De Vlaamse overheid is verantwoordelijk voor de uitvoering van dat beleid. Zij zet de concrete maatregelen, waarover de regering en het parlement beslist hebben, om in de praktijk. Tegelijk helpt de overheidsadministratie de minister ook via beleidsondersteuning en beleidsvoorbereiding. Zij geeft signalen aan de minister en levert belangrijke input die de minister kan gebruiken bij het uittekenen van zijn beleid.
Elke minister wordt bij het bepalen van zijn beleid ook geholpen door zijn kabinet. Een kabinet maakt officieel geen deel uit van de overheidsadministratie. Een kabinet bestaat uit persoonlijke medewerkers van de minister, die zich specialiseren in bepaalde onderwerpen of beleidsvelden.
De regering, het parlement en de overheid hebben alle drie een belangrijke rol bij het maken van beleid. Een aantal processen volgen elkaar op en vormen zo een cyclus. Die ‘beleids- en beheerscyclus’ bestaat uit volgende stappen:
Om heel dit proces in goede banen te leiden, beschikt de minister over een aantal instrumenten zoals beleidsnota's, beleidsbrieven, beheersovereenkomsten en een beleidsraad.
Om de politieke doelstellingen goed te kunnen omzetten in effectief beleid, is er een goede samenwerking tussen politiek en overheidsadministratie nodig.
De ministers maken met de departementen en agentschappen daarom concrete afspraken voor een bepaalde beleidsperiode via ondernemingsplannen. Dat zijn overeenkomsten van bepaalde duur die de wederzijdse verplichtingen regelen tussen de politieke overheid (de functioneel bevoegde minister) en de top van de administratieve overheid (een secretaris-generaal van een departement, een administrateur-generaal van een agentschap of de raad van bestuur van een agentschap). De ondernemingsplannen bevatten de krachtlijnen van het beleid dat de komende periode moet worden uitgevoerd.
In 2009 stelden de toenmalige Vlaamse Regering en de overheidsadministratie een Charter politiek-ambtelijke samenwerking op. Daarin werden afspraken gemaakt tussen de politiek (de ministers en hun kabinetten) en de overheidsadministratie over bevoegdheden en verantwoordelijkheden, de manier van samenwerken en wederzijdse afstemming. Het Charter kent aan de administratie een aantal taken toe die in het verleden door de kabinetten werden uitgevoerd. Deze afspraken zijn nodig voor een goed functionerende overheid die slagkrachtig, zuinig, integer en duurzaam werkt ten dienste van burgers en ondernemingen.