Synaptogenese is het ontstaan of de aanleg van synapsen – de contactplaatsen tussen zenuwcellen, spiervezels en kliercellen – in het hersen- en zenuwstelsel. Synaptogenese is een spontaan proces dat al zeer vroeg optreedt en er, samen met pruning, voor zorgt dat specifieke netwerken worden aangelegd. Deze overdaad aan 'infrastructuur' van netwerken maakt het leren mogelijk, van zowel kennis als zodanig als vaardigheden.
Onderzoekers gaan ervan uit dat de aangelegde netwerken ook door omgevingsstimuli moeten geactiveerd worden om te blijven voortbestaan en zich verder te ontwikkelen. Dit laatste kan op alle leeftijden nog, maar er zijn gevoelige perioden voor gemakkelijke aanleg van specifieke netwerken.
In de eerste twee levensjaren van de mens worden de bestaande hersencellen volwassen, worden de axonen gemyeliniseerd, en gaan zij steeds meer verbindingen met andere hersencellen maken door toenemende synapsvorming. Dit proces heet synaptogenese.