La glande pinéale est située profondément dans le cerveau dans une zone appelée épithalamus, où les deux moitiés du cerveau se rejoignent. Chez l'homme, celui-ci est situé au milieu du cerveau ; il se trouve dans un sillon juste au-dessus du thalamus qui est une zone qui coordonne une variété de fonctions liées à nos sens. La glande pinéale contient des niveaux élevés de calcium et peut être utilisée par les radiographes pour marquer le milieu du cerveau sur les images radiographiques.