Türk İslam devletlerinde medrese geleneği Karahanlılarla başlar. İslamiyet öncesi Türklerde medrese geleneği söz konusu olamaz. Çoğu devlet hayvancılık ile alakalı olarak konar-göçer bir geleneğin hâkim olduğu hayat tarzını yaşarken yerleşik hayattaki gibi bir eğitim sistemi gelişmemiştir. Yerleşik hayat gecen Uygurlar Mani dininin etkisi ile yerleşik hayata geçmiş ve Mani dininin gereği olarak tapınaklar inşa etmişler ve tapınaklarda eğitim almışlardır. İlk medrese geleneğinin kimler de başladığı konusunda farklı görüşler olsa da Karahanlılar ilk Müslüman Türk devleti olduğundan İslam’ın eğitime çok önem vermesi ve Karahanlıların yerleşik hayat yaşantısı medrese geleneğini ortaya çıkarmış ve geliştirmiştir olma ihtimali daha yüksektir. Ayrıca medresenin yakın coğrafi özelliklerden dolayı Budizm’deki dinsel eğitim kurumu Viharalardan etkilenilerek açılmış olması da muhtemeldir.
Medrese, aslen Müslüman ülkelerde orta ve yükseköğretimin yapıldığı eğitim kurumlarının genel adı olarak ortaya çıkmıştır. Medrese kelimesi Arapça ders kökünden gelir. Medreselerde ders verenlere "müderris", onların yardımcılarına "muid", okuyanlara "danışmend", "softa" veya "talebe" adı verilir. Yine ilklere konu olan Karahanlılarla birlikte burslu öğrencilik sistemi de başlamışlardır. En kapsamlı ve çok yönlü medreseleri Büyük Selçuklular açmıştır. Selcuklular döneminde en büyük medrese Nizamiye Medresesi, Selçuklu veziri Nizamülmülk tarafından Bağdat'a açılmıştır. Açılan ilk medreselerde ağırlıklı olarak Kuran, kıyas, icma, fıkıh, kelam gibi dini dersler okutulurken, Nizamiye medreselerinde hem pozitif bilimler hem de dini bilimler birlikte okutulmuştur. Bu eğitim sisteminde Batinilik ve Şiilik arasında fikri mücadele amaçlanmıştır.
Selçuklular Anadolu'ya geldikten sonra çeşitli şehirlerde çok sayıda medreseler inşa etmişlerdir. Anadolu'da açılan ilk medrese Danişmentliler tarafından Tokat Niksar'da açılan Yağbasan Medresesi'dir. Osmanlı Devleti'nin devrinde ilk medrese Orhan Bey zamanında 1330 yılında Orhan Gazi Medresesi adıyla İznik'te kurulmuştur. Daha sonra Osmanlı Devleti'nin sınırları genişlemesiyle beraber Bursa ve Edirne başta olmak üzere pek çok şehirde medreseler açıldı. İstanbul'un fethinden sonra üst seviyedeki eğitim kurumları başkentte yoğunlaştı. Bu sebeple 1463-1471 yılları arasında kurulanlara Fatih medreseleri ya da Sahn-ı Seman medreseleri denilir (Bu medreselerle birlikte süreye dayalı eğitim, ders geçme sistemine dayalı eğitime dönüştürülmüştür.) Daha sonra 1550-1557 yılları arasında kurulanlara ise Süleymaniye medreseleri denir. Osmanlı Devleti'nin ilk tıp okulu Darül tıp Süleymaniye medreselerinde yer almıştır. Tıbbi bilgilerin uygulamalarının yapıldığı Darüşşifa ve diğer bazı bölümler olan Darülakakir (Eczane), Darüzziyafe, Tabhane ve İmarethane ilk kez Süleymaniye medreselerinde yer almıştır.
Anadolu'da bulunan medrese yapıları kubbeli ve eyvanlı olmak üzere iki tip gelişim göstermiştir. Bu süreç içinde sürekli bir yenilik ve gelişim arayışı izlenebilmektedir. Esasları değişmeyen bir plan şemasından hareketle bu denli varsıl bir mimarinin çeşitliliğinin ortaya konulması, Türk sanatının büyük dinamizmini göstermektedir. Medreselerde avlunun üzeri büyük bir kubbe ile örtülünce, kubbeli medrese planı ortaya çıkmıştır. Anadolu'da başlayan kubbeli medreseler devamlı bir gelişme göstererek, toplu mekân anlayışıyla Osmanlı'nın büyük camileri mimarisine bir hazırlık olmuştur.
