def METHOD_NAME(self):
    """Test on module that superimpose two protein structures."""
    pdb1 = "PDB/1A8O.pdb"
    p = PDBParser()
    s1 = p.get_structure("FIXED", pdb1)
    fixed = Selection.unfold_entities(s1, "A")
    s2 = p.get_structure("MOVING", pdb1)
    moving = Selection.unfold_entities(s2, "A")
    rot = numpy.identity(3).astype("f")
    tran = numpy.array((1.0, 2.0, 3.0), "f")
    for atom in moving:
        atom.transform(rot, tran)
    sup = Superimposer()
    sup.set_atoms(fixed, moving)
    self.assertTrue(numpy.allclose(sup.rotran[0], numpy.identity(3)))
    self.assertTrue(numpy.allclose(sup.rotran[1], numpy.array([-1.0, -2.0, -3.0])))
    self.assertAlmostEqual(sup.rms, 0.0, places=3)
    # Turn black code style off
    # fmt: off
    atom_list = ["N", "C", "C", "O", "C", "C", "SE", "C", "N", "C", "C",
                 "O", "C", "C", "O", "O", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
                 "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "N", "C",
                 "N", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O", "N",
                 "N", "C", "C", "O", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C",
                 "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "N", "N", "C",
                 "C", "O", "C", "C", "C", "O", "O", "N", "C", "C", "O",
                 "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C",
                 "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "N",
                 "C", "N", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "O", "O",
                 "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C",
                 "O", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "N", "C", "C",
                 "O", "C", "C", "O", "O", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
                 "C", "N", "C", "N", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
                 "C", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
                 "C", "C", "C", "C", "C", "O", "N", "C", "C", "O", "C",
                 "C", "C", "C", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "O", "C",
                 "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C",
                 "O", "C", "C", "C", "N", "C", "N", "N", "N", "C", "C",
                 "O", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O", "O",
                 "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O", "N", "N", "C",
                 "C", "O", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "O", "N", "C",
                 "C", "O", "C", "C", "C", "O", "N", "N", "C", "C", "O",
                 "C", "C", "C", "O", "O", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
                 "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "N", "N",
                 "C", "C", "O", "C", "C", "O", "N", "N", "C", "C", "O",
                 "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "C", "C", "C", "N",
                 "C", "C", "O", "C", "C", "SE", "C", "N", "C", "C", "O",
                 "C", "O", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O",
                 "O", "N", "C", "C", "O", "C", "O", "C", "N", "C", "C",
                 "O", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
                 "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "N", "C",
                 "C", "O", "C", "C", "C", "O", "N", "N", "C", "C", "O",
                 "C", "C", "O", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "N", "C",
                 "C", "O", "C", "C", "O", "N", "N", "C", "C", "O", "C",
                 "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "O", "O", "N",
                 "C", "C", "O", "C", "S", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
                 "C", "C", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "O", "C", "N",
                 "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O",
                 "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C",
                 "C", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "N", "C", "C", "O",
                 "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "N", "C", "C",
                 "O", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "N", "C", "C",
                 "O", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "O", "C", "N", "C",
                 "C", "O", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C",
                 "C", "C", "O", "O", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C",
                 "O", "O", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "SE", "C", "N",
                 "C", "C", "O", "C", "C", "SE", "C", "N", "C", "C", "O",
                 "C", "O", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "N", "C", "C",
                 "O", "C", "S", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O",
                 "N", "N", "C", "C", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
                 "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
                 "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
                 "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
                 "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
                 "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
                 "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
                 "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
                 "O", "O", "O", "O", "O", "O"]
    # Turn black code style on
    # fmt: on
    sup.apply(moving)
    atom_moved = []
    for aa in moving:
        atom_moved.append(aa.element)
    self.assertEqual(atom_moved, atom_list)