mat: retain type and dimension attributes in encodings
MODIFY
mat/io.go
mat/io.go
package mat
import (
+ "bytes"
"encoding/binary"
"errors"
+ "fmt"
"io"
"math"
)
-const (
+// version is the current on-disk codec version.
+const version uint32 = 0x1
+
// maxLen is the biggest slice/array len one can create on a 32/64b platform.
- maxLen = int64(int(^uint(0) >> 1))
-)
+const maxLen = int64(int(^uint(0) >> 1))
var (
+ headerSize = binary.Size(storage{})
sizeInt64 = binary.Size(int64(0))
sizeFloat64 = binary.Size(float64(0))
+ errWrongType = errors.New("mat: wrong data type")
+
errTooBig = errors.New("mat: resulting data slice too big")
errTooSmall = errors.New("mat: input slice too small")
errBadBuffer = errors.New("mat: data buffer size mismatch")
errBadSize = errors.New("mat: invalid dimension")
)
+// Type encoding scheme:
+//
+// Type Form Packing Uplo Unit Rows Columns kU kL
+// uint8 [GST] uint8 [BPF] uint8 [AUL] bool int64 int64 int64 int64
+// General 'G' 'F' 'A' false r c 0 0
+// Band 'G' 'B' 'A' false r c kU kL
+// Symmetric 'S' 'F' ul false n n 0 0
+// SymmetricBand 'S' 'B' ul false n n k k
+// SymmetricPacked 'S' 'P' ul false n n 0 0
+// Triangular 'T' 'F' ul Diag==Unit n n 0 0
+// TriangularBand 'T' 'B' ul Diag==Unit n n k k
+// TriangularPacked 'T' 'P' ul Diag==Unit n n 0 0
+//
+// G - general, S - symmetric, T - triangular
+// F - full, B - band, P - packed
+// A - all, U - upper, L - lower
+
// MarshalBinary encodes the receiver into a binary form and returns the result.
//
// Dense is little-endian encoded as follows:
-// 0 - 7 number of rows (int64)
-// 8 - 15 number of columns (int64)
-// 16 - .. matrix data elements (float64)
+// 0 - 3 Version = 1 (uint32)
+// 4 'G' (byte)
+// 5 'F' (byte)
+// 6 'A' (byte)
+// 7 0 (byte)
+// 8 - 15 number of rows (int64)
+// 16 - 23 number of columns (int64)
+// 24 - 31 0 (int64)
+// 32 - 39 0 (int64)
+// 40 - .. matrix data elements (float64)
// [0,0] [0,1] ... [0,ncols-1]
// [1,0] [1,1] ... [1,ncols-1]
// ...
// [nrows-1,0] ... [nrows-1,ncols-1]
func (m Dense) MarshalBinary() ([]byte, error) {
- bufLen := int64(m.mat.Rows)*int64(m.mat.Cols)*int64(sizeFloat64) + 2*int64(sizeInt64)
+ bufLen := int64(headerSize) + int64(m.mat.Rows)*int64(m.mat.Cols)*int64(sizeFloat64)
if bufLen <= 0 {
// bufLen is too big and has wrapped around.
return nil, errTooBig
}
- p := 0
+ header := storage{
+ Form: 'G', Packing: 'F', Uplo: 'A',
+ Rows: int64(m.mat.Rows), Cols: int64(m.mat.Cols),
+ Version: version,
+ }
buf := make([]byte, bufLen)
- binary.LittleEndian.PutUint64(buf[p:p+sizeInt64], uint64(m.mat.Rows))
- p += sizeInt64
- binary.LittleEndian.PutUint64(buf[p:p+sizeInt64], uint64(m.mat.Cols))
- p += sizeInt64
+ n, err := header.marshalBinaryTo(bytes.NewBuffer(buf[:0]))
+ if err != nil {
+ return buf[:n], err
+ }
+ p := headerSize
r, c := m.Dims()
for i := 0; i < r; i++ {
for j := 0; j < c; j++ {
@@ -66,26 +101,22 @@ func (m Dense) MarshalBinary() ([]byte, error) {
//
// See MarshalBinary for the on-disk layout.
