Les effets secondaires courants de Gardasil comprennent des réactions au site d'injection (douleur, gonflement, rougeur, ecchymoses ou démangeaisons), fièvre, maux de tête, étourdissements, fatigue, nausées, vomissements, diarrhée, problèmes de sommeil (insomnie), nez qui coule ou bouché, mal de gorge, toux, douleurs dentaires ou douleurs articulaires ou musculaires.