Son yıllarda moleküler genetik alanındaki gelişmeler sayesinde popülasyonlar ve bireyler arasındaki farklılıklar DNA temelinde tespit edilebilmektedir. Bu farklılıklardan yararlanarak verimler ile ilişkilerin tespiti, hastalıklara direnç, ebeveyn tayini, akrabalık ilişkisi ve damızlık seçimi gibi faaliyet için moleküler markör sistemlerinden başarılı bir şekilde faydalanılmaktadır. SSR, RFLP, RADP, SNP, ALFP, gen ekspresyon ve aday gen yaklaşımı gibi Moleküler markör yöntemlerini su ürünlerinde kullanımı gün gittikçe artmaktadır. Günümüzde bazı aday genlerin fonksiyonu bilinmekle birlikte çok sayıda aday üzerinde halen araştırmalar devam etmektedir. Bu genlerin bilinmesi yetiştiricilere ekonomi bakımından çok önemli avantajlar sunmaktadır. Bu çalışmanın amacı su ürünlerinde kullanılan bazı moleküler markör yöntemleri ve aday genler hakkında bilgi verilmektedir.