func (m Dense) MarshalBinaryTo(w io.Writer) (int, error) {
- var n int
- var buf [8]byte
- binary.LittleEndian.PutUint64(buf[:], uint64(m.mat.Rows))
- nn, err := w.Write(buf[:])
- n += nn
- if err != nil {
- return n, err
+ header := storage{
+ Form: 'G', Packing: 'F', Uplo: 'A',
+ Rows: int64(m.mat.Rows), Cols: int64(m.mat.Cols),
+ Version: version,
}
- binary.LittleEndian.PutUint64(buf[:], uint64(m.mat.Cols))
- nn, err = w.Write(buf[:])
- n += nn
+ n, err := header.marshalBinaryTo(w)
if err != nil {
return n, err
}
r, c := m.Dims()
+ var b [8]byte
for i := 0; i < r; i++ {
for j := 0; j < c; j++ {
- binary.LittleEndian.PutUint64(buf[:], math.Float64bits(m.at(i, j)))
- nn, err = w.Write(buf[:])
+ binary.LittleEndian.PutUint64(b[:], math.Float64bits(m.at(i, j)))
+ nn, err := w.Write(b[:])
n += nn
if err != nil {
return n, err
@@ -113,19 +144,26 @@ func (m *Dense) UnmarshalBinary(data []byte) error {
panic("mat: unmarshal into non-zero matrix")
}
- if len(data) < 2*sizeInt64 {
+ if len(data) < headerSize {
return errTooSmall
}
- p := 0
- rows := int64(binary.LittleEndian.Uint64(data[p : p+sizeInt64]))
- p += sizeInt64
- cols := int64(binary.LittleEndian.Uint64(data[p : p+sizeInt64]))
- p += sizeInt64
+ var header storage
+ err := header.unmarshalBinary(data[:headerSize])
+ if err != nil {
+ return err
+ }
+ rows := header.Rows
+ cols := header.Cols
+ header.Version = 0
+ header.Rows = 0
+ header.Cols = 0
+ if (header != storage{Form: 'G', Packing: 'F', Uplo: 'A'}) {
+ return errWrongType
+ }
if rows < 0 || cols < 0 {
return errBadSize
}
-
size := rows * cols
if size == 0 {
return ErrZeroLength
@@ -133,11 +171,11 @@ func (m *Dense) UnmarshalBinary(data []byte) error {
if int(size) < 0 || size > maxLen {
return errTooBig
}
-
- if len(data) != int(size)*sizeFloat64+2*sizeInt64 {
+ if len(data) != headerSize+int(rows*cols)*sizeFloat64 {
return errBadBuffer
}
+ p := headerSize
m.reuseAs(int(rows), int(cols))
for i := range m.mat.Data {
m.mat.Data[i] = math.Float64frombits(binary.LittleEndian.Uint64(data[p : p+sizeFloat64]))
@@ -165,27 +203,22 @@ func (m *Dense) UnmarshalBinaryFrom(r io.Reader) (int, error) {
panic("mat: unmarshal into non-zero matrix")
}
- var (
- n int
- buf [8]byte
- )
- nn, err := readFull(r, buf[:])
- n += nn
+ var header storage
+ n, err := header.unmarshalBinaryFrom(r)
if err != nil {
return n, err
}
- rows := int64(binary.LittleEndian.Uint64(buf[:]))
-
- nn, err = readFull(r, buf[:])
- n += nn
- if err != nil {
- return n, err
+ rows := header.Rows
+ cols := header.Cols
+ header.Version = 0
+ header.Rows = 0
+ header.Cols = 0
+ if (header != storage{Form: 'G', Packing: 'F', Uplo: 'A'}) {
+ return n, errWrongType
}
- cols := int64(binary.LittleEndian.Uint64(buf[:]))
if rows < 0 || cols < 0 {
return n, errBadSize
}
-
size := rows * cols
if size == 0 {
return n, ErrZeroLength
@@ -195,13 +228,17 @@ func (m *Dense) UnmarshalBinaryFrom(r io.Reader) (int, error) {
}
m.reuseAs(int(rows), int(cols))
+ var b [8]byte
for i := range m.mat.Data {
- nn, err = readFull(r, buf[:])
+ nn, err := readFull(r, b[:])
n += nn
if err != nil {
+ if err == io.EOF {
+ return n, io.ErrUnexpectedEOF
+ }
return n, err
}
- m.mat.Data[i] = math.Float64frombits(binary.LittleEndian.Uint64(buf[:]))
+ m.mat.Data[i] = math.Float64frombits(binary.LittleEndian.Uint64(b[:]))
}
return n, nil
@@ -210,20 +247,36 @@ func (m *Dense) UnmarshalBinaryFrom(r io.Reader) (int, error) {
// MarshalBinary encodes the receiver into a binary form and returns the result.
