Wagner est le septième plus petit collège du pays à participer à l'athlétisme de la division I de la NCAA et le troisième plus petit du NEC. Les équipes interuniversitaires masculines sont alignées dans le baseball, le basketball, le cross-country, le football, le golf, la crosse, le tennis et l'athlétisme. Le water-polo masculin débutera à l'automne 2016.