De marathon van Berlijn 1999 werd gelopen op zondag 26 september 1999. Het was de 26e editie van deze marathon.

Bij de mannen kwam de Keniaan Josephat Kiprono als eerste over de streep in 2:06.44, de op een na snelste tijd ooit gelopen in Berlijn. Zijn landgenote Tegla Loroupe won bij de vrouwen. Met haar 2:20.43 verbeterde ze niet alleen het parcoursrecord, maar ook het wereldrecord voor vrouwen op de marathon.

Uitslagen

Mannen

Vrouwen 

Marathon van Berlijn
Berlijn