De film gaat over een nieuwe duistere kracht die Ponyville bedreigt. De Mane 6 - Twilight, Sparkle, Applejack, Rainbow Dash, Pinkie Pie, Fluttershy en Rarity - moet dan ook op een onvergetelijke reis die hen voorbij Equestria neemt. Onderweg ontmoeten ze nieuwe vrienden en ondernemen ze spannende uitdagingen op een queeste om de magie van vriendschap te gebruiken en hun thuis te redden.
Het verhaal gaat over een jong vampiermeisje, dat het nieuwe kind in de stad wordt als haar familie van Transsylvanië, Roemenië naar Pennsylvania verhuist om een lokaal bed and breakfast te openen genaamd de Scare B & B voor het bezoeken van grafschenders en aardmannetjes.