Fotoğraftan arta kalan vakitlerimde bir doktora öğrencisi olduğumu biliyorsunuzdur sanırım (smiley). Arada bir günlük girdilerinin arasının çok fazla açılmasına nedeni de bu gizliden yürüttüğüm çalışmaların dönüm noktalarındaki yoğunluklar oluyor. Nitekim iki gün önce bir konferanstan döndüm, konferans öncesindeki hazırlıklar, döndükten sonraki yorgunluk derken fotoğraf günlüğü uzun süre atıl kaldı yine. Ben de sizleri hayatımın bu kadar ciddi bir kısmını dolduran çalışmalarımdan tamamen bi’ haber bırakmamın haksızlık olduğuna karar verdim.
Benim de bir parçası olduğum laboratuvar* olarak biomoleküller arasındaki etkileşimleri araştırıyoruz. Bunu yapmak için herhangi bir anda yalnızca bir molekül_den gelen elektrik sinyallerini kayıt edebildiğimiz deha ürünü bir deney ortamımız var**. Bu deney ortamı yoluyla moleküllerden gelen sinyalleri analiz edip insan gözüne görünmeyen örüntüleri ortaya çıkarıyor ve biyolojinin başka yollarla yanıtlamakta güçlük çektiği sorulara yanıt bulmayı ümit ediyoruz. Bu mevzulara çok yabancı olmayan kişilerin daha iyi anlayabilmesi için, bizim araştırmamızın ilerde yanıt verebileceği örnek bir soru şu olabilir mesela: “_Şu antikor şu protein’e bağlanıyor mu? Bağlanıyorsa ne kadar güçlü bir bağ bu? Sıcaklık, pH, tuz konsantrasyonu gibi ortam koşulları bu moleküler etkileşimi nasıl etkiliyor?“. Bu sorulara yanıt verebiliyor olmak da en basit anlatım ile daha etkin ilaçlar üretilebilmesi için gerekli olan bilgiyi ilaç tasarımcılarına sağlayabilir, örneğin. Anlaşılabileceği gibi çalıştığım alan bilgisayar bilimleri, biyoloji, fizik ve kimya arasında bir yerlerde.
Örneğin yukarıdaki fotoğrafta sol tarafta yer alan Hang, araştırmanın bilgisayar bilimleri, sağ tarafta yer alan Amanda ise biyolojik bilimler ve deneylerin gerçekleştirilmesi ucunda çalışıyor. Ben de tam bu fotoğrafta olduğu gibi onların ortasında yer alıyor, hem yapılan moleküler deneyleri takip ediyor ve dahil oluyorum hem de geliştirdiğimiz uygulamaların bu deney ortamına dahil edilmesi için gereken altyapıyı hazırlıyor, daha etkin analizler için önce derdimizin ne olduğunu anlıyor daha sonra da uygulamalar geliştiriyorum. Bu sayede hem bilgisayar bilimleri insanları deneyleri daha iyi anlıyor, hem de deney yapanlar bilgisayar bilimi insanlarının ortaya koyduğu çözümlerden doğrudan faydalanabiliyor. Bu yüzden de herkes beni çok seviyor.
Şu anda üzerinde çalışmakta olduğum dört projeden bitirdiğim iki tanesini bu bir kaç gün önceki konferansta sundum. Bu çalışmalardan ilki Pattern Recognition Informed Sampling for Nanopore Biosensing:
İkincisi de A Visualization Tool for Nanopore Experiments idi (ayrıntılı incelemek isteyenler e-posta atarlarsa posterlerin PDF dosyalarını gönderebilirim):
Bizim laboratuvardan 2 kişi yaptığım analizlerin sonuçlarını inceledikleri sunumları için birincilik ve üçüncülük poster ödüllerini kazandılar :)
Her neyse. Uzun lafın kısası, döndüm, yakında fotoğrafla ilgili bir şeyler de karalarım.
* Laboratuvar yaşantım ile ilgili ip uçları içeren bir fotoğraf çalışmam vardı burada.
** Bu deney ortamının ana materyalinden bahsettiğim şöyle bir yazı da yazmıştım zamanında. Ayrıca bu mevzu ile ilgili sorularınız varsa lütfen sormaktan çekinmeyin.