Peter çocukken anne ve babası onu amcası ve yengesine bırakarak acele ile kaçarlar. Yıllar sonra Peter babasının çantasını bulur. Çantada bir fotoğraf vardır. Fotoğrafta babası ile Dr.Connors yan yanadır. Peter araştırmaya başlar. Connors, Oscorp ta çalışmaktadır ve oraya gider. Gizlice girdiği odada örümcek tarafından ısırılır. Dr.Connors la tanışır ve ona çalışmalarında yardımcı olacak formülü verir. Peter, amcası ve yengesi ile tartışır. Amcası peşinden gider. Bir marketi soyan hırsıza engel olmayan Peter amcasının hırsızı engellemeye çalışması sonrasında hırsızın amcasını vurmasına tanık olur. Peter kendine maske yapar ve hırsızın peşine düşer. Dr.Connors ise Oscorp un baskıları sonrasında serumu kendi üzerinde dener. Ancak serum onu dev bir kertenkeleye dönüştürür. Peter ve Gwen aşık olurlar ve aile yemeğinde çıkan tartışma sonrasında Peter, Gwen’e örümcek adam olduğunu açıklar. Peter köprüde arabaları oradan oraya fırlatan Lizard’ı durdurmak için köprüye gider. Lizard kaçarken örümcek adam denize düşmekte olan arabaları kurtarır. Küçük bir çocuk arabada kalmıştır. Peter çocuğa maskesini vererek onu takarsa güçleneceğini söyleyerek ona cesaret verir ve çocuğu düşen arabadan kurtarır. Dr.Connors’un dev kertenkele olduğunu polise açıklayan Peter kanıt toplamak için Lizard a tuzak kurar ama Lizard üstün gelir ve Peter’ın fotoğraf makinasından onun örümcek adam olduğunu anlar. Peter’ı bulmak için okuluna saldırır. Lizard’ın amacı tüm insanlığı daha zeki ve güçlü hale getirmek için kendi türüne çevirmektir. Bunun için şehrin üstüne kendi serumunu yayacaktır. Peter planı anlar ve Gwen’den anti-serum yapmasını ister. Lizard’ın peşine giderken bir polis memuru onu ayak bileğinden vurur. Ancak halk örümcek adamı kahraman olarak görmektedir ve oğlunun hayatını kurtardığı vinç operatörü diğer operatörlerden örümcek adam için yol yapmalarını ister. Böylece örümcek adam vinç kulelerine salınarak Oscorp binasına ulaşır. Oscorp binasının çatısında kapışırlar. Gwen’in polis komiseri babası Lizard’ı oyalarken Örümcek adam anti-serumu yayar. Lizard komiseri öldürür. Komiser Peter’a Gwen’den uzak kalmasını ister. Serumdan etkilenen Connors tekrar insan olur ve çatıdan düşen Peter’ı yakalar. Son sahnede Peter Gwen’ e birlikte olamayacaklarını söyler.