De burgeroorlog brak nu in alle hevigheid uit. De nationalisten kregen al snel de overhand, en vaagden de communisten in Zuid- en Midden-China weg. Ook in Mantsjoerije verloren de communisten aanvankelijk terrein, maar wisten in de winter van 1945-46 het tij te keren. De troepen daar waren bovendien van een ander kaliber dan de zuidelijke communisten, aangezien zij getraind waren door Russische officieren, en bewapend waren met Duitse en Japanse wapens.
Veel Chinezen waren van de KMT vervreemd tijdens de oorlog ten gevolge van de Witte Terreur (ook de KMT nam ten slotte zijn toevlucht hiertoe). Chiang kreeg bovendien de schuld van de welig tierende corruptie. Zijn offensief liep ten slotte vast terwijl zijn soldaten met duizenden deserteerden richting Mao Zedong. In 1947 begon hij op militaire successen te jagen, en bezette ten slotte Yan'an. De verovering van deze basis werd als een overwinning bejubeld, maar de communisten onder leiding van Mao Zedong trokken zich simpelweg terug met medeneming van alles van waarde. In 1948 verloren de nationalisten meer en meer terrein: eerst in het noorden, maar later ook in het zuiden. In 1949 vielen alle grote steden in handen van de communisten. Chiang was al afgetreden en ten slotte evacueerde de Kwomintang Nanking voor Kanton. Ook het zuiden bleek onhoudbaar, en in 1949 weken de nationalisten uit naar Taiwan. Op 1 oktober 1949 riep Mao Zedong de Volksrepubliek China uit. Deze dag is nog altijd China's nationale feestdag.
Het zuidelijke eiland Hainan werd ten slotte in 1950 ingenomen. Hiermee was de Chinese Burgeroorlog geëindigd, hoewel de communistische Volksrepubliek China nog steeds beweert dat Taiwan een afvallige provincie is die moet terugkeren onder Chinese jurisdictie. Hereniging is in iets mindere mate gewenst van Taiwanese kant, dat zich formeel 'Republiek China' noemt. Er bestaat een beweging van autochtone Taiwanezen die zich compleet wil losmaken van China. Officieel is de hoofdstad van Taiwan nog steeds Nanking (op het Chinese vasteland), dat nu "tijdelijk is bezet door de communisten".