Topluluk Öğrenme Algoritmalarından Torbalama Algoritması İle Gögüs Kanserinin Tahmini Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on the Prediction of Breast Cancer Using Bagging Algorithm from Ensemble Learning Algorithms
R Programlama Diliyle Sınıflandırma Problemlerinin Çözümünde Karar Ağacı Algoritmaları Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on Decision Tree Algorithms in Solving Classification Problems with R Programming Language
R Programlama Diliyle Sınıflandırma Problemlerinin Çözümünde Küme Algoritmaları Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on Cluster Algorithms in Solving Classification Problems with R Programming Language
R Programlama Diliyle Regresyon Problemlerinin Çözümünde Rastgele Orman Algoritması Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on Random Forest (RF) Algorithm in Solving Regression Problems with R Programming Language
R Programlama Diliyle Sınıflandırma Problemlerinin Çözümünde Rastgele Orman Algoritması Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on Random Forest (RF) Algorithm in Solving Classification Problems with R Programming Language
2019 Yılı Yapay Zekâ Endeksi Raporu
An Introduction to Network Analysis (NA or SNA) in R
Approach of Logarithmic Concept [APLOCO]: Logaritmik Konsept Yaklaşımı
Küme Analizleri Üzerine Bir Vaka Çalışması (A Case Study on Cluster Analysis)
Kompleks Ağlarda APLOCO Metodunun Kullanımı Üzerine Bir Vaka Çalışması
Kritik Teknolojiler ve On Birinci Kalkınma Planı
Kuantum Yapay Zekâ
Etiket: Simple Random Sampling withoust Replacement
Öne çıkan	
Tekrarlı Basit Tesadüfi Örnekleme ve Bootstrap Örnekleme Üzerine Vaka Çalışmaları: Case Studies on Simple Random Sampling with Replacement and Bootstrap Sampling
Bootstrap, istatistik dağılımlarını anlamaya yönelik 1979’da Stanford Üniversitesinden Amerikalı istatistikçi Bradley Efron tarafından geliştirilmiş parametrik ve non-parametrik versiyonları olan hem istatistiksel bir teknik hem de bir simülasyon yöntemidir.
Bootstrap örnekleme duyarlılık analizleri, istatistiksel ve ekonometrik analizlerden makine öğrenme ve derin öğrenmeye kadar pek çok farklı alanda kendine uygulama alanı bulmaktadır. Kısacası bu yöntem bütün alanlarda kullanılabilmektedir. Bootstrap, belirli bir istatistiksel yöntemle ilişkili belirsizlik ölçülerini tahmin etmek için en genel ve en yaygın kullanılan araçlardan biridir. Bazı yaygın temel bootstrap uygulamaları şunlardır: belirli bir istatistiksel tahmincinin merkezi dağılım ve yayılım ölçülerini, standart sapmasını, varyansını tahmin etmek veya ilgili parametreler için yaklaşık güven aralıkları oluşturmak. Ancak çok daha gelişmiş uygulama alanları da mevcuttur özellikle makine ve derin öğrenme alanlarında. Sözü gelmişken ifade etmekte fayda var; veri bilimiyle ilgilenilen bazı internet sitelerinde Bootstrap örnekleme ile tekrarlı basit tesadüfi örneklemenin birbirinin yerine ve eş anlamlı olarak kullanıldığı görülmektedir. Aslında bu kavramların adları da hatalı kullanılmaktadır. Hadi burayı geçelim bir ölçüde tolere edilebilir ama Bootstrap örnekleme ile tekrarlı basit tesadüfi örneklemenin birbirinin yerine kullanılması eksik kalan hatalı bakış açısıdır ve düzeltilmeye ihtiyacı vardır. Bu iki yöntem birbirine yakın ancak aynı şey olmadığını ifade etmek lazım. Bu iki yöntem birbirine benzemektedir çünkü Bootstrap örnekleme tekrarlı basit tesadüfi örneklem üzerine inşa edilmiştir. Farklılığı ise tekrarlı örnekleme tekniğinde örneklemin popülasyondan çekilmesi ve çekilecek örneklem büyüklüğünün ise popülasyon (N)’daki gözlem sayısı (popülasyon birimleri)’ndan az veya ona eşit olmasıdır. Diğer bir farklılığı, Bootstrap örneklemede örneklem, yine bir popülasyondan çekilmiş bir örneklem birimleri içerisinden çekilir ve Bootstrap örneklemlerin sayısı (n1, n2, n3, n4……….ni), popülasyondan çekilmiş örneklem büyüklüğü (n)’ne eşit olmasıdır. Diğer bir deyişle, n1, n2, n3, n4……….ni= n’dir. Ayrıca Bootstrap örneklemede popülasyonu temsil eden örneklemden birden fazla sayıda örneklem seçimi (replikasyon) söz konusudur. Eğer popülasyonu temsil eden orjinal örneklemden birden fazla sayıda örneklem oluşturuyorsa burada replikasyondan bahsederiz. Replikasyonu r ile gösterirsek r>1 ve r1‘den ri‘ye kadar örneklem seçimi yapılır. Yani burada replikasyon (r) bize kaç kez tekrarlı örnekleme yapacağımızı gösterir. Bu durumda basit bir hesaplama ile Bootstrap örneklemede yeni gözlem sayıları= rxn‘dir. Bahsedilenler ışığında Şekil 2 üzerinde Bootstrap örnekleme açıklanmaya çalışılmıştır.
İstatistikte olasılıklı örnekleme, popülasyon birimlerinin bulunduğu bir listeden örneklem birimlerinin seçilmesidir. Tesadüfi seçilmiş örneklem birimleri (sample unit)’nde, tesadüfi seçilir. Olasılıklı örnekleme yöntemlerinden tesadüfi örneklemede yaygın olarak iki yöntem kullanılmaktadır. Bunlardan ilki ve en yaygın olanı tekrarsız basit tesadüfi örnekleme (simple random sampling without replacement), diğeri ise sistematik örneklemedir. Bu yöntemler örneklemle popülasyona genelleme çalışmalarının yapıldığı araştırma literatüründe mutlak bir şekilde kullanılmaktadır. Bu yöntemlerin temel özelliği hedef popülasyon içerisindeki popülasyon birimlerine örnekleme seçilmesinde eşit şans verilmesidir. Bu yöntemlerle ilgili uygulamalı çalışmaları ve daha fazlasını bu site üzerinde yayınladım. İlgi duyanlar yöntemlerle uygulamalarının nasıl yapıldığını buradan öğrenebilir ve aynı zamanda bu çalışmaları indirebilirler. Tekrarlı basit tesadüfi örnekleme (simple random sampling with replacement)’de ise böyle bir durum söz konusu değildir, diğer bir deyişle örneklem birimlerine ya da popülasyon birimlerine eşit seçilme şansı verilmez. Gelin şimdi çalışmamızın odağı olan tekrarsız ve tekrarlı basit tesadüfi örnekleme yöntemlerini, ardından ise bootsrap örneklemeyi inceleyelim. Bu çalışmalar kapsamında uygulamaları hem Microsoft Excel hem de R programlama dili üzerinde yaparak okuyuculara konunun öğrenilmesi noktasında daha fazla katkı sunulması amaçlanmıştır.
Tekrarsız Basit Tesadüfi Örnekleme
Popülasyondan örnekleme seçilen her birimin eşit seçilme şansı olduğu olasılıklı örnekleme yöntemi basit tesadüfi tekrarsız örnekleme yöntemidir. Örneğin kürede isimleri yazılı 81 ilden 10 ilin geri koyulmadan sırasıyla seçildiğini varsayalım. Burada seçilen her il çekildikten sonra küreye koymayarak (iadesiz) diğerlerine eşit şans tanımış olduk. Bu durumda tekrarsız seçim yaparak tekrarsız örnekleme yaptığımızdan küreden seçilen herhangi bir ile bir daha seçilme şansı vermemiş oluyoruz. Bu konuyla ilgili olarak daha önce Microsoft Excel üzerinde yaptığım simülasyona dayalı kapsamlı örnek uygulama çalışmasını aşağıdaki linkte paylaşıyorum.
Tekrarsız Basit Tesadüfi Örnekleme Yöntemi Kullanılarak Z Tablosu Üzerinden Güven Aralığının Hesaplanmasına Yönelik Bir Simülasyon Çalışması
Tekrarsız Basit Tesadüfi Örnekleme Yöntemi Kullanılarak t Dağılım Tablosu Üzerinden Güven Aralığının Hesaplanmasına Yönelik Bir Simülasyon Çalışması
Bu örnek uygulama ile hem tekrarsız basit tesadüfi örneklemenin nasıl yapıldığını hem de güven aralığının nasıl hesaplandığını görmüş ve öğrenmiş olacaksınız. Bu uygulamada açık bir şekilde kullanılan fonksiyonları da göreceğinizden oldukça faydalı olacağı düşünülmektedir.
Tekrarlı Basit Tesadüfi Örnekleme
Popülasyondan örnekleme seçilen her birime eşit seçilme şansının verilmediği, diğer bir ifadeyle her popülasyon biriminin birden fazla seçilme şansının olduğu olasılıklı örnekleme yöntemi tekrarlı basit tesadüfi örnekleme yöntemidir. Örneğin kürede isimleri yazılı 81 ilden 10 ilin seçildiğini varsayalım. Tekrarsız basit tesadüfi örnekleme yönteminden farklı olarak bu yöntemde seçilen iller tekrar küreye bırakılarak (iadeli) burada bu illere birden fazla seçilme şansı verilir. Diyelim ki küreden 1. sırada çekilen il Trabzon’dur. Trabzon ilinin tekrar küreye atılarak seçilen her ilin tekrar küreye konulmak suretiyle seçim döngüsünün 10. ilin seçilmesine kadar (dahil) devam ettiği süreci bu yöntemle tanımlarız. Burada 1. sırada seçilen Trabzon ilinin diğer seçimlerde de küreden çıkma şansı bulunmaktadır. Tekrarlı basit tesadüfi örnekleme tekniğinin daha kalıcı olması adına Microsoft Excel’de sentetik veri üreterek hazırladığım örnek uygulama Şekil 1’de ve daha önce yapmış olduğum çalışmalarda verilmiştir. Tekrarlı basit tesadüfi örnekleme çalışmasına aşağıdaki linkten ulaşabilirsiniz.
Z Tablosuna Göre Güven Aralığının Hesaplanmasına Yönelik Bir Simülasyon Çalışması
Burada formüllere yer verilerek ayrıca sizi formüllere boğmayacağım 🙂 . Önemli olan işin felsefesini anlamak. Uygulama ile zaten çok rahat anlayacağınızı düşünüyorum.
Şekil 1: Tekrarlı Basit Tesadüfi Örnekleme
Şekil 1’deki tekrarlı basit tesadüfi örnekleme uygulamasını xlsx formatında aşağıdaki linkten indirebilirsiniz. Bu çalışma aynı zamanda tekrarlı basit tesadüfi örnekleme simülasyon çalışması olup, çalışmada kullanılan fonksiyonları da görerek konunun daha kalıcı olarak anlaşılmasına katkı sunulması amaçlanmıştır. Aynı çalışmada Şekil 2’de belirtilen Bootstrap örneklemeye de yer verilmiştir. Microsoft Excel ortamındaki uygulamada F9 tuşuna basılı tutarak yeni tekrarlı basit tesadüfi örneklem birimleri üretebilirsiniz. Microsoft Excel’de bu uygulamanın verilmesinin nedeni R programlama dili bilmeyenlerin olabileceği ve kullanılan fonksiyonları ile bu fonksiyonların birbiriyle etkileşimlerinin gösterilmek istenmesi düşüncesinden ileri gelmektedir.
Tekrarlı Basit Tesadüfi Örnekleme ve Bootstrap Örnekleme Simülasyonuİndir
Bootstrap’ta, ilgilenilen popülasyondan birçok kez tekrarlı örneklemler (aynı büyüklükte) alınır. Bu nedenle bu tekniği anlamadan önce tekrarlı basit tesadüfi örnekleme mantığının anlaşılması gerekir. Örneklem çalışmalarında amaç, güncel bilgiye en hızlı ve en düşük maliyetle ulaşmaktır. Bootstrap’in arkasında yatan fikir, bir istatistiğin örnekleme dağılımına ne kadar ve ne ölçüde evrildiğini Bootstrap örneklemlerle ortaya koyarak Bootstrap örnek dağılımını göstermektir. Şekil 2’de Bootstrap örneklemenin somutlaştırılması adına örnek bir uygulama hazırlanmıştır. Burada amaç Bootstrap örneklemenin felsefesini göstermek olduğundan minimal örneklem büyüklükleri üzerinden gidilmiştir. Eğer Z tablosu kullanılarak güven aralığı hesaplanması isteniyorsa örneklem büyüklüğünün 30 ve 30’dan büyük, t (student’s t) tablosu kullanılarak güven aralığı hesaplanması isteniyorsa örneklem büyüklüğünün 30’dan daha düşük olması gerekir. Bunları burada hatırlatmakta fayda var. Şekil 2’deki örnek bootstrap örneklemede replikasyon (tekrar) sayımız 4, tekrarlı seçilen örneklemlerin büyüklüğü (sample size) ise 5’tir. Burada replikasyon sayısı ve örneklem büyüklüğü uygulama Microsoft excel ortamında yapıldığı için düşük tutulmuştur. Genelde literatürde ve uygulamalarda replikasyon sayısı 1000 olarak alındığı görülmektedir. Ancak replikasyon sayısının araştırmanın amacına, dizaynına ve veri setine göre değişiklik gösterebileceği unutulmamalıdır.
Şekil 2: Bootstrap Örnekleme
Şimdi de Şekil 2’deki Bootstrap örneklemlere dayalı olarak orijinal örneklemde değerleri ne kadar doğrulukla, yani ne kadarlık bir sapma (bias) ile tahmin edebileceğimizi hesaplayalım. Bu hesaplama Tablo 1’de verilmiştir. Tablo 1’de bias (sapma), orijinal örneklem ortalamasından Bootstrap örneklem ortalamasının çıkarılarak hesaplanmıştır. Tablo 1 üzerinden gidecek olursak Bias = 34,6-30,95=3,65’tir. Biz burada hesapladığımız sapma (bias) değeri ile aslında 4 kez (replikasyon) Bootstrap örnekleme yaptığımızda elde elde ettiğimiz Bootstrap örneklem ortalamasının gözlem ortalamasından 3,65 saptığını söylüyoruz. Daha büyük örneklem büyüklüklerinde ve daha yüksek replikasyonlarda (tekrarlarda) bu sapma değeri düşecektir.
Tablo 1: Bootstrap Örnekleme İle Sapmanın Hesaplanması
Şimdi de R programlama dili kullanarak gerçekçi bir veri seti üzerinden bootstrap örnekleme ile merkezi dağılım ölçüleri ve bunların güven aralıklarını hesaplayalım. Bu bağlamda bu kısımda kullanılan veri seti R’da yer alan pizza verisidir. Veri seti, 1209 gözlem ve 16 değişkenden oluşmaktadır. Veri setini aşağıdaki linkten indirebilirsiniz.
Pizza Veri Setiİndir
R’da Tekrarlı Basit Tesadüfi Örnekleme ve Bootstrap Örnekleme
Yüklenecek kütüphaneler

library<-c("reactable","dplyr","tibble","tidyr","ggplot2","formattable","ggthemes","readr","readxl","ggpubr","formattable", "ggstance", "explore", "tidytext", "scales", "data.table", "pastecs", "gtools", "rmarkdown", "knitr", "gtsummary", "writexl", "ppcor","psych", "reshape2", "GGally", "CCP", "Hmisc", "VIM", "philentropy", "kableExtra", "foreign", "DescTools", "pander", "infer", "boot", "bootstrap")
loading<-sapply(library, require, character.only = TRUE)

suppressWarnings(loading, classes = "warning")

Veri setinin okunması ve xlsx uzantılı çalışma kitabına yazdırılması

pizza=d.pizza
head(pizza,10) %>% pander(caption="Pizza Veri Seti İlk 10 Gözlem")
write_xlsx(pizza, "pizzaverisi.xlsx") # veri setinin xlsx uzantılı Microsoft Excel çalışma kitabına yazdırılması
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki ilk 10 kayıt aşağıdaki tabloda verilmiştir.

----------------------------------------------------------------------------
 index      date      week   weekday      area       count   rabate   price 
------- ------------ ------ --------- ------------- ------- -------- -------
   1     2014-03-01    9        6        Camden        5      TRUE    65.66 

   2     2014-03-01    9        6      Westminster     2     FALSE    26.98 

   3     2014-03-01    9        6      Westminster     3     FALSE    40.97 

   4     2014-03-01    9        6         Brent        2     FALSE    25.98 

   5     2014-03-01    9        6         Brent        5      TRUE    57.56 

   6     2014-03-01    9        6        Camden        1     FALSE    13.99 

   7     2014-03-01    9        6        Camden        4      TRUE    89.44 

   8     2014-03-01    9        6         Brent       NA       NA      NA   

   9     2014-03-01    9        6      Westminster     3     FALSE    40.97 

  10     2014-03-01    9        6         Brent        6      TRUE    84.74 
----------------------------------------------------------------------------

Table: Pizza Veri Seti İlk 10 Gözlem (continued below)

 
----------------------------------------------------------------
 operator   driver    delivery_min   temperature   wine_ordered 
---------- --------- -------------- ------------- --------------
  Rhonda    Taylor         20            53             0       

  Rhonda    Butcher       19.6          56.4            0       

 Allanah    Butcher       17.8          36.5            0       

 Allanah    Taylor        37.3           NA             0       

  Rhonda    Carter        21.8           50             0       

 Allanah    Taylor        48.7           27             0       

  Rhonda    Taylor        49.3          33.9            1       

 Allanah    Taylor        25.6          54.8            NA      

 Allanah    Taylor        26.4           48             0       

  Rhonda    Carter        24.3          54.4            1       
----------------------------------------------------------------

Table: Table continues below

 
---------------------------------------
 wine_delivered   wrongpizza   quality 
---------------- ------------ ---------
       0            FALSE      medium  

       0            FALSE       high   

       0            FALSE        NA    

       0            FALSE        NA    

       0            FALSE      medium  

       0            FALSE        low   

       1            FALSE        low   

       NA           FALSE       high   

       0            FALSE       high   

       1            FALSE      medium  
---------------------------------------

Veri setinin yapısını gözden geçirme
Aşağıda da görüleceği üzere pizza veri seti 1209 gözlem ve 16 değişkenden oluşmaktadır. Bazı değişkenlerin nominal ve ordinal kategorik, bazılarının ise nicel veri tipinde olduğu görülmektedir.

'data.frame':	1209 obs. of  16 variables:
 $ index         : int  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
 $ date          : Date, format: "2014-03-01" "2014-03-01" "2014-03-01" "2014-03-01" ...
 $ week          : num  9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 ...
 $ weekday       : num  6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 ...
 $ area          : Factor w/ 3 levels "Brent","Camden",..: 2 3 3 1 1 2 2 1 3 1 ...
 $ count         : int  5 2 3 2 5 1 4 NA 3 6 ...
 $ rabate        : logi  TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE ...
 $ price         : num  65.7 27 41 26 57.6 ...
 $ operator      : Factor w/ 3 levels "Allanah","Maria",..: 3 3 1 1 3 1 3 1 1 3 ...
 $ driver        : Factor w/ 7 levels "Butcher","Carpenter",..: 7 1 1 7 3 7 7 7 7 3 ...
 $ delivery_min  : num  20 19.6 17.8 37.3 21.8 48.7 49.3 25.6 26.4 24.3 ...
 $ temperature   : num  53 56.4 36.5 NA 50 27 33.9 54.8 48 54.4 ...
 $ wine_ordered  : int  0 0 0 0 0 0 1 NA 0 1 ...
 $ wine_delivered: int  0 0 0 0 0 0 1 NA 0 1 ...
 $ wrongpizza    : logi  FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE ...
 $ quality       : Ord.factor w/ 3 levels "low"<"medium"<..: 2 3 NA NA 2 1 1 3 3 2 ...
Eksik gözlemlerin gözden geçirilmesi

eksikveri=colSums(is.na(pizza))
deger=as.tibble(eksikveri)
data.frame(Degisken=colnames(pizza), Sayi=deger$value, "Orani"=round((deger$value/sum(deger$value))*100,2)) %>% pander(caption="Eksik Gözlemlerin Sayısı")
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra değişkenlere göre elde edilen eksik gözlemler aşağıdaki tabloda verilmiştir.

-------------------------------
    Degisken      Sayi   Orani 
---------------- ------ -------
     index         0       0   

      date         32    7.57  

      week         32    7.57  

    weekday        32    7.57  

      area         10    2.36  

     count         12    2.84  

     rabate        12    2.84  

     price         12    2.84  

    operator       8     1.89  

     driver        5     1.18  

  delivery_min     0       0   

  temperature      39    9.22  

  wine_ordered     12    2.84  

 wine_delivered    12    2.84  

   wrongpizza      4     0.95  

    quality       201    47.52 
-------------------------------

Table: Eksik Gözlemlerin Sayısı

Veri setinden tekrarsız basit tesadüfi örnekleme tekniği ile örneklem seçimi

set.seed(61)#aynı örneklem birimlerinin alınması için
ornek<-pizza %>% sample_frac(0.7) # örneklem büyüklüğü 846 gözlemden oluşmaktadır.
sum(is.na(ornek$price)) # örneklemdeki eksik gözlem sayısı 10
fiyat=ornek$price[complete.cases(ornek$price)] #örneklemdeki eksik gözlemlerin çıkarılması
#alternatif tekrarsız basit tesadüfi örneklem seçimi 
#pizza[sample(1:nrow(pizza),NROW(pizza)*0.7, replace=FALSE),]
a) Medyan Değerler Üzerinden Bootstrap Örnekleme
Bootstrap örnekleme pizza veri setindeki pizza fiyatı üzerinden yapılmıştır. Bootstrap örnekleme de replikasyon (tekrar) sayısı 1000, her bir replikasyondaki örneklem büyüklüğümüz (sample size) ise 836’dır. Buna göre yeni durumda toplam gözlem sayımız ise 1000 x 836 =836000’dır.
Orjinal örneklem setinden % 95 ve 99 güven aralıklarında medyan değerlerinin belirlenmesi
Pizza veri setinden tekrarsız basit tesadüfi örnekleme ile çekilen 836 gözlem (846-10=836, 10 gözlem eksik olduğu için veri setinden çıkarılmıştır) üzerinden pizza piyatları (price) değişkeninden hareketle merkezi dağılım ölçülerinden biri olan medyanlar hesaplanmıştır.

ga=0.90 # % 90 güven aralığını göstermektedir.
sonuc=MedianCI(fiyat, na.rm=TRUE, conf.level =ga)
medyan=sonuc[1]
altsinir=sonuc[2]
ustsinir=sonuc[3]
k=tibble(medyan, altsinir, ustsinir, guven_araligi=ga)

#% 95 güven aralığında medyan değerlerini hesaplama
ga1=0.95 # % 95 güven aralığını göstermektedir.
sonuc1=MedianCI(fiyat, na.rm=TRUE, conf.level =ga1)
medyan=sonuc1[1]
altsinir=sonuc1[2]
ustsinir=sonuc1[3]
l=tibble(medyan, altsinir, ustsinir, guven_araligi=ga1)

#% 99 güven aralığında medyan değerlerini hesaplama
ga2=0.99 # % 90 güven aralığını göstermektedir.
sonuc2=MedianCI(fiyat, na.rm=TRUE, conf.level =ga2)
medyan=sonuc2[1]
altsinir=sonuc2[2]
ustsinir=sonuc2[3]
m=tibble(medyan, altsinir, ustsinir, guven_araligi=ga2)

baz=rep("baz",2)
lm=rbind(l,m)
# Medyan değerlerinin tek bir tabloda birleştirilmesi
baztum=cbind(model=baz, lm)
baztum %>% pander(caption="Orjinal Örneklemde % 95 ve % 99 Güven Aralığında Pizza Fiyatlarının Medyan Değerleri")
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra orjinal örneklem veri setinden elde edilen % 95 ve 99 güven aralıklarında medyan değerleri aşağıdaki tabloda verilmiştir.

------------------------------------------------------
 model   medyan   altsinir   ustsinir   guven_araligi 
------- -------- ---------- ---------- ---------------
  baz    46.79     44.97      47.97         0.95      

  baz    46.79     44.96      48.56         0.99      
------------------------------------------------------

Table: Orjinal Örneklemde % 95 ve % 99 Güven Aralığında Pizza Fiyatlarının Medyan Değerleri
% 95 ve 99 güven aralığında bootstrap örneklemeyle medyan değerlerin hesaplanması

options(scipen = 999)
set.seed(61) # aynı sonuçları alabilmeniz adına sabitlenmiştir.
bfiyat=fiyat %>% as_tibble() %>% rename(fiyat=value) %>%
generate(reps = 1000, type = "bootstrap")

#% 95 güven aralığında medyan değerlerini hesaplama

ga1=0.95 # % 95 güven aralığını göstermektedir.
sonuc1=MedianCI(bfiyat$fiyat, na.rm=TRUE, conf.level =ga1)
medyan=sonuc1[1]
altsinir=sonuc1[2]
ustsinir=sonuc1[3]
lb=tibble(medyan, altsinir, ustsinir, guven_araligi=ga1)

#% 99 güven aralığında medyan değerlerini hesaplama

ga2=0.99 # % 99 güven aralığını göstermektedir.
sonuc2=MedianCI(bfiyat$fiyat, na.rm=TRUE, conf.level =ga2)
medyan=sonuc2[1]
altsinir=sonuc2[2]
ustsinir=sonuc2[3]
mb=tibble(medyan, altsinir, ustsinir, guven_araligi=ga2)

boost=rep("boostrap ornekleme",2)
blm=rbind(lb,mb)
tumb1=cbind(model=boost, blm)
tumb1 %>% pander(caption="% 95 ve % 99 Güven Aralığında 1000 Tekrarlı (Replikasyon) Boostrap Örnekleminde Pizza Fiyatlarının Medyan Değerleri")
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen % 95 ve % 99 güven aralığında 1000 tekrarlı (replikasyon) boostrap örnekleminde pizza fiyatı medyan değerleri aşağıdaki tabloda verilmiştir.

-------------------------------------------------------------------
       model          medyan   altsinir   ustsinir   guven_araligi 
-------------------- -------- ---------- ---------- ---------------
 boostrap ornekleme   46.76     46.76      46.81         0.95      

 boostrap ornekleme   46.76     46.76      46.97         0.99      
-------------------------------------------------------------------

Table: % 95 ve % 99 Güven Aralığında 1000 Tekrarlı (Replikasyon) Boostrap Örnekleminde Pizza Fiyatlarının Medyan Değerleri
Orjinal örneklem ve bootstrap örnekleme sonuçlarının medyan üzerinden karşılaştırılması

birlesik=rbind(baztum, tumb1) %>% as_tibble() %>% mutate(aralik_genisligi=ustsinir-altsinir)

formattable(birlesik, align =rep("l",6), list(
  `model` = formatter("span", style = ~ style(color = "black",font.weight = "bold")), 
  `medyan`= color_bar("#00FF7F"),
  `altsinir`= color_bar("#00BFFF"),
  `ustsinir`= color_bar("#B0C4DE"),
  `aralik_genisligi`= color_bar("#FA8072")
))

#alternatif olarak dilerseniz aşağıdaki kodu da yazarak farklı formatta tablo alabilirsiniz.
rbind(baztum, tumb1) %>% as_tibble() %>% mutate(aralik_genisligi=ustsinir-altsinir) %>% #pander (caption="Karşılaştırmalı Medyan Sonuçları") 
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen karşılaştırmalı sonuçlar bir bütün olarak aşağıdaki tabloda verilmiştir. Elde edilen bulgulardan orjinal örneklemde medyan pizza fiyatlarının bootsrap örnekleme ile elde edilen arasındaki yüksek bir fark olmadığını göstermektedir. Şimdi aşağıdaki tablodan hareket ederek medyan değerleri üzerinden basitçe bias’i yani sapmayı ele alalım:
Orjinal örneklem ile bootstrap örneklem medyanları arasındaki sapmamız, yani bias=46,787-46764=0,023’e eşittir.
Biaste medyan değerleri üzerinden gidildiğinde çok düşük bir farklılaşma görülmektedir. Ancak farklılaşmayı biz daha çok güven aralıklarında görüyoruz. Burada tabloda aralik genişliği bize güven aralığının üst sınırı ile alt sınırının farkını vermektedir.
Bulgulardan da anlaşılacağı üzere sapmaların oldukça düşük olduğunu ortaya koymaktadır. Bu durum bize bootsrap örneklemenin oldukça yüksek bir doğrulukla orjinal örneklemdeki medyan değerlerini tahmin ettiğini göstermektedir.
b) Ortalama Değerler Üzerinden Bootstrap Örnekleme
Bootstrap örnekleme pizza veri setindeki pizza fiyatı üzerinden yapılmıştır. Bootstrap örnekleme de replikasyon (tekrar) sayısı 1000, her bir replikasyondaki örneklem büyüklüğümüz (sample size) ise 836’dır. Buna göre yeni durumda toplam gözlem sayımız ise 1000 x 836 =836000’dır.
Orjinal örneklem setinden % 95 ve 99 güven aralıklarında ortalama değerlerinin belirlenmesi
Pizza veri setinden tekrarsız basit tesadüfi örnekleme ile çekilen 836 gözlem (846-10=836, 10 gözlem eksik olduğu için veri setinden çıkarılmıştır) üzerinden pizza fiyatları (price) değişkeninden hareketle merkezi dağılım ölçülerinden biri olan ortalamalar hesaplanmıştır.

#% 95 güven aralığında medyan değerlerini hesaplama
ga1=0.95 # % 95 güven aralığını göstermektedir.
sonuc1=MeanCI(fiyat, na.rm=TRUE, conf.level =ga1)
ortalama=sonuc1[1]
altsinir=sonuc1[2]
ustsinir=sonuc1[3]
l=tibble(ortalama, altsinir, ustsinir, guven_araligi=ga1)

#% 99 güven aralığında medyan değerlerini hesaplama
ga2=0.99 # % 99 güven aralığını göstermektedir.
sonuc2=MeanCI(fiyat, na.rm=TRUE, conf.level =ga2)
ortalama=sonuc2[1]
altsinir=sonuc2[2]
ustsinir=sonuc2[3]
m=tibble(ortalama, altsinir, ustsinir, guven_araligi=ga2)

baz=rep("baz",2)
lm=rbind(l,m)
baztum=cbind(model=baz, lm)
baztum %>% pander(caption="Orjinal Örneklemde % 95 ve % 99 Güven Aralığında Pizza Fiyatlarının Ortalama Değerleri")
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra orjinal örneklem veri setinden elde edilen % 95 ve 99 güven aralıklarında ortalama değerleri aşağıdaki tabloda verilmiştir.

--------------------------------------------------------
 model   ortalama   altsinir   ustsinir   guven_araligi 
------- ---------- ---------- ---------- ---------------
  baz      49.2      47.67      50.73         0.95      

  baz      49.2      47.19      51.22         0.99      
--------------------------------------------------------

Table: Orjinal Örneklemde % 95 ve % 99 Güven Aralığında Pizza Fiyatlarının Ortalama Değerleri
% 95 ve 99 güven aralığında bootstrap örneklemeyle ortalama değerlerin hesaplanması

options(scipen = 999)
set.seed(61) # aynı sonuçları alabilmeniz adına sabitlenmiştir.
bfiyat=fiyat %>% as_tibble() %>% rename(fiyat=value) %>%
generate(reps = 1000, type = "bootstrap")

#% 95 güven aralığında medyan değerlerini hesaplama
ga1=0.95 # % 95 güven aralığını göstermektedir.
sonuc1=MeanCI(bfiyat$fiyat, na.rm=TRUE, conf.level =ga1)
ortalama=sonuc1[1]
altsinir=sonuc1[2]
ustsinir=sonuc1[3]
lb=tibble(ortalama, altsinir, ustsinir, guven_araligi=ga1)

#% 99 güven aralığında medyan değerlerini hesaplama
ga2=0.99 # % 99 güven aralığını göstermektedir.
sonuc2=MeanCI(bfiyat$fiyat, na.rm=TRUE, conf.level =ga2)
ortalama=sonuc2[1]
altsinir=sonuc2[2]
ustsinir=sonuc2[3]
mb=tibble(ortalama, altsinir, ustsinir, guven_araligi=ga2)

boost=rep("boostrap ornekleme",2)
blm=rbind(lb,mb)
tumb1=cbind(model=boost, blm)
tumb1 %>% pander(caption="% 95 ve % 99 Güven Aralığında 1000 Tekrarlı (Replikasyon) Boostrap Örnekleminde Pizza Fiyatlarının Ortalama Değerleri")

Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen % 95 ve % 99 güven aralığında 1000 tekrarlı (replikasyon) boostrap örnekleminde pizza fiyatı ortalama değerleri aşağıdaki tabloda verilmiştir.

---------------------------------------------------------------------
       model          ortalama   altsinir   ustsinir   guven_araligi 
-------------------- ---------- ---------- ---------- ---------------
 boostrap ornekleme    49.18      49.14      49.23         0.95      

 boostrap ornekleme    49.18      49.12      49.25         0.99      
---------------------------------------------------------------------

Table: % 95 ve % 99 Güven Aralığında 1000 Tekrarlı (Replikasyon) Boostrap Örnekleminde Pizza Fiyatlarının Ortalama Değerleri
Orjinal örneklem ve bootstrap örnekleme sonuçlarının ortalama üzerinden karşılaştırılması

birlesik=rbind(baztum, tumb1) %>% as_tibble() %>% mutate(aralik_genisligi=ustsinir-altsinir)

formattable(birlesik, align =rep("l",6), list(
  `model` = formatter("span", style = ~ style(color = "black",font.weight = "bold")), 
  `ortalama`= color_bar("#00FF7F"),
  `altsinir`= color_bar("#00BFFF"),
  `ustsinir`= color_bar("#B0C4DE"),
  `aralik_genisligi`= color_bar("#FA8072")
))

#alternatif olarak dilerseniz aşağıdaki kodu da yazarak farklı formatta tablo alabilirsiniz.
rbind(baztum, tumb1) %>% as_tibble() %>% mutate(aralik_genisligi=ustsinir-altsinir) %>% #pander (caption="Karşılaştırmalı Ortalama Sonuçları") 
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen karşılaştırmalı sonuçlar bir bütün olarak aşağıdaki tabloda verilmiştir. Elde edilen bulgulardan orjinal örneklemde ortalama pizza fiyatlarının bootsrap örnekleme ile elde edilen arasındaki yüksek bir fark olmadığını göstermektedir. Şimdi aşağıdaki tablodan hareket ederek ortalamalar üzerinden basitçe bias’i yani sapmayı ele alalım:
Orjinal örneklem ile bootstrap örneklem ortalamaları arasındaki sapmamız, yani bias=49,20037-49,18349=0,01688’e eşittir.
Biaste ortalama değerleri üzerinden gidildiğinde çok düşük farklılaşma görülmektedir. Ancak farklılaşmayı biz daha çok güven aralıklarında görüyoruz. Burada tabloda aralik genişliği bize güven aralığının üst sınırı ile alt sınırının farkını vermektedir.
c) Tekrar (Replikasyon) Sayısına Göre Ortalama Değerler Üzerinden Bootstrap Örneklemelerin Karşılaştırılması
Burada replikasyon veya iterasyon sayısına göre ortalamalar üzerinden bootstrap örneklemeler karşılaştırılmıştır. Daha önce 1000 replikasyona göre ortalamalar karşılaştırılmıştı. Burada ise 10000 replikasyona ulaşıldığında sonuçların nasıl değiştiğini görelim.
Orjinal örneklem ve bootstrap örnekleme sonuçlarının farklı replikasyonlara göre ortalama üzerinden karşılaştırılması

# Bootstrap örnekleme fonksiyonunun oluşturulması
set.seed(61)# aynı sonuçları alabilmeniz adına sabitlenmiştir.
replikasyon <-10000 #bootstrap örneklemlerin sayısı (replikasyon sayısı)
bort <-rep(NA, replikasyon)
set.seed(10)
for(i in 1:replikasyon ){
bort [i]<-mean(sample(fiyat, replace = T)) 
}
bort 

bg=quantile(bort, c(0.025, 0.975)) # % 95 güven aralığı (CI)
bg1=quantile(bort, c(0.01, 0.99))  # % 99 güven aralığı (CI)
m=mean(bort) #ortalama
modeli="bootstrap ornekleme"
t=cbind(model=modeli, ortalama=m, altsinir=bg[1], ustsinir=bg[2])%>% as_tibble()%>% mutate(guven_araligi=0.95, replikasyon=10000)
b=cbind(model=modeli,ortalama=m, altsinir=bg1[1], ustsinir=bg1[2])%>% as_tibble()%>% mutate(guven_araligi=0.99, replikasyon=10000)
yeni=rbind(t,b)%>% mutate_at(vars(ortalama, altsinir, ustsinir), as.numeric) %>% mutate_if(is.numeric, round, 3)

birlesik=rbind(baztum, tumb1) %>% as_tibble() %>% mutate(replikasyon=1000)

modelyeni=rbind(birlesik, yeni)

bmodelyeni=rbind(cbind(birlesik[1:2,1:5],replikasyon=rep(0,2)),modelyeni[3:6,])%>% mutate_if(is.numeric, round, 3)

formattable(bmodelyeni, align =rep("l",6), list(
  `model` = formatter("span", style = ~ style(color = "black",font.weight = "bold")), 
  `ortalama`= color_bar("#00FF7F"),
  `altsinir`= color_bar("#00BFFF"),
  `ustsinir`= color_bar("#B0C4DE")
))

Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen karşılaştırmalı sonuçlar bir bütün olarak aşağıdaki tabloda verilmiştir. Elde edilen bulgulardan orjinal örneklemde ortalama pizza fiyatlarının bootsrap örnekleme ile elde edilen arasındaki yüksek bir fark olmadığını göstermektedir. Şimdi aşağıdaki tablodan hareket ederek ortalamalar üzerinden basitçe bias’i yani sapmayı ele alalım:
1000 replikasyonda orjinal örneklem ile bootstrap örneklem ortalamaları arasındaki sapmamız, yani bias=49,20037-49,18349=0,01688’e eşittir. 10000 replikasyonda ise orjinal örneklem ile bootstrap örneklem ortalamaları arasındaki sapmamız, yani bias=49,20037-49,220=-0,02’ye eşittir.
Biaste ortalama değerleri üzerinden gidildiğinde çok düşük farklılaşma olduğu görülmektedir.
Farklı replikasyonlara göre bootstrap örneklem ortalamaların dağılım yapısının incelenmesi

set.seed(61)# aynı sonuçları alabilmeniz adına sabitlenmiştir.

