Het Sint Ceciliaklooster werd voor ‘t eerst vermeld in 1411 en was van de reguliere kanunnikessen die naar de regel van Augustinus leefden. De stichting zal waarschijnlijk al tussen 1342 en 1352 plaatsgevonden hebben. De orde werd in 1585 opgeheven en het noordelijke deel, de gebouwen rond het kloosterhof, omgevormd tot Prinsenhof. De kapel bleef staan, werd aanvankelijk schermschool maar na 1590 kantoor van de Admiraliteit voor de inning van konvooigelden. In 1758 werd de kapel afgebroken, waarbij de dakruiter gespaard bleef en hergebruikt is. Na 1656 werd het hele kloostercomplex, inclusief dat van het Catarijnenklooster, eigendom van de Admiraliteit, die in 1661 het hoofdgebouw verving door nieuwbouw met een gevelontwerp van Daniël Stalpert. Na de brand in het oude stadhuis in 1652 bood het complex, tot de oplevering van de eerste delen het nieuwe stadhuis in 1655, tijdelijk onderdak aan de stadsambtenaren.
De omwentelingen van 1795, het ontstaan van de Bataafse Republiek en aansluitend de Napoleontische overheersing, maakte een einde aan alle Admiraliteiten, zo ook de Amsterdamse. Beide kloostercomplexen werden in 1808 stadhuis, omdat dat op de Dam paleis voor koning Lodewijk Napoleon werd. Na de oplevering van de Stopera werd het stadhuis omgebouwd tot hotel The Grand.