Update PFCapp.qmd

PFCapp.qmd

@@ -107,6 +107,10 @@ sp.PFC$Proj_module[which(sp.PFC$Proj_module=="ITi-D")] <- "ITi-M1"
 sp.PFC$Proj_module[which(sp.PFC$Proj_module=="ITi-V")] <- "ITi-M2"
 sp.PFC$Proj_module[which(sp.PFC$Proj_module=="ITc")] <- "ITc-M3"
 colnames([email protected])[match(c("ITi_D","ITi_V","ITc"),colnames([email protected]))] <- c("ITi-M1","ITi-M2","ITc-M3")
+sp.PFC$PTi[is.na(sp.PFC$PTi)] <- 0
+sp.PFC$`ITi-M1`[is.na(sp.PFC$`ITi-M1`)] <- 0
+sp.PFC$`ITi-M2`[is.na(sp.PFC$`ITi-M2`)] <- 0
+sp.PFC$`ITc-M3`[is.na(sp.PFC$`ITc-M3`)] <- 0
 
 clean_cells <- colnames(Adult.Ex)[!(
   (Adult.Ex$Ex_subtype %in% c("CT","NP") & Adult.Ex$BC_num>0) | 
@@ -353,10 +357,6 @@ output$sp_gene_plot <- renderPlot({
 
 output$sp_target_plot <- renderPlot({
   seu <- sp.PFC
-  seu$PTi[is.na(seu$PTi)] <- 0
-  seu$`ITi-M1`[is.na(seu$`ITi-M1`)] <- 0
-  seu$`ITi-M2`[is.na(seu$`ITi-M2`)] <- 0
-  seu$`ITc-M3`[is.na(seu$`ITc-M3`)] <- 0
 
   df <- data.frame(
     X = seu$ML_new,