Het streven naar eenheid tussen de verschillende christelijke kerken krijgt in het decanaat Kortrijk handen en voeten in de werkgroep oecumene. Vertegenwoordigd zijn de protestantse (VPKB), orthodoxe en katholieke kerk met gemeenschappen in Kortrijk. Er zijn contacten met anglicanen.
In het verleden werd vruchtbaar samengewerkt voor (advents)zangavonden, vredeswakes en de jaarlijkse Goede Vrijdagtocht. In januari vindt in de St.-Michielskerk telkens een vigilie plaats n.a.v. het Doopsel van de Heer. Begin 2007 ging exarch Joris Fenaux voor tijdens een eucharistieviering volgens de Byzantijnse ritus.