Wenn eine Kataplexie vorliegt, ist die Ursache meistens der diskrete Verlust von Gehirnzellen, die Hypocretin produzieren. Obwohl der Grund für einen solchen Zellverlust unbekannt bleibt, scheint er autoimmuner Natur zu sein (eine Autoimmunerkrankung liegt vor, wenn das körpereigene Immunsystem fälschlicherweise gesunde Zellen oder Gewebe angreift).