Deze laatgotische kerk is rond 1307 gebouwd en heeft een pseudo-basilikaal schip met een kooromgang. Begin 14e eeuw kreeg Gijsbrecht van Amstel, de eerste Heer van IJsselstein, van de bisschop toestemming, dichtbij zijn kasteel een kerk te bouwen. Deze kerk werd in 1310 gewijd aan Sint Nicolaas. De Sint Nicolaaskerk was naast het kasteel het belangrijkste gebouw van de stad.
In ieder architectuurboek komt de kerktoren voor. De Italiaanse architect Alessandro Pasqualini bouwde deze in 1532 in opdracht van de baron van IJsselstein, Floris van Egmond. Deze was in Italië ondersteboven geraakt van al het moois wat hij daar zag. Dit is het oudste en eerste renaissance bouwwerk van boven de Alpen. De baron maakt gelijk van de nood een deugd door aan de zijkant een kleine extra toren te laten bouwen met eigen opgang. Hier kon men in 5 ‘kerkers’ op water en brood worden gezet. En om dit kracht bij te zetten werd op de hoek van de kerk een stenen schandpaal gemetseld. Heel bijzonder is de spits die in 1924 is geplaatst naar ontwerp van de Amsterdamse School bouwmeester Michel de Klerk.