Gert Oost groeide op als domineeszoon in Minnertsga, waar hij al gauw achter het orgel terecht kwam. Als tiener was hij vaste organist in de kerken van st. Annaparochie, st. Jacobiparochie en Minnertsga.
Hij kreeg les van Piet Post in Leeuwarden en vervolgens van Anton van der Horst en Albert de Klerk aan het conservatorium te Amsterdam. Gert slaagde cum laude en behaalde de Prix d’Excellence. Gelijktijdig studeerde hij muziekwetenschap aan de universiteit van Utrecht, waarvoor hij eveneens cum laude slaagde. Hij promoveerde met een proefschrift over de orgelmakers Bätz.
Er volgde een veelzijdige carrière. Gert was organist van verschillende kerken in Utrecht en omgeving. Ook was hij de vaste bespeler van het Hinsz-orgel in de aula van het academiegebouw in Utrecht en speelde hij veertig jaar lang Bachcantates in de Utrechtse Geertekerk. Van 1990 tot 2007 was Gert organist van de Raad van State in Den Haag.
Daarnaast speelde hij concerten in binnen- en buitenland en maakte hij verschillende plaat- en CD-opnames.
Als musicoloog was Gert Oost verbonden aan de Universiteit van Utrecht. Hij gaf ruim dertig jaar les op de faculteit muziekwetenschap, deed wetenschappelijk onderzoek en schreef verschillende boeken. Gert had een grote interesse voor Nederlandse componisten, met name uit de 18e en 19e eeuw. Hij stelde een aantal muziekuitgaves samen, zodat hun composities breder bekend werden. Ook in Gert’s eigen concertprogramma’s ontbrak zelden een stukje Nederlandse muziek.
Samen met Piet Oussoren ontwikkelde Gert Oost het Utrechts Psalter. Bewerkingen van alle psalmen, in een onberijmde vertaling, op basis van Geneefs melodieën. Gert voorzag ze van Chants, waarop gereciteerd kon worden naar Engels voorbeeld. In 1983 richtte hij de Schola Davidica op, waarmee hij deze psalmbewerkingen, in Evensongs in de Utrechtse Janskerk, tot klinken bracht. Daarnaast componeerde Gert verscheidene grote koorwerken voor de Schola Davidica, waaronder de kerkopera ‘Visions of Heaven’.
Ook schreef hij composities voor zangers en instrumentalisten, die veelal in concertreeksen in de Gothische Zaal (Raad van State, Den Haag) ten gehore werden gebracht. De Caprice voor cello en orgel werd daar, bij het Bätz-orgel, uitgevoerd, door Gert Oost en cellist Herre Jan Stegenga. In 1998 werd de compositie vastgelegd op de CD ‘Parlamente’.
Gert was grensoverschrijdend in zijn werk en volgde altijd zijn eigen koers. Hij was de grondlegger van een groot aantal muzikale initiatieven en samenwerkingsverbanden, zowel in de omgeving Utrecht als in Den Haag.