İslami Araştırmalar Dergisi'ne gönderilen tüm yazılar, sisteme yüklendikten sonra ilk önce editöryal kurul tarafından derginin amaç ve hedeflerine uygunlukları ve temel şartları sağlama yönünden ön değerlendirmeye alınır. İntihal, kopya ve duplicate yayın denetimleri de yine kurul tarafından bu aşamada yapılır. Bu türden etik sorunların tespiti halinde Committee on Publication Ethics (COPE) kılavuzları çerçevesinde işlem yapılacaktır. Bu aşamada, ilk değerlendirme sonucunda, makalede düzeltme yapılması istenebilir, makale reddedilebilir ya da en az 2 hakeme gönderilir.
Makaleler, hakemlere online sistem üzerinden yönlendirilmektedir.
Makalede, yazar-hakem gizliliğini sağlamak amacıyla, çift-kör yöntemle inceleme için makalenin yazarlarını tanımlayıcı tüm kişisel ve iletişim bilgileri kapatılmaktadır.
Değerlendirme yapacak hakemler, yazar/yazarlarla aynı kurumda görev yapmamak şartıyla, makalenin branşı ile ilgili çalışmaları bulunan hakem kurulu üyeleri arasından, editör tarafından seçilmektedir.
Hakemler değerlendirmelerini 20 gün içinde yapmalıdır.Verilen süre içinde yanıtını bildirmeyen hakemin makaledeki görevi sonlanır. Makaleye editör tarafından yine aynı kriterlerle yeni hakem belirlenir.
Hakemlerden gelen değerlendirme yanıtları sonrasında; makale editör tarafından reddedilebilir, kabul edilebilir ya da makalede düzeltme yapılması istenir.
Hakem görüşlerinden en az birinin olumsuz olduğu durumda ise makale üçüncü bir bağımsız hakeme gönderilebilir. Düzeltilmesi istenilen makalelerin 25 gün içinde düzeltilerek tekrar dergiye gönderilmesi gerekir. Düzeltme süresi içinde yanıt alınamayan veya gerekçe ile ek süre istenmeyen makalelerin işlemlerine son verilecektir.
Düzeltmeler sonrasında son değerlendirme için tekrar editöre gelen makaleler, hakemlerin düzeltilmeleri görmek istediği durumlarda tekrar hakem değerlendirmesine sunulur, diğer durumlarda ise editör inisiyatifinde değerlendirilerek reddedilir ya da kabul edilerek yayımlanır.