Kent merkezi kuzeyde denizden, güneyde Boztepe'nin üzerine kadar düzgün olmayan teraslar halinde yükselir. Değirmendere, Kuzgundere (ya da Tabakhane) ve Zağnos dereleri yerleşimi güneyden kuzeye derin boğazlarla bölmüştür. Tabakhane ve Zağnos dereleri arasında kalan ve düzgün olmayan yüksek bir masa formundaki alan üzerinde, kentin bilinen eneski yerleşim kalıntıları tespit edilmiştir. İşte bu nedenle Trabzon adının eski Grekçe masa ya da trapez/yamuk biçimi karşılığı olarak "trapezos" kelimesinden geldiği görüşü ağırlık kazanmaktadır. Trabzon adına, Trapezos olarak ilk kez, Yunanlı komutan Kesnophon tarafından kaleme alınan, M.Ö. 4. Yüzyılda geçen olayların anlatıldığı "Anabasis" adlı antik kaynakta rastlanmaktadır.
İyon kökenli Miletoslular Batı Anadolu'dan sonra M.Ö. 7. Yüzyılda Karadeniz'e de gelerek kıyılarda koloni kentleri kurmuşlardır. Trabzon da, merkezi Sinop olan bu kolonilerin arasında sayılmaktadır ve birçok araştırmacı, kentin ilk kuruluşu olarak bu dönemi göstermektedir. Oysa Kolkhlar, Driller, Makronlar gibi yerli kavimler Trabzon civarında çok daha önceden beri yaşamaktaydılar.
Aynı yüzyılda Karadeniz Bölgesi Kafkasya'dan gelen Kimmerler ve onların ardından İskitlerin akınlarına uğramıştır. Ancak bu akımların kolonilerin kuruluşundan önce mi yoksa sonra mı olduğu konusu tartışmalıdır. M.Ö. 6. Yüzyılda ise Trabzon Perslerin egemenliğine girerek, Pont Kapadokyası adı verilen satraplık içinde kalmıştır.
Makedonya Kralı Büyük İskender M.Ö. 334 yılında tüm Anadolu'da Pers hakimiyetine son vermiştir. İskender'in ani ölümünden sonra oluşan karışıklık sırasında Pont satrabı II. Ariantes'in oğlu Mithridates, yerli halkın desteğiyle Karadeniz'de Pontus Devletini kurmuştur. Trabzon, M.Ö. 280 yılında merkezi Amasya olan Pontus devletinin sınırları içinde kalmıştır.
M.Ö. I. Yüzyılda batıda güçlenen Romalılar Anadolu'yu da işgal etmeye başlamışlardır. Roma kralı Pompeius'un Pontus Kralı V. Mithridates'i Kelkit vadisinde bozguna uğratması üzerine Pontus Krallığı dağılmıştır. Böylece Trabzon , M.Ö. 66 yılında Roma yönetimine girmiştir. Roma'da Avgustus'la birlikte M.Ö. 27 yılındanitibaren imparatorluk dönemi başlamıştır. Avgustus'un idari düzenlemesi sonucu Trabzon, Pontus Polemoniacus adı verilen vasallık içinde yer almış, İmparator Tiberius zamanında (M.S. 14-37), diğer bir idare bölüm olan Kapadokya Eyaleti sınırları içinde kalmıştır. İmparator Nero döneminde ise (54-68) serbest kent olma ayrıcalığına kavuşturulmuştur. Trabzon bu dönemde "ünlü" ve "zengin" kent tanımlamasıyla tarihçilerin kitaplarında yer alır. Roma İmparatorluğunun doğu sınırının savunmasına önem veren Vespasian zamanında (69-79) Trabzon, Kapadokya -Galatya Eyaletine dahil edilmiştir.
Ünlü Roma İmparatoru Hadrian Döneminde (117-138) tüm imparatorlukta olduğu gibi Trabzon'da da önemli imar etkinliklerinde bulunulmuş, birçok dini ve askeri binalar ile yollar, su kemerleri ve yakın zamana kadar kalıntıları görülebilen yapay bir liman inşa edilmiştir Hadrian'dan sonra Trabzon'un parlak dönemi sona ermiş, 244 yılında para basma yetkisi elinden alınmıştır. Roma Döneminde basılan Trabzon sikkelerinin ön yüzlerindeRoma İmparatorlarının büstü olmakla birlikte, arka yüzlerinde Pontus Krallığı döneminden beri süregelen kendi mitolojik figürlerine yer verilmiş ve Grekçe yazı kullanılmıştır.
Trabzon, 276 yılında tüm Doğu Karadeniz Bölgesine akınlar yapan Gotların saldırısına uğramış, bu saldırıda tüm kent yakılıp yıkılmıştır. Roma İmparatorluğunun son dönemlerinde 4. Yüzyılın başında Diocletian Maximian, Constantinius ve Galerius'tan oluşan dörtlü idare zamanında Trabzon'da yeniden bir takım imar etkinliklerinde bulunulduğunu Trabzon Müzesindeki Latince bir kitabeden anlıyoruz.
