Een maagbiopsie wordt uitgevoerd tijdens een fibrogastroscopische procedure. De patiënt merkt zelfs geen verschil met conventionele FGDS, misschien duurt alleen de procedure 5-10 minuten langer.
Speciale voorbereiding voor geplande endoscopie is meestal niet nodig. Patiënten met een bijzonder labiele psyche krijgen premedicatie toegewezen (tranquillizer + antispasmodic + atropine).