Çağatay Hanlığı, Moğol hükümdarı Cengiz Han’ın oğullarından Çağatay Han’ın adını taşıyan Türkleşmiş Moğol devlettir. Cengiz Han ölmeden önce topraklarını oğulları arasında paylaştırmıştı. Yıktıkları Kara Hıtay’ın toprakları olan Kaşgar civarı ile Maveraünnehir’in büyük bölümünü Çağatay’a vermişti. Çağatay’ın bu topraklarda 1227’de kurduğu devlet 1370’e değin varlığın sürdürdü.
Çağatay Han, önce ağabeyi Cuci Han ve ardından babası ölünce hanedanın en yaşlı üyesi oldu. Buna karşın kardeşi Ögeday’in kaan (büyük han) olmasına karşı çıkmadı ve topraklarını ona bağlı kalarak yönetti. Çağatay Han’ın 1241’de ölümünden sonra Çağatay Hanlığı merkezi Moğol devletine karşı mücadeleye girişti.
Çağatay’ın torunu Algu, Kubilay Han ile Arik Böge arasındaki taht mücadelesinin yol açtığı iktidar boşluğundan yararlanarak Harezmşahlar, Batı Türkistan ve Afganistan’ı da sınırlarına kattı. 1266’da tahta çıkan Mübarekşah, İslam dinini kabul eden ilk Çağatay hanı oldu. Ondan önceki Çağatay hükümdarları Şamanizm inancını benimsiyorlardı.