi a forma de trabalhar. A equipe manteve o técnico Rafael Guanaes e muitos jogadores do último ano. Dentro de campo, o São José FC chegou a segunda fase da competição, após terminar a primeira fase em terceiro com 34 pontos ganhos. Na fase seguinte, o clube não foi bem e depois não vencer nenhum dos seis jogos acabou no último lugar do Grupo 03 e não conquistou o acesso.
Já em 2015 na Série A3, o clube fez uma campanha com altos e baixos, mas brigou até a última rodada pela classificação. No jogo contra o Votuporanguense, o gol nos acréscimos decretou o empate e eliminação na primeira fase. A equipe de São José dos Campos terminou na 11ª posição com 29 pontos ganhos.