Intelligent Systems is een interne afdeling van Nintendo die zich bezighoudt met het ontwikkelen van computerspellen.

Het begon allemaal toen leden van de R&D 1 afdeling van Nintendo zich afsplitste onder leiding van Gunpei Yokoi om een nieuwe afdeling te vormen. Yokoi werkte samen met Intelligent Systems op meerdere titels totdat Yokoi Nintendo verliet na de mislukking van de Virtual Boy. Intelligent Systems is bekend van het maken en uitbreiden van succesvolle Nintendo-reeksen zoals de Metroid-serie, Kid Icarus, Nintendo Wars, Paper Mario en Fire Emblem. In het verleden hebben ze ook hulpmiddelen ontwikkeld voor het maken van computerspellen voor Nintendo, zoals Super Nintendo Emulator SE.

Games ontwikkeld door Intelligent Systems

NES 

 Soccer
 Golf
 Tennis
 Metroid
 Kid Icarus
 Duck Hunt
 Hogan's Alley
 Donkey Kong
 Nintendo Wars
 Fire Emblem: Ankoku Ryū to Hikari no Tsurugi
 Fire Emblem Gaiden
 Devil World
 Wild Gunman
 Mario Bros.

SNES 

 Super Famicom Wars
 Super Metroid
 Panel de Pon
 Tetris Attack
 Battle Clash
 Fire Emblem: Monshou no Nazo
 Fire Emblem: Seisen no Keifu
 Fire Emblem: Thracia 776
 Metal Combat: Falcon's Revenge

Nintendo 64 

 Paper Mario
 Pokémon Puzzle League
 64 Wars (geannuleerd)
 Fire Emblem 64 (geannuleerd)
 Metroid 64 (geannuleerd)

GameCube 

 Paper Mario: The Thousand-Year Door
 Fire Emblem: Path of Radiance
 WarioWare, Inc.: Mega Party Game$
 Nintendo Puzzle Collection

Wii 
 Fire Emblem: Radiant Dawn
 WarioWare: Smooth Moves
 Super Paper Mario

Wii U 

 Game & Wario
 Paper Mario: Color Splash

Nintendo Switch 
 Fire Emblem: Three Houses
 Paper Mario: The Origami King

Game Boy 

 Game Boy Wars
 Metroid II: Return of Samus
 Alleyway
 Golf

Virtual Boy 

 Galactic Pinball

Game Boy Color 

 Pokémon Puzzle Challenge

Game Boy Advance 

 Advance Wars
 Advance Wars 2: Black Hole Rising
 WarioWare, Inc.: Mega Microgame$
 WarioWare: Twisted!
 Metroid Fusion
 Fire Emblem: Fuuin no Tsurugi
 Fire Emblem
 Fire Emblem: The Sacred Stones
 Mario Kart Super Circuit
 Dr. Mario & Puzzle League

Nintendo DS 

 Advance Wars: Dual Strike
 Advance Wars: Dark Conflict
 WarioWare: Touched!

Nintendo 3DS 

 Pullblox
 Fallblox
 Paper Mario: Sticker Star
 Code Name: S.T.E.A.M
 Fire Emblem Awakening
 Fire Emblem Fates
 Fire emblem Echoes: Shadows Of Valentia

Hardware ontwikkeld door Intelligent Systems 
 Super Game Boy
 Super Game Boy 2
 Wide-Boy64
 Game Boy Player

Afdelingen en dochterondernemingen van Nintendo