16 Mayıs 1983 tarihinde yasası kabul edilen KKTC Merkez Bankası 6 Haziran 1984’te 43 çalışanı ile faaliyetine başlamıştır. 1983 yılına kadar Türkiye’de olduğu gibi Merkez Bankasının bulunmadığı Kuzey Kıbrıs’ta bankacılık işlemlerini TC Ziraat Bankası yürütmekteydi. KKTC Devletinin kurulması ve devlet olmanın bir gereği olarak, bankaların çoğalması ve bunların denetiminde Maliye Bakanlığının yetersiz kalmaya başlaması Merkez Bankasının kurulmasını zorunlu hale getirmiştir. Bu noktadan hareketle, 1983 yılında yasa çalışmaları yapılmaya başlamış ve Merkez Bankası yasası, Teşkilat yasası ve kullanılacak tüzükler hazırlanarak işin yasal yönü tamamlanmıştır. KKTC Merkez Bankası Sarayönü’ndeki Vakıflara ait binada faaliyete geçerek halkın hizmetine sunulmuştur. Maliye Bakanlığınca sağlanan 250.000.000 (ikiyüzellimilyon) TL sermaye ile kurulan banka, genel olarak Merkez Bankalarının yapmakta olduğu “emisyon” işleri dışındaki tüm bankacılık işlerini yapar hale gelmiştir.
1999 yılında başlayan ekonomik kriz sonucu Ekim 2000 tarihinde yürürlüğe konan “Ekonomik İstikrar Programı” çerçevesinde, Merkez Bankamızın yeniden yapılandırılması gündeme gelmiş, bu kapsamda Bankalar Yasası ve Merkez Bankası yasaları değiştirilerek, bir taraftan Bankacılık sektörünün tek elden ve daha etkin denetlenmesi sağlanırken, diğer taraftan tüm dünyadaki örneklerinde olduğu gibi Merkez Bankası özerk bir yapıya kavuşturulmuştur.
İlk kuruluş yıllarında İdare Merkezi ve Merkez Şube olarak iki birime ayrılan Merkez Bankası 2002 yılında 39/2001 Bankalar Yasası ile bankacılık lisansı verme ve kaldırma yetkisinin Merkez Bankasına geçmesi ardından ilk kez kurumsallaşma yoluna gitmiş ve birimler içerisinde müdürlüklere ayrılmıştır. İdare Merkezi Birimleri arasında dört müdürlük ile Teftiş ve İnceleme Kurul Başkanlığı bulunmaktadır. Bir diğer birim ise Merkez Şube’dir. 2017 yılında Merkez Bankası Teşkilat Yasasındaki güncellenme ardından İdari Merkez Birimleri arasında müdürlük sayısı yediye çıkmıştır.