Skolastiğin son döneminde felsefe daha da özerkleşecek ve dinden ayrılacaktır, akıl ve inancın birleştirilmesi çabasından vazgeçilecektir. Başlangıç ve yükseliş döneminde görülen kavramsal 'realizm' bu dönemde gerilemiştir.
Bu gelişmede ve felsefenin özerkleşmesinde [[nominalizm]]in belirleyici bir rolü olacaktır. Ayrıca [[Dominiken]] ve [[Fransisken]] tarikatları arasındaki çatışmanın derinleşmesi de bu süreci derinleştirmiştir. Fransiskenler teoloji ile doğa bilimlerinin aynılaştırılmasına ya da birbirine bağlanmasına her zaman itiraz etmişlerdir. Bu tartışmaların sonu reformasyonu hazırlamıştır. Rönesansı hazırlayan kültürel gelişmeler bu anlamda skolastiğin son döneminde gerçekleşir: Reformasyon ve doğa bilimlerinin ayrışıp gelişmesi.
[[Roger Bacon]] geç dönem skolastiğin anılması gereken bir başka ismidir. Deney ve deneyim kavramları onun yaklaşımında daha da kesin bir görünüm kazanır. Doğa araştırmalarında ortaya koyduğu bulgular ve matematik dehası ünlü bir bilgin olmasını sağlamıştır. Mistisizm ile ampirizmin karışımı olan düşünceleri Bacon'ı ortaçağdan Rönesansa geçişin hazırlayıcılarından biri yapmıştır.