//
// VecDense is little-endian encoded as follows:
-// 0 - 7 number of elements (int64)
-// 8 - .. vector's data elements (float64)
+//
+// 0 - 3 Version = 1 (uint32)
+// 4 'G' (byte)
+// 5 'F' (byte)
+// 6 'A' (byte)
+// 7 0 (byte)
+// 8 - 15 number of elements (int64)
+// 16 - 23 1 (int64)
+// 24 - 31 0 (int64)
+// 32 - 39 0 (int64)
+// 40 - .. vector's data elements (float64)
func (v VecDense) MarshalBinary() ([]byte, error) {
- bufLen := int64(sizeInt64) + int64(v.n)*int64(sizeFloat64)
+ bufLen := int64(headerSize) + int64(v.n)*int64(sizeFloat64)
if bufLen <= 0 {
// bufLen is too big and has wrapped around.
return nil, errTooBig
}
- p := 0
+ header := storage{
+ Form: 'G', Packing: 'F', Uplo: 'A',
+ Rows: int64(v.n), Cols: 1,
+ Version: version,
+ }
buf := make([]byte, bufLen)
- binary.LittleEndian.PutUint64(buf[p:p+sizeInt64], uint64(v.n))
- p += sizeInt64
+ n, err := header.marshalBinaryTo(bytes.NewBuffer(buf[:0]))
+ if err != nil {
+ return buf[:n], err
+ }
+ p := headerSize
for i := 0; i < v.n; i++ {
binary.LittleEndian.PutUint64(buf[p:p+sizeFloat64], math.Float64bits(v.at(i)))
p += sizeFloat64
@@ -237,21 +290,20 @@ func (v VecDense) MarshalBinary() ([]byte, error) {
//
// See MarshalBainry for the on-disk format.
func (v VecDense) MarshalBinaryTo(w io.Writer) (int, error) {
- var (
- n int
- buf [8]byte
- )
-
- binary.LittleEndian.PutUint64(buf[:], uint64(v.n))
- nn, err := w.Write(buf[:])
- n += nn
+ header := storage{
+ Form: 'G', Packing: 'F', Uplo: 'A',
+ Rows: int64(v.n), Cols: 1,
+ Version: version,
+ }
+ n, err := header.marshalBinaryTo(w)
if err != nil {
return n, err
}
+ var buf [8]byte
for i := 0; i < v.n; i++ {
binary.LittleEndian.PutUint64(buf[:], math.Float64bits(v.at(i)))
- nn, err = w.Write(buf[:])
+ nn, err := w.Write(buf[:])
n += nn
if err != nil {
return n, err
@@ -278,22 +330,39 @@ func (v *VecDense) UnmarshalBinary(data []byte) error {
panic("mat: unmarshal into non-zero vector")
}
- p := 0
- n := int64(binary.LittleEndian.Uint64(data[p : p+sizeInt64]))
+ if len(data) < headerSize {
+ return errTooSmall
+ }
+
+ var header storage
+ err := header.unmarshalBinary(data[:headerSize])
+ if err != nil {
+ return err
+ }
+ if header.Cols != 1 {
+ return ErrShape
+ }
+ n := header.Rows
+ header.Version = 0
+ header.Rows = 0
+ header.Cols = 0
+ if (header != storage{Form: 'G', Packing: 'F', Uplo: 'A'}) {
+ return errWrongType
+ }
if n == 0 {
return ErrZeroLength
}
- p += sizeInt64
if n < 0 {
return errBadSize
}
- if n > maxLen {
+ if int64(maxLen) < n {
return errTooBig
}
- if len(data) != int(n)*sizeFloat64+sizeInt64 {
+ if len(data) != headerSize+int(n)*sizeFloat64 {
