Spaces:
Running
Running
Enzo Reis de Oliveira
commited on
Commit
·
fe92162
1
Parent(s):
e1406e0
Adding CSV option download
Browse files
app.py
CHANGED
@@ -1,54 +1,75 @@
|
|
1 |
-
import os
|
2 |
-
|
3 |
-
|
4 |
-
INFERENCE_DIR = os.path.join(BASE_DIR, "smi-ted", "inference")
|
5 |
-
sys.path.append(INFERENCE_DIR)
|
6 |
|
|
|
7 |
import gradio as gr
|
8 |
-
from smi_ted_light.load import load_smi_ted
|
9 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
10 |
|
11 |
# 2) Caminho onde estão pesos e vocabulário
|
12 |
MODEL_DIR = os.path.join("smi-ted", "inference", "smi_ted_light")
|
13 |
|
14 |
-
# 3) Carrega o modelo SMI
|
15 |
-
# Se você renomeou o .pt ou o vocab, ajuste aqui.
|
16 |
model = load_smi_ted(
|
17 |
folder=MODEL_DIR,
|
18 |
ckpt_filename="smi-ted-Light_40.pt",
|
19 |
vocab_filename="bert_vocab_curated.txt",
|
20 |
)
|
21 |
|
22 |
-
# 4) Função utilizada pela interface
|
23 |
def gerar_embedding(smiles: str):
|
24 |
"""
|
25 |
-
Recebe uma string SMILES e devolve
|
26 |
-
|
|
|
|
|
27 |
"""
|
28 |
smiles = smiles.strip()
|
29 |
if not smiles:
|
30 |
-
return {"erro": "digite uma sequência SMILES primeiro"}
|
31 |
|
32 |
try:
|
33 |
-
# model.encode devolve tensor shape (1, 768)
|
34 |
vetor_torch = model.encode(smiles, return_torch=True)[0]
|
35 |
-
|
36 |
-
|
37 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
38 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
39 |
|
40 |
-
# 5) Define a interface Gradio
|
41 |
demo = gr.Interface(
|
42 |
fn=gerar_embedding,
|
43 |
inputs=gr.Textbox(label="SMILES", placeholder="Ex.: CCO"),
|
44 |
-
outputs=
|
45 |
-
|
|
|
|
|
|
|
46 |
description=(
|
47 |
"Cole uma sequência SMILES e receba o embedding gerado pelo modelo "
|
48 |
-
"SMI
|
|
|
49 |
),
|
50 |
)
|
51 |
|
52 |
-
# 6) Roda localmente ou no
|
53 |
if __name__ == "__main__":
|
54 |
demo.launch()
|
|
|
1 |
+
import os
|
2 |
+
import sys
|
3 |
+
import tempfile
|
|
|
|
|
4 |
|
5 |
+
import pandas as pd
|
6 |
import gradio as gr
|
7 |
+
from smi_ted_light.load import load_smi_ted
|
8 |
|
9 |
+
# 1) Ajusta o path para o inference do SMI-TED
|
10 |
+
BASE_DIR = os.path.dirname(__file__)
|
11 |
+
INFERENCE_DIR = os.path.join(BASE_DIR, "smi-ted", "inference")
|
12 |
+
sys.path.append(INFERENCE_DIR)
|
13 |
|
14 |
# 2) Caminho onde estão pesos e vocabulário
|
15 |
MODEL_DIR = os.path.join("smi-ted", "inference", "smi_ted_light")
|
16 |
|
17 |
+
# 3) Carrega o modelo SMI-TED (Light)
|
|
|
18 |
model = load_smi_ted(
|
19 |
folder=MODEL_DIR,
|
20 |
ckpt_filename="smi-ted-Light_40.pt",
|
21 |
vocab_filename="bert_vocab_curated.txt",
|
22 |
)
|
23 |
|
24 |
+
# 4) Função utilizada pela interface Gradio
|
25 |
def gerar_embedding(smiles: str):
|
26 |
"""
|
27 |
+
Recebe uma string SMILES e devolve:
|
28 |
+
- embedding (lista de 768 floats)
|
29 |
+
- caminho para um CSV com esse embedding, pronto para download
|
30 |
+
Em caso de erro, devolve um dicionário com a mensagem e nenhum arquivo.
|
31 |
"""
|
32 |
smiles = smiles.strip()
|
33 |
if not smiles:
|
34 |
+
return {"erro": "digite uma sequência SMILES primeiro"}, None
|
35 |
|
36 |
try:
|
37 |
+
# model.encode devolve tensor shape (1, 768)
|
38 |
vetor_torch = model.encode(smiles, return_torch=True)[0]
|
39 |
+
embedding = vetor_torch.tolist()
|
40 |
+
|
41 |
+
# Cria um CSV temporário com uma única linha (o embedding)
|
42 |
+
df = pd.DataFrame([embedding])
|
43 |
+
tmp = tempfile.NamedTemporaryFile(
|
44 |
+
delete=False,
|
45 |
+
suffix=".csv",
|
46 |
+
prefix="embedding_",
|
47 |
+
)
|
48 |
+
csv_path = tmp.name
|
49 |
+
df.to_csv(csv_path, index=False)
|
50 |
+
tmp.close()
|
51 |
|
52 |
+
return embedding, csv_path
|
53 |
+
|
54 |
+
except Exception as e:
|
55 |
+
return {"erro": str(e)}, None
|
56 |
|
57 |
+
# 5) Define a interface Gradio com dois outputs: JSON e arquivo para download
|
58 |
demo = gr.Interface(
|
59 |
fn=gerar_embedding,
|
60 |
inputs=gr.Textbox(label="SMILES", placeholder="Ex.: CCO"),
|
61 |
+
outputs=[
|
62 |
+
gr.JSON(label="Embedding (lista de floats)"),
|
63 |
+
gr.File(label="Baixar embedding em CSV"),
|
64 |
+
],
|
65 |
+
title="SMI-TED Embedding Generator",
|
66 |
description=(
|
67 |
"Cole uma sequência SMILES e receba o embedding gerado pelo modelo "
|
68 |
+
"SMI-TED Light treinado pela IBM Research. "
|
69 |
+
"Você também pode baixar o embedding em CSV."
|
70 |
),
|
71 |
)
|
72 |
|
73 |
+
# 6) Roda localmente ou no HF Space
|
74 |
if __name__ == "__main__":
|
75 |
demo.launch()
|