SARS-CoV-2 Varyantlarına İlişkin Moleküler Sürveyans Epidemiyolojik Ölçütlere Göre Yapılmalı ve Bulgular Şeffaf Bir Şekilde Paylaşılmalıdır | TTB
ANA SAYFA
İLETİŞİM
RSS
ENGLISH
TTB
TTB Hakkında
TTB Hakkında
TTB Amblemi
Videolar
Merkez Kurulları
Yüksek Onur Kurulu
Merkez Konseyi
Denetleme Kurulu
Tabip Odaları
Tabip Odası Yazışmaları
Kollar ve Çalışma Grupları
TTB Etik Kurulu
TTB Etik Kurulu Üyeleri
TTB Etik Kurulu Çalışma İlkeleri
KOLLAR
ETİK
TTB Etik Bildirgeleri
TTB Etik Kurul Görüşleri
Dünya Tabipler Birliği
DTB Belgeleri
DTB Haberleri
Yayınlar
Düzenlemeler
Onur Kurulları Kılavuzu
UDEK
HUKUK
Mevzuat
Hukuk Haberleri
Reklam ve İlan
Mes. Sor. Sigortaları
Mecburi Hizmet
TTB Üyelik İşlemleri Yönergesi
VERBİS Hakkında Soru ve Yanıtlar
YAYINLAR
Çalışma Raporları
Süreli Yayınlar
Toplum ve Hekim
Tıp Dünyası
STED
MSG
Kitap/Broşür
Afişler
ARŞİV
Tüm Haberler ( > 2016)
Arşiv Haberler (2015-2006)
Basın Açıklamaları
Duyurular
Tam Gün Süreci
Gezi Direnişi Sürecinde TTB
Sağlık Bilimleri Üniversitesi
BAĞLANTILAR
Bilgi Edinme
Hesap Numaraları
Detaylı Arama
Belge Doğrulama
BASIN
Yazılı Basın
Görsel Basın
Elektronik Basın
Diğer
İlaç-Duyurular
dr.tr alan adı
Risk Değerlendirme
Açlık Grevleri
İşyeri Hekimliği Ücret Tarifeleri
Göç Sorunu
SARS-CoV-2 Varyantlarına İlişkin Moleküler Sürveyans Epidemiyolojik Ölçütlere Göre Yapılmalı ve Bulgular Şeffaf Bir Şekilde Paylaşılmalıdır
TTB Haberler
DUYURULAR
XXVII Tıpta Uzmanlık Eğitimi Kurultayı TTB, Hukuk Bürosu İçin Çalışma Arkadaşı Arıyor TTB STE/SMG Akreditasyon - Kredilendirme Hekimlik Uygulamaları Veritabanı ILO Uluslararası Kimyasal Kontrol Rehberi’nin Türkçe Çevirisi yayımlandı
SARS-CoV-2 Varyantlarına İlişkin Moleküler Sürveyans Epidemiyolojik Ölçütlere Göre Yapılmalı ve Bulgular Şeffaf Bir Şekilde Paylaşılmalıdır
08.02.2021
2,071
https://www.ttb.org.tr/695yig2
Koronavirüslerde, diğer RNA virüslerinde (örneğin influenza) olduğu gibi, çoğalma ve yayılma sırasında mutasyonlar gelişir. Mutasyonlar, yani gen dizilimindeki değişiklikler, çoğunlukla bir anlam taşımaz ancak bazı mutasyonlar virüs için bulaştırıcılığın artması gibi avantajlar sağlayabilir. Bu şekilde avantajlı hale gelen ve virüsün ilk halinden genetik yapı olarak farklı olan yeni virüs "varyant" olarak adlandırılır. Daha kolay bulaşan varyantlar zamanla seçilir ve baskın hale gelir.
Dünya Sağlık Örgütü'nün (DSÖ) 2 Şubat'ta yayımlanan haftalık durum raporunda şu ana kadar SARS-CoV-2 virüsünde VOC (Variant of Concern- Endişe Verici Varyant) kategorisinde olan üç varyantın saptandığı bildirilmektedir. Bu varyantlar, kısaca, B.1.1.7, B.1.351, P.1 olarak sıralanabilir. Bulaşma hızı belirgin olarak artmış olan bu varyantların, mevcut epidemiyolojik durumda değişikliklere neden olması nedeniyle risk oluşturduğu kabul edilmektedir.
