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항바이러스제는 작용 기전이나 항바이러스제의 구조에 따라 뉴클레오시드 유도체, 뉴클레오티드 유도체, 비 뉴클레오시드 역전사효소 억제제, 뉴라민가수분해효소(neuramidase) 억제제, adamantine, 올리고핵산염(lignucletide), 포스폰산(phsphnic acid), 인터페론, 단백분해효소억제제, 세포 내 침투 억제제(fusin & entry inhibitr), 인테그라제(integrase) 억제제 등으로 구분할 수 있다.