#Replikasyon sayısı 1000 olan bootstrap örneklemlerin çekilmesi
c1=fiyat %>% as_tibble()%>% specify(response = value) %>%
    generate(reps = 1000, type = "bootstrap") %>% group_by(replicate) %>% summarise(ort=mean(value), ssapma=sd(value))#calculate(stat= "mean") %>% rename(ort=stat)

                                                          
b1=c1 %>% ggplot(mapping = aes(x = ort)) +
  geom_histogram(fill='red', color="grey")+
  theme(axis.text.x = element_text(face="bold", color="black", 
                           size=10),
          axis.text.y = element_text(face="bold", color="black", 
                           size=10),
         plot.caption = element_text(hjust = 0.5, face = "bold.italic"))+
  xlab("Ortalamalar") + ylab("Frekans")+ ggtitle(paste("Bootstrap Örneklem Ortalamalarının Dağılımı (n1=836, replikasyon=1000",",", "sd=", round(sd(c1$ort),3),")")) +
  theme(
  plot.title = element_text(color="black", size=12, face="bold", hjust = 0.5),
  axis.title.x = element_text(color="black", size=11, face="bold"),
  axis.title.y = element_text(color="black", size=11, face="bold"))

#Replikasyon sayısı 5000 olan bootstrap örneklemlerin çekilmesi
c2=fiyat %>% as_tibble()%>% specify(response = value) %>%
    generate(reps = 5000, type = "bootstrap")%>% group_by(replicate) %>% summarise(ort=mean(value), ssapma=sd(value))


b2=c2 %>% ggplot(mapping = aes(x = ort)) +
  geom_histogram(fill='green', color="grey")+
  theme(axis.text.x = element_text(face="bold", color="black", 
                           size=10),
          axis.text.y = element_text(face="bold", color="black", 
                           size=10),
         plot.caption = element_text(hjust = 0.5, face = "bold.italic"))+
  xlab("Ortalamalar") + ylab("Frekans")+ ggtitle(paste("Bootstrap Örneklem Ortalamalarının Dağılımı (n1=836, replikasyon=5000",",", "sd=", round(sd(c2$ort),3),")"))+
  theme(
  plot.title = element_text(color="black", size=12, face="bold", hjust = 0.5),
  axis.title.x = element_text(color="black", size=11, face="bold"),
  axis.title.y = element_text(color="black", size=11, face="bold"))


#Replikasyon sayısı 5000 olan bootstrap örneklemlerin çekilmesi
c3=fiyat %>% as_tibble()%>% specify(response = value) %>%
    generate(reps = 1000, type = "bootstrap")%>% group_by(replicate) %>% summarise(ort=mean(value), ssapma=sd(value))


b3=c3 %>% ggplot(mapping = aes(x = ort)) +
  geom_histogram(fill='brown', color="grey")+
  theme(axis.text.x = element_text(face="bold", color="black", 
                           size=10),
          axis.text.y = element_text(face="bold", color="black", 
                           size=10),
         plot.caption = element_text(hjust = 0.5, face = "bold.italic"))+
  xlab("Ortalamalar") + ylab("Frekans")+ ggtitle(paste("Bootstrap Örneklem Ortalamalarının Dağılımı (n1=836, replikasyon=10000",",", "sd=", round(sd(c3$ort),3),")"))+
  theme(
  plot.title = element_text(color="black", size=12, face="bold", hjust = 0.5),
  axis.title.x = element_text(color="black", size=11, face="bold"),
  axis.title.y = element_text(color="black", size=11, face="bold"))

#grafiklerin bir arada verilmesi
ggarrange(b1,b2,b3, ncol = 1)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra fiyat (price) değişkenine göre replikasyon sayısı 1000, 5000 ve 10000 olan bootstrap örneklemlerinin ortalamalarının grafiği aşağıdaki şekilde verilmiştir. Bootstrap örneklem ortalamalarının dağılımına bakıldığında birbirlerine göre aşırı bir farklılık ortaya koymadığı görülmektedir. Zira biz bunu grafiklerdeki standart sapma (sd) değerlerinin birbirlerine benzerliğinden de anlıyoruz. Şekilde örneklem ortalamalarının dağılımlarının üçü de merkezi limit teoremi (central limit theorem) ve büyük sayı yasası (law of large numbers) gereğince normal dağılıma evrildiği görülmektedir. Ancak burada standart normal dağılımdan bahsedemeyiz. Standart normal dağılım, ortalaması 0, standart sapması ise 1 olan dağılımı ifade etmektedir.
Bulgular sapmaların oldukça düşük olduğunu ortaya koymaktadır. Bu durum bize bootstrap örneklemenin oldukça yüksek bir doğrulukla orjinal örneklemdeki ortalamaları tahmin ettiğini ve bu sapmaların replikasyonlara göre farklılaştığını göstermektedir.
Özetle yapılan bu uygulamalı çalışma ile özellikle veri bilimi (data science) ile ilgilenen akademi ve saha çalışanlarına bir katkı sunulması amaçlanmıştır.
Burada örnek uygulamalar üzerinden bootstrap örneklemeye giriş yapılmıştır. Zamanım olursa bootstrap örnekleme yöntemi ile analiz yöntemlerinin performansı ve duyarlılığı başta olmak üzere diğer çalışmalar üzerinde de çalışmalar yapılacaktır.
Faydalı olması ve farkındalık oluşturması dileğiyle.
Bilimle ve teknolojiyle kalınız.
Saygılarımla…
Note: It can not be cited or copied without referencing.
Not: Kaynak gösterilmeden alıntı yapılamaz veya kopyalanamaz.
Yararlanılan Kaynaklar
Microsoft Office Excel 2016. Microsoft
The R Project for Statistical Computing. http://www.r-project.org/
https://web.stanford.edu/class/archive/cs/cs109/cs109.1176/lectures/18-Samples.pdf
https://web.stanford.edu/class/archive/cs/cs109/cs109.1178/lectureHandouts/170-samples.pdf
http://web.stanford.edu/~rjohari/teaching/notes/226_lecture13_inference.pdf
Fook-Chong, Stephanie & Choo, Robin. (2011). Introduction to Bootstrap. Proceedings of Singapore Healthcare. 20. 236-240. 10.1177/201010581102000314.
https://www.stat.cmu.edu/~ryantibs/advmethods/notes/bootstrap.pdf
https://www.stat.cmu.edu/~cshalizi/uADA/12/lectures/ch05.pdf
Efron, B. (1979). Bootstrap Methods: Another Look at the Jackknife. The Annals of Statistics, 7(1), 1-26. Retrieved from http://www.jstor.org/stable/2958830.
Efron, B. (1987). Better Bootstrap Confidence Intervals. Journal of the American Statistical Association, 82(397), 171-185. doi:10.2307/2289144
LaFontaine, Denise (2021) “The History of Bootstrapping: Tracing the Development of Resampling with Replacement,” The Mathematics Enthusiast: Vol. 18 : No. 1 , Article 8. Available at: https://scholarworks.umt.edu/tme/vol18/iss1/8
https://cran.r-project.org/web/packages/infer/vignettes/observed_stat_examples.html
https://www2.stat.duke.edu/courses/Fall19/sta199.001/slides/lec-slides/09b-bootstrap-pt2.pdf
https://tevfikbulut.com/2020/05/09/guven-araligi-hesaplama-confidence-interval-ci-calculation/
https://tevfikbulut.com/2020/05/17/tekrarsiz-basit-tesadufi-ornekleme-yontemi-kullanilarak-z-tablosu-uzerinden-guven-araliginin-hesaplanmasina-yonelik-bir-simulasyon-calismasi-a-simulation-study-for-the-calculation-of-confidence-inter/
https://scholarworks.umt.edu/cgi/viewcontent.cgi?article=1515&context=tme
https://tevfikbulut.com/2020/05/20/r-programlama-diliyle-sistematik-ornekleme-uzerine-bir-vaka-calismasi-a-case-study-on-systematic-sampling-with-r-programming-language/
https://www.statology.org/bootstrapping-in-r/
https://tevfikbulut.com/2020/05/18/tekrarsiz-basit-tesadufi-ornekleme-yontemi-kullanilarak-t-dagilim-tablosu-uzerinden-guven-araliginin-hesaplanmasina-yonelik-bir-simulasyon-calismasi-a-simulation-study-for-the-calculation-of-confiden/
Bunu paylaş:
Facebook
Twitter
Reddit
Telegram
E-posta
Yazdır
Daha fazla
LinkedIn
Tumblr
Pinterest
Pocket
WhatsApp
Skype
Bunu beğen:
Beğen Yükleniyor...
Tevfik BULUT	Genel	Yorum bırakın 23 Ocak 2021 31 Ocak 2021 21 Minutes	
R’da Poisson ve Negatif Binom Regresyon Yöntemleri Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on Poisson and Negative Binomial Regression Methods in R
Giriş
Regresyon analizi yöntemlerinden biri olan poisson regresyon analiz yöntemi, bağımlı değişkenin ya da cevap değişkeninin
nicel kesikli ve pozitif (sayma sayıları) olduğu bağımlı değişkenler (dependent variables) ile bağımsız değişken veya değişkenler (independent variables) arasındaki ilişkiyi ortaya koyan regresyon analiz yöntemidir.
Genel olarak bağımlı değişkenin veri tipi yapılacak analiz yöntemlerinde belirleyici rol oynamaktadır. Dolayısıyla veri tiplerinin anlaşılması burada önemlidir. Veri tipleri kendi içerisinde Şekil 1’de görüleceği üzere 4 farklı alt sınıfta ele alınabilir.
Şekil 1: Veri Tipleri
Nitel Veri (Qualitative Data)
Şekil 1’de verilen sunulan nitel veri tipi ölçülemeyen ve kategori belirten veri tipi olup, kendi içerisinde temel olarak ikiye ayrılmaktadır. Bu veri tipine alt sınıflandırmalar dikkate alınarak sırasıyla örnek vererek ele alalım.
Nominal veri: İki veya daha fazla cevap kategorisi olan ve sıra düzen içermeyen veri tipi olup, bu veri tipine medeni durum (evli, bekar) ve sosyal güvenlik türü (Bağkur, SSK, Yeşil Kart, Özel Sigorta) örnek gösterilebilir.
Ordinal veri: İki veya daha fazla kategorisi olan ancak sıra düzen belirten veri türüdür. Bu veri tipine örnek olarak eğitim düzeyleri (İlkokul, ortaokul, lise, üniversite ve yüksek lisans), yarışma dereceleri (1. , 2. ve 3.) ve illerin gelişmişlik düzeyleri (1. Bölge, 2. Bölge, 3. Bölge, 4. Bölge, 5. Bölge ve 6. Bölge) verilebilir.
Veri tiplerinden bahsedildikten sonra bu veri tiplerinin cevap değişkeni (bağımlı değişken) olduğu durumlarda seçilecek regresyon analiz yöntemini ele alalım. Temel olarak cevap değişkeni ölçülebilir numerik değişken ise regresyon, değilse sınıflandırma analizi yapıyoruz. Eğer cevap değişkeni nitel ise aslında sınıflandırma problemini çözmek için analizi kullanıyoruz. Cevap değişkeni, diğer bir deyişle bağımlı değişken numerik ise bağımsız değişken veya değişkenlerin çıktı (output) / bağımlı değişken (dependent variable) / hedef değişken (target variable) veya değişkenlerin üzerindeki etkisi tahmin etmeye çalışıyoruz. Buradaki temel felsefeyi anlamak son derece önemlidir. Çünkü bu durum sizin belirleyeceğiniz analiz yöntemi de değiştirecektir. Bağımlı (dependent) değişkenin tipine göre kullanılan regresyon analiz yöntemleri Şekil 2’de genel hatlarıyla verilmiştir.
Şekil 2: Cevap Değişkeninin Veri Tipine Göre Regresyon Analiz Yöntemleri
Modeller oluşturulurken temel amaç, bias ve varyans dengesinin kurulmasıdır. Bu uyumu sağlarsak iyi model uyumu (good-fit) elde etmiş oluruz. Makine öğrenme ve derin öğrenme problemlerinin çözümünde modelleme hatalarına bağlı olarak varyans ve bias değişiklik göstermektedir. Bu iki durum şöyle ele alınabilir:
Eksik model uyumu (under-fitting): Kurulan modelde elde edilen tahmin değerleri gözlem verisine yeterince uyum göstermediğinde ortaya çıkar. Bu durumda varyans düşükken bias yüksektir. Buradan şunu anlamak gerekir: gözlem verisi ile tahmin edilen veri arasındaki fark büyükse, diğer bir deyişle kurulan modelle bağımlı değişken iyi tahmin edilemiyorsa bu durumda under-fitting oluşur. Under-fitting sonraki kısımlarında anlatılan sınıflandırma ve regresyon hata metrikleri ile kolaylıkla ortaya konulabilir.
Aşrı model uyumu (over-fitting): Kurulan modelde eğitilen veri seti (training data set)’yle gözlem verisine aşırı uyum gösterdiğinde ortaya çıkar. Bu durumda varyans yüksekken bias düşüktür.
Bahsedilen bu iki durumu kafamızda daha da canlı tutmak için bias ve varyans ilişkisi Şekil 2’de verilmiştir. Şekil’de biz modeli kurgularken olması gereken durumu gösteren Düşük Varyans-Düşük Bias uyumunu, diğer bir ifadeyle yüksek kesinlik (precision)-yüksek doğruluk (accuracy) hedefliyoruz. Diğer bir deyişle kurguladığımız model (Şekil 2 1 nolu model) ile gözlem değerlerini olabildiğince en yüksek doğruluk oranı ile tahmin ederken aynı zamanda varyansı düşük (yüksek kesinlik (precision)) tutmayı hedefliyoruz. Buna başardığımızda aslında iyi model uyumunu (good-fit) sağlamış ve iyi bir model kurmuş oluyoruz. Eksik model uyumu (under-fitting)’nda ise Şekil 2’de 3 nolu modelde görüleceği üzere elde edilen tahmin değerleri gözlem değerleri (kırmızı alan)’nden uzaklaşmakla birlikte hala tahmin değerleri ile gözlem değerleri arasında farklar, diğer bir deyişle varyans düşüktür. Aşırı model uyumu (over-fitting)’da ise Şekil 2’de 2 nolu modelde görüleceği üzere varyans yüksek iken bias düşüktür. 2 nolu modelde doğru değerler (gözlem değerleri)’i kurulan modelde yüksek doğrulukla (düşük bias=yüksek doğruluk (accuracy) tahmin edilse de gözlem değerleri ile tahmin değerleri arasındaki varyans yüksektir.
Şekil 2: Bias-Varyans İlişkisi
Veri Tipleri
Yükseltme algoritmaları ile sınıflandırma problemi çözüyorsak bağımlı değişkenin ya da cevap değişkeninin veri tipi nitel ve kategoriktir. Ancak, bu yöntem ile regresyon problemini çözüyorsak bağımlı değişkenin ya da cevap değişkeninin veri tipi niceldir. Veri tipleri kendi içerisinde 4 farklı alt sınıfta ele alınabilir. Bu veri tipleri alt sınıflarıyla birlikte Şekil 3’te verilmiştir.
Şekil 3: Veri Tipleri
Nicel Veri (Quantitative Data)
Şekil 3’te sunulan nicel veri tipi ölçülebilen veri tipi olup, kendi içerisinde temel olarak ikiye ayrılmaktadır. Bu veri tipine alt sınıflandırmalar dikkate alınarak sırasıyla örnek verelim.
Sürekli veri (Continous data): Tam sayı ile ifade edilmeyen veri tipi olup, zaman, sıcaklık, beden kitle endeksi, boy ve ağırlık ölçümleri bu veri tipine örnek verilebilir.
Kesikli veri (Discrete Data): Tam sayı ile ifade edilebilen veri tipi olup, bu veri tipine proje sayısı, popülasyon sayısı, öğrenci sayısı örnek verilebilir.
Nitel Veri (Qualitative Data)
Şekil 3’te verilen nitel veri tipi ölçülemeyen ve kategori belirten veri tipi olup, kendi içerisinde temel olarak ikiye ayrılmaktadır. Bu veri tipine alt sınıflandırmalar şöyledir:
Nominal veri: İki veya daha fazla cevap kategorisi olan ve sıra düzen içermeyen veri tipi olup, bu veri tipine medeni durum (evli, bekar) ve sosyal güvenlik türü (Bağkur, SSK, Yeşil Kart, Özel Sigorta) örnek gösterilebilir.
Ordinal veri: İki veya daha fazla kategorisi olan ancak sıra düzen belirten veri türüdür. Bu veri tipine örnek olarak eğitim düzeyleri (İlkokul, ortaokul, lise, üniversite ve yüksek lisans), yarışma dereceleri (1. , 2. ve 3.) ve illerin gelişmişlik düzeyleri (1. Bölge, 2. Bölge, 3. Bölge, 4. Bölge, 5. Bölge ve 6. Bölge) verilebilir.
Veri tiplerinden bahsedildikten sonra bu veri tiplerinin cevap değişkeni (bağımlı değişken) olduğu durumlarda seçilecek analiz yöntemini ele alalım. Temel olarak cevap değişkeni ölçülebilir numerik değişken ise regresyon, değilse sınıflandırma analizi yapıyoruz. Cevap değişkeni, diğer bir deyişle bağımlı değişken numerik ise bağımsız değişken veya değişkenlerin çıktı (output) / bağımlı değişken (dependent variable) / hedef değişken (target variable) veya değişkenlerin üzerindeki etkisini tahmin etmeye çalışıyoruz. Buradaki temel felsefeyi anlamak son derece önemlidir. Çünkü bu durum sizin belirleyeceğiniz analiz yöntemini de değiştirecektir.
Kullanılan analiz yöntemi ile kurulan modelde ya sınıflandırma problemini ya da regresyon problemini çözdüğümüzü ifade etmiştik. Ancak kurulan modellerde çözülen problemin sınıflandırma ya da regresyon oluşuna göre performans değerlendirmesi farklılaşmaktadır. Sınıflandırma problemlerinde kullanılan hata metrikleri ile regresyon hata metrikleri aynı değildir. Bu bağlamda ilk olarak sınıflandırma problemlerinin çözümünde kullanılan hata metriklerini ele alalım.
Sınıflandırma Problemlerinde Hata Metrikleri
Karışıklık matrisi (confusion matrix) olarak olarak adlandırılan bu matris sınıflandırma problemlerinin çözümünde hata metriklerini ortaya koyarak kurulan modelin veya modellerin hata oranını değerlendirmektedir. Hata matrisinin makine ve derin öğrenme metotlarının değerlendirilmesinde sıklıkla kullanıldığı görülmektedir. Tablo 1’de hata metriklerinin hesaplanmasına esas teşkil eden karışıklık matrisi (confisioun matrix) verilmiştir. Bu tabloyla sınıflandırma hataları hesaplanabilmektedir. Tabloda yer verilen Tip 1 hata (Type 1 error) istatistikte alfa hatasını göstermektedir. Tip 1 hata H0 hipotezi (null hpypothesis) doğru olduğu halde reddedilmesidir. Tabloda Tip 2 hata (Type II error) olarak adlandırılan hata ise istatistikte Beta hatası olarak da bilinmektedir. Tip 2 hata ise H0 hipotezi (null hpypothesis) yanlış olduğu halde kabul edilmesidir.
Tablo 1: Karışıklık Matrisi (Confusion Matrix)
Kaynak: Stanford Üniversitesi
Tablo 1’de TP: Doğru Pozitifleri, FN: Yanlış Negatifleri, FP: Yanlış Pozitifleri ve TN: Doğru Negatifleri göstermektedir.
Şekil 3’te de yer verildiği üzere literatürde sınıflandırma modellerinin performansını değerlendirmede aşağıdaki hata metriklerinden yaygın bir şekilde yararlanıldığı görülmektedir. Sınıflandırma problemlerinin çözümüne yönelik Yükselme (Boosting: AdaBoost) algoritması kullanarak R’da yapmış olduğum çalışmanın linkini ilgilenenler için aşağıda veriyorum.
Topluluk Öğrenme Algoritmalarından Yükseltme Algoritması İle Gögüs Kanserinin Tahmini Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on the Prediction of Breast Cancer Using Boosting Algorithm from Ensemble Learning Algorithms
Doğruluk (Accuracy): TP+TN / TP+TN+FP+FN eşitliği ile hesaplanır. Modelin genel performansını ortaya koyar. Bu sınıflandırma metriği ile aslında biz informal bir şekilde dile getirirsek doğru tahminlerin toplam tahminler içindeki oranını hesaplamış oluyoruz.
Kesinlik (Precision): TP / TP+FP eşitliği ile hesaplanır. Doğru tahminlerin ne kadar kesin olduğunu gösterir.
Geri çağırma (Recall): TP / TP+FN eşitliği ile hesaplanır. Gerçek pozitif örneklerin oranını verir.
Özgünlük (Specificity): TN / TN+FP eşitliği ile hesaplanır. Gerçek negatif örneklerin oranını gösterir.
F1 skoru : 2TP / 2TP+FP+FN eşitliği ile hesaplanır. Dengesiz sınıflar için yararlı hibrit bir metrik olup, kesinlik (precision) ve geri çağırma (recall) skorlarının ağırlıklı ortalamasını ifade etmektedir.
ROC (Receiver operating characteristic): Yukarıda karışıklık matrisinde belirtilen parametrelerden yararlanılarak hesaplanır. ROC eğrisi olarak da adlandırılmaktadır. ROC eğrileri, herhangi bir tahmin modelinin doğru pozitifler (TP) ve negatifler (TN) arasında nasıl ayrım yapabileceğini görmenin güzel bir yoludur. Sınıflandırma modellerin perfomansını eşik değerler üzerinden hesaplar. ROC iki parametre üzerinden hesaplanır. Doğru Pozitiflerin Oranı (TPR) ve Yanlış Pozitiflerin Oranı (FPR) bu iki parametreyi ifade eder. Burada aslında biz TPR ile Geri Çağırma (Recall), FPR ile ise 1-Özgünlük (Specificity)‘ü belirtiyoruz.
Cohen Kappa: Kategorik cevap seçenekleri arasındaki tutarlılığı ve uyumu gösterir. Cohen, Kappa sonucunun şu şekilde yorumlanmasını önermiştir: ≤ 0 değeri uyumun olmadığını, 0,01–0,20 çok az uyumu, 0,21-0,40 az uyumu, 0,41-0,60 orta, 0,61-0,80 iyi uyumu ve 0,81–1,00 çok iyi uyumu göstermektedir. 1 değeri ise mükemmel uyum anlamına gelmektedir.
Sınıflandırma hata metriklerini anlattıktan sonra daha kalıcı olması ve öğrenilmesi adına hazırladığım excel üzerinde bahsedilen bu metriklerin nasıl hesaplandığı gösterilmiştir. Excel dosyasını aşağıdaki linkten indirebilirsiniz.
Sınıflandırma Metrikleri
Regresyon Problemlerinde Hata Metrikleri
Regresyon modellerinin performansını değerlendirmede literatürde aşağıdaki hata metriklerinden yaygın bir şekilde yararlanılmaktadır. Regresyon metrikleri eşitliklerinin verilmesi yerine sade bir anlatımla neyi ifade ettiği anlatılacaktır. Böylece formüllere boğulmamış olacaksınız.
SSE (Sum of Square Error): Tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların kareleri toplamını ifade eder.
MSE (Mean Square Error): Ortalama kare hatası olarak adlandırılan bu hata tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların karelerinin ortalamasını ifade eder.
RMSE (Root Mean Square Error): Kök ortalama kare hatası olarak adlandırılan bu hata ortalama kare hatasının karekökünü ifade etmektedir.
MAE (Mean Absolute Error): Ortalama mutlak hata olarak adlandırılan bu hata türü ise tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların mutlak değerlerinin ortalamasını ifade etmektedir.
MAPE (Mean Absolute Percentage Error): Ortalama mutlak yüzdesel hata olarak adlandırılan bu hata türünde ilk olarak tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların mutlak değerleri hesaplanır. Daha sonra hesaplanan farkları mutlak değerleri mutlak değerleri alınan gözlem değerlerine bölünür. En son durumda ise elde edilen bu değerlerin ortalaması alınır.
Bias: Tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların ortalamasıdır. Bu yönüyle ortalama mutlak hata (MAE)’ya benzemektedir.
Regresyon hata metriklerini anlattıktan sonra daha kalıcı olması ve öğrenilmesi adına hazırladığım excel üzerinde bahsedilen bu metriklerin nasıl hesaplandığı gösterilmiştir. Excel dosyasını aşağıdaki linkten indirebilirsiniz.
Regresyon Metrikleri İndir
Çalışma kapsamında R programlama dili içerisinde bulunan “warpbreaks” veri setinde bağımlı değişken olan breaks (mola sayısı) tahmin edilmiştir. Veri seti kullanılarak poisson ve negatif binom regresyon yöntemleriyle regresyon problemi çözülecektir.
Metodoloji ve Uygulama Sonuçları
Poisson Regresyon Yöntemi
Poisson regresyon, lojistik regresyonlar modellerinin genelleştirilmiş şeklidir. Fakat lojistik regresyonda bağımlı değişkenler kategorilerden oluşan belirli cevap seçenekleri ile sınırlıdır.
Regresyon modellerinden poisson ve negatif binom regresyon modelleri regresyon modellerinin özel bir türü olup, bağımlı değişkenin nicel pozitif ve aynı zamanda kesikli olduğu durumlarda kullanılır. Yapılan Covid-19 testlerinin sayısı, vaka sayısı, ölüm sayısı gibi değişken istatistikleri bu modellerde kullanılabilecek değişkenlere örnek verilebilir. Bu modellerde amaç nicel kesikli ve pozitif bağımlı değişkenin bağımsız değişkenlerle tahmin edilmesidir.
Poisson regresyon analizi, bağımlı değişkenin Poisson dağılımı gösterdiğinden hareket etmektedir. Poisson dağılımı Fransız matematikçi Siméon Denis Poisson tarafından geliştirilmiştir. Poisson dağılımı, bir olayın belirli bir zaman veya mekan aralığında kaç kez meydana geldiğini modellemek için kullanılmaktadır.
Poisson dağılımı sağa çarpık (right skew) bir görünüm sergilemekte olup, olasılık dağılım fonksiyonu aşağıdaki eşitlikte verilmiştir. Bu dağılım sürekli dağılımlardan biri olan normal dağılımın aksine kesikli dağılım türlerinden biridir.
Eşitlikte e= Euler’in sabitini ifade etmektedir. Bu katsayı yaklaşık 2,71828’e eşittir. Eşitlikte yer verilen lambda (λ) belirli zaman aralığında meydana gelen vakaların ortalama sayısını göstermektedir. x ise eşitlikte hedeflenen vaka sayısını belirtmektedir. x = 0, 1, 2, …, n > 0 ve 0 < p ≤ 1. Varsayımsal bir örnek vererek konuyu biraz somutlaştıralım.
Örnek: Bir organize sanayi bölgesinde gıda sektöründe üretim yapan firmanın deposunda stoklanan ürünlerin 0,04’nin bozuk olduğu bilinmektedir. Bu depodan tesadüfi seçilen 80 birimden en az 5 tanesinin bozuk olma olasılığını Poisson dağılımından yararlanarak hesaplayalım.
Burada,
p= 0,04
Lambda (λ) = 80*0,04=3,2
Yukarıda belirtilen Poisson kütle olasılık eşitliğinde verilenleri yerine koyarsak
Yapılan işlemi aşağıdaki R kod bloğunda da verelim adım adım hesaplama adımlarını görebilmek açısından.

e<-2.71828 #Euler'in sabiti
sıfır<-(e^-3.2*(3.2)^0)/factorial(0)
bir<-(e^-3.2*(3.2)^1)/factorial(1)
iki<-(e^-3.2*(3.2)^2)/factorial(2)
uc<-(e^-3.2*(3.2)^3)/factorial(3)
dort<-(e^-3.2*(3.2)^4)/factorial(4)
poissonfonksiyon<-sum(sıfır, bir,iki,uc,dort)#f(x): Poisson olasılık dağılım fonksiyonu
round(1-poissonfonksiyon,5)
#Sonuç=0.21939
Lambda (λ) Poisson dağılımı , R’da dpois, ppois ve qpois fonksiyonları ile temsil edilir. dpois yoğunluğu, ppois dağılım fonksiyonunu, qpois çeyreklik fonksiyonu, rpois ise tesadüfi ve tekrarsız atanan sayıları gösterir. İlk olarak rpois fonksiyonunu kullanarak poisson dağılımına uygun lambda değeri 1, popülasyon büyüklüğü (N) 10000 olan gözlem üretelim. Daha sonra poisson regresyon ve dağılımı varsayımlarından biri olan gözlemlerin varyansının gözlemlerin ortalamasına eşit veya yakın olması varsayımını aşağıda yazılan R kod bloğu ile test edip histogramını çizelim.

poisorneklem<-rpois(n=10000, lambda=1)#poisson dağılımına uygun örneklem çekmek
hist(poisorneklem, xlab="", main="Poisson Dağılımı", col="red")
mean(poisorneklem);var(poisorneklem)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen Poisson dağılımına ilişkin histogram aşağıdaki grafikte verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen Poisson dağılımına ilişkin ortalama 1.0175, varyans ise 1.012895 olup, görüleceği üzere birbirine çok yakındır.
Şimdi de poisson dağılımına uygun olarak aynı popülasyon büyüklüğüne sahip ancak farklı lambda değerleriyle karşılaştırmalı olarak poisson dağılıma grafik üzerinde bakalım. Aşağıda yazılan R kod bloğu ile popülasyon büyüklüğü (N) 1000, lambda düzeyleri ise sırasıyla 1, 1,5, 2, 2,5, 3 ve 3,5 olan poisson eğrileri verilmiştir.

set.seed(61)#Sonuçları sabitlemek için
orneklem<-1000#(N=n)
nd1<-density(rpois(orneklem, lambda=1))
nd2<-density(rpois(orneklem, lambda=1.5))
nd3<-density(rpois(orneklem, lambda=2))
nd4<-density(rpois(orneklem, lambda=2.5))
nd5<-density(rpois(orneklem, lambda=3))
nd6<-density(rpois(orneklem, lambda=3.5))
par(oma = c(0.1, 0.1, 0.1, 0.1))#legendin tablodaki yerini düzenlemek için.
plot(nd1,                                  
     xlim = c(0,8),
     ylim = c(0,0.8),
     cex=0.8,
     lwd = 2,
     main = "Poisson Dağılımı")
lines(nd2, col = "orange", lwd = 2)             
lines(nd3, col = "grey", lwd = 2)             
lines(nd4, col = "brown", lwd = 2)  
lines(nd5, col = "green", lwd = 2)  
lines(nd6, col = "red", lwd = 2)  
legend("topright",                                    
       legend = c("λ= 1",
                  "λ= 1.5",
                  "λ= 2",
                  "λ= 2.5",
                  "λ= 3",
                  "λ= 3.5"),
       col = c("black", "orange", "grey", "brown","green","red" ),
       lty = 1)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen farklı lambda değerlerine sahip poisson dağılım eğrileri aşağıdaki grafikte verilmiştir. Genel olarak grafikten düşük lambda değerlerine sahip eğrilerin poisson dağılımının da bir özelliği olarak sağa çarpık (right skew) bir görünüm çizdiği görülmektedir. Ancak lambda değerleri artıkça eğriler normal dağılım eğrisine evrilmektedir.
Poisson eğrilerine daha yakından bakacak olursak eğrilerin izlediği seyri daha da iyi anlayabiliriz. Yazılan R kod bloğu ile Poisson eğrilerine ilişkin grafikler ayrı ayrı verilmiştir.

set.seed(6)
orneklem<-1000
l1<-ggdensity(rpois(orneklem, lambda=1),main="λ=1")
l2<-ggdensity(rpois(orneklem, lambda=1.5),main="λ=1.5", col="orange")
l3<-ggdensity(rpois(orneklem, lambda=2),main="λ=2", col="grey")
l4<-ggdensity(rpois(orneklem, lambda=2.5),main="λ=2.5", col="brown")
l5<-ggdensity(rpois(orneklem, lambda=3),main="λ=3", col="green")
l6<-ggdensity(rpois(orneklem, lambda=3.5),main="λ=3.5", col="red")
ggarrange(l1,l2,l3,l4,l5,l6)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen grafikler aşağıda verilmiştir.
Adı geçmişken normal dağılımdan biraz bahsedebilir. Normal dağılım sürekli olasılık dağılımlardan biri olup, eğrisi can eğrisine benzemektedir. Birazdan R’da rnorm fonksiyonu kullanılarak ilk olarak ortalaması 0, standart sapması 1 olan standart normal dağılım eğrisi çizilecektir. Daha sonra rnorm içerisinde yer alan parametreler değiştirilerek normal dağılım eğrilerindeki farklılaşmalar gösterilecektir. Aşağıdaki yazılan R kod bloğu ile ortalaması 0, standart sapması 1 olan normal dağılım eğrisi çizilmiştir.

set.seed(2)
ggdensity(rnorm(orneklem, mean=0, sd=1), main="Standart Normal Dağılım (Ortalama=0 ve Standart Sapma=1)", col="red")+
theme_pander()
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen standart normal dağılım eğrisi aşağıdaki grafikte verilmiştir. Büyük sayı yasası (Law of large numbers)’na göre popülasyondan çekilen örneklem büyüklüğü artıkça örneklem ortalamaları popülasyon ortalamasına yaklaşır. Sözgelimi yaşları bilinen yaklaşık 83 milyonluk ülke nüfusundan çekilen 10 milyonluk örneklemin ortalama değeri, çekilen 2 milyonluk örneklemin ortalama değerinden popülasyon ortalamasına daha yakındır ve bu aslında bir anlamda 10 milyonluk örneklem 2 milyonluk örnekleme göre popülasyonu daha iyi temsil ediyor demektir.
Şimdi de aşağıda yazılan R kod bloğu ile farklı ortalama (Ort) ve standart sapma (SS) değerlerine sahip normal dağılıma uygun eğriler çizerek normal dağılım dağılım eğrilerindeki farklılaşmaları görelim.

set.seed(61)
orneklem<-1000
nd1<-density(rnorm(orneklem, mean=0, sd=1))
nd2<-density(rnorm(orneklem, mean=1, sd=1))
nd3<-density(rnorm(orneklem, mean=2, sd=3))
nd4<-density(rnorm(orneklem, mean=3, sd=4))
nd5<-density(rnorm(orneklem, mean=4, sd=5))
nd6<-density(rnorm(orneklem, mean=5, sd=6))
plot(nd1,                               
     xlim = c(- 10, 10),
     main = "Normal Dağılım", lwd = 2)
lines(nd2, col = "orange", lwd = 2)             
lines(nd3, col = "grey", lwd = 2)           
lines(nd4, col = "brown", lwd = 2)  
lines(nd5, col = "green", lwd = 2)  
lines(nd6, col = "red", lwd = 2)  
legend("topleft",                                   
       legend = c("Ort = 0; SS = 1",
                  "Ort = 1; SS = 1",
                  "Ort = 2; SS = 3",
                  "Ort = 3; SS = 4",
                  "Ort = 4; SS = 5",
                  "Ort = 5; SS = 6"),
       col = c("black", "orange", "grey", "brown","green","red" ),
       lty = 2)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra farklı ortalama ve standart sapma değerlerine sahip normal dağılım eğrileri aşağıdaki grafikte verilmiştir. Şekilde siyah eğri standart normal dağılım eğrisini göstermektedir. Burada özellikle standart sapma artıkça eğrilerin normal dağılımdan uzaklaştığını görmekteyiz. Bu duruma şöyle bir yorum da getirilebilir, standart sapmanın artması varyansı ve dolayısıyla hatayı da artıracağından eğri sağa ve sola yayılım gösterir. Eğrinin altındaki alanın toplamı her durumda 1’e eşittir.
Normal dağılım eğrilerine daha yakından bakacak olursak eğrilerin izlediği seyri daha da iyi anlayabiliriz. Yazılan R kod bloğu ile normal dağılım eğrilerine ilişkin grafikler ayrı ayrı verilmiştir.

set.seed(16)
orneklem<-1000
l1<-ggdensity(rnorm(orneklem, mean=0, sd=1),main="Ort=0, SS=1")
l2<-ggdensity(rnorm(orneklem, mean=1, sd=1),main="Ort=1, SS=1", col="orange")
l3<-ggdensity(rnorm(orneklem, mean=2, sd=3),main="Ort=2, SS=3", col="grey")
l4<-ggdensity(rnorm(orneklem, mean=3, sd=4),main="Ort=3, SS=4", col="brown")
l5<-ggdensity(rnorm(orneklem, mean=4, sd=5),main="Ort=4, SS=5", col="green")
l6<-ggdensity(rnorm(orneklem, mean=5, sd=6),main="Ort=5, SS=6", col="red")
ggarrange(l1,l2,l3,l4,l5,l6)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen normal dağılım grafikleri aşağıda verilmiştir. İlk grafik standart normal dağılım grafiğidir.
Şimdi çizilen bu normal dağılım grafiklerin aşağıda yazılan R kod bloğu ile gerçekten normal dağılıma uyum uymadığını q-q grafikleri ve shapiro wilk testleri ile konrol edelim.

#q-q grafikler
set.seed(16)
q1<-ggqqplot(rnorm(orneklem, mean=0, sd=1), main="Ort=0, SS=1")
q2<-ggqqplot(rnorm(orneklem, mean=1, sd=1), main="Ort=1, SS=1", col="orange")
q3<-ggqqplot(rnorm(orneklem, mean=2, sd=3), main="Ort=2, SS=3", col="grey")
q4<-ggqqplot(rnorm(orneklem, mean=3, sd=4), main="Ort=3, SS=4", col="brown")
q5<-ggqqplot(rnorm(orneklem, mean=4, sd=5), main="Ort=4, SS=5", col="green")
q6<-ggqqplot(rnorm(orneklem, mean=5, sd=6), main="Ort=5, SS=6", col="red")
ggarrange(q1,q2,q3,q4,q5,q6)
#Shapiro Wilk Normalite testleri
s1<-rnorm(orneklem, mean=0, sd=1)
s2<-rnorm(orneklem, mean=1, sd=1)
s3<-rnorm(orneklem, mean=2, sd=3)
s4<-rnorm(orneklem, mean=3, sd=4)
s5<-rnorm(orneklem, mean=4, sd=5)
s6<-rnorm(orneklem, mean=5, sd=6)
st<-tibble(s1,s2,s3,s4,s5,s6)
istatistik<-apply(st, 2, function(x) shapiro.test(x)$statistic)
pdegeri<-apply(st, 2, function(x) shapiro.test(x)$p.value)
round(rbind(istatistik,pdegeri),3)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen q-q grafikleri aşağıda verilmiştir. q-q grafiklere bakıldığında örneklem dağılımının teorik normal dağılımın eğrisi boyunca ilerlediği ve bu eğriden sapma göstermediği görülmektedir.
Yukarıdaki R kod bloğunda Shapiro Wilk testlerine ilişkin R kod bloğu çalıştırılmasıyla elde edilen sonuçlar aşağıda verilmiştir. Elde sonuçlara göre bütün dağılım veri setlerinde p >0,05 olduğu için verinin istatistiksel olarak normal dağılım gösterdiğini rahatlıkla söyleyebiliriz. Yukarıdaki q-q grafikleri de bunu doğrular niteliktedir.

              s1    s2    s3    s4    s5    s6
istatistik 0.998 0.998 0.998 0.999 0.999 0.999
pdegeri    0.246 0.418 0.162 0.878 0.900 0.799
Negatif binom regresyon yöntemi
Negatif bir binom dağılımı, Poisson dağılımlarının özel bir türüdür. Poisson olasılık dağılımı gibi kesikli bir olasılık dağılımıdır. Negatif binom dağılımı kitle fonksiyonu aşağıdaki denklemle ifade edilebilir. İkili sonuçları olan Bernoulli deneylerinde geçerli olan varsayımlar negatif binom dağılımı için de geçerlidir. Bağımsız Bernoulli deneylerinde ilk başarı önemliyken, negatif binom dağılımında r tane başarı elde durumu söz konusudur. Negatif binom dağılımı geometrik dağılımının genelleştirilmiş bir şeklidir.
x = 0, 1, 2, …, n > 0 ve 0 < p ≤ 1. Eşitlikte p başarı olasılığını göstermektedir. Varsayımsal bir örnek vererek konuyu biraz somutlaştıralım.
Örnek: Covid-19 hastalığına maruz kalan sigara kullanan 65 yaşındaki bireyin bu hastalığa yakalanma olasılığı 0,70 ise bu hastalığa maruz kalan aynı yaşta 20. bireyin bu hastalığa yakalanan 8. birey olma olasılığı nedir?
Burada,
p=0,70 (hastalığa maruz kalma olasılığı)
x=20 (hastalığa maruz kalan 20. birey)
r=8 (hastalığa yakalanan 8. birey)
Yukarıda belirtilen negatif binom eşitliğinde verilenleri yerine koyarsak
Yapılan işlemi aşağıdaki R kod bloğunda da verelim kullanılan fonksiyonun görülebilmesi açısından.

options(scipen=999)#Sonuçların bilimsel gösterimden eşitliği kurtarmak için
round(choose(19,7)*(1-0.7)^(20-8)*(0.7)^8,5)#burada choose () fonksiyonu kombinasyon hesaplamasında kullanılmıştır.
#Sonuç:0.00154
R’da rnbinom fonksiyonu ile belirtilen negatif binom dağılıma göre rastgele seçilen 1 veya daha fazla sayı üretilmektedir. rnbinom(n, size, prob, mu) fonksiyonu negatif binom dağılımına göre tekrarsız seçilen örneklem büyüklüğünü göstermektedir. Fonksiyondaki size parametresi, diğer bir ifadeyle shape parametresi hedeflenen başarılı denemelerin sayısını, mu ise ortalamasını göstermektedir. İlk olarak rnbinom fonksiyonunu kullanarak negatif binom dağılımına uygun gözlem sayısı 10000, hedeflenen başarılı denemelerin sayısı 20, ortalamanın ise 5 olduğu varsayımından hareketle aşağıda yazılan R kod bloğu ile histogramı çizilmiştir.

nbd<-tibble(Sayi=rnbinom(n=10000, size=20, mu=5))
ggplot(nbd, aes(x=Sayi)) + 
geom_histogram(aes(y=..density..),bins=100,binwidth=.3, fill="red")+
geom_density(alpha=.3, fill="blue")+
xlab("")+
ylab("Yoğunluk")+
ggtitle("Negatif Binom Dağılımı Yoğunluk ve Histogram")
#Alternatif olarak sadece yoğunluk grafiği verecek olursak
ggdensity(rnbinom(n=10000, size=20, mu=5), xlab="",ylab="Yoğunluk", main="Negatif Binom Dağılımı Yoğunluk Grafiği", col="red")+
theme_economist()
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen Negatif binom dağılımına ilişkin histogram ve yoğunluk aşağıdaki grafik üzerinde verilmiştir.
Alternatif olarak daha net görebilmek adına sadece yoğunluk grafiği verecek olursak R kod bloğundaki ilgili alan çalıştırıldığında aşağıdaki grafik elde edilmiş olacaktır. Burada amaç biraz da grafiği farklı bir temayla sunmak :).
Şimdi de Negatif Binom dağılımına uygun olarak aynı popülasyon büyüklüğü (N) sahip ancak farklı size ve ortalama (mu) değerleriyle karşılaştırmalı olarak negatif binom dağılıma grafik üzerinde bakalım. Aşağıda yazılan R kod bloğu ile popülasyon büyüklüğü (N) 1000 olan
mu = 4, size = 10
mu = 8, size = 20
mu = 12, size = 30
mu = 16, size = 40
mu = 20, size = 50
mu = 24, size = 60
değerlerine sahip negatif binom eğrileri çizilmiştir.

set.seed(61)
orneklem<-1000
nb1<-density(rnbinom(orneklem, mu = 4, size = 10))
nb2<-density(rnbinom(orneklem, mu = 8, size = 20))
nb3<-density(rnbinom(orneklem, mu = 12, size = 30))
nb4<-density(rnbinom(orneklem, mu = 16, size = 40))
nb5<-density(rnbinom(orneklem, mu = 20, size = 50))
nb6<-density(rnbinom(orneklem, mu = 24, size = 60))
par(oma = c(1, 0.1, 0.1, 0.1))
plot(nb1,                               
     xlim = c(0,20),
     ylim = c(0,0.25),
     main = "Negatif Binom Dağılımı")
lines(nb2, col = "orange", lwd = 2)             
lines(nb3, col = "grey", lwd = 2)             
lines(nb4, col = "brown", lwd = 2)  
lines(nb5, col = "green", lwd = 2)  
lines(nb6, col = "red", lwd = 2)  
legend("topright",                                   
       legend = c("Size= 10",
                  "Size= 20",
                  "Size= 30",
                  "Size= 40",
                  "Size= 50",
                  "Size= 60"),
       col = c("black", "orange", "grey", "brown","green","red"),
       lty = 1)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra farklı mu ve size sapma değerlerine sahip negatif binom olasılık dağılım eğrileri aşağıdaki grafikte verilmiştir.
Negatif binom olasılık dağılım eğrilerine daha yakın plandan bakacak olursak eğrilerin izlediği seyri daha da iyi anlayabiliriz. Yazılan R kod bloğu ile Negatif Binom dağılım eğrilerine ilişkin grafikler ayrı ayrı verilmiştir.

set.seed(26)
orneklem<-1000
nby1<-ggdensity(rnbinom(orneklem, mu = 4, size = 10),main="m = 4, s = 10", col="orange")
nby2<-ggdensity(rnbinom(orneklem, mu = 8, size = 20),main="m = 8, s = 20",col="orange")
nby3<-ggdensity(rnbinom(orneklem, mu = 12, size = 30),main="m = 12, s = 30", col="grey")
nby4<-ggdensity(rnbinom(orneklem, mu = 16, size = 40),main="m = 16, s = 40", col="brown")
nby5<-ggdensity(rnbinom(orneklem, mu = 20, size = 50),main="m = 20, s = 50",col="green")
nby6<-ggdensity(rnbinom(orneklem, mu = 24, size = 60),main="m = 24, s = 60", col="red")
ggarrange(nby1,nby2,nby3,nby4,nby5,nby6)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen grafikler aşağıda verilmiştir. Elde edilen bulgular mu ve size değerleri yükseldikçe dağılım normal dağılıma evrildiğini göstermektedir.
Poisson regresyon modeli aşağıdaki eşitlikteki gibi ifa edilebilir. Yöntemde regresyon katsayıları maksimum olasılık ya da maksimum olabilirlik yöntemi (MLE) kullanılarak hesaplanır.
Negatif binom regresyon modeli ise aşağıdaki eşitlikteki gibi gösterilebilir. Bu modelde Poisson regresyon yöntemine benzer olarak regresyon katsayıları maksimum olasılık (maksimum likehood) yöntemi kullanılarak tahmin edilir.
Kurulan regresyon analiz modellerinde güvenilir bir regresyon modeli kurmak için örneklem büyüklüğünün asgari şartları karşılaması gerekmektedir. Buna göre;
Kurulan regresyon modelinin tamamını değerlerdirmek için önerilen minimum örneklem büyüklüğü 50 + 8k‘tır. k burada bağımsız değişkenlerin sayısını göstermektedir. Örneğin bağımsız değişkenlerin sayısı 10 ise minimum örneklem büyüklüğü 50 + 8 X 10 eşitliğinden 130’dur.
Eğer bireysel olarak bağımsız değişkenler değerlendirilecek ise minimum örneklem büyüklüğü 104 + k‘tır. Örneğin bağımsız değişkenlerin sayısı 10 ise minimum örneklem büyüklüğü 104 + 8 eşitliğinden 112’dir.
Diğer taraftan örneklem büyüklüğü ve bağımsız değişkenin sayısına göre Cohen’in kriterini kullanarak etki büyüklüğünü hesaplayabiliriz. Cohen’in etki büyüklüğü örneklem büyüklüğü ve bağımsız değişken sayısı artıkça etki büyüklüğü azalış göstermektedir. Bu durum istenen bir durumdur. Cohen’in etki büyüklüğü R= k / (N-1) formülü ile hesaplanmaktadır. k burada bağımsız değişken sayısını, N ise örneklem / popülasyon büyüklüğünü / gözlem sayısını göstermektedir. Yukarıdaki veriler kullanılarak örnek vermek gerekirse 8 / ( 112-1) =0,07‘dir. R katsayısının 0 olması etki olmadığı anlamına gelmektedir ki, bu durumda örneklem büyüklüğünün ve değişken sayısının kurulan regresyon modelinde optimal noktaya ulaştığı anlamına gelir.
Veri seti
“warpbreaks” veri setinde bağımlı değişken olan breaks (mola sayısı) tahmin edilmiştir. Diğer bir ifadeyle, bu çalışmada regresyon problemi çözmüş olacağız. Veri setindeki toplam gözlem sayısı 54, değişken sayısı ise 3’tür. Bu veri setine R programlama yazılımında “warpbreaks” olarak yer verilmiştir. Veri setindeki gözlem sayısı yukarıda verilen asgari örneklem sayılarını karşılamasa da literatürde parametrik testler için önerilen örneklem büyüklüğü ya da gözlem sayısı 30 ve üzeri olduğu için burada kullanılmıştır. Veri setinde değişkenlerin adları anlaşılması adına Türkçe olarak düzenlenmiştir. Veri setinde yer alan değişkenler ve değişkenlerin veri tipleri şöyledir:
molasayisi (breaks): Veri tipi nicel ve kesikli sayma sayılarından oluşmaktadır.
yuntipi (wool): Veri tipi nitel ve kategorik olup, A ve B kategorilerinden oluşmaktadır.
gerginlik (tension): Veri tipi nitel ve kategorik olup, Düşük, Orta ve Yüksek kategorilerinden oluşmaktadır.
Bu kapsamda cevap değişkeni (bağımlı değişken) olan “molasayisi” geri kalan 2 bağımsız değişken kullanılarak tahmin edilecektir. Analizde kullanılan veri setini aşağıdaki linkten indirebilirsiniz.
Veri Seti
Şimdi veri setini tanıdıktan sonra adım adım (step by step) analize başlayabiliriz. Analizde R programlama dili kullanarak analiz adımları R kod bloklarında verilmiştir.
Yüklenecek R kütüphaneleri

rm(list=ls())
kütüphaneler = c("dplyr","tibble","tidyr","ggplot2","formattable","readr","readxl","xlsx", "pastecs","fpc", "DescTools","e1071", "DMwR","caret", "viridis","GGally","ggpurr","effect","psych","writexl","ggfortify","explore","MASS")
 
sapply(kütüphaneler, require, character.only = TRUE)
Ver setinin okunması ve değişkenlerin Türkçe olarak revize edilmesi

veri<-warpbreaks %>% as_tibble() %>% rename(molasayisi=breaks, yuntipi=wool, gerginlik=tension)%>% mutate(gerginlik=recode_factor(gerginlik, L="Dusuk", M="Orta", H="Yuksek"))
Ver setinin xlsx dosyasına yazdırılması

write_xlsx(veri, "veriseti.xlsx")#xlsx dosyası için
Veri setinin görselleştirilmesi ve tanımlayıcı istatistikler

#veri setindeki değişkenlerin görselleştirilmesi
veri %>% explore_all()
 
#veri setindeki ilk 10 gözlem
formattable(head(veri,10))
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki değişkenlerin grafiği aşağıda verilmiştir. Grafikte görüleceği üzere eksik gözlem (missing data: NA) bulunmamaktadır.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki ilk 10 gözlem aşağıdaki tabloda verilmiştir.
Kategorik değişkenlere göre mola sayılarının dağılımı

ggplot(veri)+
  geom_col(aes(x = molasayisi, y = yuntipi, fill = gerginlik))+
facet_wrap(~gerginlik)+
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90))
Cevap değişkeni Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki kategorik değişkenlere göre mola sayısının dağılımı aşağıdaki grafikte verilmiştir. Aşağıdaki grafik değişkenlere bir bütün olarak yaklaşmanıza katkı sağlamış olacaktır.
Nicel değişkenlerin normal dağılıma uyup uymadığının kontrol edilmesi
Bu kısımda normalitenin testinde her ne kadar Shapiro-Wilk testi kullanılsa da Kolmogorow-Smirnov testinin de kullanılabileceğini ifade etmede fayda bulunmaktadır. Ayrıca verinin normal dağılıma uyup uymadığı kutu diyagramlarda uç değerlere bakılarak ve Cook’un mesafesine bakılarak da görülebilir. Diğer taraftan çarpıklık ve basıklık değerleri de verinin normal dağılıma uyup uymadığı noktasında bizlere önemli ipuçları verebilir, bunları hatırlatmakta fayda var.