Derslerin görüldüğü yer büyükçe bir oda hacminde ve genellikle kubbelidir. Zemin hasır veya kilimle kaplıdır. Öğrenciler minderler üzerine oturur, müderris büyükçe bir rahle arkasından ders anlatırdı. Süleymaniye ve Fatih medreselerinin her birinde merkezi konumda birer dershane bulunmakta idi. Genelde ise her medresede bir dershane mevcuttu. Medrese avlusunda çoğunlukla bir kuyu, müstakil suyu olan medreselerde ortada bir şadırvan veya sebil yer alırdı. Bunun dışında çamaşırhane, Gusülhane, abdesthane vardı. Medreselerde haftanın beş günü ders verilir, salı ve cuma günleri tatil olurdu. Molla Fenari talebenin ders kitaplarını özellikle o sırada eserleri meşhur olan Teftazan'i'nin kitaplarını istinsah edebilmeleri için pazartesiyi de ekleyerek tatil günlerini üçe çıkarmıştı. Medresede dersler sabah ve ikindi namazı sonrası olmak üzere iki aşamada işlenirdi. Esas dersler sabah işlenirdi. Hücre denilen medrese odaları genellikle icazet alma seviyesine gelmiş kıdemli, yetenekli danişmend denilen öğrencilere verilirdi. Bu tarihte Süleymaniye Medreseleri'nde toplam 131 hücrede on bir müderris, iki bevvab ve bir naib dışında 223 kişi oturmakta olup bunların 128'i hücre sahibi talebe, doksan ikisi refik ve çömezdi. Üç kişi de geçici olarak kalıyordu. Aynı tarihte İstanbul'daki medrese odalarında kalan 2947 talebeden 1193'ünün tek başına, 10 97'sinin ikişer kişi, 403 talebenin üçer kişi, altmış dokuz kişinin ise dört beş kişi olarak bir odayı paylaştığı tespit edilmiştir. Bu Medreselerde verilen dersler; Kur'an, Sarf, Nahv (Morfoloji), Mantık, Hadis, Tefsir (Kuran yorumu), Adab-ı bahis (Tartışma adabı), Vaaz, Belagat (Güzel konuşma, retorik), Kelam, Hikmet, Fıkıh (İslam Hukuku ), Faraiz (Miras hukuku), Akaid (İnanç esasları), Usul-ü fıkıh, İlm-i heyet (Astronomi), Tıb, İlm-i hesap (Matematik ve geometri) olarak belli başlıklar altında toplanabilmektedir.
Başlangıçta bütün eğitim faaliyetlerinin yapıldığı kurum olan medreseler, Tanzimat Döneminde yeni mesleki okulların açılması ile sadece din eğitimi verilen okullar haline getirildi. Osmanlı devletinin son döneminde medreselerin ders programında ve teşkilat yapısında yeni düzenlemeler yapıldı. 1914 yılında Darü-l hilafeti-l Aliyye adı altında birleştirilen medreseler, Millî Mücadeleden sonra 03.03.1924 tarih ve 430 sayılı Tevhid-i Tedrisat Kanunu’nun birinci maddesi olan "Türkiye dahilindeki bütün ilim ve eğitim Maarif Vekaleti’ne bağlıdır" ifadesi ile Türkiye Cumhuriyeti Millî Eğitim Bakanlığı’na bağlanmıştır. Zamanın Millî Eğitim Bakanı Vasıf Bey de 13.03.1924 tarihli genelgesiyle medreseler üzerindeki tasarruf hakkını kullanarak medreseleri kapatmıştır. Böylece nesillerin yetiştiği ve dünyaya birçok bilimsel katkıyı sunan alimleri, insanları katan medreseler devrinin sonuna gelinmiştir. Medreseler için oluşmuş olan sadede dini eğitim verir, dinden başka bir işle uğraşmaz, yeniliğe ve çağdaşlaşmaya karşıdır algısına kapılanların dünya medeniyetine yetiştirip armağan ettiği kişileri araştırıp tanımalarını tavsiye ederim. Zaman zaman eksik yönleri mevcut yönetimden veya başka sebeplerden sıkıntılar oluşa da eğitimin öncülerinden olmuştur. Bunun bize göstergesi İslam medreselerinde dünyanın dört bir yanından gelen öğrenciler gayet iyi göstermektedir.