return errBadBuffer
}
+ p := headerSize
v.reuseAs(int(n))
for i := range v.mat.Data {
v.mat.Data[i] = math.Float64frombits(binary.LittleEndian.Uint64(data[p : p+sizeFloat64]))
@@ -314,41 +383,92 @@ func (v *VecDense) UnmarshalBinaryFrom(r io.Reader) (int, error) {
panic("mat: unmarshal into non-zero vector")
}
- var (
- n int
- buf [8]byte
- )
- nn, err := readFull(r, buf[:])
- n += nn
+ var header storage
+ n, err := header.unmarshalBinaryFrom(r)
if err != nil {
return n, err
}
- sz := int64(binary.LittleEndian.Uint64(buf[:]))
- if sz == 0 {
+ if header.Cols != 1 {
+ return n, ErrShape
+ }
+ l := header.Rows
+ header.Version = 0
+ header.Rows = 0
+ header.Cols = 0
+ if (header != storage{Form: 'G', Packing: 'F', Uplo: 'A'}) {
+ return n, errWrongType
+ }
+ if l == 0 {
return n, ErrZeroLength
}
- if sz < 0 {
+ if l < 0 {
return n, errBadSize
}
- if sz > maxLen {
+ if int64(maxLen) < l {
return n, errTooBig
}
- v.reuseAs(int(sz))
+ v.reuseAs(int(l))
+ var b [8]byte
for i := range v.mat.Data {
- nn, err = readFull(r, buf[:])
+ nn, err := readFull(r, b[:])
n += nn
if err != nil {
+ if err == io.EOF {
+ return n, io.ErrUnexpectedEOF
+ }
return n, err
}
- v.mat.Data[i] = math.Float64frombits(binary.LittleEndian.Uint64(buf[:]))
+ v.mat.Data[i] = math.Float64frombits(binary.LittleEndian.Uint64(b[:]))
}
- if n != sizeInt64+int(sz)*sizeFloat64 {
- return n, io.ErrUnexpectedEOF
+ return n, nil
}
- return n, nil
+// storage is the internal representation of the storage format of a
+// serialised matrix.
+type storage struct {
+ Version uint32 // Keep this first.
+ Form byte // [GST]
+ Packing byte // [BPF]
+ Uplo byte // [AUL]
+ Unit bool
+ Rows int64
+ Cols int64
+ KU int64
+ KL int64
+}
+
+// TODO(kortschak): Consider replacing these with calls to direct
+// encoding/decoding of fields rather than to binary.Write/binary.Read.
+
+func (s storage) marshalBinaryTo(w io.Writer) (int, error) {
+ buf := bytes.NewBuffer(make([]byte, 0, headerSize))
+ err := binary.Write(buf, binary.LittleEndian, s)
+ if err != nil {
+ return 0, err
+ }
+ return w.Write(buf.Bytes())
+}
+
+func (s *storage) unmarshalBinary(buf []byte) error {
+ err := binary.Read(bytes.NewReader(buf), binary.LittleEndian, s)
+ if err != nil {
+ return err
+ }
+ if s.Version != version {
+ return fmt.Errorf("mat: incorrect version: %d", s.Version)
+ }
+ return nil
+}
+
+func (s *storage) unmarshalBinaryFrom(r io.Reader) (int, error) {
+ buf := make([]byte, headerSize)
+ n, err := readFull(r, buf)
+ if err != nil {
+ return n, err
+ }
+ return n, s.unmarshalBinary(buf[:n])
}
// readFull reads from r into buf until it has read len(buf).