#Q-Q plot ile molasayisi değişkeninin normal dağılıma uyumu incelenmiştir.
ggqqplot(veri$molasayisi, ylab = "Mola Sayısı", color="red")
#Normalite testi
shapiro.test(veri$molasayisi)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra molasayisi değişkeninin normal dağılıma uyup uymadığını ortaya koymak için çizilen Q-Q grafiği aşağıda verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra bağımlı değişkenin normal dağılıma uyup uymadığını ortaya koymak için çizilen Q-Q grafiği aşağıda verilmiştir.
Normalitenin testi için kullanılan Shapiro-Wilk testi sonuçları ise aşağıda verilmiştir. Elde edilen bulgular, p değeri 0,05’ten küçük olduğu için molasayisi değişkeni normal dağılım göstermemektedir.

	Shapiro-Wilk normality test
data:  veri$molasayisi
W = 0.89251, p-value = 0.0001581
Poisson olasılık dağılımına göre değişkenin ortalaması ve varyansı birbirine eşit veya çok yakın olmalıdır. Aşağıda yazılan R kod bloğunda bağımlı değişken olan mola sayısının ortalama ve varyansların eşit veya birbirine yakın olup olmadığına bakalım. Elde edilen bulgulardan şu anki durumda varyans (174.2041) değerinin ortalama (28.14815) değerinin çok üzerinde olduğunu göstermektedir. Bu durum kurulacak modelde aşırı yayılım (overdispersion) endişesini artırmakla birlikte bağımlı değişkenin poisson dağılımda varyansın ortalamaya eşit veya ona yakın olması kuralını ihlal edilmesi anlamına da gelmektedir.

mean(veri$molasayisi);var(veri$molasayisi)#Ortalama ve Varyans Sırasıyla: 28.14815, 174.2041
Aşağıda yazılan R kod bloğu ile bağımlı değişkenin Poisson ve negatif binom dağılımına uyup uymadığına bakmak için hem histogramını çizelim hem de uyum iyiliği (goodness of fit) testlerini yapalım.

#Bağımlı değişkenin histogramı
ggplot(veri, aes(x=molasayisi))+geom_bar(bins=100,binwidth=.5, fill="red")+
xlab("")+
ylab("Sıklık")+
ggtitle("Mola Sayısı Değişkeni Histogramı")+
theme_replace()
#uyum iyiliği testleri
library(vcd)
#poisson dağılımı uyum iyiliği testi
ozet<-table(veri$molasayisi)
uyum <- goodfit(ozet, type = "poisson", method = "MinChisq")
summary(uyum)
#negatif binom dağılımı uyum iyiliği testi
ozet<-table(veri$molasayisi)
uyum <- goodfit(ozet, type = "nbinomial", method = "MinChisq")
summary(uyum)
Yukarıdaki R kod bloğunun ilgili satırı çalıştırıldığında bağımlı değişken olan mola sayısının histogramı aşağıda verilmiştir. Elde edilen grafik mola sayısının poisson dağılımına çok da uyum göstermemiş görünüyor.
Histogram bize net bilgi vermediği için R kod bloğundaki ilgili satırlarda sırasıyla ilk olarak Poisson dağılımı uyum iyiliği test sonuçları aşağıda verilmiştir. Elde edilen sonuçlar istatistiksel olarak anlamlı olduğu için mola sayısı değişkeni Poisson dağılımına uygun değildir (p<0,05).

 Goodness-of-fit test for poisson distribution
           X^2 df P(> X^2)
Pearson 167868 69        0
Değişkenimizin Poisson dağılıma uyum sağlamadığını biliyoruz. Bu yüzden R kod bloğunda ilgili satırı çalıştırarak değişkenin negatif binom dağılımına uygun olup olmadığını test edelim.Elde edilen bulgular istatistiksel olarak anlamlı olmadığı için mola sayısı değişkeni negatif binom dağılımına uygundur (p>0,05).

	 Goodness-of-fit test for nbinomial distribution
             X^2 df  P(> X^2)
Pearson 50.92181 68 0.9394755
Poisson regresyon modelinin kurulması
Kurulan Poisson regresyon modelinde bağımlı değişken molasayisi, diğer değişkenler ise bağımsız olup, regresyon modeline ilişkin R kod bloğu aşağıda verilmiştir.

model1 <-glm(molasayisi ~., data = veri, family = poisson)
summ(model1)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen regresyon model özeti aşağıda verilmiştir. Çıktıda yer verilen AIC (Akaike information criterion) parametresi kurulan tek bir modelin değerlendirilmesinde çok fazla anlam ifade etmemekle birlikte BIC (Akaike information criterion) parametresinde olduğu gibi ne kadar düşük olursa kurulan modelin o kadar gözlem verisine uyum sağladığını göstermektedir. Bu açıdan bakıldığında aslında bu iki parametrenin kurulan birden fazla modelin performansının değerlendirilmesinde kullanılması daha uygundur.

Call:  glm(formula = molasayisi ~ ., family = poisson, data = veri)
Coefficients:
    (Intercept)         yuntipiB    gerginlikOrta  gerginlikYuksek  
         3.6920          -0.2060          -0.3213          -0.5185  
Degrees of Freedom: 53 Total (i.e. Null);  50 Residual
Null Deviance:	    297.4 
Residual Deviance: 210.4 	AIC: 493.1
[1] 1
MODEL INFO:
Observations: 54
Dependent Variable: molasayisi
Type: Generalized linear model
  Family: poisson 
  Link function: log 
MODEL FIT:
χ²(3) = 86.98, p = 0.00
Pseudo-R² (Cragg-Uhler) = 0.80
Pseudo-R² (McFadden) = 0.15
AIC = 493.06, BIC = 501.01 
Standard errors: MLE
----------------------------------------------------
                         Est.   S.E.   z val.      p
--------------------- ------- ------ -------- ------
(Intercept)              3.69   0.05    81.30   0.00
yuntipiB                -0.21   0.05    -3.99   0.00
gerginlikOrta           -0.32   0.06    -5.33   0.00
gerginlikYuksek         -0.52   0.06    -8.11   0.00
----------------------------------------------------
Aşağıda yazılan R kod bloğunda kurulan 1 nolu modelde yayılım (dispersion) olup olmadığına bakalım.

formattable(tibble(Artik_Sapma          = deviance(model1),
     Artik_Serbestlik_Derecesi = df.residual(model1),
     Yayilim_Degeri=deviance(model1)/df.residual(model1),
     Kikare_p_Degeri              = pchisq(deviance(model1), df.residual(model1), lower = F)))
#alternatif adım adım
deger<-deviance(model1)#210.39
sd<-model1$df.residual#artıkların serbestlik derecesi
asiriyayilim<-deger/sd# artıkların serbestlik derecesine bölünmesi sonucu elde edilen değer 1'den büyükse kurulan model veriye uymadığını göstermekte ve aşırı yayılım (overdispersion) olduğunu göstermektedir.
asiriyayilim #4.207838 yani Pearson X2/50 = 4.207838
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen yayılım (dispersion) değeri aşağıda verilmiştir. Literatürde artıkların serbestlik derecesine bölünmesi sonucu elde edilen değer 1’den büyükse kurulan model veriye uymadığını göstermekte ve aşırı yayılım (overdispersion) olduğunu göstermektedir. Elde edilen bulgulara göre yayılım değeri 1’in çok üzerinde olduğu ve istatistiksel olarak anlamlı olduğu için burada aşırı yayılımın olduğunu söyleyebiliriz (Pearson X2/50 = 4.207838, p<0,05). Bu durumda eğer aşırı yayılım varsa negatif binom regresyon yönteminin denenmesi gerekmektedir.
Negatif binom regresyon modelinin kurulması
1 nolu modelde aşırı yayılım olduğu tespit edilmesinden dolayı yazılan aşağıdaki R kod bloğunda 2 nolu negatif binom regresyon modeli kurulmuştur.

model2 <-glm.nb(molasayisi ~., data = veri)
summary(model2)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen negatif binom regresyon model özeti aşağıda verilmiştir.

Call:
glm.nb(formula = molasayisi ~ ., data = veri, init.theta = 9.944385436, 
    link = log)
Deviance Residuals: 
    Min       1Q   Median       3Q      Max  
-2.0144  -0.9319  -0.2240   0.5828   1.8220  
Coefficients:
                Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)    
(Intercept)       3.6734     0.0979  37.520  < 2e-16 ***
yuntipiB         -0.1862     0.1010  -1.844   0.0651 .  
gerginlikOrta    -0.2992     0.1217  -2.458   0.0140 *  
gerginlikYuksek  -0.5114     0.1237  -4.133 3.58e-05 ***
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
(Dispersion parameter for Negative Binomial(9.9444) family taken to be 1)
    Null deviance: 75.464  on 53  degrees of freedom
Residual deviance: 53.723  on 50  degrees of freedom
AIC: 408.76
Number of Fisher Scoring iterations: 1
              Theta:  9.94 
          Std. Err.:  2.56 
 2 x log-likelihood:  -398.764 
Şimdi kurulan 2 nolu modelde aşırı yayılım olup olmadığını aşağıda yazılan R kod bloğu ile test edelim.

model2 <-glm.nb(molasayisi ~., data = veri)
formattable(tibble(Artik_Sapma          = deviance(model2),
     Artik_Serbestlik_Derecesi = df.residual(model2),
     Yayilim_Degeri=deviance(model2)/df.residual(model2),
     Kikare_p_Degeri              = pchisq(deviance(model2), df.residual(model2), lower = F)))
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen yayılım (dispersion) değeri aşağıda verilmiştir. Elde edilen bulgulara göre yayılım değeri yaklaşık 1 ve istatistiksel olarak anlamlı olmadığı için burada aşırı yayılımın olmadığı, aksine eşit yayılım olduğunu söyleyebiliriz.
Model karşılaştırmaları
Kurulan modelleri AIC ve BIC değerleri açısından karşılaştıralım. AIC ve BIC değerlerinin düşük olması tahmin edilen değerlerle gözlem verilerine uyum açısından istenen bir durum olduğu daha önce belirtilmişti. Elde edilen sonuçlar Model 2’nin AIC ve BIC değerleri daha düşük olduğundan Model 1’e göre daha iyi tahmin sonuçları ortaya koyduğu söylenebilir.

model1 <-glm(molasayisi ~., data = veri, family = poisson)
model2 <-glm.nb(molasayisi ~., data = veri)
stargazer(model1,model2, scale=F,  type="text", digits=3)
#alternatif
export_summs(model1, model2, scale = F, results = 'asis')
Yukarıdaki R kod bloğu çalıştırıldıktan sonra kurulan modellere ilişkin karşılaştırmalı raporlar aşağıda tablolarda verilmiştir. Ortaya konulan bulgular AIC ve BIC parametrelerinde olduğu gibi 2 nolu model 1 nolu modele göre daha az hata üretmektedir. Dolayısıyla bu bulgulara bakarak 2 nolu modelin daha iyi olduğu ileri sürülebilir.

==============================================
                      Dependent variable:     
                  ----------------------------
                           molasayisi         
                    Poisson       negative    
                                  binomial    
                      (1)           (2)       
----------------------------------------------
yuntipiB           -0.206***      -0.186*     
                    (0.052)       (0.101)     
                                              
gerginlikOrta      -0.321***      -0.299**    
                    (0.060)       (0.122)     
                                              
gerginlikYuksek    -0.518***     -0.511***    
                    (0.064)       (0.124)     
                                              
Constant           3.692***       3.673***    
                    (0.045)       (0.098)     
                                              
----------------------------------------------
Observations          54             54       
Log Likelihood     -242.528       -200.382    
theta                         9.944*** (2.561)
Akaike Inf. Crit.   493.056       408.764     
==============================================
Note:              *p<0.1; **p<0.05; ***p<0.01

Yukarıdaki R kod kod bloğunda ilgili alan çalıştırılınca BIC değerlerinin ve pseudo R^2 olduğu alternatif bir rapor da üretebiliriz. Bu tamamen karar vericiye bağlıdır.

─────────────────────────────────────────────────────
                       Model 1          Model 2      
                  ───────────────────────────────────
  (Intercept)             3.69 ***         3.67 ***  
                         (0.05)           (0.10)     
  yuntipiB               -0.21 ***        -0.19      
                         (0.05)           (0.10)     
  gerginlikOrta          -0.32 ***        -0.30 *    
                         (0.06)           (0.12)     
  gerginlikYuksek        -0.52 ***        -0.51 ***  
                         (0.06)           (0.12)     
                  ───────────────────────────────────
  N                      54               54         
  AIC                   493.06           408.76      
  BIC                   501.01           418.71      
  Pseudo R2               0.80             0.29      
─────────────────────────────────────────────────────
  *** p < 0.001; ** p < 0.01; * p < 0.05.            
Column names: names, Model 1, Model 2
Kurulan regresyon modellerine göre regresyon katsayıları
Aşağıda yazılan R kod bloğu ile regresyon katsayı büyüklükleri kurulan modellere göre karşılaştırmalı olarak verilmiştir.

#normalize edilmemiş katsayı büyüklükleri
plot_summs(model1, model2, scale = F, exp = TRUE)+
ggtitle("Modellere Göre Regresyon Katsayıları")
#normalize edilmiş katsayı büyüklükleri
plot_summs(model1, model2, scale = F, exp = TRUE) +
ggtitle("Modellere Göre Normalize Edilmiş Regresyon Katsayıları")
Yukarıdaki R kod bloğunun ilk satırının çalıştırılmasından sonra kurulan regresyon modellerine göre elde edilen regresyon katsayıları aşağıdaki grafikte verilmiştir. Burda Model 1 Poisson regresyon modeli, Model 2 ise negatif regresyon modeli olduğunu tekrar hatırlatmakta fayda var.
Yukarıdaki R kod bloğunun ikinci satırının çalıştırılmasından sonra kurulan regresyon modellerine göre elde edilen normalize edilmiş regresyon katsayıları aşağıdaki grafikte verilmiştir.
Bağımsız değişkenler ile bağımlı değişken arasındaki etkileşim düzeyleri
Kurulan 2 nolu model (negatif binom regresyon)’de bağımsız değişkenlerin her birinin bağımlı değişken üzerindeki etkisini ölçümlemeye yönelik aşağıda yazılan R kod bloğu ile karşılaştırmalı olarak verilmiştir.

plot(Effect(focal.predictors = c("gerginlik", "yuntipi"),model2), main="Gerginlik ve Yün Tipi Değişkenlerinin Etkisi")
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen değişkenlerin etki düzeyleri aşağıdaki grafikte verilmiştir. Burada, yün tipi A olduğu zaman mola sayısındaki artış B’ye göre daha yüksektir. Diğer taraftan, gerginlik seviyesi yükseldikçe mola sayısında düşüş olduğu görülmektedir. Her iki bağımsız değişken birlikte değerlendirildiğinde yün tipinin A ve gerginlik seviyesinin Düşük olduğu durumda mola sayısı en yüksek seviyesine ulaşmıştır.
Yapılan bu çalışma ile özellikle veri bilimi (data science) ile ilgilenen akademi ve saha çalışanlarına bir katkı sunulması amaçlanmıştır.
Faydalı olması ve farkındalık oluşturması dileğiyle.
Bilimle ve teknolojiyle kalınız.
Saygılarımla.
Not: Kaynak gösterilmeden alıntı yapılamaz veya kopyalanamaz.
Note: It can not be cited or copied without referencing.
Yararlanılan Kaynaklar
https://www.r-project.org/
https://ncss-wpengine.netdna-ssl.com/wp-content/themes/ncss/pdf/Procedures/NCSS/Negative_Binomial_Regression.pdf
https://tevfikbulut.com/2020/07/15/rda-coklu-dogrusal-regresyon-uzerine-bir-vaka-calismasi-a-case-study-on-multiple-linear-regression-mlr-in-r/
Tippett, L. H. C. (1950) Technological Applications of Statistics. Wiley. Page 106.
https://www.rdocumentation.org/packages/vcd/versions/1.4-7/topics/goodfit
https://dergipark.org.tr/tr/download/article-file/548350
https://statistics.laerd.com/spss-tutorials/poisson-regression-using-spss-statistics.php#:~:text=A%20Poisson%20distribution%20assumes%20a,added%20to%20the%20Poisson%20regression.
https://web.stanford.edu/~hastie/TALKS/boost.pdf
https://dergipark.org.tr/en/pub/ijeased/issue/50819/703566
https://iq.opengenus.org/types-of-boosting-algorithms/
https://tevfikbulut.com/2020/05/21/r-programlama-diliyle-regresyon-problemlerinin-cozumunde-rastgele-orman-algoritmasi-uzerine-bir-vaka-calismasi-a-case-study-on-random-forest-rf-algorithm-in-solving-regression-problems-with-r-progr/
https://www.stat.berkeley.edu/~breiman/Using_random_forests_V3.1.pdf
https://www.stat.berkeley.edu/~breiman/RandomForests/
https://stats.idre.ucla.edu/r/library/r-library-introduction-to-bootstrapping/
https://stanford.edu/~shervine/l/tr/teaching/cs-229/cheatsheet-machine-learning-tips-and-tricks
http://uzalcbs.org/wp-content/uploads/2016/11/2012_082.pdf
http://www.ub.edu/stat/docencia/EADB/bagging.html
https://people.cs.pitt.edu/~milos/courses/cs2750-Spring04/lectures/class23.pdf
https://www.google.com/search?q=underfitting+and+overfitting&source=lnms&tbm=isch&sa=X&ved=2ahUKEwiI1onvyNvpAhVSQMAKHfYyC28Q_AUoAXoECBAQAw&biw=1366&bih=604#imgrc=m5WcPcAqdpCwEM
Webb G.I. (2011) Overfitting. In: Sammut C., Webb G.I. (eds) Encyclopedia of Machine Learning. Springer, Boston, MA
https://www.memorial.com.tr/saglik-rehberleri/biyopsi-nedir-ve-nasil-yapilir/
https://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Breast+Cancer+Wisconsin+(Diagnostic)
Andriyas, S. and McKee, M. (2013). Recursive partitioning techniques for modeling irrigation behavior. Environmental Modelling & Software, 47, 207–217.
Chan, J. C. W. and Paelinckx, D. (2008). Evaluation of Random Forest and Adaboost tree-based ensemble classification and spectral band selection for ecotope mapping using airborne hyperspectral imagery. Remote Sensing of Environment, 112(6), 2999–3011.
Chrzanowska, M., Alfaro, E., and Witkowska, D. (2009). The individual borrowers recognition:Single and ensemble trees. Expert Systems with Applications, 36(2), 6409–6414.
De Bock, K. W., Coussement, K., and Van den Poel, D. (2010). Ensemble classification based on generalized additive models. Computational Statistics & Data Analysis, 54(6), 1535–1546.
De Bock, K. W. and Van den Poel, D. (2011). An empirical evaluation of rotation-based ensemble classifiers for customer churn prediction. Expert Systems with Applications, 38(10), 12293–12301.
Fan, Y., Murphy, T.B., William, R. and Watson G. (2009). digeR: GUI tool for analyzing 2D DIGE data. R package version 1.2.
Garcia-Perez-de-Lema, D., Alfaro-Cortes, E., Manzaneque-Lizano, M. and Banegas-Ochovo, R. (2012). Strategy, competitive factors and performance in small and medium enterprise (SMEs).
African Journal of Business Management, 6(26), 7714–7726.
Gonzalez-Rufino, E., Carrion, P., Cernadas, E., Fernandez-Delgado, M. and Dominguez-Petit, R.(2013). Exhaustive comparison of colour texture features and classification methods to discriminate cells categories in histological images of fish ovary. Pattern Recognition, 46, 2391–2407.
Krempl, G. and Hofer, V. (2008). Partitioner trees: combining boosting and arbitrating. In: Okun, O., Valentini, G. (eds.) Proc. 2nd Workshop Supervised and Unsupervised Ensemble Methods and Their Applications, Patras, Greece, 61–66.
Torgo, Luis, Data Mining With R. Second Edition.
https://www.akira.ai/glossary/gradient-boosting/
http://www.ccs.neu.edu/home/vip/teach/MLcourse/4_boosting/slides/gradient_boosting.pdf
Breiman, L. (June 1997). “Arcing The Edge” (PDF). Technical Report 486. Statistics Department, University of California, Berkeley.
http://acikerisim.ktu.edu.tr/jspui/handle/123456789/743
https://dergipark.org.tr/tr/download/article-file/219865
Discovering Statistics Using SPSS (2009), Field, A.
https://www.jmp.com/en_ch/statistics-knowledge-portal/what-is-multiple-regression/fitting-multiple-regression-model.html
https://marcfbellemare.com/
https://www.statisticshowto.com/variance-inflation-factor/
https://www.rdocumentation.org/packages/psych/versions/1.9.12.31/topics/cor.plot
https://www.rdocumentation.org/packages/caret/versions/6.0-86/topics/findCorrelation
https://tevfikbulut.com/2020/07/04/rda-binary-lojistik-regresyon-uzerine-bir-vaka-calismasi-a-case-study-on-binary-logistic-regression-in-r/
https://cran.r-project.org/web/packages/relaimpo/relaimpo.pdf
Bunu paylaş:
Facebook
Twitter
Reddit
Telegram
E-posta
Yazdır
Daha fazla
LinkedIn
Tumblr
Pinterest
Pocket
WhatsApp
Skype
Bunu beğen:
Beğen Yükleniyor...
Tevfik BULUT	Genel	Yorum bırakın 23 Temmuz 2020 31 Ocak 2021 35 Minutes	
R’da Çoklu Doğrusal Regresyon Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on Multiple Linear Regression (MLR) in R
Giriş
Regresyon analizi yöntemlerinden biri olan multiple (çoklu) regresyon analiz (MRA) yöntemi, bağımlı değişkenin ya da cevap değişkeninin
nicel sürekli veya kesikli olduğu bağımlı değişkenler (dependent variables) ile bağımsız değişken veya değişkenler (independent variables) arasındaki ilişkiyi ortaya koyan regresyon analiz yöntemidir. Veri tipleri kendi içerisinde 4 farklı alt sınıfta ele alınabilir. Bu veri tipleri Şekil 1’de verilmiştir.
Şekil 1: Veri Tipleri
Nitel Veri (Qualitative Data)
Şekil 1’de verilen sunulan nitel veri tipi ölçülemeyen ve kategori belirten veri tipi olup, kendi içerisinde temel olarak ikiye ayrılmaktadır. Bu veri tipine alt sınıflandırmalar dikkate alınarak sırasıyla örnek vererek ele alalım.
Nominal veri: İki veya daha fazla cevap kategorisi olan ve sıra düzen içermeyen veri tipi olup, bu veri tipine medeni durum (evli, bekar) ve sosyal güvenlik türü (Bağkur, SSK, Yeşil Kart, Özel Sigorta) örnek gösterilebilir.
Ordinal veri: İki veya daha fazla kategorisi olan ancak sıra düzen belirten veri türüdür. Bu veri tipine örnek olarak eğitim düzeyleri (İlkokul, ortaokul, lise, üniversite ve yüksek lisans), yarışma dereceleri (1. , 2. ve 3.) ve illerin gelişmişlik düzeyleri (1. Bölge, 2. Bölge, 3. Bölge, 4. Bölge, 5. Bölge ve 6. Bölge) verilebilir.
Veri tiplerinden bahsedildikten sonra bu veri tiplerinin cevap değişkeni (bağımlı değişken) olduğu durumlarda seçilecek regresyon analiz yöntemini ele alalım. Temel olarak cevap değişkeni ölçülebilir numerik değişken ise regresyon, değilse sınıflandırma analizi yapıyoruz. Eğer cevap değişkeni nitel ise aslında sınıflandırma problemini çözmek için analizi kullanıyoruz. Cevap değişkeni, diğer bir deyişle bağımlı değişken numerik ise bağımsız değişken veya değişkenlerin çıktı (output) / bağımlı değişken (dependent variable) / hedef değişken (target variable) veya değişkenlerin üzerindeki etkisi tahmin etmeye çalışıyoruz. Buradaki temel felsefeyi anlamak son derece önemlidir. Çünkü bu durum sizin belirleyeceğiniz analiz yöntemi de değiştirecektir. Bağımlı (dependent) değişkenin tipine göre kullanılan regresyon analiz yöntemleri Şekil 2’de genel hatlarıyla verilmiştir.
Şekil 2: Cevap Değişkeninin Veri Tipine Göre Regresyon Analiz Yöntemleri
Modeller oluşturulurken temel amaç, bias ve varyans dengesinin kurulmasıdır. Bu uyumu sağlarsak iyi model uyumu (good-fit) elde etmiş oluruz. Makine öğrenme ve derin öğrenme problemlerinin çözümünde modelleme hatalarına bağlı olarak varyans ve bias değişiklik göstermektedir. Bu iki durum şöyle ele alınabilir:
Eksik model uyumu (under-fitting): Kurulan modelde elde edilen tahmin değerleri gözlem verisine yeterince uyum göstermediğinde ortaya çıkar. Bu durumda varyans düşükken bias yüksektir. Buradan şunu anlamak gerekir: gözlem verisi ile tahmin edilen veri arasındaki fark büyükse, diğer bir deyişle kurulan modelle bağımlı değişken iyi tahmin edilemiyorsa bu durumda under-fitting oluşur. Under-fitting sonraki kısımlarında anlatılan sınıflandırma ve regresyon hata metrikleri ile kolaylıkla ortaya konulabilir.
Aşrı model uyumu (over-fitting): Kurulan modelde eğitilen veri seti (training data set)’yle gözlem verisine aşırı uyum gösterdiğinde ortaya çıkar. Bu durumda varyans yüksekken bias düşüktür.
Bahsedilen bu iki durumu kafamızda daha da canlı tutmak için bias ve varyans ilişkisi Şekil 2’de verilmiştir. Şekil’de biz modeli kurgularken olması gereken durumu gösteren Düşük Varyans-Düşük Bias uyumunu, diğer bir ifadeyle yüksek kesinlik (precision)-yüksek doğruluk (accuracy) hedefliyoruz. Diğer bir deyişle kurguladığımız model (Şekil 2 1 nolu model) ile gözlem değerlerini olabildiğince en yüksek doğruluk oranı ile tahmin ederken aynı zamanda varyansı düşük (yüksek kesinlik (precision)) tutmayı hedefliyoruz. Buna başardığımızda aslında iyi model uyumunu (good-fit) sağlamış ve iyi bir model kurmuş oluyoruz. Eksik model uyumu (under-fitting)’nda ise Şekil 2’de 3 nolu modelde görüleceği üzere elde edilen tahmin değerleri gözlem değerleri (kırmızı alan)’nden uzaklaşmakla birlikte hala tahmin değerleri ile gözlem değerleri arasında farklar, diğer bir deyişle varyans düşüktür. Aşırı model uyumu (over-fitting)’da ise Şekil 2’de 2 nolu modelde görüleceği üzere varyans yüksek iken bias düşüktür. 2 nolu modelde doğru değerler (gözlem değerleri)’i kurulan modelde yüksek doğrulukla (düşük bias=yüksek doğruluk (accuracy) tahmin edilse de gözlem değerleri ile tahmin değerleri arasındaki varyans yüksektir.
Şekil 2: Bias-Varyans İlişkisi
Veri Tipleri
Yükseltme algoritmaları ile sınıflandırma problemi çözüyorsak bağımlı değişkenin ya da cevap değişkeninin veri tipi nitel ve kategoriktir. Ancak, bu yöntem ile regresyon problemini çözüyorsak bağımlı değişkenin ya da cevap değişkeninin veri tipi niceldir. Veri tipleri kendi içerisinde 4 farklı alt sınıfta ele alınabilir. Bu veri tipleri alt sınıflarıyla birlikte Şekil 3’te verilmiştir.
Şekil 3: Veri Tipleri
Nicel Veri (Quantitative Data)
Şekil 3’te sunulan nicel veri tipi ölçülebilen veri tipi olup, kendi içerisinde temel olarak ikiye ayrılmaktadır. Bu veri tipine alt sınıflandırmalar dikkate alınarak sırasıyla örnek verelim.
Sürekli veri (Continous data): Tam sayı ile ifade edilmeyen veri tipi olup, zaman, sıcaklık, beden kitle endeksi, boy ve ağırlık ölçümleri bu veri tipine örnek verilebilir.
Kesikli veri (Discrete Data): Tam sayı ile ifade edilebilen veri tipi olup, bu veri tipine proje sayısı, popülasyon sayısı, öğrenci sayısı örnek verilebilir.
Nitel Veri (Qualitative Data)
Şekil 3’te verilen nitel veri tipi ölçülemeyen ve kategori belirten veri tipi olup, kendi içerisinde temel olarak ikiye ayrılmaktadır. Bu veri tipine alt sınıflandırmalar şöyledir:
Nominal veri: İki veya daha fazla cevap kategorisi olan ve sıra düzen içermeyen veri tipi olup, bu veri tipine medeni durum (evli, bekar) ve sosyal güvenlik türü (Bağkur, SSK, Yeşil Kart, Özel Sigorta) örnek gösterilebilir.
Ordinal veri: İki veya daha fazla kategorisi olan ancak sıra düzen belirten veri türüdür. Bu veri tipine örnek olarak eğitim düzeyleri (İlkokul, ortaokul, lise, üniversite ve yüksek lisans), yarışma dereceleri (1. , 2. ve 3.) ve illerin gelişmişlik düzeyleri (1. Bölge, 2. Bölge, 3. Bölge, 4. Bölge, 5. Bölge ve 6. Bölge) verilebilir.
Veri tiplerinden bahsedildikten sonra bu veri tiplerinin cevap değişkeni (bağımlı değişken) olduğu durumlarda seçilecek analiz yöntemini ele alalım. Temel olarak cevap değişkeni ölçülebilir numerik değişken ise regresyon, değilse sınıflandırma analizi yapıyoruz. Cevap değişkeni, diğer bir deyişle bağımlı değişken numerik ise bağımsız değişken veya değişkenlerin çıktı (output) / bağımlı değişken (dependent variable) / hedef değişken (target variable) veya değişkenlerin üzerindeki etkisini tahmin etmeye çalışıyoruz. Buradaki temel felsefeyi anlamak son derece önemlidir. Çünkü bu durum sizin belirleyeceğiniz analiz yöntemini de değiştirecektir.
Kullanılan analiz yöntemi ile kurulan modelde ya sınıflandırma problemini ya da regresyon problemini çözdüğümüzü ifade etmiştik. Ancak kurulan modellerde çözülen problemin sınıflandırma ya da regresyon oluşuna göre performans değerlendirmesi farklılaşmaktadır. Sınıflandırma problemlerinde kullanılan hata metrikleri ile regresyon hata metrikleri aynı değildir. Bu bağlamda ilk olarak sınıflandırma problemlerinin çözümünde kullanılan hata metriklerini ele alalım.
Sınıflandırma Problemlerinde Hata Metrikleri
Karışıklık matrisi (confusion matrix) olarak olarak adlandırılan bu matris sınıflandırma problemlerinin çözümünde hata metriklerini ortaya koyarak kurulan modelin veya modellerin hata oranını değerlendirmektedir. Hata matrisinin makine ve derin öğrenme metotlarının değerlendirilmesinde sıklıkla kullanıldığı görülmektedir. Tablo 1’de hata metriklerinin hesaplanmasına esas teşkil eden karışıklık matrisi (confisioun matrix) verilmiştir. Bu tabloyla sınıflandırma hataları hesaplanabilmektedir. Tabloda yer verilen Tip 1 hata (Type 1 error) istatistikte alfa hatasını göstermektedir. Tip 1 hata H0 hipotezi (null hpypothesis) doğru olduğu halde reddedilmesidir. Tabloda Tip 2 hata (Type II error) olarak adlandırılan hata ise istatistikte Beta hatası olarak da bilinmektedir. Tip 2 hata ise H0 hipotezi (null hpypothesis) yanlış olduğu halde kabul edilmesidir.
Tablo 1: Karışıklık Matrisi (Confusion Matrix)
Kaynak: Stanford Üniversitesi
Tablo 1’de TP: Doğru Pozitifleri, FN: Yanlış Negatifleri, FP: Yanlış Pozitifleri ve TN: Doğru Negatifleri göstermektedir.
Şekil 3’te de yer verildiği üzere literatürde sınıflandırma modellerinin performansını değerlendirmede aşağıdaki hata metriklerinden yaygın bir şekilde yararlanıldığı görülmektedir. Sınıflandırma problemlerinin çözümüne yönelik Yükselme (Boosting: AdaBoost) algoritması kullanarak R’da yapmış olduğum çalışmanın linkini ilgilenenler için aşağıda veriyorum.
Topluluk Öğrenme Algoritmalarından Yükseltme Algoritması İle Gögüs Kanserinin Tahmini Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on the Prediction of Breast Cancer Using Boosting Algorithm from Ensemble Learning Algorithms
Doğruluk (Accuracy): TP+TN / TP+TN+FP+FN eşitliği ile hesaplanır. Modelin genel performansını ortaya koyar. Bu sınıflandırma metriği ile aslında biz informal bir şekilde dile getirirsek doğru tahminlerin toplam tahminler içindeki oranını hesaplamış oluyoruz.
Kesinlik (Precision): TP / TP+FP eşitliği ile hesaplanır. Doğru tahminlerin ne kadar kesin olduğunu gösterir.
Geri çağırma (Recall): TP / TP+FN eşitliği ile hesaplanır. Gerçek pozitif örneklerin oranını verir.
Özgünlük (Specificity): TN / TN+FP eşitliği ile hesaplanır. Gerçek negatif örneklerin oranını gösterir.
F1 skoru : 2TP / 2TP+FP+FN eşitliği ile hesaplanır. Dengesiz sınıflar için yararlı hibrit bir metrik olup, kesinlik (precision) ve geri çağırma (recall) skorlarının ağırlıklı ortalamasını ifade etmektedir.
ROC (Receiver operating characteristic): Yukarıda karışıklık matrisinde belirtilen parametrelerden yararlanılarak hesaplanır. ROC eğrisi olarak da adlandırılmaktadır. ROC eğrileri, herhangi bir tahmin modelinin doğru pozitifler (TP) ve negatifler (TN) arasında nasıl ayrım yapabileceğini görmenin güzel bir yoludur. Sınıflandırma modellerin perfomansını eşik değerler üzerinden hesaplar. ROC iki parametre üzerinden hesaplanır. Doğru Pozitiflerin Oranı (TPR) ve Yanlış Pozitiflerin Oranı (FPR) bu iki parametreyi ifade eder. Burada aslında biz TPR ile Geri Çağırma (Recall), FPR ile ise 1-Özgünlük (Specificity)‘ü belirtiyoruz.
Cohen Kappa: Kategorik cevap seçenekleri arasındaki tutarlılığı ve uyumu gösterir. Cohen, Kappa sonucunun şu şekilde yorumlanmasını önermiştir: ≤ 0 değeri uyumun olmadığını, 0,01–0,20 çok az uyumu, 0,21-0,40 az uyumu, 0,41-0,60 orta, 0,61-0,80 iyi uyumu ve 0,81–1,00 çok iyi uyumu göstermektedir. 1 değeri ise mükemmel uyum anlamına gelmektedir.
Sınıflandırma hata metriklerini anlattıktan sonra daha kalıcı olması ve öğrenilmesi adına hazırladığım excel üzerinde bahsedilen bu metriklerin nasıl hesaplandığı gösterilmiştir. Excel dosyasını aşağıdaki linkten indirebilirsiniz.
Sınıflandırma Metrikleriİndir
Regresyon Problemlerinde Hata Metrikleri
Regresyon modellerinin performansını değerlendirmede literatürde aşağıdaki hata metriklerinden yaygın bir şekilde yararlanılmaktadır. Regresyon metrikleri eşitliklerinin verilmesi yerine sade bir anlatımla neyi ifade ettiği anlatılacaktır. Böylece formüllere boğulmamış olacaksınız.
SSE (Sum of Square Error): Tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların kareleri toplamını ifade eder.
MSE (Mean Square Error): Ortalama kare hatası olarak adlandırılan bu hata tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların karelerinin ortalamasını ifade eder.
RMSE (Root Mean Square Error): Kök ortalama kare hatası olarak adlandırılan bu hata ortalama kare hatasının karekökünü ifade etmektedir.
MAE (Mean Absolute Error): Ortalama mutlak hata olarak adlandırılan bu hata türü ise tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların mutlak değerlerinin ortalamasını ifade etmektedir.
MAPE (Mean Absolute Percentage Error): Ortalama mutlak yüzdesel hata olarak adlandırılan bu hata türünde ilk olarak tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların mutlak değerleri hesaplanır. Daha sonra hesaplanan farkları mutlak değerleri mutlak değerleri alınan gözlem değerlerine bölünür. En son durumda ise elde edilen bu değerlerin ortalaması alınır.
Bias: Tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların ortalamasıdır. Bu yönüyle ortalama mutlak hata (MAE)’ya benzemektedir.
Regresyon hata metriklerini anlattıktan sonra daha kalıcı olması ve öğrenilmesi adına hazırladığım excel üzerinde bahsedilen bu metriklerin nasıl hesaplandığı gösterilmiştir. Excel dosyasını aşağıdaki linkten indirebilirsiniz.
Regresyon Metrikleri İndir
Çalışma kapsamında R programlama dili içerisinde bulunan “mlbench” paketi içerisinde “BostonHousing” veri seti kullanılarak multiple regresyon yöntemiyle regresyon problemi çözülecektir. Bu amaçla bağımlı değişken olan ABD’nin Boston bölgesindeki konutların medyan fiyatları tahmin edilecektir.
Metodoloji ve Uygulama Sonuçları
Çoklu Doğrusal Regresyon Yöntemi
Regresyon modeli aşağıdaki eşitlikteki gibi ifa edilebilir.
Yi=β0+β1X i1 +β2Xi2+…+βkXik +𝜀𝑖𝑗
Burada i=1,2,…n j=1,2,…k şeklinde tanımlanır.
Eşitlikte;
Yi: Bağımlı değişkeninin gözlenen i.inci
değerini
Xij: j.inci bağımsız değişkenin i.inci
düzeyindeki değerini
βj: j.inci regresyon katsayısını
εij: Hata terimini
k: Bağımsız değişken sayısını göstermektedir
Çoklu Doğrusal Regresyon Yöntemi Varsayımları
Çoklu doğrusal regresyon yöntemi gözlemlere en iyi uyum sağlayan regresyon doğrusunu çizmek için en küçük kareler yöntemini kullanır. Hesaplanan en küçük kareler regresyon denklemi regresyon doğrusu ile gözlemler arasındaki minimum kare hataları toplamına veya sapmalara sahiptir. Söylenenleri kafamızda daha da canlandırmak adına en küçük kareler yöntemi (method of least squares)’nin işleyişi Şekil 4’de verilmiştir.
Şekil 4: En Küçük Kareler Yöntemi (Method Of Least Squares)’nin İşleyişi
Kaynak: https://www.jmp.com
Değişken tipleri: Bütün bağımsız değişkenler nicel veya kategorik olmalıdır. Bağımlı değişken ise nicel kesikli veya süreklidir.
Varyans: Bağımsız değişkenlerin varyansı 0 olmamalıdır.
Çoklu doğrusal ilişki (Multicollinearity): 2 veya daha çok bağımsız değişken arasında mükemmel (r= 1 veya -1) veya mükemmele yakın (-1 veya 1’e yakın) bir ilişki olmamalıdır. Yani değişkenler arasında çok yüksek bir korelasyon bulunmamalıdır. Eğer kurulan regresyon modelinde değişkenler arasında güçlü bir ilişki varsa değişkenlerin bireysel önem düzeyinin belirlenmesi zorlaşacaktır. Bu ilişkiyi belirlemenin bir yolu da değişkenler arasındaki korelasyonun korelasyon matrisi ile ortaya konulmasıdır. Tabi burada belirtilen korelasyon katsayıların 0,80 ve üzerinde olmasıdır. Yaygın olarak kullanılan ilişki belirleme yöntemi varyans enflasyon faktörü (variance inflation factor) kısa adıyla VIF’tir. VIF de korelasyon matrisi gibi bağımsız değişkenler arasındaki ilişkinin gücünü ortaya koymaktadır. VIF değeri 10’dan büyükse kurulan regresyon modelinde endişe kaynağı olarak görülmelidir. VIF 1 / 1-R2 eşitliği ile hesaplanmaktadır. VIF ölçüm parametresine bağlı olarak hesaplanan tolerans (tolerance) seviyesi de çoklu doğrusal ilişkiyi ortaya koymada yardımcı olabilmektedir. Tolerans seviyesi VIF parametresinin çarpmaya göre tersidir. Diğer bir ifadeyle 1 / VIF eşitliği ile hesaplanmaktadır. 0,1’in altındaki tolerans seviyeleri çoklu doğrusal ilişki açısından gözden geçirilmelidir. Çoklu doğrusal ilşkiyi ortaya koymanın bir yolu da kurulan modelden üretilen varyans oranları ve normalize edilmiş özvektör değerlerinin hesaplanmasıdır.
Homoskedastisite (Homoscedasticity): Bağımsız değişkenlerin her seviyesinde artıklar (residuals)’ın varyansı aynı / sabit kalmalıdır, diğer bir ifadeyle varyanslar homojen olmalıdır. Eğer varyanslar eşit değilse heteroskedastisite (heteroscedasticity) durumu ortaya çıkar. Bu iki durum aşağıdaki grafikte karşılaştırmalı olarak verilmiştir.
Şekil 4: Homoskedastisite ve Heteroskedastisite
Kaynak: https://marcfbellemare.com/
Otokorelasyon: Hataların bağımsızlığı anlamına da gelen otokorelasyon bir gözlemle ilişkili hataların, diğer gözlemlerin hataları arasında korelasyon olmaması gerektiğini ileri sürer. Otokorelasyon testi için artıkların hatalarına bakılır. Bu varsayım Durbin-Watson testi test edilebilir. Test istatistiği 0 ile 4 arasında değişmektedir. 2’den büyük bir değer negatif otokorelasyonu, 2’den küçük değer ise pozitif otokorelasyonu göstermektedir.
Doğrusallık (Linearity): Modellenen ilişkinin doğrusal olması gerektiğini öne sürer. Eğer doğrusal olmayan (non-linear) bir ilişki varsa bulguların genellenebilirliği açısından problem oluşturacaktır.
Kurulan regresyon analiz modellerinde güvenilir bir regresyon modeli kurmak için örneklem büyüklüğünün asgari şartları karşılaması gerekmektedir. Buna göre;
Kurulan regresyon modelinin tamamını değerlerdirmek için önerilen minimum örneklem büyüklüğü 50 + 8k‘tır. k burada bağımsız değişkenlerin sayısını göstermektedir. Örneğin bağımsız değişkenlerin sayısı 10 ise minimum örneklem büyüklüğü 50 + 8 X 10 eşitliğinden 130’dur.
Eğer bireysel olarak bağımsız değişkenler değerlendirilecek ise minimum örneklem büyüklüğü 104 + k‘tır. Örneğin bağımsız değişkenlerin sayısı 10 ise minimum örneklem büyüklüğü 104 + 8 eşitliğinden 112’dir.
Diğer taraftan örneklem büyüklüğü ve bağımsız değişkenin sayısına göre Cohen’in kriterini kullanarak etki büyüklüğünü hesaplayabiliriz. Cohen’in etki büyüklüğü örneklem büyüklüğü ve bağımsız değişken sayısı artıkça etki büyüklüğü azalış göstermektedir. Bu durum istenen bir durumdur. Cohen’in etki büyüklüğü R= k / (N-1) formülü ile hesaplanmaktadır. k burada bağımsız değişken sayısını, N ise örneklem / popülasyon büyüklüğünü / gözlem sayısını göstermektedir. Yukarıdaki veriler kullanılarak örnek vermek gerekirse 8 / ( 112-1) =0,07‘dir. R katsayısının 0 olması etki olmadığı anlamına gelmektedir ki, bu durumda örneklem büyüklüğünün ve değişken sayısının kurulan regresyon modelinde optimal noktaya ulaştığı anlamına gelir.
Veri seti
ABD’nin Boston bölgesinde konutların medyan fiyatları (hedef değişken) tahmin edilmiştir. Diğer bir ifadeyle, bu çalışmada regresyon problemi çözmüş olacağız. Analizde kullanılan veri seti ABD Nüfus Bürosu tarafından Boston bölgesindeki konutlarla ilgili olarak toplanan verilerden oluşmaktadır. Veri setindeki toplam gözlem sayısı 506, değişken sayısı ise 14’tür. Bu veri setine R programlama yazılımında “mlbench” paketi içerisinde “BostonHousing” olarak yer verilmiştir. Veri setinde yer alan değişkenler ve değişkenlerin veri tipleri şöyledir:
crim: per capita crime rate by town. Veri tipi nicel ve süreklidir.
zn: proportion of residential land zoned for lots over 25,000 sq.ft. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
indus: proportion of non-retail business acres per town. Veri tipi nicel ve süreklidir.
chas: Charles River dummy variable (1 if tract bounds river; 0 otherwise). Veri tipi nitel ve nominal kategoriktir.
nox: nitric oxides concentration (parts per 10 million): Veri tipi nicel ve süreklidir.
rm: average number of rooms per dwelling. Veri tipi nicel ve süreklidir.
age: proportion of owner-occupied units built prior to 1940. Veri tipi nicel ve süreklidir.
dis: weighted distances to five Boston employment centres. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
rad: index of accessibility to radial highways. Veri tipi nicel ve süreklidir.
tax: full-value property-tax rate per $10,000. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
ptratio: pupil-teacher ratio by town. Veri tipi nicel ve süreklidir.
b: 1000(Bk – 0.63)^2 where Bk is the proportion of blacks by town. Veri tipi nicel ve süreklidir.
lstat: % lower status of the population. Veri tipi nicel ve süreklidir.
medv: Median value of owner-occupied homes in $1000’s. Veri tipi nicel ve süreklidir.
Bu kapsamda cevap değişkeni (bağımlı değişken) olan “medv” yani konut fiyatlarının medyan değeri geri kalan 13 bağımsız değişken kullanılarak çoklu doğrusal regresyon analiz yöntemiyle tahmin edilecektir. Analizde kullanılan veri setini aşağıdaki linkten indirebilirsiniz.
Boston Konut Fiyatları Veri Seti İndir
Şimdi veri setini tanıdıktan sonra adım adım (step by step) analize başlayabiliriz. Analizde R programlama dili kullanarak analiz adımları R kod bloklarında verilmiştir.
Yüklenecek R kütüphaneleri

rm(list=ls())

kütüphaneler = c("dplyr","tibble","tidyr","ggplot2","formattable","readr","readxl","xlsx", "pastecs","fpc", "DescTools","e1071", "DMwR","caret", "viridis","GGally","ggpurr","psych","writexl","ggfortify","explore","MASS","gbm")
 
sapply(kütüphaneler, require, character.only = TRUE)
Ver setinin okunması

data(BostonHousing)
veri<-BostonHousing
Ver setinin xlsx dosyasına yazdırılması

write_xlsx(veri, "Bostonkonutfiyatları.xlsx")#xlsx dosyası için
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri seti xlsx uzantılı dosyaya yazdırılmıştır. Elde edilen veri seti dosyası xlsx uzantılı olarak aşağıdan indirilebilir.Boston Konut Fiyatları Veri Setiİndir
Veri setinin görselleştirilmesi ve tanımlayıcı istatistikler