Saptanıldıkları ülkelerde kısa sürede hâkim hale gelen bu varyantlar için salgın hızı ve dolayısıyla ölümlere etki için “kartopu etkisi”nden söz edilmektedir. Bu etkiyi tanımlayan modellemeye göre bu varyantlar bir coğrafyaya girdiklerinde bulaşma hızını %30 veya %50 artırmaları durumunda, 1-2 ay içinde o coğrafyada hâkim hale gelmektedir.
Üç varyant da SARS-CoV-2’nin evrimleşme hızından beklenenin ötesinde mutasyon biriktirmiş olmaları ile dikkat çekmektedir. Bu varyantların önemli bir özellikleri de diken proteinini kodlayan S geninin kritik noktalarında N501Y (üç varyant suşta da mevcut) ve E484K, K417N (V.2 ve V.3’te ortak) benzer değişiklikleri içermeleridir. Varyantlarda ortak mutasyonların birikmiş olması virüse avantaj sağladıklarına dair işaret olarak değerlendirilmektedir.
Türkiye'deki güncel durumu ise -pandemi sürecinde hep olduğu gibi- Sağlık Bakanı’nın tweetlerinden izlemekteyiz. Bakan, Türkiye'deki durumu 3 Şubat 2021 tarihli mesajında “Ülkemizdeki İngiltere mutasyonu 196 oldu. İki Güney Afrika, bir de Brezilya varyantı ile karşılaşıldı” olarak ifade etmiştir. Varyant suşların hangi şehir(ler)de, hangi yaş gruplarında görüldükleri, klinik seyrin nasıl olduğu ve benzeri bilgilere ise -yine hep olduğu gibi- ulaşabilmiş değiliz.
Oysa yazının ilerleyen bölümünde de görüleceği gibi, ilk olarak İngiltere'den bildirilen varyant suşunun %35 oranında daha ağır seyrettiğine ilişkin, analiz ve değerlendirme aşamasında bulgular vardır.
Varyantlar hastalık şiddetini ağırlaştırmasa bile, bulaşma hızındaki artış nedeniyle, salgın hızındaki “kartopu etkisi”nin ölümler için de geçerli olacağı anlaşılacaktır. Şöyle ki; basit bir matematik hesaplama ile, bulaşma hızı %50 artmış, enfeksiyon periyodu altı gün kabul edilerek, başlangıçta 1000 olgu olduğunu varsaydığımızda, bir ay sonra enfekte olanların 7,59 kat, iki ay sonra 57,67 kat artması ve buna bağlı olarak da, hastane yatışlarının ve ölümlerin artması kaçınılmazdır.
Ayrıca, bu üstel büyümenin hızlanması durumunda salgın kontrolü için alınan önlemlerin de yetersiz kalması söz konusudur. Matematiksel modellemeye göre bulaşma katsayısı olan R değerinin 0,7 olması durumunda enfektelerin %50 azaltılması 12 gün, R değerinin 0,9 olması durumunda ise 36 gün sürebileceği öngörülmektedir.
SARS-CoV-2 virüsünde meydana gelen mutasyonlar sonucu ortaya çıkan, epidemiyolojik açıdan önemli üç varyanta ilişkin güncel bilgiler aşağıda kısaca özetlenmiştir:
İngiltere Varyantı (B.1.1.7 varyantı ya da Varyant 1 ya da 501Y.V 1)
İngiltere’de Kent bölgesinde 2020 Aralık ayında dikkatleri çeken bu varyant 202012/01 olarak isimlendirilmiştir. Bu varyantın, eylül ayının ikinci yarısında ortaya çıktığı bildirilmiştir. Pandeminin başında, ocak ayında ilk kez açıklanan SARS-CoV-2 genomu ile 17 farklı dizilime sahiptir. Bunların 14'ü nokta mutasyon, üçü kısa aminoasit zincirlerinin yok olması yani delesyon şeklindedir.
Toplam dört gende meydana gelen mutasyonların bazılarının neye yol açtığı tam olarak belirlenememiş olmakla birlikte virüsün bulaştırıcılığının arttığı hem virüs kültürlerinde yapılan çalışmalarda hem de epidemiyolojik verilerle ortaya konmuştur.
Amino asit değişiklikleri;
S geni: H69/V70 del.; 144 del; N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H
ORF1ab geni: T1001I, A1708D, I12230T, del SGF 3675- 3677
Orf8 geni: Q27stop, R52I, Y73C
N geni: D3L, S235F şeklindedir.
