Hücre döngüsündeki kontrol noktalarının ve kontrol mekanizmasının tam olarak anlaşılabilmesi için bu mekanizmada görev yapan moleküllerin ve bunların işleyişinin anlaşılması ön koşuldur.
Hücre döngüsünü kontrol eden moleküllerin miktar ve aktivitelerindeki ritmik dalgalanmalar, hücre döngüsündeki ardışık olayların hızını belirler.
Bu temel düzenleyici moleküller, iki temel protein tipindedir.
Bunlardan birincisi, diğer protenleri fosforile ederek onları aktif ya da inaktif hale getiren protein kinaz enzimleridir.
Protein kinaz enzimleri hücrede genel olarak belli bir derişimde bulunurlar.
Hücre döngüsünün değişik kademelerinin düzenlenmesini sağlayan esas faktör ise normalde inaktif formda bulunan protein kinazları aktif hale getiren siklin proteinleridir.
Siklin proteinlerine bu ismin verilmesi, hücre döngüsü sürecinde miktarlarının zaman zaman artıp belli zaman aralıklarında ise düşmesinden kaynaklanır.