#veri setindeki ilk 3 değişkenin görselleştirilmesi
veri[,1:3] %>% explore_all()
#veri setindeki 4,5,6 ve 7. değişkenlerin görselleştirilmesi
veri[,4:7] %>% explore_all()
#veri setindeki 8,9 ve 10. değişkenlerin görselleştirilmesi
veri[,8:10] %>% explore_all()
#veri setindeki 11,12,13 ve 14. değişkenlerin görselleştirilmesi
veri[,11:14] %>% explore_all()
 
#veri setindeki ilk 10 gözlem
formattable(head(veri,10))
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki ilk 3 değişkenin grafiği aşağıda verilmiştir. Grafikte görüleceği üzere eksik gözlem (missing data: NA) bulunmamaktadır.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki 4,5,6 ve 7. değişkenlerin grafiği aşağıda verilmiştir. Grafikte görüleceği üzere eksik gözlem (missing data: NA) bulunmamaktadır.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki 8,9 ve 10. değişkenlerin grafiği aşağıda verilmiştir. Grafikte görüleceği üzere eksik gözlem (missing data: NA) bulunmamaktadır.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki 11, 12, 13 ve 14. değişkenlerin grafiği aşağıda verilmiştir. Grafikte görüleceği üzere eksik gözlem (missing data: NA) bulunmamaktadır.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra Boston Konut Fiyatları veri setindeki ilk 10 gözlem aşağıdaki tabloda verilmiştir.
Değişkenler arasındaki korelasyonun hesaplanması
Kategorik değişkenlerin korelasyon katsayılarını hesaplamak için yazılan R kod bloğu aşağıdadır. Değişkenler arasındaki korelasyonu hesaplamak için Kikare ve Anova testleri kullanılmıştır. Korelasyon katsayısı hesaplanacak her iki değişkenin de nitel ve nominal olmasından dolayı Kikare, korelasyon katsayısı hesaplanacak değişkenlerden biri nicel kesikli ve diğeri nominal olduğundan Anova testleri yapılmıştır. Korelasyon katsayısı hesaplanacak değişkenlerden biri ordinal (sıralı) olsaydı bu durumda Spearman korelasyon (SpearmanRho) katsayısının hesaplanması gerekecekti. Diğer taraftan, eğer her iki değişken nicel (sürekli ve kesikli) olsaydı bu durumda Pearson korelasyon katsayısını hesaplayacaktık.

#Pearson korelasyon matrisi 
cor.plot(veri[,-4], main="Korelasyon Matrisi")#grafik formatında
kormatris<-cor(veri[,-4])#matris formatınta
kormatris
findCorrelation(kormatris, cutoff=0.8,names=TRUE, exact = TRUE)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra nicel ve kesikli değişkenlere ait Pearson korelasyon matrisi aşağıdaki şekilde verilmiştir. Değişken çiftleri nicel (sürekli ve kesikli) olduğu için Pearson korelasyon katsayılarını hesapladık.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen korelasyon katsayıları matris formatında aşağıda verilmiştir.

              crim         zn      indus        nox         rm        age
crim     1.0000000 -0.2004692  0.4065834  0.4209717 -0.2192467  0.3527343
zn      -0.2004692  1.0000000 -0.5338282 -0.5166037  0.3119906 -0.5695373
indus    0.4065834 -0.5338282  1.0000000  0.7636514 -0.3916759  0.6447785
nox      0.4209717 -0.5166037  0.7636514  1.0000000 -0.3021882  0.7314701
rm      -0.2192467  0.3119906 -0.3916759 -0.3021882  1.0000000 -0.2402649
age      0.3527343 -0.5695373  0.6447785  0.7314701 -0.2402649  1.0000000
dis     -0.3796701  0.6644082 -0.7080270 -0.7692301  0.2052462 -0.7478805
rad      0.6255051 -0.3119478  0.5951293  0.6114406 -0.2098467  0.4560225
tax      0.5827643 -0.3145633  0.7207602  0.6680232 -0.2920478  0.5064556
ptratio  0.2899456 -0.3916785  0.3832476  0.1889327 -0.3555015  0.2615150
b       -0.3850639  0.1755203 -0.3569765 -0.3800506  0.1280686 -0.2735340
lstat    0.4556215 -0.4129946  0.6037997  0.5908789 -0.6138083  0.6023385
medv    -0.3883046  0.3604453 -0.4837252 -0.4273208  0.6953599 -0.3769546
               dis        rad        tax    ptratio          b      lstat
crim    -0.3796701  0.6255051  0.5827643  0.2899456 -0.3850639  0.4556215
zn       0.6644082 -0.3119478 -0.3145633 -0.3916785  0.1755203 -0.4129946
indus   -0.7080270  0.5951293  0.7207602  0.3832476 -0.3569765  0.6037997
nox     -0.7692301  0.6114406  0.6680232  0.1889327 -0.3800506  0.5908789
rm       0.2052462 -0.2098467 -0.2920478 -0.3555015  0.1280686 -0.6138083
age     -0.7478805  0.4560225  0.5064556  0.2615150 -0.2735340  0.6023385
dis      1.0000000 -0.4945879 -0.5344316 -0.2324705  0.2915117 -0.4969958
rad     -0.4945879  1.0000000  0.9102282  0.4647412 -0.4444128  0.4886763
tax     -0.5344316  0.9102282  1.0000000  0.4608530 -0.4418080  0.5439934
ptratio -0.2324705  0.4647412  0.4608530  1.0000000 -0.1773833  0.3740443
b        0.2915117 -0.4444128 -0.4418080 -0.1773833  1.0000000 -0.3660869
lstat   -0.4969958  0.4886763  0.5439934  0.3740443 -0.3660869  1.0000000
medv     0.2499287 -0.3816262 -0.4685359 -0.5077867  0.3334608 -0.7376627
              medv
crim    -0.3883046
zn       0.3604453
indus   -0.4837252
nox     -0.4273208
rm       0.6953599
age     -0.3769546
dis      0.2499287
rad     -0.3816262
tax     -0.4685359
ptratio -0.5077867
b        0.3334608
lstat   -0.7376627
medv     1.0000000
Korelasyon katsayılarının kontrol edilmesi
Bu kısımda pearson korelasyon katsayılarının 0,80 üzerinde olup olmadığı kontrol edilmiş olup, buna ilişkin yazılan R kod bloğuna aşağıda yer verilmiştir.

kormatris<-cor(veri[,-4])
findCorrelation(kormatris, cutoff=0.8,names=TRUE, exact = TRUE)
Yukarıdaki R kod bloğunun run edilmesi ile elde edilen sonuç aşağıda verilmiştir. Tablodan tax değişkeninin korelasyon katsayısının tamamının 0.80’in üzerinde olduğu (r=0,92) olduğu görülmektedir. Bu değişken ilk modelde yer alacaktır ancak kurulacak ikinci modelde yer almayacaktır.

[1] "tax"
Nicel değişkenlerin normal dağılıma uyup uymadığının kontrol edilmesi

#Q-Q plot ile crim değişkeninin normal dağılıma uyumu incelenmiştir.
v1<-ggqqplot(veri$crim, ylab = "crim", color="red")

#Q-Q plot ile zn değişkeninin normal dağılıma uyumu incelenmiştir.
v2<-ggqqplot(veri$zn, ylab = "zn", color="red")

#Q-Q plot ile indus değişkeninin normal dağılıma uyumu incelenmiştir.
v3<-ggqqplot(veri$indus, ylab = "indus", color="red")

#Q-Q plot ile nox değişkeninin normal dağılıma uyumu incelenmiştir.
v4<-ggqqplot(veri$nox, ylab = "crim", color="red")

#Q-Q plot ile rm değişkeninin normal dağılıma uyumu incelenmiştir.
v5<-ggqqplot(veri$rm, ylab = "rm", color="red")

#Q-Q plot ile age değişkeninin normal dağılıma uyumu incelenmiştir.
v6<-ggqqplot(veri$age, ylab = "age", color="red")

#Q-Q plot ile dis değişkeninin normal dağılıma uyumu incelenmiştir.
v7<-ggqqplot(veri$dis, ylab = "dis", color="red")

#Q-Q plot ile rad değişkeninin normal dağılıma uyumu incelenmiştir.
v8<-ggqqplot(veri$rad, ylab = "rad", color="red")

#Q-Q plot ile tax değişkeninin normal dağılıma uyumu incelenmiştir.
v9<-ggqqplot(veri$tax, ylab = "tax", color="red")

#Q-Q plot ile ptratio değişkeninin normal dağılıma uyumu incelenmiştir.
v10<-ggqqplot(veri$ptratio, ylab = "ptratio", color="red")

#Q-Q plot ile b değişkeninin normal dağılıma uyumu incelenmiştir.
v11<-ggqqplot(veri$b, ylab = "b", color="red")

#Q-Q plot ile lstat değişkeninin normal dağılıma uyumu incelenmiştir.
v12<-ggqqplot(veri$lstat, ylab = "lstat", color="red")

#Q-Q plot ile medv değişkeninin normal dağılıma uyumu incelenmiştir.
v13<-ggqqplot(veri$medv, ylab = "medv", color="red")

ggarrange(v1,v2,v3,v4)#ilk dört değişken

ggarrange(v5,v6,v7,v8)#2. ilk dört değişken

ggarrange(v9,v10,v11,v12, v13)#3. ilk beş değişken
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra ilk gruba ait dört değişkeninin normal dağılıma uyup uymadığını ortaya koymak için çizilen Q-Q grafiği aşağıda verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra ikinci grup ilk dört değişkeninin normal dağılıma uyup uymadığını ortaya koymak için çizilen Q-Q grafiği aşağıda verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra üçüncü gruba ait ilk beş değişkeninin normal dağılıma uyup uymadığını ortaya koymak için çizilen Q-Q grafiği aşağıda verilmiştir.
Çoklu regresyon modelinin kurulması
Kurulan çoklu regresyon modelinde bağımlı değişken medv, diğer değişkenler ise bağımsız olup, regresyon modeline ilişkin R kod bloğu aşağıda verilmiştir.

model1 <- glm(medv ~. , data = veri)
summ(model1)

#alternatif
model1 <- lm(medv ~. , data = veri)
summary(model1)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen regresyon model özeti aşağıda verilmiştir. Çıktıda yer verilen AIC (Akaike information criterion) parametresi kurulan tek bir modelin değerlendirilmesinde çok fazla anlam ifade etmemekle birlikte BIC (Akaike information criterion) parametresinde olduğu gibi ne kadar düşük olursa kurulan modelin o kadar gözlem verisine uyum sağladığını göstermektedir. Bu açıdan bakıldığında aslında bu iki parametrenin kurulan birden fazla modelin performansının değerlendirilmesinde kullanılması daha uygundur.

MODEL INFO:
Observations: 506
Dependent Variable: medv
Type: Linear regression 

MODEL FIT:
χ²(13) = 31637.51, p = 0.00
Pseudo-R² (Cragg-Uhler) = 0.74
Pseudo-R² (McFadden) = 0.19
AIC = 3027.61, BIC = 3091.01 

Standard errors: MLE
-------------------------------------------------
                      Est.   S.E.   t val.      p
----------------- -------- ------ -------- ------
(Intercept)          36.46   5.10     7.14   0.00
crim                 -0.11   0.03    -3.29   0.00
zn                    0.05   0.01     3.38   0.00
indus                 0.02   0.06     0.33   0.74
chas1                 2.69   0.86     3.12   0.00
nox                 -17.77   3.82    -4.65   0.00
rm                    3.81   0.42     9.12   0.00
age                   0.00   0.01     0.05   0.96
dis                  -1.48   0.20    -7.40   0.00
rad                   0.31   0.07     4.61   0.00
tax                  -0.01   0.00    -3.28   0.00
ptratio              -0.95   0.13    -7.28   0.00
b                     0.01   0.00     3.47   0.00
lstat                -0.52   0.05   -10.35   0.00
-------------------------------------------------

Estimated dispersion parameter = 22.52 
Kurulan modelin özetinde eğer güven aralıklarını da verecek olursak aşağıdaki R kod bloğu ile bu mümkündür.

summ(model1, confint = TRUE, digits = 3)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde çoklu regresyon model çıktısına güven aralıkları ile birlikte aşağıda yer verilmiştir.

MODEL INFO:
Observations: 506
Dependent Variable: medv
Type: Linear regression 

MODEL FIT:
χ²(13) = 31637.511, p = 0.000
Pseudo-R² (Cragg-Uhler) = 0.741
Pseudo-R² (McFadden) = 0.186
AIC = 3027.609, BIC = 3091.007 

Standard errors: MLE
-----------------------------------------------------------------
                       Est.      2.5%     97.5%    t val.       p
----------------- --------- --------- --------- --------- -------
(Intercept)          36.459    26.457    46.462     7.144   0.000
crim                 -0.108    -0.172    -0.044    -3.287   0.001
zn                    0.046     0.020     0.073     3.382   0.001
indus                 0.021    -0.100     0.141     0.334   0.738
chas1                 2.687     0.998     4.375     3.118   0.002
nox                 -17.767   -25.253   -10.280    -4.651   0.000
rm                    3.810     2.991     4.629     9.116   0.000
age                   0.001    -0.025     0.027     0.052   0.958
dis                  -1.476    -1.866    -1.085    -7.398   0.000
rad                   0.306     0.176     0.436     4.613   0.000
tax                  -0.012    -0.020    -0.005    -3.280   0.001
ptratio              -0.953    -1.209    -0.696    -7.283   0.000
b                     0.009     0.004     0.015     3.467   0.001
lstat                -0.525    -0.624    -0.425   -10.347   0.000
-----------------------------------------------------------------

Estimated dispersion parameter = 22.518 
Regresyon denkleminin yazılması
Değişkenlerin coefficient (katsayı) tahminlerinden yola çıkarak 1 nolu çoklu doğrusal regresyon modelimizin denklemini yazalım.
Medv (y)= intercept + crim*x1 + zn*x2 + indus*x3 + chas1*x4 + nox*x5 + rm*x6 + age*x7 + dis*x8 + rad*x9 + tax*x10 + ptratio*x11 + b*x12 + lstat*x13
Şimdi yukarıda hesaplanan katsayıları denklemde yerine yazalım. Ancak denkleme sadece istatistiksel olarak anlamlı çıkan değişkenleri dahil edelim.
Medv (y)= 36.459 – 0.108*X1 + 0.046*x2 + 2.687*x4 – 17.767*x5 + 3.810*x6 – 1.476*x8 + 0.306*x9 – 0.012*x10 – 0.953*x11 + 0.009*x12 – 0.525*x13
Elde edilen denkleme göre çoklu doğrusal regresyon modelini şöyle yorumlayabiliriz.
1. crim değişkenindeki bir birimlik değişim bağımlı değişken olan medv (medyan ev fiyatlarını) değişkenini 0,108 kat azaltmaktadır.
2. zn değişkenindeki bir birimlik değişim bağımlı değişken olan medv (medyan ev fiyatlarını) değişkenini 0.046 kat artırmaktadır. Etkisi bağımlı değişken üzerinde yok denecek kadar azdır
3. chas katogorik değişkenindeki bir birimlik değişim 0 kategorisine göre bağımlı değişken olan medv (medyan ev fiyatlarını) değişkenini 2.687 kat artırmaktadır.
5. nox değişkenindeki bir birimlik değişim bağımlı değişken olan medv (medyan ev fiyatlarını) değişkenini -17.767 kat azaltmaktadır.
6. rm değişkenindeki bir birimlik değişim bağımlı değişken olan medv (medyan ev fiyatlarını) değişkenini 3.810 kat artırmaktadır.
7. dis değişkenindeki bir birimlik değişim bağımlı değişken olan medv (medyan ev fiyatlarını) değişkenini -1.476 kat azaltmaktadır.
8. rad değişkenindeki bir birimlik değişim bağımlı değişken olan medv (medyan ev fiyatlarını) değişkenini 0.306 kat artırmaktadır.
9. tax değişkenindeki bir birimlik değişim bağımlı değişken olan medv (medyan ev fiyatlarını) değişkenini -0.012 kat azaltmaktadır. Etkisi bağımlı değişken üzerinde yok denecek kadar azdır.
10. ptratio değişkenindeki bir birimlik değişim bağımlı değişken olan medv (medyan ev fiyatlarını) değişkenini -0.953 kat azaltmaktadır.
11. b değişkenindeki bir birimlik değişim bağımlı değişken olan medv (medyan ev fiyatlarını) değişkenini 0.009 kat artırmaktadır. Etkisi bağımlı değişken üzerinde yok denecek kadar azdır.
12. lstat değişkenindeki bir birimlik değişim bağımlı değişken olan medv (medyan ev fiyatlarını) değişkenini -0.525 kat azaltmaktadır.
13. zn değişkenindeki bir birimlik değişim ise medv (medyan ev fiyatlarını) değişkenini 0.046 artırmaktadır.
Regresyon modelinin raporlanması
Regresyon modelini kurduk ve özetini aldık. Şimdi de kurduğum bu regresyon modelini aşağıda yazdığım R kod bloğu yardımıyla raporlayalım ve xlsx uzantılı bir dosyaya yazdıralım.

export_summs(model1, scale = FALSE, to.file = "xlsx", file.name = "model1.xlsx")#aynı zamanda xlsx uzantılı dosyaya yazdırmak için

export_summs(model1, scale = FALSE, to.file = "docx", file.name = "model1.docx")
Yukarıdaki R kod bloğu çalıştırılması ile hem model xlsx dosyasına yazdırılmış hem de R konsolunda sonuçlarına ulaştık. Model rapor çıktısı aşağıda verilmiştir. Raporda parantez içinde yer alanlar standart hata (S.E)’yı göstermektedir.

─────────────────────────────────────────────────
                                 Model 1         
                        ─────────────────────────
  (Intercept)                         36.46 ***  
                                      (5.10)     
  crim                                -0.11 **   
                                      (0.03)     
  zn                                   0.05 ***  
                                      (0.01)     
  indus                                0.02      
                                      (0.06)     
  chas1                                2.69 **   
                                      (0.86)     
  nox                                -17.77 ***  
                                      (3.82)     
  rm                                   3.81 ***  
                                      (0.42)     
  age                                  0.00      
                                      (0.01)     
  dis                                 -1.48 ***  
                                      (0.20)     
  rad                                  0.31 ***  
                                      (0.07)     
  tax                                 -0.01 **   
                                      (0.00)     
  ptratio                             -0.95 ***  
                                      (0.13)     
  b                                    0.01 ***  
                                      (0.00)     
  lstat                               -0.52 ***  
                                      (0.05)     
                        ─────────────────────────
  N                                  506         
  AIC                               3027.61      
  BIC                               3091.01      
  Pseudo R2                            0.74      
─────────────────────────────────────────────────
  *** p < 0.001; ** p < 0.01; * p < 0.05.       
Şimdi de aynı kod bloğunun çalıştırılması ile raporun xlsx dosyasına yazdırılmış versiyonunu verelim. Aşağıdaki linkten raporun xlsx uzantılı versiyonunu indirebilirsiniz.
Modelin Raporuİndir
Kurulan modelin özeti alternatif olarak aşağıda yazılan R kod bloğunun çalıştırılması ile de elde edilebilir.

stargazer(model1, scale=F,  type="text", digits=2)#fonksiyon içerisine out="....txt" yazarsınız özeti txt uzantılı olarak kaydetmek de mümkündür.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılması ile elde edilen model özeti aşağıda verilmiştir.

===============================================
                        Dependent variable:    
                    ---------------------------
                               medv            
-----------------------------------------------
crim                         -0.11***          
                              (0.03)           
                                               
zn                            0.05***          
                              (0.01)           
                                               
indus                          0.02            
                              (0.06)           
                                               
chas1                         2.69***          
                              (0.86)           
                                               
nox                          -17.77***         
                              (3.82)           
                                               
rm                            3.81***          
                              (0.42)           
                                               
age                            0.001           
                              (0.01)           
                                               
dis                          -1.48***          
                              (0.20)           
                                               
rad                           0.31***          
                              (0.07)           
                                               
tax                          -0.01***          
                              (0.004)          
                                               
ptratio                      -0.95***          
                              (0.13)           
                                               
b                             0.01***          
                              (0.003)          
                                               
lstat                        -0.52***          
                              (0.05)           
                                               
Constant                     36.46***          
                              (5.10)           
                                               
-----------------------------------------------
Observations                    506            
R2                             0.74            
Adjusted R2                    0.73            
Residual Std. Error       4.75 (df = 492)      
F Statistic          108.08*** (df = 13; 492)  
===============================================
Note:               *p<0.1; **p<0.05; ***p<0.01

======
110.24
------
Değişkenlerin modeldeki nispi önem düzeyleri
Kurulan regresyon modelinde nispi önem ağrlıklarını (relative importances) hesaplamak için iki yöntem kullanılmış ve karşılaştırmalı olarak sunulmuştur. Kullanılan yöntemlerinden ilki lmg olup, regresörler arasındaki sıralamalara göre ortalama R ^ 2 katkısını ifade etmektedir. Diğer yöntem ise betasq olup, normalize edilmiş kare katsayını göstermektedir. Nispi önem ağırlıklarını hesaplamak için yazılan R kod bloğu aşağıda verilmiştir.

nispionem<-calc.relimp(model1, type = c("lmg","betasq"), rela = TRUE)
nispionem#lmg ve betasq yöntemleri kullanarak karşılaştırmalı olarak nispi önem ağırlıklarını vermek için
Yukarıdaki R kod bloğunun son satırı çalıştırılmasından sonra lmg ve betasq yöntemlerine göre bağımsız değişkenlerin nispi önem ağırlıkları aşağıda verilmiştir. Elde edilen bulgular en yüksek nispi önem ağırlığına sahip değişkenin lstat değişkeni olduğunu göstermektedir. Bu değişkeni sırasıyla rm ve ptratio değişkenleri izlemiştir.

Response variable: medv 
Total response variance: 84.58672 
Analysis based on 506 observations 

13 Regressors: 
crim zn indus chas nox rm age dis rad tax ptratio b lstat 
Proportion of variance explained by model: 74.06%
Metrics are normalized to sum to 100% (rela=TRUE). 

Relative importance metrics: 

               lmg       betasq
crim    0.03669197 1.597789e-02
zn      0.03349910 2.169676e-02
indus   0.05101231 3.682211e-04
chas    0.02139033 8.620330e-03
nox     0.04511571 7.845783e-02
rm      0.25259867 1.326430e-01
age     0.02975151 7.028187e-06
dis     0.04087946 1.787074e-01
rad     0.03190385 1.314540e-01
tax     0.04967225 7.999602e-02
ptratio 0.10602348 7.875477e-02
b       0.03093651 1.337755e-02
lstat   0.27052485 2.599392e-01

Average coefficients for different model sizes: 

                  1X          2Xs          3Xs           4Xs          5Xs
crim     -0.41519028  -0.27876734  -0.21102769  -0.172845863  -0.14899982
zn        0.14213999   0.09177589   0.06926785   0.058187805   0.05208479
indus    -0.64849005  -0.49907219  -0.39245035  -0.312711078  -0.25044986
chas      6.34615711   6.13625177   5.79137684   5.378363951   4.96039109
nox     -33.91605501 -23.64184669 -17.74630522 -14.537764121 -12.99734886
rm        9.10210898   8.07541798   7.46905711   7.011233964   6.61054979
age      -0.12316272  -0.07450317  -0.04834524  -0.033245015  -0.02390811
dis       1.09161302   0.10952005  -0.47255267  -0.833695790  -1.06499158
rad      -0.40309540  -0.20593927  -0.08194586   0.001678813   0.06198805
tax      -0.02556810  -0.02017034  -0.01665270  -0.014304609  -0.01271040
ptratio  -2.15717530  -1.74062066  -1.52445277  -1.389315454  -1.29154159
b         0.03359306   0.02243776   0.01743324   0.014808955   0.01324295
lstat    -0.95004935  -0.90871002  -0.86922333  -0.830576846  -0.79243771
                 6Xs          7Xs          8Xs           9Xs          10Xs
crim     -0.13318972  -0.12244878  -0.11518841  -0.110479262  -0.107740227
zn        0.04841098   0.04611642   0.04473486   0.044039341   0.043909618
indus    -0.19989046  -0.15740182  -0.12065007  -0.088070978  -0.058531713
chas      4.56663532   4.20812708   3.88683375   3.600046913   3.342756614
nox     -12.49075417 -12.61748098 -13.12577086 -13.860628817 -14.730291533
rm        6.23447431   5.87015426   5.51253464   5.160160375   4.813205720
age      -0.01774178  -0.01339689  -0.01012959  -0.007506479  -0.005261198
dis      -1.21554565  -1.31379414  -1.37739662  -1.417937166  -1.443287731
rad       0.10808364   0.14515543   0.17645934   0.204220581   0.230033618
tax      -0.01163317  -0.01094108  -0.01056128  -0.010452258  -0.010588444
ptratio  -1.21468054  -1.15187362  -1.09982518  -1.056675250  -1.021201281
b         0.01221866   0.01149901   0.01096173   0.010537971   0.010185605
lstat    -0.75484432  -0.71798862  -0.68210391  -0.647421018  -0.614154947
                 11Xs          12Xs          13Xs
crim     -0.106584888  -0.106741334 -1.080114e-01
zn        0.044279575   0.045117684  4.642046e-02
indus    -0.031119628  -0.005017834  2.055863e-02
chas      3.108982366   2.892438686  2.686734e+00
nox     -15.684182425 -16.698441350 -1.776661e+01
rm        4.472316347   4.137922082  3.809865e+00
age      -0.003220995  -0.001266585  6.922246e-04
dis      -1.458920162  -1.468724058 -1.475567e+00
rad       0.255062878   0.280176177  3.060495e-01
tax      -0.010953167  -0.011536415 -1.233459e-02
ptratio  -0.992503316  -0.969873098 -9.527472e-01
b         0.009876605   0.009590626  9.311683e-03
lstat    -0.582502652  -0.552645344 -5.247584e-01
Marjinal etki düzeylerinin hesaplanması
Marjinal etki düzeyi, tahmincilerin (bağımsız değişkenlerin) sonuç değişkeni üzerindeki etkisini tanımlamak için kullanılabilecek alternatif bir metriktir. Marjinal etkiler, bağımsız değişkendeki bir birim artışın oluşturduğu değişim olasılığını göstermektedir.

#Marjinal etki düzeyleri tablosu
margineffect= margins(model1)
# Summary of marginal effect
margineffect=summary(margineffect) %>% mutate_at(2:7, round, 3) %>% arrange(desc(AME))
formattable(margineffect)
 
#Marjinal etki düzeylerinin grafiği
mgrafik= margins(model1)
plot(mgrafik, main="Ortalama Marjinal Etki (AME) Düzeyleri Grafiği", ylab="AME", xlab="Faktörler")
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen ortalama marjinal etki düzeyleri (AME) aşağıdaki tabloda verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen ortalama marjinal etki (AME) düzeylerinin grafiği ise aşağıda verilmiştir.
Alternatif: Değişkenlerin önem düzeyleri

n<-varImp(model1)
n<-rownames(n)
n<-n %>% as_tibble()
varImp(model1) %>% as_tibble() %>% rename("Onem_Duzeyi"=Overall) %>% add_column("Değişken"=n$value,.before="Onem_Duzeyi") %>% mutate_if(is.numeric, round, 3) %>% arrange(desc(Onem_Duzeyi)) %>% formattable()
Yukarıdaki kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen modeldeki değişkenlerin önem düzeyleri büyükten küçüğe doğru aşağıdaki tabloda verilmiştir.
Tahmin edilen değerler ile test veri setindeki gözlem değerlerinin karşılaştırılması

tahmin<-predict(model1, veri)
 
karsilastirma<-tibble("Gözlem"=veri$medv, Tahmin=tahmin)
 
#ilk ve son 10 tahmin değerini gerçek değerle karşılaştırma 
ilk10<-head(karsilastirma, 10) %>% rename("Gözlemİlk_10"="Gözlem", Tahminİlk_10=Tahmin) %>% mutate_if(is.numeric, round, 1)
 
son10<-tail(karsilastirma, 10) %>% rename("GözlemSon_10"="Gözlem", TahminSon_10=Tahmin) %>% mutate_if(is.numeric, round, 1)
 
formattable(cbind(Sıra=seq(1,10),ilk10, son10))

#sonuçların xlsx dokümanına yazdırılması
write_xlsx(karsilastirma, "karsilatirmasonuc.xlsx.")
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra çoklu regresyon modelinden elde edilen ilk ve son 10 tahmin değerleri gözlem değerleri ile birlikte aşağıdaki tabloda karşılaştırmalı olarak verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğundaki son kod satırının çalıştırılması ile kurulan modelden elde edilen elde edilen tahmin sonuçları ile veri setindeki gözlem değerleri karşılaştırmalı olarak xlsx dokümanında verilmiş olup, aşağıdaki linkten indirebilirsiniz.
Karşılaştırmalı Sonuçlarİndir
Regresyon Hata parametreleri
Kurulan modele ait regresyon hata metriklerinin elde edilmesine yönelik yazılan R kod bloğu aşağıda verilmiştir.

tahmin<-predict(model1, veri)
regresyonmetrik<-tibble("Gözlem"=veri$medv, Tahmin=tahmin) %>% summarise(SSE=sse(Gözlem, Tahmin),MSE=mse(Gözlem, Tahmin),RMSE=rmse(Gözlem, Tahmin), MAE=mae(Gözlem, Tahmin), MAPE=mape(Gözlem, Tahmin)) %>% mutate_if(is.numeric, round, 1)
formattable(regresyonmetrik)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra kurulan modele ait hata parametre değerleri aşağıda verilmiştir.
2 Nolu Çoklu Regresyon Modelinin Kurulması
Daha önce belirtildiği üzere tax değişkenine ait korelasyon katsayısının 0,80’in üzerinde çıktığını bahsetmiştik. İki nolu modelde bu değişkeni çıkararak medyan konu fiyatları (medv) değişkenini tahmin edelim. Kurulan regresyon modeline ilişkin R kod bloğu aşağıda verilmiştir.

model2 <- glm(medv ~. , data = veri)

summ(model2)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen regresyon model özeti aşağıda verilmiştir.

MODEL INFO:
Observations: 506
Dependent Variable: medv
Type: Linear regression 

MODEL FIT:
χ²(12) = 31395.25, p = 0.00
Pseudo-R² (Cragg-Uhler) = 0.74
Pseudo-R² (McFadden) = 0.18
AIC = 3036.55, BIC = 3095.73 

Standard errors: MLE
-------------------------------------------------
                      Est.   S.E.   t val.      p
----------------- -------- ------ -------- ------
(Intercept)          34.63   5.12     6.76   0.00
crim                 -0.11   0.03    -3.22   0.00
zn                    0.04   0.01     2.69   0.01
indus                -0.07   0.06    -1.21   0.23
chas1                 3.03   0.86     3.51   0.00
nox                 -18.70   3.85    -4.86   0.00
rm                    3.91   0.42     9.29   0.00
age                  -0.00   0.01    -0.05   0.96
dis                  -1.49   0.20    -7.39   0.00
rad                   0.13   0.04     3.26   0.00
ptratio              -0.99   0.13    -7.48   0.00
b                     0.01   0.00     3.52   0.00
lstat                -0.52   0.05   -10.20   0.00
-------------------------------------------------

Estimated dispersion parameter = 22.96 
Model karşılaştırmaları
İlk olarak modelleri AIC ve BIC değerleri açısından karşılaştıralım. AIC ve BIC değerlerinin düşük olması tahmin edilen değerlerle gözlem verilerine uyum açısından istenen bir durum olduğu daha önce belirtilmişti. Elde edilen sonuçlar Model 1’in AIC ve BIC değerleri daha düşük olduğundan Model 2’ye göre daha iyi tahmin sonuçları ortaya koyduğu söylenebilir.
Şimdide R kod bloğu yazarak her iki modelin regresyon metriklerine birlikte bakalım.

tahmin<-predict(model1, veri)

regresyonmetrik<-tibble("Gözlem"=veri$medv, Tahmin=tahmin) %>% summarise(SSE=sse(Gözlem, Tahmin),MSE=mse(Gözlem, Tahmin),RMSE=rmse(Gözlem, Tahmin), MAE=mae(Gözlem, Tahmin), MAPE=mape(Gözlem, Tahmin)) %>% mutate_if(is.numeric, round, 2) %>% add_column(Model="Model 1", .before="SSE")


tahmin2<-predict(model2, veri[,-10])

regresyonmetrik2<-tibble("Gözlem"=veri$medv, Tahmin=tahmin2) %>% summarise(SSE=sse(Gözlem, Tahmin),MSE=mse(Gözlem, Tahmin),RMSE=rmse(Gözlem, Tahmin), MAE=mae(Gözlem, Tahmin), MAPE=mape(Gözlem, Tahmin)) %>% mutate_if(is.numeric, round, 2)%>% add_column(Model="Model 2", .before="SSE")


formattable(rbind(regresyonmetrik, regresyonmetrik2))
Yukarıdaki R kod bloğu çalıştırıldıktan sonra kurulan modellere ilişkin karşılatırmalı hata metrikleri aşağıdaki tabloda verilmiştir. Ortaya konulan bulgular AIC ve BIC parametrelerinde olduğu gibi 1 nolu model 2 nolu modele göre daha az hata üretmektedir. Dolayısıyla bu bulgulara bakarak 1 nolu modelin daha iyi olduğu ileri sürülebilir.
Anova testi ile her iki modeli karşılaştırma
Anova testi kullanılarak her iki model karşılaştırarak model performansları ortaya konulmuştur. Aşağıdaki R kod bloğu ile her iki model anova test edilerek modellerdeki iyileşmeler verilmiştir.

model1<-lm(medv ~. , data = veri)
model2<-lm(medv ~. , data = veri [,-10])
anova(model2, model1)
Yukarıdaki R kod bloğu çalıştırıldıktan sonra elde edilen model performansları aşağıda verilmiştir. Elde edilen bulgular istatistiksel olarak 1. modelin 2. modele göre daha iyi olduğunu göstermektedir. Anova testinde F rasyosu bize bu iyileşmeyi göstermektedir. Aşağıdaki raporda 1. modelde elde edilen toplam hata (RSS) 11079, 2. modelde elde edilen hata (RSS) ise 11321’dir. Görüleceği üzere 2. modelde hata da yüksektir. Sum of Sq ifadesi 11079-11321=-242.26 göstermektedir.

AAnalysis of Variance Table

Model 1: medv ~ crim + zn + indus + chas + nox + rm + age + dis + rad + 
    tax + ptratio + b + lstat
Model 2: medv ~ crim + zn + indus + chas + nox + rm + age + dis + rad + 
    ptratio + b + lstat
  Res.Df   RSS Df Sum of Sq      F   Pr(>F)   
1    492 11079                                
2    493 11321 -1   -242.26 10.758 0.001112 **
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Her iki modelin birlikte raporlanması
Her iki model yazılan aşağıdaki R kod bloğu birlikte karşılaştırma sağlanabilmesi adına raporlanabilir. Kurulan her iki modelde bağımsız değişkenler bağımlı değişken olan medyan ev fiyatlarındaki varyansın % 74’ünü açıklamaktadır.

export_summs(model1,model2 scale = FALSE, results = 'asis')
Yukarıdaki R kod bloğu çalıştırılarak kurulan modellere ilişkin elde edilen karşılaştırmalı rapor aşağıda verilmiştir.

────────────────────────────────────────────────────
                      Model 1          Model 2      
                 ───────────────────────────────────
  (Intercept)           36.46 ***        34.63 ***  
                        (5.10)           (5.12)     
  crim                  -0.11 **         -0.11 **   
                        (0.03)           (0.03)     
  zn                     0.05 ***         0.04 **   
                        (0.01)           (0.01)     
  indus                  0.02            -0.07      
                        (0.06)           (0.06)     
  chas1                  2.69 **          3.03 ***  
                        (0.86)           (0.86)     
  nox                  -17.77 ***       -18.70 ***  
                        (3.82)           (3.85)     
  rm                     3.81 ***         3.91 ***  
                        (0.42)           (0.42)     
  age                    0.00            -0.00      
                        (0.01)           (0.01)     
  dis                   -1.48 ***        -1.49 ***  
                        (0.20)           (0.20)     
  rad                    0.31 ***         0.13 **   
                        (0.07)           (0.04)     
  tax                   -0.01 **                    
                        (0.00)                      
  ptratio               -0.95 ***        -0.99 ***  
                        (0.13)           (0.13)     
  b                      0.01 ***         0.01 ***  
                        (0.00)           (0.00)     
  lstat                 -0.52 ***        -0.52 ***  
                        (0.05)           (0.05)     
                 ───────────────────────────────────
  N                    506              506         
  AIC                 3027.61          3036.55      
  BIC                 3091.01          3095.73      
  Pseudo R2              0.74             0.74      
────────────────────────────────────────────────────
  *** p < 0.001; ** p < 0.01; * p < 0.05.           

