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Enzo Reis de Oliveira
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2af5b7d
1
Parent(s):
075858d
fixing path error
Browse files
app.py
CHANGED
@@ -1,57 +1,46 @@
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1 |
import os
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2 |
import sys
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3 |
-
import tempfile
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4 |
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import pandas as pd
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5 |
-
import gradio as gr
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6 |
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from smi_ted_light.load import load_smi_ted
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-
# 1) Ajusta o path para o inference do SMI-TED
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BASE_DIR = os.path.dirname(__file__)
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10 |
INFERENCE_DIR = os.path.join(BASE_DIR, "smi-ted", "inference")
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11 |
sys.path.append(INFERENCE_DIR)
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# 2) Caminho onde estão pesos e vocabulário
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MODEL_DIR = os.path.join("smi-ted", "inference", "smi_ted_light")
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# 3) Carrega o modelo SMI-TED (Light)
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17 |
model = load_smi_ted(
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folder=MODEL_DIR,
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19 |
ckpt_filename="smi-ted-Light_40.pt",
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20 |
vocab_filename="bert_vocab_curated.txt",
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21 |
)
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22 |
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23 |
-
# 4) Função utilizada pela interface Gradio
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24 |
def gerar_embedding(smiles: str):
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25 |
smiles = smiles.strip()
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26 |
if not smiles:
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27 |
return {"erro": "digite uma sequência SMILES primeiro"}, None
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28 |
try:
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29 |
vetor = model.encode(smiles, return_torch=True)[0]
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30 |
-
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31 |
-
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32 |
-
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33 |
-
tmp = tempfile.NamedTemporaryFile(delete=False, suffix=".csv", prefix="embedding_")
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34 |
df.to_csv(tmp.name, index=False)
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35 |
tmp.close()
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36 |
-
return
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37 |
except Exception as e:
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38 |
return {"erro": str(e)}, None
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39 |
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40 |
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# 5) Interface com JSON + botão de download
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41 |
demo = gr.Interface(
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42 |
fn=gerar_embedding,
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43 |
inputs=gr.Textbox(label="SMILES", placeholder="Ex.: CCO"),
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44 |
-
outputs=[
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45 |
-
gr.JSON(label="Embedding (lista de floats)"),
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46 |
-
gr.File(label="Baixar embedding em CSV"),
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47 |
-
],
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48 |
title="SMI-TED Embedding Generator",
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49 |
-
description=(
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50 |
-
"Cole uma sequência SMILES e receba o embedding gerado pelo modelo "
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51 |
-
"SMI-TED Light. Você também pode baixar o embedding em CSV."
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52 |
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),
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53 |
)
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54 |
-
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55 |
-
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56 |
if __name__ == "__main__":
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57 |
demo.launch(show_api=False)
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1 |
import os
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2 |
import sys
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3 |
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4 |
+
# 1) Ajusta o path para o inference do SMI-TED **antes** de importar anything
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5 |
BASE_DIR = os.path.dirname(__file__)
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6 |
INFERENCE_DIR = os.path.join(BASE_DIR, "smi-ted", "inference")
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7 |
sys.path.append(INFERENCE_DIR)
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8 |
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9 |
+
# Agora o python já sabe onde achar smi_ted_light
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10 |
+
import tempfile
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11 |
+
import pandas as pd
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12 |
+
import gradio as gr
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13 |
+
from smi_ted_light.load import load_smi_ted
|
14 |
+
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15 |
# 2) Caminho onde estão pesos e vocabulário
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16 |
MODEL_DIR = os.path.join("smi-ted", "inference", "smi_ted_light")
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17 |
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18 |
model = load_smi_ted(
|
19 |
folder=MODEL_DIR,
|
20 |
ckpt_filename="smi-ted-Light_40.pt",
|
21 |
vocab_filename="bert_vocab_curated.txt",
|
22 |
)
|
23 |
|
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24 |
def gerar_embedding(smiles: str):
|
25 |
smiles = smiles.strip()
|
26 |
if not smiles:
|
27 |
return {"erro": "digite uma sequência SMILES primeiro"}, None
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28 |
try:
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29 |
vetor = model.encode(smiles, return_torch=True)[0]
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30 |
+
emb = vetor.tolist()
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31 |
+
df = pd.DataFrame([emb])
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32 |
+
tmp = tempfile.NamedTemporaryFile(delete=False, suffix=".csv", prefix="emb_")
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33 |
df.to_csv(tmp.name, index=False)
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34 |
tmp.close()
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35 |
+
return emb, tmp.name
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36 |
except Exception as e:
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37 |
return {"erro": str(e)}, None
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38 |
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39 |
demo = gr.Interface(
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40 |
fn=gerar_embedding,
|
41 |
inputs=gr.Textbox(label="SMILES", placeholder="Ex.: CCO"),
|
42 |
+
outputs=[gr.JSON(), gr.File(label="Baixar CSV")],
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43 |
title="SMI-TED Embedding Generator",
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44 |
)
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45 |
if __name__ == "__main__":
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46 |
demo.launch(show_api=False)
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