Em 28 de setembro de 1870, Lee sofreu um derrame que o deixou sem fala. Lee morreu de pneumonia pouco depois das 9 da manhã em 12 de outubro de 1870, em Lexington, Virgínia. Ele foi enterrado sob a Lee Chapel na Washington and Lee University, onde seu corpo permanece até hoje. De acordo com J. William Jones 'Personal Reminiscences, Anedotes, and Letters of Gen. Robert E. Lee, suas últimas palavras, no dia de sua morte, foram Tell Hill que ele deveria vir.