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이에 대해 다양한 의견과 주장이 제기되고 있는데, 우선 국가 또는 지방자치단체가 공무원 조직을 통해 직접 운항하는 방식에 대해서는 보조항로에 대해서만 부분적으로 공영제를 도입하는 경우, 이용객이 약 41만명 수준이며 장래 시장성과 성장성을 크게 기대하기는 어려우므로 별도의 조직을 설립하기 보다는 지방해양항만청에서 직접 운항하는 것이 바람직하다는 의견이 제시되고 있음.