MODIFY
mat/io_test.go
mat/io_test.go
@@ -29,48 +29,48 @@ var denseData = []struct {
eq func(got, want Matrix) bool
}{
{
- raw: []byte("\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00"),
+ raw: []byte("\x01\x00\x00\x00GFA\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00"),
want: NewDense(0, 0, []float64{}),
err: ErrZeroLength,
eq: Equal,
},
{
- raw: []byte("\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@"),
+ raw: []byte("\x01\x00\x00\x00GFA\x00\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@"),
want: NewDense(2, 2, []float64{1, 2, 3, 4}),
eq: Equal,
},
{
- raw: []byte("\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x14@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x18@"),
+ raw: []byte("\x01\x00\x00\x00GFA\x00\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x14@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x18@"),
want: NewDense(2, 3, []float64{1, 2, 3, 4, 5, 6}),
eq: Equal,
},
{
- raw: []byte("\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x14@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x18@"),
+ raw: []byte("\x01\x00\x00\x00GFA\x00\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x14@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x18@"),
want: NewDense(3, 2, []float64{1, 2, 3, 4, 5, 6}),
eq: Equal,
},
{
- raw: []byte("\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x14@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x18@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x1c@\x00\x00\x00\x00\x00\x00 @\x00\x00\x00\x00\x00\x00\"@"),
+ raw: []byte("\x01\x00\x00\x00GFA\x00\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x14@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x18@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x1c@\x00\x00\x00\x00\x00\x00 @\x00\x00\x00\x00\x00\x00\"@"),
want: NewDense(3, 3, []float64{1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9}),
eq: Equal,
},
{
- raw: []byte("\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x14@"),
+ raw: []byte("\x01\x00\x00\x00GFA\x00\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x14@"),
want: NewDense(3, 3, []float64{1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9}).Slice(0, 2, 0, 2).(*Dense),
eq: Equal,
},
{
- raw: []byte("\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x14@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x18@\x00\x00\x00\x00\x00\x00 @\x00\x00\x00\x00\x00\x00\"@"),
+ raw: []byte("\x01\x00\x00\x00GFA\x00\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x14@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x18@\x00\x00\x00\x00\x00\x00 @\x00\x00\x00\x00\x00\x00\"@"),
want: NewDense(3, 3, []float64{1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9}).Slice(1, 3, 1, 3).(*Dense),
eq: Equal,
},
{
- raw: []byte("\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x14@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x18@\x00\x00\x00\x00\x00\x00 @\x00\x00\x00\x00\x00\x00\"@"),
+ raw: []byte("\x01\x00\x00\x00GFA\x00\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x14@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x18@\x00\x00\x00\x00\x00\x00 @\x00\x00\x00\x00\x00\x00\"@"),
want: NewDense(3, 3, []float64{1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9}).Slice(0, 3, 1, 3).(*Dense),
eq: Equal,
},
{
- raw: []byte("\x01\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x04\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0\xff\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0\u007f\x01\x00\x00\x00\x00\x00\xf8\u007f"),
+ raw: []byte("\x01\x00\x00\x00GFA\x00\x01\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x04\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0\xff\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0\u007f\x01\x00\x00\x00\x00\x00\xf8\u007f"),
want: NewDense(1, 4, []float64{0, math.Inf(-1), math.Inf(+1), math.NaN()}),
eq: func(got, want Matrix) bool {
for _, v := range []bool{
@@ -97,7 +97,7 @@ func TestDenseMarshal(t *testing.T) {
}
nrows, ncols := test.want.Dims()
- sz := nrows*ncols*sizeFloat64 + 2*sizeInt64
+ sz := headerSize + nrows*ncols*sizeFloat64
if len(buf) != sz {
t.Errorf("encoded size test-%d: want=%d got=%d\n", i, sz, len(buf))
}
@@ -123,7 +123,7 @@ func TestDenseMarshalTo(t *testing.T) {
}
nrows, ncols := test.want.Dims()
- sz := nrows*ncols*sizeFloat64 + 2*sizeInt64
+ sz := headerSize + nrows*ncols*sizeFloat64
if n != sz {
t.Errorf("encoded size test-%d: want=%d got=%d\n", i, sz, n)
}
@@ -304,43 +304,43 @@ var vectorData = []struct {
eq func(got, want Matrix) bool
}{
{
- raw: []byte("\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00"),