Column names: names, Model 1, Model 2
Diagnostik Testler
Bu kısımda kurulan 1 nolu modelin regresyon varsayımları gözden geçirilecektir.
Artıkların normal dağılım gösterdiği varsayımı

library(broom)
diagnostiktest <- augment(model1)
plot(model1, 2)

#alternatif
ggqqplot(diagnostiktest$.resid, ylab = "Std. deviance residuals", color="red")

#alternatif
ggqqplot(model1$residuals, ylab = "Std. deviance residuals", color="blue")
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen artıkların grafiği aşağıda verilmiştir. Grafikte normal dağılımı bozan değerler olduğu görülmektedir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen artıkların alternatif grafiği aşağıda verilmiştir.
Çoklu doğrusallık varsayımı
Bu kısımda aşağıda yazdığım R kod bloğu ile varyans enflasyon faktörü (VIF) ve tolerans seviyeleri hesaplanmıştır.

varyanseflasyonfaktoru<-VIF(model1)
vif<-tibble(Değişken=names(VIF(model1)), VIF=varyanseflasyonfaktoru) %>% arrange(desc(VIF)) %>% add_column(sıra=1:13, .before="Değişken") %>% mutate(Tolerans=1/VIF) %>% mutate_if(is.numeric, round,2)

formattable(vif, 
            list(formatter(
              "span", style = ~ style(color = "grey",font.weight = "bold")),
`VIF` = color_bar("#00CED1"),
`Tolerans` = color_bar("#00FF7F")
))
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılması ile hesaplanan varyans enflasyon faktörü (VIF) ve tolerans seviyeleri aşağıdaki tabloda verilmiştir. Daha önce VIF değerinin 10’dan büyük olmaması ve tolerans seviyesinin ise 0,1’in altına düşmemesi gerektiğini söylemiştir. Elde edilen bulgular VIF ve tolerans değerlerinin kabul edilebilir sınırlar içerisinde kaldığını göstermektedir.
Etkin değerlerin bulunması
Burada etkin değerlerden kasıt Cook’un mesafesi kullanılarak uç (extreme) değerlerin bulunmasıdır. Aşağıda yazılan R kod bloğu ile normal dağılıma uymayan 10 değer Cook’un mesafesi kullanılarak grafiğe yansıtılmıştır.

plot(model1, 4, id.n = 10)
#değerleri de verecek olursak satırlarla birlikte
top10<-diagnostiktest[, -c(15:19,21)] %>%
  top_n(10, wt = .cooksd) %>% mutate_if(is.numeric, round,3)
as.matrix(top10)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra Cook’un mesafesini gösteren grafik en yüksek 10 değeri ile birlikte aşağıda verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra Cook’un mesafesini gösteren tablo matris formatında en yüksek 10 gözlem değeri ile birlikte aşağıda verilmiştir.

  medv   crim     zn  indus   chas nox     rm      age     dis     rad 
 [1,] "23.7" " 0.290" "0" "10.59" "0"  "0.489" "5.412" "  9.8" "3.587" " 4"
 [2,] "21.9" " 3.474" "0" "18.10" "1"  "0.718" "8.780" " 82.9" "1.905" "24"
 [3,] "27.5" " 4.556" "0" "18.10" "0"  "0.718" "3.561" " 87.9" "1.613" "24"
 [4,] "23.1" "13.522" "0" "18.10" "0"  "0.631" "3.863" "100.0" "1.511" "24"
 [5,] "50.0" " 4.898" "0" "18.10" "0"  "0.631" "4.970" "100.0" "1.332" "24"
 [6,] "50.0" " 5.670" "0" "18.10" "1"  "0.631" "6.683" " 96.8" "1.357" "24"
 [7,] "50.0" " 6.539" "0" "18.10" "1"  "0.631" "7.016" " 97.5" "1.202" "24"
 [8,] "50.0" " 9.232" "0" "18.10" "0"  "0.631" "6.216" "100.0" "1.169" "24"
 [9,] "50.0" " 8.267" "0" "18.10" "1"  "0.668" "5.875" " 89.6" "1.130" "24"
[10,] "17.9" "18.811" "0" "18.10" "0"  "0.597" "4.628" "100.0" "1.554" "24"
      tax   ptratio b        lstat   .cooksd
 [1,] "277" "18.6"  "348.93" "29.55" "0.043"
 [2,] "666" "20.2"  "354.55" " 5.29" "0.069"
 [3,] "666" "20.2"  "354.70" " 7.12" "0.067"
 [4,] "666" "20.2"  "131.42" "13.33" "0.045"
 [5,] "666" "20.2"  "375.52" " 3.26" "0.166"
 [6,] "666" "20.2"  "375.33" " 3.73" "0.055"
 [7,] "666" "20.2"  "392.05" " 2.96" "0.044"
 [8,] "666" "20.2"  "366.15" " 9.53" "0.043"
 [9,] "666" "20.2"  "347.88" " 8.88" "0.094"
[10,] "666" "20.2"  " 28.79" "34.37" "0.050"
Alternatif olarak aşağıdaki R kod bloğunda car paketini kullanarak da uç değerleri (outliers) belirleyebiliriz. Burada Bonferroni düzeltilmiş outlier test’ini kullanıyoruz.

library(car)
outlierTest(model1,10)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen uç değerler aşağıda verilmiştir. Bu uç değerler modelden çıkarılırsa daha iyi sonuçlar elde edilmesi mümkündür. Aşağıda solda yer alan numaralar veri setindeki satır numaralarını göstermektedir.

     rstudent unadjusted p-value Bonferroni p
369  5.907411         6.4998e-09   3.2889e-06
372  5.491079         6.4185e-08   3.2478e-05
373  5.322247         1.5617e-07   7.9020e-05
370  3.807609         1.5808e-04   7.9987e-02
413  3.546859         4.2724e-04   2.1618e-01
365 -3.457995         5.9153e-04   2.9932e-01
371  3.367841         8.1712e-04   4.1346e-01
187  3.032720         2.5518e-03           NA
366  2.956763         3.2586e-03           NA
162  2.859666         4.4214e-03           NA
Modelden uç değerlerler çıkarılarak tekrar kurulmuştur. Aşağıda yazılan kod bloğu ile düzeltilmiş R karenin yükseldiği görülmektedir. Bu da bize bağımsız değişkenlerin bağımlı değişkendeki varyansı açıklama oranının yükseldiği göstermektedir.

n<-outlierTest(model1,10)
#küçükten büyüğe doğru satır numaralarını sıralayacak olursak
satir<-sort(names(n$rstudent))#satırlar küçükten büyüğe doğru
#sonuçlar:[1] 162 187 365 366 369 370 371 372 373 413
mmodelucyok<-lm(medv ~. , data = veri[-satir, ])
summary(mmodelucyok)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılması ile uç değerlerin çıkarılmasından sonra elde edilen yeni model özeti aşağıda verilmiştir. Elde edilen bulgular uç değerler çıkartıldığında modelin bağımlı değişkendeki varyansları açıklama gücünün % 73’ten % 81’e çıktığını göstermektedir.

Call:
lm(formula = medv ~ ., data = veri[-satir, ])

Residuals:
     Min       1Q   Median       3Q      Max 
-10.2400  -2.2328  -0.5165   1.7342  18.8761 

Coefficients:
              Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
(Intercept)  20.430819   4.299288   4.752 2.66e-06 ***
crim         -0.093021   0.026329  -3.533 0.000450 ***
zn            0.033153   0.011037   3.004 0.002806 ** 
indus         0.014326   0.049452   0.290 0.772175    
chas1         1.532408   0.728125   2.105 0.035844 *  
nox         -11.953077   3.091782  -3.866 0.000126 ***
rm            5.467502   0.366377  14.923  < 2e-16 ***
age          -0.026620   0.010737  -2.479 0.013506 *  
dis          -1.175980   0.160622  -7.321 1.04e-12 ***
rad           0.203448   0.053560   3.799 0.000164 ***
tax          -0.012625   0.003014  -4.189 3.33e-05 ***
ptratio      -0.895774   0.105524  -8.489 2.60e-16 ***
b             0.010020   0.002170   4.617 5.01e-06 ***
lstat        -0.303462   0.044016  -6.894 1.70e-11 ***
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Residual standard error: 3.793 on 482 degrees of freedom
Multiple R-squared:  0.8142,	Adjusted R-squared:  0.8092 
F-statistic: 162.5 on 13 and 482 DF,  p-value: < 2.2e-16

Her iki modeli, model 1 ile uç değerlerinin çıkarılarak kurgulandığı yeni modeli karşılaştırmalı olarak aşağıda yazılan R kod bloğu ile de vererek resmi daha yakından görmüş oluruz.

stargazer(model1,mmodelucyok, scale=F,  type="text", digits=2)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra bahsedilen her iki karşılaştırmalı olarak aşağıda verilmiştir.

=====================================================================
                                   Dependent variable:               
                    -------------------------------------------------
                                          medv                       
                              (1)                      (2)           
---------------------------------------------------------------------
crim                        -0.11***                 -0.09***        
                             (0.03)                   (0.03)         
                                                                     
zn                          0.05***                  0.03***         
                             (0.01)                   (0.01)         
                                                                     
indus                         0.02                     0.01          
                             (0.06)                   (0.05)         
                                                                     
chas1                       2.69***                   1.53**         
                             (0.86)                   (0.73)         
                                                                     
nox                        -17.77***                -11.95***        
                             (3.82)                   (3.09)         
                                                                     
rm                          3.81***                  5.47***         
                             (0.42)                   (0.37)         
                                                                     
age                          0.001                   -0.03**         
                             (0.01)                   (0.01)         
                                                                     
dis                         -1.48***                 -1.18***        
                             (0.20)                   (0.16)         
                                                                     
rad                         0.31***                  0.20***         
                             (0.07)                   (0.05)         
                                                                     
tax                         -0.01***                 -0.01***        
                            (0.004)                  (0.003)         
                                                                     
ptratio                     -0.95***                 -0.90***        
                             (0.13)                   (0.11)         
                                                                     
b                           0.01***                  0.01***         
                            (0.003)                  (0.002)         
                                                                     
lstat                       -0.52***                 -0.30***        
                             (0.05)                   (0.04)         
                                                                     
Constant                    36.46***                 20.43***        
                             (5.10)                   (4.30)         
                                                                     
---------------------------------------------------------------------
Observations                  506                      496           
R2                            0.74                     0.81          
Adjusted R2                   0.73                     0.81          
Residual Std. Error     4.75 (df = 492)          3.79 (df = 482)     
F Statistic         108.08*** (df = 13; 492) 162.46*** (df = 13; 482)
=====================================================================
Note:                                     *p<0.1; **p<0.05; ***p<0.01

======
110.24
------
Hataların bağımsızlığı testi
Kurulan regresyon modelinde hataların bağımsızlığını testi için literatürde genellikle Durbin Watson istatistiğinin kullanıldığı görülmektedir. Regresyon modellerinde hatalar bağımsız olması gerekli olup, Durbin Watson değerinin 1 ile 3 arasında olması istenmektedir. Aşağıda yazılan R kod bloğu ile 1 nolu modelin Durbin Watson istatistiği verilmiştir.

lmtest::dwtest(model1)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen Durbin Watson istatistiği aşağıdaki verilmiştir. Elde edilen bulgular Durbin-Watson test istatistiği değerinin referans değerler aralığında kaldığını ve bu sonucun istatistiksel olarak anlamlı olduğunu göstermektedir.

	Durbin-Watson test

data:  model1
DW = 1.0784, p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true autocorrelation is greater than 0
Yapılan bu çalışma ile özellikle veri bilimi (data science) ile ilgilenen akademi ve saha çalışanlarına önemli bir katkı sunulacağı düşünülmektedir.
Faydalı olması ve farkındalık oluşturması dileğiyle.
Bilimle ve teknolojiyle kalınız.
Saygılarımla.
Not: Kaynak gösterilmeden alıntı yapılamaz veya kopyalanamaz.
Note: It can not be cited or copied without referencing.
Yararlanılan Kaynaklar
https://web.stanford.edu/~hastie/TALKS/boost.pdf
https://iq.opengenus.org/types-of-boosting-algorithms/
https://tevfikbulut.com/2020/05/21/r-programlama-diliyle-regresyon-problemlerinin-cozumunde-rastgele-orman-algoritmasi-uzerine-bir-vaka-calismasi-a-case-study-on-random-forest-rf-algorithm-in-solving-regression-problems-with-r-progr/
https://www.stat.berkeley.edu/~breiman/Using_random_forests_V3.1.pdf
https://www.stat.berkeley.edu/~breiman/RandomForests/
https://stats.idre.ucla.edu/r/library/r-library-introduction-to-bootstrapping/
https://stanford.edu/~shervine/l/tr/teaching/cs-229/cheatsheet-machine-learning-tips-and-tricks
http://uzalcbs.org/wp-content/uploads/2016/11/2012_082.pdf
http://www.ub.edu/stat/docencia/EADB/bagging.html
https://people.cs.pitt.edu/~milos/courses/cs2750-Spring04/lectures/class23.pdf
https://www.google.com/search?q=underfitting+and+overfitting&source=lnms&tbm=isch&sa=X&ved=2ahUKEwiI1onvyNvpAhVSQMAKHfYyC28Q_AUoAXoECBAQAw&biw=1366&bih=604#imgrc=m5WcPcAqdpCwEM
Webb G.I. (2011) Overfitting. In: Sammut C., Webb G.I. (eds) Encyclopedia of Machine Learning. Springer, Boston, MA
https://www.memorial.com.tr/saglik-rehberleri/biyopsi-nedir-ve-nasil-yapilir/
https://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Breast+Cancer+Wisconsin+(Diagnostic)
Andriyas, S. and McKee, M. (2013). Recursive partitioning techniques for modeling irrigation behavior. Environmental Modelling & Software, 47, 207–217.
Chan, J. C. W. and Paelinckx, D. (2008). Evaluation of Random Forest and Adaboost tree-based ensemble classification and spectral band selection for ecotope mapping using airborne hyperspectral imagery. Remote Sensing of Environment, 112(6), 2999–3011.
Chrzanowska, M., Alfaro, E., and Witkowska, D. (2009). The individual borrowers recognition:Single and ensemble trees. Expert Systems with Applications, 36(2), 6409–6414.
De Bock, K. W., Coussement, K., and Van den Poel, D. (2010). Ensemble classification based on generalized additive models. Computational Statistics & Data Analysis, 54(6), 1535–1546.
De Bock, K. W. and Van den Poel, D. (2011). An empirical evaluation of rotation-based ensemble classifiers for customer churn prediction. Expert Systems with Applications, 38(10), 12293–12301.
Fan, Y., Murphy, T.B., William, R. and Watson G. (2009). digeR: GUI tool for analyzing 2D DIGE data. R package version 1.2.
Garcia-Perez-de-Lema, D., Alfaro-Cortes, E., Manzaneque-Lizano, M. and Banegas-Ochovo, R. (2012). Strategy, competitive factors and performance in small and medium enterprise (SMEs).
African Journal of Business Management, 6(26), 7714–7726.
Gonzalez-Rufino, E., Carrion, P., Cernadas, E., Fernandez-Delgado, M. and Dominguez-Petit, R.(2013). Exhaustive comparison of colour texture features and classification methods to discriminate cells categories in histological images of fish ovary. Pattern Recognition, 46, 2391–2407.
Krempl, G. and Hofer, V. (2008). Partitioner trees: combining boosting and arbitrating. In: Okun, O., Valentini, G. (eds.) Proc. 2nd Workshop Supervised and Unsupervised Ensemble Methods and Their Applications, Patras, Greece, 61–66.
Torgo, Luis, Data Mining With R. Second Edition.
https://www.akira.ai/glossary/gradient-boosting/
http://www.ccs.neu.edu/home/vip/teach/MLcourse/4_boosting/slides/gradient_boosting.pdf
Breiman, L. (June 1997). “Arcing The Edge” (PDF). Technical Report 486. Statistics Department, University of California, Berkeley.
https://machinelearningmastery.com/gentle-introduction-gradient-boosting-algorithm-machine-learning/
https://dergipark.org.tr/tr/download/article-file/219865
Discovering Statistics Using SPSS (2009), Field, A.
https://www.jmp.com/en_ch/statistics-knowledge-portal/what-is-multiple-regression/fitting-multiple-regression-model.html
https://marcfbellemare.com/
https://www.statisticshowto.com/variance-inflation-factor/
https://www.rdocumentation.org/packages/psych/versions/1.9.12.31/topics/cor.plot
https://www.rdocumentation.org/packages/caret/versions/6.0-86/topics/findCorrelation
https://tevfikbulut.com/2020/07/04/rda-binary-lojistik-regresyon-uzerine-bir-vaka-calismasi-a-case-study-on-binary-logistic-regression-in-r/
https://cran.r-project.org/web/packages/relaimpo/relaimpo.pdf
Bunu paylaş:
Facebook
Twitter
Reddit
Telegram
E-posta
Yazdır
Daha fazla
LinkedIn
Tumblr
Pinterest
Pocket
WhatsApp
Skype
Bunu beğen:
Beğen Yükleniyor...
Tevfik BULUT	Genel	Yorum bırakın 15 Temmuz 2020 26 Mayıs 2021 38 Minutes	
Topluluk Öğrenme Algoritmalarından Gradyan Yükseltme Algoritması İle Gögüs Kanserinin Tahmini Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on the Prediction of Breast Cancer Using Gradient Boosting Algorithm from Ensemble Learning Algorithms
Giriş
Topluluk (ensemble) öğrenme algoritmaları tahmine dayalı analitik çalışmalarda en başarılı yaklaşımlardan biridir. Bu algoritmalar somut bir problemi çözmek için bir araya gelen modeller setinden oluşmaktadır. Amaç modeller setinin ürettiği tahminleri birleştirerek doğruluğu (accuracy) artırmaktır. Topluluk algoritmaları kendi içerisinde üç grupta ele alınır.
Torbalama (Bagging: Bootsrap Aggregating)
Yükseltme (Boosting)
AdaBoost
Gradient Boosting
XGBoost
LightGBM
İstif (Stacking)
Topluluk (ensemble) öğrenme ve yükseltme algoritmalarından biri olan gradyan yükseltme, ingilizce ifadeyle gradient boosting, temel olarak Leo Breiman tarafından 1997 yılında geliştirilen sınıflandırma, regresyon ve sıralama problemlerinin çözümünde kullanılan makine öğrenmesine dayanan topluluk algoritmasıdır. Gradyan yükseltme algoritmaları yinelemeli olarak çalışır. Bu yöntemde her bir yinelemede yeni bir zayıf öğrenici ilave edilerek güçlü bir öğrenici oluşturulur. Diğer bir ifadeyle, zayıf öğrenicilerin bir araya gelmesiyle güçlü bir öğrenici oluşturulur. Bu yöntemde her ağaç bir öncekinden ardışık düzende öğrenerek sığ ağaçlardan oluşan bir topluluk oluşturulur. Bu topluluk oluşturmak için yeni modellerin eklendiği yinelemeli (iteratif) bir süreçten oluşur. Bu bir anlamda adaptiftir. Algoritmanın her yeni yinelenmesinde, yeni modeller önceki yinelemelerde yapılan hataların üstesinden gelmek için inşa edilir. Bu yöntemde, sonraki her bir modelin önceki modeldeki hataları düzeltmeye çalıştığı sıralı (sequential) bir işlem yapılır. Yani sonraki modeller önceki modele bağımlıdır. Bu yöntem çok çeşitli sorunlara en uygun çözümleri bulabilen çok genel bir optimizasyon algoritmasıdır. Gradyan algortimasının temel fikri, maliyet fonksiyonunu en aza indirmek için parametreleri tekrarlamaktır. Ağaç eklerken kaybı en aza indirmek için gradyan iniş prosedürü kullanılır. Gradyan yükseltme üç unsur içerir:
Optimize edilecek bir kayıp (loss) fonksiyonu.
Tahmin yapmak için zayıf bir öğrenici.
Kayıp fonksiyonu en aza indirmek için zayıf öğrenicilere eklenecek için bir katkı modeli.
Yükseltme algoritmasının işleyiş süreci Şekil 1’de verilmiştir.
Şekil 1: Gradyan Yükseltme (Gradient Boosting) Algoritmasının İşleyiş Süreci
Kaynak: https://www.akira.ai
Yükseltme algoritmaları topluluk üyelerinin her biri birbirine bağımlıdır. Torbalama algoritmaları paralel düzende, yükseltme algoritmaları ise ardışık (sequential) düzende çalışmaktadır.
Modeller oluşturulurken temel amaç, bias ve varyans dengesinin kurulmasıdır. Bu uyumu sağlarsak iyi model uyumu (good-fit) elde etmiş oluruz. Makine öğrenme ve derin öğrenme problemlerinin çözümünde modelleme hatalarına bağlı olarak varyans ve bias değişiklik göstermektedir. Bu iki durum şöyle ele alınabilir:
Eksik model uyumu (under-fitting): Kurulan modelde elde edilen tahmin değerleri gözlem verisine yeterince uyum göstermediğinde ortaya çıkar. Bu durumda varyans düşükken bias yüksektir. Buradan şunu anlamak gerekir: gözlem verisi ile tahmin edilen veri arasındaki fark büyükse, diğer bir deyişle kurulan modelle bağımlı değişken iyi tahmin edilemiyorsa bu durumda under-fitting oluşur. Under-fitting sonraki kısımlarında anlatılan sınıflandırma ve regresyon hata metrikleri ile kolaylıkla ortaya konulabilir.
Aşrı model uyumu (over-fitting): Kurulan modelde eğitilen veri seti (training data set)’yle gözlem verisine aşırı uyum gösterdiğinde ortaya çıkar. Bu durumda varyans yüksekken bias düşüktür.
Bahsedilen bu iki durumu kafamızda daha da canlı tutmak için bias ve varyans ilişkisi Şekil 2’de verilmiştir. Şekil’de biz modeli kurgularken olması gereken durumu gösteren Düşük Varyans-Düşük Bias uyumunu, diğer bir ifadeyle yüksek kesinlik (precision)-yüksek doğruluk (accuracy) hedefliyoruz. Diğer bir deyişle kurguladığımız model (Şekil 2 1 nolu model) ile gözlem değerlerini olabildiğince en yüksek doğruluk oranı ile tahmin ederken aynı zamanda varyansı düşük (yüksek kesinlik (precision)) tutmayı hedefliyoruz. Buna başardığımızda aslında iyi model uyumunu (good-fit) sağlamış ve iyi bir model kurmuş oluyoruz. Eksik model uyumu (under-fitting)’nda ise Şekil 2’de 3 nolu modelde görüleceği üzere elde edilen tahmin değerleri gözlem değerleri (kırmızı alan)’nden uzaklaşmakla birlikte hala tahmin değerleri ile gözlem değerleri arasında farklar, diğer bir deyişle varyans düşüktür. Aşırı model uyumu (over-fitting)’da ise Şekil 2’de 2 nolu modelde görüleceği üzere varyans yüksek iken bias düşüktür. 2 nolu modelde doğru değerler (gözlem değerleri)’i kurulan modelde yüksek doğrulukla (düşük bias=yüksek doğruluk (accuracy) tahmin edilse de gözlem değerleri ile tahmin değerleri arasındaki varyans yüksektir.
Şekil 2: Bias-Varyans İlişkisi
Veri Tipleri
Yükseltme algoritmaları ile sınıflandırma problemi çözüyorsak bağımlı değişkenin ya da cevap değişkeninin veri tipi nitel ve kategoriktir. Ancak, bu yöntem ile regresyon problemini çözüyorsak bağımlı değişkenin ya da cevap değişkeninin veri tipi niceldir. Veri tipleri kendi içerisinde 4 farklı alt sınıfta ele alınabilir. Bu veri tipleri alt sınıflarıyla birlikte Şekil 3’te verilmiştir.
Şekil 3: Veri Tipleri
Nicel Veri (Quantitative Data)
Şekil 3’te sunulan nicel veri tipi ölçülebilen veri tipi olup, kendi içerisinde temel olarak ikiye ayrılmaktadır. Bu veri tipine alt sınıflandırmalar dikkate alınarak sırasıyla örnek verelim.
Sürekli veri (Continous data): Tam sayı ile ifade edilmeyen veri tipi olup, zaman, sıcaklık, beden kitle endeksi, boy ve ağırlık ölçümleri bu veri tipine örnek verilebilir.
Kesikli veri (Discrete Data): Tam sayı ile ifade edilebilen veri tipi olup, bu veri tipine proje sayısı, popülasyon sayısı, öğrenci sayısı örnek verilebilir.
Nitel Veri (Qualitative Data)
Şekil 3’te verilen nitel veri tipi ölçülemeyen ve kategori belirten veri tipi olup, kendi içerisinde temel olarak ikiye ayrılmaktadır. Bu veri tipine alt sınıflandırmalar şöyledir:
Nominal veri: İki veya daha fazla cevap kategorisi olan ve sıra düzen içermeyen veri tipi olup, bu veri tipine medeni durum (evli, bekar) ve sosyal güvenlik türü (Bağkur, SSK, Yeşil Kart, Özel Sigorta) örnek gösterilebilir.
Ordinal veri: İki veya daha fazla kategorisi olan ancak sıra düzen belirten veri türüdür. Bu veri tipine örnek olarak eğitim düzeyleri (İlkokul, ortaokul, lise, üniversite ve yüksek lisans), yarışma dereceleri (1. , 2. ve 3.) ve illerin gelişmişlik düzeyleri (1. Bölge, 2. Bölge, 3. Bölge, 4. Bölge, 5. Bölge ve 6. Bölge) verilebilir.
Veri tiplerinden bahsedildikten sonra bu veri tiplerinin cevap değişkeni (bağımlı değişken) olduğu durumlarda seçilecek analiz yöntemini ele alalım. Temel olarak cevap değişkeni ölçülebilir numerik değişken ise regresyon, değilse sınıflandırma analizi yapıyoruz. Cevap değişkeni, diğer bir deyişle bağımlı değişken numerik ise bağımsız değişken veya değişkenlerin çıktı (output) / bağımlı değişken (dependent variable) / hedef değişken (target variable) veya değişkenlerin üzerindeki etkisini tahmin etmeye çalışıyoruz. Buradaki temel felsefeyi anlamak son derece önemlidir. Çünkü bu durum sizin belirleyeceğiniz analiz yöntemini de değiştirecektir.
Kullanılan analiz yöntemi ile kurulan modelde ya sınıflandırma problemini ya da regresyon problemini çözdüğümüzü ifade etmiştik. Ancak kurulan modellerde çözülen problemin sınıflandırma ya da regresyon oluşuna göre performans değerlendirmesi farklılaşmaktadır. Sınıflandırma problemlerinde kullanılan hata metrikleri ile regresyon hata metrikleri aynı değildir. Bu bağlamda ilk olarak sınıflandırma problemlerinin çözümünde kullanılan hata metriklerini ele alalım.
Sınıflandırma Problemlerinde Hata Metrikleri
Karışıklık matrisi (confusion matrix) olarak olarak adlandırılan bu matris sınıflandırma problemlerinin çözümünde hata metriklerini ortaya koyarak kurulan modelin veya modellerin hata oranını değerlendirmektedir. Hata matrisinin makine ve derin öğrenme metotlarının değerlendirilmesinde sıklıkla kullanıldığı görülmektedir. Tablo 1’de hata metriklerinin hesaplanmasına esas teşkil eden karışıklık matrisi (confisioun matrix) verilmiştir. Bu tabloyla sınıflandırma hataları hesaplanabilmektedir. Tabloda yer verilen Tip 1 hata (Type 1 error) istatistikte alfa hatasını göstermektedir. Tip 1 hata H0 hipotezi (null hpypothesis) doğru olduğu halde reddedilmesidir. Tabloda Tip 2 hata (Type II error) olarak adlandırılan hata ise istatistikte Beta hatası olarak da bilinmektedir. Tip 2 hata ise H0 hipotezi (null hpypothesis) yanlış olduğu halde kabul edilmesidir.
Tablo 1: Karışıklık Matrisi (Confusion Matrix)
Kaynak: Stanford Üniversitesi
Tablo 1’de TP: Doğru Pozitifleri, FN: Yanlış Negatifleri, FP: Yanlış Pozitifleri ve TN: Doğru Negatifleri göstermektedir.
Şekil 3’te de yer verildiği üzere literatürde sınıflandırma modellerinin performansını değerlendirmede aşağıdaki hata metriklerinden yaygın bir şekilde yararlanıldığı görülmektedir. Sınıflandırma problemlerinin çözümüne yönelik Yükselme (Boosting: AdaBoost) algoritması kullanarak R’da yapmış olduğum çalışmanın linkini ilgilenenler için aşağıda veriyorum.
Topluluk Öğrenme Algoritmalarından Yükseltme Algoritması İle Gögüs Kanserinin Tahmini Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on the Prediction of Breast Cancer Using Boosting Algorithm from Ensemble Learning Algorithms
Doğruluk (Accuracy): TP+TN / TP+TN+FP+FN eşitliği ile hesaplanır. Modelin genel performansını ortaya koyar. Bu sınıflandırma metriği ile aslında biz informal bir şekilde dile getirirsek doğru tahminlerin toplam tahminler içindeki oranını hesaplamış oluyoruz.
Kesinlik (Precision): TP / TP+FP eşitliği ile hesaplanır. Doğru tahminlerin ne kadar kesin olduğunu gösterir.
Geri çağırma (Recall): TP / TP+FN eşitliği ile hesaplanır. Gerçek pozitif örneklerin oranını verir.
Özgünlük (Specificity): TN / TN+FP eşitliği ile hesaplanır. Gerçek negatif örneklerin oranını gösterir.
F1 skoru : 2TP / 2TP+FP+FN eşitliği ile hesaplanır. Dengesiz sınıflar için yararlı hibrit bir metrik olup, kesinlik (precision) ve geri çağırma (recall) skorlarının ağırlıklı ortalamasını ifade etmektedir.
ROC (Receiver operating characteristic): Yukarıda karışıklık matrisinde belirtilen parametrelerden yararlanılarak hesaplanır. ROC eğrisi olarak da adlandırılmaktadır. ROC eğrileri, herhangi bir tahmin modelinin doğru pozitifler (TP) ve negatifler (TN) arasında nasıl ayrım yapabileceğini görmenin güzel bir yoludur. Sınıflandırma modellerin perfomansını eşik değerler üzerinden hesaplar. ROC iki parametre üzerinden hesaplanır. Doğru Pozitiflerin Oranı (TPR) ve Yanlış Pozitiflerin Oranı (FPR) bu iki parametreyi ifade eder. Burada aslında biz TPR ile Geri Çağırma (Recall), FPR ile ise 1-Özgünlük (Specificity)‘ü belirtiyoruz.
Cohen Kappa: Kategorik cevap seçenekleri arasındaki tutarlılığı ve uyumu gösterir. Cohen, Kappa sonucunun şu şekilde yorumlanmasını önermiştir: ≤ 0 değeri uyumun olmadığını, 0,01–0,20 çok az uyumu, 0,21-0,40 az uyumu, 0,41-0,60 orta, 0,61-0,80 iyi uyumu ve 0,81–1,00 çok iyi uyumu göstermektedir. 1 değeri ise mükemmel uyum anlamına gelmektedir.
Sınıflandırma hata metriklerini anlattıktan sonra daha kalıcı olması ve öğrenilmesi adına hazırladığım excel üzerinde bahsedilen bu metriklerin nasıl hesaplandığı gösterilmiştir. Excel dosyasını aşağıdaki linkten indirebilirsiniz.
Sınıflandırma Metrikleriİndir
Regresyon Problemlerinde Hata Metrikleri
Regresyon modellerinin performansını değerlendirmede literatürde aşağıdaki hata metriklerinden yaygın bir şekilde yararlanılmaktadır. Regresyon metrikleri eşitliklerinin verilmesi yerine sade bir anlatımla neyi ifade ettiği anlatılacaktır. Böylece formüllere boğulmamış olacaksınız.
SSE (Sum of Square Error): Tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların kareleri toplamını ifade eder.
MSE (Mean Square Error): Ortalama kare hatası olarak adlandırılan bu hata tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların karelerinin ortalamasını ifade eder.
RMSE (Root Mean Square Error): Kök ortalama kare hatası olarak adlandırılan bu hata ortalama kare hatasının karekökünü ifade etmektedir.
MAE (Mean Absolute Error): Ortalama mutlak hata olarak adlandırılan bu hata türü ise tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların mutlak değerlerinin ortalamasını ifade etmektedir.
MAPE (Mean Absolute Percentage Error): Ortalama mutlak yüzdesel hata olarak adlandırılan bu hata türünde ilk olarak tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların mutlak değerleri hesaplanır. Daha sonra hesaplanan farkları mutlak değerleri mutlak değerleri alınan gözlem değerlerine bölünür. En son durumda ise elde edilen bu değerlerin ortalaması alınır.
Bias: Tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların ortalamasıdır. Bu yönüyle ortalama mutlak hata (MAE)’ya benzemektedir.
Regresyon hata metriklerini anlattıktan sonra daha kalıcı olması ve öğrenilmesi adına hazırladığım excel üzerinde bahsedilen bu metriklerin nasıl hesaplandığı gösterilmiştir. Excel dosyasını aşağıdaki linkten indirebilirsiniz.
Regresyon Metrikleri İndir
Çalışma kapsamında gradyan yükseltme algoritmasıyla sınıflandırma problemi çözülecektir. Bu amaçla Wisconsin Üniversitesi Hastanesinden alınan Meme Kanseri veri seti kullanılarak bağımlı değişken olan meme kanserinin tipi tahmin edilecektir.
Metodoloji ve Uygulama Sonuçları
Bu bölümde gradyan algoritması kullanılarak meme kanserinin türü (iyi huylu: benign, kötü huylu: malign) tahmin edilmiştir. Diğer bir ifadeyle, bu çalışmada sınıflandırma problemi çözmüş olacağız. Analizde kullanılan veri seti Wisconsin Üniversitesi Hastanelerinde 15 Temmuz 1992 tarihine kadar tedavi görmüş hastalardan alınan meme biyopsi verilerini içermektedir. Biyopsi’den bahsetmişken ne anlama geldiğini de açıklayalım. Biyopsi, vücudun farklı bölgelerinden mikroskop yardımıyla inceleme ve farklı tetkikler yaparak hastalık şüphesi bulunan bölgeden tanı amaçlı hücre ya da doku alma işlemidir. Veri setinde 15 Temmuz 1992’ye kadar 699 hastaya ait meme tümör biyopsi gözlemleri bulunmaktadır. Veri setindeki toplam gözlem sayısı 699, değişken sayısı ise 10 (ID numarası hariç)’dur. Bu veri setine R programlama yazılımında “MASS” paketi içerisinde “biopsy” olarak yer verilmiştir. Ancak veri setinde değişkenlerin adları tam olarak yazılmadığı için R programlama dilinde revize edilmiş ve R programlama dili kullanılarak gradyan yükseltme (gradient boosting) algoritmasıyla analiz edilmiştir.
Cl.thickness: Kitlenin kalınlığını (clump thickness) göstermektedir. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Cell.size: Hücre büyüklüğünün homojenliğini (uniformity of cell size) göstermektedir. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Cell.shape: Hücre şeklinin bütünlüğünü (uniformity of cell shape) göstermektedir. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Marg.adhesion: Marjinal yapışmayı göstermektedir. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Epith.c.size Epitel hücre büyüklüğünü (single epithelial cell size) göstermektedir. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Bare.nuclei: Sitoplazma (hücrenin geri kalanı) ile çevrili olmayan çekirdekler için kullanılan bir terimdir. Bunlar tipik olarak iyi huylu tümörlerde görülür. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Bl.cromatin: Benign (iyi huylu) hücrelerde görülen çekirdeğin muntazam bir “dokusunu” açıklar (bland chromatin). Kanser hücrelerinde kromatin daha kaba olma eğilimindedir. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Normal.nucleoli: Nükleoller, çekirdekte görülen küçük yapılardır. Kanser hücrelerinde nükleoller daha belirgin hale gelir. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Mitoses: Mitotik aktivite, hücrelerin ne kadar hızlı bölündüğünün bir ölçüsüdür. Yüksek mitotik aktivite tipik olarak malign tümörlerde görülür. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Class: Meme kanserinin tipini (iyi huylu mu yoksa kötü huylu mu) göstermektedir. Değişken kategorileri “benign” ve “malignant“, diğer bir deyişle iyi ve kötü huyludur.Veri tipi nitel ve nominal kategoriktir.
Bu kapsamda cevap değişkeni (bağımlı değişken) olan “Class” yani meme kanserinin türü geri kalan 9 bağımsız değişken kullanılarak yükseltme (boosting) algoritmasıyla tahmin edilecektir. Analizde kullanılan veri setini aşağıdaki linkten indirebilirsiniz.
Göğüs Kanseri Veri Setiİndir
Şimdi veri setini tanıdıktan sonra adım adım (step by step) analize başlayabiliriz. Analizde R programlama dili kullanarak analiz adımları R kod bloklarında verilmiştir.
Yüklenecek R kütüphaneleri

rm(list=ls())

kütüphaneler = c("dplyr","tibble","tidyr","ggplot2","formattable","readr","readxl","xlsx", "pastecs","fpc", "DescTools","e1071", "DMwR","caret", "viridis","GGally","ggpurr","psych","writexl","ggfortify","explore","MASS","gbm")
 
sapply(kütüphaneler, require, character.only = TRUE)
Ver setinin okunması ve değişkenlerin adlandırılması

veri<-biopsy %>% rename(Cl.thickness=V1, Cell.size=V2, Cell.shape=V3, Marg.adhesion=V4,  Epith.c.size=V5, Bare.nuclei=V6, Bl.cromatin=V7, Normal.nucleoli=V8, Mitoses=V9, Class=class)
veri<-veri[,-1]
Ver setinin xlsx ve csv uzantılı dosyalara yazdırılması

write.csv(veri, "gögüskanseriveriseti.csv")#csv dosyası için
write_xlsx(veri, "gögüskanseriveriseti.xlsx")#xlsx dosyası için
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri seti xlsx ve csv uzantılı dosyalara yazdırılmıştır. Elde edilen veri seti dosyası sadece xlsx uzantılı olarak aşağıdan indirilebilir. Sitem csv dosya yüklemesini desteklemediği için csv uzantılı dosya aşağıda verilememiştir. Ancak yukarıdaki R kod bloğu çalıştırabilir ve csv uzatılı dosya rmd dosyasının bulunduğu klasör içine otomatik olarak kaydedilebilir.
Göğüs Kanseri Veri Seti (xlsx)İndir
Veri setinin görselleştirilmesi ve tanımlayıcı istatistikler

#veri setindeki ilk 3 değişkenin görselleştirilmesi
veri[,1:3] %>% explore_all()
#veri setindeki 4,5,6 ve 7. değişkenlerin görselleştirilmesi
veri[,4:7] %>% explore_all()
#veri setindeki 8,9 ve 10. değişkenlerin görselleştirilmesi
veri[,8:10] %>% explore_all()

#veri setindeki ilk 10 gözlem
formattable(head(veri,10))

#Eksik gözlemler çıkarıldıktan sonra Pearson korelasyon matrisi 
tamveri<-na.omit(veri)
cor.plot(tamveri[,-10], main="Korelasyon Matrisi")
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki ilk 3 değişkenin grafiği aşağıda verilmiştir. Grafikte görüleceği üzere eksik gözlem (missing data: NA) bulunmamaktadır.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki 4,5,6 ve 7. değişkenlerin grafiği aşağıda verilmiştir. Grafikte görüleceği üzere sadece Bare.nuclei değişkende 16 eksik gözlem (missing data: NA) bulunmaktadır.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki 8,9 ve 10. değişkenlerin grafiği aşağıda verilmiştir. Grafikte görüleceği üzere eksik gözlem (missing data: NA) bulunmamaktadır.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra meme kanseri veri setindeki ilk 10 gözlem aşağıdaki tabloda verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra meme kanseri veri setindeki eksik gözlemlerin olduğu 16 satır çıkarılmış, ardından nicel ve kesikli değişkenlere ait Pearson korelasyon matrisi aşağıdaki şekilde verilmiştir. Bağımlı değişken dışındaki değişken çiftleri nicel (sürekli ve kesikli) olduğu için Pearson korelasyon katsayısını hesapladık.
Bağımlı değişken olan tümörün tipi (Class)’ne görer değişkenler arasındaki ilişki

tamveri %>% ggplot(aes(x = Cl.thickness, y = Cell.size, color = Class))+
        geom_point(position = position_dodge(0.9)) +
        facet_grid( ~Class)

tamveri %>% ggplot(aes(x = Cell.shape, y = Marg.adhesion, color = Class))+
        geom_point(position = position_dodge(0.9)) +
        facet_grid( ~Class)

tamveri %>% ggplot(aes(x = Epith.c.size, y = Bare.nuclei, color = Class))+
        geom_point(position = position_dodge(0.9)) +
        facet_grid( ~Class)

tamveri %>% ggplot(aes(x = Bl.cromatin, y = Normal.nucleoli, color = Class))+
        geom_point(position = position_dodge(0.9)) +
        facet_wrap(Mitoses~Class )
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra ilk iki değişkenin tümörün tipine göre kendi aralarındaki ilişki aşağıdaki grafikte verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra 3. ve 4. değişkenin tümörün tipine göre kendi aralarındaki ilişki aşağıdaki grafikte verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra 5. ve 6. değişkenin tümörün tipine göre kendi aralarındaki ilişki aşağıdaki grafikte verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra 7, 8 ve 9. değişkenlerin tümörün tipine göre kendi aralarındaki ilişki aşağıdaki grafikte verilmiştir.
Veri setinin eğitilecek veri setine ve test veri setine ayrılması
Bu kısımda aşağıdaki R kod bloğunda basit tekrarsız tesadüfi örnekleme (SRS without replacement) yöntemi kullanılarak veri setindeki gözlemlerin % 70’i eğitilecek veri setine, % 30 ise test edilecek veri setine atanmıştır. Veri setinin eğitilecek veri seti ve test veri setine ayrılmasında genel olarak 70:30 kuralı uygulansa da bu kuralın mutlak olmadığı unutulmamalıdır. Veri setindeki gözlem sayısına göre 70:30 kuralı değişiklik gösterebilmektedir. Veri setindeki gözlem sayısı çok azsa 60:40, veri setindeki gözlem sayısı çok fazla ise 80:20 ve hatta 90:10 olabilmektedir. Şimdi soru burada şu olabilir; neden biz 80:20 veya 90:10 olarak belirliyoruz? Genel olarak buna verilebileceğim cevap şu: Eğer çok yüksek gözlem sayıları ile çalışıyorsanız bilgisayar işlemcisine bağlı olarak bu işlemin çok uzun sürmesi kuvvetle muhtemeldir ki bu durumda test veri setinin oranını düşürmek analizinizi hızlandırır ve daha çabuk sonuç alırsınız.

set.seed(1461)
orneklem<- sample(1:NROW(tamveri), NROW(tamveri)*0.7)
train <- tamveri[orneklem, ]  
test <- tamveri[-orneklem, ]
Gradyan Yükseltme (Gradient Boosting) modelinin kurulması

model <- gbm(Class ~., data=train, shrinkage=0.01, distribution="multinomial", cv.folds=3, n.trees=5000)
print(model)
Değişkenlerin önem düzeyleri

onem0<-summary(model)

onemduzey0<-tibble("Değişken"=onem0$var,"Önem Düzeyi"=as.numeric(round(onem0$rel.inf,2)))

formattable(onemduzey0, 
            list(formatter(
              "span", style = ~ style(color = "grey",font.weight = "bold")),
`Önem Düzeyi` = color_bar("#00FF00")
))
Yukarıdaki kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen modeldeki değişkenlerin nispi önem düzeyleri (%) değerleriyle birlikte büyükten küçüğe doğru aşağıdaki tabloda verilmiştir.
Tahmin edilen değerler ile test veri setindeki gözlem değerlerinin karşılaştırılması

#en iyi parametre değerine göre tahmin sonuçlarını elde etme
(eniyi <- gbm.perf(model, plot.it=FALSE, method="cv"))
tahmin<-predict(model, test, n.trees=eniyi, type="response")[,,1]
tahmin<-as.factor(colnames(tahmin)[max.col(tahmin)])

karsilastirmatest<-tibble("Gözlem"=test$Class, Tahmin=tahmin)
#ilk ve son 10 tahmin değerini gerçek değerle karşılaştırma 
ilk10<-head(karsilastirmatest, 10) %>% rename(Gozlemİlk_10=Gözlem, Tahminİlk_10=Tahmin)
son10<-tail(karsilastirmatest, 10) %>% rename(GozlemSon_10=Gözlem, TahminSon_10=Tahmin)
formattable(cbind("Sıra"=seq(1,10),ilk10, son10))

#sonuçların xlsx dokümanına yazdırılması
karsilatirmasonuctest<-tibble("Gözlem"=test$Class, Tahmin=tahmin)
write_xlsx(karsilatirmasonuctest, "karsilatirmasonuctest.xlsx.")
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra gradyan yükseltme modelinden elde edilen ilk ve son 10 tahmin sınıflandırma değerleri gözlem sınıflandırma değerleri ile birlikte aşağıdaki tabloda karşılaştırmalı olarak verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğundaki son kod satırının çalıştırılması ile kurulan modelden elde edilen elde edilen sınıflandırma tahmin sonuçları ile test veri setindeki sınıflandırma sonuçları karşılaştırmalı olarak xlsx dokümanında verilmiş olup, aşağıdaki linkten indirebilirsiniz.
Test Veri Setine Göre Karşılaştırmalı Sonuçlarİndir
Karışıklık matrisi (confusion matrix)’nin oluşturulması

(eniyi <- gbm.perf(model, plot.it=FALSE, method="cv"))
tahmin<-predict(model, test, n.trees=eniyi, type="response")[,,1]

tahmin<-as.factor(colnames(tahmin)[max.col(tahmin)])

(cm <- table(tahmin, test$Class))

#Doğruluk (Acccuracy) oranı (%)
paste("Doğruluk Oranı: %", round(100*(sum(diag(cm))/sum(cm)),1)) 
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen karışıklık matrisi aşağıda verilmiştir.

tahmin      benign malignant
  benign       139         7
  malignant      0        59
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen doğruluk oranı % 96,6 olup aşağıda verilmiştir. Burada model test verisi ile karşılaştırılmış olup elde edilen sonuçlar test verisine ilişkin sonuçlardır.