Örneğin varyantın ortaya çıkmasına yol açan mutasyonlardan biri N501Y (virüsün Spike-S proteinini kodlayan S geninin aminoasit dizisindeki 501 numaralı asparajin [N] aminoasidinin tirosin [Y] aminoasidine dönüşmesi) olup, virüsün ACE 2 reseptörüne olan afinitesinin artmasına yol açmıştır. Yine örneğin Orf 8 genindeki değişikliğin fenotipik yansıması henüz bilinmemektedir. DSÖ'nün haftalık raporunda bu varyantın görüldüğü ülke sayının, 27 Ocak'tan 2 Şubat'a kadar olan bir haftalık dönemde, 10 ülkenin daha eklenmesiyle 80’e ulaştığı belirtilmektedir.
İngiltere'de, 3 Şubat'ta, London School of Hygiene & Tropical Medicine'dan (LSHTM) bir grup araştırmacı tarafından, hakem değerlendirmesi öncesi (pre-print), paylaşılan bir çalışmada İngiltere varyantının ölümcüllüğünün %35 daha yüksek olduğu bildirilmiştir. Mevcut verilerin genç yaştakiler için geçerli olup olmadığını saptamak için yeterli olmadığının belirtildiği çalışmada 70 yaş üstü hastalarla ilgili durum paylaşılmıştır.
Henüz hakem değerlendirmesinden geçmemiş bu çalışmanın verilerine göre; COVID-19 hastalığı geçiren 70-84 yaş arasındaki kişiler varyant suş ile enfekte olmuşlarsa, önceki suş ile enfekte olanlara göre ölüm oranı %5'ten %6'ya çıkmaktadır; 85 yaş üstü erkeklerde de ölüm oranı %17'den %22'ye çıkmaktadır.
Güney Afrika Varyantı (B.1.351 varyantı ya da 501Y.varyant 2)
Güney Afrika’da, aralık ayında, güney yarıküre yaz aylarında olmasına rağmen yaşanan ikinci dalga sırasında saptanmıştır. Varyanttaki üç mutasyon, virüsün reseptöre bağlanan bölgelerindedir (K417N, E484K ve N501Y). Bu varyant ile ilgili endişe verici bulguların başında, aşılama sonrası gelişen antikorlar tarafından nötralizasyona karşı dirençli olabileceği gelmektedir çünkü nötralizan antikorların etkisine 10 kat azalmış bir duyarlılık saptanmıştır. Ayrıca bu mutasyonların tedavi amaçlı kullanılan bazı monoklonal antikorların etkinliklerini azalttığına dikkat çekilmektedir.
Güney Afrika’da baskın hale gelmiş olan bu varyantın da bulaşıcılığının artmış olduğu bilinmekle birlikte hastalığın seyri ile ilgili bir değişikliğe yol açıp açmadığı henüz belirsizdir.
Amino asit değişiklikleri;
S geni: L18F, D80A, D215G, R246I, K417N, E484K, N501Y, A701V, del 242-44
E geni: P71L
N geni: T205I şeklindedir.
DSÖ'nün haftalık raporunda bu varyantın görüldüğü ülke sayının, 27 Ocak'tan 2 Şubat'a kadar olan bir haftalık dönemde, 10 ülkenin daha eklenmesiyle 41'e ulaştığı belirtilmektedir.
Brezilya Varyantı (P.1 veya B 1.1.28 varyantı)
Brezilya’nın Amazon eyaletinde yaygın halde bulunan bir varyanttır.
Bu bölgenin ve varyantın önemi %70'lik toplumsal bağışıklığa ulaşılmış bir bölge olmasına rağmen aralık ayında başlayan ani vaka artışlarına yol açmasıdır.
Daha önceden enfeksiyonu geçirmiş kişiler arasında yayılabildiğinden aşı etkililiği açısından da sıkıntıya yol açabilecektir.
Hem Güney Afrika hem de Brezilya’da ortaya çıkan varyantlar, İngiltere varyantı gibi 501Y mutasyonu taşıdığından ACE-2 reseptrüne artmış afinite göstermekte ve dolayısıyla daha yüksek bulaşıcılık özelliği kazanmış durumdadır. Hastalığın seyri ve mortalite üzerindeki etkileri henüz belli değildir.
Amino asit değişiklikleri;
S geni: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417N/T, , E484K, N501Y, H655Y, T1027I
ORF1 ab geni: Del 3675-77 SGF, K1795Q, E5665D
ORF 8: E92K
N geni: P80R şeklindendir.
DSÖ'nün haftalık raporunda bu varyantın görüldüğü ülke sayının, 27 Ocak'tan 2 Şubat'a kadar olan bir haftalık dönemde, iki ülkenin daha eklenmesiyle 10'a ulaştığı belirtilmektedir.
