Yalova Üniversitesi İlahiyat Fakültesi, Üniversite Senatosu’nun 05.10.2010 tarihli ve 35 sayılı teklifi ve Yüksek Öğretim Genel Kurulu’nun 04.11.2010 tarihli onayı, Milli Eğitim Bakanlığı’nın teklif yazıları, Bakanlar Kurulu’nun 04.04.2011 tarihli ve 2011/1595 sayılı kararı ile 2809 Sayılı Kanunun ek 30’uncu maddesine göre kurulmuş, bu karar 15 Nisan 2011 tarihli ve 27906 sayılı Resmî Gazete’de yayınlanarak yürürlüğe girmiştir. Fakülte bünyesinde bölüm ve anabilim dalları açılması; Rektörlüğün 24.05.2011 tarihli, B.30.2.YLV.0.00.00.00-2279 sayılı yazısı ile Yükseköğretim Yürütme Kurulu’nun 16.06.2011 tarihli toplantısında -2547 Sayılı Kanunu’nun 2880 Sayılı Kanun’la değişik 7/d-2 maddesi ile 2809 ilgili kanunun 3. maddesi uyarınca- uygun görülmüştür. Fakültemiz, 2012-2013 eğitim-öğretim yılında 60 öğrenci kontenjanlı Zorunlu Arapça Hazırlık Sınıfı ile eğitim öğretime başlamıştır.
Yalova İlahiyat Fakültesi 17 Nisan 2014 tarihinde Resmi Gazete’de yayınlanan Bakanlar Kurulu'nun 2014/5928 sayılı kararı ile “Yalova Üniversitesi İslami İlimler Fakültesi” ismini almıştır.