"Doğruluk Oranı: % 96.6"
Sınıflandırma Hata parametreleri
Kurulan modele ait hata parametrelerinin elde edilmesine yönelik yazılan R kod bloğu aşağıda verilmiştir.

cm0<-confusionMatrix(tahmin, test$Class)

cm0
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen hata metrikleri bir bütün olarak aşağıda verilmiştir. Gradyan yükseltme algoritmasıyla kurulan model meme kanseri türlerini yaklaşık % 97 doğruluk (accuracy) oranı ile tahmin etmektedir. Hata oranı ise 100-97 eşitliğinden yola çıkarak % 3 buluruz. Uyumu gösteren Kappa katsayısı ise bu modelde yaklaşık % 92 (0,92) olup, tahmin edilen tümör türleri ile gözlemlenen tümör türleri arasında mükemmele yakın bir uyum olduğu görülmektedir. Bu bulgu aynı zamanda doğruluk oranını da destekler niteliktedir.

Confusion Matrix and Statistics

           Reference
Prediction  benign malignant
  benign       139         7
  malignant      0        59
                                          
               Accuracy : 0.9659          
                 95% CI : (0.9309, 0.9862)
    No Information Rate : 0.678           
    P-Value [Acc > NIR] : < 2e-16         
                                          
                  Kappa : 0.9195          
                                          
 Mcnemar's Test P-Value : 0.02334         
                                          
            Sensitivity : 1.0000          
            Specificity : 0.8939          
         Pos Pred Value : 0.9521          
         Neg Pred Value : 1.0000          
             Prevalence : 0.6780          
         Detection Rate : 0.6780          
   Detection Prevalence : 0.7122          
      Balanced Accuracy : 0.9470          
                                          
       'Positive' Class : benign    
Çapraz performans testi (Cross validation test)
Burada modelin performansı çapraz performans testi yapılarak tüm veri seti üzerinde test edilir ve doğruluk oranı verilir. Bu işleme ilişkin yazılan R kod bloğu aşağıda verilmiştir. Bu kısım Bilgisayar işlemcisine bağlı olarak biraz uzun sürebilmektedir. Bu yüzden sabırlı olmakta fayda var 🙂 . Çapraz performans testinde aşağıdaki fonksiyonda görüleceği üzere v=10 yerine v=3 olarak alınmasının nedeni performans testinin kısa sürmesinin sağlanmak istenmesinden kaynaklanmaktadır. Yukarıda karışıklık matrisine göre verilen metrikler test verisine göre elde edilen hata metrikleridir. Yani yukarıda eğitim verisine göre kurulan model test verisi ile karşılaştırılmıştır. Buradaki ayrımı iyi yapmak gerekir.

per<-gbm(Class ~., data=tamveri, shrinkage=0.01, distribution="multinomial", cv.folds=3, n.trees=5000)
bestiter<-gbm.perf(per, method = "cv")

tamveritahmin<-predict(model, tamveri, n.trees=bestiter, type="response")[,,1]

tamveritahmin<-as.factor(colnames(tamveritahmin)[max.col(tamveritahmin)])

tamverikarsilastirma<-tibble("Sıra"=seq(1, NROW(tamveri)), "Gözlem"=tamveri$Class,Tahmin=tamveritahmin)
tamverikarsilastirma

confusionMatrix(tamverikarsilastirma$Gözlem, tamverikarsilastirma$Tahmin)

##tüm veri seti tahminlerini gözlem değerleriyle birlikte xlsx dokümanına yazdırılması
write_xlsx(tamverikarsilastirma, "tumverisetikarsilatirma.xlsx")
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra model tüm veri seti üzerinde test edilmiş ve performans parametre değerleri karışıklık matrisi ile birlikte aşağıda verilmiştir. Bulgular, gradyan yükseltme algoritmasının tüm veri seti üzerinde test edildiğinde meme kanseri türlerini % 96,2 doğruluk oranı ve % 3,8 hata oranı ile tahmin ettiğini göstermektedir. Uyumu gösteren Kappa katsayı ise yaklaşık % 92 olup, mükemmele yakın bir uyum elde edildiğini göstermektedir.

             Confusion Matrix and Statistics

           Reference
Prediction  benign malignant
  benign       434        10
  malignant     16       223
                                         
               Accuracy : 0.9619         
                 95% CI : (0.9447, 0.975)
    No Information Rate : 0.6589         
    P-Value [Acc > NIR] : <2e-16         
                                         
                  Kappa : 0.9158         
                                         
 Mcnemar's Test P-Value : 0.3268         
                                         
            Sensitivity : 0.9644         
            Specificity : 0.9571         
         Pos Pred Value : 0.9775         
         Neg Pred Value : 0.9331         
             Prevalence : 0.6589         
         Detection Rate : 0.6354         
   Detection Prevalence : 0.6501         
      Balanced Accuracy : 0.9608         
                                         
       'Positive' Class : benign      
Yukarıdaki R kod bloğunun son satırı çalıştırılmasından sonra tüm veri seti tahminlerini gözlem değerleriyle birlikte xlsx dokümanına yazdırılmıştır. Gözlem ve tahmin sınıflandırma değerlerine karşılaştırmalı olarak aşağıdaki xlsx dokümanını indirerek ulaşabilirsiniz.
Tüm Veri Seti Karşılaştırma Sonuçlarıİndir
Sonuç
Bu çalışmada sınıflandırma (classification) probleminin çözümüne yönelik topluluk öğrenme algoritmalarından biri olan gradyan yükseltme (gradient boosting) algoritması kullanılarak ayrıntılı deneysel bir çalışma yapılmıştır. Ortaya konulan bulgular, sınıflandırma probleminin gradyan yükseltme (gradient boosting) algoritması tarafından çok başarılı bir şekilde, diğer bir ifadeyle çok yüksek bir doğruluk (accuracy) oranıyla çözüme kavuşturulduğu görülmektedir.
Gradyan yükseltme algoritması test verisi üzerinde test edildiğinde meme kanseri türlerini yaklaşık % 96,6 doğruluk (accuracy) oranı ile tahmin etmektedir. Diğer taraftan tüm veri seti üzerinde test edildiğinde ise meme kanseri türlerini yaklaşık % 96,2 doğruluk (accuracy) oranı ile tahmin etmektedir. Hata oranı (error rate) 1-Doğruluk Oranı eşitliğinden tüm verisi setinde % 3,8’dir . Bu hata sınıflandırma hatası (classification error) olarak da nitelendirilebilir.
Yapılan bu çalışmanın özellikle veri bilimi (data science) ile ilgilenen akademi ve saha çalışanlarına önemli bir katkı sunacağı düşünülmektedir.
Faydalı olması ve farkındalık oluşturması dileğiyle.
Bilimle ve teknolojiyle kalınız.
Saygılarımla.
Not: Kaynak gösterilmeden alıntı yapılamaz veya kopyalanamaz.
Note: It can not be cited or copied without referencing.
Yararlanılan Kaynaklar
https://web.stanford.edu/~hastie/TALKS/boost.pdf
https://iq.opengenus.org/types-of-boosting-algorithms/
https://tevfikbulut.com/2020/05/21/r-programlama-diliyle-regresyon-problemlerinin-cozumunde-rastgele-orman-algoritmasi-uzerine-bir-vaka-calismasi-a-case-study-on-random-forest-rf-algorithm-in-solving-regression-problems-with-r-progr/
https://www.stat.berkeley.edu/~breiman/Using_random_forests_V3.1.pdf
https://www.stat.berkeley.edu/~breiman/RandomForests/
https://stats.idre.ucla.edu/r/library/r-library-introduction-to-bootstrapping/
https://stanford.edu/~shervine/l/tr/teaching/cs-229/cheatsheet-machine-learning-tips-and-tricks
http://uzalcbs.org/wp-content/uploads/2016/11/2012_082.pdf
http://www.ub.edu/stat/docencia/EADB/bagging.html
https://people.cs.pitt.edu/~milos/courses/cs2750-Spring04/lectures/class23.pdf
https://www.google.com/search?q=underfitting+and+overfitting&source=lnms&tbm=isch&sa=X&ved=2ahUKEwiI1onvyNvpAhVSQMAKHfYyC28Q_AUoAXoECBAQAw&biw=1366&bih=604#imgrc=m5WcPcAqdpCwEM
Webb G.I. (2011) Overfitting. In: Sammut C., Webb G.I. (eds) Encyclopedia of Machine Learning. Springer, Boston, MA
https://www.memorial.com.tr/saglik-rehberleri/biyopsi-nedir-ve-nasil-yapilir/
https://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Breast+Cancer+Wisconsin+(Diagnostic)
Andriyas, S. and McKee, M. (2013). Recursive partitioning techniques for modeling irrigation behavior. Environmental Modelling & Software, 47, 207–217.
Chan, J. C. W. and Paelinckx, D. (2008). Evaluation of Random Forest and Adaboost tree-based ensemble classification and spectral band selection for ecotope mapping using airborne hyperspectral imagery. Remote Sensing of Environment, 112(6), 2999–3011.
Chrzanowska, M., Alfaro, E., and Witkowska, D. (2009). The individual borrowers recognition:Single and ensemble trees. Expert Systems with Applications, 36(2), 6409–6414.
De Bock, K. W., Coussement, K., and Van den Poel, D. (2010). Ensemble classification based on generalized additive models. Computational Statistics & Data Analysis, 54(6), 1535–1546.
De Bock, K. W. and Van den Poel, D. (2011). An empirical evaluation of rotation-based ensemble classifiers for customer churn prediction. Expert Systems with Applications, 38(10), 12293–12301.
Fan, Y., Murphy, T.B., William, R. and Watson G. (2009). digeR: GUI tool for analyzing 2D DIGE data. R package version 1.2.
Garcia-Perez-de-Lema, D., Alfaro-Cortes, E., Manzaneque-Lizano, M. and Banegas-Ochovo, R. (2012). Strategy, competitive factors and performance in small and medium enterprise (SMEs).
African Journal of Business Management, 6(26), 7714–7726.
Gonzalez-Rufino, E., Carrion, P., Cernadas, E., Fernandez-Delgado, M. and Dominguez-Petit, R.(2013). Exhaustive comparison of colour texture features and classification methods to discriminate cells categories in histological images of fish ovary. Pattern Recognition, 46, 2391–2407.
Krempl, G. and Hofer, V. (2008). Partitioner trees: combining boosting and arbitrating. In: Okun, O., Valentini, G. (eds.) Proc. 2nd Workshop Supervised and Unsupervised Ensemble Methods and Their Applications, Patras, Greece, 61–66.
Torgo, Luis, Data Mining With R. Second Edition.
https://www.akira.ai/glossary/gradient-boosting/
http://www.ccs.neu.edu/home/vip/teach/MLcourse/4_boosting/slides/gradient_boosting.pdf
Breiman, L. (June 1997). “Arcing The Edge” (PDF). Technical Report 486. Statistics Department, University of California, Berkeley.
https://machinelearningmastery.com/gentle-introduction-gradient-boosting-algorithm-machine-learning/
Bunu paylaş:
Facebook
Twitter
Reddit
Telegram
E-posta
Yazdır
Daha fazla
LinkedIn
Tumblr
Pinterest
Pocket
WhatsApp
Skype
Bunu beğen:
Beğen Yükleniyor...
Tevfik BULUT	Genel	Yorum bırakın 27 Haziran 2020 27 Haziran 2020 23 Minutes	
Topluluk Öğrenme Algoritmalarından Yükseltme Algoritması İle Gögüs Kanserinin Tahmini Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on the Prediction of Breast Cancer Using Boosting Algorithm from Ensemble Learning Algorithms
Giriş
Topluluk (ensemble) öğrenme algoritmaları tahmine dayalı analitik çalışmalarda en başarılı yaklaşımlardan biridir. Bu algoritmalar somut bir problemi çözmek için bir araya gelen modeller setinden oluşmaktadır. Amaç modeller setinin ürettiği tahminleri birleştirerek doğruluğu (accuracy) artırmaktır. Topluluk algoritmaları kendi içerisinde üç grupta ele alınır.
Torbalama (Bagging: Bootsrap Aggregating)
Yükseltme (Boosting)
AdaBoost
Gradient Boosting
XGBoost
LightGBM
İstif (Stacking)
Topluluk (ensemble) öğrenme algoritmalarından biri olan yükseltme, ingilizce ifadeyle boosting, Schapire tarafından 1990 yılında geliştirilen hem sınıflandırma hem de regresyon problemlerinin çözümünde kullanılan makine öğrenmesine dayanan topluluk algoritmasıdır. Yükseltme algoritmaları temel olarak şu soruya cevap bulmak için geliştirilmiştir: bir zayıf öğrenici setinden tek bir güçlü öğrenici oluşturabilir mi? Bu algoritmalar yinelemeli olarak çalışır. Bu yöntemde her bir yinelemede yeni bir zayıf öğrenici ilave edilerek güçlü bir öğrenici oluşturulur. Diğer bir ifadeyle, zayıf öğrenicilerin bir araya gelmesiyle güçlü bir öğrenici oluşturulur. Bireysel modeller, tüm veri kümesinde iyi performans göstermez, ancak veri kümesinin bir kısmı için iyi çalışır. Bu nedenle, her model aslında topluluğun performansını artırır.
En iyi bilinen ve en başarılı yükseltme algoritmalarından biri Freund ve Shapire tarafından 1996 yılında geliştirilen AdaBoost (Adaptive Boosting) algoritmasıdır. Bir topluluk oluşturmak için yeni modellerin eklendiği yinelemeli (iteratif) bir süreçten oluşur. Bu bir anlamda adaptiftir. Algoritmanın her yeni yinelenmesinde, yeni modeller önceki yinelemelerde yapılan hataların üstesinden gelmek için inşa edilir. Bu yöntemde, sonraki her bir modelin önceki modeldeki hataları düzeltmeye çalıştığı sıralı (sequential) bir işlem yapılır. Yani sonraki modeller önceki modele bağımlıdır. AdaBoost algoritması temel olarak sınıflandırma problemlerinin çözümü için geliştirilse de regresyon problemlerinin çözümünde de kullanılabilir. Yükseltme algoritmasının nasıl çalıştığını aşağıda adım adım verelim.
Orijinal veri kümesinden bir alt küme oluşturulur.
Başlangıçta, tüm veri noktalarına eşit ağırlık verilir.
Bu alt kümede bir baz model oluşturulur.
Bu model, tüm veri kümesi üzerinde tahminler yapmak için kullanılır.
Hatalar, gözlem ve tahmin değerleri kullanılarak hesaplanır.
Yanlış tahmin edilen gözlemlere daha yüksek ağırlık verilir.
Başka bir model oluşturulur ve veri kümesinde tahminler yapılır.
Benzer şekilde, her biri bir önceki modelin hatalarını düzelten birden çok model oluşturulur.
Nihai model (güçlü öğrenen) tüm modellerin (zayıf öğrenenler) ağırlıklı ortalamasıdır.
Yukarıdaki adımları özetlemesi açısından Yükseltme algoritmasının işleyiş süreci Şekil 1’de verilmiştir.
Şekil 1: Yükseltme (Boosting) Algoritmasının İşleyiş Süreci
Kaynak: https://iq.opengenus.org
Yükseltme algoritmaları topluluk üyelerinin her biri birbirine bağımlıdır. Torbalama algoritmaları paralel düzende, yükseltme algoritmaları ise ardışık (sequential) düzende çalışmaktadır.
Modeller oluşturulurken temel amaç, bias ve varyans dengesinin kurulmasıdır. Bu uyumu sağlarsak iyi model uyumu (good-fit) elde etmiş oluruz. Makine öğrenme ve derin öğrenme problemlerinin çözümünde modelleme hatalarına bağlı olarak varyans ve bias değişiklik göstermektedir. Bu iki durum şöyle ele alınabilir:
Eksik model uyumu (under-fitting): Kurulan modelde elde edilen tahmin değerleri gözlem verisine yeterince uyum göstermediğinde ortaya çıkar. Bu durumda varyans düşükken bias yüksektir. Buradan şunu anlamak gerekir: gözlem verisi ile tahmin edilen veri arasındaki fark büyükse, diğer bir deyişle kurulan modelle bağımlı değişken iyi tahmin edilemiyorsa bu durumda under-fitting oluşur. Under-fitting sonraki kısımlarında anlatılan sınıflandırma ve regresyon hata metrikleri ile kolaylıkla ortaya konulabilir.
Aşrı model uyumu (over-fitting): Kurulan modelde eğitilen veri seti (training data set)’yle gözlem verisine aşırı uyum gösterdiğinde ortaya çıkar. Bu durumda varyans yüksekken bias düşüktür.
Bahsedilen bu iki durumu kafamızda daha da canlı tutmak için bias ve varyans ilişkisi Şekil 2’de verilmiştir. Şekil’de biz modeli kurgularken olması gereken durumu gösteren Düşük Varyans-Düşük Bias uyumunu, diğer bir ifadeyle yüksek kesinlik (precision)-yüksek doğruluk (accuracy) hedefliyoruz. Diğer bir deyişle kurguladığımız model (Şekil 2 1 nolu model) ile gözlem değerlerini olabildiğince en yüksek doğruluk oranı ile tahmin ederken aynı zamanda varyansı düşük (yüksek kesinlik (precision)) tutmayı hedefliyoruz. Buna başardığımızda aslında iyi model uyumunu (good-fit) sağlamış ve iyi bir model kurmuş oluyoruz. Eksik model uyumu (under-fitting)’nda ise Şekil 2’de 3 nolu modelde görüleceği üzere elde edilen tahmin değerleri gözlem değerleri (kırmızı alan)’nden uzaklaşmakla birlikte hala tahmin değerleri ile gözlem değerleri arasında farklar, diğer bir deyişle varyans düşüktür. Aşırı model uyumu (over-fitting)’da ise Şekil 2’de 2 nolu modelde görüleceği üzere varyans yüksek iken bias düşüktür. 2 nolu modelde doğru değerler (gözlem değerleri)’i kurulan modelde yüksek doğrulukla (düşük bias=yüksek doğruluk (accuracy) tahmin edilse de gözlem değerleri ile tahmin değerleri arasındaki varyans yüksektir.
Şekil 2: Bias-Varyans İlişkisi
Veri Tipleri
Yükseltme algoritması ile sınıflandırma problemi çözüyorsak bağımlı değişkenin ya da cevap değişkeninin veri tipi nitel ve kategoriktir. Ancak, bu yöntem ile regresyon problemini çözüyorsak bağımlı değişkenin ya da cevap değişkeninin veri tipi niceldir. Veri tipleri kendi içerisinde 4 farklı alt sınıfta ele alınabilir. Bu veri tipleri alt sınıflarıyla birlikte Şekil 3’te verilmiştir.
Şekil 3: Veri Tipleri
Nicel Veri (Quantitative Data)
Şekil 3’te sunulan nicel veri tipi ölçülebilen veri tipi olup, kendi içerisinde temel olarak ikiye ayrılmaktadır. Bu veri tipine alt sınıflandırmalar dikkate alınarak sırasıyla örnek verelim.
Sürekli veri (Continous data): Tam sayı ile ifade edilmeyen veri tipi olup, zaman, sıcaklık, beden kitle endeksi, boy ve ağırlık ölçümleri bu veri tipine örnek verilebilir.
Kesikli veri (Discrete Data): Tam sayı ile ifade edilebilen veri tipi olup, bu veri tipine proje sayısı, popülasyon sayısı, öğrenci sayısı örnek verilebilir.
Nitel Veri (Qualitative Data)
Şekil 3’te verilen nitel veri tipi ölçülemeyen ve kategori belirten veri tipi olup, kendi içerisinde temel olarak ikiye ayrılmaktadır. Bu veri tipine alt sınıflandırmalar şöyledir:
Nominal veri: İki veya daha fazla cevap kategorisi olan ve sıra düzen içermeyen veri tipi olup, bu veri tipine medeni durum (evli, bekar) ve sosyal güvenlik türü (Bağkur, SSK, Yeşil Kart, Özel Sigorta) örnek gösterilebilir.
Ordinal veri: İki veya daha fazla kategorisi olan ancak sıra düzen belirten veri türüdür. Bu veri tipine örnek olarak eğitim düzeyleri (İlkokul, ortaokul, lise, üniversite ve yüksek lisans), yarışma dereceleri (1. , 2. ve 3.) ve illerin gelişmişlik düzeyleri (1. Bölge, 2. Bölge, 3. Bölge, 4. Bölge, 5. Bölge ve 6. Bölge) verilebilir.
Veri tiplerinden bahsedildikten sonra bu veri tiplerinin cevap değişkeni (bağımlı değişken) olduğu durumlarda seçilecek analiz yöntemini ele alalım. Temel olarak cevap değişkeni ölçülebilir numerik değişken ise regresyon, değilse sınıflandırma analizi yapıyoruz. Cevap değişkeni, diğer bir deyişle bağımlı değişken numerik ise bağımsız değişken veya değişkenlerin çıktı (output) / bağımlı değişken (dependent variable) / hedef değişken (target variable) veya değişkenlerin üzerindeki etkisini tahmin etmeye çalışıyoruz. Buradaki temel felsefeyi anlamak son derece önemlidir. Çünkü bu durum sizin belirleyeceğiniz analiz yöntemini de değiştirecektir.
Kullanılan analiz yöntemi ile kurulan modelde ya sınıflandırma problemini ya da regresyon problemini çözdüğümüzü ifade etmiştik. Ancak kurulan modellerde çözülen problemin sınıflandırma ya da regresyon oluşuna göre performans değerlendirmesi farklılaşmaktadır. Sınıflandırma problemlerinde kullanılan hata metrikleri ile regresyon hata metrikleri aynı değildir. Bu bağlamda ilk olarak sınıflandırma problemlerinin çözümünde kullanılan hata metriklerini ele alalım.
Sınıflandırma Problemlerinde Hata Metrikleri
Karışıklık matrisi (confusion matrix) olarak olarak adlandırılan bu matris sınıflandırma problemlerinin çözümünde hata metriklerini ortaya koyarak kurulan modelin veya modellerin hata oranını değerlendirmektedir. Hata matrisinin makine ve derin öğrenme metotlarının değerlendirilmesinde sıklıkla kullanıldığı görülmektedir. Tablo 1’de hata metriklerinin hesaplanmasına esas teşkil eden karışıklık matrisi (confisioun matrix) verilmiştir. Bu tabloyla sınıflandırma hataları hesaplanabilmektedir. Tabloda yer verilen Tip 1 hata (Type 1 error) istatistikte alfa hatasını göstermektedir. Tip 1 hata H0 hipotezi (null hpypothesis) doğru olduğu halde reddedilmesidir. Tabloda Tip 2 hata (Type II error) olarak adlandırılan hata ise istatistikte Beta hatası olarak da bilinmektedir. Tip 2 hata ise H0 hipotezi (null hpypothesis) yanlış olduğu halde kabul edilmesidir.
Tablo 1: Karışıklık Matrisi (Confusion Matrix)
Kaynak: Stanford Üniversitesi
Tablo 1’de TP: Doğru Pozitifleri, FN: Yanlış Negatifleri, FP: Yanlış Pozitifleri ve TN: Doğru Negatifleri göstermektedir.
Şekil 3’te de yer verildiği üzere literatürde sınıflandırma modellerinin performansını değerlendirmede aşağıdaki hata metriklerinden yaygın bir şekilde yararlanıldığı görülmektedir. Sınıflandırma problemlerinin çözümüne yönelik Rastgele Orman Algoritması (RF) kullanarak R’da yapmış olduğum çalışmanın linkini ilgilenenler için aşağıda veriyorum.
R Programlama Diliyle Sınıflandırma Problemlerinin Çözümünde Rastgele Orman Algoritması Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on Random Forest (RF) Algorithm in Solving Classification Problems with R Programming Language
Doğruluk (Accuracy): TP+TN / TP+TN+FP+FN eşitliği ile hesaplanır. Modelin genel performansını ortaya koyar. Bu sınıflandırma metriği ile aslında biz informal bir şekilde dile getirirsek doğru tahminlerin toplam tahminler içindeki oranını hesaplamış oluyoruz.
Kesinlik (Precision): TP / TP+FP eşitliği ile hesaplanır. Doğru tahminlerin ne kadar kesin olduğunu gösterir.
Geri çağırma (Recall): TP / TP+FN eşitliği ile hesaplanır. Gerçek pozitif örneklerin oranını verir.
Özgünlük (Specificity): TN / TN+FP eşitliği ile hesaplanır. Gerçek negatif örneklerin oranını gösterir.
F1 skoru : 2TP / 2TP+FP+FN eşitliği ile hesaplanır. Dengesiz sınıflar için yararlı hibrit bir metrik olup, kesinlik (precision) ve geri çağırma (recall) skorlarının ağırlıklı ortalamasını ifade etmektedir.
ROC (Receiver operating characteristic): Yukarıda karışıklık matrisinde belirtilen parametrelerden yararlanılarak hesaplanır. ROC eğrisi olarak da adlandırılmaktadır. ROC eğrileri, herhangi bir tahmin modelinin doğru pozitifler (TP) ve negatifler (TN) arasında nasıl ayrım yapabileceğini görmenin güzel bir yoludur. Sınıflandırma modellerin perfomansını eşik değerler üzerinden hesaplar. ROC iki parametre üzerinden hesaplanır. Doğru Pozitiflerin Oranı (TPR) ve Yanlış Pozitiflerin Oranı (FPR) bu iki parametreyi ifade eder. Burada aslında biz TPR ile Geri Çağırma (Recall), FPR ile ise 1-Özgünlük (Specificity)‘ü belirtiyoruz.
Cohen Kappa: Kategorik cevap seçenekleri arasındaki tutarlılığı ve uyumu gösterir. Cohen, Kappa sonucunun şu şekilde yorumlanmasını önermiştir: ≤ 0 değeri uyumun olmadığını, 0,01–0,20 çok az uyumu, 0,21-0,40 az uyumu, 0,41-0,60 orta, 0,61-0,80 iyi uyumu ve 0,81–1,00 çok iyi uyumu göstermektedir. 1 değeri ise mükemmel uyum anlamına gelmektedir.
Sınıflandırma hata metriklerini anlattıktan sonra daha kalıcı olması ve öğrenilmesi adına hazırladığım excel üzerinde bahsedilen bu metriklerin nasıl hesaplandığı gösterilmiştir. Excel dosyasını aşağıdaki linkten indirebilirsiniz.
Sınıflandırma Metrikleriİndir
Regresyon Problemlerinde Hata Metrikleri
Regresyon modellerinin performansını değerlendirmede literatürde aşağıdaki hata metriklerinden yaygın bir şekilde yararlanılmaktadır. Regresyon metrikleri eşitliklerinin verilmesi yerine sade bir anlatımla neyi ifade ettiği anlatılacaktır. Böylece formüllere boğulmamış olacaksınız.
SSE (Sum of Square Error): Tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların kareleri toplamını ifade eder.
MSE (Mean Square Error): Ortalama kare hatası olarak adlandırılan bu hata tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların karelerinin ortalamasını ifade eder.
RMSE (Root Mean Square Error): Kök ortalama kare hatası olarak adlandırılan bu hata ortalama kare hatasının karekökünü ifade etmektedir.
MAE (Mean Absolute Error): Ortalama mutlak hata olarak adlandırılan bu hata türü ise tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların mutlak değerlerinin ortalamasını ifade etmektedir.
MAPE (Mean Absolute Percentage Error): Ortalama mutlak yüzdesel hata olarak adlandırılan bu hata türünde ilk olarak tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların mutlak değerleri hesaplanır. Daha sonra hesaplanan farkları mutlak değerleri mutlak değerleri alınan gözlem değerlerine bölünür. En son durumda ise elde edilen bu değerlerin ortalaması alınır.
Bias: Tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların ortalamasıdır. Bu yönüyle ortalama mutlak hata (MAE)’ya benzemektedir.
Regresyon hata metriklerini anlattıktan sonra daha kalıcı olması ve öğrenilmesi adına hazırladığım excel üzerinde bahsedilen bu metriklerin nasıl hesaplandığı gösterilmiştir. Excel dosyasını aşağıdaki linkten indirebilirsiniz.
Regresyon Metrikleri İndir
Çalışma kapsamında yükseltme algoritmasıyla sınıflandırma problemi çözülecektir. Bu amaçla Wisconsin Üniversitesi Hastanesinden alınan Meme Kanseri veri seti kullanılarak bağımlı değişken olan meme kanserinin tipi tahmin edilecektir.
Metodoloji ve Uygulama Sonuçları
Bu bölümde torpalama algoritması kullanılarak meme kanserinin türü (iyi huylu: benign, kötü huylu: malign) tahmin edilmiştir. Diğer bir ifadeyle, bu çalışmada sınıflandırma problemi çözmüş olacağız. Analizde kullanılan veri seti Wisconsin Üniversitesi Hastanelerinde 15 Temmuz 1992 tarihine kadar tedavi görmüş hastalardan alınan meme biyopsi verilerini içermektedir. Biyopsi’den bahsetmişken ne anlama geldiğini de açıklayalım. Biyopsi, vücudun farklı bölgelerinden mikroskop yardımıyla inceleme ve farklı tetkikler yaparak hastalık şüphesi bulunan bölgeden tanı amaçlı hücre ya da doku alma işlemidir. Veri setinde 15 Temmuz 1992’ye kadar 699 hastaya ait meme tümör biyopsi gözlemleri bulunmaktadır. Veri setindeki toplam gözlem sayısı 699, değişken sayısı ise 10 (ID numarası hariç)’dur. Bu veri setine R programlama yazılımında “MASS” paketi içerisinde “biopsy” olarak yer verilmiştir. Ancak veri setinde değişkenlerin adları tam olarak yazılmadığı için R programlama dilinde revize edilmiş ve R programlama dili kullanılarak yükseltme (boosting) algoritmasıyla analiz edilmiştir.
Cl.thickness: Kitlenin kalınlığını (clump thickness) göstermektedir. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Cell.size: Hücre büyüklüğünün homojenliğini (uniformity of cell size) göstermektedir. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Cell.shape: Hücre şeklinin bütünlüğünü (uniformity of cell shape) göstermektedir. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Marg.adhesion: Marjinal yapışmayı göstermektedir. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Epith.c.size Epitel hücre büyüklüğünü (single epithelial cell size) göstermektedir. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Bare.nuclei: Sitoplazma (hücrenin geri kalanı) ile çevrili olmayan çekirdekler için kullanılan bir terimdir. Bunlar tipik olarak iyi huylu tümörlerde görülür. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Bl.cromatin: Benign (iyi huylu) hücrelerde görülen çekirdeğin muntazam bir “dokusunu” açıklar (bland chromatin). Kanser hücrelerinde kromatin daha kaba olma eğilimindedir. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Normal.nucleoli: Nükleoller, çekirdekte görülen küçük yapılardır. Kanser hücrelerinde nükleoller daha belirgin hale gelir. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Mitoses: Mitotik aktivite, hücrelerin ne kadar hızlı bölündüğünün bir ölçüsüdür. Yüksek mitotik aktivite tipik olarak malign tümörlerde görülür. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Class: Meme kanserinin tipini (iyi huylu mu yoksa kötü huylu mu) göstermektedir. Değişken kategorileri “benign” ve “malignant“, diğer bir deyişle iyi ve kötü huyludur.Veri tipi nitel ve nominal kategoriktir.
Bu kapsamda cevap değişkeni (bağımlı değişken) olan “Class” yani meme kanserinin türü geri kalan 9 bağımsız değişken kullanılarak yükseltme (boosting) algoritmasıyla tahmin edilecektir. Analizde kullanılan veri setini aşağıdaki linkten indirebilirsiniz.
Göğüs Kanseri Veri Setiİndir
Şimdi veri setini tanıdıktan sonra adım adım (step by step) analize başlayabiliriz. Analizde R programlama dili kullanarak analiz adımları R kod bloklarında verilmiştir.
Yüklenecek R kütüphaneleri

rm(list=ls())

kütüphaneler = c("dplyr","tibble","tidyr","ggplot2","formattable","readr","readxl","xlsx", "pastecs","fpc", "DescTools","e1071", "DMwR","caret", "viridis","GGally","ggpurr","psych","writexl","ggfortify","explore","MASS", "adabag", "rpart")
 
sapply(kütüphaneler, require, character.only = TRUE)
Ver setinin okunması ve değişkenlerin adlandırılması

veri<-biopsy %>% rename(Cl.thickness=V1, Cell.size=V2, Cell.shape=V3, Marg.adhesion=V4,  Epith.c.size=V5, Bare.nuclei=V6, Bl.cromatin=V7, Normal.nucleoli=V8, Mitoses=V9, Class=class)
veri<-veri[,-1]
Ver setinin xlsx ve csv uzantılı dosyalara yazdırılması

write.csv(veri, "gögüskanseriveriseti.csv")#csv dosyası için
write_xlsx(veri, "gögüskanseriveriseti.xlsx")#xlsx dosyası için
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri seti xlsx ve csv uzantılı dosyalara yazdırılmıştır. Elde edilen veri seti dosyası sadece xlsx uzantılı olarak aşağıdan indirilebilir. Sitem csv dosya yüklemesini desteklemediği için csv uzantılı dosya aşağıda verilememiştir. Ancak yukarıdaki R kod bloğu çalıştırabilir ve csv uzatılı dosya rmd dosyasının bulunduğu klasör içine otomatik olarak kaydedilebilir.
Göğüs Kanseri Veri Seti (xlsx)İndir
Veri setinin görselleştirilmesi ve tanımlayıcı istatistikler

#veri setindeki ilk 3 değişkenin görselleştirilmesi
veri[,1:3] %>% explore_all()
#veri setindeki 4,5,6 ve 7. değişkenlerin görselleştirilmesi
veri[,4:7] %>% explore_all()
#veri setindeki 8,9 ve 10. değişkenlerin görselleştirilmesi
veri[,8:10] %>% explore_all()

#veri setindeki ilk 10 gözlem
formattable(head(veri,10))

#Eksik gözlemler çıkarıldıktan sonra Pearson korelasyon matrisi 
tamveri<-na.omit(veri)
cor.plot(tamveri[,-10], main="Korelasyon Matrisi")
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki ilk 3 değişkenin grafiği aşağıda verilmiştir. Grafikte görüleceği üzere eksik gözlem (missing data: NA) bulunmamaktadır.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki 4,5,6 ve 7. değişkenlerin grafiği aşağıda verilmiştir. Grafikte görüleceği üzere sadece Bare.nuclei değişkende 16 eksik gözlem (missing data: NA) bulunmaktadır.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki 8,9 ve 10. değişkenlerin grafiği aşağıda verilmiştir. Grafikte görüleceği üzere eksik gözlem (missing data: NA) bulunmamaktadır.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra meme kanseri veri setindeki ilk 10 gözlem aşağıdaki tabloda verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra meme kanseri veri setindeki eksik gözlemlerin olduğu 16 satır çıkarılmış, ardından nicel ve kesikli değişkenlere ait Pearson korelasyon matrisi aşağıdaki şekilde verilmiştir. Bağımlı değişken dışındaki değişken çiftleri nicel (sürekli ve kesikli) olduğu için Pearson korelasyon katsayısını hesapladık.
Bağımlı değişken olan tümörün tipi (Class)’ne görer değişkenler arasındaki ilişki

tamveri %>% ggplot(aes(x = Cl.thickness, y = Cell.size, color = Class))+
        geom_point(position = position_dodge(0.9)) +
        facet_grid( ~Class)

tamveri %>% ggplot(aes(x = Cell.shape, y = Marg.adhesion, color = Class))+
        geom_point(position = position_dodge(0.9)) +
        facet_grid( ~Class)

tamveri %>% ggplot(aes(x = Epith.c.size, y = Bare.nuclei, color = Class))+
        geom_point(position = position_dodge(0.9)) +
        facet_grid( ~Class)

tamveri %>% ggplot(aes(x = Bl.cromatin, y = Normal.nucleoli, color = Class))+
        geom_point(position = position_dodge(0.9)) +
        facet_wrap(Mitoses~Class )
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra ilk iki değişkenin tümörün tipine göre kendi aralarındaki ilişki aşağıdaki grafikte verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra 3. ve 4. değişkenin tümörün tipine göre kendi aralarındaki ilişki aşağıdaki grafikte verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra 5. ve 6. değişkenin tümörün tipine göre kendi aralarındaki ilişki aşağıdaki grafikte verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra 7, 8 ve 9. değişkenlerin tümörün tipine göre kendi aralarındaki ilişki aşağıdaki grafikte verilmiştir.
Veri setinin eğitilecek veri setine ve test veri setine ayrılması
Bu kısımda aşağıdaki R kod bloğunda basit tekrarsız tesadüfi örnekleme (SRS without replacement) yöntemi kullanılarak veri setindeki gözlemlerin % 70’i eğitilecek veri setine, % 30 ise test edilecek veri setine atanmıştır. Veri setinin eğitilecek veri seti ve test veri setine ayrılmasında genel olarak 70:30 kuralı uygulansa da bu kuralın mutlak olmadığı unutulmamalıdır. Veri setindeki gözlem sayısına göre 70:30 kuralı değişiklik gösterebilmektedir. Veri setindeki gözlem sayısı çok azsa 60:40, veri setindeki gözlem sayısı çok fazla ise 80:20 ve hatta 90:10 olabilmektedir. Şimdi soru burada şu olabilir; neden biz 80:20 veya 90:10 olarak belirliyoruz? Genel olarak buna verilebileceğim cevap şu: Eğer çok yüksek gözlem sayıları ile çalışıyorsanız bilgisayar işlemcisine bağlı olarak bu işlemin çok uzun sürmesi kuvvetle muhtemeldir ki bu durumda test veri setinin oranını düşürmek analizinizi hızlandırır ve daha çabuk sonuç alırsınız.

set.seed(1461)
orneklem<- sample(1:NROW(tamveri), NROW(tamveri)*0.7)
train <- tamveri[orneklem, ]  
test <- tamveri[-orneklem, ]
Yükseltme (Boosting) modelinin kurulması

model <- boosting(Class ~., data=tamveri, mfinal=500)
Değişkenlerin önem düzeyleri

#önem düzeyi grafiği
importanceplot(model)
önem düzeyi değerleri tablosu
onem<-model$importance
degisken<-names(onem)
agirlik<-as_tibble(as.numeric(onem))
onemduzey<-tibble("Değişken"=degisken, "Önem Düzeyi"=round(agirlik$value,2))

formattable(onemduzey, 
            list(formatter(
              "span", style = ~ style(color = "grey",font.weight = "bold")),
`Önem Düzeyi` = color_bar("#FF6347")
))
Yukarıdaki kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen modeldeki değişkenlerin önem düzeyleri büyükten küçüğe doğru aşağıdaki grafikte verilmiştir.
Yukarıdaki kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen modeldeki değişkenlerin önem düzeyleri değerleriyle birlikte aşağıdaki tabloda verilmiştir. Aşağıdaki tablo yukarıdaki grafiğe göre daha anlamlı olduğu söylenebilir.
Tahmin edilen değerler ile test veri setindeki gözlem değerlerinin karşılaştırılması

model <- boosting(Class ~., data=tamveri, mfinal=500)
tahmin<-predict(model, test)
karsilastirma<-tibble(Gozlem=test$Class, Tahmin=tahmin$class)
#ilk ve son 10 tahmin değerini gerçek değerle karşılaştırma 
ilk10<-head(karsilastirma, 10) %>% rename(Gozlemİlk_10=Gozlem, Tahminİlk_10=Tahmin)
son10<-tail(karsilastirma, 10) %>% rename(GozlemSon_10=Gozlem, TahminSon_10=Tahmin)
formattable(cbind("Sıra"=seq(1,10),ilk10, son10))
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra yükseltme (boosting) modelinden elde edilen ilk ve son 10 tahmin sınıflandırma değerleri gözlem sınıflandırma değerleri ile birlikte aşağıdaki tabloda karşılaştırmalı olarak verilmiştir.
Karışıklık matrisi (confusion matrix)’nin oluşturulması

cm<-tahmin$confusion
plot(cm, type = "heatmap", main="Karışıklık Matrisi")
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen karışıklık matrisi aşağıda verilmiştir.

               Observed Class
Predicted Class benign malignant
      benign       128         4
      malignant      3        70
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen karışıklık matrisinin grafiği ise aşağıda verilmiştir.
Sınıflandırma Hata parametreleri
Kurulan modele ait hata parametrelerinin elde edilmesine yönelik yazılan R kod bloğu aşağıda verilmiştir.

cm<-confusionMatrix(karsilastirma$Tahmin, karsilastirma$Gozlem)
cm
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen hata metrikleri bir bütün olarak aşağıda verilmiştir. Yükseltme (Boosting) algoritmasıyla kurulan model meme kanseri türlerini yaklaşık % 97 doğruluk (accuracy) oranı ile tahmin etmektedir. Hata oranı ise 100-97 eşitliğinden yola çıkarak % 3 buluruz. Uyumu gösteren Kappa katsayısı ise bu modelde yaklaşık % 93 (0,93) olup, tahmin edilen tümör türleri ile gözlemlenen tümör türleri arasında mükemmele yakın bir uyum olduğu görülmektedir. Bu bulgu aynı zamanda doğruluk oranını da destekler niteliktedir.

Confusion Matrix and Statistics

           Reference
Prediction  benign malignant
  benign       128         4
  malignant      3        70
                                          
               Accuracy : 0.9659          
                 95% CI : (0.9309, 0.9862)
    No Information Rate : 0.639           
    P-Value [Acc > NIR] : <2e-16          
                                          
                  Kappa : 0.9258          
                                          
 Mcnemar's Test P-Value : 1               
                                          
            Sensitivity : 0.9771          
            Specificity : 0.9459          
         Pos Pred Value : 0.9697          
         Neg Pred Value : 0.9589          
             Prevalence : 0.6390          
         Detection Rate : 0.6244          
   Detection Prevalence : 0.6439          
      Balanced Accuracy : 0.9615          
                                          
       'Positive' Class : benign  
Çapraz performans testi (Cross validation test)
Burada modelin performansı çapraz performans testi yapılarak tüm veri seti üzerinde test edilir ve doğruluk oranı verilir. Bu işleme ilişkin yazılan R kod bloğu aşağıda verilmiştir. Bu kısım Bilgisayar işlemcisine bağlı olarak biraz uzun sürebilmektedir. Bu yüzden sabırlı olmakta fayda var 🙂 . Çapraz performans testinde aşağıdaki fonksiyonda görüleceği üzere v=10 yerine v=2 olarak alınmasının nedeni performans testinin kısa sürmesinin sağlanmak istenmesinden kaynaklanmaktadır. v=10 olarak alınsaydı performans testi işlemi 1 günümüzü alabilirdi. Yukarıda karışıklık matrisine göre verilen metrikler test verisine göre elde edilen hata metrikleridir. Yani yukarıda eğitim verisine göre kurulan model test verisi ile karşılaştırılmıştır. Buradaki ayrımı iyi yapmak gerekir.

cv<-boosting.cv(Class ~., v=2, data=tamveri, mfinal=500)

#tüm veri seti sınıflandırma tablosu (karışıklık matrisi)
cv$confusion

#doğruluk (accuracy) ve hata (error) oranı
dogrulukvehataorani<-paste("Doğruluk Oranı: %",round((1-cv[-1]$error)*100,1),"ve","Hata Oranı: %",round(cv[-1]$error*100,1))
dogrulukvehataorani

#tüm veri seti tahminlerini gözlem değerleriyle birlikte xlsx dokümanına yazdırılması
tümverisetitahminkarsilatirma<-tibble(Sıra=1:683, Gözlem=tamveri$Class, Tahmin=as.factor(cv$class))
write_xlsx(tümverisetitahminkarsilatirma, "tümverisetitahminkarsilatirma.xlsx")
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra model tüm veri seti üzerinde test edilmiş ve performans parametre değerleri karışıklık matrisi ile birlikte aşağıda verilmiştir. Bulgular, yükseltme algoritmasının tüm veri seti üzerinde test edildiğinde meme kanseri türlerini % 96,2 doğruluk oranı ve % 3,8 hata oranı ile tahmin ettiğini göstermektedir.

