Mikroorganisme atau mikroba adalah organisme yang berukuran mikroskopis, sehingga terlalu kecil untuk dilihat oleh mata manusia. Ilmu yang mempelajari tentang mikroorganisme disebut mikrobiologi. Mikroorganisme termasuk bakteri, jamur, archaea, protista dan virus. Yang pertama dari keempat jenis mikroorganisme ini dapat hidup bebas atau parasit.