Fenerbahçe'nin kaosla başlayıp bitirdiği sezon. Sezon başlamadan aziz yıldırım çıkacak mı yoksa içeride mi kalacak soruları gündemi uzun süre meşgul ermişti ve 2 temmuz 2012'de aziz yıldırım tahliye edildi fenerbahçeliler olarak çok sevinmiştik. Şampiyon olsak bu kadar sevinmezdik aziz yıldırım çıktığında hepimiz işte fenerbahce yeniden doğuyor demiştik ta ki başkan egosuna yenik düşüp takımın geleceğiyle oynayana kadar. Sezonun basinda patlak veren, spartak moskova ve gaziantepspor maçlarıyla iyice açığa çıkan alex-aykut çatışması camiayı sezonun başında ikiye böldü ve en sonunda 6.haftadaki kasimpasa mağlubiyetinden sonra kıyamet koptu. Alex oyundan alınmasına tepki olarak kulübeye değil tribüne oturdu soyunma odasında tartışmalar alevlendi ve 2 saat boyunca hiç kimse soyunma odasından dışarı çıkmadı. Ve maalesef 1 ekim 2012'de gelen o üzücü tweet ile alex dönemi sona erdi.
Alex'in gönderilmesi sonrası fenerbahce inişli çıkışlı performansını ilk yarının sonuna kadar sürdürdü. 17.hafta oynanan kdç karabükspor maçındaki kötü performans sonrası taraftarın içindeki bir grup (gfb) şike şike diye aziz yıldırım aleyhinde tezahüratlarda bulundular. Devre arası takımı ayaklandirmak isteyen yönetim eski fenerbahceli emre belözoğlu'nu atletico madrid'den geri aldı. Bunun yanı sıra ziegler ve Webo ile devre arası transferi bitirildi. Sezonun ikinci yarısına da iyi başlayamayan fenerbahce ligde yükselişe geçti. Bunun yanı sırada takım avrupada şanslı kuralar ve kontrollü futbol ile yarı finale yükseldi. Ziraat Türkiye kupasında da yarı finalde Eskişehirsporu penaltılarla eleyen takım finalde trabzonsporu 1-0 mağlup ederek kupanın sahibi oldu. Avrupa'da ise dramatik şekilde benficaya elenen takım bu alanda tarihinin en büyük başarısını kazandı. Ligi ise ezeli rakibi Galatasaray'ın 10 puan gerisinde 61 puanla 2.sırada tamamladı.