<s>[INST]Öncelikle diploid pamuk genlerinin diziliminin nihai sıralama amacı nedir?[/INST]Bir kamu genomu sıralama çalışması, 2007 yılında bir kamu araştırmacıları konsorsiyumu tarafından başlatılmıştır. Onlar ekili tetraploid pamuk genomunu dizmek için bir strateji üzerinde anlaştılar. "Tetraploid", ekili pamuğun aslında çekirdeğinde A ve D genomları olarak adlandırılan iki ayrı genomu olduğu anlamına gelir. Sıralama konsorsiyumu ilk önce küçük boyutu ve sınırlı sayıda tekrarlayan element nedeniyle ekili pamuğun D-genomunun (G. raimondii, vahşi bir Orta Amerika pamuğu türü) göreceli olarak sıralanmasını kabul etti. Tetraploid pamuğun (AD) bazlarının neredeyse üçte biri kadardır ve her bir kromozom sadece bir kez bulunur. [Açıklama gerekli] G. arboreum'un bir genomu daha sonra sıralanacaktı. Genomu yaklaşık olarak G. raimondii'sinin iki katıdır. İki genom arasındaki boyut farkının bir kısmı, retrotranspozonların (GORGE) büyütülmesidir. Her iki diploid genomu toplandıktan sonra, araştırma ekili pamuk çeşitlerinin gerçek genomlarını sıralamaya başlayabilir. Bu stratejinin gerekliliği yok; eğer biri tetraploid genomu model diploid genomları olmadan dizmek durumunda olsaydı, AD genomlarının ökromatik DNA dizileri birlikte birleşirdi ve AD genomlarının tekrarlayan elementleri sırasıyla A ve D dizileri halinde bağımsız olarak birleşirdi. O zaman, AD dizilerinin karmaşasını diploid meslektaşları ile karşılaştırmadan çözmek için bir yol olamazdı.</s>