De begraafplaats Zeeburg werd in 1714 in gebruik genomen door de Hoogduitse (Asjkenazische) gemeente en is een van de grootste Joodse begraafplaatsen in Europa.
De Hoogduitse gemeente was in de 17e eeuw flink gegroeid en de begraafplaats op Muiderberg, die sinds 1642 werd gebruikt, lag ver van de stad. De begraafplaats op Zeeburg was vooral bedoeld voor de steeds groter wordende Hoogduitse gemeenschap van Amsterdam. Op 12 oktober 1714 was de eerste begrafenis, te weten een jongetje, Israël ben Joseph Lisser.
Er werden verschillende keren extra stukken land aangekocht waardoor de totale grootte van de begraafplaats 14 morgen en 327 roeden, oftewel bijna 14 ha., werd.
In 1758 werd een Metaheirhuisje aan de dijk gebouwd, een huisje waar onder andere de rituele reiniging van de overledene kon plaatsvinden.
Jarenlang heeft deze begraafplaats de naam gehad van de begraafplaats van het Amsterdamse Joodse proletariaat. Recent onderzoek wijst uit dat deze aanname niet klopt en de sociaaleconomische achtergrond van de overledenen sterk overeenkomt met die van de overledenen die op Muiderberg begraven werden. Wel was de overgrote meerderheid van de personen die hier begraven werden jonger dan 12 jaar.
In 1956 moest de Flevoweg en Zuiderzeeweg door een deel van de begraafplaats worden aangelegd en het kerkbestuur verkocht dat deel aan de gemeente. Gedurende een aantal jaren werden daar de stoffelijke resten opgegraven. Dit gebeurde onder rabbinaal toezicht en de stoffelijke overschotten van deze mensen zijn herbegraven op de begraafplaats van Muiderberg.
Mozes E. Verduin (Diemen, 7 augustus 1859 – Sobibor, 9 juli 1943, zie Zeeburgerdijk 184) adverteerde in 1871 in het NIW dat hij, tegen een billijke prijs, nieuwe houten zarken (matseiwoth) kon leveren en de bestaande kon onderhouden. Over deze begraafplaats wordt overigens vaak verteld dat een groot deel van de graven houten zerken heeft gehad – die of weggerot zijn, of opgestookt in de hongerwinter.
Er zijn houten zerken geweest, maar het grootste deel van de graven zonder zerk heeft nooit een zerk gehad. Wel is een van deze houten zerken te zien in het Joods Historisch Museum in Amsterdam.
Dat de armoede groot was in Joods Amsterdam bewijst wel een artikel in het NIW van 30 juni 1876. Een dag eerder werd voor de poort een kistje gevonden waarin het lijk van een pasgeboren kind. Het bestuur van de begraafplaats stelde de justitie in kennis en er werd onderzoek naar gedaan.