message: chore: sort json keys before comparison
diff: @@ -111,6 +111,7 @@ else
  fi
  jq -S '.' ${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_RS}/nextclade.auspice.json >ttt1 && mv ttt1 ${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_RS}/nextclade.auspice.json
  +jq -S '.' ${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_RS}/nextclade.json >jjj1 && mv jjj1 ${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_RS}/nextclade.json
  #echo "Running Nextclade C++"
  #/usr/bin/time -f 'Time: %E\nMem: %M KB\n' \
  @@ -120,7 +121,8 @@ jq -S '.' ${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_RS}/nextclade.auspice.json >ttt1 && mv ttt1 ${O
  # --output-json=${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_CPP}/nextclade.json \
  # --output-tree=${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_CPP}/nextclade.auspice.json \
  # --output-tsv=${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_CPP}/nextclade.tsv
  -#
  -#tr -d '"' <${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_CPP}/nextclade.errors.csv >ccc3 && mv ccc3 ${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_CPP}/nextclade.errors.csv
  -#tr -d '"' <${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_CPP}/nextclade.insertions.csv >ccc4 && mv ccc4 ${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_CPP}/nextclade.insertions.csv
  -#jq -S '.' ${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_CPP}/nextclade.auspice.json >ttt2 && mv ttt2 ${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_CPP}/nextclade.auspice.json
  +
  +tr -d '"' <${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_CPP}/nextclade.errors.csv >ccc3 && mv ccc3 ${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_CPP}/nextclade.errors.csv
  +tr -d '"' <${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_CPP}/nextclade.insertions.csv >ccc4 && mv ccc4 ${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_CPP}/nextclade.insertions.csv
  +jq -S '.' ${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_CPP}/nextclade.auspice.json >ttt2 && mv ttt2 ${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_CPP}/nextclade.auspice.json
  +jq -S '.' ${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_CPP}/nextclade.json >jjj2 && mv jjj2 ${OUTPUT_DIR_NEXTCLADE_CPP}/nextclade.json
  