Ebru sanatının ilk kez ne zaman ve nerede yapıldığı tam olarak bilinememektedir. Tarihi ve kimin tarafından yapıldığı belli olmayan bazı eserler vardır.
Bugün kayıtlardaki en eski ebru 1595 yılına aittir. Şebek Mehmed Efendi imzasını taşır. Ancak, bir sanatın gelişmesi ve kabul görmesi için yüzlerce yıl geçmesi gerektiğini ve kayıtlarda da detaylı bir arama yapılmadığını düşünürsek bu sanatın çok daha eskilere dayanan bir geçmişi olduğunu kabul etmemiz gerekir.
Ayrıca, ebru kelimesinin Farsça’daki EBRİ kökünden geldiğini iddia edenler olsa da, bu kelimenin kullanılmasından yıllar öncesinde, Türkistan’da EBRE kelimesinin çok yakın anlamda kullanıldığı bilinmektedir. Yani kelimenin Farsça’ya zamanın Türkçe’sinden geçmiş olma olasılığı yüksektir. Osmanlı’nın son devirlerinde yaşamış olan Üsküdarlı Şeyh Sadık Efendi, Ebru Sanatı’nın inceliklerini öğrenmek için Buhara’ya gitmiştir. Bu da, Ebru Sanatı’nın Orta Asya kökenli olduğuna dair güçlü bir kanıttır.
Ebru Sanatı’nın günümüze ulaşmasında, Üsküdarlı Şeyh Sadık’ın büyük payı vardır. Onun devamında, Hezarfen Edhem Efendi, Necmeddin Okyay ve Mustafa Düzgünman, bir yandan sanattaki geleneği korumuş, aynı zamanda da ebru çeşitlerini tanzim ederek Ebru’yu güçlü bir sanat haline getirmişlerdir.
Ebru Sanatı ile ilgili yazılmış ilk eser, Tertib-i Risale-i Ebri adını taşır ve 1608 tarihlidir. Basitçe ebru yapımından ve ebru sanatçılığından bahseder.
Osmanlı’da ise Şebek Mehmed Efendi’den sonraki en önemli Ebru Sanatçısı, Hatip Ebrusu’na da adını veren İstanbullu Hatip Mehmed Efendi’dir.Aynı zamanda hattat olan sanatçı, Ayasofya Camii’nde hatiplik yapmış ve 1773 yılında vefat etmiştir.