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from typing import Dict, Union
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from gliner import GLiNER
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import gradio as gr
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model = GLiNER.from_pretrained("BSC-NLP4BIA/chagas-ner",
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revision="gliner-bi-small-v1.0_2025-02-11_15-59-05",
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Sexo: Femenino
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País de Nacimiento: Paraguay
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Fecha de Nacimiento: XXXX
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Resultado Chagas: Positivo
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Informe: Seguimiento de consultas externas
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Visita: Primera visita
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Fecha: 20 de julio XXXX
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19 |
-
Paciente paraguaya de 32 años diagnosticada con enfermedad de Chagas tras cribado comunitario. Sin antecedentes transfusionales ni de familiares afectados. Refiere buen estado general.
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20 |
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EF:
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21 |
-
Buen estado general.
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22 |
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AC: rítmico, sin soplos.
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23 |
-
AP: MVC sin hallazgos.
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24 |
-
Abdomen blando, sin masas.
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25 |
-
PLAN:
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26 |
-
Solicitar estudio inicial de Chagas con ECG, ETT y serología.
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27 |
-
Informe: Seguimiento de consultas externas
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28 |
-
Visita: Seguimiento
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29 |
-
Fecha: 10 de diciembre XXXX
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30 |
-
Asintomática. PCR para T.cruzi negativa. ECG muestra ritmo sinusal con bloqueo de rama derecha. ETT sin alteraciones funcionales.
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31 |
-
EF:
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32 |
-
Sin cambios en exploración física.
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33 |
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PLAN:
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34 |
-
Seguimiento anual con ECG y serología.
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""
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"
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"
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"
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"
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"
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)
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demo.
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demo.launch(debug=True)
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1 |
+
from typing import Dict, Union
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2 |
+
from gliner import GLiNER
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3 |
+
import gradio as gr
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4 |
+
|
5 |
+
model = GLiNER.from_pretrained("BSC-NLP4BIA/chagas-ner",
|
6 |
+
# revision="gliner-bi-small-v1.0_2025-02-11_15-59-05",
|
7 |
+
revision="NuNER_Zero_2025-02-13_13-59-43_1"
|
8 |
+
load_tokenizer=True)
|
9 |
+
|
10 |
+
examples = [
|
11 |
+
[
|
12 |
+
"""Sexo: Femenino
|
13 |
+
País de Nacimiento: Paraguay
|
14 |
+
Fecha de Nacimiento: XXXX
|
15 |
+
Resultado Chagas: Positivo
|
16 |
+
Informe: Seguimiento de consultas externas
|
17 |
+
Visita: Primera visita
|
18 |
+
Fecha: 20 de julio XXXX
|
19 |
+
Paciente paraguaya de 32 años diagnosticada con enfermedad de Chagas tras cribado comunitario. Sin antecedentes transfusionales ni de familiares afectados. Refiere buen estado general.
|
20 |
+
EF:
|
21 |
+
Buen estado general.
|
22 |
+
AC: rítmico, sin soplos.
|
23 |
+
AP: MVC sin hallazgos.
|
24 |
+
Abdomen blando, sin masas.
|
25 |
+
PLAN:
|
26 |
+
Solicitar estudio inicial de Chagas con ECG, ETT y serología.
|
27 |
+
Informe: Seguimiento de consultas externas
|
28 |
+
Visita: Seguimiento
|
29 |
+
Fecha: 10 de diciembre XXXX
|
30 |
+
Asintomática. PCR para T.cruzi negativa. ECG muestra ritmo sinusal con bloqueo de rama derecha. ETT sin alteraciones funcionales.
|
31 |
+
EF:
|
32 |
+
Sin cambios en exploración física.
|
33 |
+
PLAN:
|
34 |
+
Seguimiento anual con ECG y serología.""",
|
35 |
+
"ENFERMEDAD, SINTOMA",
|
36 |
+
0.5,
|
37 |
+
False,
|
38 |
+
],
|
39 |
+
]
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40 |
+
|
41 |
+
|
42 |
+
def ner(
|
43 |
+
text, labels: str, threshold: float, nested_ner: bool
|
44 |
+
) -> Dict[str, Union[str, int, float]]:
|
45 |
+
labels = labels.split(",")
|
46 |
+
return {
|
47 |
+
"text": text,
|
48 |
+
"entities": [
|
49 |
+
{
|
50 |
+
"entity": entity["label"],
|
51 |
+
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|
52 |
+
"start": entity["start"],
|
53 |
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|
54 |
+
"score": 0,
|
55 |
+
}
|
56 |
+
for entity in model.predict_entities(
|
57 |
+
text, labels, flat_ner=not nested_ner, threshold=threshold
|
58 |
+
)
|
59 |
+
],
|
60 |
+
}
|
61 |
+
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62 |
+
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63 |
+
with gr.Blocks(title="GLiNER for Chagas detection - NER ") as demo:
|
64 |
+
|
65 |
+
input_text = gr.Textbox(
|
66 |
+
value=examples[0][0], label="Text input", placeholder="Enter your text here"
|
67 |
+
)
|
68 |
+
with gr.Row() as row:
|
69 |
+
labels = gr.Textbox(
|
70 |
+
value=examples[0][1],
|
71 |
+
label="Labels",
|
72 |
+
placeholder="Enter your labels here (comma separated)",
|
73 |
+
scale=2,
|
74 |
+
)
|
75 |
+
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|
76 |
+
0,
|
77 |
+
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|
78 |
+
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|
79 |
+
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|
80 |
+
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|
81 |
+
info="Lower the threshold to increase how many entities get predicted.",
|
82 |
+
scale=1,
|
83 |
+
)
|
84 |
+
nested_ner = gr.Checkbox(
|
85 |
+
value=examples[0][2],
|
86 |
+
label="Nested NER",
|
87 |
+
info="Allow for nested NER?",
|
88 |
+
scale=0,
|
89 |
+
)
|
90 |
+
output = gr.HighlightedText(label="Predicted Entities")
|
91 |
+
submit_btn = gr.Button("Submit")
|
92 |
+
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|
93 |
+
examples,
|
94 |
+
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|
95 |
+
inputs=[input_text, labels, threshold, nested_ner],
|
96 |
+
outputs=output,
|
97 |
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cache_examples=True,
|
98 |
+
)
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99 |
+
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+
# Submitting
|
101 |
+
input_text.submit(
|
102 |
+
fn=ner, inputs=[input_text, labels, threshold, nested_ner], outputs=output
|
103 |
+
)
|
104 |
+
labels.submit(
|
105 |
+
fn=ner, inputs=[input_text, labels, threshold, nested_ner], outputs=output
|
106 |
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)
|
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threshold.release(
|
108 |
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fn=ner, inputs=[input_text, labels, threshold, nested_ner], outputs=output
|
109 |
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)
|
110 |
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submit_btn.click(
|
111 |
+
fn=ner, inputs=[input_text, labels, threshold, nested_ner], outputs=output
|
112 |
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)
|
113 |
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|
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fn=ner, inputs=[input_text, labels, threshold, nested_ner], outputs=output
|
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