Pathologische fosfenen is de verzamelnaam voor alle fosfenen die ontstaan op een "ongezonde" manier.

De meest voorkomende pathologische fosfenen ontstaan door:
 intoxicatie (door giften of medicatie)
 traumatische oorzaken (bijvoorbeeld een klap op het hoofd)
 toevallige bloeddrukveranderingen in de haarvaten van de ogen (bijvoorbeeld bij het niezen)

 fysiologie