नए लीवर को भी खारिज किया जा सकता है। अस्वीकृति एक विदेशी वस्तु या ऊतक के लिए शरीर की एक सामान्य प्रतिक्रिया है। जब एक नए लीवर को प्राप्तकर्ता के शरीर में प्रत्यारोपित किया जाता है, तो प्रतिरक्षा प्रणाली उस पर प्रतिक्रिया करती है जिसे वह एक खतरे के रूप में मानता है और नए अंग पर हमला करता है, यह महसूस किए बिना कि प्रत्यारोपित यकृत फायदेमंद है।