İlk etkinlik 1. Bilim Şenliği, 1997 de İTÜ Taşkışla Binası’ndaki koridorlarda 1–16 Mart tarihlerinde Deneme Bilim Merkezi vakfı tarafından düzenlenmesiyle gerçekleşir. 15 gün süreceği belirtilen etkinlik yoğun katılım nedeniyle 15 gün daha devam edecektir.
İTÜ ile Vakıf arasında yapılan protokole göre “İstanbul Bilim Merkezi”nin ana binası, projelerde Ayazağa Yerleşkesi’nde ısı santralının bulunduğu yerden gölete kadar olan alan olarak belirlenir.
Bu arada Bilim Merkezi Vakfı, Yıldız Teknik Üniversitesi’nin Davutpaşa Yerleşkesi içinde 50 bin metre karelik alana inşa edilecek “İstanbul Bilim Merkezi” kurulmasına yönelik projeyi 2000 yılında kamuoyuna duyurur. Proje iki aşamalı olarak 30 milyon dolar bütçeyle planlanır. Bu proje ne yazık ki hayatiye geçirilemez ve Deneme Bilim Merkezi eski yerinde faaliyetlerini sürdürmeye devam eder.
Bu konuda maddi manevi katkıları olan İTÜ mezunu İnşaat Mühendisi İzettin Silier Deneme Bilim Merkezi'ndeki çalışmalarını, sponsorluk çerçevesi içerisinde, yeni merkez için de sürdürür. İzettin Silier, Prof. Dr. Esin İnan'ın çabaları ve yönlendirmesiyle, Hindistan'da NCSM (National Council for Science Museums) tarafından hazırlanan, temel bilimlerle ilgili 57 gösteri biriminin Bilim Merkezine getirilmesini sağlar. Bu süreçte İTÜ, konuyla ilgili uzmanlarını birimlerin imal edilmekte olduğu Hindistan'ın Kolkata şehrine gönderir. Kolkota'da birimlerin çalışma ve işletim prensipleri değerlendirilir. Uzun ve yorucu çalışmaların sonrasında gösteri birimleri Nisan 2007'de Bilim Merkezine getirilir. Birinci aşama başarıyla tamamlanmıştır. Bu arada yine İzettin Silier'in desteğiyle tasarımcı Yılmaz Zenger Merkez için daha çok optik yanılsama temasını işleyen eğitici birimler hazırlar. Birimlerin Merkez'deki montajı zahmetli fakat zevkli bir çalışma dönemi sonunda 2007'nin sonbaharında bitirilir ve Merkez 7 Kasım 2007'de İTÜ Rektörü Prof. Dr. Faruk Karadoğan tarafından açılır.