In eukaryoten worden transcriptiefactoren (zoals de meeste eiwitten) getranscribeerd in de kern, maar vervolgens vertaald in het cytoplasma van de cel. Veel eiwitten die actief zijn in de kern bevatten nucleaire lokalisatiesignalen die ze naar de kern leiden. Om de transcriptie door één enkele transcriptiefactor te laten beginnen, moeten al deze andere eiwitten ook aanwezig zijn en moet de transcriptiefactor zich in een staat bevinden waarin het kan zich aan hen binden indien nodig. Cofactoren zijn eiwitten die de effecten van transcriptiefactoren moduleren.