Bakteriyofaj terapisinin uygulanmasında ilk önce tıbbi durumun gözden geçirildiği bir değerlendirme yapılır. Durum teşhis edilerek yapılan değerlendirmelerle hastanın bakteriyofaj tedavisine uygunluğu belirlenir ve hasta konu hakkında bilgilendirilir, tedavi seçenekleri konuşularak tedavi planlaması yapılır.
Hastadan alınan kültür örneklerinde bakteriyolojik analizler yapılarak enfeksiyon bölgesinde hangi bakteri türünün ya da türlerinin bulunduğu belirlenir. Laboratuvar sonuçlarına dayanarak, mikrobiyolog tarafından tedavi için doğru bakteriyofaj seçilir ve buna uygun faj çözeltisi kullanılır.
Enfeksiyon bölgesine göre bakteriyofaj genellikle lokal uygulamalar ile yapılır. Tedavi, doktorunuzun ön göreceği şekilde birkaç hafta boyunca tekrarlayan uygulamalar ile devam eder. Bu sırada gerekirse haftalık kontroller yapılır.