               Observed Class
Predicted Class benign malignant
      benign       428        10
      malignant     16       229

 "Doğruluk Oranı: % 96.2 ve Hata Oranı: % 3.8"
Yukarıdaki R kod bloğunun son 4 satırı çalıştırılmasından sonra tüm veri seti tahminlerini gözlem değerleriyle birlikte xlsx dokümanına yazdırılmıştır. Gözlem ve tahmin sınıflandırma değerlerine karşılaştırmalı olarak aşağıdaki xlsx dokümanını indirerek ulaşabilirsiniz.
Tüm Veri Seti Karşılaştırma Sonuçlarıİndir
Sonuç
Bu çalışmada sınıflandırma (classification) probleminin çözümüne yönelik topluluk öğrenme algoritmalarından biri olan yükseltme (boosting) algoritması kullanılarak ayrıntılı deneysel bir çalışma yapılmıştır. Ortaya konulan bulgular, sınıflandırma probleminin yükseltme (boosting) algoritması tarafından çok başarılı bir şekilde, diğer bir ifadeyle çok yüksek bir doğruluk (accuracy) oranıyla çözüme kavuşturulduğu görülmektedir.
Yükseltme algoritması test verisi üzerinde test edildiğinde meme kanseri türlerini % 96,5 doğruluk (accuracy) oranı ile tahmin etmektedir. Diğer taraftan tüm veri seti üzerinde test edildiğinde ise meme kanseri türlerini yaklaşık % 96,2 doğruluk (accuracy) oranı ile tahmin etmektedir. Hata oranı (error rate) 1-Doğruluk Oranı eşitliğinden tüm verisi setinde % 3,8’dir . Bu hata sınıflandırma hatası (classification error) olarak da nitelendirilebilir.
Yapılan bu çalışmanın özellikle veri bilimi (data science) ile ilgilenen akademi ve saha çalışanlarına önemli bir katkı sunacağı düşünülmektedir.
Faydalı olması ve farkındalık oluşturması dileğiyle.
Bilimle ve teknolojiyle kalınız.
Saygılarımla.
Not: Kaynak gösterilmeden alıntı yapılamaz veya kopyalanamaz.
Note: It can not be cited or copied without referencing.
Yararlanılan Kaynaklar
https://web.stanford.edu/~hastie/TALKS/boost.pdf
https://iq.opengenus.org/types-of-boosting-algorithms/
https://tevfikbulut.com/2020/05/21/r-programlama-diliyle-regresyon-problemlerinin-cozumunde-rastgele-orman-algoritmasi-uzerine-bir-vaka-calismasi-a-case-study-on-random-forest-rf-algorithm-in-solving-regression-problems-with-r-progr/
https://www.stat.berkeley.edu/~breiman/Using_random_forests_V3.1.pdf
https://www.stat.berkeley.edu/~breiman/RandomForests/
https://stats.idre.ucla.edu/r/library/r-library-introduction-to-bootstrapping/
https://stanford.edu/~shervine/l/tr/teaching/cs-229/cheatsheet-machine-learning-tips-and-tricks
http://uzalcbs.org/wp-content/uploads/2016/11/2012_082.pdf
http://www.ub.edu/stat/docencia/EADB/bagging.html
https://people.cs.pitt.edu/~milos/courses/cs2750-Spring04/lectures/class23.pdf
https://www.google.com/search?q=underfitting+and+overfitting&source=lnms&tbm=isch&sa=X&ved=2ahUKEwiI1onvyNvpAhVSQMAKHfYyC28Q_AUoAXoECBAQAw&biw=1366&bih=604#imgrc=m5WcPcAqdpCwEM
Webb G.I. (2011) Overfitting. In: Sammut C., Webb G.I. (eds) Encyclopedia of Machine Learning. Springer, Boston, MA
https://www.memorial.com.tr/saglik-rehberleri/biyopsi-nedir-ve-nasil-yapilir/
https://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Breast+Cancer+Wisconsin+(Diagnostic)
Andriyas, S. and McKee, M. (2013). Recursive partitioning techniques for modeling irrigation behavior. Environmental Modelling & Software, 47, 207–217.
Chan, J. C. W. and Paelinckx, D. (2008). Evaluation of Random Forest and Adaboost tree-based ensemble classification and spectral band selection for ecotope mapping using airborne hyperspectral imagery. Remote Sensing of Environment, 112(6), 2999–3011.
Chrzanowska, M., Alfaro, E., and Witkowska, D. (2009). The individual borrowers recognition:Single and ensemble trees. Expert Systems with Applications, 36(2), 6409–6414.
De Bock, K. W., Coussement, K., and Van den Poel, D. (2010). Ensemble classification based on generalized additive models. Computational Statistics & Data Analysis, 54(6), 1535–1546.
De Bock, K. W. and Van den Poel, D. (2011). An empirical evaluation of rotation-based ensemble classifiers for customer churn prediction. Expert Systems with Applications, 38(10), 12293–12301.
Fan, Y., Murphy, T.B., William, R. and Watson G. (2009). digeR: GUI tool for analyzing 2D DIGE data. R package version 1.2.
Garcia-Perez-de-Lema, D., Alfaro-Cortes, E., Manzaneque-Lizano, M. and Banegas-Ochovo, R. (2012). Strategy, competitive factors and performance in small and medium enterprise (SMEs).
African Journal of Business Management, 6(26), 7714–7726.
Gonzalez-Rufino, E., Carrion, P., Cernadas, E., Fernandez-Delgado, M. and Dominguez-Petit, R.(2013). Exhaustive comparison of colour texture features and classification methods to discriminate cells categories in histological images of fish ovary. Pattern Recognition, 46, 2391–2407.
Krempl, G. and Hofer, V. (2008). Partitioner trees: combining boosting and arbitrating. In: Okun, O., Valentini, G. (eds.) Proc. 2nd Workshop Supervised and Unsupervised Ensemble Methods and Their Applications, Patras, Greece, 61–66.
Torgo, Luis, Data Mining With R. Second Edition.
Bunu paylaş:
Facebook
Twitter
Reddit
Telegram
E-posta
Yazdır
Daha fazla
LinkedIn
Tumblr
Pinterest
Pocket
WhatsApp
Skype
Bunu beğen:
Beğen Yükleniyor...
Tevfik BULUT	Genel	Yorum bırakın 23 Haziran 2020 27 Haziran 2020 22 Minutes	
Topluluk Öğrenme Algoritmalarından Torbalama Algoritması İle Konut Fiyatlarının Tahmini Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on the Prediction of Housing Prices Using Bagging Algorithm from Ensemble Learning Algorithms
Giriş
Topluluk (ensemble) öğrenme algoritmaları tahmine dayalı analitik çalışmalarda en başarılı yaklaşımlardan biridir. Bu algoritmalar somut bir problemi çözmek için bir araya gelen modeller setinden oluşmaktadır. Amaç modeller setinin ürettiği tahminleri birleştirerek doğruluğu (accuracy) artırmaktır. Topluluk algoritmaları kendi içerisinde üç grupta ele alınır.
Torbalama (Bagging: Bootsrap Aggregating)
Artırma (Boosting)
İstif (Stacking)
Topluluk (ensemble) öğrenme algoritmalarından biri olan torpalama, ingilizce ifadeyle Bagging, Breiman tarafından 1994 yılında geliştirilen hem sınıflandırma hem de regresyon problemlerinin çözümünde kullanılan makine öğrenmesine dayanan topluluk algoritmasıdır. Torbalama algoritmasının işleyiş süreci Şekil 1’de verilmiştir.
Şekil 1: Torbalama (Bagging) Algoritmasının İşleyiş Süreci
Şekil 1’de belirtilen torbalama algoritmasının işleyiç sürecini adım adım şöyle özetleyebiliriz.
Popülasyon (N) birimlerini eğitilecek (training) veri setine ve test edilecek (testing) veri setine basit tekrarsız tesadüfi örnekleme (simple random sampling without replacement) yöntemiyle ayrılır. Burada literatürde genellikle eğitilecek veri seti seti için popülasyonun % 70’i alınsa da bu oran veri setinin ya da popülasyonun büyüklüğüne göre değişkenlik gösterebilmektedir. Bu oran 70:30 olabileceği gibi, 60:40 veya 80:20 oranı şeklinde de olabilir.
Eğitilecek veri setini belirledikten sonra basit tekrarlı tesadüfi örnekleme yoluyla torbalara (1’den n’e kadar) örneklem birimleri (sample units) atanır.
Örneklem birimleri kurulan modellerde eğitilir.
Regresyon problemini çözüyorsak kurulan modellerden elde edilen sonuçların ortalaması alınarak bağımlı değişken (y) belirlenir. Sınıflandırma problemi çözüyorsak kurulan modellerden elde edilen çoğunluk oylama sonuçlarına göre karar verip y’yi, diğer bir ifadeyle bağımlı değişkeni (dependent variable) tahmin etmiş oluruz.
Modeller oluşturulurken temel amaç, bias ve varyans dengesinin kurulmasıdır. Bu uyumu sağlarsak iyi model uyumu (good-fit) elde etmiş oluruz. Makine öğrenme ve derin öğrenme problemlerinin çözümünde modelleme hatalarına bağlı olarak varyans ve bias değişiklik göstermektedir. Bu iki durum şöyle ele alınabilir:
Eksik model uyumu (under-fitting): Kurulan modelde elde edilen tahmin değerleri gözlem verisine yeterince uyum göstermediğinde ortaya çıkar. Bu durumda varyans düşükken bias yüksektir. Buradan şunu anlamak gerekir: gözlem verisi ile tahmin edilen veri arasındaki fark büyükse, diğer bir deyişle kurulan modelle bağımlı değişken iyi tahmin edilemiyorsa bu durumda under-fitting oluşur. Under-fitting sonraki kısımlarında anlatılan sınıflandırma ve regresyon hata metrikleri ile kolaylıkla ortaya konulabilir.
Aşrı model uyumu (over-fitting): Kurulan modelde eğitilen veri seti (training data set)’yle gözlem verisine aşırı uyum gösterdiğinde ortaya çıkar. Bu durumda varyans yüksekken bias düşüktür.
Bahsedilen bu iki durumu kafamızda daha da canlı tutmak için bias ve varyans ilişkisi Şekil 2’de verilmiştir. Şekil’de biz modeli kurgularken olması gereken durumu gösteren Düşük Varyans-Düşük Bias uyumunu hedefliyoruz. Diğer bir ifadeyle, kurguladığımız model (Şekil 2 1 nolu model) ile gözlem değerlerini olabildiğince en yüksek doğruluk oranı ile tahmin ederken aynı zamanda varyansı düşük tutmayı hedefliyoruz. Buna başardığımızda aslında iyi model uyumunu (good-fit) sağlamış ve iyi bir model kurmuş oluyoruz. Eksik model uyumu (under-fitting)’nda ise Şekil 2’de 3 nolu modelde görüleceği üzere elde edilen tahmin değerleri gözlem değerleri (kırmızı alan)’nden uzaklaşmakla birlikte hala tahmin değerleri ile gözlem değerleri arasında farklar, diğer bir deyişle varyans düşüktür. Aşırı model uyumu (over-fitting)’da ise Şekil 2’de 2 nolu modelde görüleceği üzere varyan yüksek iken bias düşüktür. 2 nolu modelde doğru değerler (gözlem değerleri)’i kurulan modelde yüksek doğrulukla (düşük bias) tahmin edilse de gözlem değerleri ile tahmin değerleri arasındaki varyans yüksektir.
Şekil 2: Bias-Varyans İlişkisi
Veri Tipleri
Torbalama yöntemi ile sınıflandırma problemi çözüyorsak bağımlı değişkenin ya da cevap değişkeninin veri tipi nitel ve kategoriktir. Ancak, bu yöntem ile regresyon problemini çözüyorsak bağımlı değişkenin ya da cevap değişkeninin veri tipi niceldir. Veri tipleri kendi içerisinde 4 farklı alt sınıfta ele alınabilir. Bu veri tipleri alt sınıflarıyla birlikte Şekil 3’te verilmiştir.
Şekil 3: Veri Tipleri
Nicel Veri (Quantitative Data)
Şekil 3’te sunulan nicel veri tipi ölçülebilen veri tipi olup, kendi içerisinde temel olarak ikiye ayrılmaktadır. Bu veri tipine alt sınıflandırmalar dikkate alınarak sırasıyla örnek verelim.
Sürekli veri (Continous data): Tam sayı ile ifade edilmeyen veri tipi olup, zaman, sıcaklık, beden kitle endeksi, boy ve ağırlık ölçümleri bu veri tipine örnek verilebilir.
Kesikli veri (Discrete Data): Tam sayı ile ifade edilebilen veri tipi olup, bu veri tipine proje sayısı, popülasyon sayısı, öğrenci sayısı örnek verilebilir.
Nitel Veri (Qualitative Data)
Şekil 3’te verilen nitel veri tipi ölçülemeyen ve kategori belirten veri tipi olup, kendi içerisinde temel olarak ikiye ayrılmaktadır. Bu veri tipine alt sınıflandırmalar şöyledir:
Nominal veri: İki veya daha fazla cevap kategorisi olan ve sıra düzen içermeyen veri tipi olup, bu veri tipine medeni durum (evli, bekar) ve sosyal güvenlik türü (Bağkur, SSK, Yeşil Kart, Özel Sigorta) örnek gösterilebilir.
Ordinal veri: İki veya daha fazla kategorisi olan ancak sıra düzen belirten veri türüdür. Bu veri tipine örnek olarak eğitim düzeyleri (İlkokul, ortaokul, lise, üniversite ve yüksek lisans), yarışma dereceleri (1. , 2. ve 3.) ve illerin gelişmişlik düzeyleri (1. Bölge, 2. Bölge, 3. Bölge, 4. Bölge, 5. Bölge ve 6. Bölge) verilebilir.
Veri tiplerinden bahsedildikten sonra bu veri tiplerinin cevap değişkeni (bağımlı değişken) olduğu durumlarda seçilecek analiz yöntemini ele alalım. Temel olarak cevap değişkeni ölçülebilir numerik değişken ise regresyon, değilse sınıflandırma analizi yapıyoruz. Cevap değişkeni, diğer bir deyişle bağımlı değişken numerik ise bağımsız değişken veya değişkenlerin çıktı (output) / bağımlı değişken (dependent variable) / hedef değişken (target variable) veya değişkenlerin üzerindeki etkisini tahmin etmeye çalışıyoruz. Buradaki temel felsefeyi anlamak son derece önemlidir. Çünkü bu durum sizin belirleyeceğiniz analiz yöntemini de değiştirecektir.
Kullanılan analiz yöntemi ile kurulan modelde ya sınıflandırma problemini ya da regresyon problemini çözdüğümüzü ifade etmiştik. Ancak kurulan modellerde çözülen problemin sınıflandırma ya da regresyon oluşuna göre performans değerlendirmesi farklılaşmaktadır. Sınıflandırma problemlerinde kullanılan hata metrikleri ile regresyon hata metrikleri aynı değildir. Bu bağlamda ilk olarak sınıflandırma problemlerinin çözümünde kullanılan hata metriklerini ele alalım.
Sınıflandırma Problemlerinde Hata Metrikleri
Karışıklık matrisi (confusion matrix) olarak olarak adlandırılan bu matris sınıflandırma problemlerinin çözümünde hata metriklerini ortaya koyarak kurulan modelin veya modellerin hata oranını değerlendirmektedir. Hata matrisinin makine ve derin öğrenme metotlarının değerlendirilmesinde sıklıkla kullanıldığı görülmektedir. Tablo 1’de hata metriklerinin hesaplanmasına esas teşkil eden karışıklık matrisi (confisioun matrix) verilmiştir. Bu tabloyla sınıflandırma hataları hesaplanabilmektedir. Tabloda yer verilen Tip 1 hata (Type 1 error) istatistikte alfa hatasını göstermektedir. Tip 1 hata H0 hipotezi (null hpypothesis) doğru olduğu halde reddedilmesidir. Tabloda Tip 2 hata (Type II error) olarak adlandırılan hata ise istatistikte Beta hatası olarak da bilinmektedir. Tip 2 hata ise H0 hipotezi (null hpypothesis) yanlış olduğu halde kabul edilmesidir.
Tablo 1: Karışıklık Matrisi (Confusion Matrix)
Kaynak: Stanford Üniversitesi
Tablo 1’de TP: Doğru Pozitifleri, FN: Yanlış Negatifleri, FP: Yanlış Pozitifleri ve TN: Doğru Negatifleri göstermektedir.
Şekil 3’te de yer verildiği üzere literatürde sınıflandırma modellerinin performansını değerlendirmede aşağıdaki hata metriklerinden yaygın bir şekilde yararlanıldığı görülmektedir. Sınıflandırma problemlerinin çözümüne yönelik Rastgele Orman Algoritması (RF) kullanarak R’da yapmış olduğum çalışmanın linkini ilgilenenler için aşağıda veriyorum.
R Programlama Diliyle Sınıflandırma Problemlerinin Çözümünde Rastgele Orman Algoritması Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on Random Forest (RF) Algorithm in Solving Classification Problems with R Programming Language
Doğruluk (Accuracy): TP+TN / TP+TN+FP+FN eşitliği ile hesaplanır. Modelin genel performansını ortaya koyar. Bu sınıflandırma metriği ile aslında biz informal bir şekilde dile getirirsek doğru tahminlerin toplam tahminler içindeki oranını hesaplamış oluyoruz.
Kesinlik (Precision): TP / TP+FP eşitliği ile hesaplanır. Doğru tahminlerin ne kadar kesin olduğunu gösterir.
Geri çağırma (Recall): TP / TP+FN eşitliği ile hesaplanır. Gerçek pozitif örneklerin oranını verir.
Özgünlük (Specificity): TN / TN+FP eşitliği ile hesaplanır. Gerçek negatif örneklerin oranını gösterir.
F1 skoru : 2TP / 2TP+FP+FN eşitliği ile hesaplanır. Dengesiz sınıflar için yararlı hibrit bir metrik olup, kesinlik (precision) ve geri çağırma (recall) skorlarının ağırlıklı ortalamasını ifade etmektedir.
ROC (Receiver operating characteristic): Yukarıda karışıklık matrisinde belirtilen parametrelerden yararlanılarak hesaplanır. ROC eğrisi olarak da adlandırılmaktadır. ROC eğrileri, herhangi bir tahmin modelinin doğru pozitifler (TP) ve negatifler (TN) arasında nasıl ayrım yapabileceğini görmenin güzel bir yoludur. Sınıflandırma modellerin perfomansını eşik değerler üzerinden hesaplar. ROC iki parametre üzerinden hesaplanır. Doğru Pozitiflerin Oranı (TPR) ve Yanlış Pozitiflerin Oranı (FPR) bu iki parametreyi ifade eder. Burada aslında biz TPR ile Geri Çağırma (Recall), FPR ile ise 1-Özgünlük (Specificity)‘ü belirtiyoruz.
Cohen Kappa: Kategorik cevap seçenekleri arasındaki tutarlılığı ve uyumu gösterir. Cohen, Kappa sonucunun şu şekilde yorumlanmasını önermiştir: ≤ 0 değeri uyumun olmadığını, 0,01–0,20 çok az uyumu, 0,21-0,40 az uyumu, 0,41-0,60 orta, 0,61-0,80 iyi uyumu ve 0,81–1,00 çok iyi uyumu göstermektedir. 1 değeri ise mükemmel uyum anlamına gelmektedir.
Regresyon Problemlerinde Hata Metrikleri
Regresyon modellerinin performansını değerlendirmede literatürde aşağıdaki hata metriklerinden yaygın bir şekilde yararlanılmaktadır. Regresyon metrikleri eştiliklerinin verilmesi yerine sade bir anlatımla neyi ifade ettiği anlatılacaktır. Böylece formüllere boğulmamış olacaksınız.
SSE (Sum of Square Error): Tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların kareleri toplamını ifade eder.
MSE (Mean Square Error): Ortalama kare hatası olarak adlandırılan bu hata tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların karelerinin ortalamasını ifade eder.
RMSE (Root Mean Square Error): Kök ortalama kare hatası olarak adlandırılan bu hata ortalama kare hatasının karekökünü ifade etmektedir.
MAE (Mean Absolute Error): Ortalama mutlak hata olarak adlandırılan bu hata türü ise tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların mutlak değerlerinin ortalamasını ifade etmektedir.
MAPE (Mean Absolute Percentage Error): Ortalama mutlak yüzdesel hata olarak adlandırılan bu hata türünde ilk olarak tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların mutlak değerleri hesaplanır. Daha sonra hesaplanan farkları mutlak değerleri mutlak değerleri alınan gözlem değerlerine bölünür. En son durumda ise elde edilen bu değerlerin ortalaması alınır.
Bias: Tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların ortalamasıdır. Bu yönüyle ortalama mutlak hata (MAE)’ya benzemektedir.
Regresyon hata metriklerini anlattıktan sonra daha kalıcı olması ve öğrenilmesi adına hazırladığım excel üzerinde bahsedilen bu metriklerin nasıl hesaplandığı gösterilmiştir. Excel dosyasını aşağıdaki linkten indirebilirsiniz.
Regresyon Metrikleri İndir
Çalışma kapsamında torbalama algoritmasıyla regresyon problemi çözülecektir. Bu amaçla ABD’nin Boston bölgesi konut fiyatları veri seti kullanılarak bağımlı değişken olan konutların medyan fiyatları tahmin edilecektir.
Metodoloji ve Uygulama Sonuçları
Bu bölümde torbalama algoritması kullanılarak ABD’nin Boston bölgesinde konutların medyan fiyatları (hedef değişken) tahmin edilmiştir. Diğer bir ifadeyle, bu çalışmada regresyon problemi çözmüş olacağız. Analizde kullanılan veri seti ABD Nüfus Bürosu tarafından Boston bölgesindeki konutlarla ilgili olarak toplanan verilerden oluşmaktadır. Veri setindeki toplam gözlem sayısı 506, değişken sayısı ise 14’tür. Bu veri setine R programlama yazılımında “mlbench” paketi içerisinde “BostonHousing” olarak yer verilmiştir. R programlama dili kullanılarak torbalama (bagging) algoritmasıyla analiz edilmiştir. Veri setinde yer alan değişkenler ve değişkenlerin veri tipleri şöyledir:
crim: per capita crime rate by town. Veri tipi nicel ve süreklidir.
zn: proportion of residential land zoned for lots over 25,000 sq.ft. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
indus: proportion of non-retail business acres per town. Veri tipi nicel ve süreklidir.
chas: Charles River dummy variable (1 if tract bounds river; 0 otherwise). Veri tipi nitel ve nominal kategoriktir.
nox: nitric oxides concentration (parts per 10 million): Veri tipi nicel ve süreklidir.
rm: average number of rooms per dwelling. Veri tipi nicel ve süreklidir.
age: proportion of owner-occupied units built prior to 1940. Veri tipi nicel ve süreklidir.
dis: weighted distances to five Boston employment centres. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
rad: index of accessibility to radial highways. Veri tipi nicel ve süreklidir.
tax: full-value property-tax rate per $10,000. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
ptratio: pupil-teacher ratio by town. Veri tipi nicel ve süreklidir.
b: 1000(Bk – 0.63)^2 where Bk is the proportion of blacks by town. Veri tipi nicel ve süreklidir.
lstat: % lower status of the population. Veri tipi nicel ve süreklidir.
medv: Median value of owner-occupied homes in $1000’s. Veri tipi nicel ve süreklidir.
Bu kapsamda cevap değişkeni (bağımlı değişken) olan “medv” yani konut fiyatlarının medyan değeri geri kalan 13 bağımsız değişken kullanılarak torbalama algoritmasıyla tahmin edilecektir. Analizde kullanılan veri setini aşağıdaki linkten indirebilirsiniz.
Boston Konut Fiyatları Veri Setiİndir
Şimdi veri setini tanıdıktan sonra adım adım (step by step) analize başlayabiliriz. Analizde R programlama dili kullanarak analiz adımları R kod bloklarında verilmiştir.
Yüklenecek R kütüphaneleri

rm(list=ls())

kütüphaneler = c("dplyr","tibble","tidyr","ggplot2","formattable","readr","readxl","xlsx", "pastecs","fpc", "DescTools","e1071", "DMwR", "metrics","caret", "mlbench", "viridis","GGally","ggpurr","psych","writexl","ggfortify","explore", "rattle","yardstick","MASS", "ipred", "performanceEstimation")
 
sapply(kütüphaneler, require, character.only = TRUE)
Ver setinin okunması

data(BostonHousing)
veri<-BostonHousing
Ver setinin xlsx dosyasına yazdırılması

write_xlsx(veri, "Bostonkonutfiyatları.xlsx")#xlsx dosyası için
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri seti xlsx uzantılı dosyaya yazdırılmıştır. Elde edilen veri seti dosyası xlsx uzantılı olarak aşağıdan indirilebilir.
Boston Konut Fiyatları Veri Setiİndir
Veri setinin görselleştirilmesi ve tanımlayıcı istatistikler

#veri setindeki ilk 3 değişkenin görselleştirilmesi
veri[,1:3] %>% explore_all()
#veri setindeki 4,5,6 ve 7. değişkenlerin görselleştirilmesi
veri[,4:7] %>% explore_all()
#veri setindeki 8,9 ve 10. değişkenlerin görselleştirilmesi
veri[,8:10] %>% explore_all()
#veri setindeki 11,12,13 ve 14. değişkenlerin görselleştirilmesi
veri[,11:14] %>% explore_all()

#veri setindeki ilk 10 gözlem
formattable(head(veri,10))

#Pearson korelasyon matrisi 
cor.plot(veri[,-4], main="Korelasyon Matrisi")
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki ilk 3 değişkenin grafiği aşağıda verilmiştir. Grafikte görüleceği üzere eksik gözlem (missing data: NA) bulunmamaktadır.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki 4,5,6 ve 7. değişkenlerin grafiği aşağıda verilmiştir. Grafikte görüleceği üzere eksik gözlem (missing data: NA) bulunmamaktadır.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki 8,9 ve 10. değişkenlerin grafiği aşağıda verilmiştir. Grafikte görüleceği üzere eksik gözlem (missing data: NA) bulunmamaktadır.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki 11, 12, 13 ve 14. değişkenlerin grafiği aşağıda verilmiştir. Grafikte görüleceği üzere eksik gözlem (missing data: NA) bulunmamaktadır.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra Boston Konut Fiyatları veri setindeki ilk 10 gözlem aşağıdaki tabloda verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra nicel ve kesikli değişkenlere ait Pearson korelasyon matrisi aşağıdaki şekilde verilmiştir. Değişken çiftleri nicel (sürekli ve kesikli) olduğu için Pearson korelasyon katsayılarını hesapladık.
Veri setinin eğitilecek veri setine ve test veri setine ayrılması
Bu kısımda aşağıdaki R kod bloğunda basit tekrarsız tesadüfi örnekleme (SRS without replacement) yöntemi kullanılarak veri setindeki gözlemlerin % 70’i eğitilecek veri setine, % 30 ise test edilecek veri setine atanmıştır. Veri setinin eğitilecek veri seti ve test veri setine ayrılmasında genel olarak 70:30 kuralı uygulansa da bu kuralın mutlak olmadığı unutulmamalıdır. Veri setindeki gözlem sayısına göre 70:30 kuralı değişiklik gösterebilmektedir. Veri setindeki gözlem sayısı çok azsa 60:40, veri setindeki gözlem sayısı çok fazla ise 80:20 ve hatta 90:10 olabilmektedir. Şimdi soru burada şu olabilir; neden biz 80:20 veya 90:10 olarak belirliyoruz? Genel olarak buna verilebileceğim cevap şu: Eğer çok yüksek gözlem sayıları ile çalışıyorsanız bilgisayar işlemcisine bağlı olarak bu işlemin çok uzun sürmesi kuvvetle muhtemeldir ki bu durumda test veri setinin oranını düşürmek analizinizi hızlandırır ve daha çabuk sonuç alırsınız.

set.seed(1461)
orneklem<- sample(1:NROW(veri), NROW(veri)*0.7)
train <- veri[orneklem, ]  
test <- veri[-orneklem, ]
Torpalama (Bagging) modelinin kurulması

model<-bagging(medv ~ ., data=train, coob=TRUE, nbagg=500)
print(model)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde kurulan modele ait özet çıktı aşağıda verilmiştir.

Bagging regression trees with 500 bootstrap replications 

Call: bagging.data.frame(formula = medv ~ ., data = train, coob = TRUE, 
    nbagg = 500)

Out-of-bag estimate of root mean squared error:  4.3542 
Tahmin edilen değerler ile test veri setindeki gözlem değerlerinin karşılaştırılması

model <- bagging(medv ~ ., data=train, coob=TRUE, nbagg=500)
tahmin<-predict(model, test)
karsilastirma<-tibble(Gozlem=test$medv, Tahmin=round(tahmin,1))
#ilk ve son 10 tahmin değerini gözlem değerleriyle karşılaştırma 
ilk10<-head(karsilastirma, 10) %>% rename(Gozlemİlk_10=Gozlem, Tahminİlk_10=Tahmin)
son10<-tail(karsilastirma, 10) %>% rename(GozlemSon_10=Gozlem, TahminSon_10=Tahmin)
formattable(cbind("Sıra"=seq(1,10),ilk10, son10))

#karşılaştırmalı sonuçların xlsx dosyasına yazdırılması
write_xlsx(karsilastirma, "karsılastirma_sonuçları.xlsx")
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra torbalama (bagging) modelinden elde edilen ilk ve son 10 tahmin değerleri gözlem değerleri ile birlikte aşağıdaki tabloda karşılaştırmalı olarak verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra torbalama (bagging) modelinden elde edilen konut fiyatları tahmin değerleri ile test veri setindeki gözlem değerleri aşağıda xlsx dosyasına yazdırılmıştır. Buradan dosyayı indirerek sonuçları karşılaştırmalı olarak görebilirsiniz.
Karşılaştırmalı Sonuçlarİndir
Tahmin edilen değerler ile test veri setindeki gözlem değerlerinin grafik üzerinde karşılaştırılması

ggplot(karsilastirma, aes(Gozlem, Tahmin)) +
  geom_point() +
  geom_abline(intercept = 0, slope = 1, size=1.5, color="red")+
  ggtitle("Gözlem Değerleri ve Tahmin Edilen Bagging Regresyon Değerleri")+
  theme_minimal()

#alternatif grafik
ggplot(karsilastirma, aes(Gozlem, Tahmin)) +
  geom_point() +
  geom_abline(intercept = 0, slope = 1, color="red", size=1.5)+
  ggtitle("Gözlem Değerleri ve Tahmin Edilen Bagging Regresyon Değerleri")+
  theme_gray()
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra torbalama (bagging) modelinden elde edilen konut fiyatları tahmin değerleri ile test veri setindeki gözlem değerleri aşağıda şekil üzerinde verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra torbalama (bagging) modelinden elde edilen konut fiyatları tahmin değerleri ile test veri setindeki gözlem değerleri aşağıda alternatif olarak şekil üzerinde verilmiştir.
Tahmin edilen değerler ile test veri setindeki gözlem değerlerinin regresyon hata metrikleri açısından değerlendirilmesi
Kurulan modele ait regresyon hata metriklerinin elde edilmesine yönelik yazılan R kod bloğu aşağıda verilmiştir.

mse<-MSE(karsilastirma$Gozlem, karsilastirma$Tahmin)
mape<-MAPE(karsilastirma$Gozlem, karsilastirma$Tahmin)
rmse<-RMSE(karsilastirma$Gozlem, karsilastirma$Tahmin)
sse<-sse(karsilastirma$Gozlem, karsilastirma$Tahmin)
mae<-mae(karsilastirma$Gozlem, karsilastirma$Tahmin)

formattable(round(tibble(SSE=sse, MSE=mse, RMSE=rmse, MAE=mae, MAPE=mape),2))
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen regresyon hata metrikleri bir bütün olarak aşağıda verilmiştir. Torbalama (bagging) algoritmasıyla kurulan model test veri seti ile karşılaştırıldığında konut fiyatlarını yaklaşık % 2,7 ortalama mutlak hata (MAE) ve yaklaşık % 3,5 kök ortalama kare hatası (RMSE) ile tahmin ettiği görülmektedir.
Performans Testleri
Bu bölümde kurulan model iki yöntemle tüm veri seti üzerinde test edilmiştir. Kullanılan performans test yöntemleri sırasıyla şöyledir:
Çapraz performans testi (Cross validation test)
Hold out yöntemi
Çapraz performans testi (Cross validation test)
Burada modelin performansı çapraz performans testi yapılarak tüm veri seti üzerinde test edilir ve hata oranı verilir. Bu işleme ilişkin yazılan R kod bloğu aşağıda verilmiştir.

errorest(medv ~ ., data=veri, model=lm, est.para=control.errorest(random=FALSE))
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra model tüm veri seti üzerinde test edilmiş ve performans metriği aşağıda verilmiştir.Torbalama (bagging) algoritmasıyla kurulan model tüm veri seti ile karşılaştırıldığında konut fiyatlarını yaklaşık % 5,88 kök ortalama kare hatası (RMSE) ile tahmin ettiği görülmektedir.

Call:
errorest.data.frame(formula = medv ~ ., data = veri, model = lm, 
    est.para = control.errorest(random = FALSE))

	 10-fold cross-validation estimator of root mean squared error

Root mean squared error:  5.877
Hold out yöntemi
Burada modelin performansı Holdout yöntemi ile testi yapılarak tüm veri seti üzerinde test edilir ve hata oranları verilir. Bu işleme ilişkin yazılan R kod bloğu aşağıda verilmiştir.

set.seed(61)
bs<- performanceEstimation(
  PredTask(medv ~ ., veri),
    workflowVariants(learner="bagging", learner.pars=list(coob=TRUE, nbagg=500)),
 EstimationTask(metrics = c("mse","rmse", "mae"),
                method = Holdout(nReps=3,hldSz=0.3)))
summary(bs)
plot(bs)
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra model tüm veri seti üzerinde test edilmiş ve performans hata metrikleri aşağıda verilmiştir. Bulgular, torbalama algoritmasının tüm veri seti üzerinde test edildiğinde konut fiyatlarını yaklaşık % 2,7 ortalama mutlak hata (MAE) ve yaklaşık % 4,1 kök ortalama kare hatası (RMSE) ile tahmin ettiğini göstermektedir.



##### PERFORMANCE ESTIMATION USING  HOLD OUT  #####

** PREDICTIVE TASK :: veri.medv

++ MODEL/WORKFLOW :: bagging 
Task for estimating  mse,rmse,mae  using
 3 x 70 % / 30 % Holdout
	 Run with seed =  1234 
Iteration :  1  2  3

== Summary of a  Hold Out Performance Estimation Experiment ==

Task for estimating  mse,rmse,mae  using
 3 x 70 % / 30 % Holdout
	 Run with seed =  1234 

