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9월 1일, 정부는 메르스 상황 이후 신종감염병 대응체계 강화를 위하여 국내 유입 차단, 초기 즉각 대응, 유행 확산 시 보건의료자원 총력 동원, 거버넌스 개편, 병원감염 방지 의료환경 개선을 위한 48개 과제를 추진하겠다는 국가방역체계 개편방안을 발표하였음 그러나, 정부가 발표한 국가 방역체계 개편안은 메르스 사태의 교훈을 잊고 상당히 관료주의와 조직 이기주의만 드러냈다는 평가가 있음 2015년 국정감사에서도, 메르스 사태에서 드러난 보건당국의 미흡한 초동대처와 부실한 방역역량, 감염병과 관련된 우리나라 보건의료체계의 인프라 부족 등을 지적하고 개선책을 요구하였음.