금감위 사무국과 금융감독원 업무 중복,책임 소재의 불분명,금융기관의 부담,관료 대 비관료
이는 원래 감독기구설치법이 제정될 때 기대했던 공무원 조직은 금감위의 의사 관리의 업무 보조 기능에 그치고 실질적인 금융감독 업무는 금융감독원에서 수행하도록 하는 취지를 무색하게 만들고, 점차적으로 금감위의 공무원 조직이 늘어나면서 금융감독 의결기관과 집행기관이 실질적으로 분리되는 결과가 되었으며, 금감위 사무국 조직과 금융감독원의 업무가 중복되면서 두 조직 직원간의 갈등，업무의 상호간 비협조, 피감독기관 및 시장의 혼란，관치금융의 확대 등의 비효율성의 문제점이 발생하게 된 것이다.