O brometo de etídio é um corante intercalante, o que significa que se insere entre as bases que estão empilhadas no centro da hélice do DNA. Uma molécula de brometo de etídio se liga a uma base. À medida que cada molécula de corante se liga às bases, a hélice é desenrolada para acomodar a cepa do corante. O DNA circular fechado é restrito e não pode suportar a mesma torção do DNA linear, então o DNA circular não pode se ligar tanto ao corante quanto ao DNA linear. Uma molécula de brometo de etídio se liga a uma base. À medida que cada molécula de corante se liga às bases, a hélice é desenrolada para acomodar a cepa do corante. O DNA circular fechado é restrito e não pode suportar tanta tensão de torção quanto o DNA linear, então o DNA circular não pode ligar tanto corante quanto o DNA linear.