message: chore: rename nextclade output base name
diff: DEV_CLI_OPTIONS="--sequences=data/sars-cov-2/sequences.fasta --reference=data/sars-cov-2/reference.fasta --genemap=data/sars-cov-2/genemap.gff --genes=E,M,N,ORF10,ORF14,ORF1a,ORF1b,ORF3a,ORF6,ORF7a,ORF7b,ORF8,ORF9b,S --output-dir=tmp/ --output-basename=nextalign --include-reference --verbose"
  -DEV_NEXTCLADE_CLI_OPTIONS="--verbose --in-order --input-fasta=data/sars-cov-2/sequences.fasta --input-root-seq=data/sars-cov-2/reference.fasta --genes=E,M,N,ORF10,ORF14,ORF1a,ORF1b,ORF3a,ORF6,ORF7a,ORF7b,ORF8,ORF9b,S --input-gene-map=data/sars-cov-2/genemap.gff --input-tree=data/sars-cov-2/tree.json --input-qc-config=data/sars-cov-2/qc.json --input-pcr-primers=data/sars-cov-2/primers.csv --output-json=tmp/nextclade.json --output-csv=tmp/nextclade.csv --output-dir=tmp/ --output-basename=nextalign --include-reference"
  +DEV_NEXTCLADE_CLI_OPTIONS="--verbose --in-order --input-fasta=data/sars-cov-2/sequences.fasta --input-root-seq=data/sars-cov-2/reference.fasta --genes=E,M,N,ORF10,ORF14,ORF1a,ORF1b,ORF3a,ORF6,ORF7a,ORF7b,ORF8,ORF9b,S --input-gene-map=data/sars-cov-2/genemap.gff --input-tree=data/sars-cov-2/tree.json --input-qc-config=data/sars-cov-2/qc.json --input-pcr-primers=data/sars-cov-2/primers.csv --output-json=tmp/nextclade.json --output-csv=tmp/nextclade.csv --output-dir=tmp/ --output-basename=nextclade --include-reference"
  