message: chore: update .env file for the new data paths
diff: -DEV_CLI_OPTIONS="--sequences=data/SARS-CoV-2/sequences.fasta --reference=data/SARS-CoV-2/reference.fasta --genemap=data/SARS-CoV-2/genemap.gff --genes=E,M,N,ORF10,ORF14,ORF1a,ORF1b,ORF3a,ORF6,ORF7a,ORF7b,ORF8,ORF9b,S --output-dir=tmp/ --output-basename=nextalign --include-reference --verbose"
  +DEV_CLI_OPTIONS="--sequences=data/sars-cov-2/sequences.fasta --reference=data/sars-cov-2/reference.fasta --genemap=data/sars-cov-2/genemap.gff --genes=E,M,N,ORF10,ORF14,ORF1a,ORF1b,ORF3a,ORF6,ORF7a,ORF7b,ORF8,ORF9b,S --output-dir=tmp/ --output-basename=nextalign --include-reference --verbose"
  