Paylaşılan bilgilerden ve verilerden de görüldüğü gibi pandemi henüz kontrol altına alınamamış iken daha bulaşıcı ve hatta -maalesef ki- muhtemelen daha öldürücü olabileceği düşünülen türde varyantlar ortaya çıkmıştır.
Genel salgın yönetimi ile birlikte bu durumun da göz önünde bulundurulması ve gerekli düzenlemelerin yapılması çok önemlidir.
Mikrobiyoloji, enfeksiyon hastalıkları ve halk sağlığı uzmanlık derneklerinin vurguladıkları gibi “moleküler sürveyans” epidemiyolojik veriler ışığında planlanmalı, beklenmeyen kümeler, olgu artış hızında farklılık görülen bölgelerde virüs genomik analizleri yapılmalı, NGS (Next Generation Sequencing) ile yapılması gereken gen sekanslamaları pozitif testlerin %10’undan az olmamalı ve biyoinformatik desteği ile yorumlanmalıdır.
Moleküler sürveyans sonuçları; önlemlerinin arttırılması, tanı testlerinin yeni varyant suşlar açısından performansı, hastalığın seyrine ilişkin olarak sağlık kuruluşlarında gerekli düzenlemelerin yapılması, uygulanan tedavilerin sonuçlarının değerlendirilmesi, aşılamanın yeni ortaya çıkan suşlara etkisi gibi birçok konuda yol gösterici olacaktır.
Virüsler bulaştıkça mutasyon gelişmesi ve bazı mutasyonların kalıcı hale gelmesi kaçınılmaz olacaktır.
Aşılama stratejilerinin doğru kurulması, hızlı ve etkili bir aşılama ile bağışıklığın hızla oluşturulması, varyant gerçeği nedeniyle artan ve acil önemdedir.
Brezilya suşunun toplumsal bağışıklık gelişmiş bir bölgede oluştuğu, bu çerçevede hastalık geçirerek toplumsal bağışıklığa ulaşmanın sorunu çözmediği, toplumsal hareketlilik azalmadığında virüsün mutasyon geçirmesi ve benzer varyantların evrimsel doğal sürecin dışında hızlı biçimde şekilleneceği dikkate alındığında virüsün replike olmasına izin verilmeyecek toplumsal hareketlilik kısıtlaması önemli ve koruyucu olacaktır.
Varyantlar ile ilgili uluslararası iş birliğinin önemli ve şart olduğunu bir kez daha hatırlatıyoruz.
Türk Tabipleri Birliği
Kaynakça
DSÖ Durum Raporu, https://www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update?-2-february-2021)
Uzmanlık Dernekleri Bilgi Notu, https://www.klimik.org.tr/2021/01/31/tehdit-olusturan-guncel-sars-cov-2-varyantlari-hakkinda-bilgi-notu/
https://twitter.com/drfahrettinkoca/status/1357031734127247362
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.02.01.21250959v1.full.pdf
https://www.thelancet.com/action/showPdf?pii=S0140-6736%2821%2900298-1
https://www.nature.com/articles/d41586-021-00299-2#ref-CR1
https://feb.kuleuven.be/public/u0014274/2021-Dhaene-Tank.pdf
Hızlı Erişim
TABİP ODALARI KATSAYI AŞI KOLLAR / ÇALIŞMA GRUPLARI ÖDÜL BİLGİLER HUV dr.tr ŞİDDET İLAÇ DUYURULARI KREDİLENDİRME KADIN HEKİMLİK
Basın Açk.
Hukuk Hab.
TTB Pandemi Çalışma Grubu’ndan COVID-19 Salgın Yönetimine Kapsamlı Bir Bakış ve Kritik Öneriler 03.12.2021
3 Aralık Dünya Engelliler Günündeyiz 03.12.2021
Tümü
TTB’nin İstanbul Sözleşmesi’nin Feshine Karşı Açtığı Davada Yürütmeyi Durdurma Talebi Oyçokluğu ile Reddedildi 18.11.2021
Birlikte Kullanım Yönetmeliği ile Proje Finansmanı Kesintilerinin Döner Sermayeden Ayrılması, TTB’nin İtirazı Üzerine Hukuka Aykırı Bulundu 12.11.2021
Tümü
Tweets by ttborgtr
TTB amblemi indir
İnternet Bültenimize Abone Olmak İster misiniz?
Türk Tabipleri Birliği İnternet Bülteni Abonelik Formunu Doldurarak Eklenen İçeriklerimizden Anında Haberdar Olabilirsiniz.