Aksiyon, gerilim ve romantizmi bir arada sunan Athena: Goddess of War izleyicilerini Kore yarımadasında yaşanan siyasal ve stratezik olaylar bekliyor. Birşelmenin sağlanabilmesi için çeşitli girişimler olmuştur ve bunun yapılabilmesi için Güney Kore’nin yüklü miktarda paraya ihtiyacı var. Bunu gidermek için TWR adında bir teknoloji geliştirmeye çalışırlar. Yüksek hızlı bir nükleer rekatör olan bu teknoloji diğer ülkelerinde dikkatini çeker ve sahip olmak isterler. Güney Kore hükümeti TWR’ye karşı olası saldırılar için Terörle Mücadele Ulusal Servisi (NTS) kurar. Jung Woo da ajan olarak buraya transfer edilir. Fakat öğrenir ki görevi daha başkadır.