Türkiye ve Yunanistan arasındaki uyuşmazlıklar sadece bu iki ülke arasındaki diplomatik ilişkiler çerçevesinde değil aynı zamanda bu ülkelerin ittifak ilişkisi içerisinde bulundukları ülke ve uluslararası örgütlenmeler çerçevesinde de gündeme getirilmektedir. Dolayısıyla, bu örgütlenmeler, bir bakıma Türkiye ve Yunanistan arasındaki mücadelenin zemini haline gelmektedirler.
Bu bakımdan ele alındığında, Türkiye ve Yunanistan'ın üyelik ilişkileri içerisinde bulundukları Avrupa kökenli örgütler ayrı bir önem taşımaktadır. Bu önem ise bu tür örgütlenmelerde nihai hedefin ülkelerin bütünleşmelerine yönelik olmasındadır.