Tal deficiência implica em uma subjacente condição fisiopatológica, a qual é responsável pela subsequente deficiência de lactase e que pode até mesmo acarretar má absorção e/ou intolerância à lactose. Dentre as possíveis etiologias inclui-se com maior frequência a diarréia aguda, bacteriana ou viral, quando o agente enteropatogênico é capaz de provocar lesão sobre a mucosa do intestino delgado, levando à perda da atividade da lactase normalmente existente nas microvilosidades dos enterócitos. Células epiteliais imaturas que substituem estas são muitas vezes deficientes de lactase, o que causa deficiência secundária de lactase e pode, desta forma, induzir a má absorção de lactose. Giardíase, criptosporidíase, e outros parasitas que infectam o intestino delgado proximal freqüentemente levam à má absorção de lactose devido uma lesão direta ao enterócito pelo parasita.
Rotavirus é o principal agente viral causador de diarréia aguda na infância e é conhecida sua capacidade de provocar lesões de variadas intensidades sobre a mucosa do intestino delgado. Inúmeros estudos recentes de meta-análise têm demonstrado que crianças sofrendo de diarréia aguda por rotavirus e que não apresentam grau importante de desidratação podem continuar a receber fórmulas lácteas contendo concentrações habituais de lactose, sem que ocorram manifestações de intolerância alimentar. Nestes casos a utilização de fórmula contendo lactose não irá interferir de forma negativa sobre o estado de hidratação, o estado nutricional, a duração da doença ou o sucesso terapêutico. Entretanto, nos lactentes de maior risco, ou seja, aqueles menores de 3 meses ou com algum grau de agravo nutricional, a intolerância à lactose poderá estar presente e ser um fator importante na perpetuação da diarréia (Figura 10).
Figura 10- Ultramicrofotografia do Rotavirus. Sua designação se deve ao seu aspecto similar à uma roda denteada.