Botoks uygulaması; kafa ve boyundaki 7 bölgeye, 31 enjeksiyon noktasından daha ince olan iğne uçları ile yapılır. Tedavi kişiye özel planlanmakta ve 12 hafta ara ile en az 2 tedavi dönemi bulunmaktadır. Bazı hastalarda tedavi etkinliği için enjeksiyon tekrarlanması gerekirken, bazı hastalarda ise etkinlik bir kaç yıl süresince devam etmektedir. Uzman bir nörolog kararı ile ağrı yerine göre botoks enjeksiyonlarında gerekli bölgelere ek dozlar uygulanabilmekte ve başarılı sonuçlar alınarak migren kontrol altına alınabilmektedir.