Zr. Emmanuël wordt in 1862 belast met de waarneming van de hoogste post in de congregatie, om uiteindelijk bij het kapittel van 1864 definitief gekozen te worden tot 3e algemene overste en dus tevens huisoverste van het moederhuis. Over haar inspiratiebron en levensvisie lezen we eigenlijk bitter weinig in de archieven. We kunnen beter afgaan op wat ze tot stand heeft gebracht. Als je dat allemaal overziet, kun je tot geen andere conclusie komen nl. deze…..spreek altijd met een diep respect de naam zuster Emmanuël de Gier uit. Tussen 1864 en 1894, haar 30-jarige bestuursperiode, weet ze grootscheepse verbouwingen te realiseren in en rond het moederhuis met de vergroting van de kapel, een nieuwe binnenschool, de nieuwe boerderij, bakkerij en andere bijgebouwen, de aanleg van het kloosterkerkhof, een nieuwbouw van het gasthuis en de kweekschool, aankoop van diverse woningen in en rond het kloostercomplex, de stichting van het rectoraat en de ontkoppeling van het pastoraat van de Servatiusparochie en het rectoraat van de congregatie. In 1890 viert ze haar gouden kloosterfeest en heeft een jaar daarvoor haar zilveren jubileum als algemene overste gevierd.
Een veelzeggende anekdote uit de kronieken is de volgende: op een dag komt de zuster econoom bij haar langs met de mededeling dat de geldmiddelen absoluut ontoereikend zijn, zodat men rekening moet houden met onvermijdelijke teleurstellingen. Zr. Emmanuël antwoordt: “Houd moed zuster, O.L.Heer is rijk genoeg en ’t is toch tot zijn eer dat we ’t bouwwerk ondernemen. Ik ga er onze grote patroon den H.Joseph eens voorspannen. Ze begeeft zich naar de kapel en bid er dringend en vurig. Kort daarop wordt er gebeld en een deftig uitziende heer overhandigt de portierster een gesloten enveloppe met de woorden….asjeblieft zuster, een boodschap van iemand die onbekend wenst te blijven! Het bleek om een bedrag van f 500 te gaan.