* Predictive Tasks ::  veri.medv
* Workflows  ::  bagging 

-> Task:  veri.medv
  *Workflow: bagging 
              mse      rmse       mae
avg     16.855399 4.0947040 2.6861979
std      3.011187 0.3649621 0.2642337
med     16.443337 4.0550385 2.5892506
iqr      2.989967 0.3633419 0.2505401
min     14.071462 3.7511948 2.4841314
max     20.051396 4.4778786 2.9852116
invalid  0.000000 0.0000000 0.0000000
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra model tüm veri seti üzerinde test edilmiş ve performans hata metrikleri aşağıda şekil üzerinde gösterilmiştir.
Sonuç
Bu çalışmada regresyon (regression) probleminin çözümüne yönelik topluluk öğrenme algoritmalarından biri olan torbalama (bagging) algoritması kullanılarak ayrıntılı deneysel bir çalışma yapılmıştır. Ortaya konulan bulgular, regresyon probleminin torbalama (bagging) algoritması ile çok başarılı bir şekilde, diğer bir ifadeyle düşük hata oranlarıyla çözüme kavuşturulduğunu göstermektedir.
Torbalama algoritması test verisi üzerinde test edildiğinde konut fiyatlarını yaklaşık % 2,7 ortalama mutlak hata (MAE) ve yaklaşık % 3,5 kök ortalama kare hatası (RMSE) ile tahmin ettiği görülmektedir. Diğer taraftan kurulan model tüm veri seti üzerinde çapraz performans testi ile test edildiğinde ise konut fiyatlarını yaklaşık % 5,88 kök ortalama kare hatası (RMSE) ile tahmin ediyor iken, kurulan model tüm veri seti üzerinde Hold out yöntemi ile test edildiğinde ise konut fiyatlarını yaklaşık yaklaşık % 2,7 ortalama mutlak hata (MAE) ve yaklaşık % 4,1 kök ortalama kare hatası (RMSE) ile tahmin ettiği görülmektedir.
Yapılan bu çalışmanın özellikle veri bilimi (data science) ile ilgilenen akademi ve saha çalışanlarına önemli bir katkı sunacağı düşünülmektedir.
Faydalı olması ve farkındalık oluşturması dileğiyle.
Bilimle ve teknolojiyle kalınız.
Saygılarımla.
Not: Kaynak gösterilmeden alıntı yapılamaz veya kopyalanamaz.
Note: It can not be cited or copied without referencing.
Yararlanılan Kaynaklar
https://www.cs.toronto.edu/~delve/data/boston/bostonDetail.html
http://lib.stat.cmu.edu/datasets/boston
https://tevfikbulut.com/2020/05/21/r-programlama-diliyle-regresyon-problemlerinin-cozumunde-rastgele-orman-algoritmasi-uzerine-bir-vaka-calismasi-a-case-study-on-random-forest-rf-algorithm-in-solving-regression-problems-with-r-progr/
https://www.stat.berkeley.edu/~breiman/Using_random_forests_V3.1.pdf
https://www.stat.berkeley.edu/~breiman/RandomForests/
https://stats.idre.ucla.edu/r/library/r-library-introduction-to-bootstrapping/
https://stanford.edu/~shervine/l/tr/teaching/cs-229/cheatsheet-machine-learning-tips-and-tricks
http://uzalcbs.org/wp-content/uploads/2016/11/2012_082.pdf
http://www.ub.edu/stat/docencia/EADB/bagging.html
https://people.cs.pitt.edu/~milos/courses/cs2750-Spring04/lectures/class23.pdf
https://www.google.com/search?q=underfitting+and+overfitting&source=lnms&tbm=isch&sa=X&ved=2ahUKEwiI1onvyNvpAhVSQMAKHfYyC28Q_AUoAXoECBAQAw&biw=1366&bih=604#imgrc=m5WcPcAqdpCwEM
Webb G.I. (2011) Overfitting. In: Sammut C., Webb G.I. (eds) Encyclopedia of Machine Learning. Springer, Boston, MA
https://www.memorial.com.tr/saglik-rehberleri/biyopsi-nedir-ve-nasil-yapilir/
https://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Breast+Cancer+Wisconsin+(Diagnostic)
Andriyas, S. and McKee, M. (2013). Recursive partitioning techniques for modeling irrigation behavior. Environmental Modelling & Software, 47, 207–217.
Chan, J. C. W. and Paelinckx, D. (2008). Evaluation of Random Forest and Adaboost tree-based ensemble classification and spectral band selection for ecotope mapping using airborne hyperspectral imagery. Remote Sensing of Environment, 112(6), 2999–3011.
Chrzanowska, M., Alfaro, E., and Witkowska, D. (2009). The individual borrowers recognition:Single and ensemble trees. Expert Systems with Applications, 36(2), 6409–6414.
De Bock, K. W., Coussement, K., and Van den Poel, D. (2010). Ensemble classification based on generalized additive models. Computational Statistics & Data Analysis, 54(6), 1535–1546.
De Bock, K. W. and Van den Poel, D. (2011). An empirical evaluation of rotation-based ensemble classifiers for customer churn prediction. Expert Systems with Applications, 38(10), 12293–12301.
Fan, Y., Murphy, T.B., William, R. and Watson G. (2009). digeR: GUI tool for analyzing 2D DIGE data. R package version 1.2.
Garcia-Perez-de-Lema, D., Alfaro-Cortes, E., Manzaneque-Lizano, M. and Banegas-Ochovo, R. (2012). Strategy, competitive factors and performance in small and medium enterprise (SMEs).
African Journal of Business Management, 6(26), 7714–7726.
Gonzalez-Rufino, E., Carrion, P., Cernadas, E., Fernandez-Delgado, M. and Dominguez-Petit, R.(2013). Exhaustive comparison of colour texture features and classification methods to discriminate cells categories in histological images of fish ovary. Pattern Recognition, 46, 2391–2407.
Krempl, G. and Hofer, V. (2008). Partitioner trees: combining boosting and arbitrating. In: Okun, O., Valentini, G. (eds.) Proc. 2nd Workshop Supervised and Unsupervised Ensemble Methods and Their Applications, Patras, Greece, 61–66.
Torgo, Luis, Data Mining With R. Second Edition.
Bunu paylaş:
Facebook
Twitter
Reddit
Telegram
E-posta
Yazdır
Daha fazla
LinkedIn
Tumblr
Pinterest
Pocket
WhatsApp
Skype
Bunu beğen:
Beğen Yükleniyor...
Tevfik BULUT	Genel	Yorum bırakın 20 Haziran 2020 19 Minutes	
Topluluk Öğrenme Algoritmalarından Torbalama Algoritması İle Gögüs Kanserinin Tahmini Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on the Prediction of Breast Cancer Using Bagging Algorithm from Ensemble Learning Algorithms
Giriş
Topluluk (ensemble) öğrenme algoritmaları tahmine dayalı analitik çalışmalarda en başarılı yaklaşımlardan biridir. Bu algoritmalar somut bir problemi çözmek için bir araya gelen modeller setinden oluşmaktadır. Amaç modeller setinin ürettiği tahminleri birleştirerek doğruluğu (accuracy) artırmaktır. Topluluk algoritmaları kendi içerisinde üç grupta ele alınır.
Torbalama (Bagging: Bootsrap Aggregating)
Artırma (Boosting)
İstif (Stacking)
Topluluk (ensemble) öğrenme algoritmalarından biri olan torpalama, ingilizce ifadeyle Bagging, Breiman tarafından 1994 yılında geliştirilen hem sınıflandırma hem de regresyon problemlerinin çözümünde kullanılan makine öğrenmesine dayanan topluluk algoritmasıdır. Torbalama algoritmasının işleyiş süreci Şekil 1’de verilmiştir.
Şekil 1: Torbalama (Bagging) Algoritmasının İşleyiş Süreci
Şekil 1’de belirtilen torbalama algoritmasının işleyiç sürecini adım adım şöyle özetleyebiliriz.
Popülasyon (N) birimlerini eğitilecek (training) veri setine ve test edilecek (testing) veri setine basit tekrarsız tesadüfi örnekleme (simple random sampling without replacement) yöntemiyle ayrılır. Burada literatürde genellikle eğitilecek veri seti seti için popülasyonun % 70’i alınsa da bu oran veri setinin ya da popülasyonun büyüklüğüne göre değişkenlik gösterebilmektedir. Bu oran 70:30 olabileceği gibi, 60:40 veya 80:20 oranı şeklinde de olabilir.
Eğitilecek veri setini belirledikten sonra basit tekrarlı tesadüfi örnekleme yoluyla torbalara (1’den n’e kadar) örneklem birimleri (sample units) atanır.
Örneklem birimleri kurulan modellerde eğitilir.
Regresyon problemini çözüyorsak kurulan modellerden elde edilen sonuçların ortalaması alınarak bağımlı değişken (y) belirlenir. Sınıflandırma problemi çözüyorsak kurulan modellerden elde edilen çoğunluk oylama sonuçlarına göre karar verip y’yi, diğer bir ifadeyle bağımlı değişkeni (dependent variable) tahmin etmiş oluruz.
Modeller oluşturulurken temel amaç, bias ve varyans dengesinin kurulmasıdır. Bu uyumu sağlarsak iyi model uyumu (good-fit) elde etmiş oluruz. Makine öğrenme ve derin öğrenme problemlerinin çözümünde modelleme hatalarına bağlı olarak varyans ve bias değişiklik göstermektedir. Bu iki durum şöyle ele alınabilir:
Eksik model uyumu (under-fitting): Kurulan modelde elde edilen tahmin değerleri gözlem verisine yeterince uyum göstermediğinde ortaya çıkar. Bu durumda varyans düşükken bias yüksektir. Buradan şunu anlamak gerekir: gözlem verisi ile tahmin edilen veri arasındaki fark büyükse, diğer bir deyişle kurulan modelle bağımlı değişken iyi tahmin edilemiyorsa bu durumda under-fitting oluşur. Under-fitting sonraki kısımlarında anlatılan sınıflandırma ve regresyon hata metrikleri ile kolaylıkla ortaya konulabilir.
Aşrı model uyumu (over-fitting): Kurulan modelde eğitilen veri seti (training data set)’yle gözlem verisine aşırı uyum gösterdiğinde ortaya çıkar. Bu durumda varyans yüksekken bias düşüktür.
Bahsedilen bu iki durumu kafamızda daha da canlı tutmak için bias ve varyans ilişkisi Şekil 2’de verilmiştir. Şekil’de biz modeli kurgularken olması gereken durumu gösteren Düşük Varyans-Düşük Bias uyumunu hedefliyoruz. Diğer bir ifadeyle, kurguladığımız model (Şekil 2 1 nolu model) ile gözlem değerlerini olabildiğince en yüksek doğruluk oranı ile tahmin ederken aynı zamanda varyansı düşük tutmayı hedefliyoruz. Buna başardığımızda aslında iyi model uyumunu (good-fit) sağlamış ve iyi bir model kurmuş oluyoruz. Eksik model uyumu (under-fitting)’nda ise Şekil 2’de 3 nolu modelde görüleceği üzere elde edilen tahmin değerleri gözlem değerleri (kırmızı alan)’nden uzaklaşmakla birlikte hala tahmin değerleri ile gözlem değerleri arasında farklar, diğer bir deyişle varyans düşüktür. Aşırı model uyumu (over-fitting)’da ise Şekil 2’de 2 nolu modelde görüleceği üzere varyan yüksek iken bias düşüktür. 2 nolu modelde doğru değerler (gözlem değerleri)’i kurulan modelde yüksek doğrulukla (düşük bias) tahmin edilse de gözlem değerleri ile tahmin değerleri arasındaki varyans yüksektir.
Şekil 2: Bias-Varyans İlişkisi
Veri Tipleri
Torbalama yöntemi ile sınıflandırma problemi çözüyorsak bağımlı değişkenin ya da cevap değişkeninin veri tipi nitel ve kategoriktir. Ancak, bu yöntem ile regresyon problemini çözüyorsak bağımlı değişkenin ya da cevap değişkeninin veri tipi niceldir. Veri tipleri kendi içerisinde 4 farklı alt sınıfta ele alınabilir. Bu veri tipleri alt sınıflarıyla birlikte Şekil 3’te verilmiştir.
Şekil 3: Veri Tipleri
Nicel Veri (Quantitative Data)
Şekil 3’te sunulan nicel veri tipi ölçülebilen veri tipi olup, kendi içerisinde temel olarak ikiye ayrılmaktadır. Bu veri tipine alt sınıflandırmalar dikkate alınarak sırasıyla örnek verelim.
Sürekli veri (Continous data): Tam sayı ile ifade edilmeyen veri tipi olup, zaman, sıcaklık, beden kitle endeksi, boy ve ağırlık ölçümleri bu veri tipine örnek verilebilir.
Kesikli veri (Discrete Data): Tam sayı ile ifade edilebilen veri tipi olup, bu veri tipine proje sayısı, popülasyon sayısı, öğrenci sayısı örnek verilebilir.
Nitel Veri (Qualitative Data)
Şekil 3’te verilen nitel veri tipi ölçülemeyen ve kategori belirten veri tipi olup, kendi içerisinde temel olarak ikiye ayrılmaktadır. Bu veri tipine alt sınıflandırmalar şöyledir:
Nominal veri: İki veya daha fazla cevap kategorisi olan ve sıra düzen içermeyen veri tipi olup, bu veri tipine medeni durum (evli, bekar) ve sosyal güvenlik türü (Bağkur, SSK, Yeşil Kart, Özel Sigorta) örnek gösterilebilir.
Ordinal veri: İki veya daha fazla kategorisi olan ancak sıra düzen belirten veri türüdür. Bu veri tipine örnek olarak eğitim düzeyleri (İlkokul, ortaokul, lise, üniversite ve yüksek lisans), yarışma dereceleri (1. , 2. ve 3.) ve illerin gelişmişlik düzeyleri (1. Bölge, 2. Bölge, 3. Bölge, 4. Bölge, 5. Bölge ve 6. Bölge) verilebilir.
Veri tiplerinden bahsedildikten sonra bu veri tiplerinin cevap değişkeni (bağımlı değişken) olduğu durumlarda seçilecek analiz yöntemini ele alalım. Temel olarak cevap değişkeni ölçülebilir numerik değişken ise regresyon, değilse sınıflandırma analizi yapıyoruz. Cevap değişkeni, diğer bir deyişle bağımlı değişken numerik ise bağımsız değişken veya değişkenlerin çıktı (output) / bağımlı değişken (dependent variable) / hedef değişken (target variable) veya değişkenlerin üzerindeki etkisini tahmin etmeye çalışıyoruz. Buradaki temel felsefeyi anlamak son derece önemlidir. Çünkü bu durum sizin belirleyeceğiniz analiz yöntemini de değiştirecektir.
Kullanılan analiz yöntemi ile kurulan modelde ya sınıflandırma problemini ya da regresyon problemini çözdüğümüzü ifade etmiştik. Ancak kurulan modellerde çözülen problemin sınıflandırma ya da regresyon oluşuna göre performans değerlendirmesi farklılaşmaktadır. Sınıflandırma problemlerinde kullanılan hata metrikleri ile regresyon hata metrikleri aynı değildir. Bu bağlamda ilk olarak sınıflandırma problemlerinin çözümünde kullanılan hata metriklerini ele alalım.
Sınıflandırma Problemlerinde Hata Metrikleri
Karışıklık matrisi (confusion matrix) olarak olarak adlandırılan bu matris sınıflandırma problemlerinin çözümünde hata metriklerini ortaya koyarak kurulan modelin veya modellerin hata oranını değerlendirmektedir. Hata matrisinin makine ve derin öğrenme metotlarının değerlendirilmesinde sıklıkla kullanıldığı görülmektedir. Tablo 1’de hata metriklerinin hesaplanmasına esas teşkil eden karışıklık matrisi (confisioun matrix) verilmiştir. Bu tabloyla sınıflandırma hataları hesaplanabilmektedir. Tabloda yer verilen Tip 1 hata (Type 1 error) istatistikte alfa hatasını göstermektedir. Tip 1 hata H0 hipotezi (null hpypothesis) doğru olduğu halde reddedilmesidir. Tabloda Tip 2 hata (Type II error) olarak adlandırılan hata ise istatistikte Beta hatası olarak da bilinmektedir. Tip 2 hata ise H0 hipotezi (null hpypothesis) yanlış olduğu halde kabul edilmesidir.
Tablo 1: Karışıklık Matrisi (Confusion Matrix)
Kaynak: Stanford Üniversitesi
Tablo 1’de TP: Doğru Pozitifleri, FN: Yanlış Negatifleri, FP: Yanlış Pozitifleri ve TN: Doğru Negatifleri göstermektedir.
Şekil 3’te de yer verildiği üzere literatürde sınıflandırma modellerinin performansını değerlendirmede aşağıdaki hata metriklerinden yaygın bir şekilde yararlanıldığı görülmektedir. Sınıflandırma problemlerinin çözümüne yönelik Rastgele Orman Algoritması (RF) kullanarak R’da yapmış olduğum çalışmanın linkini ilgilenenler için aşağıda veriyorum.
R Programlama Diliyle Sınıflandırma Problemlerinin Çözümünde Rastgele Orman Algoritması Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on Random Forest (RF) Algorithm in Solving Classification Problems with R Programming Language
Doğruluk (Accuracy): TP+TN / TP+TN+FP+FN eşitliği ile hesaplanır. Modelin genel performansını ortaya koyar. Bu sınıflandırma metriği ile aslında biz informal bir şekilde dile getirirsek doğru tahminlerin toplam tahminler içindeki oranını hesaplamış oluyoruz.
Kesinlik (Precision): TP / TP+FP eşitliği ile hesaplanır. Doğru tahminlerin ne kadar kesin olduğunu gösterir.
Geri çağırma (Recall): TP / TP+FN eşitliği ile hesaplanır. Gerçek pozitif örneklerin oranını verir.
Özgünlük (Specificity): TN / TN+FP eşitliği ile hesaplanır. Gerçek negatif örneklerin oranını gösterir.
F1 skoru : 2TP / 2TP+FP+FN eşitliği ile hesaplanır. Dengesiz sınıflar için yararlı hibrit bir metrik olup, kesinlik (precision) ve geri çağırma (recall) skorlarının ağırlıklı ortalamasını ifade etmektedir.
ROC (Receiver operating characteristic): Yukarıda karışıklık matrisinde belirtilen parametrelerden yararlanılarak hesaplanır. ROC eğrisi olarak da adlandırılmaktadır. ROC eğrileri, herhangi bir tahmin modelinin doğru pozitifler (TP) ve negatifler (TN) arasında nasıl ayrım yapabileceğini görmenin güzel bir yoludur. Sınıflandırma modellerin perfomansını eşik değerler üzerinden hesaplar. ROC iki parametre üzerinden hesaplanır. Doğru Pozitiflerin Oranı (TPR) ve Yanlış Pozitiflerin Oranı (FPR) bu iki parametreyi ifade eder. Burada aslında biz TPR ile Geri Çağırma (Recall), FPR ile ise 1-Özgünlük (Specificity)‘ü belirtiyoruz.
Cohen Kappa: Kategorik cevap seçenekleri arasındaki tutarlılığı ve uyumu gösterir. Cohen, Kappa sonucunun şu şekilde yorumlanmasını önermiştir: ≤ 0 değeri uyumun olmadığını, 0,01–0,20 çok az uyumu, 0,21-0,40 az uyumu, 0,41-0,60 orta, 0,61-0,80 iyi uyumu ve 0,81–1,00 çok iyi uyumu göstermektedir. 1 değeri ise mükemmel uyum anlamına gelmektedir.
Regresyon Problemlerinde Hata Metrikleri
Regresyon modellerinin performansını değerlendirmede literatürde aşağıdaki hata metriklerinden yaygın bir şekilde yararlanılmaktadır. Regresyon metrikleri eştiliklerinin verilmesi yerine sade bir anlatımla neyi ifade ettiği anlatılacaktır. Böylece formüllere boğulmamış olacaksınız.
SSE (Sum of Square Error): Tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların kareleri toplamını ifade eder.
MSE (Mean Square Error): Ortalama kare hatası olarak adlandırılan bu hata tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların karelerinin ortalamasını ifade eder.
RMSE (Root Mean Square Error): Kök ortalama kare hatası olarak adlandırılan bu hata ortalama kare hatasının karekökünü ifade etmektedir.
MAE (Mean Absolute Error): Ortalama mutlak hata olarak adlandırılan bu hata türü ise tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların mutlak değerlerinin ortalamasını ifade etmektedir.
MAPE (Mean Absolute Percentage Error): Ortalama mutlak yüzdesel hata olarak adlandırılan bu hata türünde ilk olarak tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların mutlak değerleri hesaplanır. Daha sonra hesaplanan farkları mutlak değerleri mutlak değerleri alınan gözlem değerlerine bölünür. En son durumda ise elde edilen bu değerlerin ortalaması alınır.
Bias: Tahmin edilen değerler ile gözlem değerleri arasındaki farkların ortalamasıdır. Bu yönüyle ortalama mutlak hata (MAE)’ya benzemektedir.
Regresyon hata metriklerini anlattıktan sonra daha kalıcı olması ve öğrenilmesi adına hazırladığım excel üzerinde bahsedilen bu metriklerin nasıl hesaplandığı gösterilmiştir. Excel dosyasını aşağıdaki linkten indirebilirsiniz.
Regresyon Metrikleri İndir
Çalışma kapsamında torpalama algoritmasıyla sınıflandırma problemi çözülecektir. Bu amaçla Wisconsin Üniversitesi Hastanesinden alınan Meme Kanseri veri seti kullanılarak bağımlı değişken olan meme kanserinin tipi tahmin edilecektir.
Metodoloji ve Uygulama Sonuçları
Bu bölümde torpalama algoritması kullanılarak meme kanserinin türü (iyi huylu: benign, kötü huylu: malign) tahmin edilmiştir. Diğer bir ifadeyle, bu çalışmada sınıflandırma problemi çözmüş olacağız. Analizde kullanılan veri seti Wisconsin Üniversitesi Hastanelerinde 15 Temmuz 1992 tarihine kadar tedavi görmüş hastalardan alınan meme biyopsi verilerini içermektedir. Biyopsi’den bahsetmişken ne anlama geldiğini de açıklayalım. Biyopsi, vücudun farklı bölgelerinden mikroskop yardımıyla inceleme ve farklı tetkikler yaparak hastalık şüphesi bulunan bölgeden tanı amaçlı hücre ya da doku alma işlemidir. Veri setinde 15 Temmuz 1992’ye kadar 699 hastaya ait meme tümör biyopsi gözlemleri bulunmaktadır. Veri setindeki toplam gözlem sayısı 699, değişken sayısı ise 10 (ID numarası hariç)’dur. Bu veri setine R programlama yazılımında “MASS” paketi içerisinde “biopsy” olarak yer verilmiştir. Ancak veri setinde değişkenlerin adları tam olarak yazılmadığı için R programlama dilinde revize edilmiş ve R programlama dili kullanılarak torpalama (bagging) algoritmasıyla analiz edilmiştir.
Cl.thickness: Kitlenin kalınlığını (clump thickness) göstermektedir. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Cell.size: Hücre büyüklüğünün homojenliğini (uniformity of cell size) göstermektedir.Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Cell.shape: Hücre şeklinin bütünlüğünü (uniformity of cell shape) göstermektedir. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Marg.adhesion: Marjinal yapışmayı göstermektedir. Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Epith.c.size Epitel hücre büyüklüğünü (single epithelial cell size) göstermektedir.Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Bare.nuclei: Sitoplazma (hücrenin geri kalanı) ile çevrili olmayan çekirdekler için kullanılan bir terimdir. Bunlar tipik olarak iyi huylu tümörlerde görülür.Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Bl.cromatin: Benign (iyi huylu) hücrelerde görülen çekirdeğin muntazam bir “dokusunu” açıklar (bland chromatin). Kanser hücrelerinde kromatin daha kaba olma eğilimindedir.Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Normal.nucleoli: Nükleoller, çekirdekte görülen küçük yapılardır. Kanser hücrelerinde nükleoller daha belirgin hale gelir.Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Mitoses: Mitotik aktivite, hücrelerin ne kadar hızlı bölündüğünün bir ölçüsüdür. Yüksek mitotik aktivite tipik olarak malign tümörlerde görülür.Cevap değişkenleri 1’den 10’a kadar bir ölçekte puanlanmıştır. Veri tipi nicel ve kesiklidir.
Class: Meme kanserinin tipini (iyi huylu mu yoksa kötü huylu mu) göstermektedir. Değişken kategorileri “benign” ve “malignant“, diğer bir deyişle iyi ve kötü huyludur.Veri tipi nitel ve nominal kategoriktir.
Bu kapsamda cevap değişkeni (bağımlı değişken) olan “Class” yani meme kanserinin türü geri kalan 9 bağımsız değişken kullanılarak torpalama algoritmasıyla tahmin edilecektir.Analizde kullanılan veri setini aşağıdaki linkten indirebilirsiniz.
Göğüs Kanseri Veri Setiİndir
Şimdi veri setini tanıdıktan sonra adım adım (step by step) analize başlayabiliriz. Analizde R programlama dili kullanarak analiz adımları R kod bloklarında verilmiştir.
Yüklenecek R kütüphaneleri

rm(list=ls())

kütüphaneler = c("dplyr","tibble","tidyr","ggplot2","formattable","readr","readxl","xlsx", "pastecs","fpc", "DescTools","e1071", "DMwR","caret", "viridis","GGally","ggpurr","psych","writexl","ggfortify","explore","MASS", "adabag", "rpart")
 
sapply(kütüphaneler, require, character.only = TRUE)
Ver setinin okunması ve değişkenlerin adlandırılması

veri<-biopsy %>% rename(Cl.thickness=V1, Cell.size=V2, Cell.shape=V3, Marg.adhesion=V4,  Epith.c.size=V5, Bare.nuclei=V6, Bl.cromatin=V7, Normal.nucleoli=V8, Mitoses=V9, Class=class)
veri<-veri[,-1]
Ver setinin xlsx ve csv uzantılı dosyalara yazdırılması

write.csv(veri, "gögüskanseriveriseti.csv")#csv dosyası için
write_xlsx(veri, "gögüskanseriveriseti.xlsx")#xlsx dosyası için
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri seti xlsx ve csv uzantılı dosyalara yazdırılmıştır. Elde edilen veri seti dosyası sadece xlsx uzantılı olarak aşağıdan indirilebilir. Sitem csv dosya yüklemesini desteklemediği için csv uzantılı dosya aşağıda verilememiştir. Ancak yukarıdaki R kod bloğu çalıştırabilir ve csv uzatılı dosya rmd dosyasının bulunduğu klasör içine otomatik olarak kaydedilebilir.
Göğüs Kanseri Veri Seti (xlsx)İndir
Veri setinin görselleştirilmesi ve tanımlayıcı istatistikler

#veri setindeki ilk 3 değişkenin görselleştirilmesi
veri[,1:3] %>% explore_all()
#veri setindeki 4,5,6 ve 7. değişkenlerin görselleştirilmesi
veri[,4:7] %>% explore_all()
#veri setindeki 8,9 ve 10. değişkenlerin görselleştirilmesi
veri[,8:10] %>% explore_all()

#veri setindeki ilk 10 gözlem
formattable(head(veri,10))

#Eksik gözlemler çıkarıldıktan sonra Pearson korelasyon matrisi 
tamveri<-na.omit(veri)
cor.plot(tamveri[,-10], main="Korelasyon Matrisi")
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki ilk 3 değişkenin grafiği aşağıda verilmiştir. Grafikte görüleceği üzere eksik gözlem (missing data: NA) bulunmamaktadır.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki 4,5,6 ve 7. değişkenlerin grafiği aşağıda verilmiştir. Grafikte görüleceği üzere sadece Bare.nuclei değişkende 16 eksik gözlem (missing data: NA) bulunmaktadır.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra veri setindeki 8,9 ve 10. değişkenlerin grafiği aşağıda verilmiştir. Grafikte görüleceği üzere eksik gözlem (missing data: NA) bulunmamaktadır.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra meme kanseri veri setindeki ilk 10 gözlem aşağıdaki tabloda verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra meme kanseri veri setindeki eksik gözlemlerin olduğu 16 satır çıkarılmış, ardından nicel ve kesikli değişkenlere ait Pearson korelasyon matrisi aşağıdaki şekilde verilmiştir. Bağımlı değişken dışındaki değişken çiftleri nicel (sürekli ve kesikli) olduğu için Pearson korelasyon katsayısını hesapladık.
Bağımlı değişken olan tümörün tipi (Class)’ne görer değişkenler arasındaki ilişki

tamveri %>% ggplot(aes(x = Cl.thickness, y = Cell.size, color = Class))+
        geom_point(position = position_dodge(0.9)) +
        facet_grid( ~Class)

tamveri %>% ggplot(aes(x = Cell.shape, y = Marg.adhesion, color = Class))+
        geom_point(position = position_dodge(0.9)) +
        facet_grid( ~Class)

tamveri %>% ggplot(aes(x = Epith.c.size, y = Bare.nuclei, color = Class))+
        geom_point(position = position_dodge(0.9)) +
        facet_grid( ~Class)

tamveri %>% ggplot(aes(x = Bl.cromatin, y = Normal.nucleoli, color = Class))+
        geom_point(position = position_dodge(0.9)) +
        facet_wrap(Mitoses~Class )
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra ilk iki değişkenin tümörün tipine göre kendi aralarındaki ilişki aşağıdaki grafikte verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra 3. ve 4. değişkenin tümörün tipine göre kendi aralarındaki ilişki aşağıdaki grafikte verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra 5. ve 6. değişkenin tümörün tipine göre kendi aralarındaki ilişki aşağıdaki grafikte verilmiştir.
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra 7, 8 ve 9. değişkenlerin tümörün tipine göre kendi aralarındaki ilişki aşağıdaki grafikte verilmiştir.
Veri setinin eğitilecek veri setine ve test veri setine ayrılması
Bu kısımda aşağıdaki R kod bloğunda basit tekrarsız tesadüfi örnekleme (SRS without replacement) yöntemi kullanılarak veri setindeki gözlemlerin % 70’i eğitilecek veri setine, % 30 ise test edilecek veri setine atanmıştır. Veri setinin eğitilecek veri seti ve test veri setine ayrılmasında genel olarak 70:30 kuralı uygulansa da bu kuralın mutlak olmadığı unutulmamalıdır. Veri setindeki gözlem sayısına göre 70:30 kuralı değişiklik gösterebilmektedir. Veri setindeki gözlem sayısı çok azsa 60:40, veri setindeki gözlem sayısı çok fazla ise 80:20 ve hatta 90:10 olabilmektedir. Şimdi soru burada şu olabilir; neden biz 80:20 veya 90:10 olarak belirliyoruz? Genel olarak buna verilebileceğim cevap şu: Eğer çok yüksek gözlem sayıları ile çalışıyorsanız bilgisayar işlemcisine bağlı olarak bu işlemin çok uzun sürmesi kuvvetle muhtemeldir ki bu durumda test veri setinin oranını düşürmek analizinizi hızlandırır ve daha çabuk sonuç alırsınız.

set.seed(1461)
orneklem<- sample(1:NROW(tamveri), NROW(tamveri)*0.7)
train <- tamveri[orneklem, ]  
test <- tamveri[-orneklem, ]
Torpalama (Bagging) modelinin kurulması

model <- bagging(Class ~., data=tamveri, mfinal=500)
Değişkenlerin önem düzeyleri

#önem düzeyi grafiği
importanceplot(model)
önem düzeyi değerleri tablosu
onem<-model$importance
degisken<-names(onem)
agirlik<-as_tibble(as.numeric(onem))
onemduzey<-tibble("Değişken"=degisken, "Önem Düzeyi"=round(agirlik$value,2))

formattable(onemduzey, 
            list(formatter(
              "span", style = ~ style(color = "grey",font.weight = "bold")),
`Önem Düzeyi` = color_bar("#FF6347")
))
Yukarıdaki kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen modeldeki değişkenlerin önem düzeyleri büyükten küçüğe doğru aşağıdaki grafikte verilmiştir.
Yukarıdaki kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen modeldeki değişkenlerin önem düzeyleri değerleriyle birlikte aşağıdaki tabloda verilmiştir. Aşağıdaki tablo yukarıdaki grafiğe göre daha anlamlı olduğu söylenebilir.
Tahmin edilen değerler ile test veri setindeki gözlem değerlerinin karşılaştırılması

model <- bagging(Class ~., data=train, mfinal=500)
tahmin<-predict(model, test)
karsilastirma<-tibble(Gozlem=test$Class, Tahmin=tahmin$class)
#ilk ve son 10 tahmin değerini gerçek değerle karşılaştırma 
ilk10<-head(karsilastirma, 10) %>% rename(Gozlemİlk_10=Gozlem, Tahminİlk_10=Tahmin)
son10<-tail(karsilastirma, 10) %>% rename(GozlemSon_10=Gozlem, TahminSon_10=Tahmin)
formattable(cbind("Sıra"=seq(1,10),ilk10, son10))
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra torbalama (bagging) modelinden elde edilen ilk ve son 10 tahmin sınıflandırma değerleri gözlem sınıflandırma değerleri ile birlikte aşağıdaki tabloda karşılaştırmalı olarak verilmiştir.
Karışıklık matrisi (confusion matrix)’nin oluşturulması

cm<tahmin$confusion
plot(cm, type = "heatmap", main="Karışıklık Matrisi")
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen karışıklık matrisi aşağıda verilmiştir.

             Observed Class
Predicted Class benign malignant
      benign       127         3
      malignant      4        71
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen karışıklık matrisinin grafiği ise aşağıda verilmiştir.
Sınıflandırma Hata parametreleri
Kurulan modele ait hata parametrelerinin elde edilmesine yönelik yazılan R kod bloğu aşağıda verilmiştir.

cm<-confusionMatrix(karsilastirma$Tahmin, karsilastirma$Gozlem)
cm
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra elde edilen hata metrikleri bir bütün olarak aşağıda verilmiştir. Torbalama (bagging) algoritmasıyla kurulan model meme kanseri türlerini yaklaşık % 97 doğruluk (accuracy) oranı ile tahmin etmektedir. Hata oranı ise 100-97 eşitliğinden yola çıkarak % 3 buluruz. Uyumu gösteren Kappa katsayısı ise bu modelde yaklaşık % 93 (0,93) olup, tahmin edilen tümör türleri ile gözlemlenen tümör türleri arasında mükemmele yakın bir uyum olduğu görülmektedir. Bu bulgu aynı zamanda doğruluk oranını da destekler niteliktedir.

Confusion Matrix and Statistics

           Reference
Prediction  benign malignant
  benign       127         3
  malignant      4        71
                                          
               Accuracy : 0.9659          
                 95% CI : (0.9309, 0.9862)
    No Information Rate : 0.639           
    P-Value [Acc > NIR] : <2e-16          
                                          
                  Kappa : 0.9262          
                                          
 Mcnemar's Test P-Value : 1               
                                          
            Sensitivity : 0.9695          
            Specificity : 0.9595          
         Pos Pred Value : 0.9769          
         Neg Pred Value : 0.9467          
             Prevalence : 0.6390          
         Detection Rate : 0.6195          
   Detection Prevalence : 0.6341          
      Balanced Accuracy : 0.9645          
                                          
       'Positive' Class : benign    
Çapraz performans testi (Cross validation test)
Burada modelin performansı çapraz performans testi yapılarak tüm veri seti üzerinde test edilir ve doğruluk oranı verilir. Bu işleme ilişkin yazılan R kod bloğu aşağıda verilmiştir. Bu kısım Bilgisayar işlemcisine bağlı olarak biraz uzun sürebilmektedir. Bu yüzden sabırlı olmakta fayda var 🙂 . Yukarıda karışıklık matrisine göre verilen metrikler test verisine göre elde edilen hata metrikleridir. Yani yukarıda eğitim verisine göre kurulan model test verisi ile karşılaştırılmıştır. Buradaki ayrımı iyi yapmak gerekir.

tamvericv<-bagging.cv(Class ~., data=tamveri, v = 2, mfinal = 500, control=rpart.control(cp=0.01))
tamvericv[-1]
#doğruluk ve hata oranı
dogrulukvehataorani<-paste("Doğruluk Oranı: %",round((1-tamvericv[-1]$error)*100,1),"ve","Hata Oranı: %",round(tamvericv[-1]$error*100,1))
dogrulukvehataorani
Yukarıdaki R kod bloğunun çalıştırılmasından sonra model tüm veri seti üzerinde test edilmiş ve performans parametre değerleri karışıklık matrisi ile birlikte aşağıda verilmiştir. Bulgular, torbalama algoritmasının tüm veri seti üzerinde test edildiğinde meme kanseri türlerini % 96,5 doğruluk oranı ve % 3,5 hata oranı ile tahmin ettiğini göstermektedir.

$confusion
               Observed Class
Predicted Class benign malignant
      benign       429         9
      malignant     15       230

$error
[1] 0.03513909

[1] "Doğruluk Oranı: % 96.5 ve Hata Oranı: % 3.5"
Sonuç
Bu çalışmada sınıflandırma (classification) probleminin çözümüne yönelik topluluk öğrenme algoritmalarından biri olan torbalama (bagging) algoritması kullanılarak ayrıntılı deneysel bir çalışma yapılmıştır. Ortaya konulan bulgular, sınıflandırma probleminin torbalama (bagging) algoritması tarafından çok başarılı bir şekilde, diğer bir ifadeyle çok yüksek bir doğruluk (accuracy) oranıyla çözüme kavuşturulduğu görülmektedir.
Torbalama algoritması test verisi üzerinde test edildiğinde meme kanseri türlerini % 96,5 doğruluk (accuracy) oranı ile tahmin etmektedir. Diğer taraftan tüm veri seti üzerinde test edildiğinde ise meme kanseri türlerini benzer şekilde yaklaşık % 96,5 doğruluk (accuracy) oranı ile tahmin etmektedir. Hata oranı (error rate) 1-Doğruluk Oranı eşitliğinden hem test verisinde hemde tüm verisi setinde % 3,5’tir . Bu hata sınıflandırma hatası (classification error) olarak da nitelendirilebilir.
Yapılan bu çalışmanın özellikle veri bilimi (data science) ile ilgilenen akademi ve saha çalışanlarına önemli bir katkı sunacağı düşünülmektedir.
Faydalı olması ve farkındalık oluşturması dileğiyle.
Bilimle ve teknolojiyle kalınız.
Saygılarımla.
Not: Kaynak gösterilmeden alıntı yapılamaz veya kopyalanamaz.
Note: It can not be cited or copied without referencing.
Yararlanılan Kaynaklar
https://tevfikbulut.com/2020/05/21/r-programlama-diliyle-regresyon-problemlerinin-cozumunde-rastgele-orman-algoritmasi-uzerine-bir-vaka-calismasi-a-case-study-on-random-forest-rf-algorithm-in-solving-regression-problems-with-r-progr/
https://www.stat.berkeley.edu/~breiman/Using_random_forests_V3.1.pdf
https://www.stat.berkeley.edu/~breiman/RandomForests/
https://stats.idre.ucla.edu/r/library/r-library-introduction-to-bootstrapping/
https://stanford.edu/~shervine/l/tr/teaching/cs-229/cheatsheet-machine-learning-tips-and-tricks
http://uzalcbs.org/wp-content/uploads/2016/11/2012_082.pdf
http://www.ub.edu/stat/docencia/EADB/bagging.html
https://people.cs.pitt.edu/~milos/courses/cs2750-Spring04/lectures/class23.pdf
https://www.google.com/search?q=underfitting+and+overfitting&source=lnms&tbm=isch&sa=X&ved=2ahUKEwiI1onvyNvpAhVSQMAKHfYyC28Q_AUoAXoECBAQAw&biw=1366&bih=604#imgrc=m5WcPcAqdpCwEM
Webb G.I. (2011) Overfitting. In: Sammut C., Webb G.I. (eds) Encyclopedia of Machine Learning. Springer, Boston, MA
https://www.memorial.com.tr/saglik-rehberleri/biyopsi-nedir-ve-nasil-yapilir/
https://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Breast+Cancer+Wisconsin+(Diagnostic)
Andriyas, S. and McKee, M. (2013). Recursive partitioning techniques for modeling irrigation behavior. Environmental Modelling & Software, 47, 207–217.
Chan, J. C. W. and Paelinckx, D. (2008). Evaluation of Random Forest and Adaboost tree-based ensemble classification and spectral band selection for ecotope mapping using airborne hyperspectral imagery. Remote Sensing of Environment, 112(6), 2999–3011.
Chrzanowska, M., Alfaro, E., and Witkowska, D. (2009). The individual borrowers recognition:Single and ensemble trees. Expert Systems with Applications, 36(2), 6409–6414.
De Bock, K. W., Coussement, K., and Van den Poel, D. (2010). Ensemble classification based on generalized additive models. Computational Statistics & Data Analysis, 54(6), 1535–1546.
De Bock, K. W. and Van den Poel, D. (2011). An empirical evaluation of rotation-based ensemble classifiers for customer churn prediction. Expert Systems with Applications, 38(10), 12293–12301.
Fan, Y., Murphy, T.B., William, R. and Watson G. (2009). digeR: GUI tool for analyzing 2D DIGE data. R package version 1.2.
Garcia-Perez-de-Lema, D., Alfaro-Cortes, E., Manzaneque-Lizano, M. and Banegas-Ochovo, R. (2012). Strategy, competitive factors and performance in small and medium enterprise (SMEs).
African Journal of Business Management, 6(26), 7714–7726.
Gonzalez-Rufino, E., Carrion, P., Cernadas, E., Fernandez-Delgado, M. and Dominguez-Petit, R.(2013). Exhaustive comparison of colour texture features and classification methods to discriminate cells categories in histological images of fish ovary. Pattern Recognition, 46, 2391–2407.
Krempl, G. and Hofer, V. (2008). Partitioner trees: combining boosting and arbitrating. In: Okun, O., Valentini, G. (eds.) Proc. 2nd Workshop Supervised and Unsupervised Ensemble Methods and Their Applications, Patras, Greece, 61–66.
Torgo, Luis, Data Mining With R. Second Edition.
Bunu paylaş:
Facebook
Twitter
Reddit
Telegram
E-posta
Yazdır
Daha fazla
LinkedIn
Tumblr
Pinterest
Pocket
WhatsApp
Skype
Bunu beğen:
Beğen Yükleniyor...
Tevfik BULUT	Genel	1 Yorum 31 Mayıs 2020 31 Mayıs 2020 20 Minutes	
Son Yazılar
İnovasyonun Ülke Ekonomileri Açısından Anlam ve Önemi?
R’da Shiny Üzerinde Binom Olasılık Dağılım Simülasyonu: Binomial Probability Distribution Simulation on Shiny in R
R’da Shiny Üzerinde Normal Dağılım Simülasyonu İnşa Etme : Building a Normal Distribution Simulation on Shiny in R
R’da Dinamik Ağaç Diyagramı ve Dinamik Grafik Oluşturma Üzerine Vaka Çalışmaları: Case Studies on Dynamic Tree Diagram and Dynamic Graphing in R
Türkiye’de Girişimler, Bilişim Teknolojileri Kullanımında Ne Durumda?
Word Dokümanlarından Metin Çıkarma: Extracting Text from Word Documents
Şifre Kombinasyonlarının Kırılma Olasılıkları: Cracking Probability of Password Combinations
Küresel İnovasyon Endeksi 2021 Yılı Raporu ve Türkiye
Bulut Performans Endeksi [BE] Simülasyonu
R’da Quandl Kütüphanesi İle Veri Çekme ve Dinamik Grafik Oluşturma: Extracting Data with Quandl Library and Creating Dynamic Charts in R
Popüler Yazılar & Sayfalar
Şans Oyunları Perspektifinden Olasılık : Probability from Perspective of the Chance Games	
Z Tablosuna Göre Güven Aralığının Hesaplanmasına Yönelik Temel Bir Simülasyon Çalışması: A Basic Simulation Study for Calculating Confidence Interval by Z Table	
Güvenilirlik Analizi (Reliability Analysis) ve İç Tutarlılık (Internal Consistency)	
Şans Oyunları Perspektifinden Olasılık II: Probability from Perspective of the Chance Games II	
R'da Çoklu Doğrusal Regresyon Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on Multiple Linear Regression (MLR) in R	
R'da Binary Lojistik Regresyon Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on Binary Logistic Regression in R	
R'da Multinominal Lojistik Regresyon Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on Multinominal Logistic Regression in R	
R'da Normal Dağılım Dönüşümleri Üzerine Vaka Çalışmaları: Case Studies on Normal Distribution Transformations in R	
R'da Poisson ve Negatif Binom Regresyon Yöntemleri Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on Poisson and Negative Binomial Regression Methods in R	
Ordinal Lojistik Regresyon Üzerine Bir Vaka Çalışması: A Case Study on Ordinal Logistic Regression	
Arşiv
Arşiv Ay Seçin Ekim 2021 (7) Eylül 2021 (2) Ağustos 2021 (5) Temmuz 2021 (1) Haziran 2021 (2) Mayıs 2021 (2) Nisan 2021 (2) Şubat 2021 (4) Ocak 2021 (5) Aralık 2020 (2) Kasım 2020 (3) Ekim 2020 (2) Eylül 2020 (5) Ağustos 2020 (14) Temmuz 2020 (8) Haziran 2020 (6) Mayıs 2020 (13) Nisan 2020 (9) Mart 2020 (11) Şubat 2020 (4) Ocak 2020 (5) Aralık 2019 (4) Kasım 2019 (3) Ekim 2019 (3) Eylül 2019 (8) Ağustos 2019 (1) Mayıs 2019 (1) Şubat 2019 (2) Aralık 2018 (1) Eylül 2018 (3) Ağustos 2018 (5) Temmuz 2018 (1) Mayıs 2018 (2) Nisan 2018 (1) Ekim 2017 (4) Temmuz 2017 (3) Haziran 2017 (2) Mayıs 2017 (1) Ocak 2017 (2)
Reklamlar
Yapay Zeka (AI) Trendleri
Best Practices for Building the AI Development Platform in Government 28 Ekim 2021
By John P. Desmond, AI Trends Editor The AI stack defined by Carnegie Mellon University is fundamental to the approach being taken by the US Army for its AI development platform efforts, according to Isaac Faber, Chief Data Scientist at the US Army AI Integration Center, speaking at the AI World Government event held in-person and virtually […]
Allison Proffitt
Advance Trustworthy AI and ML, and Identify Best Practices for Scaling AI 28 Ekim 2021
By John P. Desmond, AI Trends Editor Advancing trustworthy AI and machine learning to mitigate agency risk is a priority for the US Department of Energy (DOE), and identifying best practices for implementing AI at scale is a priority for the US General Services Administration (GSA). That’s what attendees learned in two sessions at the AI […]
Allison Proffitt
Promise and Perils of Using AI for Hiring: Guard Against Data Bias 28 Ekim 2021
By AI Trends Staff While AI in hiring is now widely used for writing job descriptions, screening candidates, and automating interviews, it poses a risk of wide discrimination if not implemented carefully. That was the message from Keith Sonderling, Commissioner with the US Equal Opportunity Commision, speaking at the AI World Government event held live an […]
Allison Proffitt
Predictive Maintenance Proving Out as Successful AI Use Case 28 Ekim 2021
By John P. Desmond, AI Trends Editor More companies are successfully exploiting predictive maintenance systems that combine AI and IoT sensors to collect data that anticipates breakdowns and recommends preventive action before break or machines fail, in a demonstration of an AI use case with proven value. This growth is reflected in optimistic market for […]
Allison Proffitt
Novelty In The Game Of Go Provides Bright Insights For AI And Autonomous Vehicles 28 Ekim 2021
By Lance Eliot, the AI Trends Insider We already expect that humans to exhibit flashes of brilliance. It might not happen all the time, but the act itself is welcomed and not altogether disturbing when it occurs. What about when Artificial Intelligence (AI) seems to display an act of novelty? Any such instance is bound to get our attention; […] […]
Allison Proffitt
Getting Government AI Engineers to Tune into AI Ethics Seen as Challenge 21 Ekim 2021
By John P. Desmond, AI Trends Editor Engineers tend to see things in unambiguous terms, which some may call Black and White terms, such as a choice between right or wrong and good and bad. The consideration of ethics in AI is highly nuanced, with vast gray areas, making it challenging for AI software engineers to […]
Allison Proffitt
Digital Natives Seen Having Advantages as Part of Government AI Engineering Teams 21 Ekim 2021
By John P. Desmond, AI Trends Editor AI is more accessible to young people in the workforce who grew up as ‘digital natives’ with Alexa and self-driving cars as part of the landscape, giving them expectations grounded in their experience of what is possible. That idea set the foundation for a panel discussion at AI World […]
Allison Proffitt
How Accountability Practices Are Pursued by AI Engineers in the Federal Government 21 Ekim 2021
By John P. Desmond, AI Trends Editor Two experiences of how AI developers within the federal government are pursuing AI accountability practices were outlined at the AI World Government event held virtually and in-person this week in Alexandria, Va. Taka Ariga, chief data scientist and director at the US Government Accountability Office, described an AI […]
Allison Proffitt
Startup: AssemblyAI Represents New Generation Speech Recognition 21 Ekim 2021
By AI Trends Staff Advances in the AI behind speech recognition are driving growth in the market, attracting venture capital and funding startups, posing challenges to established players. The growing acceptance and use of speech recognition devices are driving the market, which according to an estimate by Meticulous Research is expected to reach $26.8 b […]
Allison Proffitt
Pursuit of Autonomous Cars May Pose Risk of AI Tapping Forbidden Knowledge 21 Ekim 2021
By Lance Eliot, the AI Trends Insider Are there things that we must not know? This is an age-old question. Some assert that there is the potential for knowledge that ought to not be known. In other words, there are ideas, concepts, or mental formulations that should we become aware of that knowledge it could be […]
Allison Proffitt
Hit Sayısı
81.197 Hit
Aralık 2021
P
S
Ç
P
C
C
P
1 2 3 4 5
6 7 8 9 10 11 12
13 14 15 16 17 18 19
20 21 22 23 24 25 26
27 28 29 30 31
« Eki
Dil Seçimi
PAYLAŞ
tevfikbulut61 kişisinin Facebook üzerindeki profilini görüntüle
@tevfik_bulut kişisinin Twitter üzerindeki profilini görüntüle
tevfik1461 kişisinin Instagram üzerindeki profilini görüntüle
RSS - Yazılar
Follow Tevfik Bulut on WordPress.com
Etiketler
4. Sanayi Devrimi Accuracy AI Alış Kuru Artificial Intelligence Basit Tesadüfi Örnekleme Bernoulli Olasılık Dağılımı Binomial Probability Distribution Binom Olasılık Dağılımı CDF Confidence Interval Confusion Matrix Coronavirus Currency Data Mining Decision Tree Dolar Doğruluk Doğruluk Oranı Döviz Dünya Sağlık Örgütü EDA Ensembling Epidemi Epidemiyology Epidemiyoloji Exploratory Data Analysis Exploratory Data Analysis (EDA) F1 Forecast Güven Aralığı Güven Düzeyi Hata Karışıklık Parametresi Keşifsel Veri Analizi Kitle Olasılık Fonksiyonu Koronavirüs Koronavirüs Salgını Kümülatif Olasılık Dağılımı Mean Absolute Percentage Error Olasılık Olasılık Dağılımları Olasılıklı Örneklem Organize Sanayi Bölgesi OSB Pandemi Point Estimation Point Forecast Prevalance Prevalans Probability Distribution Probability Mass Distribution Probability Sampling R Recall Salgın Sağlık Bakanlığı Simple Random Sampling Simple Random Sampling withoust Replacement Standard Normal Distrubition Tahmin TBATS Tekrarlı Seçim Topluluk öğrenme Torbalama TURKEY Türkiye Veri Madenciliği WHO Word Cloud World Health Organization Yapay Zeka ÇKKV Örneklem Örneklem Büyüklüğü
WordPress.com'da bir web sitesi veya blog oluşturun
Takip Et Takip Ediliyor
Tevfik Bulut	
Diğer 1.705 takipçiye katılın
Abone ol	
WordPress.com hesabınız var mı? Şimdi oturum açın.	
Tevfik Bulut	
Özelleştir
Takip Et Takip Ediliyor
Kaydolun
Giriş
Bu içeriği rapor et
Siteyi Okuyucuda görüntüle	
Abonelikleri Yönet
Bu şeridi gizle
Yorumlar Yükleniyor...
Yorum Yapın...
E-posta (Gerekli)
İsim (Gerekli)
İnternet sitesi
E-posta adresine gönder İsminiz E-posta Adresiniz
Vazgeç
Yazı gönderilemedi - e-posta adreslerinizi kontrol edin!	
E-posta kontrolü başarısız oldu, lütfen bir daha deneyin.	
Üzgünüm, blogunuz yazıları e-posta ile paylaşamıyor.	
Gizlilik ve Çerezler: Bu sitede çerez kullanılmaktadır. Bu web sitesini kullanmaya devam ederek bunların kullanımını kabul edersiniz.
Çerezlerin nasıl kontrol edileceği dahil, daha fazla bilgi edinmek için buraya bakın: Çerez Politikası	