Müslümanlar ve Yahudiler tarafından kutsal kabul edilen Mescid-i Aksa, Kudüs’ün doğusundaki eski şehir bölgesinde yer alır. Eski şehrin güneydoğusunda kendi başına bir yapı olsada, surlarla çevrili bu bölgenin tamamına da bu ad verilir. Yüzölçümü 144 dönüm olup, Kubbet-üs Sahra, kıble mescidi ve sayısı 200’e varan bir çok eser bu bölgede bulunmaktadır. Mescid-i Aksa “Morya Tepesi” adı verilen küçük bir tepe üzerine inşa edilmiştir. Hz. Muhammed zamanında Mekke’ye en uzak mescid olduğu için burası Mescid-i Aksa yani “En uzak mescid” ismiyle anılmıştır.
İslam’ın Mekke’de ilk tebliğinden sonraki müslümanların en önemli ibadetlerinden namazın ilk kıblesi olması açısından, büyük önem ve kudsiyet kazanmıştır. Kur’an’daki İsra suresinde Hz. Muhammed’in Mescidi Haramdan, Mescid-i Aksa’ya yürütülmesinden bahseden ayetlede buranın önemi bir kez daha vurgulanmıştır. Yahudilerin ise Hz. Süleyman’ın inşaa ettirdiği tapınağa nispetle kutsal kabul edilen bu bölgeye Süleyman Tepesi adını vermişlerdir.
Beyt-ül Makdis yada Beyt-ül Mukaddes de denen bu yapınan inşasına Hz. Davud başlamış, duvarlarını bir adam boyu yükselttikten sonra hem peygamber hemde hükümdar olan oğlu Hz. Süleyman önce 12 mahalleli Kudüs şehrini inşa ettirmiş daha sonrada Mescid-i Aksa’nın tamamlanmasını emretmiştir. Fenikeli mimarlar ve ustalar getirtmiş. Ustalar mescidi değerli mücevherler ve incilerle bezemiştir. Yapımı 7 yılda tamamlanan yapı, karşıdan bakıldığında altın parçası gibi parlayan, görenleri hayran bırakan göz kamaştırıcı bir yapı olmuş ve bu bu mescide Beyt-ül Makdis (Kutsal Yer) denmiştir.
Hz. Süleyman, Hz. Musa’dan beri nesilden nesilde intikal eden ve içerisinde Tevrat bulunduğu Ahid sandığını da Beyt-ül Makdis’in içerisine koydurmuştur. Asuri hükümdarı Buhtunnasar (Nebukadnezzar) Kudüs’ü işgal edinceye kadar sandık orada kalmıştır. Buhtunnasar Kudüs’e girdiğinde, şehri yakıp yıkmış ve Mescid-i Aksa’da bulunan altın, gümüş ve değerli tüm mücevher ve eşyaları alıp Babil’e götürmüştür. Daha sonra Keyhüssrev, Mescid-i Aksayı tamir ettirsede M.S. 70 yılında Romalılar tekrar yıkmışlardır ve bu olaydan sonra Kudüs’ün müsevilere olan bağlılığı son bulmuştur. Bizanslılar M.S. 123 yılında mescidi tamir edip, Kudüs’e de “İlya” ismini vermişlerdir.
638 yılında Hz. Ömer, Suriye seferinde Kudüs’e de uğramış ve uzun yıllar kendi haline bırakılan Mescid-i Aksa’ya gereken bakımları yaptırıp burada cemaat ile namaz kılmış. Aynı zamanda Yahudilere de mescide emniyetli girme hakkı tanımış ve Kudüsteki kiliselere dokunulmaması emrini verip Hıristiyanlarla antlaşma yapmıştır.
Kudüs’ün Müslümanlar tarafından fethedilmesinden sonra Halifeler ve sonraki Emeviler zamanında Mescid-i Aksa’nın bakım ve onarım işlerine çok önem verilmiştir. Halife Abdülmelik bin Mervan, Mescid-i Aksa’nın yakınındaki bir arsa üzerine Kubbet-üs Sahra mescidini yaptırmıştır. Abbasiler döneminde de bakım ve tamirine özen gösterilmiştir.
Mescid depremler ve savaşlar sebebi ile zaman zaman yıkılıp tamir edilmiştir. Mescid-i Aksa’nın Emeviler ve Abbasiler dönemindeki şekli bugünkü şekline çok yakındır. Kıble karşısında kuzeyde 15 kapı vardır, ortadaki altın kaplı olanı tunçtan yapılmıştır ve son cemaat yerinde revakları bulunan mescid, 280 sütuna dayanan revakların taşıdığı bir çatı ile örtülüdür. Orta kısmında bir kubbe bulunmaktadır. Çatının üstü kısmen mozaiklerle süslü, kısmen de levhalar ile kaplıdır. Ömer Camii de (Kubbet-üs Sahra) Mescid’in kıble tarafında yer alır.
Kudüs şehri 1099 yılında haçlıların istilasıyla yakılıp yıkılmış, müslüman halk kılıçtan geçirilmiş ve Mescid-i Aksa yağmalanıp tepesine haçlar dikilerek kiliseye çevrilmiştir. 1187’de Sultan Selahaddin Eyyübi, Kudüs’ü haçlılardan temizlemiş, put ve haçları kaldırmıştır ve burayı eski haline getirip bir mihrap yaptırmıştır. Daha sonraları bu mihrabın iki yanına pencereler açılıp minber (Minber 16 bin ahşap parçadan, hiç çivi kullanılmadan birbirine geçirilerek oluşturulmuştur.), kuzey tarafına son cemaat revakları ve tahta bir minare eklenmiştir.
Emeviler, Abbasiler, Eyyübiler ve Memluklar dönemlerinde bir ilim merkezi haline gelmiş ve birçok İslam aliminin yetişmesine sebep olmuştur. Yavuz Sultan Selim 1517’de Memluk topraklarını ülkesine katmış ve Kudüs Osmanlı idaresine girmiştir. Mescid-i Aksa’nın en son bakım ve tamiratı Osmanlılar tarafından yapılmıştır. Birinci Dünya Savaşında Türklerin elinden çıkınca bağımsız hal gelmiş, fakat 1967 yılındaki Arap-İsrail Savaşında yahudiler tarafından işgal edilmiş ve Mescid-i Aksa 1969’da gerçekleştirilen bir suikastta kısmen yanmıştır. 1980 – 1982 yılları arasında iki defa yüklü miktarda patlayıcı yereştirilerek yıkılmaya çalışılmıştır. Bugün tamamen kendi haline bırakılmış mescid fazlasıyla bakım ve yenilenmeye muhtaç durumdadır.