+ raw: []byte("\x01\x00\x00\x00GFA\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x01\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00"),
want: NewVecDense(0, []float64{}),
err: ErrZeroLength,
eq: Equal,
},
{
- raw: []byte("\x04\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@"),
+ raw: []byte("\x01\x00\x00\x00GFA\x00\x04\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x01\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@"),
want: NewVecDense(4, []float64{1, 2, 3, 4}),
eq: Equal,
},
{
- raw: []byte("\x06\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x14@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x18@"),
+ raw: []byte("\x01\x00\x00\x00GFA\x00\x06\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x01\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x14@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x18@"),
want: NewVecDense(6, []float64{1, 2, 3, 4, 5, 6}),
eq: Equal,
},
{
- raw: []byte("\t\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x14@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x18@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x1c@\x00\x00\x00\x00\x00\x00 @\x00\x00\x00\x00\x00\x00\"@"),
+ raw: []byte("\x01\x00\x00\x00GFA\x00\t\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x01\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x14@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x18@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x1c@\x00\x00\x00\x00\x00\x00 @\x00\x00\x00\x00\x00\x00\"@"),
want: NewVecDense(9, []float64{1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9}),
eq: Equal,
},
{
- raw: []byte("\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@"),
+ raw: []byte("\x01\x00\x00\x00GFA\x00\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x01\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@"),
want: NewVecDense(9, []float64{1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9}).SliceVec(0, 3).(*VecDense),
eq: Equal,
},
{
- raw: []byte("\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@"),
+ raw: []byte("\x01\x00\x00\x00GFA\x00\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x01\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@"),
want: NewVecDense(9, []float64{1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9}).SliceVec(1, 4).(*VecDense),
eq: Equal,
},
{
- raw: []byte("\b\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x14@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x18@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x1c@\x00\x00\x00\x00\x00\x00 @"),
+ raw: []byte("\x01\x00\x00\x00GFA\x00\b\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x01\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0?\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x10@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x14@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x18@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x1c@\x00\x00\x00\x00\x00\x00 @"),
want: NewVecDense(9, []float64{1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9}).SliceVec(0, 8).(*VecDense),
eq: Equal,
},
{
- raw: []byte("\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x18@"),
+ raw: []byte("\x01\x00\x00\x00GFA\x00\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x01\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\b@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x18@"),
want: &VecDense{
mat: blas64.Vector{
Data: []float64{0, 1, 2, 3, 4, 5, 6},
@@ -351,7 +351,7 @@ var vectorData = []struct {
eq: Equal,
},
{
- raw: []byte("\x04\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0\xff\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0\u007f\x01\x00\x00\x00\x00\x00\xf8\u007f"),
+ raw: []byte("\x01\x00\x00\x00GFA\x00\x04\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x01\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0\xff\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xf0\u007f\x01\x00\x00\x00\x00\x00\xf8\u007f"),
want: NewVecDense(4, []float64{0, math.Inf(-1), math.Inf(+1), math.NaN()}),
eq: func(got, want Matrix) bool {
for _, v := range []bool{
@@ -378,7 +378,7 @@ func TestVecDenseMarshal(t *testing.T) {
}
nrows, ncols := test.want.Dims()
- sz := nrows*ncols*sizeFloat64 + sizeInt64
+ sz := headerSize + nrows*ncols*sizeFloat64
if len(buf) != sz {
t.Errorf("encoded size test-%d: want=%d got=%d\n", i, sz, len(buf))
}
@@ -404,7 +404,7 @@ func TestVecDenseMarshalTo(t *testing.T) {
}
nrows, ncols := test.want.Dims()
- sz := nrows*ncols*sizeFloat64 + sizeInt64
+ sz := headerSize + nrows*ncols*sizeFloat64
if n != sz {
t.Errorf("encoded size test-%d: want=%d got=%d\n", i, sz, n)
}

mat: retain type and dimension attributes in encodings