Fix ex1.fa.gz faidx indexing rules
On a bgzipped file, samtools faidx produces .fai and .gzi, not .csi.
@@ -23,7 +23,7 @@ all.stamp: ex1.pileup.gz \
empty.bam empty.bam.bai \
explicit_index.bam explicit_index.cram \
faidx_empty_seq.fq.gz \
- ex1.fa.gz ex1.fa.gz.csi \
+ ex1.fa.gz ex1.fa.gz.fai ex1.fa.gz.gzi \
ex1_csi.bam \
example_reverse_complement.bam \
example_dash_in_chr.bam
@@ -54,8 +54,11 @@ uncompressed.bam: ex2.sam
%.sam: %.sam.gz
gunzip < $< > $@
-ex1.fa.fai:ex1.fa
- samtools faidx ex1.fa
+%.fa.fai: %.fa
+ samtools faidx $<
+
+%.fa.gz.fai %.fa.gz.gzi: %.fa.gz
+ samtools faidx $<
ex1.bam:ex1.sam.gz ex1.fa.fai
samtools view $(NO_PG) -bo ex1.bam -t ex1.fa.fai ex1.sam.gz
@@ -108,6 +111,3 @@ clean:
%.fa.gz: %.fa
bgzip < $< > $@
-
-%.fa.gz.csi: %.fa.gz
- samtools faidx $<
