Asıl adı bilinmemektedir. Hakkında ilk ve en geniş bilgileri veren İbrâhim Müteferrika'ya göre Fransa'da meşhur ve zengin bir kimsenin oğlu olup küçük yaşta rahiplik mesleğine girmiş, çeşitli ilimlerin öğreniminde zekâsı ve gayretiyle akranları arasından sivrilerek çevresinin sevkiyle İslâm dininin zayıf noktalarını aramaya yönelmiştir. Bu düşünceyle, IV. Mehmed'in saltanatının ilk yıllarında İstanbul'a gelerek değişik ilimler yanında Türkçe ve Arapça öğrenen İhlâsî'nin tefsir kitaplarını incelerken, "Ey yer, suyunu yut, ey gök sen de tut! denildi ..." (Hûd 11/44) meâlindeki âyetin lafız ve mânasındaki fesahatin etkisiyle müslüman olduğu rivayet edilir. Onun İstanbul'a geliş tarihiyle ilgili olarak İbrâhim Müteferrika'nın verdiği bilgiyi daha geriye götürmek mümkündür. 21 Ekim 1604'te rahip iken müslüman olup Mehmed adını alan bir kişinin (BA, A.RSK, nr. 1477, s. 33), 1615'te Sâfî Mustafa Efendi'nin sözünü ettiği ihtida etmiş bir rahibin (Zübdetü't-tevârîh, II, vr. 148a-b) ve nihayet İcmâl-i Ahvâl-i Avrupa adlı eserin yazılmasına vesile olan bir başka mühtedi rahibin birbirleriyle veya Mehmed İhlâsî ile olan ilgisi tam olarak tesbit edilememektedir.
Mehmed İhlâsî Efendi, bu yıllarda karşılaştığı Kâtib Çelebi ile birlikte yaptıkları çevirilerle tanınmaktadır. Cihannümâ'sını tamamlamak amacıyla Batı menşeli eser tedarikinde bulunan Kâtib Çelebi, elde ettiği Atlas Minor Gerardi Mercatoris A. S. Hondio plurimis aenis illustratus (Arnheim 1621) adlı kitabı, İhlâsî'nin takririyle 1654 Mart sonlarında tercümeye başlayıp şekil ve resimleri sonra tamamlanmak üzere 20 Temmuz 1655'te bitirdi. Levâmiu'n-nûr fî zulümâti Atlas Minor adı verilen bu çeviriden başka yine aynı yılda Târîh-i Frengî Tercümesi, Târîh-i Kostantîniyye ve Kayâsire (Revnaku's-saltanat), İrşâdü'l-hayârâ ilâ târîhi'l-Yûnan ve'r-Rûm ve'n-nasârâ adlı eserlerle (bu eserler için bk. Gökyay, s. 54-57) bazı makale tercümeleri yine İhlâsî'nin yardımıyla meydana geldi. Özellikle son eserin konuları arasındaki kilise işlerine dair bilgilerle Levâmiu'n-nûr ve Cihannümâ'nın müellif hattı nüshalarında pek sık görülen Latince terim ve deyimlerin açıklamasına ait çıkmalar Mehmed İhlâsî'den nakildir.
Kâtib Çelebi'ye o dönem Avrupa'sındaki gelişmeleri yakalama fırsatı veren bu tercümelerde takip edilen usul şifahî çevirinin Türkçe'ye uyarlanması şeklindedir. Çevirideki esas gaye Kâtib Çelebi'nin diğer eserlerine kaynak hazırlığı olduğundan daha ziyade bu isteği karşılayacak ifadelerin kaydı ile yetinilmiştir. Diğer taraftan Atlas Minor'da bahsi geçmeyen, fakat Avrupa'da yaygın olarak bilinen ve papalıkça indekse (kara liste) alınmış olan Copernicus sisteminden Kâtib Çelebi'yi haberdar etmeyişi, onun eski bir Katolik rahibi ve yeni bir müslüman olarak bu sistem konusundaki taassubuna yorulmuştur (Adıvar, s. 144).