Roma İmparatorluğu 395 yılında ikiye ayrılınca Trabzon, merkezi İstanbul olan Doğu Roma / Bizans İmparatorluğunun sınırları içinde kalmıştır. Bizans İmparatoru Justinianus (527-564) Trabzon'da kent surlarını restore ettirerek yeni bir imar etkinliğini başlatmıştır. Heraclius zamanında (610-641) imparatorluk askeri bölgelere ayrılmaya başlanmış, Trabzon, Teophilos zamanında (829-842) kurulan Khaldia Temasının merkezi olmuştur.
Müslüman Araplar 8. Yüzyılın başlarından itibaren Anadolu'ya düzenledikleri baskınlarda Doğu Karadeniz ve Trabzon'a gelmişlerdir.
Bizans İmparatorluğunun 1204 de IV. Haçlı seferleriyle gelen Latinlerin eline geçmesi üzerine, imparator I. Andronikos Komnenos'un İstanbul'dan kaçan torunları Alexios ve David, Gürcü Kraliçesi Tamara'nın da yardımıyla Trabzon'da 1204 yılında bağımsız olarak Komnenos Krallığını kurmuşlardır. Anadolu Selçukluları ile evlilik bağı oluşturarak ve vergi ödeyerek siyasi varlıklarını sürdürebilen Komnenos Krallığı, I. Manuel Komnenos zamanında (1238-1265) en parlak dönemini yaşamıştır. Gümüşhane'deki gümüş madenlerinin etkisiyle de ekonomik olarak güçlenen Manuel I'in sikkeleri üzerinde "en mutlu" ünvanı yer almaktadır.
I. Bayezid'in 1398 de Samsun yöresini almasından sonra Trabzon Komnenos Krallığı Osmanlı Devletine yıllık vergi ödemek zorunda bırakılmıştır. David Komnenos, iktidarı döneminde (1458-1461) vergi ödemeyi durdurarak, önceden ödediklerini de Akkoyunlu Devleti Sultanı Uzun Hasan aracılığıyla geri istemiş, Osmanlılara karşı Avrupa'daki büyük devletlere ittifak önerisinde bulunmuştur. Bunun üzerine Fatih Sultan Mehmet'in öncülüğündeki Osmanlı Kuvvetleri Bölgeyi kuşatarak, 1461 yılında Trabzon'u ele geçirmiş ve Komnenosların egemenliğine son vermiştir.
Trabzon, Osmanlı Döneminde önce eyalet ve sancak olarak şehzade ve mutasarrıflar tarafından idare edilmiştir. İlk sancak beyi Hızır Bey'dir. 1470 yılında sancak beyliği küçük yaşta Şehzade Abdullah'a verilmiş; Abdullah, annesi Şirin Hatunla birlikte 1479 yılına kadar Trabzon'da yaşamıştır. Yavuz Sultan Selim de şehzadeliği sırasında (1491-1512) Trabzon'da Sancak Beyi olarak bulunmuş, sonradan Kanuni ünvanı alacak olan oğlu Sultan Süleyman burada doğmuştur.
Trabzon 16. yüzyılda, merkezi Batum olan Lazistan Sancağı ile birleştirilerek eyalete dönüştürülmüş ve bu yeni idari birimin merkezi olmuştur. 1867 yılında Trabzon'da büyük bir yangın çıkmış, bir çok kamu binası da bu sırada yanmış ve kent daha sonra yeniden düzenlenmiştir. 1868 yılında vilayet olmuş, merkez sancağı dışında Lazistan, Gümüşhane, Canik Sancakları da buraya bağlanmıştır.
Birinci Dünya Savaşı sırasında, Ruslar Trabzon'a saldırır (14 Nisan 1916). Trabzonlulardan oluşan vurucu güçler (Milis), bu saldırı sırasında gerilla savaşı verirler. Bu sıralarda, cepheye gönderilmek üzere Hamidiye Zırhlısının desteğinde Trabzon Limanına gelen cephane Trabzonlu gençlerce büyük bir heyecan içinde boşaltılıp Maçka'ya taşınır.
Çaykara'da Sultan Murat Yaylasında (10 Haziran 1916), Of'ta Baltacı, Arsin'de Yanbolu Derelerinde Ruslara karşı başarılı savaşlar verilmiş, ancak o yıllardaki koşullar altında düşmanın Trabzon'a girmesine engel olunamaz ve Ruslar 14 Nisan l916 yılında Trabzon'a girer. Rusların Trabzon'da kaldığı bir yıl, on ay, on günlük süre içinde özellikle Rumlar ve Ermeniler, yerli halka büyük işkenceler yaparlar; sayısız insan öldürürler.
1917'de Rusya'da "Bolşevik Devrimi" olur, Çarlık Yönetimi yıkılır. Bunun üzerine Rus ordusunda büyük bir panik başlar. Bu Rusların Trabzon'dan çekilmesine de yol açar. Öte yandan, batıdan doğuya doğru kayan ve Karadağ'da toplanan Türk Çeteleri, Akçaabat'a inerek Yüzbaşı Kahraman Bey'in komutasında üç koldan Trabzon'a doğru yürürler ve 24 Şubat 1918 tarihinde Trabzon'a girer.
Ulu Önder Atatürk, Cumhuriyet döneminde Trabzon'a üç kez gelir; 1924, 1930 ve 1937 yıllarında, ilk geldikleri 15 Eylül 1924 günü, Trabzonlularca "ATATÜRK GÜNÜ" olarak kabul edilir ve bu kendisine bir telle bildirilir.