Bu dönemlerin tarihlenmesi karmaşıktır ve her durumda kültürler örtüşme eğilimine açıktır. Japonya’nın ilk çağlarında bu önemli dönemlerin her birinde köklü değişiklikler yaşandı.
Japonya olarak bildiğimiz adalarda yaşayan ilk insanlar, kuzeydoğu Asya’dan gelen taş devri avcıları gibi görünüyor. Küçük gruplar halinde seyahat ederek ve taş uçlu silahlar kullanarak, buzul çağları boyunca denizler çekildiğinde oluşan kara parçaları üzerinden mamutlar, filler ve geyikler gibi vahşi hayvan sürülerini takip ettiler.
Bazıları daha erken geldiklerine inanır, ancak bu avcıların Japonya’ya en azından MÖ 35.000 gibi bir zamanda geldiklerini kesin olarak biliyoruz. O zamandan önceki aletler o kadar kaba ki, insanlar tarafından yapılıp yapılmadıkları konusunda bazı tartışmalar var. Geç dönem Paleolitik eserler arasında Sibirya ve Avrasya’nın geri kalanındaki gruplara benzer ince yapılmış bıçak aletleri ve öğütülmüş taştan yapılmış baltalar bulunuyor. Henüz çanak çömlek bulunamadığına göre, Japonya’daki Paleolitik Dönem, bazen “seramik öncesi” (sendoki) dönemi olarak da anılır ve sonraki dönemlerden ayırmaya yardımcı olur.
Jomon Dönemi (MÖ 11.000 – MÖ 300 civarı)
Yaklaşık 20.000 yıl önce, dünyanın dördüncü (ve en son) buzul çağı sona erdi. İklim ısındıkça kutuplardaki buzullar eridi ve deniz seviyeleri yükseldi. Dev yünlü mamutlar, geyikler ve insanlara yürüyüş yolları sağlayan kara köprüleri son kez sular altında kaldı. Honshu ve Hokkaido adaları yeniden ayrıldı ve Japonya coğrafi olarak bir kez daha izole edildi. Japonya ısındıkça (MÖ 3.000 civarında zirveye ulaştığında), geleneksel olarak avlanan yünlü mamut gibi hayvanlar öldü, ancak neyse ki diğer bitkiler ve hayvanlar hayatta kaldı ve yeni, daha sofistike bir uygarlık ortaya çıkmaya başladı.
Yayoi Dönemi (MÖ 900 – MS 250)
1884’te, stil ve teknik olarak Jomon çömleklerinden açıkça farklı olan bazı özgün çömlekler, modern Tokyo’nun Yayoi bölgesinde ortaya çıkarıldı. Bu bölge, adını, Geç Jomon kültürünün sadece yeni çanak çömlek formlarına değil, aynı zamanda madencilik, eritme ve bronz ve demirin dökümüne dayanan yeni ve daha gelişmiş bir kültürle kaplandığı nispeten kısa ama belirleyici bir Japon kültürü dönemine verdi. Yayoi kültürü bölgeye göre değişiyordu, ancak genel olarak Japonya’ya özgü bir kültürdü. Geleneksel olarak MÖ 300 ila MS 300 arasında tarihlendirilmiştir, ancak bilim adamları şimdi en az MÖ 800 veya 900’den MS 250’ye kadar geliştiğini düşünüyor.
Kofun Dönemi (MS 300 – MS 552)
MS 250’ye gelindiğinde, büyük mezarların inşası, daha öncekilerden o kadar çarpıcı bir şekilde farklı hale geldi ki, MS 552’de Budizm’in başlangıcına kadar geçen döneme artık yaygın olarak Kofun veya “Eski Mezar” dönemi deniyor. Bu mezarlar, kapsamlı bir siyasi rejimin gücünü yansıtıyor. Bu mezarlar Güney Kyushu’dan kuzey Honshu’ya kadar görülür. Şekiller yuvarlaktan kareye, “anahtar deliği” şekline kadar değişiyordu. İmparator Nintoku’nun (400’lerin başında hüküm sürmüş olabilir) sözde mezarı, modern Osaka’nın yakınında 80 dönümlük bir alanı kaplar ve dolayısıyla – (Çi’deki Qin Hanedanlığı’nın ilk imparatorunun olağanüstü mezarı hariç ) dünyanın tüm mezarlarından daha büyüktür.
Yamato Dönemi (MS 552 – MS 710)
Mezarların sayısı ve büyüklüğü, 5. ve 6. yüzyıllarda Japon toplumunun daha sofistike hale geldiğini gösteriyor. Bu dönemde kendisini Yamato halkı olarak adlandırmak için, birbiriyle evli aşiret reislerinin değişen bir konfederasyonu başladı. “Yamato” hem Nara çevresindeki alanı hem de Japonya’da günümüz imparatorluk hattını kuran klanı ifade eder. Özellikle edebi eserlerde bu kelime aynı zamanda bir bütün olarak Japonya’ya atıfta bulunmak için de kullanılır.