Raoultella
Raoultella est un genre de bacilles Gram négatifs de la famille des Enterobacteriaceae. Son nom fait référence au microbiologiste controversé Didier Raoult, en hommage de la part de son associé Michel Drancourt.

Ubiquitaires dans l'environnement naturel, ces bactéries sont également des pathogènes opportunistes ou émergents. Le genre Raoultella est très proche du genre Klebsiella dont il a été séparé en 2001 et sa légitimité reste débattue au sein de la communauté scientifique.

Description 
Les bactéries de ce genre sont des bâtonnets gram négatifs, oxydase négatives, catalase positives, aérobies (anaérobies facultatives), non motiles, capsulés. La croissance à  est une des caractéristiques de ce genre.

Dans les infections humaines, les espèces de Raoultella sont généralement sensibles au traitement par les carbapénèmes.

Taxonomie

Historique 
De nombreuses études ont montré que le genre Klebsiella était polyphylétique et de ce fait a subi de nombreuses modifications taxonomiques. En , Michel Drancourt, Claude Bollet, Anne Carta et Patricia Rousselier, du laboratoire de bactériologie de l'hôpital de la Timone décrivent le genre Raoultella en y plaçant trois espèces du genre Klebsiella sur des critères phylogénétiques, biochimiques et phénotypiques. Le nom de ce nouveau genre a été validé en  puis accepté conditionnellement en  sous réserve d'études de séquençages complémentaires. En , le conseil d'administration de la Taxonomie des Bactéries et Archae a validé la nouvelle combinaison et les banques de cultures bactériennes ont pu commencer à appliquer les nouvelles dénominations.

En , une nouvelle espèce, Raoultella electrica est ajoutée par Kimura et al..

En , après la proposition de Ma et al., la reclassification de R. electrica en Klebsiella electrica est considérée . Par ailleurs, au 29 mars 2022, le statut de correct name est conservé uniquement pour le genre Raoultella pour ce qui concerne les 4 espèces de ce genre.

Étymologie 
Lors de sa description, le genre Raoultella (Ra.oul.tel′la. M.L. dim. suffixe -ella ; M.L. fem. n. Raoultella) a été nommé d'après le bactériologiste français Didier Raoult.

Phylogénies 

En 2001, des analyses phylogénétiques d'espèces du genre Klebsiella, ainsi que d'espèces parmi d'autres genres de la famille des Enterobacteriaceae, et portant sur deux gènes de référence en taxonomie (l'ARNr 16S et rpoB) révèlent que le genre Klebsiella est hétérogène. Ce genre est alors scindé en deux et le genre Raoultella créé, intégrant les espèces K. ornithinolytica, K. planticola, K. trevisanii (synonyme de K. planticola) et K. terrigena. Une autre étude phylogénétique portant sur les gènes gyrA et parC, publiée en parallèle dans le même journal confirme l'hétérogénéité du genre Klebsiella où 

En , un séquençage des gènes tuf et atpD sur 96 souches d'entérobactéries d'intérêt clinique représentant 78 espèces de 31 genres confirme la séparation des Klebsiella et des Raoultella en plusieurs clusters distincts. Les auteurs précisent que les Raoultella ont probablement divergé récemment. Ces résultats sont confirmés par une nouvelle phylogénie basée sur l'AFLP.

En , une nouvelle étude basée sur le séquençage des gènes de l'ARNr 16S et rpoB incluant l'ensemble des espèces de Klebsiella et de Raoultella connues à cette date confirme 

En 2014, une nouvelle analyse phylogénétique basée sur le gène de l'ARNr 16S mais incluant l'ensemble des espèces et tous les genres de la famille des Enterobacteriaceae différencie le genre Raoultella des Klebsiella, et conclut que , alors que  avec les Klebsiella séparées en trois groupes. Les auteurs de cette étude analysent la polyphylie des Klebsiella en expliquant que lors de sa description  Cette même année, une autre étude phylogénétique des klebsielles montre que R. ornithinolytica est située à proximité de l'arbre phylogénétique de klebsielles, sur une branche proche de K. oxytoca. Dans cette étude, les auteurs concluent que le genre Raoultella devrait être abandonné au profit d'un genre Klebsiella avec une définition large.

Le logiciel de diagnostic médical BIBI classe les Raoultella dans un cluster distinct mais à proximité de celui des Klebsiella pneumoniae qui sont elles-mêmes séparées du cluster des Klebsiella oxytoca par celui du genre Klyuvera. La réunification des espèces du genre Raoultella avec Klebsiella est explicitement demandée à nouveau par Ma  en  (). Cependant d'autres analyses phylogénétiques dont celle de la base Genome Taxonomy Database, base intégrée avec le Bergey's Manual of Systematic Bacteriology comme faisant autorité pour les génomes bactériens, concluent, dès 2018 et aussi en 2021, au maintien des Raoultella et à la présence de deux groupes génomiques distincts pour les Klebsiella. Au , la proposition n'est pas retenue par l'ICSP, et la base LPSN (qui fait autorité en nomenclature bactérienne) maintient le statut de  au genre Raoultella.

Liste d'espèces 

Les espèces pour ce genre sont :
 Raoultella electrica Kimura , 2014 — souche :  = (en)  =   = DSM 
 Raoultella ornithinolytica (Sakazaki , 1989) Drancourt , 2001 — souche : ATCC 
 Raoultella planticola (Bagley , 1982) Drancourt , 2001 — souche : ATCC 
 Raoultella terrigena (Izard , 1981) Drancourt , 2001 — souche : ATCC

Habitat 
Les Raoultella sont occasionnellement retrouvées dans les muqueuses de mammifères, dont celles de l'Homme, mais les habitats naturels les plus importants sont les plans d'eau, l'eau potable, le sol et les plantes.
Ce dernier habitat est d'ailleurs à l'origine du nom de l'espèce Raoultella planticola, dont l'épithète spécifique planticola signifie .

Pathogénie 
Raoultella planticola peut causer diverses infections, telles que la fasciite nécrosante, la cystite, la cholécystite, la pancréatite, les maladies hépatiques et les infections des tissus mous.
Entre 2011 et 2015, au moins quatre cas de conjonctivite causées par Raoultella planticola ont été signalées.

Raoultella terrigena est un pathogène opportuniste rare, qui peut provoquer des infections nosocomiales avec un taux de mortalité élevé.

L'espèce Raoultella ornithinolytica a été impliquée dans des cas de septicémies néonatale ainsi que chez chez des adultes.

Annexes

Bibliographie 
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Articles connexes 
 Klebsiella
 Nomenclature bactérienne
 Genome Taxonomy Database (GTDB)

Liens externes

Notes et références 

Bacteria
Enterobacteriaceae
Bactérie phytopathogène
Genre de bactéries (nom scientifique)
Bactérie décrite en 2001